結合化合物、免疫原性化合物およびペプチド模倣体
本発明は、注目する免疫原性化合物および／または結合化合物の存在および／または同定に関して試験するのに適した化合物の生産手段および方法を提供する。免疫原性化合物および組成物も、シスチン−ノットファミリの構成員のペプチド模倣体として、ここで提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫原性化合物および／または結合化合物の存在および／または同定に関する試験に適した化合物の生産方法であって、
少なくとも１つのたんぱく性分子の一次配列内の少なくとも１つのアミノ酸残基を選択する工程であって、選択されるアミノ酸残基が、他の選択されたアミノ酸残基があれば、そのアミノ酸残基から少なくとも２アミノ酸残基離れて位置するように、少なくとも１つのアミノ酸残基を選択する工程と、
少なくとも１つの選択されたアミノ酸残基の少なくとも１つのフランキング配列であって、前記少なくとも１つのたんぱく性分子のＮ-末端および／またはＣ-末端の方向に位置し、２〜４８アミノ酸残基の長さを有するフランキング配列を選択する工程と、
前記フランキング配列の少なくとも１つ、および足場と反応することができる少なくとも２つの基を含むペプチドであって、最小で４アミノ酸残基、最大で５０アミノ酸残基の長さを有するペプチドを生産する工程と、
連続結合の形成を促進する結合の形成であって、ペプチドと足場との間の少なくとも２つの結合の形成のために、前記ペプチドを前記足場に接触させる工程とを含む方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つのたんぱく性分子の一次配列内の少なくとも２つのアミノ酸残基が、選択されることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記ペプチドが前記フランキング配列の少なくとも２つを含むことを特徴とする請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
前記ペプチドが、第１に選択されるアミノ酸残基のフランキング配列、および第２に選択されるアミノ酸残基のフランキング配列を含むことを特徴とする請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記ペプチドが、最大で２５アミノ酸残基の長さを有することを特徴とする請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つのたんぱく性分子の一次配列内で選択される前記アミノ酸残基の少なくとも１つが、システイン残基であることを特徴とする請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記フランキング配列の少なくとも１つにおける少なくとも１つのシステインが、別のアミノ酸残基によって置換されることを特徴とする請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
足場と反応することができる前記少なくとも２つの基が、同一であることを特徴とする請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
足場と反応することができる前記少なくとも２つの基が、システイン残基であることを特徴とする請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記足場が、（ヘテロ）芳香族分子を含むことを特徴とする請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記足場が、ハロメチルアレーンを含むことを特徴とする請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記足場が、ビス(ブロモメチル)ベンゼン、トリス(ブロモメチル)ベンゼン、テトラ(ブロモメチル)ベンゼン、またはそれらの誘導体を含むことを特徴とする請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ペプチドの最初および最後のアミノ酸残基が、システインであることを特徴とする請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ペプチドが、式Ｃ(Ｘ)xＣ(Ｘ)yまたはＣ(Ｘ)yＣ(Ｘ)xを含み、Ｃがシステイン残基であり、(Ｘ)xが前記フランキング配列の少なくとも１つを表し、(Ｘ)yが前記少なくとも１つのたんぱく性分子に由来するあらゆる配列を表すことを特徴とする請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
Ｃがシステイン残基であり、(Ｘ)xおよび(Ｘ)yがそれぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
前記ペプチドが、少なくとも３つのシステイン残基、および前記フランキング配列の少なくとも２つを含むことを特徴とする請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ペプチドが、式Ｃ(Ｘ)xＣ(Ｘ)yＣまたはＣ(Ｘ)yＣ(Ｘ)xＣを含み、Ｃがシステイン残基であり、(Ｘ)xが前記フランキング配列の少なくとも１つを表し、(Ｘ)yが前記少なくとも１つのたんぱく性分子に由来するあらゆる配列を表すことを特徴とする請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
(Ｘ)xおよび(Ｘ)yが、それぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
