肺癌の治療および診断のための組成物および方法
【課題】 癌（特に、肺癌）の治療および診断のための組成物および方法を提供する。
【解決手段】 例示的な組成物は、１つ以上肺腫瘍ポリペプチド、その免疫原性部分、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、このようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞、およびこのようなポリペプチドを発現する細胞に特異的なＴ細胞を含む。開示された組成物は、例えば、疾患、特に肺癌の診断、予防および／または処置において有用である。このようなポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、肺癌の診断および処置のための薬学的組成物（例えば、ワクチン）、および他の組成物において用いられ得る。
【解決手段】 例示的な組成物は、１つ以上肺腫瘍ポリペプチド、その免疫原性部分、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、このようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞、およびこのようなポリペプチドを発現する細胞に特異的なＴ細胞を含む。開示された組成物は、例えば、疾患、特に肺癌の診断、予防および／または処置において有用である。このようなポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、肺癌の診断および処置のための薬学的組成物（例えば、ワクチン）、および他の組成物において用いられ得る。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における肺癌の発達を阻害する方法であって、該方法は、以下；
（ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド；ならびに
（ｅ）（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ヒトＴ細胞応答もしくはＢ細胞応答を刺激することが可能である、アミノ酸配列を含む、ポリペプチド
からなる群の中から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者へ投与する工程を包含する、方法。
【請求項２】
患者における腫瘍の進行を防止する方法であって、該方法は、以下；
（ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；ならびに
（ｅ）（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、該ポリペプチドは、ヒトＴ細胞応答もしくはＢ細胞応答を刺激することが可能なアミノ酸配列を含む、ポリペプチド
からなる群の中から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者へ投与する工程を包含する、方法。
【請求項３】
前記組成物が少なくとも１つのアジュバントをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、前記アジュバントが、Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５；ＡＳ−１，ＡＳ−２；水酸化アルミニウムゲル；リン酸アルミニウム；カルシウムの塩；鉄または亜鉛；アシル化チロシンアシル化糖の不溶性の懸濁液；陽イオン的に誘導体化された多糖または陰イオン的に誘導化された多糖；ポリホスファゼン；生分解性の微粒子；モノホスホリル脂質Ａ、ＱＳ２１、アミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート、およびクイルＡからなる群から選択される、方法。
【請求項５】
腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を刺激および／または増殖させるための方法であって、Ｔ細胞の刺激および／または増殖を可能にするための条件および十分な時間の下、以下：
（ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸を含むポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；
（ｅ）（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｆ）（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）に従うポリペプチドでパルスされたか、またはそれを発現する、抗原提示細胞
からなる群から選択される少なくとも１つの成分とＴ細胞とをエキソビボで接触させる工程を包含する、方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法に従って調製されるＴ細胞を含む、単離されたＴ細胞集団。
【請求項７】
患者における肺癌の処置のための方法であって、請求項６に記載の増殖させたＴ細胞を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含する、方法。
【請求項８】
患者における免疫応答を刺激するための方法であって、以下：
（ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるポリペプチドをコードする配列を含む、ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるポリペプチドをコードする配列からなる、ポリヌクレオチド；および
（ｄ）（ｂ）または（ｃ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するポリペプチド配列をコードする配列を含む、ポリヌクレオチド；
からなる群から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含し、ここで該ポリヌクレオチドは、ヒトＴ細胞応答またはヒトＢ細胞応答を刺激することが可能なポリペプチドをコードする、方法。
【請求項９】
患者における免疫応答を刺激するための方法であって、以下：
（ａ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはそれらの一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
からなる群から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含し、ここで該ポリペプチドは、ヒトＴ細胞応答またはヒトＢ細胞応答を刺激することが可能である、方法。
【請求項１０】
