本発明により、内因性老化に伴う皮膚の変化または紫外線による老化のような外因性老化によって引き起こされる皮膚の損傷を含む、老化に関係がある皮膚の症状の早期予測のための方法が提供される。本発明によってはまた、そのような障害および症状を発症する傾向の早期決定のためのキットも提供される。本発明の方法は、ＩＬ−１ハプロタイプまたはパターン、特に、ＩＬ−ＩＲＮ（＋２０１８）およびＥＬ−ＩＢ（−５１１）遺伝子座についての１種類以上の対立遺伝子の存在を決定することからなる。ＩＬ−ＩＲＮ（＋２０１８）およびＥＬ−ＩＢ（−５１１）遺伝子座の対立遺伝子２の存在は、早発型の老化に関係がある皮膚の症状についてのリスクが低いことを示す。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連する出願）
本願は、２００７年１１月８日に出願された米国特許出願第６０／９８６，３３１号の利益を主張する。米国特許出願第６０／９８６，３３１号は、その全体が参考により本明細書中に援用される。
【０００２】
（発明の分野）
本出願は、ＩＬ−１遺伝子クラスターの多型に基づく予想方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
ＩＬ−１遺伝子クラスターの遺伝的特徴
ＩＬ−１遺伝子クラスターは２番染色体の長腕上（２ｑ１３）にあり、４３０Ｋｂの領域内に少なくともＩＬ−１α（ＩＬ−１Ａ）、ＩＬ−１β（ＩＬ−１Ｂ）、およびＩＬ−１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ＲＮ）の遺伝子を含む（非特許文献１）。アゴニスト分子であるＩＬ−１αとＩＬ−１βは、多くの炎症カスケードを開始させる強力なプロ炎症活性を持つ。それらの作用は、多くの場合は他のサイトカイン（例えば、ＩＬ−６およびＩＬ−８）の誘導を介して、損傷を受けた組織への白血球の活性化および動員、血管作用薬の局所的な生産、脳および肝臓での急性期応答における発熱反応を導く。３種類のＩＬ−１分子は全て、異なる親和性でＩ型およびＩＩ型のＩＬ−１受容体に結合するが、Ｉ型受容体だけがシグナルを細胞の内部に伝達する。対照的に、ＩＩ型受容体は細胞膜から脱落し、デコイ受容体として作用する。したがって、受容体アンタゴニストとＩＩ型受容体はいずれも、それらの作用に関しては抗炎症性である。
【０００４】
ＩＬ−１遺伝子クラスターに由来する特定の対立遺伝子は、特定の疾患状態に関係していることがすでに知られている。例えば、ＩＬ−１ＲＮ対立遺伝子２は、冠動脈疾患（ＰＣＴ／ＵＳ／９８／０４７２５および米国特許出願番号０８／８１３，４５６）、骨粗鬆症（特許文献１）、糖尿病の腎症（非特許文献２）、円形脱毛症（非特許文献３；非特許文献４）、グレーヴス病（非特許文献５）、全身性エリテマトーデス（非特許文献６）、硬化性苔癬（非特許文献７）、および潰瘍性大腸炎（非特許文献８）と関係があることが示されている。
【０００５】
加えて、マーカーである−８８９由来のＩＬ−１Ａ対立遺伝子２と、マーカーである＋３９５４由来のＩＬ−１Ｂ（ＴａｑＩ）対立遺伝子２は、歯周病と関係があることが明らかにされている（特許文献２；非特許文献９；非特許文献１０；非特許文献１１；非特許文献１２）。マーカーである−８８９由来のＩＬ−１Ａ対立遺伝子２は、若年性慢性関節炎（特に、慢性虹彩毛様体炎）と関係があることも明らかにされている（非特許文献１３）。ＩＬ−１Ｂのマーカーである＋３９５４由来のＩＬ−１Ｂ（ＴａｑＩ）対立遺伝子２はまた、ＤＲ３／４患者において乾癬とインシュリン依存性糖尿病と関係があることが明らかにされている（非特許文献１４；非特許文献１５）。さらに、ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）の対立遺伝子１は、糖尿病性網膜症と関係があることが明らかにされている（米国特許出願番号０９／０３７，４７２およびＰＣＴ／ＧＢ９７／０２７９０を参照のこと）。さらに、ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）の対立遺伝子２は、北米およびヨーロッパの白人において潰瘍性大腸炎と関係があることが明らかにされている（非特許文献８）。この関係が民族的に関係があるアシュケナージ系ユダヤ人の集団において特に強いことは興味深い（特許文献３）。
【０００６】
遺伝子型スクリーニング
遺伝子性疾患のスクリーニングのための従来の方法は、異常な遺伝子産物（例えば、鎌状赤血球貧血）または異常な表現型（例えば、知能発育不全）のいずれかの同定に依存する。これらの方法は、遅発性の表現型、および例えば、早期老化の素因のような容易に同定することができない表現型を持つ遺伝性疾患については有用性が限られている。簡単で安価な遺伝子スクリーニング方法の開発により、現在は、疾患が多遺伝子起源である場合でも、疾患を発症する傾向を示す多型を同定することが可能である。分子生物学的方法によってスクリーニングすることができる疾患の数は、多因子疾患の遺伝学的根拠についての理解が深まるに伴い増え続けている。
【０００７】
遺伝子スクリーニング（遺伝子型決定または分子スクリーニングとも呼ばれる）は、患者が、疾患状態を引き起こすかもしくは変化させるか、あるいは疾患状態を引き起こすかもしくは変化させる変異と「連鎖する」かのいずれかである変異（または対立遺伝子もしくは多型）を有しているかどうかを決定するための試験として広く定義することができる。連鎖は、ゲノムの中で互いに近い位置にあるＤＮＡ配列が一緒に遺伝される傾向を有している現象をいう。２つの配列は、共遺伝についてのいくつかの選択的利点の理由から、連鎖し得る。しかし、より一般的には、２つの多型配列は、２つの多型の間の領域内に減数分裂性組み換え事象が起こる頻度が比較的低いという理由から共遺伝する。共遺伝した多型対立遺伝子は、任意のヒト集団においては、これらは、集団の任意の特定のメンバーにおいて、両方が一緒に存在するか、または全く一緒には存在しないかのいずれかの傾向があるので、互いに連鎖不均衡といわれる。実際、任意の染色体領域の中に複数の多型が互いに連鎖不均衡の状態で見られる場合には、これらは、擬似安定である遺伝的「ハプロタイプ」を定義する。対照的に、２種類の多型遺伝子座の間で起こる組み換え事象は、これらを異なる相同染色体上に分ける。２種類の物理学的に連鎖している多型の減数分裂性組み換えが十分に頻繁に起これば、２種類の多型は別々に分かれて現れ得、連鎖均衡と言われる。
【０００８】
２種類のマーカーの間での減数分裂性組み換えの頻度は、一般的には、染色体上でのそれらの間の物理的な距離に比例する一方で、「ホットスポット」の発生、ならびに染色体組み換えが抑制された領域が、２種類のマーカーの物理的距離と組み換え距離との間に矛盾を生じ得る。したがって、特定の染色体領域では、広い染色体ドメインにまたがる複数の多型遺伝子座が、互いに連鎖不均衡の状態で存在し得、それによって広範囲にわたる遺伝的ハプロタイプが定義される。さらに、疾患を引き起こす突然変異がこのハプロタイプの中またはこのハプロタイプとの連鎖の中に見られる場合は、このハプロタイプの１種類以上の多型対立遺伝子を、疾患を発症する可能性についての診断指標または予想指標として使用することができる。他の良性の多型と疾患を引き起こす多型との間でのこの関係は、疾患変異が最近起こり、結果として、組み換え事象の全てが行われて平衡状態になるまでの十分な時間が過ぎていない場合に生じる。したがって、疾患を引き起こす突然変異による変化に及ぶかまたは疾患を引き起こす突然変異による変化に連鎖するヒトのハプロタイプの同定は、個体についてのその疾患を引き起こす突然変異が遺伝している可能性の予測測定となる。そのような予想または診断手順は、実際の疾患を引き起こす病変を同定および単離する必要なく利用できる点が重要である。これは、疾患のプロセスに関係している分子の異常の正確な決定が、特に炎症性疾患のような多因子疾患の場合に、難しく、面倒であり得るので、重要である。
【０００９】
実際、障害とＩＬ−１多型との間での統計学的相関関係は、この多型が直接障害を引き起こすことを必ずしも示してはいない。むしろ、関係がある多型は、最近のヒトの進化において起こり、結果として、介在する染色体セグメントの中での組み換え事象全てが行われて平衡状態になるまでの十分な時間が経過していない、疾患を引き起こす突然変異と連鎖している（すなわち、連鎖不均衡の状態にある）良性の対立遺伝子変異体であり得る。したがって、特定の疾患についての診断および予想アッセイの目的については、その疾患と関係がある多型対立遺伝子の検出を、その多型がその疾患の病因に直接関係しているかどうかを考慮することなく利用することができる。さらに、任意の良性の多型遺伝子座が、明らかな疾患を引き起こす多型遺伝子座と連鎖不均衡の状態にある場合は、良性の多型遺伝子座と連鎖不均衡の状態にあるなお他の多型遺伝子座もまた、この疾患を引き起こす多型遺伝子座と連鎖不均衡の状態にある可能性がある。したがって、これらの他の多型遺伝子座もまた、疾患を引き起こす多型遺伝子座が遺伝している可能性の予測または診断であろう。実際、広範囲に及ぶヒトハプロタイプ（連鎖している多型マーカーのセットの対立遺伝子の共遺伝の典型的なパターンを表している）は、一旦、特定の疾患または症状と対応するヒトハプロタイプとの間で関係が示されると、診断目的のための標的とすることができる。したがって、特定の疾患状態を発症する個体の可能性の決定は、１種類以上の疾患と関係がある多型対立遺伝子（またはさらには、１種類以上の疾患が関係しているハプロタイプ）を特性決定することによって、必ずしも原因である遺伝子のバリエーションを決定または特性決定することなく行うことができる。
【００１０】
皮膚機能および恒常性におけるＩＬ−１
ＩＬ−１遺伝子クラスターのタンパク質産物（２種類のアゴニストであるＩＬ−１α、ＩＬ−１β、そして受容体アンタゴニストであるＩＬ−１ＲＮの両方）は、哺乳動物の皮膚において炎症の状態と応答の制御において極めて重要な役割を担っている（Ｋｕｐｐｅｒ ａｎｄ Ｇｒｏｖｅｓ，１９９５）。それらの調節もまた、皮膚の創傷治癒のプロセスにおいて直接明らかにされている（Ｂｒｙａｎら、２００５）。培養したヒトの皮膚の角質細胞を利用したインビトロでの実験により、ＵＶ線の照射が３種類の主要なＩＬ−１遺伝子クラスター産物の全ての発現を調節することが明らかにされており、これは、老化した皮膚の出現の重要な因子に応答するそれらの役割を示している（Ｇａｒｍｙｎら、１９９２：Ｌｕｏら、２００４）。他の実験では、皮膚の透過性バリアが老化に伴って変化すること、およびＩＬ−１遺伝子産物がこのバリア機能の異常を決定付ける役割を担うことが示された（Ｙｅら、２００２）。したがって、老化に伴って起こるサイトカインのＩＬ−１ファミリーの選択的変化は、このバリア特性が摂動に反応する方法に影響を及ぼし、したがって、ＩＬ−１シグナル伝達の欠損が老化した皮膚の皮膚透過性バリアの異常に寄与し得る。スジおよびシワの出現にほぼ直接影響を及ぼすのは、皮膚の結合組織（主にコラーゲン）の完全性である。これらの結合組織タンパク質の合成と分解は、主に、固有の皮膚線維芽細胞によって調節される。外因性のＩＬ−１αまたはＩＬ−１βのいずれかに対するインビトロでのこれらの細胞の暴露により、Ｉ型コラーゲンとＩＩＩ型コラーゲンのそれらによる合成が増加することが示されている（Ｇｏｌｄｒｉｎｇ ａｎｄ Ｋｒａｎｅ １９８７）。
【００１１】
皮膚のシワにおけるコラーゲン／ＭＭＰの役割
コラーゲンの合成と分解の統合的な調節（マトリックスメタロプロテイナーゼ、すなわちＭＭＰによって制御される）は、しわの発生と重篤度を決定するこの皮膚の結合組織層の健康状態と堅さを決定する。証拠は、皮膚のコラーゲンの完全性の崩壊が太陽光（ＵＶ線）への暴露により加速される自然な老化プロセス（紫外線による老化）の一部であることを示唆している。自然な皮膚の老化に関係がある要因は、紫外線による老化の要因とは若干異なり得る。複数の実験により、自然な老化のプロセスはコラーゲンの合成が減少し、ＭＭＰの発現が増大するが、紫外線による老化では、コラーゲンの合成の増加が生じ、ＭＭＰのさらなる増加も生じることが示されている（Ｃｈｕｎｇら、２００１）。ＭＭＰ−１とＭＭＰ−２（コラーゲンを分解する）のレベルは、自然に老化した（ごく普通に太陽光から保護した）皮膚の中よりも、紫外線によって老化した皮膚の真皮の中で高かった。マウスモデルシステムを使用して、研究者達によって、特異的なＭＭＰ阻害剤（ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−９）の局所塗布により、ＵＶＢに誘導される基底膜の破壊とシワの形成を防ぐことができることが示されている（Ｉｎｏｍａｔａら、２００３）。このように、皮膚のシワの形成におけるこれらのＭＭＰの役割は十分に確立されている。
【００１２】
ＩＬ−１は皮膚においてＭＭＰの発現／生産の増大を誘導する
多数の研究により、皮膚において、ＩＬ−１とＭＭＰの生産および活性の刺激との間での関係が明らかにされている。Ｍａｕｖｉｅｌら（１９９３）によっては、サイトカインであるＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、リンホトキシン（ＬＴ）、ＰＤＧＦ、およびｂＦＧＦは全て、線維芽細胞をコラーゲンを生産するように刺激するが、ＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、およびＬＴだけが９２ｋＤａのゼラチナーゼを刺激できることが明らかにされた。コラゲナーゼ（ＭＭＰ−１）とゼラチナーゼ（ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−９）はいずれも、皮膚の結合組織の完全性についての重要な調節因子であることが公知である。インビトロでの他者による皮膚線維芽細胞の実験によって、ＩＬ−１βがＭＭＰ−１タンパク質のレベルを刺激することが確認されたが、内因性のＭＭＰ阻害剤であるＴＩＭＰ−１のそれに対応する刺激はないことが示された（Ｄａｓｕら、２００３）。このように、ＩＬ−１は、コラーゲンの分解状態を促進する方向へ皮膚をシフトさせる能力を有する。複数の実験によって、ＩＬ−１αとＩＬ−１βがいずれもＭＭＰ−１の強力な刺激因子であること（Ｒｕｔｔｅｒら、１９９７）、そしてＩＬ−１αがヒトの皮膚においてＭＭＰ−９の活性化を誘導できることが示されている（Ｈａｎら、２００５）。ＩＬ−１とＭＭＰの両方の統合性の役割が、単回または繰り返しの１最小紅斑量（ＭＥＤ）のＵＶ線量に曝されたヒトの皮膚において明らかにされている（Ｓｅｉｔｅら、２００４）。これらの研究者らによっては、単回の照射または繰り返しの照射のいずれの後にも、ＭＭＰ−２の発現の３倍の誘導が見られ（持続反応）、そして単回の１ＭＥＤの照射後の、ＩＬ−１αとＩＬ−１βの両方の有意な増大も明らかにされている。
【００１３】
関連分野についての上記の記載を含む本明細書全体を通じて、本明細書中に記載される任意のおよび全ての公に入手することができる文献（任意のおよび全ての米国特許を含む）は、それらの全体が引用により本明細書中に具体的に組み入れられる。関連分野についての上記記述は、係属中の米国特許出願を含む本明細書中に記載される文献の全てが本発明の先行技術であることの了解とは決して意図されない。さらに、記載される生成物、方法、および／または装置に付随する任意の欠点についての本明細書中での記述は、本発明を限定するようには意図されない。実際、本発明の複数の態様に、それらの記載される欠点がない、記載される生成物、方法、および／または装置の特定の特徴が含まれ得る。
【００１４】
セクションの見出しは、構成の目的だけのために本明細書中で使用され、記載される対象事項を限定するとは決して解釈されない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１５】
【特許文献１】米国特許第５，６９８，３９９号明細書
【特許文献２】米国特許第５，６８６，２４６号明細書
【特許文献３】国際公開第９７／２５４４５号
【非特許文献】
【００１６】
【非特許文献１】Ｎｉｃｋｌｉｎら（１９９４）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，１９：３８２−４
【非特許文献２】Ｂｌａｋｅｍｏｒｅら（１９９６）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９７（３）：３６９−７４
【非特許文献３】Ｃｏｒｋら（１９９５）Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１０４（補遣５）：１５Ｓ−１６Ｓ
【非特許文献４】Ｃｏｒｋら（１９９６）Ｄｅｒｍａｔｏｌ Ｃｌｉｎ １４：６７１−８
【非特許文献５】Ｂｌａｋｅｍｏｒｅら（１９９５）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．８０（１）：１１１−５
【非特許文献６】Ｂｌａｋｅｍｏｒｅら（１９９４）Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．３７：１３８０−８５
【非特許文献７】Ｃｌａｙら（１９９４）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９４：４０７−１０
【非特許文献８】Ｍａｎｓｆｉｅｌｄら（１９９４）Ｇａｓｔｏｅｎｔｅｒｏｌ．１０６（３）：６３７−４２
【非特許文献９】Ｋｏｍｍａｎ ａｎｄ ｄｉＧｉｏｖｉｎｅ（１９９８）Ａｎｎ Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔ ３：３２７−３８
【非特許文献１０】Ｈａｒｔ ａｎｄ Ｋｏｒｎｍａｎ（１９９７）Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ ２０００ １４：２０２−１５
【非特許文献１１】Ｎｅｗｍａｎ（１９９７）Ｃｏｍｐｅｎｄ Ｃｏｎｔｉｎ Ｅｄｕｃ Ｄｅｎｔ １８：８８１−４
【非特許文献１２】Ｋｏｒｎｎａｎら（１９９７）Ｊ．Ｃｌｉｎ Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ ２４：７２−７７
【非特許文献１３】ＭｃＤｏｗｅｌｌら（１９９５）Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．３８：２２１−２８
【非特許文献１４】ｄｉ Ｇｉｏｖｉｎｅら（１９９５）Ｃｙｔｏｋｉｎｅ ７：６０６
【非特許文献１５】Ｐｏｃｉｏｔら（１９９２）Ｅｕｒ Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．２２：３９６−４０２
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１７】
一般的には、本発明は、特定のＩＬ−１遺伝子型が老化に対する遺伝的影響の指標であるという観察に関する。特定の態様では、本出願は、老化に関係がある皮膚の症状（ＡＲＤＤ）の早期発症または進行に対する被験体のかかりやすさを決定するための方法に関する。１つの態様では、本発明の方法には、被験体から核酸試料を得る工程、ならびに少なくとも１つのＡＲＤＤ関連対立遺伝子の存在および／もしくはＩＬ−１ハプロタイプの少なくとも１つのＡＲＤＤ関連対立遺伝子の存在、または対立遺伝子パターンについて試験する工程が含まれる。特定の実施形態では、本発明の老化に関係がある皮膚の症状には、内因性老化に伴う皮膚の変化、または紫外線による老化のような外因性の老化によって引き起こされる皮膚の損傷を含む皮膚疾患が含まれる。
【００１８】
一般的には、皮膚疾患についての高いリスクを予測する方法は、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２からなる群より選択される対立遺伝子の少なくとも１コピーの存在を検出することからなる。これらの対立遺伝子を１つ以上有していることは、炎症による皮膚疾患（例えば、太陽光への暴露に対する有害な反応）についての低いリスクを示す。対立遺伝子の検出は、ＩＬ−１領域由来のＤＮＡを分析することによって直接、またはＲＮＡもしくはＤＮＡのタンパク質産物を分析することによって間接的に行われ得る。
【００１９】
別の実施形態では、本発明は以下のように記載することができる：患者から核酸を単離すること、ＩＬ−１遺伝子クラスター中に１種類以上の対立遺伝子が存在することを同定すること、および対照試料に対してこの１種類以上の対立遺伝子を比較すること。対照試料には、皮膚疾患と関係があることが公知であるＩＬ−１遺伝子クラスターに由来する少なくとも１つの対立遺伝子が含まれる。好ましい実施形態では、対照試料には、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２とＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２とが含まれる。対照試料に対する被験体から同定された対立遺伝子の類似性は、皮膚疾患に対する被験体の素因を示す。
【００２０】
本発明の別の実施形態は、皮膚疾患の予測となる対立遺伝子の検出のためのキットである。このキットには、通常は、ＩＬ−１遺伝子ファミリーの中のＤＮＡ配列に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチド；および対照試料が含まれる。対照試料は、上記のような、皮膚疾患と関係があることが公知の対立遺伝子である。キットにはまた、ＤＮＡのサンプリング手段、ＤＮＡの精製手段、およびＰＣＲ試薬も含まれ得る。さらに、オリゴヌクレオチドには検出標識が含まれ得る。さらに、キットには、皮膚疾患の処置のための医薬品または化粧品が含まれ得る。
【００２１】
さらなる態様においては、本発明によって、早発型の老化に関係がある皮膚の症状を防ぐかまたは軽減する可能性がある試験物質を同定するための、試験物質のスクリーニング方法が提供される。本発明の方法には、少なくとも１種類のＡＲＤＤ関連対立遺伝子または対立遺伝子パターンを含むＤＮＡを含む細胞を試験物質と接触させる工程；および上記被験体の中で少なくとも１種類の生体マーカーを観察する工程が含まれる。ここでは、ＡＲＤＤと関係がある表現型からＡＲＤＤには関係がない表現型への生体マーカーの変化によって、早発型の老化に関係がある皮膚の疾患および症状を防ぐかまたは軽減する可能性がある試験物質が同定される。
【００２２】
さらなる態様では、本発明によって、被験体において早発型の老化に関係がある皮膚の症状を防ぐかまたは軽減する可能性がある遺伝子を同定するための、遺伝子のスクリーニング方法が提供される。上記方法には、少なくともＡＲＤＤ関連対立遺伝子または対立遺伝子パターンを含むＤＮＡを含む細胞を、上記細胞の１つ以上への試験遺伝子の進入を生じる条件下で、試験遺伝子と接触させる工程；および上記被験体の中で少なくとも１種類の生体マーカーを観察する工程が含まれる。ここでは、ＡＲＤＤと関係がある表現型からＡＲＤＤには関係がない表現型への生体マーカーの変化によって、早発型の老化に関係がある皮膚の疾患および症状を防ぐかまたは軽減する可能性がある試験物質が同定される。
【００２３】
なお別の態様では、本発明によって、早発型の老化に関係がある皮膚の症状を処置する（予防的処置を含む）かまたは軽減する方法が提供される。１つの実施形態では、被験体を、上記方法にしたがって同定された物質または遺伝子と接触させる。
【００２４】
別の態様では、本発明によって、被験体において、老化に関係がある皮膚の症状の病期を決定するための方法が提供される。この方法には、上記方法にしたがって同定された少なくとも１種類の生体マーカーを観察する工程、および生体マーカーが老化に関係がある皮膚科学的表現型を明示する程度を決定する工程が含まれる。生体マーカーが老化に関係がある皮膚科学的表現型を明示する程度が大きければ大きいほど、老化に関係がある皮膚の症状の病期は後ろにある。
【００２５】
本発明の他の実施形態および利点は、以下の記載の一部に示され、本明細書から明らかであるか、または本発明の実施から学ばれる場合もある。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
【図１−１】図１は、ＩＬ−１Ａの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ０３８３３；配列番号１）。
【図１−２】図１は、ＩＬ−１Ａの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ０３８３３；配列番号１）。
【図１−３】図１は、ＩＬ−１Ａの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ０３８３３；配列番号１）。
【図１−４】図１は、ＩＬ−１Ａの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ０３８３３；配列番号１）。
【図２−１】図２は、ＩＬ−１Ｂの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ０４５００；配列番号２）。
【図２−２】図２は、ＩＬ−１Ｂの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ０４５００；配列番号２）。
【図２−３】図２は、ＩＬ−１Ｂの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ０４５００；配列番号２）。
【図３−１】図３は、分泌型のＩＬ−１ＲＮの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ６４５３２；配列番号３）。
【図３−２】図３は、分泌型のＩＬ−１ＲＮの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ６４５３２；配列番号３）。
【図３−３】図３は、分泌型のＩＬ−１ＲＮの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ６４５３２；配列番号３）。
【図３−４】図３は、分泌型のＩＬ−１ＲＮの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ６４５３２；配列番号３）。
【図４】図４は、細胞内のＩＬ−１ＲＮの核酸配列を示す（ＧＥＮ Ｘ７７０９０；配列番号４）。
【発明を実施するための形態】
【００２７】
インターロイキン−１と皮膚科学的老化
本発明は、一部、個体のＩＬ−１遺伝型がその個体の皮膚科学的老化の遺伝的および細胞性の局面に影響を与えることの発見に基づく。例えば、ＩＬ−１対立遺伝子は老化に関係がある皮膚の症状と関係がある。老化に関係がある皮膚の症状には、内因性老化に伴う皮膚の変化または紫外線による老化のような外因性老化によって引き起こされる皮膚の損傷を含む皮膚疾患が含まれる。
【００２８】
特定の態様では、本発明の方法は、個体について老化に関係がある皮膚疾患を発症する可能性を予測するために使用され得る。特定の実施形態では、本発明は、特定のＩＬ−１遺伝子型を有している被験体の集団については、平均して、皮膚疾患を発症する傾向がより大きく認められるであろうこと、そして、特定の場合には、皮膚疾患のより迅速な進行が認められるであろうことの観察に関する。他の態様では、被験体のＩＬ−１遺伝子型は、予防的治療または積極的治療、あるいは初期治療の候補であろう被験体を同定するために使用され得る。
【００２９】
特定の実施形態では、皮膚疾患には、内因性老化に伴う皮膚の変化または紫外線による老化のような外因性老化によって引き起こされる皮膚の損傷が含まれる。好ましい実施形態では、皮膚疾患には以下が含まれる：角質化の妨害、構造的完全性、または炎症を伴う皮膚疾患；シワ；乾燥肌；魚鱗癬；掌蹠角化症（；フケ；ダリエー病；慢性単純性苔癬；角化症；ニキビ；乾癬；湿疹；掻痒；毛孔性角化症（毛孔性紅色角化症（赤色の炎症をおこした隆起）、アルバ（刺激を伴わないザラザラした凸凹のある皮膚）、ｒｕｂｒａ ｆａｃｅｉｉ（頬の赤みがかった発疹）を含む）；扁平苔癬；日光性角化症（日光角化症またはＡＫとも呼ばれる）；脂漏性角化症；ならびに皮膚ガン（基底細胞ガンおよび扁平上皮ガンを含む）。
【００３０】
特定の実施形態では、皮膚疾患には、以下を含む化粧品による症状または皮膚科学的症状が含まれる：乱れた角質化、皮膚の構成成分の合成欠損、および皮膚、爪、および毛髪の老化に伴う変化；ならびに、皮膚、爪、および毛髪の乾燥または完全性の喪失を含むそのような適応症；乾燥症；魚鱗癬；掌蹠角化症；皮膚、爪、および毛髪の均一ではない凸凹の表面；フケ；ダリエー病；慢性単純性苔癬；角化症；ニキビ；鬚毛部仮性毛包炎；湿疹；乾癬；頭皮および皮膚の痒み；掻痒；疣贅；ヘルペス；皮膚の染み；色素斑；胆斑；皮膚の傷；過角化症；色素沈着過剰皮膚；コラーゲン、グリコサミノグリカン、プロテオグリカン、およびエラスチンの合成の異常または減少、ならびに真皮の中でのそのような成分のレベルの低下；妊娠線；皮膚のシワ；小ジワ；シワ；皮膚、爪甲、および毛髪の菲薄化；紫外線による老化の弾性線維症、皮膚、爪、および毛髪の弾力性、弾性、および反発性の喪失または低下が原因である皮膚肥厚；皮膚、爪、および毛髪の滑らかさおよび艶が足りないこと；くすんで、歳をとったように見える皮膚、爪、および毛髪；爪および毛髪のもろさおよび割れ；あるいはそれらの組み合わせ。
【００３１】
定義
便宜上、明細書、実施例、および添付の特許請求の範囲において使用される特定の用語がここにまとめられる。他の場所で明白に定義されない限りは、本明細書中で使用される全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されている意味と同じ意味を有する。
【００３２】
冠詞「ａ」と「ａｎ」は、その冠詞の文法上の対象の１つまたは２つ以上（すなわち、少なくとも１つ）をいうように本明細書中で使用される。例えば、「エレメント」は、１つのエレメントまたは２つ以上のエレメントを意味する。
【００３３】
用語「異常な活性」は、ＩＬ−１のようなポリペプチドの活性に対して適用される場合は、野生型すなわち天然のポリペプチドの活性とは異なるか、または健常な被験体の中でのそのポリペプチドの活性とは異なる活性をいう。ポリペプチドの活性は、それがその天然の対応物の活性よりも強いことが原因で、異常であり得る。あるいは、活性は、その天然の対応物の活性と比較して弱いか、または活性がないとの理由から異常であり得る。異常な活性はまた、活性の変化でもあり得る。例えば、異常なポリペプチドは異なる標的ペプチドと相互作用し得る。細胞は、ＩＬ−１遺伝子座のポリペプチドをコードするＩＬ−１遺伝子座の遺伝子の過剰発現または低発現が原因で、異常なＩＬ−１活性を有し得る。
【００３４】
「老化に関係がある皮膚疾患と関係がある表現型」すなわち「ＡＲＤＤと関係がある表現型」は、老化に関係がある皮膚疾患と関係があるか、または老化に関係がある皮膚疾患の高い可能性と関係がある、被験体あるいは細胞の表現型である。ＡＲＤＤと関係がある表現型はまた、ＡＲＤＤと関係がある対立遺伝子を持つ被験体または細胞の中で見られる任意の表現型でもあり、ここでは、そのような表現型は、ＡＲＤＤと関係がある対立遺伝子を持たない被験体または細胞の中で見られる表現型とは異なる。そのような表現型には、原則として、１つの生体マーカーの任意の特徴が含まれる。ＡＲＤＤと関係がある表現型は、ＡＲＤＤに直接は関係していない場合があるが、それでもなお、ＡＲＤＤの指標となり得る。「ＡＲＤＤとは関係ない表現型」は、老化に関係がある皮膚疾患とは関係がないか、または老化に関係がある皮膚疾患を発症する高い可能性とは関係がない表現型である。
【００３５】
「ＡＲＤＤ治療薬」は、早発型の老化に関係がある皮膚の症状の発症を防ぐもしくは遅らせる、またはそのような症状の症候を緩和する任意の薬剤をいう。ＡＲＤＤ治療薬は、ポリペプチド、ペプチド模倣物、核酸、他の無機もしくは有機分子、または栄養補助食品であり得、「低分子」であることが好ましい。ＡＲＤＤ治療薬は、少なくとも１つのＡＲＤＤと関係がある表現型を調節できることが好ましい。例えば、ＡＲＤＤ治療薬は、ＩＬ−１ポリペプチドの活性（例えば、ＩＬ−１受容体との相互作用）を、自然界に存在しているＩＬ−１ポリペプチドの作用を模倣するか、または強化する（アゴナイズする）か、または阻害する（アンタゴナイズする）ことによって調節することができる。ＩＬ−１アゴニストは、野生型ＩＬ−１タンパク質、または野生型ＩＬ−１の少なくとも１つの生体活性（例えば、受容体結合活性）を有しているその誘導体であり得る。ＩＬ−１アゴニストはまた、ＩＬ−１遺伝子の発現をアップレギュレートさせるか、またはＩＬ−１タンパク質の少なくとも１つの生体活性を増大させる化合物でもあり得る。アゴニストはまた、ＩＬ−１ポリペプチドの別の分子（例えば、インターロイキン受容体）との相互作用を増大させる化合物でもあり得る。ＩＬ−１アンタゴニストは、ＩＬ−１タンパク質と別の分子（例えば、ＩＬ−１受容体のような受容体）との間での相互作用を阻害するかまたは減少させる化合物であり得る。したがって、好ましいアンタゴニストは、ＩＬ−１受容体に対する結合を阻害するかまたは減少させ、それによって続いて起こるＩＬ−１受容体の活性化をブロックする化合物である。アンタゴニストはまた、ＩＬ−１遺伝子座の遺伝子の発現をダウンレギュレートさせるか、または存在するＩＬ−１タンパク質の量を減少させる化合物でもあり得る。ＩＬ−１アンタゴニストは、ＩＬ−１ポリペプチドの優性阻害形態（例えば、標的ペプチド（例えば、ＩＬ−１受容体）と相互作用することができるが、ＩＬ−１受容体の活性化を促進することはできないＩＬ−１ポリペプチドの形態）であり得る。ＩＬ−１アンタゴニストはまた、ＩＬ−１ポリペプチドの優性阻害形態をコードする核酸、ＩＬ−１アンチセンス核酸、またはＩＬ−１ ＲＮＡと特異的に相互作用することができるリボザイムでもあり得る。なお他のＩＬ−１アンタゴニストは、ＩＬ−１ポリペプチドに結合し、その作用を阻害する分子である。そのような分子には、ペプチド（例えば、生物学的活性を持たない、ＩＬ−１受容体に対するＩＬ−１の結合を阻害するＩＬ−１標的ペプチドの形態が含まれる。したがって、そのようなペプチドはＩＬ−１の活性部位に結合し、標的ペプチド（例えば、ＩＬ−１受容体）とのその相互作用を妨げるであろう。なお他のＩＬ−１アンタゴニストには、結合によってＩＬ−１遺伝子座のポリペプチドの生物学的機能が妨害されるようにＩＬ−１分子のエピトープと特異的に相互作用する抗体が含まれる。なお別の好ましい実施形態では、ＩＬ−１アンタゴニストは低分子、例えば、ＩＬ−１ポリペプチドと標的ＩＬ−１受容体との間での相互作用を阻害することができる分子である。あるいは、低分子は、ＩＬ−１受容体結合部位以外の部位と相互作用することによってアンタゴニストとして機能することができる。アンタゴニストは任意のクラスの分子であり得、これには、核酸、タンパク質、炭水化物、脂質、それらの組み合わせが含まれるが、治療目的のためには低分子が好ましい。
【００３６】
用語「対立遺伝子」は、様々な多型領域で見られる様々な配列変異体をいう。例えば、ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）は、少なくとも５種類の対立遺伝子を持つ。配列変異体は、挿入、欠失、または置換を含む（これらに限定されない）１塩基変化または多塩基変化であり得、あるいは、配列の繰り返し回数が異なる場合もある。
【００３７】
用語「対立遺伝子パターン」は、１つ以上の多型領域での１つまたは複数の対立遺伝子の実体をいう。例えば、対立遺伝子パターンは、ＩＬ−１ＲＮ遺伝子の遺伝子座のＶＮＴＲに少なくとも１コピーのＩＬ−１ＲＮ対立遺伝子１を持つ対立遺伝子パターンであるＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）対立遺伝子１のように、１つの多型部位が１つの対立遺伝子からなる場合がある。あるいは、対立遺伝子パターンは、１つの多型部位が、ホモ接合型またはヘテロ接合型のいずれかの状態からなり得る。例えば、ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）対立遺伝子２，２は、ＩＬ−１ＲＮのＶＮＴＲマーカーに２コピーの第２の対立遺伝子が存在しており、ホモ接合型ＩＬ−ＲＮ（ＶＮＴＲ）対立遺伝子２の状態に相当する、対立遺伝子パターンである。あるいは、対立遺伝子パターンは、２つ以上の多型部位にある対立遺伝子の実体からなり得る。
【００３８】
用語「抗体」は、本明細書中で使用される場合は、ＩＬ−１Ｂポリペプチドと特異的に反応する抗体全体またはその結合断片を含む、結合因子をいうように意図される。抗体は従来技術を使用して断片化させることができ、断片は、抗体全体について上記に記載された方法と同じ方法で、有用性についてスクリーニングすることができる。例えば、Ｆ（ａｂ）_２断片は、抗体をペプシンで処理することによって作製することができる。得られるＦ（ａｂ）_２断片をジスルフィド結合を還元するように処理すると、Ｆａｂ断片を得ることができる。本発明の抗体は、さらに、抗体の少なくとも１つのＣＤＲ領域から付与されたＩＬ−１Ｂポリペプチドに対する親和性を有している、二重特異的分子、単鎖分子、ならびにキメラおよびヒト化分子を含むように意図される。
【００３９】
「生物学的活性」または「生体活性」または「活性」または「生物学的機能」は互換的に使用され、本明細書中での目的については、ＩＬ−１ポリペプチド（その天然の立体構造であるか、もしくは変性させられた立体構造であるかは問わない）によって、またはその任意のサブ配列によって直接あるいは間接的に行われる、エフェクターまたは抗原性の機能をいう。これらの用語はまた、ＩＬ−１タンパク質および遺伝子の特性（例えば、発現レベルおよび翻訳後修飾）を含むように意図される。生物学的活性には、標的ペプチド（例えば、ＩＬ−１受容体）に対する結合が含まれる。ＩＬ−１の生体活性は、ＩＬ−１ポリペプチドに直接影響を与えることによって調節することができる。あるいは、ＩＬ−１の生体活性は、ＩＬ−１ポリペプチドのレベルを調節することによって（例えば、ＩＬ−１遺伝子の発現を調節することによって）調節することができる。