前記ペプチドが、化学式Ｃ(Ｘ)xＣ(Ｇ)nＣ(Ｘ)yＣまたはＣ(Ｘ)yＣ(Ｇ)nＣ(Ｘ)xＣを含み、Ｃがシステイン残基であり、(Ｇ)nがスペーサを表し、(Ｘ)xが前記フランキング配列の少なくとも１つを表し、(Ｘ)yが前記少なくとも１つのたんぱく性分子に由来するあらゆる配列を表すことを特徴とする請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
(Ｘ)xおよび(Ｘ)yが、それぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
前記ペプチドが、化学式Ｃ(Ｘ)xＣ(Ｘ)m(Ｇ)n(Ｘ)pＣ(Ｘ)yＣを含み、Ｃがシステイン残基であり、(Ｇ)nがスペーサを表し、(Ｘ)x、(Ｘ)m、(Ｘ)pおよび(Ｘ)yがそれぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ペプチドが、化学式Ｃ(Ｘ)m(Ｇ)n(Ｘ)pＣ(Ｘ)q(Ｇ)r(Ｘ)sＣ(Ｘ)t(Ｇ)u(Ｘ)vＣを含み、Ｃはシステイン残基であり、(Ｇ)n、(Ｇ)rおよび(Ｇ)qがスペーサを表し、(Ｘ)m、(Ｘ)p、(Ｘ)q、(Ｘ)s、(Ｘ)tおよび(Ｘ)vがそれぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記たんぱく性分子が、システイン-ノットファミリ、膜貫通たんぱく、ＴＮＦ-アルファ、ＨＧＦ-ＳＦ、ＦＧＦ-ベータ、インターロイキン、ＩＬ-５、ケモカイン、Ｇたんぱく結合受容体、ＣＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＩＧＦ、ＬＭＦ、エンドセリン-１、ＶＩＰ、ＣＧＲＰ、ＰＩＦ、ＥＧＦ、ＴＧＦ-アルファ、ＥＧＦＲファミリ、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ｐ５３、コルチコトロピン ＲＦ、ＡＣＴＨ、副甲状腺ホルモン、ＣＣＫ、サブスタンスＰ、ＮＰＹ、ＧＲＰ、ニューロトロフィン、アンジオテンシン-２、アンギオジェニン、アンジオポイエチン、ニューロテンシン、ＳＬＣＬＣ、ＳＡＲＳ-由来たんぱく、ＨＩＶ-由来たんぱく、パピローマウイルス-由来たんぱくおよびＦＭＤＶから成る群から選択されることを特徴とする請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１つのアミノ酸残基が、前記少なくとも１つのたんぱく性分子の表面露出領域から選択されることを特徴とする請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記少なくとも１つのアミノ酸残基が、少なくとも１つの膜貫通たんぱくの配列であって、細胞外ドメイン、前記少なくとも１つの膜貫通たんぱくのＮ-末端の方向に位置する３つのフランキングアミノ酸残基、および前記少なくとも１つの膜貫通たんぱくのＣ-末端の方向に位置する３つのフランキングアミノ酸残基を含む配列から、選択されることを特徴とする請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも２つのアミノ酸残基が、前記少なくとも１つのたんぱく性分子のＳＳ-架橋配列から選択されることを特徴とする請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＳＳ-架橋の２つのシステインが、位置ｘおよび（ｘ＋ｎ）に位置し、ｎ＞２１であり、前記アミノ酸残基が、アミノ酸位置ｘ＋[(ｎ−２０)／２]にて開始し、アミノ酸位置ｘ＋[(ｎ＋２０)／２]にて終了する前記ＳＳ-架橋配列の領域から、選択されることを特徴とする請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
異なる長さの少なくとも２つのペプチドを生産する工程を含むことを特徴とする請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
前記ペプチドが、溶液中で前記足場にカップリングされることを特徴とする請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
免疫原性化合物および／または結合化合物の存在および／または同定に関するスクリーニング方法であって、
請求項１〜２９のいずれか１項に記載の方法によって、異なるペプチドを含む複数の化合物を生産する工程と、
前記化合物の少なくとも１つが、前記少なくとも１つのたんぱく性分子に特異的な抗体、その機能部分、誘導体もしくは類似体、または、前記少なくとも１つのたんぱく性分子に特異的なＴ細胞、その機能部分、誘導体もしくは類似体に、特異的に結合することができるかを試験する工程とを含む方法。
【請求項３１】
免疫原性化合物の存在および／または同定に関するスクリーニング方法であって、
請求項１〜２９のいずれか１項に記載の方法によって、異なるペプチドを含む複数の化合物を生産する工程と、
前記化合物の少なくとも１つが、ヒトでない動物において免疫応答を誘導することができるかを試験する工程とを含む方法。
【請求項３２】
注目する免疫原性化合物および／または結合化合物を選択する工程を、さらに含むことを特徴とする請求項３０または３１記載の方法。
【請求項３３】
注目する免疫原性化合物および／または結合化合物を選択する工程と、
前記免疫原性化合物を特異的に結合することができる抗体もしくはＴ細胞、またはそれらの機能部分、誘導体および／もしくは類似体を生産する工程とを、さらに含むことを特徴とする請求項３０または３１記載の方法。
【請求項３４】
前記免疫原性化合物および／または結合化合物を同定する工程を、さらに含むことを特徴とする請求項３０〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法によって取得可能な免疫原性化合物および／または結合化合物。
