説明

肺癌マーカーとその使用

肺癌マーカー(LCM)を用いて、疾患、特に癌、とりわけ肺癌を評価(例えば、診断)、処置および予防するための方法および組成物が提供される。個別のLCMおよび複数のLCMを含むパネルが、これらおよび他の用途のために提供される。LCMを用いて、処置の有効性を判定するため、もしくは予測するため、または処置を選択するための、方法および組成物もまた提供される。LCMを用いて細胞機能を調節するための方法および組成物がさらに提供される。LCMを調節する組成物(例えば、アンタゴニストまたはアゴニスト)(例えば、抗体、タンパク質、小分子化合物および核酸物質(例えば、RNAiおよびアンチセンス剤))ならびにその薬学的組成物も提供される。LCMを調節する薬剤についてスクリーニングする方法およびこれらのスクリーニング方法によって同定される薬剤が、さらに提供される。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
個体における肺癌を検出する方法であって、該方法は、該個体由来のサンプル中のTFPIのレベルを検出する工程を包含し、高レベルのTFPIは、該個体が肺癌を有することを示す、方法。
【請求項2】
前記個体由来のサンプル中の、Cyfra、SLPI、TIMP1、SCC、CEACAM5、MMP2、OPNおよびMDKからなる群から選択される少なくとも1つのマーカーのレベルを検出する工程をさらに包含し、ここで高レベルの該マーカーは、該個体が肺癌を有することを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記方法が、前記マーカーCyfra、SLPI、TIMP1、CEACAM5およびMDKのレベルを検出する工程を包含し、高レベルの複数の該マーカーは、該個体が肺癌を有することを示す、請求項2に記載の方法。
【請求項4】
前記方法が、前記マーカーSCC、MMP2およびOPNのレベルを検出する工程をさらに包含し、ここで高レベルの複数の該マーカーは、前記個体が肺癌を有することを示す、請求項3に記載の方法。
【請求項5】
個体における肺癌を検出する方法であって、該方法は、表5に提供されるパネルからなる群から選択されるマーカーのパネルのレベルを検出する工程を包含し、ここで高レベルの複数の該マーカーは、該個体が肺癌を有することを示す、方法。
【請求項6】
表4に提供されるマーカーからなる群から選択されるマーカーのレベルを検出する工程をさらに包含する、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
【請求項7】
前記方法が、表6に提供されるパネルからなる群から選択されるマーカーのパネルのレベルを検出する工程を包含し、ここで高レベルの複数の該マーカーは、前記個体が肺癌を有することを示す、請求項6に記載の方法。
【請求項8】
表1〜2(配列番号1〜65ならびに炭水化物抗原CA242、CA19−9およびCA72−4)、表4、図1および図12に提供されるマーカーからなる群から選択される少なくとも1つのマーカーのレベルを検出する工程をさらに包含する、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
【請求項9】
個体における肺癌が、腺癌であるか、または扁平上皮癌であるかを判定する方法であって、該方法は、該個体由来のサンプル中の、表7に提供されるパネルからなる群から選択されるマーカーのパネルのレベルを検出する工程を包含し、ここで異なるレベルの該マーカーは、該肺癌が腺癌または扁平上皮癌のどちらかであることを示す、方法。
【請求項10】
個体における肺癌の病期を判定する方法であって、該方法は、該個体由来のサンプル中の、表8に提供されるパネルからなる群から選択されるマーカーのパネルのレベルを検出する工程を包含し、ここで異なるレベルの該マーカーは、該肺癌の病期を示す、方法。
【請求項11】
前記病期が、第I期または第III期である、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
個体における肺癌が、小細胞肺癌(SCLC)であるか、または非小細胞肺癌(NSCLC)であるかを判定する方法であって、該方法は、該個体由来のサンプル中の、表9に提供されるパネルからなる群から選択されるマーカーのパネルのレベルを検出する工程を包含し、ここで異なるレベルの該マーカーは、該肺癌がSCLCまたはNSCLCのどちらかであることを示す、方法。
【請求項13】
前記マーカーのパネルが、前記マーカーOPNを含む、請求項12に記載の方法。
【請求項14】
個体における肺の病変が、悪性腫瘍であるか、または良性の病変であるかを判定する方法であって、該方法は、該個体由来のサンプル中の、表10に提供されるパネルからなる群から選択されるマーカーのパネルのレベルを検出する工程を包含し、ここで異なるレベルの該マーカーは、該肺の病変が悪性腫瘍または良性の病変のどちらかであることを示す、方法。
【請求項15】
前記肺の病変が、コンピュータ断層撮影(CT)スクリーニングによって観察されたものである、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