【００４０】
本明細書中で使用される場合は、用語「ＩＬ−１ポリペプチドの生体活性断片」は、全長のＩＬ−１ポリペプチドの断片をいう。ここでは、断片は、野生型ＩＬ−１ポリペプチドの活性を特異的に模倣するかまたはアンタゴナイズする。生体活性断片は、インターロイキン受容体と相互作用することができる断片であることが好ましい。
【００４１】
用語「生体マーカー」は被験体または細胞の表現型をいう。生体マーカーには、広範囲の細胞内および細胞外事象、ならびに生物体全体の生理学的変化が含まれる。生体マーカーはこれらのいずれかであり得、炎症反応には必ずしも関係していない。細胞に関しては、生体マーカーは、原則的には、例えば以下のような細胞機能のいずれかの局面であり得る：シグナル伝達分子、転写因子、中間体代謝物、サイトカイン、プロスタノイド、ステロイドホルモン（例えば、エストロゲン、プロゲステロン、アンドロステンジオン、またはテストステロン）、性腺刺激ホルモン（例えば、ＬＨおよびＦＳＨ）、遺伝子転写物、タンパク質の翻訳後修飾、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）、カテコールアミン（例えば、ドーパミンまたはノルエピネフィリン）、オピオイド、アクチビン、インヒビンの生産レベルあるいは速度、ならびにＩＬ−１の生体活性。生体マーカーには、転写物のレベルについての全ゲノム分析、あるいはタンパク質レベルおよび／または修飾についての全プロテオーム分析が含まれ得る。さらに、生体マーカーはレポーター遺伝子であり得る。例えば、ＩＬ−１プロモーターまたはＡＲＤＤ関連対立遺伝子を含むＩＬ−１プロモーターを、レポーター遺伝子に動作可能であるように連結させることができる。別の方法では、プロモーターは、ＩＬ−１によって調節されるプロモーター（例えば、ＩＬ−８）であり得る。この方法では、レポーター遺伝子の活性はプロモーターの活性を反映する。適切なレポーター遺伝子としては、ＧＵＳ、ＬａｃＺ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）（およびその変異体、例えば、赤色蛍光タンパク質、シアン蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質、および青色蛍光タンパク質）、またはその産物が容易に検出される原則的にあらゆる他の遺伝子が挙げられる。他の好ましい生体マーカーとしては、免疫応答および炎症応答に関与している因子、ならびに、以下に記載されるような、ＩＬ−１の生産とシグナル伝達に関与している因子が挙げられる。被験体の中では、生体マーカーは、例えば、上記のいずれか、ならびに心電図のパラメーター、肺機能、ＩＬ−６活性、尿のパラメーター、または組織のパラメーターであり得る。「ＡＲＤＤと関係がある生体マーカー」は、ＡＲＤＤと関係があることが明らかにされているか、またはＡＲＤＤと関係がある対立遺伝子を含む被験体または細胞の中で優先的に見られる、上記のいずれかである。
【００４２】
「細胞」、「宿主細胞」、または「組み換え宿主細胞」は、本明細書で互換的に使用される用語であり、特定の被験体細胞だけではなく、そのような細胞の子孫または潜在的子孫もいう。なぜなら、特定の修飾が突然変異または環境の影響のいずれかによって継代されて生じる可能性があり、そのような子孫は、実際には、親細胞とは同一ではない場合があるが、本明細書で使用される場合には、それでもなおこの用語の範囲内に含まれる。
【００４３】
「キメラ」、「モザイク」、「キメラ哺乳動物」などは、そのゲノムを含む細胞の少なくともいくつかの中にノックアウトまたはノックイン構築物を持つトランスジェニック哺乳動物をいう。
【００４４】
用語「含む」および「含まれている」は包括的な開かれた意味で使用され、さらなるエレメントが含まれ得ることを意味している。
【００４５】
用語「対照」または「対照試料」は、使用される検出技術に適している任意の試料をいう。対照試料には、使用される対立遺伝子検出技術の産物または試験される材料が含まれ得る。さらに、対照はポジティブ対照またはネガティブ対照であり得る。例えば、対立遺伝子検出技術がＰＣＲ増幅と、その後に行われる大きさによる分画である場合は、対照試料には、適切な大きさのＤＮＡ断片が含まれ得る。同様に、対立遺伝子検出技術に突然変異したタンパク質の検出が含まれる場合は、対照試料には、突然変異体タンパク質の試料が含まれ得る。しかし、対照試料に試験される材料が含まれることが好ましい。例えば、対照は、ゲノムＤＮＡの試料またはＩＬ−１遺伝子クラスターのクローニングされた部分であり得る。しかし、試験される試料がゲノムＤＮＡである場合は、対照試料は高度に精製されたゲノムＤＮＡ試料であることが好ましい。
【００４６】
「臨床兆候」は、疾患の臨床的に認められる兆候、または疾患の臨床的に報告できる症候の発生である。「臨床的に認められる」は、その兆候を医療技術提供者が認識できることを示す。「臨床的に報告できる」は、その症候が医療技術提供者が記載できる現象のタイプであることを示す。臨床兆候には、これらが医療技術提供者にとって患者によって通常は記載できる現象のタイプである限りは、たとえ特定の患者が患者自身はそれを報告できなくても、臨床的に報告することができる症候が含まれ得る。
【００４７】
「皮膚の症状」または「老化に関係がある皮膚の症状」または「皮膚疾患」は、老化または炎症と関係がある任意の皮膚疾患をいう。これには、内因性老化に伴う皮膚の変化または紫外線による老化のような外因性老化によって引き起こされる皮膚の損傷が含まれる。皮膚疾患の例としては以下が挙げられる：乱れた角質化または炎症を伴う皮膚疾患；シワ；乾燥肌；魚鱗癬；掌蹠角化症；フケ；ダリエー病；慢性単純性苔癬；角化症；ニキビ；乾癬；湿疹；掻痒；毛孔性角化症（毛孔性紅色角化症（赤色の炎症をおこした隆起），アルバ（刺激を伴わないザラザラした凸凹のある皮膚）、ｒｕｂｒａ ｆａｃｅｉｉ（頬の赤味がかった発疹）を含む）；扁平苔癬；日光性角化症（日光角化症またはＡＫとも呼ばれる）；脂漏性角化症；日光黒子；ならびに皮膚ガン（基底細胞ガン、扁平上皮ガン、および黒色腫を含む）。
【００４８】
「疾患関連対立遺伝子」または「疾患と関係がある対立遺伝子」は、被験体の中でのその存在が、被験体が特定の疾患を有しているか、または特定の疾患を発症する素因があることを示す対立遺伝子をいう。疾患関連対立遺伝子の１つのタイプは「皮膚疾患関連対立遺伝子」であり、被験体中でのその存在は、その被験体が老化に関係する皮膚疾患にかかりやすいことを示す。
【００４９】
表現「遺伝子の破壊」および「標的化された破壊」または任意の同様の表現は、遺伝子の野生型のコピーと比較して、細胞中でのその遺伝子の発現を妨げるような天然のＤＮＡ配列の部位特異的遮断をいう。遮断は、遺伝子の欠失、挿入、または修飾、あるいはそれらの任意の組み合わせによって引き起こされ得る。
【００５０】
「早発型の老化に関係がある皮膚の症状」または「老化に関係がある皮膚の症状の早期発症または進行」は、老化に関係がある皮膚の症状が、別な方法で特定の個体および特定の症状について予想されているよりも早く起こるかまたは速く進行する状況をいう。予想される発症年齢は、その個体について判っている情報の量に応じて様々であり得る。
【００５１】
用語「老化に関係がある症状の初期進行」または「老化に関係がある皮膚の症状の初期進行」または「ＥＰＡ」は、被験体において老化に関係がある皮膚の症状が進行する速度が、全体としてその集団の中での進行よりも迅速である状況を示すために使用される。早期発症と初期進行は強く重複し、関連する状況であり、状況によって明白に示されない限りは、早期発症に関して記載される実施形態のそれぞれは初期進行にも適用することができる。
【００５２】
用語「ハプロタイプ」は、本明細書中で使用される場合は、統計学的に有意なレベル（ｐ_ｃｏｒｒ＜０．０５）で、１つのグループとして（連鎖不均衡の状態で）一緒に遺伝する対立遺伝子の１つのセットをいうように意図される。本明細書中で使用される場合は、表現「ＩＬ−１ハプロタイプ」は、ＩＬ−１遺伝子座にあるハプロタイプをいう。少なくとも３種類のＩＬ−１プロ炎症性ハプロタイプが公知である。ＩＬ−１（４４１１２３３２）（本明細書中ではパターン２とも呼ばれる）ハプロタイプは、ＩＬ−受容体アンタゴニスト活性の低下と関係があり、一方、ＩＬ−１（３３２２１４６１）（本明細書中ではパターン１とも呼ばれる）ハプロタイプは、ＩＬ−１αおよびβアゴニスト活性の増大と関係がある。ＩＬ−１（４４１１２３３２）ハプロタイプには以下の対立遺伝子が含まれる：ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２；ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）対立遺伝子２；ＩＬ−１Ａ（２２２／２２３）対立遺伝子４；ＩＬ−１Ａ（ｇｚ５／ｇｚ６）対立遺伝子４；ＩＬ−１Ａ（−８８９）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２；ｇａａｔ．ｐ３３３３０対立遺伝子３；Ｙ３１対立遺伝子３；ＩＬ−１ＲＮ ｅｘｏｎ ｌｉｃ（１８１２）対立遺伝子２；ＩＬ−１ＲＮ ｅｘｏｎ ｌｉｃ（１８６８）対立遺伝子２；ＩＬ−１ＲＮ ｅｘｏｎ ｌｉｃ（１８８７）対立遺伝子２；Ｐｉｃ（１７３１）対立遺伝子２；ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋６９１２）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−３１）対立遺伝子２。ＩＬ−１（３３２２１４６１）ハプロタイプには以下の対立遺伝子が含まれる：ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１；ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ａ（２２２／２２３）対立遺伝子３；ＩＬ−１Ａ（ｇｚ５／ｇｚ６）対立遺伝子３；ＩＬ−１Ａ（−８８９）対立遺伝子２；ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子２；ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１；ｇａａｔ．ｐ３３３３０対立遺伝子４；Ｙ３１対立遺伝子６；ＩＬ−１ＲＮ ｅｘｏｎ ｌｉｃ（１８１２）対立遺伝子１；ＩＬ−１ＲＮ ｅｘｏｎ ｌｉｃ（１８６８）対立遺伝子１；ＩＬ−１ＲＮ ｅｘｏｎ ｌｉｃ（１８８７）対立遺伝子１；Ｐｉｃ（１７３１）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子２；ＩＬ−１Ｂ（＋６９１２）対立遺伝子２；ＩＬ−１Ｂ（−３１）対立遺伝子１。第３のハプロタイプ（パターン３）には以下の対立遺伝子が含まれる：ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ａ（−８８９）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子２；ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１；ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）対立遺伝子１。
【００５３】
「ＩＬ−１アゴニスト」は、本明細書中で使用される場合は、ＩＬ−１の生体活性またはＩＬ−１の生物学的経路の中の遺伝子の生体活性を模倣する、アップレギュレートする（強める、または補う）、あるいは別の方法で増大させる物質をいう。ＩＬ−１アゴニストは、任意の多種多様なレベルで作用し得、これには、プロモーター領域でのＩＬ−１遺伝子の発現の調節、ｍＲＮＡスプライシング機構の調節、ｍＲＮＡの安定化、翻訳のためのタンパク質のリン酸化、ｐｒｏＩＬ−１の成熟ＩＬ−１への変換、およびＩＬ−１の分泌が含まれる。ＩＬ−１の合成を増加させるアゴニストとしては以下が挙げられる：リポ多糖類、ＩＬ−１Ｂ、ｃＡＭＰ誘導因子、ＮＦκＫＢ活性化因子、ＡＰ−１活性化因子、ＴＮＦ−α、酸化型ＬＤＬ、終末糖化産物（ＡＧＥ）、剪断応力、低酸素症、酸素過剰症、虚血再潅流傷害、ヒスタミン、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−１２、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、単球コロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、幹細胞因子、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、補体Ｃ５Ａ、補体Ｃ５ｂ９、フィブリン分解産物、プラスミン、トロンビン、９−ヒドロキシオクタデカエノン酸、１３−ヒドロキシオクタデカエノン酸、血小板活性化因子（ＰＡＦ）、Ｈ因子、レチノイン酸、尿酸、ピロリン酸カルシウム、ポリヌクレオシド、Ｃ反応性タンパク質、抗トリプシン、タバコ抗原、コラーゲン、インテグリン、ＬＦＡ−３、抗ＨＬＡ−ＤＲ、抗ＩｇＭ、抗ＣＤ３、ＣＤ４０連結、フィトヘマグルチニン（ＣＤ２）、ｓＣＤ２３、紫外線Ｂの照射、γ線の照射、サブスタンスＰ、イソプロテレノール、メタンフェタミン、およびメラトニン。ＩＬ−１ ｍＲＮＡを安定化させるアゴニストには細菌の内毒素およびＩＬ−１が含まれる。利用できる１型ＩＬ−１受容体の数を増やすことによって機能する他のアゴニストとしては、ＩＬ−１、ＰＫＣ活性化因子、デキサメタゾン、ＩＬ−２、ＩＬ−４、およびＰＧＥ２が挙げられる。他の好ましいアンタゴニストは、ＩＬ−１によって活性化されるか、またはＩＬ−１のシグナル伝達経路において利用されるシグナル伝達因子を妨害するかあるいは阻害する（例えば、ＮＦκＢおよびＡＰ−１、Ｐ１３キナーゼ、ホスホリパーゼＡ２、プロテインキナーゼＣ、ＪＮＫ−１、５−リポキシゲナーゼ、シクロオキシゲナーゼ２、チロシンリン酸化、ｉＮＯＳ経路、Ｒａｃ、Ｒａｓ、ＴＲＡＦ）。さらに他のアゴニストは、以下を含むその発現がＩＬ−１によって誘導される遺伝子の生体活性を増大させる：ＩＬ−１、ＩＬ−１Ｒａ、ＴＮＦ、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−６、ＩＬ−１２、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＴＧＦ、フィブリノーゲン、ウロキナーゼプラスミノーゲン阻害剤、１型および２型プラスミノーゲン活性化因子阻害剤、ｐ−セレクチン（ＣＤ６２）、フィブリノーゲン受容体、ＣＤ−１１／ＣＤ１８、プロテアーゼネキシン−１、ＣＤ４４、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１（ＭＭＰ−１）、ＭＭＰ−３、エラスターゼ、コラゲナーゼ、メタロプロテイナーゼの組織阻害剤−１（ＴＩＭＰ−１）、コラーゲン、トリグリセリドを増加させるＡｐｏ ＣＩＩＩ、アポリポタンパク質、ＩＣＡＭ−１、ＥＬＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、Ｌ−セレクチン、デコリン、幹細胞因子、白血病阻止因子、ＩＦＮａ，ｂ，ｇ、Ｌ−８、ＩＬ−２受容体、ＩＬ−３受容体、ＩＬ−５受容体、ｃ−ｋｉｔ受容体、ＧＭ−ＣＳＦ受容体、シクロオキシゲナーゼ−２（ＣＯＸ−２）、２型ホスホリパーゼＡ２、誘導型一酸化窒素合成酵素（ｉＮＯＳ）、エンドセリン−１，３、ガンマグルタミルトランスフェラーゼ、Ｍｎスーパーオキシドジスムターゼ、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノーゲン、血清アミロイドＡ、メタロチオネイン、セルロプラスミン、リゾチーム、キサンチンデヒドロゲナーゼ、キサンチンオキシダーゼ、血小板由来成長因子Ａ鎖（ＰＤＧＦ）、黒色腫増殖刺激活性（ｇｒｏ−ａ，ｂ，ｇ）、インシュリン様成長因子−ｉ（ＩＧＦ−１）、アクチビンＡ、プロ−オピオメラノコルチオトロピン、副腎皮質刺激ホルモン放出因子、Ｂアミロイド前駆体、基底膜タンパク質−４０、ラミニンＢ１およびＢ２、構成的な熱ショックタンパク質ｐ７０、Ｐ４２分裂促進因子、活性化プロテインキナーゼ、オルニチンデカルボキシラーゼ、ヘムオキシゲナーゼ、Ｇタンパク質ａサブユニット）。
【００５４】
「ＩＬ−１アンタゴニスト」は、本明細書中で使用される場合は、ＩＬ−１の生体活性をダウンレギュレートさせるかまたは別の方法で低下させる物質をいう。ＩＬ−１アンタゴニストは、プロモーター領域でのＩＬ−１遺伝子の発現の調節、ｍＲＮＡスプライシング機構の調節、ｍＲＮＡの安定化、翻訳のためのタンパク質のリン酸化、ｐｒｏＩＬ−１の成熟ＩＬ−１への変換、およびＩＬ−１の分泌を含むがこれらに限定されない、任意の多種多様なレベルで作用し得る。ＩＬ−１の生産のアンタゴニストとしては以下が挙げられる：コルチコステロイド、リポキシゲナーゼ阻害剤、シクロオキシゲナーゼ阻害剤、γ−インターフェロン、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、形質転換成長因子β（ＴＧＦ−β）、ＡＣＥ阻害剤、ｎ−３多価不飽和脂肪酸、抗酸化物質、および脂質還元物質。ＩＬ−１ｍＲＮＡを不安定化させるアンタゴニストとしては、脱アセチル化を促進する物質が挙げられる。翻訳のためのＩＬ−１タンパク質のリン酸化を阻害するかまたは妨害するアンタゴニストとしては、ピリジニル−イミダゾール化合物（例えば、テブフェロン）および微小管の形成を阻害する化合物（例えば、コルヒチン、ビンブラスチン、およびビンクリスチン）が挙げられる。ｐｒｏＩＬ−１の成熟ＩＬ−１への変換を阻害するかまたは妨害するアンタゴニストとしては、インターロイキン変換酵素（ＩＣＥ）阻害剤、ＣＸｒｍ−Ａ、トランスクリプトＸ、内因性のテトラペプチド競合基質阻害剤、トリプシン、エラスターゼ、キモトリプシン、キマーゼ、および他の非特異的プロテアーゼが挙げられる。ＩＬ−１の分泌を妨害するかまたは阻害するアンタゴニストとしては、陰イオンの輸送をブロックする物質が挙げられる。ＩＬ−１受容体の相互作用を妨害するアンタゴニストとしては以下が挙げられる：Ｉ型のＩＬ−１受容体のグリコシル化を阻害する物質、ＩＬ−１ ＲＩに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド、ＩＬ−１ＲＩに対する抗体、およびＩＬ−１ＲａｃＰに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド。利用することができる１型ＩＬ−１受容体の数を減らすことによって機能する他のアンタゴニストとしては、ＴＧＦ−α、ＣＯＸ阻害剤、ＩＩ型ＩＬ−１受容体を増加させる因子、デキサメタゾン、ＰＧＥ２、ＩＬ−１、およびＩＬ−４が挙げられる。他の好ましいアンタゴニストは、ＩＬ−１によって活性化されるか、またはＩＬ−１シグナル伝達経路において利用されるシグナル伝達因子を妨害するかあるいは阻害する（例えば、ＮＦκＢおよびＡＰ−１、Ｐ１３キナーゼ、ホスホリパーゼＡ２、プロテインキナーゼＣ、ＪＮＫ−１、５−リポキシゲナーゼ、シクロオキシゲナーゼ２、チロシンリン酸化、ｉＮＯＳ経路、Ｒａｃ、Ｒａｓ、ＴＲＡＦ）。さらに他のアンタゴニストは、以下を含むがこれらに限定されない、その発現がＩＬ−１によって誘導される遺伝子の生体活性を妨害する：ＩＬ−１、ＩＬ−１Ｒａ、ＴＮＦ、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−６、ＩＬ−１２、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＴＧＦ−、フィブリノーゲン、ウロキナーゼプラスミノーゲン阻害剤、１型および２型プラスミノーゲン活性化因子阻害剤、ｐ−セレクチン（ＣＤ６２）、フィブリノーゲン受容体、ＣＤ−１１／ＣＤ１８、プロテアーゼネキシン−１、ＣＤ４４、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１（ＭＭＰ−１）、ＭＭＰ−３、エラスターゼ、コラゲナーゼ、メタロプロテイナーゼの組織阻害剤−１（ＴＩＭＰ−１）、コラーゲン、トリグリセリドを増加させるＡｐｏ ＣＩＩＩ、アポリポタンパク質、ＩＣＡＭ−１、ＥＬＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、Ｌ−セレクチン、デコリン、幹細胞因子、白血病阻止因子、ＩＦＮα，β，γ、Ｌ−８、ＩＬ−２受容体、ＩＬ−３受容体、ＩＬ−５受容体、ｃ−ｋｉｔ受容体、ＧＭ−ＣＳＦ受容体、シクロオキシゲナーゼ−２（ＣＯＸ−２）、２型ホスホリパーゼＡ２、誘導型一酸化窒素合成酵素（ｉＮＯＳ）、エンドセリン−１，３，ガンマグルタミルトランスフェラーゼ、Ｍｎスーパーオキシドジスムターゼ、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノーゲン、血清アミロイドＡ、メタロチオネイン、セルロプラスミン、リゾチーム、キサンチンデヒドロゲナーゼ、キサンチンオキシダーゼ、血小板由来成長因子Ａ鎖（ＰＤＧＦ）、黒色腫増殖刺激活性（ｇｒｏ−ａ，ｂ，ｇ）、インシュリン様成長因子−１（ＩＧＦ−１）、アクチビンＡ、プロ−オピオメラノコルチオトロピン、副腎皮質刺激ホルモン放出因子、Ｂアミロイド前駆体、基底膜タンパク質−４０、ラミニンＢ１およびＢ２、構成的な熱ショックタンパク質ｐ７０、Ｐ４２分裂促進因子、活性化プロテインキナーゼ、オルニチンデカルボキシラーゼ、ヘムオキシゲナーゼ、およびＧタンパク質ａサブユニット）。他の好ましいアンタゴニストとしては以下が挙げられる：ヒメニアルジシン、ヘルビマイシン（例えば、ヘルバマイシンＡ）、ＣＫ−１０３Ａおよびその誘導体（例えば、４，６−ジヒドロピリダジノ［４，５−ｃ］ピリダジン−５（１Ｈ）−オン）、ＣＫ−１１９、ＣＫ−１２２、ヨードメタシン、アフラトキシンＢ１、レプチン、ヘパリン、ニ環式のイミダゾール（例えば、ＳＢ２０３５８０）、ＰＤ１５３０６ＨＣ１、ポドカルプ酸誘導体、Ｍ−２０、ヒト［Ｇｌｙ２］グルカゴン様ペプチド−２、ＦＲ１６７６５３、ステロイド誘導体、グルココルチコイド、ケルセチン、テオフィリン、ＮＯ−合成酵素阻害剤、ＲＷＪ６８３５４、ユーカリプトール（Ｅｕｃｌｙｐｔｏｌ）（１．８−シネオール）、マグノサリン、Ｎ−アセチルシステイン、Ａ−メラトニン−刺激ホルモン（ａ−ＭＳＨ）、トリクロサン（２，４，４’−トリクロロ−２’−ヒドロキシルジフェニルエーテル）、プロスタグランジンＥ２および４−アミノピリジンエタクリン酸および４，４’−ジイソチオシアナトスチルベン−２，２’−ジスルホン酸（ＤＩＤＳ）、グルコース、リポホスホグリカン、アスピリン、異化遮断因子、ジアセレイン、チオール調節因子、亜鉛、モルヒネ、ロイコトリエン生合成阻害剤（例えば、ＭＫ８８６）、血小板活性化因子受容体アンタゴニスト（例えば、ＷＥＢ２０８６）、アミオダロン、トラニラスト、Ｓ−メチル−Ｌ−チオシトルリン、Ｂ−アドレナリン受容体アゴニスト（例えば、プロカテロール、クレンブテロール、フェノテロール、テルブタリン、ヒアルロン酸、抗ＴＮＦ−α抗体、抗−ＩＬ−１α自己抗体、ＩＬ−１受容体アンタゴニスト、ＩＬ−１Ｒ関連キナーゼ、可溶性ＴＮＦ受容体、および抗炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−１３、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＴＧＦ−β、アンギオテンシンＩＩ、ＩＩ型の可溶性ＩＬ−１受容体、Ｉ型の可溶性ＩＬ−１受容体、組織プラスミノーゲン活性化因子、亜鉛フィンガータンパク質Ａ２０ ＩＬ−１ペプチド（例えば、（Ｔｈｒ−Ｌｙｓ−Ｐｒｏ−Ａｒｇ）（Ｔｕｆｔｓｉｎ）、（Ｉｌｅ−Ｔｈｒ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ−Ｇｌｕ）ＩＬ−１−α、Ｖａｌ−Ｔｈｒ−Ｌｙｓ−Ｐｈｅ−Ｔｙｒ−Ｐｈｅ、Ｖａｌ−Ｔｈｒ−Ａｓｐ−Ｐｈｅ−Ｔｙｒ−Ｐｈｅ、インターフェロンα２ｂ、インターフェロンβ、ＩＬ−１−βアナログ（例えば、ＩＬ−１−βトリペプチド：Ｌｙｓ−Ｄ−Ｐｒｏ−Ｔｈｒ）、グリコシル化ＩＬ−１−α、およびＩＬ−１ｒａペプチド。
【００５５】
「ＩＬ−１遺伝子クラスター」および「ＩＬ−１遺伝子座」には、本明細書中で使用される場合は、２番染色体の２ｑ１３領域にあるかまたはその近くにある全ての核酸が含まれる。これには、少なくとも、ＩＬ−１Ａ、ＩＬ−１Ｂ、およびＩＬ−１ＲＮ遺伝子と、任意の他の連結された配列が含まれるが、これらに限定されない。用語「ＩＬ−１Ａ」、「ＩＬ−１Ｂ」、および「ＩＬ−１ＲＮ」は、本明細書中で使用される場合は、それぞれ、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、およびＩＬ−１受容体アンタゴニストすなわちＩＬ−１ｒａをコードする遺伝子をいう。この領域にあるＤＮＡはマップされている。Ｎｉｃｋｌｉｎら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ １９：３８２−８４，１９９４；Ｎｏｔｈｗａｎｇ Ｈ．Ｇ．ら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４１：３７０，１９９７；Ｃｌａｒｋら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１４：７８９７−９１４，１９８６，（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１５：８６８，１９８７の訂正表）。ＩＬ−１ＡおよびＩＬ−１Ｂについての遺伝子登録番号（ＧＥＮ）は、それぞれ、Ｘ０３８３３およびＸ０４５００である。一般的には、ＩＬ−１ＲＮについてのヌクレオチド位置の言及は、いくつかの状況において明らかに示されるかまたは状況から暗に意味されるかのいずれかで、ＧＥＮ Ｘ７７０９０の番号を持つ細胞内形態について記載される場合を除き、分泌型タンパク質であるＧＥＮ Ｘ６４５３２のヌクレオチド配列について記載される。ＩＬ−１ＲＡの２つの形態は、２種類の第１のエキソンが選択肢として使用されることによって、単一遺伝子によってコードされる。一般的には、Ｌｅｎｎａｒｄら、Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏ．１５：７７−１０５，１９９５を参照のこと。
【００５６】
「ＩＬ−１の機能性突然変異体」は、表現型の変化を生じる（すなわち、ＩＬ−１遺伝子またはタンパク質の機能に影響を与える）、ＩＬ−１遺伝子クラスター内での突然変異をいう。例としては、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２が挙げられる。
【００５７】
「ＩＬ−１Ｘ（Ｚ）対立遺伝子Ｙ」は、遺伝子Ｘ中のＩＬ−１遺伝子座多型部位で起こる特定の対立遺伝子形態（Ｙと記載される）をいう。ここでは、Ｘは、ＩＬ−１Ａ、Ｂ、またはＲＮ、あるいはＩＬ−１遺伝子の遺伝子座の中のいくつかの他の遺伝子であり、ヌクレオチドＺに、またはその近くに存在し、ここではヌクレオチドＺは、特定のＩＬ−１遺伝子Ｘの＋１位のヌクレオチドである主要な転写開始部位に対して番号付けされる。さらに、本明細書中で使用される場合は、用語「ＩＬ−１Ｘ対立遺伝子（Ｚ）」は、ヌクレオチドＺにあるかまたはその近くにある遺伝子Ｘ中のＩＬ−１多型部位の全ての対立遺伝子をいう。例えば、用語「ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子」は、マーカー＋２０１８にあるＩＬ−１ＲＮ遺伝子の別の形態をいう。「ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１」は、センス鎖の＋２０１８位にチミン（Ｔ）を含むＩＬ−１ＲＮ遺伝子の１つの形態をいう。Ｃｌａｙら、Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９７：７２３−２６，１９９６。「ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２」は、プラス鎖の＋２０１８位にシトシン（Ｃ）を含むＩＬ−１ＲＮ遺伝子の１つの形態をいう。被験体が２つの同じＩＬ−１ＲＮ対立遺伝子を持つ場合は、この被験体はホモ接合型である、またはホモ接合型状態を有すると言われる。被験体が２つの異なるＩＬ−１ＲＮ対立遺伝子を持つ場合は、この被験体は、ヘテロ接合型である、またはヘテロ接合型状態を有すると言われる。用語「ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２，２」は、ホモ接合型のＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２の状態をいう。逆に、用語「ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１，１」は、ホモ接合型のＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１の状態をいう。用語「ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１，２」は、ヘテロ接合型の対立遺伝子１および２の状態をいう。
【００５８】
「ＩＬ−１関連」は、本明細書中で使用される場合は、ヒトの２番染色体上（２ｑ１２−１４）にあるヒトＩＬ−１遺伝子座遺伝子に関係がある全ての遺伝子を含むように意味される。これらには、２番染色体（２ｑ１３−１４）にあるヒトＩＬ−１遺伝子クラスターのＩＬ−１遺伝子が含まれる。これには、インターロイキン−１ａをコードするＩＬ−１Ａ遺伝子、インターロイキン−１βをコードするＩＬ−１Ｂ遺伝子、およびインターロイキン−１受容体アンタゴニストをコードするＩＬ−１ＲＮ（またはＩＬ−１ｒａ）遺伝子が含まれる。さらに、これらのＩＬ−１関連遺伝子には、ヒトの２番染色体上（２ｑ１２）に位置するＩ型およびＩＩ型のヒトＩＬ−１受容体遺伝子、ならびに、マウスの１番染色体上の１９．５ｃＭの位置にあるそれらのマウスホモログが含まれる。インターロイキン−１、インターロイキン−１、およびインターロイキン−１ＲＮは、これらは全て１型ＩＬ−１受容体に結合するが、インターロイキン−１とインターロイキン−１だけがＩ型ＩＬ−１受容体を活性化させるアゴニストリガンドであり、一方、インターロイキン−１ＲＮは自然界に存在しているアンタゴニストリガンドであるという理由から、関係がある。用語「ＩＬ−１」が遺伝子産物またはポリペプチドの言及に使用される場合は、これは、ヒトの２番染色体上（２ｑ１２−１４）のインターロイキン−１遺伝子座によってコードされる全ての遺伝子産物と、他の種に由来するそれらの対応するホモログまたはそれらの機能的変異体をいうように意味される。したがって、用語ＩＬ−１には、炎症反応を促進する分泌型のポリペプチド（例えば、ＩＬ−１およびＩＬ−１β）、ならびに炎症反応をアンタゴナイズする分泌型のポリペプチド（例えば、ＩＬ−１α受容体アンタゴニスト、およびＩＩ型のＩＬ−１（デコイ）受容体）が含まれる。
【００５９】
「ＩＬ−１受容体」または「ＩＬ−１Ｒ」は、ＩＬ−１遺伝子座にコードされるリガンドに結合するおよび／またはＩＬ−１遺伝子座にコードされるリガンドからシグナルを伝達することができる、様々な細胞膜結合型のタンパク質受容体をいう。この用語は、インターロイキン−１（ＩＬ−１）分子に結合することができ、哺乳動物の血漿膜タンパク質としてのそれらの自然な立体配置で、おそらく、ＩＬ−１によって提供されるシグナルの細胞への伝達において役割を担うであろうあらゆるタンパク質に適用される。本明細書中で使用される場合は、この用語には、ＩＬ−１結合活性またはシグナル伝達活性を持つ天然のタンパク質のアナログが含まれる。例として、米国特許第４，９６８，６０７号に記載されているヒトおよびマウスのＩＬ−１受容体が挙げられる。用語「ＩＬ−１核酸」は、ＩＬ−１タンパク質をコードする核酸をいう。
【００６０】
「ＩＬ−１ポリペプチド」および「ＩＬ−１タンパク質」は、図１、２、および３に示されるＩＬ−１のゲノムＤＮＡ配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド、またはそれらの断片、ならびにそれらのホモログを含むように意図され、そしてこれには、アゴニストおよびアンタゴニストポリペプチドが含まれる。
【００６１】
「免疫系」は、ウイルス、細菌、寄生生物、寄生蠕虫、真菌、昆虫、原生生物などによる感染を防ぐように、および異物、すなわち一般的には、非自己の物質から保護するように機能する、細胞と因子の複雑なシステムである。免疫系はまた、体内の損傷を受けた細胞または罹患した細胞（ガン細胞を含むがこれに限定されない）を破壊するようにも機能する。免疫系はさらに、自己と非自己を識別し、炎症および全身性のショックを媒介するように機能する。免疫系の機能の損傷は、これらの活性のいずれかの異常をいう。
【００６２】
用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」は、本明細書中では、「含むが限定されない」を意味するように使用される。「含む」および「含むが限定されない」は互換的に使用される。
【００６３】
「高いリスク」または「かかりやすい」は、特定の多型対立遺伝子を持たない集団のメンバーにおける疾患または症状の発生頻度と比較して、特定の多型対立遺伝子を持つ個体における疾患または症状の発生の頻度が統計学的に高いことをいう。
【００６４】
用語「相互作用する」は、本明細書中で使用される場合は、分子間での検出可能な関係または会合（例えば、生化学的相互作用）（例えば、実際は、タンパク質−タンパク質間、タンパク質−核酸間、核酸−核酸間、およびタンパク質−低分子間、または核酸−低分子間での相互作用）を含むように意味される。
【００６５】
用語「単離された」は、核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）に関して本明細書中で使用される場合は、巨大分子の自然界の供給源の中に存在する、それぞれ他のＤＮＡまたはＲＮＡと分けられた分子をいう。例えば、本発明のＩＬ−１ポリペプチドのうちの１つをコードする単離された核酸には、自然界においてゲノムＤＮＡ中のＩＬ−１遺伝子にすぐ隣接している１０キロ塩基（ｋｂ）を超えない核酸配列、より好ましくは、５ｋｂを超えないそのような自然界に存在している隣接配列、および最も好ましくは、１．５ｋｂ未満のそのような自然界に存在している隣接配列が含まれることが好ましい。用語単離されたは、本明細書中で使用される場合はまた、細胞性の物質、ウイルス性の物質、または組み換えＤＮＡ技術によって生産された場合には培養培地、または化学合成された場合には化学的前駆体もしくは他の化合物が実質的には含まれない核酸あるいはペプチドをいう。さらに、「単離された核酸」は、自然界では断片としては存在しない、自然な状態では見られないであろう核酸断片を含むように意味される。用語「単離された」はまた、他の細胞性タンパク質から単離されたポリペプチドを言うように本明細書中で使用され、精製されたポリペプチドと組み換え体ポリペプチドの両方を含むように意味される。
【００６６】
「ノックイン」トランスジェニック動物は、そのゲノムに修飾された遺伝子が導入されており、上記修飾された遺伝子が外来性または内因性の起源のものであり得る動物をいう。
【００６７】
「ノックアウト」トランスジェニック動物は、内因性遺伝子の発現が部分的または完全に抑制されている動物をいう（例えば、遺伝子の少なくとも一部分の欠失、遺伝子の少なくとも一部の第２の配列での置換、終止コドンの導入、重要なアミノ酸をコードする塩基の突然変異、またはイントロン連結部の除去などに基づく）。
【００６８】
「ノックアウト構築物」は、細胞中の内因性ＤＮＡ配列によってコードされるタンパク質発現を減少させるかまたは抑制するために使用することができる核酸配列をいう。単純な例では、ノックアウト構築物は、それから活性のあるタンパク質を発現することができないような欠失を遺伝子の重要な部分に持つ遺伝子（例えば、ＩＬ−１ＲＮ）を含む。あるいは、いくつかの終止コドンを天然遺伝子に付加してタンパク質の早期終結を起こさせること、またはイントロン連結部を不活性化させることができる。典型的なノックアウト構築物では、遺伝子を以下のように表すことができるように、遺伝子の一部が選択的マーカー（例えば、ｎｅｏ遺伝子）で置換される：ＩＬ−１ＲＮ ５’／ｎｅｏ／ＩＬ−１ＲＮ ３’。ここでは、遺伝子ＩＬ−１ＲＮ５’とＩＬ−１ ＲＮ３’は、それぞれＩＬ−１ＲＮ遺伝子の部分に対して上流および下流にあるゲノム配列またはｃＤＮＡ配列を示し、そしてｎｅｏはネオマイシン耐性遺伝子を示す。別のノックアウト構築物では、遺伝子を以下のように表すことができるように、第２の選択的マーカーが隣接位置に付加される：ＩＬ−１ＲＮ／ｎｅｏ／ＩＬ−１ＲＮ／ＴＫ。ここでは、ＴＫは、上記構築物のＩＬ−１ＲＮ５’またはＩＬ−１ＲＮ３’配列のいずれかに付加することができ、さらに適切な培地中で選択することができる（すなわち、ネガティブ選択的マーカーである）チミジンキナーゼ遺伝子である。この２つのマーカーを持つ構築物によって、隣接するＴＫマーカーが脱落する相同組み換え事象を、通常はＴＫ配列が保持される非相同組み換え事象から選択することが可能となる。遺伝子欠失および／または遺伝子置換は、エキソン、イントロン（特に、イントロン連結部）、および／または調節領域（例えば、プロモーター）からであり得る。