【請求項３６】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法によって取得可能な免疫原性化合物を含むことを特徴とする免疫原性組成物。
【請求項３７】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法によって取得可能な免疫原性化合物を特異的に結合することができる、単離された抗体もしくはＴ細胞、またはそれらの機能部分、誘導体および／もしくは類似体。
【請求項３８】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法によって取得可能な免疫原性化合物を含み、ならびに／または、請求項３７記載の抗体もしくはＴ細胞、または機能部分、誘導体および／もしくは類似体を含むことを特徴とするアレイ。
【請求項３９】
シスチン-ノット（成長因子）ファミリの一員のペプチド模倣体であって、前記シスチン-ノット（成長因子）ファミリ構成員のベータ-３ヘアピン（Ｂ３）ループのアミノ酸配列に由来するポリペプチドを含み、２つのアミノ酸残基が、足場を介して互いに付着される、ポリペプチド中の第１および第２システイン残基によって置換され、
前記第１足場付着システイン残基が、野生型Ｂ３-ループにおけるアミノ酸ＣｙｓIVに対応する位置からｐ残基Ｃ-末端方向に位置する位置ＣｙｓIV＋ｐに導入され、５≦ｐ≦１２であり、
前記第２足場付着システイン残基が、野生型Ｂ３-ループにおけるアミノ酸ＣｙｓＶに対応する位置からｑ残基Ｎ-末端方向に位置する位置ＣｙｓＶ−ｑに導入され、４≦ｑ≦１２であり、（ｐ−ｑ）は−３，−２，−１，０，１，２または３であり、
前記ポリペプチドの長さが、位置ＣｙｓIV＋ｘのアミノ酸から位置ＣｙｓＶ＋ｙのアミノ酸までであり、ｘ＋ｙ＝−１，０，１または２の条件下で−５≦ｘ≦１および１≦ｙ≦６であることを特徴とするペプチド模倣体。
【請求項４０】
前記ポリペプチドの長さが、ＣｙｓIV＋１からＣｙｓＶ＋１まで、ＣｙｓIV−５からＣｙｓＶ＋６まで、ＣｙｓIV−３からＣｙｓＶ＋４まで、ＣｙｓIV−５からＣｙｓＶ＋４まで、またはＣｙｓIV−２からＣｙｓＶ＋４までであり、好ましくは、前記ポリペプチドの長さが、ＣｙｓIV＋１からＣｙｓＶ＋１まで、ＣｙｓIV−２からＣｙｓＶ＋４まで、またはＣｙｓIV−５からＣｙｓＶ＋４までであることを特徴とする請求項３９記載のペプチド模倣体。
【請求項４１】
前記第１および第２のシステインの位置が、位置ＣｙｓIV＋１２およびＣｙｓＶ−１０、ＣｙｓIV＋１１およびＣｙｓＶ−１０、ＣｙｓIV＋１０およびＣｙｓＶ−８、ＣｙｓIV＋９およびＣｙｓＶ−８、ＣｙｓIV＋８およびＣｙｓＶ−６、ＣｙｓIV＋７およびＣｙｓＶ−５、ＣｙｓIV＋７およびＣｙｓＶ−６、ＣｙｓIV＋７およびＣｙｓＶ−４、ＣｙｓIV＋５およびＣｙｓＶ−４、またはＣｙｓIV＋６およびＣｙｓＶ−４に、好ましくは、位置ＣｙｓIV＋１０およびＣｙｓＶ−８、ＣｙｓIV＋７およびＣｙｓＶ−６、またはＣｙｓIV＋８およびＣｙｓＶ−６に対応することを特徴とする請求項３９または４０記載のペプチド模倣体。
【請求項４２】
前記第１および第２のシステインの位置が、位置ＣｙｓIV＋１０およびＣｙｓＶ−８に対応することを特徴とする請求項３９〜４１のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４３】
前記足場が、（ヘテロ）芳香族分子を、好ましくは、少なくとも２つのベンジルハロゲン置換基を含む（ヘテロ）芳香族分子を、含むことを特徴とする請求項３９〜４２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４４】
前記足場が、オルト-、メタ-およびパラ-ジハロキシレンならびに１,２,４,５-テトラハロジュレン、好ましくは、メタ-ジブロモキシレン（ｍ-Ｔ２）または１,２,４,５-テトラブロモジュレン（Ｔ４）から成る群から選択されることを特徴とする請求項４３記載のペプチド模倣体。
【請求項４５】
前記ポリペプチドの長さがＣｙｓIV＋１からＣｙｓＶ＋１までであり、前記足場がメタ-ジハロキシレン、好ましくはメタ-ジブロモキシレンであることを特徴とする請求項３９〜４４のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４６】
前記ポリペプチドの長さがＣｙｓIV−２からＣｙｓＶ＋４までであり、前記足場が１,２,４,５-テトラハロジュレン、好ましくは、１,２,４,５-テトラブロモジュレンであることを特徴とする請求項３９〜４４のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４７】
シスチン-ノットたんぱくファミリの前記構成員が、糖たんぱくホルモン-ベータ（ＧＬＨＢ）サブファミリ、血小板由来増殖成長因子（ＰＤＧＦ）サブファミリ、形質転換成長因子（ＴＧＦ）サブファミリ、神経成長因子（ＮＧＦ）サブファミリまたは糖たんぱくホルモン-アルファ（ＧＬＨＡ）サブファミリの一員であることを特徴とする請求項３９〜４６のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４８】
前記第１システインの位置がアミノ酸位置ＣｙｓIV＋１０に対応し、前記第２システインの位置が位置ＣｙｓＶ−８に対応し、好ましくは、前記ポリペプチドがＧＬＨＢサブファミリ、ＰＤＧＦサブファミリまたはＴＧＦサブファミリの一員のＢ３-ループに由来することを特徴とする請求項３９〜４７のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４９】
前記第１システインの位置がアミノ酸位置ＣｙｓIV＋８に対応し、前記第２システインの位置が位置ＣｙｓＶ−６に対応し、好ましくは、前記ポリペプチドがＧＬＨＡサブファミリの一員のＢ３-ループに由来することを特徴とする請求項３９〜４８のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項５０】