前記組成物が、少なくとも１つのアジュバントをさらに含む、請求項８または９に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記アジュバントが、Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５；ＡＳ−１，ＡＳ−２；水酸化アルミニウムゲル；リン酸アルミニウム；カルシウムの塩；鉄または亜鉛；アシル化チロシンアシル化糖の不溶性の懸濁液；陽イオン的に誘導体化された多糖または陰イオン的に誘導化された多糖；ポリホスファゼン；生分解性の微粒子；モノホスホリル脂質Ａ、ＱＳ２１、アミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート、およびクイルＡからなる群から選択される、方法。
【請求項１２】
配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部に示される少なくとも１つのポリペプチドを含む、融合タンパク質。
【請求項１３】
発現制御エレメントに作動可能に連結された請求項１２に記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
【請求項１４】
請求項１３に記載の発現べクターで形質転換またはトランスフェクトされた、宿主細胞。
【請求項１５】
配列番号５４８、５５９、５６０、４６１、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９７、５０７〜５４７、および５４９〜５５８に示されるポリペプチドに特異的に結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１６】
前記抗体またはその抗原結合フラグメントがモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１７】
請求項１５に記載の少なくとも１つの抗体および検出試薬を含む診断キットであって、該検出試薬がレポーター群を含む、診断キット。
【請求項１８】
生理学的に受容可能なキャリアおよび免疫刺激物からなる群から選択される第１の成分、ならびに以下：
（ａ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）請求項１２に記載の融合タンパク質；
（ｃ）請求項１５に記載の抗体；
（ｄ）請求項６に記載のＴ細胞集団、および
（ｅ）（ａ）に記載のポリペプチドででパルスされたか、またはそれを発現する抗原提示細胞、
からなる群から選択される第２の成分を含む、組成物。
【請求項１９】
患者における免疫応答を刺激するための方法であって、請求項１８に記載の組成物を該患者へと投与する工程を包含する、方法。
【請求項２０】
患者における肺癌の処置のための方法であって、請求項１８に記載の組成物を該患者へと投与する工程を包含する、方法。
【請求項２１】
配列番号４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列をコードする配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２２】
配列番号４７０〜４７７、４８１〜４８２、４８４、４９１、４９７および５０４〜５６０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項１】
患者における肺癌の発達を阻害する方法であって、該方法は、以下；
（ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド；ならびに
（ｅ）（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ヒトＴ細胞応答もしくはＢ細胞応答を刺激することが可能である、アミノ酸配列を含む、ポリペプチド
からなる群の中から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者へ投与する工程を包含する、方法。
【請求項２】
患者における腫瘍の進行を防止する方法であって、該方法は、以下；
（ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；ならびに
（ｅ）（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、該ポリペプチドは、ヒトＴ細胞応答もしくはＢ細胞応答を刺激することが可能なアミノ酸配列を含む、ポリペプチド
からなる群の中から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者へ投与する工程を包含する、方法。
【請求項３】
前記組成物が少なくとも１つのアジュバントをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、前記アジュバントが、Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５；ＡＳ−１，ＡＳ−２；水酸化アルミニウムゲル；リン酸アルミニウム；カルシウムの塩；鉄または亜鉛；アシル化チロシンアシル化糖の不溶性の懸濁液；陽イオン的に誘導体化された多糖または陰イオン的に誘導化された多糖；ポリホスファゼン；生分解性の微粒子；モノホスホリル脂質Ａ、ＱＳ２１、アミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート、およびクイルＡからなる群から選択される、方法。
【請求項５】
腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を刺激および／または増殖させるための方法であって、Ｔ細胞の刺激および／または増殖を可能にするための条件および十分な時間の下、以下：
（ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸を含むポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｄ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；
（ｅ）（ｃ）または（ｄ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｆ）（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）に従うポリペプチドでパルスされたか、またはそれを発現する、抗原提示細胞
からなる群から選択される少なくとも１つの成分とＴ細胞とをエキソビボで接触させる工程を包含する、方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法に従って調製されるＴ細胞を含む、単離されたＴ細胞集団。
【請求項７】
患者における肺癌の処置のための方法であって、請求項６に記載の増殖させたＴ細胞を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含する、方法。
【請求項８】