【００６９】
「連鎖不均衡」は、所定の対照集団において個々の対立遺伝子が発生する個別の頻度から予想されるよりも大きい頻度での、２種類の対立遺伝子の共遺伝をいう。別々に遺伝する２種類の対立遺伝子について予想される発生頻度は、第２の対立遺伝子についての頻度を掛け算した第１の対立遺伝子についての頻度である。予想された頻度で同時に生じる対立遺伝子は、「連鎖均衡」の状態にあるといわれる。連鎖不均衡の原因は、多くの場合は明らかではない。これは、特定の対立遺伝子の組み合わせが選択されたこと、または遺伝子が非相同である集団が最近混合したことが原因であるとすることができる。加えて、疾患遺伝子と極めて密接な関係にあるマーカーの場合においては、対立遺伝子（または関係がある対立遺伝子のグループ）と疾患遺伝子との組み合わせが、その疾患がごく最近に生じ、結果として特定の染色体領域内での組み換え事象が十分な平衡状態に達するための十分な時間が経過していない場合に、予想される。２種類以上の対立遺伝子を含む対立遺伝子パターンについて言及される場合は、第１の対立遺伝子パターンを含む全ての対立遺伝子が第２の対立遺伝子パターンの少なくとも１種類の対立遺伝子と連鎖不均衡の状態にある場合に、第１の対立遺伝子パターンは第２の対立遺伝子パターンと連鎖不均衡の状態にある。連鎖不均衡の一例は、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）およびＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）多型部位にある対立遺伝子間で起こる連鎖不均衡である。ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）にある２種類の対立遺伝子は、ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）についての２種類の最も頻繁に存在する対立遺伝子（これらは対立遺伝子１と対立遺伝子２である）と、１００％の連鎖不均衡の状態にある。ＩＬ−１Ｂ（−５１１）と連鎖不均衡の状態にある関連する多型性のマーカーの例としては以下が挙げられる：ＩＬ−１Ａの２２２／２２３マーカー、ＩＬ−１Ａのｇｚ５／ｇｚ６マーカー、ＩＬ−１Ａの−８８９マーカー、Ｌ−１Ｂの＋６９１２マーカー、ＩＬ−１Ｂの＋３９５３マーカー、ＩＬ−１Ｂ／ＩＬ−１ＲＮ遺伝子間領域のｇａａｔ．ｐ３３３３０マーカー、ＩＬ−１Ｂ／ＩＬ−１ＲＮ遺伝子間領域のＹ３１マーカー、ＩＬ−１ＲＮの＋２０１８対立遺伝子、またはＩＬ−１ＲＮのＶＮＴＲマーカー。これらの多型性マーカーについての特異的対立遺伝子は、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）の対立遺伝子１または対立遺伝子２と連鎖不均衡の状態にある。例えば、これらの対立遺伝子のペアワイズコンビネーション（ｐａｉｒ−ｗｉｓｅ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）の間での連鎖不均衡の分析により、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）の対立遺伝子２が以下と連鎖不均衡の状態にあることが立証された： ＩＬ−１Ａ ２２２／２２３の対立遺伝子４、ＩＬ−１Ａ ｇｚ５／ｇｚ６の対立遺伝子４、ＩＬ−１Ａ −８８９の対立遺伝子１、ＩＬ−１Ａ ＋３９５３の対立遺伝子１、ｇａａｔ．ｐ３３３０マーカーの対立遺伝子３、Ｙ３１マーカーの対立遺伝子３、ＩＬ−１Ｂ ＋２０１８の対立遺伝子２、およびＩＬ−１ＲＮ ＶＮＴＲの対立遺伝子２。他の関係がある多型の例としては、ＩＬ−１ＲＮ遺伝子における４種類の多型が挙げられる（Ｃｌａｙら（１９９６）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９７：７２３−２６）。これらの多型についての連鎖不均衡の分析は、それぞれの対立遺伝子２がＩＬ−１Ｂ（−５１１）の対立遺伝子２と連鎖不均衡の状態にあることを示している。
【００７０】
用語「マーカー」は、個体間で変化することが公知であるゲノム中の配列をいう。例えば、ＩＬ−１ＲＮ遺伝子は、異なる数のタンデムな反復（ＶＮＴＲ）から構成されるマーカーを有する。所定のマーカーでの異なる配列変異体は、対立遺伝子、突然変異体、または多型と呼ばれる。例えば、ＶＮＴＲマーカーは少なくとも５種類の対立遺伝子を有し、そのうちの３種類は稀である。異なる対立遺伝子は、置換、挿入、または欠失を含む１塩基変化を有し得るか、あるいは、置換、挿入、欠失、反復、反転、およびそれらの組み合わせを含む、複数の塩基に影響を及ぼす変化を有し得る。
【００７１】
「調節」は、生体活性を調節する物質の能力をいう。ＩＬ−１の生体活性に適用される場合は、アゴニストまたはアンタゴニストは、例えば、ＩＬ−１の合成、受容体の相互作用、またはＩＬ−１に媒介されるシグナル伝達機構をアゴナイズまたはアンタゴナイズすることによって、生体活性を調節することができる。
【００７２】
「突然変異した遺伝子」または「突然変異」または「機能性突然変異体」は、突然変異した遺伝子を持たない被験体と比較して突然変異した遺伝子を持つ被験体の表現型を変えることが可能である遺伝子の対立形質をいう。突然変異によって引き起こされる表現型の変化は、特定の薬剤によって修正することができるか、または補うことができる。変化した表現型を有するためには被験体がこの突然変異についてホモ接合型でなければならない場合は、この突然変異は劣性と言われる。被験体の表現形を変化させるためには、突然変異した遺伝子の１コピーで十分である場合には、この突然変異体は優性と言われる。被験体が突然変異した遺伝子を１コピー有し、（その遺伝子に関して）ホモ接合型およびヘテロ接合型被験体の中間の表現型を有する場合は、突然変異体は相互優性と言われる。
【００７３】
本発明の「ヒト以外の動物」としては、哺乳動物、例えば、齧歯類、ヒト以外の霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギなどが挙げられる。好ましいヒト以外の動物は、ラットおよびマウスを含む齧歯類のファミリーから選択され、マウスが最も好ましい。しかし、トランスジェニック両生類（例えば、Ｘｅｎｏｐｕｓ ｇｅｎｕｓのメンバー）およびトランスジェニックであるニワトリも、例えば、胚発生および組織形成等に影響を及ぼし得る薬剤の理解および同定のための重要なツールを提供し得る。用語「キメラ動物」は、その中で組み換え遺伝子が見いだされた動物、または動物の細胞の全てではなくいくつかの中で組み換え遺伝子が発現される動物をいうように本明細書で使用される。用語「組織特異的キメラ動物」は、いくつかの組織の中に組み換えＩＬ−１遺伝子のうちの１つが存在する、および／または発現されるかもしくは破壊されるが、他の組織の中ではそうではないことを示している。用語「ヒト以外の哺乳動物」は、ヒトを除く哺乳動物のクラスの任意のメンバーをいう。
【００７４】
本明細書で使用される場合は、用語「核酸」とは、ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド（例えば、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ））をいい、そして適切である場合には、リボ核酸（ＲＮＡ）をいう。この用語は、等価物として、ヌクレオチドアナログから作られたＲＮＡまたはＤＮＡいずれかのアナログ（例えば、ペプチド核酸）と、記載されている実施形態に適用可能なものとして、一本鎖（センスまたはアンチセンス）および二本鎖のポリヌクレオチドを含むと理解されるべきである。
【００７５】
「栄養補助食品」は、ビタミン、ミネラル、タンパク質、アミノ酸、糖類、植物性エストロゲン類、フラボノイド類、フェノール成分、アントシアニン、カロテノイド、上記のポリマー、および上記の混合物を含む物質と定義される。
【００７６】
用語「または」は、本明細書中で使用される場合は、他の場所に状況が明白に示されていない限りは、「および／または」を意味すると理解されるべきである。
【００７７】
用語「多型」は、遺伝子またはその一部について２種類以上の形態（例えば、対立遺伝子変異体）が共存することをいう。少なくとも２つの異なる形態（すなわち、２種類のヌクレオチド配列）が存在する遺伝子の部分は、「多型領域」と呼ばれる。本明細書中で使用される場合は、用語「多型領域」は、１ヌクレオチドからなる多型部位（例えば、１ヌクレオチド多型（ＳＮＰ））が含まれるが、これに限定されない。多型領域の特異的な遺伝子配列は対立遺伝子である。多型領域は、１ヌクレオチドであり得、その実体は異なる対立遺伝子で異なる。多型領域は２以上のヌクレオチドの長さでもあり得、おそらくは有意に長い長さであり得る。
【００７８】
用語「傾向」は、症状または疾患についての「傾向」のように症状または疾患の状態に関して本明細書中で使用される場合は、表現「かかりやすさ」または「素因」と互換的に使用される。用語「傾向」は、１つの症状または疾患の状態の言及において使用される場合は、個体が１つの症状または疾患を将来発症するリスクが高いことを示す。例えば、対立遺伝子が特定の疾患または症状の指標と関係があることが発見されている場合は、その対立遺伝子を持つ個体は、その特定の疾患または症状を発症する傾向が大きい。
【００７９】
「低分子」は、本明細書中で使用される場合は、分子量が約５ｋＤ未満であり、最も好ましくは約４ｋＤ未満である組成物をいうように意味される。低分子は、核酸、ペプチド、ペプチド模倣薬、炭水化物、脂質、または他の有機もしくは無機分子である。
【００８０】
本明細書中で使用される場合は、用語「特異的にハイブリダイズする」または「特異的に検出する」は、試料核酸の少なくともおよそ６個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする本発明の核酸分子の能力をいう。
【００８１】
「転写調節配列」は、開始シグナル、エンハンサー、およびプロモーターのようなＤＮＡ配列をいうように、明細書全体を通じて使用される一般的な用語であり、これらは、それらと作動可能に連結させられたタンパク質コード配列の転写を誘導するか、または制御する。
【００８２】
本明細書で使用される場合は、用語「導入遺伝子」は、細胞に導入された核酸配列（例えば、ＩＬ−１ポリペプチドのうちの１つ、またはそれに対するアンチセンス転写物をコードする核酸配列）を意味する。導入遺伝子は、導入遺伝子が導入されたトランスジェニック動物もしくは細胞に対して、部分的または全体的に非相同、すなわち外来であり得るか、あるいは、導入遺伝子が導入されたトランスジェニック動物もしくは細胞の内因性遺伝子に相同であり得るが、導入遺伝子は、導入遺伝子が導入される細胞のゲノムを変化させる（例えば、天然の遺伝子の位置とは異なる位置に導入遺伝子が挿入されるか、またはその挿入によりノックアウトが生じる）ように、動物のゲノムに挿入されるように設計されるか、あるいは挿入される。導入遺伝子をエピソームの形態で細胞内に存在させることもできる。導入遺伝子には、選択された核酸の最適発現に必要と思われる１つ以上の転写調節配列と任意の他の核酸、例えばイントロンが含まれ得る。
【００８３】
「トランスジェニック動物」は、その動物の１つ以上の細胞が、人為的な方法によって（例えば、当該分野で周知のトランスジェニック技術によって）導入された非相同の核酸を含む、任意の動物、好ましくは、ヒト以外の哺乳動物、鳥類または両生類をいう。核酸は、慎重な遺伝子操作により（例えば、マイクロインジェクションによる、または組み換えウイルスでの感染による）、その細胞の前駆細胞に直接または間接的に導入される。用語遺伝子操作には、古典的な異種交配またはインビトロ受精は含まれず、むしろ組み換えＤＮＡ分子の導入をいう。この分子は、染色体内に組み込まれ得るか、または染色体外で複製するＤＮＡであり得る。本明細書中に記載される典型的なトランスジェニック動物では、導入遺伝子によって細胞は、ＩＬ−１ポリペプチドの１つの組み換え形態（例えばアゴニスト形態またはアンタゴニスト形態のいずれか）を発現するようにさせられる。しかし、例えば以下に記載されるＦＬＰまたはＣＲＥリコンビナーゼ依存型構築物のような、その中では組み換え遺伝子がサイレントであるトランスジェニック動物もまた考えられる。さらに、「トランスジェニック動物」には、組み換えおよびアンチセンス技術の両方を含む人為的操作によって１つ以上の遺伝子の遺伝子破壊が引き起こされた組み換え動物も含まれる。この用語は、全ての子孫世代を含むように意図される。したがって、創始動物、および全てのＦ１、Ｆ２、Ｆ３、など、その子孫が含まれる。
【００８４】
用語「処置する」は、本明細書中で使用される場合は、１つの疾患の少なくとも１つの症候または１つの障害に伴う少なくとも１つの異常を治癒させること、ならびに緩和することを含むように意図される。
【００８５】
用語「ベクター」は、それに連結させられた別の核酸を輸送することができる核酸分子をいう。好ましいベクターの１つのタイプは、エピソープ、すなわち染色体外複製することができる核酸である。好ましいベクターは、それに対してベクターが連結させられた核酸の自律複製および／または発現が可能なベクターである。動作可能であるようにそれに対してベクターが連結させられた遺伝子を発現させることができるベクターは、本明細書中では「発現ベクター」といわれる。一般的に、組み換えＤＮＡ技術で有用な発現ベクターは、多くの場合は、「プラスミド」の形態であり、「プラスミド」は、一般的には、環状の二重鎖ＤＮＡループをいい、これは、それらのベクターの形態においては、染色体とは結合していない。本明細書中では、プラスミドが最も一般的に使用されるベクター形態であるので、「プラスミド」と「ベクター」は互換的に使用される。しかし、本発明は、同等の機能を担い、そして今後、当該分野で公知となる他の形態の発現ベクターも含むように意図される。
【００８６】
用語「野生型対立遺伝子」は１つの遺伝子の対立遺伝子をいい、これは、被験体において２コピーが存在する場合は、野生型の表現型を生じる。特定の遺伝子についてはいくつかの異なる野生型対立遺伝子がいくつか存在し得る。なぜなら、１つの遺伝子内で特定のヌクレオチドが変化しても、そのヌクレオチド変化を持つ遺伝子を２コピー持つ被験体の表現型には影響がない場合があるからである。
【００８７】
予測用の薬
過剰炎症反応に対する遺伝的素因と関係がある多型
本発明は、老化に関係がある皮膚の症状の発症に関係がある対立遺伝子の同定に、少なくとも一部基づく。したがって、これらの対立遺伝子の検出は、単独でまたは被験体における別の手段と組み合わせて、その被験体が老化に関係がある皮膚の症状を有しているかまたはその素因があることを示す。例えば、老化に関係がある皮膚の症状と関係があるＩＬ−１多型対立遺伝子としては、以下のマーカーのそれぞれについての対立遺伝子２が挙げられる：ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２およびＩＬ１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２、または上記対立遺伝子のうちの１つと連鎖不均衡の状態にある対立遺伝子。したがって、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２およびＩＬ１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２の検出は、被験体について、老化に関係がある皮膚の症状を早期発症するまたは老化に関係がある皮膚の症状が進行する素因が低いことを示す。
【００８８】
特定の実施形態では、上記ＩＬ−１多型遺伝子座の１つ以上についての特定の対立遺伝子パターンの存在が、個体についての老化に関係がある皮膚の症状を発症しやすいことを予測するために使用され得る。特に、ＩＬ−１遺伝子クラスター中の遺伝子座には３種類の対立遺伝子パターンがあり、これらは、老化に関係がある皮膚の症状と様々な関係を示す。これらのパターンは、本明細書中ではパターン１、２、および３といわれる。
【００８９】
パターン１には、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子２、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子２、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１が含まれる。パターン１には、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子２（ホモ接合型／ヘテロ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子２（ホモ接合型／ヘテロ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１（ホモ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１（ホモ接合型／ヘテロ接合型）、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１（ホモ接合型）が含まれ得る。
【００９０】
パターン２には、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２が含まれる。パターン２には、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１（ホモ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１（ホモ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２（ホモ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１（ホモ接合型）、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２（ホモ接合型／ヘテロ接合型）が含まれ得る。
【００９１】
パターン３には、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子２、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１が含まれる。パターン３には、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１（ホモ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１（ホモ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１（ホモ接合型）、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子２（ホモ接合型）、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１（ホモ接合型）が含まれ得る。
【００９２】
好ましい実施形態では、この、これらのパターンのいずれかの検出により、被験体が将来、老化に関係がある皮膚の症状を発症する可能性についての情報が提供される。パターン２の検出は、被験体について、老化に関係がある皮膚の症状を早期発症するかまたは老化に関係がある皮膚の症状を進行させる素因が低いことを示す。パターン１および３は、被験体について、老化に関係がある皮膚の症状を早期発症するかまたは老化に関係がある皮膚の症状を進行させる素因が高いことを示す。
【００９３】
ＩＬ−１遺伝子座多型は、ＩＬ−１Ａ／ＩＬ−１Ｂ／ＩＬ−１ＲＮ遺伝子クラスター内に１塩基のバリエーションを示す（図４を参照のこと）。ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）多型は、炎症性サイトカインＩＬ−１ａをコードするＩＬ−１Ａ遺伝子のＥｘｏｎ Ｖ内の＋４８４５位にある１塩基のバリエーション（対立遺伝子１についてはＧであり、対立遺伝子２についてはＴである）である（Ｇｕｂｌｅｒら（１９８９）Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ，ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ａｎｄ ｄｉｓｅａｓｅ（Ｂｂｍｆｏｒｄ ａｎｄ Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ編）ｐ．３１−４５，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ；およびＶａｎ ｄｅｎ ｖｅｌｄｅｎ ａｎｄ Ｒｅｉｔｓｍａ（１９９３）Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２：１７５３−５０）。ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）多型は遺伝子のコード領域中にあり、コードされるタンパク質において１アミノ酸のバリエーションを生じる（Ｖａｎ ｄｅｎ Ｖｅｌｄｅｎ ａｎｄ Ｒｅｉｔｓｍａ（１９９３）Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．２：１７５３）。
【００９４】
ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）多型は、ＴａｑＩ制限酵素断片の長さの多型（ＲＦＬＰ）として最初に記載され（Ｐｏｃｉｏｔら（１９９２）Ｅｕｒ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ ２２：３９６−４０２）、その後、ＩＬ−１Ｂ遺伝子のＥｘｏｎ Ｖ中の＋３９５４位にある１塩基のバリエーションとして特性決定されている（対立遺伝子１についてはＣであり、対立遺伝子２についてはＴである）（ｄｉ Ｇｉｏｖｉｎｅら（１９９５）Ｃｙｔｏｋｉｎｅ ７：６００−６０６）。ＩＬ−１Ｂのオープンリーディングフレームの中にあるこの１ヌクレオチドの変化は、コードされるＩＬ−１βポリペプチドの配列に定性的な影響は及ぼすとは見られていない。なぜなら、これは、対立遺伝子１のＴＴＣフェニルアラニンコドン（Ｆ）の３位にあり、したがって対立遺伝子２は、ＩＬ−１Ｂ遺伝子産物の１０５位のアミノ酸をコードするこの位置でＴＴＴフェニルアラニンコドンに置き換わるだけであるからである。
【００９５】
加えて、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）多型（Ｃｌａｙら（１９９６）Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ９７：７２３−２６）は、１塩基のバリエーション（対立遺伝子１についてはＴであり、対立遺伝子２についてはＣである）であり、これはまたｅｘｏｎ ２（８００６）とも呼ばれる（ＧｅｎＢａｎｋ：Ｘ６４５３２、８００６位）。最後に、ＩＬ−ＲＮのタンデムな繰り返しの数が異なる（ＶＮＴＲ）多型は、ＩＬ−１受容体アンタゴニストをコードする遺伝子の２番目のイントロンの中に生じる（Ｓｔｅｉｎｋａｓｓｅｒｅｒ（１９９１）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ １９：５０９０−５）。ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）多型の対立遺伝子２は、８６塩基対の配列の２回の繰り返しに対応し、一方、対立遺伝子１は４回の繰り返しに対応し、対立遺伝子３は３回の繰り返しに、対立遺伝子４は５回の繰り返しに、そして対立遺伝子５は６回の繰り返しに対応する（Ｔａｒｌｏｗら（１９９３）Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ９１：４０３−４）。また、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）多型の対立遺伝子２は、ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）多型の対立遺伝子２と強い連鎖不均衡の状態にある（その全体が引用により本明細書中に組み入れられる、Ｄｕｆｆら、米国特許第６，７４６，８３９号）。
【００９６】
２種類の２対立遺伝子の多型を、対立遺伝子中の自然界で起こる部位での対立遺伝子特異的切断を使用して２種類のＰＣＲ産物に分類することができる。対立遺伝子の同定は、制限酵素消化とアガロースゲル中での分離後の断片の大きさによる。遺伝子は、ＩＬ−１Ｂと呼ばれ、一方、生成物（サイトカイン）はＩＬ−１βと呼ばれる。１塩基のバリエーションが存在する部位が複数あり：−５１１位（ＩＬ−１Ｂ（ＡｖａＩ）と呼ばれる）および＋３９５３（ＩＬ−１Ｂ（ＴａｑＩ）と呼ばれる）での（Ｃ／Ｔ）、そしてこれらは制限酵素を使用した対立遺伝子特異的切断によって同定される。それぞれの多型について、対立遺伝子１はＣであり、対立遺伝子２はＴである。
【００９７】
用語ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２は、ＩＬ−１Ｂ遺伝子の−５１１マーカーの対立遺伝子２を記載する。この対立遺伝子にはＢｓｕ３６１部位が含まれ、本明細書中に記載されるプライマーを用いて増幅させられ、Ｂｓｕ３６１で消化された場合には、１９０ｂｐの断片と１１４ｂｐの断片が生じる。ｄｅ Ｇｉｏｖｉｎｅら、「Ｓｉｎｇｌｅ ｂａｓｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｔ −５１１ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１．β．遺伝子（ＩＬ１．β．）」Ｈｕｍａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １，Ｎｏ．６：４５０（１９９２）。
【００９８】
上記に記載される対立遺伝子パターンに加えて、当業者は、本明細書を考慮して、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある対立遺伝子と連鎖不均衡の状態にある他の対立遺伝子（多型と突然変異体を含む）を容易に同定することができる。例えば、老化に関係がある皮膚疾患と関係があることが明らかになっている対立遺伝子を持たない被験体の第１のグループに由来する核酸試料を採取することができ、さらに、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある対立遺伝子を１つ以上持つ被験体の第２のグループ由来のＤＮＡを採取することもできる。その後、核酸試料を、第１のグループと比較して第２のグループにおいて過剰に提示される対立遺伝子を同定するために比較することができる。ここでは、そのような対立遺伝子は、おそらく、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある。あるいは、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある対立遺伝子と連鎖不均衡の状態にある対立遺伝子は、例えば、どの対立遺伝子が予想されるよりも一般的に一緒に出現するかを決定するための、大きな集団を遺伝子型決定すること、および統計分析することによって、同定することができる。好ましくは、グループは、遺伝的に関係がある個体からなるように選択される。遺伝的に関係がある個体には、同じ人種、同じ民族、またはさらには同じ家族由来の個体が含まれる。対照グループと試験グループとの間での遺伝的関連性の程度が高ければ高いほど、疾患を引き起こす対立遺伝子に対してさらに距離を隔てて連鎖している多型対立遺伝子の予測値も高くなる。これは、創始集団中の染色体と連鎖している多型が遺伝子の交差事象を十分に再分配するためには進化的な時間が短すぎることが原因である。したがって、人種特異的、民族特異的、そしてさらには家族特異的な診断用の遺伝子型決定アッセイを、ヒトの進化において極最近に（例えば、主要な人種の分岐後、ヒト集団が異なる民族へと分かれた後、およびさらには、特定の家系において最近）起こった疾患対立遺伝子を検出できるように開発することができる。
【００９９】
２種類の多型マーカーの間、または１種類の多型マーカーと疾患を引き起こす突然変異との間での連鎖不均衡は、準安定の状態である。突然変異事象の根底にある、選択圧がないことまたは散発的な連鎖の再発である多型は、最終的には、染色体組み換え事象によって関係が切り離され、それによってヒトの進化の過程で連鎖平衡に達するであろう。したがって、１つの疾患または１つの症状と連鎖不均衡の状態にある多型対立遺伝子を見つける可能性は、少なくとも２つの要因の変化に伴って増大し得る：多型マーカーと疾患を引き起こす突然変異との間での物理的距離の縮小、および連鎖している対の切り離しに利用される減数分裂の世代数の減少。後者の要因を考慮することは、より密接な関係にある２つの個体が、おそらくは、これらが連鎖している多型を含む共通の親染色体または染色体領域を共有しているであろうこと、およびこの連鎖している対が、それぞれの世代を生じる減数分裂による交差事象を通じて連鎖しなくなるであろう可能性が低いことを示唆する。結果として、より密接な関係にある２つの個体は、広い間隔があいている多型が共遺伝され得る可能性がより高い。したがって、同じ人種、民族、または家族として関係がある個体については、なおさらに間隔があいている多型遺伝子座の信頼性は、関連する疾患を引き起こす突然変異の遺伝的指標として信頼することができる。
【０１００】
ＩＬ−１Ｂ（−５１１）と連鎖不均衡の状態にある連鎖している多型マーカーの例としては以下が挙げられる：ＩＬ−１Ａの２２２／２２３マーカー、ＩＬ−１Ａのｇｚ５／ｇｚ６マーカー、ＩＬ−１Ａの−８８９マーカー、Ｌ−１Ｂの＋６９１２マーカー、ＩＬ−１Ｂの＋３９５３マーカー、ＩＬ−１Ｂ／ＩＬ−１ＲＮ遺伝子間領域のｇａａｔ．ｐ３３３３０マーカー、ＩＬ−１Ｂ／ＩＬ−１ＲＮ遺伝子間領域のＹ３１マーカー、ＩＬ−１ＲＮの＋２０１８対立遺伝子、またはＩＬ−１ＲＮのＶＮＴＲマーカー。これらの多型性マーカーについての特異的対立遺伝子は、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）の対立遺伝子１または対立遺伝子２と連鎖不均衡の状態にある。例えば、これらの対立遺伝子のペアワイズコンビネーションの間での連鎖不均衡の分析により、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）の対立遺伝子２が以下と連鎖不均衡の状態にあることが立証された：ＩＬ−１Ａ ２２２／２２３の対立遺伝子４、ＩＬ−１Ａ ｇｚ５／ｇｚ６の対立遺伝子４、ＩＬ−１Ａ −８８９の対立遺伝子１、ＩＬ−１Ａ ＋３９５３の対立遺伝子１、ｇａａｔ．ｐ３３３０マーカーの対立遺伝子３、Ｙ３１マーカーの対立遺伝子３、ＩＬ−１Ｂ＋２０１８の対立遺伝子２、およびＩＬ−１ＲＮ ＶＮＴＲの対立遺伝子２。他の連鎖している多型の例としては、ＩＬ−１ＲＮ遺伝子における４種類の多型が挙げられる（Ｃｌａｙら（１９９６）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９７：７２３−２６）。これらの多型についての連鎖不均衡の分析は、それぞれの対立遺伝子２がＩＬ−１Ｂ（−５１１）の対立遺伝子２と連鎖不均衡の状態にあることを示している。
【０１０１】
適切なプローブは、ＩＬ−１遺伝子座の特異的な遺伝子（例えば、ＩＬ−１Ａ、ＩＬ−１Ｂ、またはＩＬ−１ＲＮ）あるいは関連する遺伝子にハイブリダイズするように設計することができる。これらのゲノムＤＮＡ配列は、それぞれ、図１、２、および３に示され、さらにそれぞれ、公式の配列番号１５、１６、および１７に対応する。あるいは、これらのプローブは、関連するゲノム遺伝子座（遺伝子間配列を含む）の他の領域に組み込まれる場合もある。実際、ヒト２番染色体のＩＬ−１領域は、およそ４００，０００塩基対にまたがり、平均して１，０００塩基対ごとに１つの単一ヌクレオチド多型と仮定すると、これには、およそ４００のＳＮＰ遺伝子座が単独で含まれる。本発明と組み合わせての使用に利用することができるなお他の多型は、様々な公の供給源から得ることができる。例えば、ヒトゲノムデータベースには、遺伝子内ＳＮＰがまとめられており、これを配列によって検索することができ、これには現在はおよそ２，７００の項目が含まれる。Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙによって維持されているヒト多型データベース（ＭＩＴ ＳＮＰデータベース）もまた利用することができる。このような供給源から、ＳＮＰならびに他のヒト多型を見つけることができる。
【０１０２】
例えば、これらのデータベースのうちのいずれか１つの中でのヒトゲノムのＩＬ−１領域の試験により、ＩＬ−１遺伝子座の遺伝子には、１２７．４ｃＭ（センチモルガン）にマイクロサテライトマーカーＡＦＭ２２０ｚｅ３と命名されたセントロメア近位多型マーカー（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｚ１７００８を参照のこと）と、１２７．９ｃＭにマイクロサテライトアンカーマーカーＡＦＭＯ８７ｘａ１と命名された遠位多型マーカー（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｚ１６５４５を参照のこと）が隣接していることが明らかになっている。これらのヒト多型遺伝子座はいずれも、ＣＡ２ヌクレオチド反復マイクロサテライト多型であり、それ自体はヒトの集団において高い割合でヘテロ接合性を示す。例えば、ＡＦＭ２２０ｚｅ３の１つの対立遺伝子は、配列ＴＧＴＡＣＣＴＡＡＧＣＣＣＡＣＣＣＴＴＴＡＧＡＧＣ（配列番号２３）の５’プライマーと配列ＴＧＧＣＣＴＣＣＡＧＡＡＡＣＣＴＣＣＡＡの３’プライマー（配列番号１９）を用いた場合には、２１１ｂｐのＰＣＲ増幅産物を生じる。さらに、ＡＦＭ０８７ｘａ１の１つの対立遺伝子は、配列ＧＣＴＧＡＴＡＴＴＣＴＧＧＴＧＧＧＡＡＡ（配列番号２０）の５’プライマーと配列ＧＧＣＡＡＧＡＧＣＡＡＡＡＣＴＣＴＧＴＣ（配列番号２１）の３’プライマーを用いた場合には、１７７ｂｐのＰＣＲ増幅産物を生じる。これらのヒト２番染色体ＣＡ２ヌクレオチド反復多型に対して５’および３’に存在する特有の配列に相当する同等のプライマーは、当業者に明らかであろう。妥当な同等のプライマーとしては、約１ｋｂの設計されたプライマーの内部にハイブリダイズし、そしてさらに、約１７ｂｐから約２７ｂｐのいずれかの長さであるプライマーが挙げられる。特有のヒト染色体のゲノム配列の増幅用のプライマーを設計するための一般的な指針は、これらが少なくとも約５０℃の融点を有することであり、この場合、適切な融点は、式Ｔ_ｍｅｌｔ＝［２×（ＡまたはＴの＃）＋４×（ＧまたはＣの＃）］を使用して概算することができる。
【０１０３】
多数の他のヒト多型遺伝子座が、これらの２種類のＣＡ２ヌクレオチド反復多型の間で存在し、これらは、遺伝的に関係がある個体の１つのファミリーまたは他のグループの中でのＡＲＤＤ予想対立遺伝子の決定のためのさらなる標的を提供する。例えば、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのウェブサイトには、ＩＬ−１遺伝子座の領域内にある多数の多型マーカーが列挙されており、これらのマーカーの増幅および分析のための適切なプライマーを設計する指針が提供されている。
【０１０４】
したがって、本発明のヌクレオチドセグメントは、ヒト染色体２ｑ１２−１３もしくはこの領域由来のｃＤＮＡの相補的なストレッチを持つ二本鎖の分子を選択的に形成させるそれらの能力について、またはこの領域に由来するＤＮＡもしくはｃＤＮＡの増幅のためのプライマーを提供するために使用することができる。この目的のための適切なプローブの設計には多数の要因を考慮することが必要である。例えば、１０、１５、または１８ヌクレオチドから約２０ヌクレオチド、または約３０ヌクレオチドの間の長さを持つ断片について特に有用性があることは明らかであろう。さらに長い配列、例えば、４０、５０、８０、９０、１００、さらには全長までが、特定の実施形態についてはさらに好ましい。少なくとも約１８〜２０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの長さが、分子プローブとして有用であるために充分に特異的なハイブリダイゼーションを可能にするために充分であることは、当業者によく理解されている。さらに、想定される用途に応じて、当業者は、標的配列に対するプローブの選択性の様々な程度を達成するために、様々なハイブリダイゼーション条件を使用することを所望するであろう。高い選択性が必要な用途については、当業者は、通常は、ハイブリッドを形成させるためには、比較的高ストリンジェントな条件を使用することを所望するであろう。例えば、比較的低い塩濃度および／または高温の条件は、例えば、約５０Ｃ〜約７０Ｃの温度での０．０２Ｍ〜０．１５ＭのＮａＣｌによって提供される。そのような選択的条件は、プローブと鋳型または標的鎖との間に不適合が少し存在するとしても、わずかしか容認し得ない。
【０１０５】
老化に関係がある皮膚疾患の他の対立遺伝子または他の兆候は、上記の対立遺伝子の検出と組み合わせて、被験体の中で検出またはモニターされ得る。
【０１０６】
ＳＮＰのリスト
【０１０７】
【数１】