前記第１システインの位置がアミノ酸位置ＣｙｓIV＋７に対応し、前記第２システインの位置が位置ＣｙｓＶ−６に対応し、好ましくは、前記ポリペプチドがＮＧＦ-サブファミリの一員のＢ３-ループに由来することを特徴とする請求項３９〜４８のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項５１】
前記第１システインの位置がアミノ酸位置ＣｙｓIV＋８に対応し、前記第２システインの位置が位置ＣｙｓＶ−６に対応し、前記ポリペプチドがＶＥＧＦたんぱくのＢ３-ループに由来することを特徴とする請求項３９〜５０のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項５２】
足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＥＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＡＡＨＨＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ４に付着されるポリペプチドＫＩＱＫＴＡＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＡＡＨＨＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨＡＧＫ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＫＣＬＶＹＥＴＶＲＶＰＧＡＡＨＨＡＤＳＬＹＴＹＰＶＡＣＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＤＡＨＨＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ３に付着されるポリペプチドＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＡＡＨＨＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＤＡＨＨＡＤＫＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＤＡＨＫＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＥＳＮＣＴＭＱＩＭＲＩＫＰＨＱＧＱＨＩＧＥＭＳＣＬＱＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＥＥＳＮＣＴＭＱＩＭＲＩＫＰＨＱＧＱＨＩＧＥＭＳＣＬＱＨＮ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＮＹＲＤＶＲＦＥＳＣＲＬＰＧＡＰＲＧＶＮＰＶＣＳＹＡＶＡＬＳＡＱ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＶＶＡＮＹＲＤＶＲＦＥＳＣＲＬＰＧＡＰＲＧＶＮＰＶＣＳＹＡＶＡＬＳＡＱＡＡＬ、および２つの足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチド
ＮＹＲＤＶＥＦＥＳＣＲＬＰＧＣＰＲＧＶＮＰＶＣＳＹＡＶＡＬＳＡＱ
Ｓ
Ｓ
ＮＹＲＤＶＲＦＥＳＣＲＬＰＧＣＰＲＧＶＮＰＶＣＳＹＡＶＡＬＳＡＱ
から成るペプチド模倣体の群から選択されるペプチド模倣体。
【請求項５３】
ポリペプチドおよび足場を用意する工程と、前記ポリペプチドの前記足場への共有結合を許容する条件下で前記ポリペプチドと前記足場とを接触させる工程とを含み、好ましくは、接触は溶液中、より好ましくは水溶液中で実行されることを特徴とする、請求項３９〜５２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体の作製方法。
【請求項５４】
請求項３９〜５２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体を含むワクチン組成物。
【請求項５５】
前記ペプチド模倣体が担体、好ましくはキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）にカップリングされることを特徴とする請求項５４記載のワクチン組成物。
【請求項５６】
請求項３９〜５２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体に特異的に反応する抗体。
【請求項５７】
請求項３９〜５２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体、または請求項５６記載の抗体の、好ましくは抗癌治療における、または避妊用の、治療用分子としての使用。
【請求項１】
免疫原性化合物および／または結合化合物の存在および／または同定に関する試験に適した化合物の生産方法であって、
少なくとも１つのたんぱく性分子の一次配列内の少なくとも１つのアミノ酸残基を選択する工程であって、選択されるアミノ酸残基が、他の選択されたアミノ酸残基があれば、そのアミノ酸残基から少なくとも２アミノ酸残基離れて位置するように、少なくとも１つのアミノ酸残基を選択する工程と、
少なくとも１つの選択されたアミノ酸残基の少なくとも１つのフランキング配列であって、前記少なくとも１つのたんぱく性分子のＮ-末端および／またはＣ-末端の方向に位置し、２〜４８アミノ酸残基の長さを有するフランキング配列を選択する工程と、
前記フランキング配列の少なくとも１つ、および足場と反応することができる少なくとも２つの基を含むペプチドであって、最小で４アミノ酸残基、最大で５０アミノ酸残基の長さを有するペプチドを生産する工程と、