個体において小細胞肺癌(SCLC)または非小細胞肺癌(NSCLC)を検出する方法であって、該方法は、該個体由来のサンプル中の、表11および12に提供されるパネルからなる群から選択されるマーカーのパネルのレベルを検出する工程を包含し、ここで異なるレベルの表11における該マーカーは、該個体がSCLCを有することを示し、そして異なるレベルの表12における該マーカーは、該個体がSCLCまたはNSCLCを有することを示す、方法。
【請求項17】
個体において肺癌の後退または再発についてモニターする方法であって、該方法は、前の時点および後の時点における該個体由来のサンプル中の、図19に提供されるマーカーからなる群から選択される1つ以上のマーカーのレベルを検出する工程を包含し、ここで該前の時点と比べて該後の時点における該レベルの上昇は、肺癌の再発を示し、そして該前の時点と比べて該後の時点における該レベルの低下は、肺癌の後退を示す、方法。
【請求項18】
前記検出工程が、イムノアッセイによって前記マーカーを検出する工程を包含する、請求項4に記載の方法。
【請求項19】
前記イムノアッセイが、ELISAである、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
検出される前記マーカーが、ポリペプチドである、請求項4に記載の方法。
【請求項21】
検出される前記マーカーが、mRNA分子である、請求項4に記載の方法。
【請求項22】
前記検出工程が、前記サンプルを、前記マーカーに選択的に結合する抗体と接触させる工程および該マーカーへの該抗体の結合を検出する工程を包含する、請求項20に記載の方法。
【請求項23】
前記検出工程が、前記サンプルを、前記マーカーをコードする核酸分子に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させる工程、および該核酸分子への該オリゴヌクレオチドの結合を検出する工程を包含する、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
Cyfra、SLPI、TIMP1、SCC、TFPI、CEACAM5、MMP2、OPNおよびMDKを含む複数の肺癌マーカーを検出するための基質および検出試薬を含む組成物であって、ここで該検出試薬が、該基質に結合されている、組成物。
【請求項25】
前記検出試薬が、前記マーカーに選択的に結合する抗体である、請求項24に記載の組成物。
【請求項26】
前記検出試薬が、マーカーポリペプチドまたはその抗原性フラグメントである、請求項24に記載の組成物。
【請求項27】
前記検出試薬が、前記マーカーをコードする核酸分子に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドである、請求項24に記載の組成物。
【請求項28】
Cyfra、SLPI、TIMP1、SCC、TFPI、CEACAM5、MMP2、OPNおよびMDKを含む複数の肺癌マーカーを検出するための少なくとも1つの容器および検出試薬を備えたキットであって、ここで該検出試薬が、該容器の1つ以上の中に保存されている、キット。
【請求項29】
前記検出試薬が、イムノアッセイにおいて使用するための抗体または抗原である、請求項28に記載のキット。
【請求項30】
前記検出試薬のうちの少なくとも1つが、検出可能部分で標識されている、請求項28に記載のキット。
【請求項31】
前記イムノアッセイが、ELISAである、請求項29に記載のキット。
【請求項32】
前記検出試薬が、抗体であり、該抗体は、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、一本鎖抗体および抗イディオタイプ抗体のうちの少なくとも1つである、請求項28に記載のキット。
【請求項33】
前記検出試薬が、抗体であり、該抗体は:
a)Fabフラグメント;
b)F(ab’)フラグメント;および
c)Fvフラグメント
からなる群から選択される抗体フラグメントを含む、請求項28に記載のキット。
【請求項34】
前記サンプルが、血清サンプルである、請求項4に記載の方法。
【請求項35】
前記個体に対して予後判定を提供する工程をさらに包含する、請求項4に記載の方法。
【請求項36】
前記方法が、肺癌の処置後に行われる、請求項4に記載の方法。
【請求項37】
複数の前記マーカーのレベルに基づいて、個体に適用するための肺癌の処置を選択する工程、および該個体に該処置を適用する工程をさらに包含する、請求項4に記載の方法。
【請求項38】
治療薬の臨床試験に含めるための前記個体を選択する工程をさらに包含する、請求項4に記載の方法。
【請求項39】
個体における肺癌を検出する方法であって、該方法は、サンプル中の少なくとも1つの肺癌マーカーを検出する工程を包含し、該マーカーは、表1〜2(配列番号1〜65ならびに炭水化物抗原CA242、CA19−9およびCA72−4)、表4、図1および図12に示されるマーカーからなる群から選択され、そして異なるレベルの該マーカーは、肺癌の存在を示す、方法。
【請求項40】
前記異なるレベルは、高レベルであることを特徴とする、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
前記高レベルが、肺癌を有しない個体における前記マーカーの平均レベルよりも少なくとも2標準偏差高い、請求項40に記載の方法。
【請求項42】