対立遺伝子の検出／ハプロタイプの決定
多くの方法を、ヒトの多型遺伝子座にある特異的な対立遺伝子を検出するために利用することができる。特異的な多型対立遺伝子を検出するための好ましい方法は、一部、多型の分子的性質に依存するであろう。例えば、多型遺伝子座についてのさまざまな対立形質は、ＤＮＡの１塩基対が異なる場合がある。そのような１ヌクレオチド多型（すなわち、ＳＮＰ）は、遺伝子のバリエーションの主要原因であり、全ての公知の多型のうちのおよそ８０％を占める。そしてヒトゲノムにおけるそれらの密度は、平均で１０００塩基対あたり１と推測される。ＳＮＰは、２種類の形態でのみ生じる、最も高頻度の２対立遺伝子である（しかし、ＤＮＡ中に存在する４つの異なるヌクレオチド塩基に対応するＳＮＰの最多で４種類の異なる形態が、理論的には可能である）。それにもかかわらず、ＳＮＰは、他の多型よりも突然変異に対して安定であり、それによりこれらは、マーカーと未知の変異体との間での連鎖不均衡が疾患を引き起こす突然変異をマップするために使用される関連する研究に適している。加えて、ＳＮＰは通常は、２種類しか対立遺伝子を持たないので、これらは、長さの測定よりも簡単なプラス／マイナスアッセイによって遺伝子型決定することができ、これにより、自動化により適している。
【０１０８】
個体において特定の１ヌクレオチド多型対立遺伝子の存在を検出するためには、様々な方法を利用することができる。この分野の発展により、正確であり、簡単であり、そして安価な大規模なＳＮＰ遺伝子型解析技術が提供されている。例えば、最近では、いくつかの新しい技術が記載されており、これには、例えば、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、マイクロプレートアレイ対角線ゲル電気泳動（ＭＡＤＧＥ）、ピロシーケンシング、オリゴヌクレオチド特異的ライゲーション、ＴａｑＭａｎシステム、ならびに、様々なＤＮＡ「チップ」技術、例えばアフィメトリックス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）ＳＮＰチップが含まれる。これらの方法には、通常はＰＣＲによる、標的遺伝子領域の増幅が必要である。さらに他に、侵襲的な切断による小さいシグナル分子の生成、それに続く質量スペクトル分析または固定化パッドロックプローブ、および、ローリングサークル増幅をベースとする方法が新しく開発されており、この方法は、最終的にはＰＣＲの必要性を省くこともできる。特異的な１ヌクレオチド多型を検出するための当該分野で公知の方法のうちのいくつかを以下に概説する。本発明の方法は、利用できる方法をすべて含むと理解される。
【０１０９】
１ヌクレオチド多型の分析を容易にするいくつかの方法が開発されている。１つの実施形態では、１塩基多型は、特定のエキソヌクレアーゼ耐性ヌクレオチドを使用することにより、例えば、Ｍｕｎｄｙ，Ｃ．Ｒ．（米国特許第４，６５６，１２７号）に開示されているように検出することができる。この方法によれば、多型部位に対してすぐ３’側にある対立遺伝子配列に相補的なプライマーを、特定の動物またはヒトから得られた標的分子にハイブリダイズさせることができる。標的分子上の多型部位に、存在する特定のエキソヌクレアーゼ耐性ヌクレオチド誘導体に相補的なヌクレオチドが含まれる場合は、その誘導体は、ハイブリダイズしたプライマーの末端に組み込まれるであろう。このような組込みにより、プライマーはエキソヌクレアーゼに対して耐性となり、これによって、その検出が可能となる。試料のエキソヌクレアーゼ耐性誘導体の実体がわかっているので、プライマーがエキソヌクレアーゼ耐性となったことが明らかになることによって、標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドが、この反応で使用されたヌクレオチド誘導体の多型部位に相補的であることが明確にされる。この方法には、大量の外部の配列データの決定が必要ないという利点がある。
【０１１０】
本発明の別の実施形態では、溶液をベースとする方法が、多型部位のヌクレオチドの実体を決定するために使用される。Ｃｏｈｅｎ．Ｄ．ら（フランス国特許第２，６５０，８４０号；ＰＣＴ出願番号ＷＯ９１／０２０８７）。米国特許第４，６５６，１２７号のＭｕｎｄｙの方法にあるように、多型部位に対してすぐ３’側にある対立遺伝子配列に相補的なプライマーが使用される。この方法は、標識されたジデオキシヌクレオチド誘導体（これは、多型部位のヌクレオチドに相補的であれば、プライマーの末端に取り込まれる）を使用してその部位のヌクレオチドの実体を決定する。
【０１１１】
その代わりの方法として、遺伝子ビット解析すなわちＧＢＡ（登録商標）として知られており、これは、Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．ら（ＰＣＴ出願番号９２／１５７１２）に記載されている。Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．らの方法では、標識された終結因子と、多型部位に対して３’側にある配列に相補的なプライマーの混合物が使用される。従って、取り込まれた標識終結因子は、評価される標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドによって決定され、それらに相補的である。Ｃｏｈｅｎら（フランス国特許２，６５０，８４０号；ＰＣＴ出願番号Ｗ０９１／０２０８７）の方法とは対照的に、Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．等の方法は、好ましくは、不均一相アッセイであり、この方法では、プライマーまたは標的分子は固相に固定される。
【０１１２】
最近、ＤＮＡ中の多型部位をアッセイするための、プライマーに誘導されるヌクレオチドの取り込み方法がいくつか記載されている（Ｋｏｍｈｅｒ，Ｊ．Ｓ．ら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１７：７７７９−７７８４（１９８９）；Ｓｏｋｏｌｏｖ，Ｂ．Ｐ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１８：３６７１（１９９０）；Ｓｙｖａｎｅｎ，Ａ．−Ｃ．ら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ８：６８４−６９２（１９９０）；Ｋｕｐｐｕｓｗａｍｙ，Ｍ．Ｎ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（Ｕ．Ｓ．Ａ．）８８：１１４３−１１４７（１９９１）；Ｐｒｅｚａｎｔ，Ｔ．Ｒ．ら、Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１：１５９−１６４（１９９２）；Ｕｇｏｚｚｏｌｉ，Ｌ．ら、ＧＡＴＡ ９：１０７〜１１２（１９９２年）；Ｎｙｒｅｎ．Ｐ．ら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０８：１７１〜１７５（１９９３年））。これらの方法は、これらの方法が全て、多型部位にある塩基を識別するための標識されたデオキシヌクレオチドの取り込みを利用する点でＧＢＡ（登録商標）とは異なる。このような様式では、シグナルは、取り込まれたデオキシヌクレオチドの数に比例するので、同じヌクレオチドの配列で生じる多型は、配列の長さに比例するシグナルを生じることができる（Ｓｙｖａｎｅｎ，Ａ．−Ｃ．ら、Ａｍｅｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５２：４６〜５９（１９９３））。
【０１１３】
タンパク質翻訳の早期終結を生じる突然変異については、プロテイン・トランケーション・テスト（ＰＴＴ）が効率的な診断アプローチを提供する（Ｒｏｅｓｔら（１９９３）Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．２：１７１９〜２１；ｖａｎ ｄｅｒ Ｌｕｉｊｔ等（１９９４年）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ２０：１〜４）。ＰＴＴのためには、ＲＮＡが、最初に利用可能な組織から単離され、逆転写され、そして目的のセグメントがＰＣＲによって増幅させられる。次に、この逆転写ＰＣＲの産物が、ＲＮＡポリメラーゼプロモーターと、真核生物による翻訳を開始させるための配列を含むプライマーを用いるネステッドＰＣＲ増幅の鋳型として使用される。目的の領域が増幅させられた後、プライマーに取り込まれた特有のモチーフにより、ＰＣＲ産物の連続的なインビトロでの転写および翻訳が可能になる。翻訳産物がドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル電気泳動された場合の、短縮型のポリペプチドの出現は、翻訳の早期終結を引き起こす突然変異の存在を示す。この技術のバリエーションにおいては、目的の標的領域が、単一のエキソンから得られる場合は、ＰＣＲ鋳型としてＤＮＡ（ＲＮＡと反対向きである）が使用される。
【０１１４】
任意の細胞のタイプまたは組織を、本明細書中に記載される診断方法において使用される核酸試料を得るために利用することができる。好ましい実施形態では、ＤＮＡ試料は、体液（例えば、公知の技術（例えば、静脈穿刺）によって得られた血液または唾液）から得られる。あるいは、核酸試験は、乾燥試料（例えば、毛髪または皮膚）について行うことができる。ＲＮＡまたはタンパク質が使用される場合は、利用することができる細胞または組織は、ＩＬ−１遺伝子を発現していなければならない。
【０１１５】
診断方法は、核酸の精製が必要ないように、生検または切除によって得られた患者の組織の組織切片（固定されたもの、および／または凍結されたもの）について、直接、インサイチュで行うこともできる。核酸試薬は、そのようなインサイチュでの方法のためのプローブおよび／またはプライマーとして使用され得る（例えば、Ｎｕｏｖｏ，Ｇ．Ｊ．，１９９２，ＰＣＲ Ｉｎ ｓｉｔｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照のこと）。
【０１１６】
１つの核酸配列の検出に主に焦点をあてる方法に加えて、プロファイルもまたそのような検出方法において評価され得る。フィンガープリントプロファイルが、例えば、ディファレンシャルディスプレイ法、ノーザン分析、および／またはＲＴ−ＰＣＲを利用することによって作製され得る。
【０１１７】
好ましい検出方法は、ＩＬ−１プロ炎症性ハプロタイプの少なくとも１つの対立遺伝子の領域と重複しており、そして突然変異または多型領域のまわりの約５、１０、２０、２５、もしくは３０ヌクレオチドを有しているプローブを使用する、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーションである。本発明の好ましい実施形態では、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある他の対立遺伝子変異体に特異的にハイブリダイズすることができるいくつかのプローブが、固相支持体（例えば、「チップ」（これには、約２５０，０００個までのオリゴヌクレオチドを持たせることができる）に固定される。オリゴヌクレオチドは、リソグラフィーを含む様々な方法によって固体支持体に結合させることができる。「ＤＮＡプローブアレイ」とも呼ばれる、オリゴヌクレオチドを含むこれらのチップを使用する突然変異の検出技術は、例えば、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ Ｍｕｔａｔｉｏｎ ７：２４４に記載されている。１つの実施形態では、チップには、１つの遺伝子の少なくとも１つの多型領域の対立遺伝子変異体が全て含まれる。その後、固相支持体が試験核酸と接触させられ、特異的プローブに対するハイブリダイゼーションが検出される。したがって、１つ以上の遺伝子の多数の対立遺伝子変異体の実態を、簡単なハイブリダイゼーション実験において同定することができる。
【０１１８】
これらの技術にはまた、分析の前に核酸を増幅する工程が含まれる場合もある。増幅技術は当業者に公知であり、以下が挙げられるがこれらに限定されない：クローニング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、特異的対立遺伝子のポリメラーゼ連鎖反応（ＡＳＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、ネステッドポリメラーゼ連鎖反応、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ，Ｊ．Ｃ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８７：１８７４−１８７８）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈ，Ｄ．Ｙ．ら、１９８９ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８６：１１７３−１１７７）、および、Ｑ−Ｂレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ，Ｐ．Ｍ．ら、１９８８，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１１９７）が挙げられる。
【０１１９】
増幅産物は、以下を含む様々な方法でアッセイすることができる：サイズ分析、制限酵素消化とそれに続いて行われるサイズ分析、反応産物中の特定のタグを持つオリゴヌクレオチドプライマーの検出、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的５’エキソヌクレアーゼ検出、配列決定、ハイブリダイゼーションなど。
【０１２０】
ＰＣＲをベースとする検出手段としては、同時に行われる複数のマーカーの多重増幅が挙げられる。例えば、大きさが重複していない、同時に分析することができるＰＣＲ産物を生じるＰＣＲプライマーを選択することは、当該分野で周知である。あるいは、区別できるように標識されており、そのためそれぞれ別々に検出できるプライマーを用いて、異なるマーカーを増幅させることが可能である。もちろん、ハイブリダイゼーションをベースとする検出手段により、試料中で複数のＰＣＲ産物を区別して検出することが可能である。複数のマーカーの多重分析を可能にする他の技術が当該分野で公知である。
【０１２１】
例示にすぎないが、１つの実施形態では、この方法には以下の工程が含まれる（ｉ）患者から細胞の試料を採取する工程、（ｉｉ）上記試料の細胞から核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡ、またはそれらの両方）を単離する工程、（ｉｉｉ）上記核酸試料を、ＩＬ−１プロ炎症性ハプロタイプの少なくとも１つの対立遺伝子の５’および３’に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーと、対立遺伝子のハイブリダイゼーションと増幅が起こる条件下で接触させる工程、ならびに、（ｉｖ）増幅産物を検出する工程。これらの検出方法は、そのような分子が極めて少量しか存在しない場合の核酸分子の検出に特に有用である。
【０１２２】
このアッセイの好ましい実施形態では、ＩＬ−１プロ炎症性ハプロタイプの対立遺伝子は、制限酵素切断パターンの変化によって同定される。例えば、試料と対照ＤＮＡが単離され、（必要に応じて）増幅させられ、１種類以上の制限エンドヌクレーアゼで消化され、そして断片の長さ、大きさが、ゲル電気泳動によって決定される。
【０１２３】
なお別の実施形態では、当該分野で公知の任意の様々な配列決定反応を、対立遺伝子を直接配列解析するために使用することができる。例示的な配列決定反応としては、ＭａｘｉｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）７４：５６０）、または、Ｓａｎｇｅｒ（Ｓａｎｇｅｒら（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ７４：５４６３）によって開発された技術に基づく配列決定反応が挙げられる。本発明のアッセイが行われる場合は、任意の様々な自動配列決定方法（例えば、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９９５）１９：４４８を参照のこと）が利用されるとも考えられ、これには、質量スペクトル分析による配列決定（例えば、ＰＣＴ公報番号ＷＯ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ ３６：１２７〜１６２；および、Ｇｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ３８：１４７〜１５９を参照のこと）が含まれる。特定の実施形態については、シーケンス反応では、１つだけ、２つ、または３個の核酸塩基しか決定する必要がないことは、当業者に明らかであろう。例えば１つの核酸だけが検出されるＡ−トラックなどを行うことができる。
【０１２４】
さらなる実施形態では、切断因子（例えばヌクレアーゼ、ヒドロキシルアミン、または四酸化オスミウム、および、ピペリジン）からの保護を、ＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡまたはＤＮＡ／ＤＮＡヘテロ二本鎖の中の不適合な塩基を検出するために使用することができる（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２）。一般的には、「不適合の切断」技術は、まず、野生型の対立遺伝子を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを試料とハイブリダイズさせることによって形成させたヘテロ二本鎖を提供することによって開始される。対照鎖と試料鎖との間での塩基対の不適合が原因で存在するであろう二本鎖の一本鎖領域を切断する物質で、二本鎖の二重螺旋が処理される。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二本鎖はＲＮａｓｅで処理され、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドはＳ１ヌクレアーゼで処理されて、不適合領域を酵素消化することができる。他の実施形態では、不適合領域を消化するために、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡ二本鎖のいずれかをヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムで、および、ピペリジンで処理することができる。不適合領域が消化された後、次に、得られた材料は、変性ポリアクリルアミドゲル上で大きさサイズによって分離させられ、突然変異部位が決定される。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：４３９７；および、Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。好ましい実施形態では、対照ＤＮＡまたはＲＮＡを検出のために標識することができる。
【０１２５】
さらに別の実施形態では、不適合の切断反応では、二本鎖ＤＮＡ中の不適合塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡ不適合修復」酵素）が使用される。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／Ａ不適合でＡを切断し、ＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／Ｔ不適合でＴを切断する（Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ １５：１６５７−１６６２）。例示的な実施形態によれば、ハプロタイプであるＩＬ−１遺伝子座の対立遺伝子に基づくプローブが、試験細胞（単数または複数）由来のｃＤＮＡまたはその他のＤＮＡ産物にハイブリダイズさせられる。この二本鎖はＤＮＡ不適合修復酵素で処理され、切断産物が存在すれば、これは電気泳動プロトコールなどによって検出することができる。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
【０１２６】
他の実施形態では、電気泳動の移動度の変化が、ＩＬ−１遺伝子座対立遺伝子を同定するために使用されるであろう。例えば、一本鎖の立体構造多型（ＳＳＣＰ）を、突然変異体核酸と野生型核酸との間での電気泳動の移動度の差を検出するために使用することができる（Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：２７６６、Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ Ｒｅｓ ２８５：１２５−１４４；およびＨａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ Ａｎａｌ Ｔｅｃｈ Ａｐｐｌ ９：７３−７９もまた参照のこと）。試料および対照のＩＬ−１遺伝子座対立遺伝子の一本鎖のＤＮＡ断片は変性させられ、復元される。一本鎖核酸の二次構造は配列によって異なり、それによって生じる電気泳動の移動度の変化によって、１塩基の変化でさえも検出することができる。ＤＮＡ断片は、標識されたプローブを用いて標識または検出することができる。アッセイの感度は、ＲＮＡ（ＤＮＡではない）を使用することによって高めることができる。この場合、二次構造は、配列の変化により敏感である。好ましい実施形態では、この方法では、電気泳動の移動度の変化に基づいて二本鎖のヘテロ二本鎖分子を区別するためにヘテロ二本鎖分析が利用される（Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．７：５）。
【０１２７】
なお別の実施形態では、変性剤の濃度勾配を持つポリアクリルアミドゲル中での対立遺伝子の移動が、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５）。ＤＧＧＥが分析方法として使用される場合は、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲによっておよそ４０ｂｐの融点が高いＧＣを多く含むＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、これが完全には変性してしなわないことを確実にするように修飾されるであろう。さらなる実施形態では、温度勾配が、対照ＤＮＡと試料ＤＮＡの移動度の差を明らかにするために、変性剤の濃度勾配の代わりに使用される（Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ ａｎｄ Ｒｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｃｈｅｍ ２６５：１２７５３）。
【０１２８】
対立遺伝子を検出するための他の技術の例としては、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または、選択的プライマー伸長が挙げられるがこれらに限定されない。例えば、公知の突然変異またはヌクレオチドの差（例えば対立遺伝子変異体中のもの）が中心に配置され、完全な一致が見られる場合にのみハイブリダイゼーションが可能な条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーを調整することができる（Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２４：１６３）；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８６：６２３０）。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション技術は、オリゴヌクレオチドが、ＰＣＲで増幅された標的ＤＮＡにハイブリダイズさせられる場合に、１回の反応あたり１つの突然変異または多型領域を試験するために、あるいは、オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ膜に付着させられ、標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズさせられる場合は、多数の様々な突然変異または多型領域を試験するために使用することができる。
【０１２９】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅による対立遺伝子特異的増幅技術を本発明と組み合わせて使用することができる。特異的増幅のためのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドには、目的の突然変異または多型領域を分子の中心に（その結果、増幅はディファレンシャルハイブリダイゼーションによって行われる）（Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１７：２４３７−２４４８）、または、一方のプライマーの３’末端の最も端に（この場合は、適切な条件下で、不適合がポリメラーゼによる伸長を妨げるか、または減少させることができる）（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ １１：２３８）持たせることができる。加えて、切断に基づく検出が行われるように突然変異の領域内に新規の制限酵素部位を導入することが所望される場合がある（Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｂｅｓ ６：１）。特定の実施形態では、増幅はまた、増幅用のＴａｑリガーゼを使用して行うことができると予想される（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８８：１８９）。このような場合は、連結は、５’配列の３’末端が完全に一致する場合にのみ起こり、増幅の有無を検索することによって特異的部位にある既知の突然変異の存在を検出することが可能となるであろう。
【０１３０】
別の実施形態では、対立遺伝子変異体の同定は、例えば、米国特許第４，９９８，６１７号およびＬａｎｄｅｇｒｅｎ，Ｕ．ら（（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７−１０８０）に記載されているように、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）を使用して行われる。ＯＬＡプロトコールでは、標的の一本鎖の隣接配列にハイブリダイズできるように設計された２つのオリゴヌクレオチドが使用される。これらのオリゴヌクレオチドのうちの一方は、分離用マーカーに連結させられ（例えば、ビオチニル化される）、そして他方は検出できるように標識される。正確な相補配列が標的分子中に見られる場合には、オリゴヌクレオチドは、それらの末端が隣接し、そして連結物質が生じるようにハイブリダイズするであろう。その後、連結によって、標識されたオリゴヌクレオチドを、アビジンまたは別のビオチンリガンドを使用して回収することができる。Ｎｉｃｋｅｒｓｏｎ，Ｄ．Ａ．らは、ＰＣＲとＯＬＡの特性を組み合わせた核酸検出アッセイを記載している（Ｎｉｃｋｅｒｓｏｎ，Ｄ．Ａ．ら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：８９２３−２７）。この方法では、ＰＣＲは、標的ＤＮＡの指数的増幅を行うために使用され、標的ＤＮＡは、その後、ＯＬＡを使用して検出される。
【０１３１】
このＯＬＡ法をベースとするいくつかの技術が開発されており、ＩＬ−１遺伝子座ハプロタイプの対立遺伝子を検出するために使用することができる。例えば、米国特許第５，５９３，８２６号には、ホスホロアミデート結合を持つ結合体を形成させるための、３’−アミノ基と５’−リン酸化オリゴヌクレオチドを有しているオリゴヌクレオチドを使用するＯＬＡが開示されている。Ｔｏｂｅら（（１９９６）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２４：３７２８）に記載されているＯＬＡの別のバリエーションでは、ＰＣＲと組み合わせられたＯＬＡによって、１つのマイクロタイターウェルの中で２種類の対立遺伝子を遺伝子型決定することができる。特有のハプテン（すなわち、ジゴキシゲニンおよびフルオレセイン）を持つ対立遺伝子特異的プライマーをそれぞれ作製することにより、個々のＯＬＡ反応を、異なる酵素レポーターであるアルカリホスファターゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼで標識されたハプテン特異的抗体を使用することによって、検出することができる。このシステムにより、２種類の異なる色を生じるように導く高スループット形式を使用して、２種類の対立遺伝子を検出することができる。
【０１３２】
本発明の別の実施形態は、皮膚疾患を発症する素因を検出するためのキットに関する。このキットには、ＩＬ−１遺伝子座ハプロタイプの少なくとも１つの対立遺伝子の５’および３’にハイブリダイズする５’オリゴヌクレオチドと３’オリゴヌクレオチドを含む、１つ以上のオリゴヌクレオチドが含まれ得る。ＰＣＲ増幅用オリゴヌクレオチドは、その後の分析に便利な大きさのＰＣＲ産物が得られるように、２５塩基対から２５００塩基対離れて、好ましく、約１００塩基から約５００塩基離れてハイブリダイズするべきである。
【０１３３】
本発明の診断方法での使用に特に好ましいプライマー対には、以下が含まれる：５
【０１３４】
【化１】