連続結合の形成を促進する結合の形成であって、ペプチドと足場との間の少なくとも２つの結合の形成のために、前記ペプチドを前記足場に接触させる工程とを含む方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つのたんぱく性分子の一次配列内の少なくとも２つのアミノ酸残基が、選択されることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記ペプチドが前記フランキング配列の少なくとも２つを含むことを特徴とする請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
前記ペプチドが、第１に選択されるアミノ酸残基のフランキング配列、および第２に選択されるアミノ酸残基のフランキング配列を含むことを特徴とする請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記ペプチドが、最大で２５アミノ酸残基の長さを有することを特徴とする請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つのたんぱく性分子の一次配列内で選択される前記アミノ酸残基の少なくとも１つが、システイン残基であることを特徴とする請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記フランキング配列の少なくとも１つにおける少なくとも１つのシステインが、別のアミノ酸残基によって置換されることを特徴とする請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
足場と反応することができる前記少なくとも２つの基が、同一であることを特徴とする請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
足場と反応することができる前記少なくとも２つの基が、システイン残基であることを特徴とする請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記足場が、（ヘテロ）芳香族分子を含むことを特徴とする請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記足場が、ハロメチルアレーンを含むことを特徴とする請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記足場が、ビス(ブロモメチル)ベンゼン、トリス(ブロモメチル)ベンゼン、テトラ(ブロモメチル)ベンゼン、またはそれらの誘導体を含むことを特徴とする請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ペプチドの最初および最後のアミノ酸残基が、システインであることを特徴とする請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ペプチドが、式Ｃ(Ｘ)xＣ(Ｘ)yまたはＣ(Ｘ)yＣ(Ｘ)xを含み、Ｃがシステイン残基であり、(Ｘ)xが前記フランキング配列の少なくとも１つを表し、(Ｘ)yが前記少なくとも１つのたんぱく性分子に由来するあらゆる配列を表すことを特徴とする請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
Ｃがシステイン残基であり、(Ｘ)xおよび(Ｘ)yがそれぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
前記ペプチドが、少なくとも３つのシステイン残基、および前記フランキング配列の少なくとも２つを含むことを特徴とする請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ペプチドが、式Ｃ(Ｘ)xＣ(Ｘ)yＣまたはＣ(Ｘ)yＣ(Ｘ)xＣを含み、Ｃがシステイン残基であり、(Ｘ)xが前記フランキング配列の少なくとも１つを表し、(Ｘ)yが前記少なくとも１つのたんぱく性分子に由来するあらゆる配列を表すことを特徴とする請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
(Ｘ)xおよび(Ｘ)yが、それぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
前記ペプチドが、化学式Ｃ(Ｘ)xＣ(Ｇ)nＣ(Ｘ)yＣまたはＣ(Ｘ)yＣ(Ｇ)nＣ(Ｘ)xＣを含み、Ｃがシステイン残基であり、(Ｇ)nがスペーサを表し、(Ｘ)xが前記フランキング配列の少なくとも１つを表し、(Ｘ)yが前記少なくとも１つのたんぱく性分子に由来するあらゆる配列を表すことを特徴とする請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
(Ｘ)xおよび(Ｘ)yが、それぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