肺癌の進行または後退についてモニターする方法であって、該方法は、前の時点および後の時点におけるサンプル中の少なくとも1つの肺癌マーカーを検出する工程を包含し、該マーカーは、表1〜2(配列番号1〜65ならびに炭水化物抗原CA242、CA19−9およびCA72−4)、表4、図1および図12に示されるマーカーからなる群から選択され、該前の時点と比べて該後の時点における該レベルの上昇が、肺癌の進行を示し、そして該前の時点と比べて該後の時点における該レベルの低下が、肺癌の後退を示す、方法。
【請求項43】
前記マーカーが、図19に提供されるマーカーからなる群から選択される少なくとも1つのマーカーを含む、請求項42に記載の方法。
【請求項44】
前記方法が、肺癌の処置と併せて行われる、請求項42に記載の方法。
【請求項45】
前記前の時点が、肺癌の処置の前であり、そして前記後の時点が、該肺癌の処置の後である、請求項44に記載の方法。
【請求項46】
前記肺癌の処置が、治療薬の投与、肺の腫瘍の少なくとも一部の外科的切除または放射線治療のうちの少なくとも1つを含む、請求項44に記載の方法。
【請求項47】
肺癌を処置する方法であって、該方法は、表1〜2(配列番号1〜65ならびに炭水化物抗原CA242、CA19−9およびCA72−4)、表4、図1および図12に示されるマーカーからなる群から選択されるマーカーを調節する、治療有効量の薬剤を個体に投与する工程を包含する、方法。
【請求項48】
肺癌細胞の増殖を阻害するか、または肺癌細胞のアポトーシスを刺激する方法であって、該方法は、肺癌細胞を、表1〜2(配列番号1〜65ならびに炭水化物抗原CA242、CA19−9およびCA72−4)、表4、図1および図12に示されるマーカーからなる群から選択されるマーカーを調節する薬剤と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項49】
前記肺癌が、非小細胞肺癌(NSCLC)である、請求項39に記載の方法。
【請求項50】
前記マーカーのうちの少なくとも2つのレベルが上昇していることが、前記個体が肺癌を有していることを示す、請求項2〜4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項51】
前記高レベルが、所定のカットオフレベルよりも高いか、または所定のカットオフレベル以上である、請求項52に記載の方法。
【請求項52】
前記パネルが、少なくとも2つのマーカーを含み、該マーカーのうちの少なくとも2つのレベルが上昇していることが、該個体が肺癌を有することを示す、請求項5に記載の方法。
【請求項53】
前記パネルが、以下のパネル:
9マーカーパネル(Cyfra、SLPI、TIMP1、SCC、TFPI、CEACAM5、MMP2、OPNおよびMDK)を含むパネル;および
該9マーカーパネルのうちの6マーカーサブセット(Cyfra、SLPI、TIMP1、TFPI、CEACAM5およびMDK)を含むパネル
からなる群から選択される、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
前記パネルが、表4に提供されるマーカーからなる群から選択される少なくとも1つのマーカーをさらに含む、請求項52または53のどちらかに記載の方法。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12】
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【図13】
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【図14】
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【図15】
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【図16】
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【図17】
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【図18】
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【図19】
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【図20】
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【図21】
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【公表番号】特表2011−527414(P2011−527414A)
【公表日】平成23年10月27日(2011.10.27)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−534288(P2010−534288)
【出願日】平成20年11月19日(2008.11.19)
【国際出願番号】PCT/US2008/084077
【国際公開番号】WO2009/067546
【国際公開日】平成21年5月28日(2009.5.28)
【出願人】(508356065)セレラ コーポレーション (11)
【Fターム(参考)】