【０１３５】
【化２】

本発明の方法によるＩＬ−１多型対立遺伝子の増幅と検出に使用されるさらなるオリゴヌクレオチドの設計は、ヒト染色体２ｑ１３（ヒトＩＬ−１遺伝子座を含む）からの最新の配列情報と、この遺伝子座について利用できる最新のヒトの多型についての情報の両方を利用できることから容易である。例えば、ＩＬ−１Ａ、ＩＬ−１Ｂ、およびＩＬ−１ＲＮについてのＤＮＡ配列は、それぞれ、図１（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｘ０３８３３）、図２（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｘ０４５００）、および図３（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｘ６４５３２）に示されている。これらの遺伝子の中のヒト多型の検出に適しているプライマーは、この配列情報と、プライマー配列の設計と最適化のための当該分野で公知の標準的な技術を使用して容易に設計することができる。そのようなプライマー配列の最適な設計は、例えば、Ｐｒｉｍｅｒ ２．１、Ｐｒｉｍｅｒ ３、またはＧｅｎｅＦｉｓｈｅｒのような市販されているプライマー選択プログラムを使用して行うことができる（Ｎｉｃｋｌｉｎ Ｍ．Ｈ．Ｊ．，Ｗｅｉｔｈ Ａ．Ｄｕｆｆ Ｇ．Ｗ．，「Ａ Ｐｈｙｓｉｃａｌ Ｍａｐ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｅｇｉｏｎ Ｅｎｃｏｍｐａｓｓｉｎｇ ｔｈｅ Ｈｕｍａｎ Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１，ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１，ａｎｄ Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ａｎｔａｇｏｎｉｓｔ Ｇｅｎｅｓ」Ｇｅｎｏｍｉｃｓ １９： ３８２（１９９５）；Ｎｏｔｈｗａｎｇ Ｈ．Ｇ．ら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１ ｇｅｎｅ Ｃｌｕｓｔｅｒ： Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＹＡＣ／ＰＡＣ Ｃｏｎｔｉｇ ａｎｄ ａ ｐａｒｔｉａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ Ｍａｐ ｉｎ ｔｈｅ Ｒｅｇｉｏｎ ｏｆ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ２ｑ１３」Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４１：３７０（１９９７）；Ｃｌａｒｋら（１９８６）Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ． Ｒｅｓ．， １４：７８９７−７９１４ ［Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１５：８６８（１９８７）の中で公開された訂正表、およびＵＲＬ ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｄｂ．ｏｒｇでのＧｅｎｏｍｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＧＤＢ）プロジェクト］もまた参照のこと）。
【０１３６】
キットでの使用については、オリゴヌクレオチドは、様々な天然の組成物および／または合成の組成物（例えば、合成のオリゴヌクレオチド）、制限酵素断片、ｃＤＮＡ、合成のペプチド核酸（ＰＮＡ）などのいずれかであり得る。このアッセイキットおよび方法は、このアッセイにおいて容易に同定することができる標識されたオリゴヌクレオチドを使用することができる。使用できる標識の例としては、放射性標識、酵素、蛍光化合物、ストレプトアビジン、アビジン、ビオチン、磁性部分、金属結合部分、抗原または抗体部分などが挙げられる。
【０１３７】
キットには、状況に応じてＤＮＡサンプリング手段も含まれ得る。ＤＮＡサンプリング手段は当業者に周知であり、これには、基体（例えば、濾紙、ＡｍｐｌｉＣａｒｄ（登録商標）（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ，Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ Ｓ１０ ２ＪＦ；Ｔａｒｌｏｗ，ＪＷら、Ｊ．ｏｆ Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１０３：３８７−３８９（１９９４））など；ＤＮＡ精製試薬（例えば、Ｎｕｃｌｅｏｎ（登録商標）キット、溶解緩衝液、プロテイナーゼ溶液など）；ＰＣＲ試薬（例えば、１０×反応緩衝液、熱安定性ポリメラーゼ、ｄＮＴＰなど）；および対立遺伝子検出手段（例えば、ＨｉｎｆＩ制限酵素、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド、乾燥させられた血液からのネステッドＰＣＲのための縮重オリゴヌクレオチドプライマー）が含まれ得るが、これらに限定されない。
【０１３８】
個々のハプロタイプの解析には、対立遺伝子が母系染色体上に存在するのか、親染色体上に存在するのか、両方の染色体上に存在するのか、またはいずれの染色体上にも存在しないのかを決定あるいは推測することが含まれる。ハプロタイプの情報には、複数の連鎖している対立遺伝子についてのそのような決定の結果が含まれる。ハプロタイプについてのデータを得、そして使用するための方法は、米国特許第６，９３１，３２６号、同第６，９２０，３９８号、同第７，１４１，３７３号、および同第６，９５１，７２１号（これらの開示は引用により本明細書中に組み入れられる）の中に以前に開示されている。
【０１３９】
老化に関する治療学および薬理ゲノム学
患者を迅速に遺伝子型決定する能力は、治療薬または疾患を予防する物質の試験を基礎から変えること、およびそれらの開発を保障する。現在、疾患を処置または予防することについての物質の有効性は、患者のプールに対してそれを試験することによって評価されている。患者のプールにおいては多くの変数が制御されるが、遺伝的変数の影響は通常は試験されない。結果として、薬物は、遺伝的に異なる患者のプールの中で試験される場合には、統計学的には無効であることが明らかになっていても、特定の遺伝的特徴を持つ患者のグループを選択することについてはなおも非常に有効である場合がある。患者が遺伝子型決定されていなければ、多くの薬物は、選択された集団について大きな可能性があっても、全体としてのその集団についての有用性が低いためにおそらく受け入れられないであろう。
【０１４０】
老化に関係がある皮膚疾患と関係がある特定の対立遺伝子についての知見は、単独で、または老化に関係がある皮膚疾患に寄与している他の遺伝的障害についての情報（老化に関係がある皮膚疾患の遺伝的プロファイル）と組み合わせて、個体の遺伝的プロファイル、「薬理ゲノム学」の目的のために治療をカスタマイズすることができる。例えば、本明細書中に示されるように、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある対立遺伝子（例えば、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２）を持つ被験体は、老化に関係がある皮膚疾患の素因がある。したがって、被験体のＩＬ−１プロファイルの、その疾患についての集団のプロファイルとの比較により、特定の患者または患者の集団（すなわち、同じ遺伝的変化を持つ患者のグループ）について安全であり、有効であると予想される薬物の選択あるいは設計が可能となる。
【０１４１】
ＩＬ−１の遺伝的プロファイルまたは老化に関係がある皮膚疾患の遺伝的プロファイルに基づいて最も高い臨床的有益性を示すと予想される集団を標的化する能力により、以下が可能となり得る：１）販売の結果が期待はずれであった発売されている薬を再び市場にだすこと；２）その臨床開発が、患者のサブグループに特異的な安全性または効力による制限の結果として中断されている薬物候補をレスキューすること（ｒｅｓｃｕｅ）；および３）薬物の候補およびより最適な薬物の標識の、加速的なさらにコストがからない開発（例えば、老化に関係がある皮膚疾患の原因である突然変異に対する１種類の薬剤の様々な用量の効果を測定することが、有効用量を最適化するために有用であるからである）。
【０１４２】
１つの実施形態では、被験体のＩＬ−１遺伝子型と老化に関係がある皮膚疾患の素因を、推奨される生活様式（例えば、運動療法および食事療法の変更を含む）に合わせるために使用することができる。ＩＬ−１遺伝子型はまた、特定のＩＬ−１遺伝子型と老化に関係がある皮膚疾患の素因を有している被験体に利益があると予想される栄養補助食品を推奨するためにも使用され得る。
【０１４３】
別の実施形態では、本発明の遺伝子型と老化に関係がある皮膚疾患の素因は、治療のコストを管理するために、１種類以上の治療レジュメがおそらく有効であるグループ、またはおそらく有効ではないグループに患者を分けることによって使用され得る。被験体についての適切な治療レジュメの決定は、被験体のグループ分けを考慮して行われ得、そしてそのような手順によって、不要な、効果のない、または適切ではない治療レジュメを受けている患者の数を減らすことができる。患者は、単純に遺伝子型に基づいて、あるいは、他の形態の情報（例えば、生活様式、年齢、体格指数、病歴、他のリスクファクターなど）と組み合わせた遺伝子型に基づいて、分けることができる。患者は２つ以上のグループに分類することができる。
【０１４４】
ＩＬ−１の生産と分子シグナル伝達経路
治療的介入についての可能性のある標的と、老化に関係している可能性がある皮膚疾患についての生体マーカーをさらに理解するためには、ＩＬ−１のシグナル伝達と生産についてのおおまかな機構を理解することが必要である。ＩＬ−１は、細胞間および細胞内シグナル伝達事象の複雑な交錯の一部である。通常は、多くのタンパク質が、炎症反応に、そしてまた免疫応答にも関係している。リストの一部には、インターロイキン、ＴＮＦ、ＮＦ−κＢ、免疫グロブリン、凝固因子、リポキシゲナーゼ、ならびに付随する受容体、アンタゴニスト、および上記のためのプロセシング酵素が含まれる。
【０１４５】
ＩＬ−１ポリペプチドであるＩＬ−１αとＩＬ−１βは、細菌のリポ多糖類（ＬＰＳ）、ＴＮＦ、ＩＬ−１自体、他のマクロファージ由来のサイトカインで刺激されたか、またはＣＤ４^＋Ｔ細胞と接触させられた、活性化されたマクロファージによって豊富に生産される。ＩＬ−１プロモーターには、ｃＡＭＰ応答エレメント、ＡＰ−１結合部位、およびＮＦ−κＢ結合部位を含むいくつかの調節エレメントが含まれている。これらの両方とＡＰ−１（ＪｕｎとＦｏｓ）は、転写を調節するためには、活性化され、核に局在化させられなければならない。ＮＦ−κＢは、通常は、ＩκＢとの結合を介して細胞質の中に保持される。ＮＦ−κＢ−ＩκＢ複合体は、ＩｋＢのリン酸化によって崩壊させられる。ＩｋＢのリン酸化は、分裂促進因子によって活性化されるプロテインキナーゼ（ＭＡＰキナーゼ）経路および他のキナーゼ経路の活性化を通じて、細胞表面受容体からのシグナル伝達によって調節することができる。ＪｕｎおよびＦｏｓはまた、Ｊｕｎの場合には、調節型のキナーゼ（例えば、ＪＮＫ）の基質でもある。
【０１４６】
ＩＬ−１Ａ転写物とＩＬ−１Ｂ転写物は、ＭＡＰキナーゼ経路によっても調節され得るプロセスによってプロタンパク質に翻訳される。ＭＡＰキナーゼのリン酸化の阻害因子（例えば、トレブフェロン）は、ＩＬ−１転写物の翻訳を減少させる。ＩＬ−１αおよびＩＬ−１β前駆体タンパク質には、膜への局在化のためのミリストイル化と、インターロイキン変換酵素（ＩＣＥ）またはカスパーゼＩによる成熟ＩＬ−１への変換が必要である。他の細胞外プロテアーゼもまた、ＩＬ−１の成熟において小さいが役割を担っており、これには、トリプシン、エラスターゼ、キモトリプシン、および肥満細胞キマーゼが含まれる。ＩＣＥは、ｅＩＣＥイソ型、ＩＣＥα、β、およびγイソ型に対する抗体、牛痘によって生産されるＣｒｍ−Ａタンパク質、ならびに内因性のテトラペプチド競合阻害剤を含むいくつかの物質によって阻害することができる。
【０１４７】
成熟ＩＬ−１αとＩＬ−１βは類似する活性を有しており、同じ受容体と相互作用する。これらの因子についての主要な受容体はＩ型のＩＬ−１受容体である。活性のあるシグナル伝達複合体は、ＩＬ−１リガンド、Ｉ型受容体、およびＩＬ−１受容体アクセサリータンパク質からなる。ＩＩ型受容体、ならびにＩ型およびＩＩ型受容体の可溶性形態は、生体利用することができるＩＬ−１と競合するデコイ受容体として作用するようである。加えて、ＩＬ−１のシグナル伝達についての天然の阻害剤であるＩＬ−１受容体アンタゴニストは、単球によって生産される。ＩＬ−１ｒａはまた、肝細胞によっても生産され、これは、免疫応答および炎症応答を調節するために肝臓で生産され、循環の中に分泌される急性期タンパク質の主要な構成成分である。
【０１４８】
ＩＬ−１シグナル伝達複合体は、上記に記載されるＮＦ−κＢおよびＡＰ−１の活性化を含む、いくつかの細胞内シグナル伝達経路を活性化させる。シグナル伝達においては、ＩＬ−１は、以下を含む因子の宿主の活性に影響を与える：ＰＩ−３キナーゼ、ホスホリパーゼＡ２、プロテインキナーゼＣ、ＪＮＫ経路、５−リポキシゲナーゼ、シクロオキシゲナーゼ２、ｐ３８ ＭＡＰキナーゼ、ｐ４２／４４ ＭＡＰキナーゼ、ｐ５４ ＭＡＰキナーゼ、Ｒａｃ、Ｒａｓ、ＴＲＡＦ−６、ＴＲＡＦ−２など。ＩＬ−１はまた、以下を含む多数の遺伝子の発現にも影響を与える：ＩＬ−１遺伝子クラスターのメンバー、ＴＮＦ、他のインターロイキン遺伝子（２、３、６、８、１２、２Ｒ、３Ｒ、およびＳＲ）、ＴＧＦ−β、フィブリノーゲン、マトリックスメタロプロテアーゼ１、コラーゲン、エラスターゼ、白血病阻止因子、ＩＦＮα、β、γ、ＣＯＸ−２、誘導型一酸化窒素合成酵素、メタロチオネインなど。
【０１４９】
老化に関係がある皮膚疾患と関係がある生体マーカー
老化に関係がある皮膚疾患についての遺伝的試験を持つことに加えて、老化に関係がある皮膚疾患へ、またはその間の被験体の進行をモニタリングするための試験を持つことも所望されるであろう。言い換えると、特定の生体マーカーは、早発型の老化に関係がある症状のタイミングおよび／または進行の指標であり得る。これらの生体マーカーを同定できること、ならびに、これらを、老化に関係がある症状の発症および進行についての情報が得られるようにモニターできることが所望されるであろう。被験体の遺伝子型に合う生体マーカーを見つけることが特に所望される。
【０１５０】
好ましい実施形態では、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある可能性がある生体マーカーは、異なるＩＬ−１遺伝子型を含む被験体または細胞を使用することによって同定することができる。生体マーカーの１つのセットが、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある対立遺伝子（例えば、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２）を持つ被験体または細胞の中で試験され得る。同じ生体マーカーのセットを、老化に関係がある皮膚疾患と関係がある対立遺伝子を持たない別の被験体または細胞の中で試験することができる。ＩＬ−１遺伝子型に様々な依存性を示す生体マーカーは、おそらく、老化に関係がある皮膚疾患の予測に有用である。これらの差は、ＡＲＤＤと関係がある表現型に寄与する。
【０１５１】
特定の生体マーカーと老化に関係がある皮膚疾患との間での関係は、特定の生体マーカーを様々な年齢の被験体の集団（その一部は、老化に関係がある症状がすでに明らかになり始めている場合がある）の中で測定される試験を行うことによって、さらに確立され得る。状況に応じて、複数回の測定が、被験体の年齢とともに経時的に行われ得る。ＡＲＤＤ関連対立遺伝子の有無が被験体の中で決定されることが好ましい。標準的な統計学的方法が、特定の生体マーカーと早発型の老化に関係がある症状との間での関係を決定するために使用され得る。
【０１５２】
ＡＲＤＤに関係がある生体マーカーの測定は、ＡＲＤＤを発症することについての被験体の現在のリスクの指標として、または老化プロセスへと進行するかもしくは老化プロセス中であることの指標として使用され得る。
【０１５３】
細胞に関しては、生体マーカーは、原則的には、例えば以下のような細胞機能の任意の態様であり得る：シグナル伝達分子、転写因子、中間体代謝物、サイトカイン、プロスタノイド、ステロイドホルモン（例えば、エストロゲン、プロゲステロン、アンドロステンジオン、またはテストステロン）、性腺刺激ホルモン（例えば、ＬＨおよびＦＳＨ）、遺伝子転写物、タンパク質の翻訳後修飾、性腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）、カテコールアミン（例えば、ドーパミンまたはノルエピネフィリン）、オピオイド、アクチビン、インヒビンの生産レベルあるいは速度、ならびにＩＬ−１の生体活性。生体マーカーには、転写物のレベルについての全ゲノム分析、あるいはタンパク質レベルおよび／または修飾についての全プロテオーム分析が含まれ得る。さらに、生体マーカーはレポーター遺伝子であり得る。例えば、ＩＬ−１プロモーターまたはＡＲＤＤ関連対立遺伝子を含むＩＬ−１プロモーターを、レポーター遺伝子に動作可能であるように連結させることができる。別の方法では、プロモーターは、ＩＬ−１によって調節されるプロモーター（例えば、ＩＬ−８）であり得る。この方法では、レポーター遺伝子の活性はプロモーターの活性を反映する。適切なレポーター遺伝子としては、ルシフェラーゼ（ｌｕｃ）、ＧＵＳ、ＬａｃＺ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）（およびその変異体、例えば、ＲＦＰ、ＣＦＰ、ＹＦＰ、およびＢＦＰ）、または容易に検出される原則的にあらゆる他の遺伝子が挙げられる。被験体の中では、生体マーカーは、例えば、上記のいずれか、ならびに心電図のパラメーター、肺機能、ＩＬ−６活性、尿のパラメーター、または組織のパラメーターであり得る。他の好ましい生体マーカーとしては、免疫応答および炎症応答に関与している因子、ならびに、上記に記載されたような、ＩＬ−１の生産とシグナル伝達に関与している因子が挙げられる。
【０１５４】
老化に関係がある皮膚疾患の治療薬
老化に関係がある皮膚疾患の治療薬、すなわちＡＲＤＤ治療薬には、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、低分子、核酸、または栄養補助食品を含む、任意のタイプの化合物が含まれ得る。好ましい実施形態では、ＡＲＤＤ治療薬は、ＩＬ−１の生産またはシグナル伝達に関係している因子の調節因子である。特定の好ましい実施形態では、ＡＲＤＤ治療薬は、ＩＬ−１の生体活性の調節因子（例えば、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、またはＩＬ−１受容体アゴニストもしくはアンタゴニスト）である。好ましいアゴニストには、核酸（例えば、ＩＬ−１タンパク質をコードする核酸、またはＩＬ−１タンパク質によってアップレギュレートされるかもしくはダウンレギュレートされる遺伝子）、タンパク質（例えば、ＩＬ−１タンパク質、またはＩＬ−１タンパク質によってアップレギュレートされるかもしくはダウンレギュレートされるタンパク質）、あるいは低分子（例えば、ＩＬ−１タンパク質の発現を調節する低分子）が含まれる。例えば、本明細書中に記載されるアッセイを使用して同定することができる好ましいアンタゴニストとしては、ＩＬ−１の転写および／もしくはＩＬ−１の活性を抑制するかまたは阻害するように作用する、核酸（例えば、一本鎖（アンチセンス）もしくは二本鎖（三本鎖）ＤＮＡまたはＰＮＡおよびリボザイム）、タンパク質（例えば、抗体）、および低分子、あるいは栄養補助食品が挙げられる。
【０１５５】
ＡＲＤＤ治療薬はまた、老化に関係がある皮膚疾患の処置に有用な任意の化粧品または医薬品でもあり得る。これらの薬剤には以下が含まれ得る：皮膚の染み、角化症、およびシワを改善するかまたは取る物質；局所麻酔薬および麻酔剤；抗ニキビ薬；抗菌剤；抗酵母薬；抗真菌剤；抗ウイルス剤；フケ防止剤；抗皮膚炎剤；抗ヒスタミン剤；かゆみ止め薬；抗嘔吐剤；乗り物酔い予防薬；抗炎症薬；抗過角質分解剤；発汗抑制剤；乾癬治療薬；抗脂漏薬；ヘアーコンディショナーおよびヘアートリートメント剤；老化防止剤およびしわ取り剤；日焼け止めおよび日焼け防止剤；皮膚美白剤；脱色剤；ビタミン類；コルチコステロイド；日焼け剤；ホルモン類；レチノイド類；局所心血管作動薬；ヒドロキシ酸、ケト酸、および関連する化合物；フェノールαアシルオキシアルカン酸およびその誘導体；ならびに、Ｎ−アセチル−アルドサミン、Ｎ−アセチルアミノ酸、および関連するＮ−アセチル化合物。老化に関係がある皮膚疾患の処置に有用なさらなる化粧品または医薬品は、米国特許公開番号２００２／００２８２２７（これはその全体が引用により本明細書中に組み入れられる）に開示されている。
【０１５６】
さらに具体的には、ＡＲＤＤ治療薬は、以下のうちの１種類以上を含む任意の化粧品または医薬品であり得る：アクロベート、アシクロビル、アセチルサリチル酸、アダパレン、アルブテロール、酢酸アルミニウム、塩化アルミニウム、水酸化アルミニウム、クロロ水酸化アルミニウム、アマンタジン、アミナクリン、アミノ安息香酸（ＰＡＢＡ）、アミノカプロン酸、アミノサリチル酸、アミトリプチリン、アントラリン、アスコルビン酸、アスコリルパリメート、アトロピン、アゼライン酸、バシトラシン、ベメグリド、ジプロピオン酸ベクロメタゾン、ベンゾフェノン、過酸化ベンゾイル、ジプロピオン酸βメタゾン、吉草酸βメタゾン、ブロムフェニラミン、ブピバカイン、ブトコナゾール、カルシポトリエン、ショウノウ（樟脳）、カプサイシン、カルバミドペルオキシド、キトサン、クロルヘキシジン、クロロキシレノール、クロルフェニラミン、シクロピロックス、クレマスチン、クリンダマイシン、クリオキノール、プロピオン酸クロβゾール、クロトリマゾール、コールタール、クロモリン、クロタミトン、シクロセリン、デヒドロエピアンドロステロン、デスオキシメタゾン、デキサメタゾン、ジフェンヒドラミン、ドキシピン、ドキシルアミン、ジクロニン、エコナゾール、エリスロマイシン、エストラジオール、エチニルエストラジオール、フルオシノニド、フルオシノロンアセトニド、５−フルオロウラシル、グリセオフルビン、グアイフェネシン、ハロプロギン、ヘキシルレゾルシノール、ホモサラート、ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾン２１−酢酸塩、ヒドロコルチゾン１７−吉草酸塩、ヒドロコルチゾン１７−酪酸塩、過酸化水素、ヒドロキノン、ヒドロキノンモノエーテル、ヒドロキシジン、イブプロフェン、イクタモール、イミキモド、インドメタシン、ケトコナゾール、ケトプロフェン、コウジ酸、リドカイン、メクリジン、メクロサイクリン、メントール、メピバカイン、ニコチン酸メチル、サリチル酸メチル、メトロニダゾール、ミコナゾール、ミノサイクリン、ミノキシジル、モノベンゾン、ムピロシン、ナフチフィン、ナプロキセン、ネオマイシン、ナイスタチン、メトキシ桂皮酸オクチル、サリチル酸オクチル、オキシベンゾン、オキシコナゾール、オキシメタゾリン、パジメートＯ、ペルメスリン、フェニラミン、フェノール、フェニレフリン、フェニルプロパノールアミン、ピペロニルブトキシド、ポドフィリン、ポドフィロックス、ポビドンヨウ素、プラモキシン、プリロカイン、プロカイン、プロピオン酸プロメタジン、プロプラノロール、シュードエフェドリン、ピレトリン、ピリラミン、レゾルシノール、レチナール、１３−シスレチノイン酸、レチノイン酸、レチノール、酢酸レチニル、パルミチン酸レチニル、サリチルアミド、サリチル酸、硫化セレン、頁岩タール（ｓｈａｌｅ ｔａｒ）、スルコナゾール、硫黄、スルファジアジン、タザロテン、テルビナフィン、テルコナゾール、テトラカイン、テトラサイクリン、テトラヒドロゾリン、チモール、チオコナゾール、トルナフテート、トリアムシノロン二酢酸、トリアムシノロンアセトニド、トリアムシノロンヘキサアセトニド、トリクロサン、トリプロリジン、ウンデシレン酸、尿素、酢酸ビタミンＥ、木タール、ピリチオン亜鉛、グリコール酸、乳酸、メチル乳酸、４−ヒドロキシマンデル酸、マンデル酸、グルコノラクトン、Ｎ−アセチルグルコサミン、Ｎ−アセチルプロリン、フェニル２−アセトキシエタン酸およびジフェニル２−アセトキシエタン酸。
【０１５７】
インビボでの細胞をベースとするスクリーニングアッセイ
老化に関係がある皮膚疾患を引き起こすかまたは老化に関係がある皮膚疾患に寄与しているＩＬ−１突然変異の同定に基づいて、本発明はさらに、例えば、ＡＲＤＤ治療薬を同定するための、インビボでの細胞をベースとするアッセイを特徴とする。１つの実施形態では、ＡＲＤＤ関連対立遺伝子を持つ細胞が試験化合物と接触させられ、少なくとも１つの生体マーカーが測定される。少なくとも１つの生体マーカーが、その細胞の表現型が、ＡＲＤＤと関係がある対立遺伝子を持たない細胞の表現型に今よりも似るように変化する場合は、試験物質はＡＲＤＤ治療薬として有効である可能性がある。
【０１５８】
説明のための例として、ＡＲＤＤと関係があるＩＬ−１対立遺伝子が、その対立遺伝子を持つ細胞にＩＬ−１ポリペプチドの過剰な生産を生じさせると想定される。ＩＬ−１ポリペプチドのレベルが、この場合には生体マーカーとして使用される。試験物質での処理により、細胞は、ＩＬ−１ポリペプチドを低いレベルで生産するように誘導され、これにより、ＡＲＤＤと関係がある対立遺伝子を持たない細胞の中でのＩＬ−１ポリペプチドの生産により似ることになる。したがって、試験物質はおそらくＡＲＤＤ治療薬として有効である。この方法では、対立遺伝子特異的作用を持つ試験物質を同定することができる。ＩＬ−１シグナル伝達経路に関する化合物の特異性は、所望される場合には、様々な対照分析によって、例えば、１種類以上の対照遺伝子の発現を測定することによって確認することができる。特に、このアッセイは、ＩＬ−１アンチセンス、リボザイム、および三重鎖化合物の効力を決定するために使用することができる。
【０１５９】
別のバリエーションでは、細胞は試験化合物およびＩＬ−１タンパク質と接触させられ、試験化合物とＩＬ−１受容体との間での相互作用、またはＩＬ−１タンパク質（好ましくは、タグが付けられたＩＬ−１タンパク質）とＩＬ−１受容体との間での相互作用が、例えば、マイクロフィジオメーターを使用することによって検出される（ＭｃＣｏｎｎｅｌｌら（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５７：１９０６）。ＩＬ−１受容体と、試験化合物またはＩＬ−１タンパク質のいずれかとの間での相互作用は、培地の酸性度の変化としてマイクロフィジオメーターによって検出される。したがって、このアッセイシステムにより、分子アンタゴニスト（これは、例えば、ＩＬ−１タンパク質−ＩＬ−１受容体相互作用を妨害することによって機能する）ならびに分子アゴニスト（これは、例えば、ＩＬ−１受容体を活性化させることによって機能する）を同定するための手段が提供される。
【０１６０】
原則として培養することができるあらゆるタイプの細胞を、細胞をベースとするアッセイに使用することができる。具体的には、細胞は、免疫細胞（例えば、単球、マクロファージ、または胸腺細胞）または他のタイプの細胞（例えば、線維芽細胞、角化細胞、メラニン形成細胞、または女性の生殖器由来の細胞）であり得る。細胞がＩＬ−１受容体を発現することが好ましいであろう。
【０１６１】
別のバリエーションでは、ＡＲＤＤ関連対立遺伝子を持つ被験体が試験化合物と接触させられ、少なくとも１つの生体マーカーが測定される。少なくとも１つの生体マーカーが、その細胞の表現型が、ＡＲＤＤと関係がある対立遺伝子を持たない細胞の表現型に今よりも似るように変化する場合は、試験物質はＡＲＤＤ治療薬として有効である可能性がある。被験体は、ヒトまたはヒト以外のトランスジェニック動物であり得る。
【０１６２】
好ましい実施形態では、細胞アッセイまたはインビボアッセイが、ＩＬ−１遺伝子の発現を調節するか、ＩＬ−１ ｍＲＮＡの翻訳を調節するか、あるいは、ＩＬ−１ ｍＲＮＡもしくはタンパク質の安定性または活性を調節する化合物を同定するために使用される。したがって、１つの実施形態では、ＩＬ−１タンパク質を生産することができる細胞が試験化合物とともにインキュベートされ、細胞培地中で生産されたＩＬ−１タンパク質の量が測定され、試験化合物と接触させられなかった細胞から生産された量と比較される。別のバリエーションでは、ＩＬ−１の生体活性が測定され、試験化合物と接触させられなかった細胞中で測定された生体活性と比較される。さらに、様々なＩＬ−１対立遺伝子を含む様々な細胞に対する試験物質の効果が比較され得る。
【０１６３】
細胞を含まないアッセイ
細胞を含まないアッセイもまた、ＩＬ−１タンパク質と相互作用することができ、それによってＩＬ−１タンパク質の活性を変化させることができる化合物を同定するために使用することができる。そのような化合物は、例えば、ＩＬ−１タンパク質の構造を変化させ、それによってＩＬ−１受容体に結合するその能力に影響を与えることができる。好ましい実施形態では、そのような化合物を同定するための細胞を含まないアッセイは、原則として、ＩＬ−１タンパク質と試験化合物または試験化合物のライブラリーを、結合パートナーの存在下または結合パートナーが存在しない条件の中に含む反応混合物からなる。試験化合物は、例えば、ＩＬ−１結合パートナーの誘導体、例えば、生物学的に不活性な標的ペプチド、または低分子であり得る。
【０１６４】
したがって、本発明の１つの例示的なスクリーニングアッセイには、ＩＬ−１タンパク質またはその機能的断片を、試験化合物または試験化合物のライブラリーと接触させる工程、および複合体の形成を検出する工程が含まれる。検出の目的のためには、分子を特異的なマーカーで標識することができ、試験化合物または試験化合物のライブラリーを異なるマーカーで標識することができる。次いで、試験化合物のＩＬ−１タンパク質またはその断片との相互作用を、インキュベーション工程と洗浄工程の後、２種類の標識のレベルを決定することによって検出することができる。洗浄工程後に２種類の標識が存在することは、相互作用の指標となる。
【０１６５】
分子間の相互作用はまた、リアルタイムＢＩＡ（Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ＡＢ）（これは、光学現象である表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を検出する）を使用することによって同定することもできる。検出は、生物特異的界面での巨大分子の質量濃度の変化に依存し、これには反応体の標識は全く必要ない。１つの実施形態では、試験化合物のライブラリーをセンサー表面（例えば、これは、マイクロフローセルの１つの壁を形成する）に固定することができる。ＩＬ−１βタンパク質またはその機能的断片を含む溶液は、その後、センサー表面に連続して流される。シグナルの記録上に示される共鳴角の変化は、相互作用が起こったことを示す。この技術は、例えば、ＰｈａｒｍａｃｉａによるＢＩＡｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｈａｎｄｂｏｏｋにさらに記載されている。
【０１６６】
本発明の別の例示的なスクリーニングアッセイには以下の工程が含まれる：（ａ）：（ｉ）ＩＬ−１タンパク質、（ｉｉ）ＩＬ−１受容体、および（ｉｉｉ）試験化合物を含む反応混合物を形成させる工程；ならびに、（ｂ）ＩＬ−１タンパク質とＩＬ−１受容体の相互作用を検出する工程。試験化合物が存在しない条件下での相互作用と比較した、試験化合物の存在下でのＩＬ−１タンパク質とＩＬ−１受容体の相互作用における統計学的に有意な変化（強化または阻害）は、試験化合物についての、ＩＬ−１生体活性のアンタゴニスト（阻害剤）である可能性を示す。このアッセイの化合物は、同時に接触させることができる。あるいは、ＩＬ−１タンパク質は、最初に、適切な時間の間、試験化合物と接触させることができ、その後、ＩＬ−１β受容体が反応混合物に添加される。化合物の効力は、様々な濃度の試験化合物を使用して得られたデータから用量応答曲線を作製することによって評価することができる。さらに、対照アッセイも、比較のためのベースラインを得るために行われ得る。
【０１６７】
ＩＬ−１タンパク質とＩＬ−１受容体との間での複合体の形成は、様々な技術によって検出することができる。複合体の形成の調節は、例えば、検出できるように標識されたタンパク質（例えば、放射性標識された、蛍光標識された、もしくは酵素標識されたＩＬ−１タンパク質またはＩＬ−１受容体）を使用して、免疫アッセイによって、あるいはクロマトグラフィー検出法によって定量することができる。
【０１６８】