前記ペプチドが、化学式Ｃ(Ｘ)xＣ(Ｘ)m(Ｇ)n(Ｘ)pＣ(Ｘ)yＣを含み、Ｃがシステイン残基であり、(Ｇ)nがスペーサを表し、(Ｘ)x、(Ｘ)m、(Ｘ)pおよび(Ｘ)yがそれぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ペプチドが、化学式Ｃ(Ｘ)m(Ｇ)n(Ｘ)pＣ(Ｘ)q(Ｇ)r(Ｘ)sＣ(Ｘ)t(Ｇ)u(Ｘ)vＣを含み、Ｃはシステイン残基であり、(Ｇ)n、(Ｇ)rおよび(Ｇ)qがスペーサを表し、(Ｘ)m、(Ｘ)p、(Ｘ)q、(Ｘ)s、(Ｘ)tおよび(Ｘ)vがそれぞれ前記フランキング配列の少なくとも１つを表すことを特徴とする請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記たんぱく性分子が、システイン-ノットファミリ、膜貫通たんぱく、ＴＮＦ-アルファ、ＨＧＦ-ＳＦ、ＦＧＦ-ベータ、インターロイキン、ＩＬ-５、ケモカイン、Ｇたんぱく結合受容体、ＣＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＩＧＦ、ＬＭＦ、エンドセリン-１、ＶＩＰ、ＣＧＲＰ、ＰＩＦ、ＥＧＦ、ＴＧＦ-アルファ、ＥＧＦＲファミリ、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ｐ５３、コルチコトロピン ＲＦ、ＡＣＴＨ、副甲状腺ホルモン、ＣＣＫ、サブスタンスＰ、ＮＰＹ、ＧＲＰ、ニューロトロフィン、アンジオテンシン-２、アンギオジェニン、アンジオポイエチン、ニューロテンシン、ＳＬＣＬＣ、ＳＡＲＳ-由来たんぱく、ＨＩＶ-由来たんぱく、パピローマウイルス-由来たんぱくおよびＦＭＤＶから成る群から選択されることを特徴とする請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１つのアミノ酸残基が、前記少なくとも１つのたんぱく性分子の表面露出領域から選択されることを特徴とする請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記少なくとも１つのアミノ酸残基が、少なくとも１つの膜貫通たんぱくの配列であって、細胞外ドメイン、前記少なくとも１つの膜貫通たんぱくのＮ-末端の方向に位置する３つのフランキングアミノ酸残基、および前記少なくとも１つの膜貫通たんぱくのＣ-末端の方向に位置する３つのフランキングアミノ酸残基を含む配列から、選択されることを特徴とする請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも２つのアミノ酸残基が、前記少なくとも１つのたんぱく性分子のＳＳ-架橋配列から選択されることを特徴とする請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＳＳ-架橋の２つのシステインが、位置ｘおよび（ｘ＋ｎ）に位置し、ｎ＞２１であり、前記アミノ酸残基が、アミノ酸位置ｘ＋[(ｎ−２０)／２]にて開始し、アミノ酸位置ｘ＋[(ｎ＋２０)／２]にて終了する前記ＳＳ-架橋配列の領域から、選択されることを特徴とする請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
異なる長さの少なくとも２つのペプチドを生産する工程を含むことを特徴とする請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
前記ペプチドが、溶液中で前記足場にカップリングされることを特徴とする請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
免疫原性化合物および／または結合化合物の存在および／または同定に関するスクリーニング方法であって、
請求項１〜２９のいずれか１項に記載の方法によって、異なるペプチドを含む複数の化合物を生産する工程と、
前記化合物の少なくとも１つが、前記少なくとも１つのたんぱく性分子に特異的な抗体、その機能部分、誘導体もしくは類似体、または、前記少なくとも１つのたんぱく性分子に特異的なＴ細胞、その機能部分、誘導体もしくは類似体に、特異的に結合することができるかを試験する工程とを含む方法。
【請求項３１】
免疫原性化合物の存在および／または同定に関するスクリーニング方法であって、
請求項１〜２９のいずれか１項に記載の方法によって、異なるペプチドを含む複数の化合物を生産する工程と、
前記化合物の少なくとも１つが、ヒトでない動物において免疫応答を誘導することができるかを試験する工程とを含む方法。
【請求項３２】
注目する免疫原性化合物および／または結合化合物を選択する工程を、さらに含むことを特徴とする請求項３０または３１記載の方法。
【請求項３３】
注目する免疫原性化合物および／または結合化合物を選択する工程と、
前記免疫原性化合物を特異的に結合することができる抗体もしくはＴ細胞、またはそれらの機能部分、誘導体および／もしくは類似体を生産する工程とを、さらに含むことを特徴とする請求項３０または３１記載の方法。
【請求項３４】
前記免疫原性化合物および／または結合化合物を同定する工程を、さらに含むことを特徴とする請求項３０〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法によって取得可能な免疫原性化合物および／または結合化合物。
【請求項３６】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法によって取得可能な免疫原性化合物を含むことを特徴とする免疫原性組成物。
【請求項３７】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法によって取得可能な免疫原性化合物を特異的に結合することができる、単離された抗体もしくはＴ細胞、またはそれらの機能部分、誘導体および／もしくは類似体。
【請求項３８】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法によって取得可能な免疫原性化合物を含み、ならびに／または、請求項３７記載の抗体もしくはＴ細胞、または機能部分、誘導体および／もしくは類似体を含むことを特徴とするアレイ。
【請求項３９】
シスチン-ノット（成長因子）ファミリの一員のペプチド模倣体であって、前記シスチン-ノット（成長因子）ファミリ構成員のベータ-３ヘアピン（Ｂ３）ループのアミノ酸配列に由来するポリペプチドを含み、２つのアミノ酸残基が、足場を介して互いに付着される、ポリペプチド中の第１および第２システイン残基によって置換され、
前記第１足場付着システイン残基が、野生型Ｂ３-ループにおけるアミノ酸ＣｙｓIVに対応する位置からｐ残基Ｃ-末端方向に位置する位置ＣｙｓIV＋ｐに導入され、５≦ｐ≦１２であり、