患者における免疫応答を刺激するための方法であって、以下：
（ａ）配列番号１７５、４７８、４７９、および４８３またはそれらの一部のいずれか１つに示されるポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるポリペプチドをコードする配列を含む、ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるポリペプチドをコードする配列からなる、ポリヌクレオチド；および
（ｄ）（ｂ）または（ｃ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するポリペプチド配列をコードする配列を含む、ポリヌクレオチド；
からなる群から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含し、ここで該ポリヌクレオチドは、ヒトＴ細胞応答またはヒトＢ細胞応答を刺激することが可能なポリペプチドをコードする、方法。
【請求項９】
患者における免疫応答を刺激するための方法であって、以下：
（ａ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはそれらの一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｂ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなる、ポリペプチド；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）のポリペプチドに少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
からなる群から選択される少なくとも１つの成分を含む有効量の組成物を該患者に投与する工程を包含し、ここで該ポリペプチドは、ヒトＴ細胞応答またはヒトＢ細胞応答を刺激することが可能である、方法。
【請求項１０】
前記組成物が、少なくとも１つのアジュバントをさらに含む、請求項８または９に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記アジュバントが、Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｆｒｅｕｄ’ｓ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５；ＡＳ−１，ＡＳ−２；水酸化アルミニウムゲル；リン酸アルミニウム；カルシウムの塩；鉄または亜鉛；アシル化チロシンアシル化糖の不溶性の懸濁液；陽イオン的に誘導体化された多糖または陰イオン的に誘導化された多糖；ポリホスファゼン；生分解性の微粒子；モノホスホリル脂質Ａ、ＱＳ２１、アミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート、およびクイルＡからなる群から選択される、方法。
【請求項１２】
配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部に示される少なくとも１つのポリペプチドを含む、融合タンパク質。
【請求項１３】
発現制御エレメントに作動可能に連結された請求項１２に記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
【請求項１４】
請求項１３に記載の発現べクターで形質転換またはトランスフェクトされた、宿主細胞。
【請求項１５】
配列番号５４８、５５９、５６０、４６１、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９７、５０７〜５４７、および５４９〜５５８に示されるポリペプチドに特異的に結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１６】
前記抗体またはその抗原結合フラグメントがモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１７】
請求項１５に記載の少なくとも１つの抗体および検出試薬を含む診断キットであって、該検出試薬がレポーター群を含む、診断キット。
【請求項１８】
生理学的に受容可能なキャリアおよび免疫刺激物からなる群から選択される第１の成分、ならびに以下：
（ａ）配列番号１７６、４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７、および５０４〜５６０またはその一部のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）請求項１２に記載の融合タンパク質；
（ｃ）請求項１５に記載の抗体；
（ｄ）請求項６に記載のＴ細胞集団、および
（ｅ）（ａ）に記載のポリペプチドででパルスされたか、またはそれを発現する抗原提示細胞、
からなる群から選択される第２の成分を含む、組成物。
【請求項１９】
患者における免疫応答を刺激するための方法であって、請求項１８に記載の組成物を該患者へと投与する工程を包含する、方法。
【請求項２０】
患者における肺癌の処置のための方法であって、請求項１８に記載の組成物を該患者へと投与する工程を包含する、方法。
【請求項２１】
配列番号４７０〜４７７、４８０〜４８２、４８４、４９１、４９７および５０４〜５６０のいずれか１つに示されるアミノ酸配列をコードする配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２２】
配列番号４７０〜４７７、４８１〜４８２、４８４、４９１、４９７および５０４〜５６０のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【公開番号】特開２０１０−２２７１１２（Ｐ２０１０−２２７１１２Ａ）
【公開日】平成２２年１０月１４日（２０１０．１０．１４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−１１５３５３（Ｐ２０１０−１１５３５３）
【出願日】平成２２年５月１９日（２０１０．５．１９）
【分割の表示】特願２００３−５８３２０６（Ｐ２００３−５８３２０６）の分割
【原出願日】平成１５年４月７日（２００３．４．７）
【出願人】（３９７０６９３２９）コリクサ コーポレイション (38)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２２年１０月１４日（２０１０．１０．１４）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年５月１９日（２０１０．５．１９）
【分割の表示】特願２００３−５８３２０６（Ｐ２００３−５８３２０６）の分割
【原出願日】平成１５年４月７日（２００３．４．７）
【出願人】（３９７０６９３２９）コリクサ コーポレイション (38)
【Ｆターム（参考）】
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