典型的には、複合体を形成していない一方または両方のタンパク質からの複合体の分離を容易にするために、ならびに、アッセイの自動化に順応させるために、ＩＬ−１タンパク質またはＩＬ−１受容体のいずれかを固定することが所望されるであろう。ＩＬ−１タンパク質とＩＬ−１受容体の結合は、反応物質を含めるために適している任意の容器の中で行うことができる。例としては、マイクロタイタープレート、試験管、および微量遠心分離管が挙げられる。１つの実施形態では、タンパク質がマトリックスに結合できるようにするドメインが付加された融合タンパク質が提供され得る。例えば、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／ＩＬ−１β（ＧＳＴ／ＩＬ−１β）融合タンパク質を、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，Ｍｏ．）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着させることができ、これはその後、ＩＬ−１受容体（例えば、３５Ｓで標識されたＩＬ−１受容体）および試験化合物と混合され、この混合物が複合体の形成を促す条件（例えば、塩およびｐＨについての生理学的条件）下でインキュベートされるが、わずかによりストリンジェントな条件が所望され得る。インキュベーション後、ビーズは、結合していない標識を全て除去するために洗浄され、マトリックスが固定され、そして放射性標識が直接決定されるか（例えば、ビーズがシンチラントの中に置かれている）、あるいは続いて複合体が解離させられた後に上清中で決定される。あるいは、複合体がマトリックスから解離させられ、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離され、そしてビーズ画分の中に見られるＩＬ−１タンパク質またはＩＬ−１受容体のレベルが、添付の実施例に記載されるような標準的な電気泳動技術を使用してゲルから定量される。マトリックス上にタンパク質を固定するための他の技術も、本発明のアッセイでの使用に利用できる。例えば、ＩＬ−１タンパク質またはＩＬ−１受容体のいずれかを、ビオチンとストレプトアビジンの結合を利用して固定することができる。
【０１６９】
トランスジェニック動物
上記のように、トランスジェニック動物は、例えば、ＡＲＤＤ治療薬のスクリーニングの手助けとなるように作製することができる。本発明のトランスジェニック動物には、ヒトの老化に関係がある皮膚疾患の原因であるＩＬ−１突然変異を、適切なＩＬ−１プロモーターの制御下に、または異種プロモーターの制御下に含むヒト以外の動物が含まれ得る。本発明のトランスジェニック動物にはまた、ＡＲＤＤ表現型を生じるレベルで発現されるＩＬ−１遺伝子も含まれ得る。様々なＩＬ−１対立遺伝子の効果を比較するために、トランスジェニック動物を様々なＩＬ−１対立遺伝子を用いて作製することができ、ＡＲＤＤ表現型の差を同定することができる。様々な対立遺伝子と様々な発現レベルを試験することによって、候補の薬物の試験に最適なＡＲＤＤ表現型を持つ動物を作製し、同定することができる。
【０１７０】
トランスジェニック動物はまた、レポーター遺伝子のような導入遺伝子を、ＩＬ−１プロモーターまたはその断片の制御下に含む動物でもあり得る。これらの動物は、例えば、ＩＬ−１の生産を（例えば、遺伝子発現を調節することによって）調節する薬物を同定するために有用である。特定のバリエーションにおいては、ＩＬ−１対立遺伝子は、プロモーターの突然変異であり得る。この場合、適切なレポーター遺伝子に対して変化したプロモーターを動作可能であるように融合させることが具体的に所望される。
【０１７１】
ヒト以外のトランスジェニック動物を得るための方法は当該分野で周知である。好ましい実施形態では、ＡＲＤＤを引き起こす突然変異体の発現は、例えば、所望されるパターンで発現を制御するシス作用性配列を利用して、細胞、組織、または発達段階の特定のサブセットに限定される。本発明では、そのようなＩＬ−１タンパク質のモザイク発現が、多くの形態の系統分析に不可欠であり得、そして例えば、他の正常な胚の中の組織の小片の発生を大幅に変化させる可能性がある発現レベルの影響を評価するための手段をさらに提供し得る。この目的のためには、組織特異的調節配列および条件的調節配列を、特定の空間的パターンでのＩＬ−１突然変異体の発現を制御するために使用することができる。さらに、一時的な発現パターンは、例えば、条件的組み換えシステムまたは原核生物の転写調節配列によって提供され得る。インビボでの部位特異的遺伝子操作によって調節することができるＩＬ−１突然変異体を発現させることができる遺伝子技術は、当業者に公知である。
【０１７２】
本発明のトランスジェニック動物には全て、それらの複数の細胞の中に、本発明のＡＲＤＤを引き起こす突然変異体導入遺伝子が含まれており、この導入遺伝子は「宿主細胞」の表現型を変える。例示的な実施形態では、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステム（Ｌａｋｓｏら（１９９２）ＰＮＡＳ ８９：６２３２−６２３６；Ｏｒｂａｎら（１９９２）ＰＮＡＳ ８９：６８６１−６８６５）またはＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼシステム（Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５１：１３５１−１３５５；ＰＣＴ公開番号ＷＯ９２／１５６９４）のいずれかを、インビボでの部位特異的遺伝子組み換えシステムを作製するために使用することができる。Ｃｒｅリコンビナーゼは、ｌｏｘＰ配列の間に挟まれるように配置されている標的配列の部位特異的組み換えを触媒する。ｌｏｘＰ配列は３４塩基対のヌクレオチドの反復配列であり、これに対してＣｒｅリコンビナーゼが結合し、これは、Ｃｒｅリコンビナーゼに媒介される遺伝子の組み換えに必要である。ｌｏｘＰ配列の方向は、挟まれている標的配列が、Ｃｒｅリコンビナーゼが存在する場合に切り出されるか、または反転させられるかを決定する（Ａｂｒｅｍｓｋｉら（１９８４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５９：１５０９−１５１４）；ｌｏｘＰ配列がそのまま繰り返される方向で存在する場合には、標的配列の切り出しを触媒し、そしてｌｏｘＰ配列が逆向きに繰り返される方向で存在する場合には、標的配列の反転を触媒する。
【０１７３】
したがって、標的配列の遺伝子組み換えはＣｒｅリコンビナーゼの発現に依存する。リコンビナーゼの発現は、調節的な制御（例えば、組織特異的、発生段階特異的、外部から加えられた物質によって誘導することがかまたは抑制することができる）を行うことができるプロモーターエレメントによって調節することができる。この調節された制御は、リコンビナーゼの発現がプロモーターエレメントによって媒介される細胞の中でのみ、標的配列の遺伝子組み換えを生じるであろう。したがって、皮膚疾患を引き起こす突然変異体導入遺伝子の発現の活性化は、リコンビナーゼの発現の制御によって調節することができる。
【０１７４】
ＡＲＤＤの原因である突然変異体導入遺伝子の発現を調節するためのｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステムの使用には、Ｃｒｅリコンビナーゼと目的のタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含むトランスジェニック動物の構築が必要である。ＣｒｅリコンビナーゼとＡＲＤＤの原因である突然変異体導入遺伝子の両方を含む動物は、「二重」トランスジェニック動物の構築によって提供され得る。そのような動物を提供するための便利な方法は、それぞれの導入遺伝子を含む２つのトランスジェニック動物を交配させることである。
【０１７５】
同様の条件的導入遺伝子は、原核生物のプロモーター配列を使用して提供することができる。これには、導入遺伝子の発現を促進するために、原核生物のタンパク質を同時に発現させることが必要である。例示的なプロモーターと対応するトランス活性化原核生物タンパク質は、米国特許第４，８３３，０８０号に記載されている。
【０１７６】
さらに、条件的導入遺伝子の発現は、トランス活性化タンパク質（例えば、リコンビナーゼまたは原核生物タンパク質）をコードする遺伝子が組織に送達され、そして例えば、細胞のタイプに特異的な様式での発現を生じる、遺伝子治療と同様の方法によって誘導することができる。この方法によっては、導入遺伝子を、トランス活性化因子の誘導によって「オン」にされるまで、成人になるまでサイレントなままとすることができる。
【０１７７】
例示的な実施形態では、本発明の「ヒト以外のトランスジェニック動物」は、ヒト以外の動物の生殖系列細胞の中に導入遺伝子を導入することによって生成される。様々な発生段階にある胚性の標的細胞を、導入遺伝子を導入するために使用することができる。胚性の標的細胞の発生段階に応じて様々な方法が使用される。本発明を実施するために使用される任意の動物の特異的な株（単数または複数）は、良い健康状態、良好な胚の収量、胚の中での良好な前核の可視性、および生殖適応度が優れていることについて選択される。加えて、ハプロタイプが有意な要因である。例えば、トランスジェニックマウスが生成される場合は、Ｃ５７ＢＬ／６またはＦＶＢ株のような株が、頻繁に使用される（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，Ｍｅ．）。好ましい株は、Ｈ−２ｂ、Ｈ−２ｄ、またはＨ−２ｑハプロタイプを持つ株、例えば、Ｃ５７ＢＬ／６またはＤＢＡ／１である。本発明を実施するために使用される株（単数または複数）は、それ自体がトランスジェニックである場合も、そして／またはノックアウトされる場合（すなわち、１つ以上の遺伝子が部分的または完全に抑制された動物から得られる）もある。
【０１７８】
１つの実施形態では、導入遺伝子構築物が１つの期にある胚に導入される。接合子はマイクロインジェクションのための最良の標的である。マウスでは、雄の前核はおよそ２０マイクロメートルの直径の大きさに達し、これにより、１〜２ｐｌのＤＮＡ溶液の繁殖を可能にする注入が可能である。遺伝子導入の標的としての接合子の使用には、ほとんどの場合に、注入されたＤＮＡが最初の切断の前に宿主遺伝子に取り込まれるであろうという重要な利点がある（Ｂｒｉｎｓｔｅｒら（１９８５）ＰＮＡＳ ８２：４４３８−４４４２）。結果として、トランスジェニック動物の細胞は全て、取り込まれた導入遺伝子を持つであろう。これは、生殖系列細胞のうちの５０％が導入遺伝子を持つであろうとの理由から、一般的には、創始細胞の子孫への導入遺伝子の効率的な遺伝において反映されるであろう。
【０１７９】
通常は、受精した胚は、前核が現れるまで適切な培地の中でインキュベートされる。ほぼこの時間になれば、導入遺伝子を含むヌクレオチド配列が、以下に記載されるように雌または雄の前核に導入される。マウスのようないくつかの種では、雄の前核が好ましい。外因性の遺伝的材料が、卵核または接合性の雌の前核によってそれが処理される前に、接合子の雄のＤＮＡ相補物に付加されることが最も好ましい。卵核または雌の前核が、雄のＤＮＡ相補物に影響を及ぼす分子を、おそらくは、雄のＤＮＡのプロタミンをヒストンで置き換えることによって放出し、それによって二倍体である接合子を形成するように雌のＤＮＡ相補物と雄のＤＮＡ相補物を組み合わせることが容易になると考えられる。
【０１８０】
このように、外因性の遺伝的材料が、雄のＤＮＡ相補物または任意の他のＤＮＡ相補物に対して、それが雌の前核による影響を受ける前に付加されることが好ましい。例えば、外因性の遺伝的材料は、初期の雄の前核に対して、雄の前核の形成後可能な限り早く（これは、雄の前核とメスの前核が十分に分離されている状態にあり、いずれも細胞膜に近い位置に存在している時間である）付加される。あるいは、外因性の遺伝的材料は、脱凝縮を受けるように誘導された後に、精子の核に対して付加することができる。その後、外因性の遺伝的材料を含む精子を卵子に付加することができ、また脱縮合した精子を、その後可能な限り早く、付加される導入遺伝子を持つ卵子に付加することができる。
【０１８１】
導入遺伝子のヌクレオチド配列の胚への導入は、例えば、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、またはリポフェクションのような当該分野で公知の任意の手段によって行うことができる。導入遺伝子のヌクレオチド配列の胚への導入後、胚は、様々な時間の間、インビトロでインキュベートされるか、または代理宿主に再度移植され得るか、あるいはそれらの両方であり得る。成熟させるためのインビトロでのインキュベーションは本発明の範囲に含まれる。インビトロで約１〜７日間、胚をインキュベートするための１つの一般的な方法は種に応じてさまざまであり、その後、それらが代理宿主に再度移植される。
【０１８２】
本発明の目的のためには、接合子は、原則として、完全な生物体に発生することができる二倍体の細胞の形態である。一般的には、接合子は、配偶子（単数または複数）に由来する２つの一倍体の融合によって自然に、または人工的に、のいずれかで形成された１つの核を含む卵からなるであろう。したがって、配偶子の核は、自然な状態で適応性がある、すなわち、分化を受けることができ、機能性の生物体に発生することができる生存可能な接合子を生じるものでなければならない。一般的には、正倍数体の接合子が好ましい。異数体の接合子が得られた場合には、その染色体の数は、いずれかの配偶子が由来した生物体の正倍数体の数と比べて、２以上の差はないはずである。
【０１８３】
同様の生物学的考察に加えて、物理的考察もまた、接合子の核に、または接合子の核の一部を形成する遺伝的材料に付加することができる外因性の遺伝的材料の量（例えば、容積）を決定する。遺伝的材料が除去されない場合は、付加させることができる外因性の遺伝的材料の量は、物理的に崩壊を起こさずに吸着させられるであろう量によって制限される。一般的には、挿入される外因性の遺伝的材料の容積は、約１０ピコリットルを超えないであろう。付加の物理的影響は、接合子の生存性が物理的に破壊するほどに大きいものであってはならない。ＤＮＡ配列の数および多様性についての生物学的制限は、得られる接合子の遺伝的材料（外因性の遺伝的材料を含む）が接合子の機能的な生物体への分化および発生を生物学的に開始させ、維持することができなければならないので、特定の接合子と外因性の遺伝的材料の機能に応じて様々であり、当業者には容易に明らかであろう。
【０１８４】
接合子に付加される導入遺伝子構築物のコピー数は、付加された外因性の遺伝的材料の総量に依存し、そして遺伝的形質転換を起こすことができる量であろう。理論的には必要なのは１コピーのみであるが、通常は、多コピーの導入遺伝子構築物（例えば、１０００〜２００００コピー）が、機能的なものが１コピーあることを確実にするために用いられる。本発明に関しては、挿入された外因性のＤＮＡのそれぞれについての２以上の機能性のコピーを持つことが、外因性ＤＮＡ配列の表現型発現を増強するためには有利であることが多いであろう。
【０１８５】
核の遺伝的材料への外因性遺伝的材料の付加を可能にする任意の技術を、それが細胞、核膜、または他の既存の細胞構造または遺伝子構造に対して破壊的でない限りは、利用することができる。外因性の遺伝的材料は、マイクロインジェクションによって核の遺伝的材料の中に選択的に挿入される。細胞および細胞構造のマイクロインジェクションは、当技術分野で公知であり、そして使用されている。
【０１８６】
再移植は、標準的な方法を使用して行われる。通常は、代理宿主が麻酔され、胚が卵管に挿入される。特定の宿主に移植される胚の数は種によって異なるが、通常は、その種が自然に生む子孫の数に匹敵する数であろう。
【０１８７】
代理宿主のトランスジェニック子孫は、任意の適切な方法によって、導入遺伝子の存在および／または発現についてスクリーニングすることができる。スクリーニングは、導入遺伝子の少なくとも一部に相補的なプローブを使用して、サザンブロット分析またはノーザンブロット分析によって行われることが多い。導入遺伝子によってコードされるタンパク質に対する抗体を使用するウエスタンブロット分析は、導入遺伝子産物の存在に関するスクリーニングの代替または追加の方法として利用することができる。通常は、尾組織からＤＮＡが調製され、導入遺伝子についてのサザン分析またはＰＣＲによって分析される。あるいは、導入遺伝子が最も高いレベルで発現されていると考えられる組織または細胞が、サザン分析またはＰＣＲを使用して、導入遺伝子の存在および発現について試験されるが、任意のタイプの組織または細胞をこの分析に使用することができる。
【０１８８】
導入遺伝子の存在を評価する代替または追加の方法としては、適切な生化学アッセイ（例えば、酵素アッセイおよび／または免疫学的アッセイ）、特定のマーカーおよび酵素活性についての組織学的染色、フローサイトメトリー分析などが挙げられるが、これらに限定されない。血液の分析もまた、血液中の導入遺伝子産物の存在を検出するため、さらには、様々なタイプの血球および他の血液成分のレベルに対する導入遺伝子の影響を評価するのに有用であり得る。
【０１８９】
トランスジェニック動物の子孫は、トランスジェニック動物を適切なパートナーと交配させることによって、またはトランスジェニック動物から得られた卵子および／または精子のインビトロでの受精によって得ることができる。パートナーとの交配が実施される場合は、このパートナーは、トランスジェニックおよび／またはノックアウトであってもよく、あるいはトランスジェニックおよび／またはノックアウトでなくてもよい。パートナーがトランスジェニックである場合は、このパートナーには、同じ導入遺伝子が含まれる場合も、また異なる導入遺伝子が含まれる場合もあり、あるいは両方が含まれる場合もある。あるいは、パートナーは、親株である場合もある。インビトロでの受精が使用される場合は、受精した胚は、代理宿主に移植される場合があり、また、インビトロでインキュベートされる場合もあり、あるいは、その両方が行われる場合もある。いずれかの方法を使用して、子孫は、上記の方法または他の適切な方法を使用して導入遺伝子の存在について評価され得る。
【０１９０】
本発明に従って産生されたトランスジェニック動物には、外因性の遺伝的材料が含まれるであろう。さらに、このような実施形態においては、この配列は、好ましくは、特定の細胞のタイプの中で導入遺伝子産物の発現を可能にする転写制御エレメント（例えば、プロモーター）に連結されるであろう。
【０１９１】
レトロウイルス感染もまた、ヒト以外の動物に導入遺伝子を導入するために使用することができる。発生中の非ヒト胚は、インビトロで胚盤胞段階になるように培養することができる。この時間の間、割球が、レトロウイルス感染の標的となり得る（Ｊａｅｎｉｃｈ，Ｒ．（１９７６）ＰＮＡＳ ７３：１２６０−１２６４）。透明帯を除去するための酵素処理によって、効率的な割球の感染が得られる（Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｎｇ ｔｈｅ Ｍｏｕｓｅ Ｅｍｂｒｙｏ，Ｈｏｇａｎ編（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，１９８６）。導入遺伝子を導入するために使用されるウイルスベクター系は、通常は、導入遺伝子を持つ複製欠損レトロウイルスである（Ｊａｈｎｅｒら（１９８５）ＰＮＡＳ ８２：６９２７−６９３１；Ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｕｔｔｅｎら（１９８５）ＰＮＡＳ ８２：６１４８−６１５２）。トランスフェクションは、ウイルスを産生する細胞の単層上で割球を培養することによって、容易に、かつ効率的に得られる（Ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｕｔｔｅｎ，前出；Ｓｔｅｗａｒｔら（１９８７）ＥＭＢＯ Ｊ．６：３８３−３８８）。あるいは、感染は、より後の段階で行うこともできる。ウイルスまたはウイルスを産生する細胞は、胞胚腔に注入され得る（Ｊａｈｎｅｒら（１９８２）Ｎａｔｕｒｅ ２９８：６２３−６２８）。組み込みは、トランスジェニックであるヒト以外の動物を形成した細胞のサブセットにおいてのみ生じるので、創始細胞のほとんどは導入遺伝子についてモザイクであろう。さらに、創始細胞は、ゲノム中の異なる位置で導入遺伝子の様々なレトロウイルスの挿入を含み得、これらは、一般的に、子孫の中で分離する。さらに、妊娠中期の胚の子宮内レトロウイルス感染によって、生殖細胞系に導入遺伝子を導入することも可能である（Ｊａｈｎｅｒら（１９８２）前出）。
【０１９２】
導入遺伝子の導入のための第３のタイプの標的細胞は、胚性幹細胞（ＥＳ）である。ＥＳ細胞は、インビトロで培養された移植前の胚から得られ、そして胚と融合させられる（Ｅｖａｎｓら（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ ２９２：１５４−１５６；Ｂｒａｄｌｅｙら（１９８４）Ｎａｔｕｒｅ ３０９：２５５−２５８；Ｇｏｓｓｌｅｒら（１９８６）ＰＮＡＳ ８３：９０６５−９０６９；およびＲｏｂｅｒｔｓｏｎら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２２：４４５−４４８）。導入遺伝子は、ＤＮＡトランスフェクションまたはレトロウイルス媒介形質導入によってＥＳ細胞に効率的に導入され得る。その後、このような形質転換されたＥＳ細胞は、ヒト以外の動物に由来する胚盤胞と合わせられ得る。その後、これらのＥＳ細胞は、胚にコロニー形成し、そして得られるキメラ動物の生殖細胞系列に寄与する。概説については、Ｊａｅｎｉｓｃｈ，Ｒ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４０：１４６８−１４７４を参照のこと。
【０１９３】
有効量
そのような化合物の毒性および治療薬効は、細胞培養または実験動物において、例えばＬＤ_５０（集団の５０％に致死的な用量）およびＥＤ_５０（集団の５０％に治療上有効な用量）を決定するための標準的な薬学的手順によって、決定することができる。毒性効果と治療効果との間の用量比が治療指数であり、これは比ＬＤ_５０／ＥＤ_５０として表すことができる。大きい治療指数を示す化合物が好ましい。毒性の副作用を示す化合物が使用される場合があるが、感染していない細胞を傷つける可能性を最少にし、それにより副作用を少なくするためには、罹患組織の部位に対してそのような化合物を標的化させる送達システムを設計することに注意を払う必要がある。
【０１９４】
これらの細胞培養アッセイおよび動物研究から得られたデータは、ヒトに使用される投与量の範囲を策定するために使用することができる。そのような化合物の投与量は、好ましくは、ほとんど毒性がないか、または全くないＥＤ_５０を含む循環濃度の範囲内にある。この投与量は、使用される投薬形態、および利用される投与経路に応じて、この範囲内で変えることができる。本発明の方法において使用されるあらゆる化合物について、治療有効量は、最初は細胞培養アッセイから見積もることができる。用量は、細胞培養で決定されたＩＣ_５０（すなわち現象の最大値の半分の阻害を達成する該試験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度の範囲に達するように動物モデルにおいて策定され得る。そのような情報は、ヒトについて有用な用量をより正確に決定するために使用することができる。血漿中のレベルは、例えば、高性能液体クロマトグラフィーによって測定され得る。
【０１９５】
処方物および使用
本発明にしたがって使用される薬学的組成物は、１種類以上の生理的に許容される担体または賦形剤を使用して、通常の方法で処方され得る。したがって、本発明の化合物およびそれらの生理学的に許容される塩および溶媒和物は、例えば、注射、（口もしくは鼻のいずれかを通す）吸入または通気による投与、あるいは経口投与、頬側投与、非経口投与、または直腸投与による投与のために処方することができる。
【０１９６】
そのような治療のためには、本発明の化合物を、全身投与および局所投与または限局投与を含む、様々な投与経路のために処方することができる。技術および処方物は、一般的には、Ｒｅｍｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍｅａｄｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａの中に見ることができる。全身投与には、注射（筋肉内注射、静脈内注射、腹腔内注射、および皮下注射を含む）が好ましい。注射のためには、本発明の化合物を、溶液（好ましくは、生理学的に適合する緩衝液（例えば、ハンクス溶液またはリンガー溶液）の中に処方することができる。さらには、化合物が固体形態に処方され、使用の直前に再度溶解させられるまたは懸濁させられる場合もある。凍結乾燥形態も含まれる。
【０１９７】
経口投与のためには、薬学的組成物は、例えば、結合剤（例えば、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、またはヒドロキシプロピルメチルセルロース）；充填剤（例えば、ラクトース、微結晶性セルロース、またはリン酸水素カルシウム）；潤滑剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、またはシリカ）；崩壊剤（例えば、ジャガイモデンプンまたはデンプングリコール酸ナトリウム）；または湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム）のような薬学的に許容される賦形剤を用いる従来の手段によって調製された錠剤またはカプセル剤の形態とすることができる。錠剤は、当該分野で周知の方法によってコーティングすることができる。経口投与のための液体調製物は、例えば、溶液、シロップ、または懸濁液の形態とすることができ、また、使用前に水または他の適切なビヒクルで構成するための乾燥産物とすることもできる。そのような液体調製物は、懸濁剤（例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体、または水素化食用脂肪）；乳化剤（例えば、レシチンまたはアカシア）；非水性媒体（例えば、アチオンド油、油性エステル、エチルアルコール、または分留植物油）；および防腐剤（例えば、メチルもしくはプロピル−ｐ−ヒドロキシ安息香酸またはソルビン酸）のような薬学的に許容される添加剤を用いる従来の手段によって調製することができる。調製物にはまた、必要に応じて、緩衝塩、香味剤、着色剤、および甘味剤を含めることができる。
【０１９８】
経口投与用の調製物は、活性のある化合物の徐放を生じるように適切に処方することができる。口腔投与のためには、組成物は、従来の様式で処方された錠剤またはロゼンジの形態とすることができる。吸入による投与のためには、本発明に従って使用される化合物は、適切な噴射剤（例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素、または他の適切なガス）を使用して、加圧パックまたはネブライザーからエアゾールスプレー調製物の形態で送達されることが便利である。加圧エアゾールの場合は、投薬単位を、定量を送達させるためのバルブを設けることによって決定することができる。カプセルおよびカートリッジ（例えば、吸入器または注入器で使用されるゼラチン）を、化合物と適切な粉末基剤（例えば、ラクトースまたはデンプン）との粉末混合物を含めて処方することができる。
【０１９９】
化合物は、注射（例えば、ボーラス注射または連続注入）による非経口投与のために処方することができる。注射用処方物は、防腐剤が加えられた単位投薬形態（例えば、アンプルまたは複数回投与用の容器）の形態とすることができる。組成物は、懸濁液、溶液、または油性または水性ビヒクル中の乳濁液のような形態とすることができ、懸濁剤、安定剤、および／または分散剤のような配合剤を含めることができる。あるいは、有効成分は、使用前に適切な媒体（例えば、滅菌された発熱物質を含まない水）で構成するための粉末形態でもあり得る。
【０２００】
化合物はまた、従来の坐剤用基剤（例えば、ココアバターまたは他のグリセリド）を含む坐剤または停留浣腸剤のような直腸組成物に処方することもできる。
【０２０１】
化合物はまた、局所投与のためにも処方することができる。ＡＲＤＤ治療薬を含む組成物は、溶液、ゲル、ローション、クリーム、軟膏、シャンプー、スプレー、スティック、パウダー、マスク、マウスリンスまたはマウスウオッシュ、膣用ゲルまたは膣用調製物、あるいは、皮膚、爪、毛髪、口腔粘膜、膣粘膜、口内または歯肉に使用できる他の形態として処方することができる。
【０２０２】
先に記載された処方物に加えて、化合物はまた、デポー調製物としても処方することもできる。このような長期作用処方物を、移植（例えば、皮下移植もしくは筋肉内移植）または筋肉内注射によって投与することができる。したがって、例えば、化合物を、適切な高分子材料もしくは疎水性材料（例えば、許容される油を含む乳濁液）、またはイオン交換樹脂を用いて処方することができる、また、難溶性誘導体（例えば、難溶性の塩）として処方することもできる。
【０２０３】
全身投与は、経粘膜手段または経皮手段によっても行うことができる。経粘膜または経皮投与のためには、透過しなければならないバリアに適している浸透剤が処方物中で使用される。そのような浸透剤は、当該分野で一般に公知であり、これには例えば、経粘膜投与用の胆汁塩およびフシジン酸誘導体が含まれる。加えて、界面活性剤を透過を促進するために使用することができる。経粘膜投与は、鼻内噴霧によるか、または坐剤を使用して行われ得る。局所投与のためには、本発明のオリゴマーが、当該分野で一般に公知の軟膏（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、蝋膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリームに処方される。洗浄液が、損傷または炎症を処置し、治癒を加速させるために局所的に使用され得る。
【０２０４】
臨床状況では、ＡＲＤＤ治療薬遺伝子についての遺伝子送達システムが、多数の方法（これらはそれぞれが当該分野でよく知られている）のうちの任意の方法によって、患者に導入され得る。例えば、遺伝子送達システムの薬学的調製物は、全身的に（例えば、静脈内注入により）導入され得、そして標的細胞中でのタンパク質の特異的な変換が、遺伝子送達ビヒクル、受容体遺伝子の発現を制御する転写制御配列が原因で起こる細胞型発現または組織型発現、あるいはそれらの組み合わせによってもたらされる感染の特異性によって特異的に起こる。他の実施形態では、組換え遺伝子の最初の送達は、確実に局在される動物に誘導することにより、より限定される。例えば、遺伝子送達ビヒクルは、カテーテル（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）または定位注入（例えば、Ｃｈｅｎら（１９９４）ＰＮＡＳ ９１：３０５４−３０５７）によって導入することができる。ＡＲＤＤ治療薬遺伝子は、遺伝子治療構築物の中で、例えば、Ｄｅｖら（（１９９４）Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔ Ｒｅｖ ２０：１０５−１１５）に記載されている技術を使用してエレクトロポレーションによって送達することができる。
【０２０５】
本発明の遺伝子治療用の構築物または化合物の薬学的調製物は、原則として受容される希釈剤中の遺伝子送達システムからなる場合があり、また、遺伝子送達ビヒクルまたは化合物がその中に取り込まれている遅延放出型マトリックスを含む場合もある。あるいは、完全な遺伝子送達システムを組み換え細胞から完全な状態で生産することができる（例えば、レトロウイルス）場合は、薬学的調製物には、その遺伝子送達システムを生産する１つ以上の細胞が含まれ得る。
【０２０６】
組成物は、所望される場合には、有効成分を含む１つ以上の単位投薬形態を含むことができるパックあるいはディスペンサーデバイスの形態とすることができる。このパックには、例えば、金属またはプラスチックホイル（例えば、ブリスターパック）が含まれ得る。パックまたはディスペンサーデバイスには、投与についての説明書が添付され得る。
【０２０７】
以下の実施例は、本発明の方法および組成物の説明であるが、これらに限定されない。様々な条件およびパラメーターの他の適切な変更および適用に、治療中に通常、遭遇するが、これらは当業者に明らかであり、本実施形態の精神および範囲内にある。
【実施例】
【０２０８】
（実施例１）
特定のＩＬ−１対立遺伝子の検出のための例示的な方法
血液を静脈穿刺によって採血し、−２０℃で凝固させないように保存し、その後、ＤＮＡ抽出した。１０ミリリットルの血液を、４０ｍｌの低張赤血球（ＲＢＣ）溶解溶液（１０ｍＭのＴｒｉｓ、０．３２のスクロース、４ｍＭのＭｇＣｌ２、１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ−１００）に添加し、室温（ＲＴ）で４分間、反転させることによって混合した。その後、試料を１５分間１３００ｇで遠心分離し、上清を吸引して廃棄し、別の３０ｍｌのＲＢＣ溶解溶液を細胞ペレットに添加した。遠心分離後、ペレットを２ｍｌの白血球（ＷＢＣ）溶解溶液（０．４ＭのＴｒｉｓ、６０ｍＭのＥＤＴＡ、０．１５ＭのＮａＣｌ、１０％のＳＤＳ）の中に再度懸濁し、新しい１５ｍｌのポリプロピレンチューブに移した。過塩素酸ナトリウムを１Ｍの最終濃度で添加し、チューブを、最初はＲＴで１５分間、回転式混合機上で反転させ、その後、６５℃で２５分間、定期的に反転させながらインキュベートした。２ｍｌのクロロホルム（−２０℃で保存）の添加後、試料を室温で１０分間混合し、その後、８００Ｇで３分間遠心分離した。この段階で、かなり明白な相分離が、３００ １ Ｎｕｃｌｅｏｎ Ｓｉｌｉｃａ ｓｕｓｐｅｎｓｉｏｎ（Ｓｃｏｔｌａｂ，ＵＫ）と１４００Ｇで５分間の遠心分離を使用して得ることができた。得られた上部の水層を新しい１５ｍｌのポリプロピレンチューブに移し、冷却したエタノール（−２０℃で保存）を添加してＤＮＡを沈殿させた。これを、硝子製のフックに巻き取り、５００ １のＴＥまたは滅菌水を含む１．５ｍｌのエッペンドルフチューブに移した。ＴＥ中に再度懸濁して一晩置いた後、ゲノムＤＮＡの収量を２６０ｎｍでの分光光度によって計算した。試料のアリコートを１００ｕｇ／ｍｌに希釈し、マイクロタイター容器に移し、そして４℃で保存した。ストックを、後学のために−２０℃で保存した。
【０２０９】
一般的には、対立遺伝子は、ＰＣＲ、その後の制限酵素消化またはプローブとのハイブリダイゼーションによって検出される。例示的なプライマーのセットと分析を、例示的な遺伝子座について示す。
【０２１０】
ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）。ＰＣＲプライマーを、ＲＦＬＰ分析ができるように２種類の対立遺伝子上にある複数の部位を２種類の酵素が切断するように操作して設計した（ゲノム配列とは一致しない）。この遺伝子の登録番号はＸ６４５３２である。オリゴヌクレオチドプライマーは以下のとおりである：
【０２１１】
【化３】

