【課題】１５８Ｐ１Ｄ７と命名された新規な遺伝子及びそのコードするタンパク質を開示する。
【解決手段】１５８Ｐ１Ｄ７は正常成人組織においては組織特異的な発現を示すが、表１に示した複数の癌において異常に発現される。従って、１５８Ｐ１Ｄ７は癌の診断及び／又は治療のための標的を提供する。１５８Ｐ１Ｄ７遺伝子若しくはそのフラグメント、又はそのコードするタンパク質若しくはそのフラグメントは免疫応答を誘発するために用いることができる。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）図２のタンパク質の８、９、１０又は１１個の連続するアミノ酸からなるペプチド；
ｂ）表５〜表１８のペプチド
ｃ）表２２〜表４５のペプチド；又は
ｄ）表４６〜表４９のペプチド
を含む、から実質的になる、又はからなる組成物。
【請求項２】
免疫応答を誘発する請求項１の組成物。
【請求項３】
図２に示した全アミノ酸配列と少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％相同であるか、又は同一である請求項２のタンパク質。
【請求項４】
図２のタンパク質と特異的に結合する抗体によって結合される請求項２のタンパク質。
【請求項５】
図２のタンパク質のアミノ酸配列からの、細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）ポリペプチドエピトープ又はその類似体を含むことを特徴とする請求項２の組成物。
【請求項６】
前記エピトープは図２の全アミノ酸配列ではないという条件によって更に制限される請求項５の組成物。
【請求項７】
前記ポリペプチドは図２のタンパク質の全アミノ酸配列ではないという条件によって更に制限される請求項２の組成物。
【請求項８】
図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープを含む請求項２の組成物。
【請求項９】
前記エピトープは図２の全アミノ酸配列ではないという条件によってされに制限される請求項８の組成物。
【請求項１０】
前記抗体エピトープは、当該ペプチドの末端まで任意の整数で増加する図２の少なくとも５アミノ酸のペプチド領域を含み、
前記エピトープは、
ａ）図５の親水性プロファイルの０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｂ）図６の疎水性親水性プロファイルの０．５より小さい値を有するアミノ酸位置、
ｃ）図７のパーセント接触可能残基プロファイルの０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｄ）図８の平均可撓性プロファイルの０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｅ）図９のベータ−ターンプロファイルの０．５より大きい値を有するアミノ酸位置、
ｆ）前記ａ）〜ｅ）の少なくとも２つの組合せ、
ｇ）前記ａ）〜ｅ）の少なくとも３つの組合せ、
ｈ）前記ａ）〜ｅ）の少なくとも４つの組合せ、
ｉ）前記ａ）〜ｅ）の５つの組合せ、
から選択されるアミノ酸位置を含むことを特徴とする請求項８の組成物。
【請求項１１】
請求項１のタンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項１２】
図２に示された核酸分子を含む請求項１１のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
前記コードされたタンパク質は図２の全アミノ酸配列ではないという条件によって更に制限される請求項１２のポリヌクレオチド。
【請求項１４】
請求項１１のポリヌクレオチドに完全に相補的なポリヌクレオチドを含む組成物。
【請求項１５】
１５８Ｐ１Ｄ７タンパク質の核酸ＯＲＦ配列又はその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含み、
前記部分配列は長さにおいて１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５連続ＲＮＡヌクレオチドでありかつｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に相補的な配列と非相補的な配列を含むことを特徴とする１５８Ｐ１Ｄ７ｓｉＲＮＡ組成物。
【請求項１６】
請求項１の付加的ペプチドをコードする付加的ヌクレオチド配列を更に含む請求項１３のポリヌクレオチド。
【請求項１７】
図２のタンパク質に向けられた哺乳類免疫応答を惹起する方法であって、
該方法は、前記哺乳類の免疫系の細胞を
ａ）１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質及び／又は
ｂ）該１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質をコードするヌクレオチド配列
の一部に接触させることにより、該１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質に対する免疫応答が惹起されることを含む方法。
【請求項１８】
請求項１７の免疫応答惹起方法であって、
少なくとも１つのＴ細胞エピトープ又は少なくとも１つのＢ細胞エピトープを含む１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質を用意すること、及び
前記エピトープを哺乳類免疫系Ｔ細胞又はＢ細胞に接触させることにより、Ｔ細胞又はＢ細胞が活性化されること
を含む方法。
【請求項１９】
前記免疫系細胞はＢ細胞であり、そのため活性化されたＢ細胞は、前記１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質に特異的に結合する抗体を産生することを特徴とする請求項１８の方法。
【請求項２０】
前記免疫系細胞は細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であり、そのため活性化されたＣＴＬは、前記１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質を発現する自己細胞を死滅することを特徴とする請求項１８の方法。
【請求項２１】
前記免疫系細胞はヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であり、そのため活性化されたＨＴＬは、細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の細胞障害活性又はＢ細胞の抗体産生活性を促進するサイトカインを分泌することを特徴とする請求項１８の方法。
【請求項２２】
サンプル中の図２のタンパク質をコードするｍＲＮＡの存在を検出する方法であって、
前記サンプルを少なくとも１つの１５８Ｐ１Ｄ７ｃＤＮＡプライマーを用いる逆転写にかけることにより、該サンプル中にｍＲＮＡが存在する場合ｃＤＮＡが産生されること；
産生されたｃＤＮＡを、センスプライマー及びアンチセンスプライマーとしての１５８Ｐ１Ｄ７ポリヌクレオチドを用いて増幅すること；及び
増幅された１５８Ｐ１Ｄ７ｃＤＮＡの存在を検出すること、