前記第２足場付着システイン残基が、野生型Ｂ３-ループにおけるアミノ酸ＣｙｓＶに対応する位置からｑ残基Ｎ-末端方向に位置する位置ＣｙｓＶ−ｑに導入され、４≦ｑ≦１２であり、（ｐ−ｑ）は−３，−２，−１，０，１，２または３であり、
前記ポリペプチドの長さが、位置ＣｙｓIV＋ｘのアミノ酸から位置ＣｙｓＶ＋ｙのアミノ酸までであり、ｘ＋ｙ＝−１，０，１または２の条件下で−５≦ｘ≦１および１≦ｙ≦６であることを特徴とするペプチド模倣体。
【請求項４０】
前記ポリペプチドの長さが、ＣｙｓIV＋１からＣｙｓＶ＋１まで、ＣｙｓIV−５からＣｙｓＶ＋６まで、ＣｙｓIV−３からＣｙｓＶ＋４まで、ＣｙｓIV−５からＣｙｓＶ＋４まで、またはＣｙｓIV−２からＣｙｓＶ＋４までであり、好ましくは、前記ポリペプチドの長さが、ＣｙｓIV＋１からＣｙｓＶ＋１まで、ＣｙｓIV−２からＣｙｓＶ＋４まで、またはＣｙｓIV−５からＣｙｓＶ＋４までであることを特徴とする請求項３９記載のペプチド模倣体。
【請求項４１】
前記第１および第２のシステインの位置が、位置ＣｙｓIV＋１２およびＣｙｓＶ−１０、ＣｙｓIV＋１１およびＣｙｓＶ−１０、ＣｙｓIV＋１０およびＣｙｓＶ−８、ＣｙｓIV＋９およびＣｙｓＶ−８、ＣｙｓIV＋８およびＣｙｓＶ−６、ＣｙｓIV＋７およびＣｙｓＶ−５、ＣｙｓIV＋７およびＣｙｓＶ−６、ＣｙｓIV＋７およびＣｙｓＶ−４、ＣｙｓIV＋５およびＣｙｓＶ−４、またはＣｙｓIV＋６およびＣｙｓＶ−４に、好ましくは、位置ＣｙｓIV＋１０およびＣｙｓＶ−８、ＣｙｓIV＋７およびＣｙｓＶ−６、またはＣｙｓIV＋８およびＣｙｓＶ−６に対応することを特徴とする請求項３９または４０記載のペプチド模倣体。
【請求項４２】
前記第１および第２のシステインの位置が、位置ＣｙｓIV＋１０およびＣｙｓＶ−８に対応することを特徴とする請求項３９〜４１のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４３】
前記足場が、（ヘテロ）芳香族分子を、好ましくは、少なくとも２つのベンジルハロゲン置換基を含む（ヘテロ）芳香族分子を、含むことを特徴とする請求項３９〜４２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４４】
前記足場が、オルト-、メタ-およびパラ-ジハロキシレンならびに１,２,４,５-テトラハロジュレン、好ましくは、メタ-ジブロモキシレン（ｍ-Ｔ２）または１,２,４,５-テトラブロモジュレン（Ｔ４）から成る群から選択されることを特徴とする請求項４３記載のペプチド模倣体。
【請求項４５】
前記ポリペプチドの長さがＣｙｓIV＋１からＣｙｓＶ＋１までであり、前記足場がメタ-ジハロキシレン、好ましくはメタ-ジブロモキシレンであることを特徴とする請求項３９〜４４のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４６】
前記ポリペプチドの長さがＣｙｓIV−２からＣｙｓＶ＋４までであり、前記足場が１,２,４,５-テトラハロジュレン、好ましくは、１,２,４,５-テトラブロモジュレンであることを特徴とする請求項３９〜４４のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４７】
シスチン-ノットたんぱくファミリの前記構成員が、糖たんぱくホルモン-ベータ（ＧＬＨＢ）サブファミリ、血小板由来増殖成長因子（ＰＤＧＦ）サブファミリ、形質転換成長因子（ＴＧＦ）サブファミリ、神経成長因子（ＮＧＦ）サブファミリまたは糖たんぱくホルモン-アルファ（ＧＬＨＡ）サブファミリの一員であることを特徴とする請求項３９〜４６のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４８】
前記第１システインの位置がアミノ酸位置ＣｙｓIV＋１０に対応し、前記第２システインの位置が位置ＣｙｓＶ−８に対応し、好ましくは、前記ポリペプチドがＧＬＨＢサブファミリ、ＰＤＧＦサブファミリまたはＴＧＦサブファミリの一員のＢ３-ループに由来することを特徴とする請求項３９〜４７のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項４９】
前記第１システインの位置がアミノ酸位置ＣｙｓIV＋８に対応し、前記第２システインの位置が位置ＣｙｓＶ−６に対応し、好ましくは、前記ポリペプチドがＧＬＨＡサブファミリの一員のＢ３-ループに由来することを特徴とする請求項３９〜４８のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項５０】
前記第１システインの位置がアミノ酸位置ＣｙｓIV＋７に対応し、前記第２システインの位置が位置ＣｙｓＶ−６に対応し、好ましくは、前記ポリペプチドがＮＧＦ-サブファミリの一員のＢ３-ループに由来することを特徴とする請求項３９〜４８のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項５１】
前記第１システインの位置がアミノ酸位置ＣｙｓIV＋８に対応し、前記第２システインの位置が位置ＣｙｓＶ−６に対応し、前記ポリペプチドがＶＥＧＦたんぱくのＢ３-ループに由来することを特徴とする請求項３９〜５０のいずれか１項に記載のペプチド模倣体。
【請求項５２】