サイクルは、［９６℃、１分］；［９４℃、１分；５７℃、１分；７０℃、２分］×３５；［７０℃、５分］×１；４℃で行った。それぞれのＰＣＲ反応物を２つの２５ｕｌのアリコートに分けた：３ｕｌの特異的１０×制限酵素用緩衝液に加えて、一方には５単位のＡｌｕ１を、他方には５単位のＭｓｐ１を添加した。インキュベーションを３７℃で一晩行った。電気泳動は９％のＰＡＧＥによって行った。
【０２１２】
それぞれ２種類の酵素によって２種類の異なる対立遺伝子を切断した。Ａｌｕ１は、対立遺伝子１については１２６ｂｐの断片と２８ｂｐの断片を生じるが、対立遺伝子２は消化することはできない（１５４ｂｐ）。Ｍｓｐ１は、対立遺伝子２については１２５ｂｐと２９ｂｐを生じるが、対立遺伝子１を切断することはできない（１５４ｂｐ）。したがって、（ＰＡＧＥにおいて並べて分離させた）２つの反応物は、ホモ接合体については逆の消化パターンを、そしてヘテロ接合体については同じパターンを生じる。対立遺伝子の頻度は０．７４および０．２６であった。
【０２１３】
ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）。ＩＬ１−ＲＮ（ＶＮＴＲ）マーカーは以下の手順にしたがって遺伝子型決定することができる。上記に示したように、ＩＬ１−ＲＮ（＋２０１８）マーカーの２種類の対立遺伝子は、＞９７％が、ＩＬ−１ＲＮ（ＶＮＴＲ）の最も高頻度で存在する２種類の対立遺伝子（これらは対立遺伝子１と対立遺伝子２である）に関して連鎖不均衡の状態にある。この遺伝子の登録番号はＸ６４５３２である。ＰＣＲ増幅に使用したオリゴヌクレオチドプライマーは以下のとおりである：
【０２１４】
【化４】