足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＥＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＡＡＨＨＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ４に付着されるポリペプチドＫＩＱＫＴＡＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＡＡＨＨＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨＡＧＫ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＫＣＬＶＹＥＴＶＲＶＰＧＡＡＨＨＡＤＳＬＹＴＹＰＶＡＣＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＤＡＨＨＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ３に付着されるポリペプチドＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＡＡＨＨＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＤＡＨＨＡＤＫＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＴＦＫＥＬＶＹＥＴＣＲＶＰＧＤＡＨＫＡＤＳＬＣＴＹＰＶＡＴＱＡＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＥＳＮＣＴＭＱＩＭＲＩＫＰＨＱＧＱＨＩＧＥＭＳＣＬＱＨ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＥＥＳＮＣＴＭＱＩＭＲＩＫＰＨＱＧＱＨＩＧＥＭＳＣＬＱＨＮ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＮＹＲＤＶＲＦＥＳＣＲＬＰＧＡＰＲＧＶＮＰＶＣＳＹＡＶＡＬＳＡＱ、足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチドＶＶＡＮＹＲＤＶＲＦＥＳＣＲＬＰＧＡＰＲＧＶＮＰＶＣＳＹＡＶＡＬＳＡＱＡＡＬ、および２つの足場ｍ-Ｔ２に付着されるポリペプチド
ＮＹＲＤＶＥＦＥＳＣＲＬＰＧＣＰＲＧＶＮＰＶＣＳＹＡＶＡＬＳＡＱ
Ｓ
Ｓ
ＮＹＲＤＶＲＦＥＳＣＲＬＰＧＣＰＲＧＶＮＰＶＣＳＹＡＶＡＬＳＡＱ
から成るペプチド模倣体の群から選択されるペプチド模倣体。
【請求項５３】
ポリペプチドおよび足場を用意する工程と、前記ポリペプチドの前記足場への共有結合を許容する条件下で前記ポリペプチドと前記足場とを接触させる工程とを含み、好ましくは、接触は溶液中、より好ましくは水溶液中で実行されることを特徴とする、請求項３９〜５２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体の作製方法。
【請求項５４】
請求項３９〜５２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体を含むワクチン組成物。
【請求項５５】
前記ペプチド模倣体が担体、好ましくはキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）にカップリングされることを特徴とする請求項５４記載のワクチン組成物。
【請求項５６】
請求項３９〜５２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体に特異的に反応する抗体。
【請求項５７】
請求項３９〜５２のいずれか１項に記載のペプチド模倣体、または請求項５６記載の抗体の、好ましくは抗癌治療における、または避妊用の、治療用分子としての使用。
【図１Ａ】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図１Ｂ】
【図１Ｃ】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【公表番号】特表２００８−５２９４８２（Ｐ２００８−５２９４８２Ａ）
【公表日】平成２０年８月７日（２００８．８．７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５５２０７６（Ｐ２００７−５５２０７６）
【出願日】平成１８年１月２４日（２００６．１．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＮＬ２００６／００００３６
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０７８１６１
【国際公開日】平成１８年７月２７日（２００６．７．２７）
【出願人】（５０３１３６１７４）ペプスキャン システムズ ベー．フェー． (4)
【氏名又は名称原語表記】ＰＥＰＳＣＡＮ ＳＹＳＴＥＭＳ Ｂ．Ｖ．
【住所又は居所原語表記】Ｅｄｅｌｈｅｒｔｗｅｇ １５，Ｌｅｌｙｓｔａｄ，ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年８月７日（２００８．８．７）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年１月２４日（２００６．１．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＮＬ２００６／００００３６
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０７８１６１
【国際公開日】平成１８年７月２７日（２００６．７．２７）
【出願人】（５０３１３６１７４）ペプスキャン システムズ ベー．フェー． (4)
【氏名又は名称原語表記】ＰＥＰＳＣＡＮ ＳＹＳＴＥＭＳ Ｂ．Ｖ．
【住所又は居所原語表記】Ｅｄｅｌｈｅｒｔｗｅｇ １５，Ｌｅｌｙｓｔａｄ，ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ
【Ｆターム（参考）】
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