サイクルは、［９６℃、１分］×１；［９４℃、１分；６０℃、１分；７０℃、２分］×３５；［７０℃、５分］×１；４℃で行った。電気泳動は９０Ｖで３０分間、２％のアガロース中で行った。
【０２１５】
ＰＣＲ産物の大きさは、反復回数の直接の指標である。最も高頻度で存在する対立遺伝子（対立遺伝子１）は４１２ｂｐの産物を生じる。隣接領域が６６ｂｐの長さであるので、残りの３４４ｂｐは８６ｂｐの４回の繰り返しということになる。同様に、２４０ｂｐの産物は２回の繰り返しを示し（対立遺伝子２）、３２６ｂｐの産物は３回の繰り返しを示し（対立遺伝子３）、４９８ｂｐの産物は５回の繰り返しを示し（対立遺伝子４）、５８４ｂｐの産物は６回の繰り返しを示す（対立遺伝子６）。最も高頻度で存在する４種類の対立遺伝子についての頻度は、０．７３４、０．２４１、０．０２１、および０．００４であった。
【０２１６】
ＩＬ−１Ａ（−８８９）。ＩＬ−１Ａ（−８８９）マーカーは、以下の手順にしたがって遺伝子型決定することができる。ＭｃＤｏｗｅｌｌら、Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．３８：２２１−２８，１９９５。ＰＣＲプライマーのうちの一方は、ＲＦＬＰ分析ができるように、対立遺伝子１を増幅した際にＮｃｏ Ｉ部位を生じる１塩基変化（−８８９位のＣ）を持つ。この遺伝子の登録番号はＸ０３８３３である。ＰＣＲ増幅に使用したオリゴヌクレオチドプライマーは以下のとおりである：
【０２１７】
【化５】

ＭｇＣｌ_２は１ｍＭの最終濃度で使用し、ＰＣＲプライマーは０．８μＭで使用した。サイクルは、［９６℃、１分］×１；［９４℃、１分；５０℃、１分；７２℃、２分］×４５；［７２℃、５分］×１；４℃で行った。それぞれのＰＣＲ反応物に対して、３μｌの特異的１０×制限酵素緩衝液に加えて、６単位のＮｃｏＩを添加した。インキュベーションは３７／一晩行った。電気泳動は６％のＰＡＧＥによって行った。ＮｃｏＩでの消化によっては８３ｂｐと１６ｂｐの長さの断片が生じるが、この制限酵素は対立遺伝子２を切断することはできない。これにより、ヘテロ接合体は３本のバンドを有する。２種類の対立遺伝子の頻度は、０．７１および０．２９であった。
【０２１８】
ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）。ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）マーカーは、以下の手順にしたがって遺伝子型決定することができる。ＰＣＲプライマーは、ＲＦＬＰ分析ができるように、対立遺伝子１の中にＦｎｕ４Ｈ１制限酵素部位をつくる。この遺伝子の登録番号はＸ０３８３３である。ＰＣＲ増幅に使用したオリゴヌクレオチドプライマーは以下のとおりである：
【０２１９】
【化６】

ＭｇＣｌ_２は１ｍＭの最終濃度で使用し、ＰＣＲプライマーは０．８μＭで使用した。ＤＭＳＯを５％で添加し、ＤＮＡ鋳型は１５０ｎｇ／５０μｌのＰＣＲとした。サイクルは、［９５℃、１分］×１；［９４℃、１分；５６℃、１分；７２℃、２分］×３５；［７２℃、５分］×１；４℃で行った。それぞれのＰＣＲ反応物に対して、２μｌの特異的１０×制限酵素用緩衝液に加えて、２．５単位のＦｎｕ４Ｈ１を添加した。インキュベーションは３７℃で一晩行った。電気泳動は９％のＰＡＧＥによって行った。
【０２２０】
Ｆｎｕ４Ｈ１での消化によって、７６ｂｐの一定のバンド（対立遺伝子には関係なく存在する）と、対立遺伝子１については２９ｂｐと１２４ｂｐの２つのさらなるバンド、そして対立遺伝子２については１５３ｂｐのさらに１つのバンドが生じるであろう。２種類の対立遺伝子の頻度は、０．７１および０．２９であった。
【０２２１】
ＩＬ−１Ｂ（−５１１）。ＩＬ−１Ｂ（−５１１）マーカーは、以下の手順にしたがって遺伝子型決定することができる。この遺伝子の登録番号はＸ０４５００である。ＰＣＲ増幅に使用したオリゴヌクレオチドプライマーは以下のとおりである：
【０２２２】
【化７】

ＭｇＣｌ_２は２．５ｍＭの最終濃度で使用し、ＰＣＲプライマーは１ＰＭで使用した。サイクルは、［９５℃、１分］×１；［９５℃、１分；５３℃、１分；７２℃、１分］×３５；［７２℃、５分］×１；４℃で行った。それぞれのＰＣＲ反応物を２つのアリコートに分けた：一方のアリコートには３単位のＡｖａＩを添加し、他方のアリコートには３．７単位のＢｓｕ３６Ｉを添加した。両方のアリコートに３μｌの特異的１０×制限酵素用緩衝液を添加した。インキュベーションを３７℃で一晩行った。電気泳動は９％のＰＡＧＥによって行った。
【０２２３】
２種類の制限酵素のそれぞれによって、２種類の対立遺伝子のうちの一方を切断した。これにより、ＲＦＬＰ分析が可能となった。ＡｖａＩは対立遺伝子１については１９０ｂｐと１１４ｂｐの２つの断片を生じ、そしてこれは対立遺伝子２を切断することはできない（３０４ｂｐ）。Ｂｓｕ３６Ｉは、対立遺伝子２については１９０塩基対と１１塩基対の２つの断片を生じ、これは対立遺伝子１を切断することはできない（３０４ｂｐ）。２種類の対立遺伝子の頻度は、０．６１および０．３９であった。
【０２２４】
ＩＬ−１Ｂの−５１１位の塩基での１塩基バリエーション（Ｃ／Ｔ）多型を同定するための手順は、米国特許第５，６８６，２４６号および同第６，１４０，０４７号に記載されており、これらの開示は、それらの全体が引用により本明細書中に組み入れられる。
【０２２５】
ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）。ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）マーカーは、以下の手順にしたがって遺伝子型決定することができる。この遺伝子の登録番号はＸ０４５００である。ＰＣＲ増幅に使用したオリゴヌクレオチドプライマーは以下のとおりである：
【０２２６】
【化８】

ＭｇＣｌ_２は２．５ｍＭの最終濃度で使用し、ＤＮＡ鋳型は１５０ｎｇ／５０μｌのＰＣＲで使用した。サイクルは、［９５℃、２分］×１；［９５℃、１分；６７．５℃、１分；７２℃、１分］×３５；［７２℃、５分］×１；４℃で行った。それぞれのＰＣＲ反応物に対して、３μｌの特異的１０×制限酵素緩衝液に加えて、１０単位のＴａｑＩ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を添加した。インキュベーションは、６５／一晩行った。電気泳動は９％のＰＡＧＥによって行った。
【０２２７】
制限酵素での消化により、１２ｂｐの一定のバンドと、対立遺伝子１に対応する８５ｂｐと９７ｂｐの２つのさらなるバンド、または対立遺伝子２に対応する１８２ｂｐの１つのバンドのいずれかが生じた。２種類の対立遺伝子についての頻度は、０．８２および０．１８であった。
【０２２８】
ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）：この対立遺伝子の検出のための方法は、Ｗｙｌｌｉｅらの米国特許公開番号２００３／０２３５８９０（その開示は、その全体が引用により本明細書中に組み入れられる）の中で詳細に記載されている。
【０２２９】
（実施例２）
外部刺激に対する皮膚の炎症反応は、ＩＬ−１遺伝子型の変化による影響を受ける。以下の実施例は、低炎症性の遺伝子型を持つ個体には、炎症誘発性の遺伝子型を持つ被検体よりも、炎症反応を誘発するために強い刺激が必要であることの証拠を提供する。
【０２３０】
本実施例では、段階的な線量での皮膚の特定の領域に影響を与えるＵＶ線刺激による反応を、最小紅斑量（皮膚の発赤）を引き起こすために必要なエネルギー量（最小紅斑量、ＭＥＤ；「較正された標準化されたＵＶ線源に対する照射の秒数」として表される）によって測定した。これは、皮膚科学／化粧品の分野の研究において標準的な試験である。この実験では、被検体を、「遺伝子型特異的グループ」を示す選択した遺伝子型（１、２、３）についてスクリーニングし、その後、彼らのＭＥＤを決定した（それぞれのグループに含まれる遺伝子型（ＩＬ−１ ＳＮＰ）については添付の図面（ｓｐｒｅａｄ ｓｈｅｅｔ）を参照のこと）。グループＩ、２、および３のそれぞれについてのＩＬ−１対立遺伝子パターンを以下の表１に提供する。簡単に説明すると、グループ１の遺伝子型にはＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子２、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子２、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１の対立遺伝子パターンが含まれる；グループ２の遺伝子型には、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２の対立遺伝子パターンが含まれる；そしてグループ３の遺伝子型には、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子２、およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１の対立遺伝子パターンが含まれる。
【０２３１】
それぞれの被験体の最小紅斑量（ＭＥＤ）を、臀部について決定した。隣接する保護していない皮膚の部位上に７回までの照射曝露を行った。各回の照射は、直前の回の照射のエネルギーよりも２５％大きいエネルギーで行った。これらの部位を、各回の照射の終了後に、直後の赤み（ＩＥ）と即時型の黒化反応（ＩＰＤ）について病期決定した。７回の照射は約７ｃｍ×４ｃｍの臀部（ｂｕｔｔｏｃｋ ｃｈｅｅｋ）の領域に行った。照射は、色が一様であり、これまでほとんどＵＶ線照射を受けていないと見られる皮膚に対して行った。
【０２３２】
ＵＶ線照射は、自然の太陽光スペクトルに匹敵する範囲の紫外線をスペクトル出力する人工光源によって供給した。１５０ワットのキセノンアークランプ（ｘｅｎｏｎ ａｒｃ ｌａｍｐ）を備えたシングルポートソーラーシミュレーター（Ｍｏｄｅｌ １６Ｓ，Ｓｏｌａｒ ＵＶ Ｓｉｍｕｌａｔｏｒ，Ｓｏｌａｒ Ｌｉｇｈｔ Ｃｏ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．）を照射に使用した。ＵＶＡ＋ＵＶＢ照射は、ソーラーシミュレーターの紫外線照射経路の中に配置したＵＧ−５またはＵＧ−１１フィルターとＷＧ−３２０フィルター（Ｓｃｈｏｔｔ Ｇｌａｓｓ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）の組み合わせ使用することによって得た。このプロトコールを以下にまとめる。
【０２３３】
１ｃｍの直径の紫外線照射光線を、ランプの覆いから３インチの距離にある皮膚にあてた。キセノン球の紫外線照射出力を３Ｄ−６００メーター（Ｓｏｌａｒ Ｌｉｇｈｔ Ｃｏ．）を使用して測定した。測定は、ランプを少なくとも３０分間温めた後で行った。ＵＶＡ／ＵＶＢ照射出力を、ＭＥＤの決定前と、照射の各日に、ＭＥＤ／ｈｒ／ｃｍ^２およびＪ／ｃｍ^２で記録した。必要であれば、照射出力とスペクトル出力を、この実験期間全体を通じて一定に保つように調整することができる。必要に応じて、各照射日に開始して、このシステムのスペクトル出力を測定し、調整し、そしてスポンサーに文書で報告した。ソーラーシミュレーターが２つ以上必要な場合は、これらを同じ照射出力およびスペクトル出力が得られるように調整した。この紫外線出力とスペクトル出力は、全てのシミュレーターが同じ値となり、この実験期間全体を通じて一定なままであるように調整した。このシステムのスペクトル出力を、必要に応じて、各照射日に開始して測定し、調整し、そしてスポンサーに文書で報告した。
【０２３４】
ＭＥＤの決定／スクリーニングは以下のように行った。一連のＭＥＤ照射の２４時間後に、全ての部位を紅斑について臨床的に病期決定した。データは、それぞれ８個の部位（１箇所は照射しなかった部位、７箇所は照射した部位）について、記録者がそれぞれの部位に割り当てた病期として得た。データを、グループの被験体の数とＵＶＲ線量によって分類した。同じＵＶＲ線量を照射した照射部位についての平均スコアをそれぞれのグループについて計算した。その後、グループ内で同じＵＶＲ線を照射した複数の部位についての平均スコアを、ＦｉｓｈｅｒのＬＳＤを用いてＡＮＯＶＡを使用してグループ１、２、および３の間で比較した。統計学的有意性はｐ≦０．０５で決定した。
【０２３５】
結果は、グループ＃２のＭＥＤが、グループ＃１または＃３のＭＥＤのいずれとも有意に異なることを示しており；このグループは、最小紅斑反応を生じるために必要なＵＶ照射（ＭＥＤ）がより高い線量（秒数）であるので、ｈｙｐｏ−炎症反応パターンを示す。
【０２３６】
【表１】

【０２３７】
【表２】

（実施例３）
実施例２により、ＩＬ−１多型遺伝子型決定に基づく３種類の遺伝子型のグループのうちの１つに分けられた若い女性の間でのＵＶ線（ソーラーシミュレーター）に対する反応の差を同定した。彼らの反応（ＭＥＤによって測定した）は、グループ＃２の女性には、グループ＃１または＃３のいずれの女性よりも、最小の目で見ることができる紅斑（炎症）反応を生じさせるためにより多量のエネルギー量が必要であることを示していた。
【０２３８】
ＭＥＤと特異的な遺伝子型によって定義される被験体のグループとの間での関係の分析に加えて、基準となる皮膚の色の定量的測定値（以下に説明するように、Ｌ^＊およびａ^＊値として表す）とＵＶ線に対する反応（ＭＥＤ）との１つのＳＮＰの関係についての分析を行った。個体の皮膚のタイプ（Ｆｉｔｚｐａｔｒｉｃｋ皮膚分類尺度によって測定した）もまた、ＵＶ線に対する反応とのこれらのＳＮＰの関係の交絡変数として試験した。
【０２３９】
本実施例で使用したように、最小紅斑量（ＭＥＤ）は、皮膚の発赤の最初の兆候を誘導するために必要なＵＶ線の照射量の指標となる。この値が大きければ大きいほど、皮膚を赤くするためにより多くのエネルギーが必要である。したがって、より高いＭＥＤ値を持つ皮膚は、ＵＶ後に炎症を起こしにくい。この値が低ければ低いほど、その皮膚はＵＶに対して敏感に炎症反応を起こす。
【０２４０】
平均Ｌ^＊値は、皮膚の色の尺度である；この値が高ければ高いほど、色は明るい（色素沈着形成）；この値が低ければ低いほど、色は暗い。平均Ｌ^＊値は、調整係数（ａｄｊｕｓｔｍｅｎｔ ｆａｃｔｏｒ）として使用することができる。なぜなら、色素沈着形成が多ければ（Ｌ^＊値が低い）皮膚をＵＶ線から保護することができるからである。高炎症性の遺伝子型は皮膚の高い色素レベル（皮膚の色の濃さ）と関係があると予想することができる。
【０２４１】
平均ａ^＊値は、皮膚の色の尺度である。この値が高ければ高いほど、皮膚の色は赤みが増す（紅斑の尺度）。ｈｙｐｅｒ−炎症性のＩＬ−１遺伝子型は、ＵＶ線照射されなくても高い値（赤み）を持つと予想することができる。
【０２４２】
以下の表３に示すように、ＩＬ−１Ｂ −５１１多型とＬ^＊変数またはａ^＊変数との間には相関関係は見られなかった。しかし、ＩＬ−１Ｂ −５１１多型とＭＥＤとの間には興味深い相互関係が見られた。１，１（または１１）遺伝子型（ＣＣ）を持つ被験体は、２，２（または（２２））遺伝子型）を持つ被験体（４５．１５）よりもＭＥＤ値が統計学的に低かった（３８．７６）；Ｐ＝０．００４。１，２（または、１２）遺伝子型の被験体についてはＭＥＤは決定しなかった。
【０２４３】
ＩＬ−１Ｂ−５１１多型について２．２（Ｃ／Ｃ）遺伝子型である被験体は、ＵＶ線照射後に皮膚に軽度の炎症反応があった。ＩＬ−１Ｂ−５１１多型について１．１（Ｔ／Ｔ）遺伝子型である被験体はＵＶに対してより大きな炎症反応があった。
【０２４４】
【表３】

以下の表に示すように、ＩＬ−１ＲＮ ＋２０１８多型とＬ^＊変数またはａ^＊変数との間に関係は明らかにならなかった。しかし、この多型とＭＥＤとの間の関係が明らかになった。１，１遺伝子型（ＣＣ）を持つ被験体は、他の被験体よりも統計学的に低いＭＥＤ値（３８．７６）を有していた。ＡＮＯＶＡ Ｐ：０．００５。
【０２４５】
しかし、複数の遺伝子型の間で統計学的に有意な傾向は見られなかった。１，２遺伝子型の被験体については、驚くほど高いＭＥＤ値（４７．９０）が見られた。ＩＬ−ＲＮ ＋２０１８多型について１，１（ＴＴ）遺伝子型の被験体は、ＵＶ照射後の皮膚において大きな炎症反応があった。ＩＬ−ＲＮ＋２０１８多型について２種類の対立遺伝子を持つ被験体は高いＭＥＤ値を有しており、結果として、ＵＶ線に対して低い炎症反応を示した。
【０２４６】
【表４】

Ｌ値をさらに調整した後でもなお、−５１１Ｃ＞Ｔ多型とＭＥＤレベルとの関係は依然、統計学的に有意であり（ｐ＝０．０２５）、この関係の依存性を示していた。フィッツパトリック皮膚タイプについてのこの関係のさらなる調整によっても、−５１１Ｃ＞Ｔ多型の統計学的有意性は変わらなかった（Ｐ＜０．０５）。
【０２４７】
（実施例４）
皮膚の炎症反応に対するハプロタイプの影響。グループ＃２についての遺伝子型の定義は、表５（以下）に、ＩＬ１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子が珍しい変異体（「２」またはヌクレオチド「Ｃ」）であるというさらなる条項を用いて、「Ｂ２」として示される、ハプロタイプ（ＩＬ−１多型対立遺伝子の１つの染色体アラインメント）に基づく。さらに具体的に言うと、グループ＃２を、以下の表６にＢ２／Ｂ２およびＢ２／Ｂ４として示す特異的なハプロタイプ対（両方の染色体または遺伝子型）を含むと定義した。同様に、グループ＃１の個体は、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子が１．１遺伝子型であるという条項を用いてハプロタイプＢ３、および主にＢ３／Ｂ３ハプロタイプ対によって定義した。グループ＃３は、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子が１．１遺伝子型であるという条項を用いて、Ｂ１ハプロタイプおよびＢ１／Ｂ１ハプロタイプ対によって定義した。
【０２４８】
【表５】

【０２４９】
【表６】

（実施例５）
これらのＩＬ−１プロモーターハプロタイプの機能的有意性を明らかにするために、ＩＬ−１遺伝子型であることがわかっている個体（白人；イタリア人）由来の末梢血単核細胞について別の実験を行った。そのような細胞によって放出されたＩＬ−１Ｂ タンパク質の量を、内毒素（ＬＰＳ）による刺激の前後にインビトロで測定した。刺激（ＵＶ線）に対する皮膚の炎症反応において重要な差を示したハプロタイプの対は、このモデルシステムにおいてＩＬ−１Ｂタンパク質の生産において重要な差を示した対でもあった（表７、下記）。
【０２５０】
【表７】

これらの結果は、炎症の外部誘導因子（ＵＶ線）に対する反応に関する皮膚の試験において複数の遺伝子型グループの間で見られた遺伝的な差が、（試験したような）白人集団のみならず、上記の表６に示したような優性なハプロタイプに注目した場合には、他の世界中の集団においても見られる、優性な複数のハプロタイプ間でそれらが識別されるので、特に関連性が高い。
【０２５１】
【数２】

参考文献の引用
本明細書中に記載される全ての刊行物および特許は、それぞれの個々の刊行物または特許が引用によって具体的かつ個別に組み入れられることが示されているかのように、それらの全体が引用により本明細書中に組み入れられる。矛盾する場合は、本明細書中のあらゆる定義を含む本明細書が決定するであろう。
【０２５２】
等価物
本発明の特異的な実施形態についての上記の詳細な説明から、特有の方法が記載されていることは明らかなはずである。特定の実施形態が本明細書中に詳細に開示されてきたが、これは説明の目的だけのために例示されており、以下の添付の特許請求の範囲に関する限定とは意図されない。具体的には、様々な置き換え、変更、あるいは改変を、特許請求の範囲に定義されるような本発明の精神および範囲から逸脱することなく本発明に対して行うことができることが、本発明者らによって意図される。
【０２５３】
本発明は、特に好ましい実施形態および実施例に関して記載されてきたが、当業者は、その精神および範囲から逸脱することなく本発明に対して様々な改変を行うことができることを理解する。
【０２５４】
本明細書中で言及されたおよび／または添付のデータシートに列挙された上記の米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、および非特許刊行物は全て、それらの全体が引用により本明細書中に組み入れられる。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体について皮膚疾患を発症する傾向を予測する方法であって：
（ａ）患者からゲノムＤＮＡを単離する工程；
（ｂ）該ゲノムＤＮＡ中のＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについて遺伝子多型パターンを決定する工程；ならびに
（ｃ）遺伝子多型パターンを対照試料と比較する工程
が含まれ、ここで、前記対照試料には、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２とＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２とが含まれ、該対照試料に対する該遺伝子多型パターンの類似性が皮膚疾患を発症しにくいことを示す、方法。
【請求項２】
前記対照試料が民族的に一致している対照試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについての遺伝子多型パターンを決定する前記方法の工程に、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２と連鎖不均衡の状態にある少なくとも１つの対立遺伝子を検出する工程がさらに含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについて遺伝子多型パターンを決定する前記方法の工程に、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１、およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１からなる群より選択される少なくとも１つの対立遺伝子を検出する工程がさらに含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
被験体について皮膚疾患を発症する傾向を予測する方法であって：
ａ）患者からゲノムＤＮＡを単離する工程；ならびに
ｂ）該ゲノムＤＮＡ中のＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについて対立遺伝子パターンを決定する工程
が含まれ、ここで、少なくとも１コピーのＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２および少なくとも１コピーのＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２の対立遺伝子パターンが、炎症をベースとする皮膚疾患を発症しにくいことを示す、方法。
【請求項６】
対立遺伝子パターンを決定する前記工程に、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）と少なくとも１つのＰＣＲプライマーとを用いる増幅が含まれ、ここで、前記ＰＣＲプライマーは：５’ＣＴＣＡＧＣＡＡＣＡＣＴＣＣＴＡＴ ３’（配列番号１１）；５’ＴＣＣＴＧＧＴＣＴＧＣＡＧＧＴＡＡ ３’（配列番号１２）、５’ＴＧＧ ＣＡＴ ＴＧＡ ＴＣＴ ＧＧＴ ＴＣＡ ＴＣ ３’（配列番号７）；および５’ＧＴＴ ＴＡＧ ＧＡＡ ＴＣＴ ＴＣＣ ＣＡＣ ＴＴ ３’（配列番号８）からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
対立遺伝子パターンを決定する前記工程に、ＡｖａＩおよびＢｓｕ３６Ｉからなる群より選択される少なくとも１種類の制限酵素での消化が含まれる、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
ゲノムＤＮＡ中で、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２またはＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２を持つ優性なハプロタイプの中に見られる少なくとも１つのさらなる対立遺伝子の存在を決定する工程がさらに含まれ、ここで、該少なくとも１つのさらなる対立遺伝子が、ＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子２、およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
ゲノムＤＮＡ中で、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２またはＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２を持つ優性なハプロタイプ対の中に見られる少なくとも１つの対立遺伝子対の存在を決定する工程がさらに含まれ、ここで、該少なくとも１つの対立遺伝子対が：ＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子２；ならびにＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
ゲノムＤＮＡ中で、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２またはＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２を持つ優性なハプロタイプ対の中に見られる少なくとも１つの対立遺伝子対の存在を決定する工程がさらに含まれ、ここで、該少なくとも１つの対立遺伝子対が：ＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子２およびＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子２；ならびにＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項１１】
炎症をベースとする皮膚疾患を発症しにくいことを示す対立遺伝子パターンに、ＩＬ−１炎症性ハプロタイプと連鎖不均衡の状態にあることが見い出されるＩＬ−１多型対立遺伝子が含まれ、ここで、該ＩＬ−１炎症性ハプロタイプに、ＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子２、およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１からなる群より選択される対立遺伝子が含まれる、請求項５に記載の方法。
【請求項１２】
炎症をベースとする皮膚疾患を発症しにくいことを示す対立遺伝子パターンに、ＩＬ−１炎症性ハプロタイプ対と連鎖不均衡の状態にあることが見い出されるＩＬ−１多型対立遺伝子が含まれ、ここで、該ＩＬ−１炎症性ハプロタイプ対に：ＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子２およびＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子２；ならびにＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１からなる群より選択される対立遺伝子対が含まれる、請求項５に記載の方法。
【請求項１３】
炎症をベースとする皮膚疾患を発症しにくいことを示す対立遺伝子パターンに、ＩＬ−１炎症性ハプロタイプ対と連鎖不均衡の状態にあることが見い出されるＩＬ−１多型対立遺伝子が含まれ、ここで、該ＩＬ−１炎症性ハプロタイプ対に：ＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ａ（−３７３７）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（＋３８７７）の対立遺伝子１；ＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（−１４６４）の対立遺伝子２；ならびにＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）の対立遺伝子１からなる群より選択される対立遺伝子対が含まれる、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
患者について皮膚疾患に対するかかりやすさを予測するためのキットであって：
（ａ）ＤＮＡ試料の採取手段；
（ｂ）ＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについて遺伝子多型パターンを決定するための手段であってポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーの１つのセットを含む手段、ならびに
（ｃ）ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子２およびＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子２を含む対照試料
が含まれている、キット。
【請求項１５】
被験体について皮膚疾患を発症する傾向を予測する方法であって：
（ａ）患者からゲノムＤＮＡを単離する工程；
（ｂ）該ゲノムＤＮＡ中のＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについて遺伝子多型パターンを決定する工程；ならびに
（ｃ）該遺伝子多型パターンを対照試料と比較する工程
が含まれ、ここで、前記対照試料には、ＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１およびＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１が含まれ、そして該対照試料に対する該遺伝子多型パターンの類似性が、皮膚疾患を発症しやすいことを示す、方法。
【請求項１６】
前記対照試料が民族的に一致している対照試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
ＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについて遺伝子多形パターンを決定する前記方法の工程に、ＩＬ−１Ｂ（−５１１）対立遺伝子１およびＩＬ−１ＲＮ（＋２０１８）対立遺伝子１と連鎖不均衡の状態にある少なくとも１つの対立遺伝子を検出する工程がさらに含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
ＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについて遺伝子多型パターンを決定する前記方法の工程に、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子２、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子２、およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子１からなる群より選択される少なくとも１つの対立遺伝子を検出する工程がさらに含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
ＩＬ−１ＢおよびＩＬ−１ＲＮについて遺伝子多型パターンを決定する前記方法の工程に、ＩＬ−１Ａ（＋４８４５）対立遺伝子１、ＩＬ−１Ｂ（＋３９５４）対立遺伝子１、およびＩＬ−１Ｂ（−３７３７）対立遺伝子２からなる群より選択される少なくとも１つの対立遺伝子を検出する工程がさらに含まれる、請求項１に記載の方法。

【図１−１】

【図１−２】

【図１−３】

【図１−４】

【図２−１】

【図２−２】

【図２−３】

【図３−１】

【図３−２】

【図３−３】

【図３−４】

【図４】

【公表番号】特表２０１１−５０２５１０（Ｐ２０１１−５０２５１０Ａ）
【公表日】平成２３年１月２７日（２０１１．１．２７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５３３１１７（Ｐ２０１０−５３３１１７）
【出願日】平成２０年１１月１０日（２００８．１１．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０１２６３３
【国際公開番号】ＷＯ２００９／０６１５０６
【国際公開日】平成２１年５月１４日（２００９．５．１４）
【出願人】（５１０１２６５７５）インタールーキン　ジェネティクス，　インコーポレイテッド (3)
【Ｆターム（参考）】