この場合、増幅された１５８Ｐ１Ｄ７ｃＤＮＡの存在は、図２のタンパク質をコードするｍＲＮＡの前記サンプル中における存在の指標であること
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２３】
サンプル中における１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質又は１５８Ｐ１Ｄ７関連ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、以下のステップ：
前記サンプルを１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質又は１５８Ｐ１Ｄ７関連ポリヌクレオチドに特異的に結合する物質と接触させて複合体を形成すること；及び、
前記サンプル中における前記複合体の存在又は量を求めること
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２４】
サンプル中の１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質の存在を検出するための、請求項２３の方法であって、以下のステップ：
前記サンプルを何れも１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質に特異的に結合する抗体又はそのフラグメントと接触させて、結合した場合複合体を形成すること；及び、
前記サンプル中における前記複合体の存在又は量を求めること
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２５】
生物学的サンプル中の１又は２以上の１５８Ｐ１Ｄ７遺伝子産物をモニターするための、請求項２３の方法であって、
１つの個体からの組織サンプル中の細胞によって発現された１又は２以上の１５８Ｐ１Ｄ７遺伝子産物の状態を検出すること；
前記検出された状態と、相応の標準サンプル中の１又は２以上の１５８Ｐ１Ｄ７遺伝子産物の状態とを比較すること；及び
前記標準サンプルに対する前記組織サンプル中における１５８Ｐ１Ｄ７の異常発現状態の存在を同定すること
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２６】
１５８Ｐ１Ｄ７ｍＲＮＡ又は１５８Ｐ１Ｄ７タンパク質の１又は２以上の増加された遺伝子産物が存在するか否かを求めるステップを更に含み、前記標準組織サンプルに対する前記試験サンプル中における１又は２以上の増加された遺伝子産物の存在は癌の存在又は状態の指標であることを特徴とする請求項２５の方法。
【請求項２７】
前記組織は表１に示された組織のセットから選択されることを特徴とする請求項２６の方法。
【請求項２８】
図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する組成物であって、
ａ）図２のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する物質、又はｂ）図２のタンパク質によって制御又は生成される分子を含む組成物。
【請求項２９】
１５８Ｐ１Ｄ７タンパク質の核酸ＯＲＦ配列又はその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含み、
前記部分配列は長さにおいて１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５連続ＲＮＡヌクレオチドでありかつｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に相補的な配列と非相補的な配列を含むことを特徴とする請求項２８の１５８Ｐ１Ｄ７ｓｉＲＮＡ組成物。
【請求項３０】
生理学的に許容可能な担体を更に含む請求項２８の組成物。
【請求項３１】
ヒト最小投薬単位形態の請求項２８の組成物を含む医薬組成物。
【請求項３２】
前記物質は、図２のタンパク質と特異的に結合する抗体又はそのフラグメントを含むことを特徴とする請求項２８の組成物。
【請求項３３】
モノクローナルである請求項３２の抗体又はそのフラグメント。
【請求項３４】
ヒト抗体、ヒト化抗体又はキメラ抗体である請求項３２の抗体。
【請求項３５】
請求項３２の抗体を産生する非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項３６】
請求項３３の抗体を産生するハイブリドーマ。
【請求項３７】
前記物質は、図２のタンパク質を発現する細胞の生存能力、成長又は複製状態を減少又は阻害することを特徴とする請求項２８の組成物。
【請求項３８】
前記物質は、図２のタンパク質を発現する細胞の生存能力、成長又は複製状態を増加又は促進することを特徴とする請求項２８の組成物。
【請求項３９】
前記物質は、
ａ）何れも図２のタンパク質と免疫特異的に結合する抗体又はそのフラグメント；
ｂ）何れも図２のタンパク質と免疫特異的に結合する抗体又はそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド；
ｃ）１５８Ｐ１Ｄ７コード配列を有するポリヌクレオチド切断するリボザイム、又は該リボザイムをコードする核酸分子；及び生理学的に許容可能な担体；
ｄ）特定のＨＬＡ分子と関連して１５８Ｐ１Ｄ７ペプチド部分配列を特異的に認識するヒトＴ細胞；
ｅ）図２のタンパク質、又は図２のタンパク質のフラグメント；
ｆ）図２のタンパク質をコードするヌクレオチド、又は図２のタンパク質のフラグメントをコードするヌクレオチド；
ｇ）図２のタンパク質の８、９、１０又は１１連続アミノ酸のペプチド；
ｈ）表５〜表１８のペプチド；
ｉ）表２２〜表４５のペプチド；
ｊ）表４６〜表４９のペプチド；
ｋ）図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープ；
ｌ）図２のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープをコードするポリヌクレオチド；又は
ｍ）１５８Ｐ１Ｄ７タンパク質の核酸ＯＲＦ配列又はその部分配列に対応するｓｉＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）を含み、該部分配列が長さにおいて１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５連続ＲＮＡヌクレオチドでありかつｍＲＮＡコード配列の少なくとも一部に相補的な配列と非相補的な配列を含む１５８Ｐ１Ｄ７ｓｉＲＮＡ組成物
を含む群から選択されることを特徴とする請求項２８の組成物。
【請求項４０】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の生存能力、成長又は複製状態を阻害する方法であって、
前記癌細胞に請求項２８の組成物を投与して、該癌細胞の生存能力、成長又は複製状態を阻害すること
を含む方法。
【請求項４１】
前記組成物は、何れも１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質に特異的に結合する抗体又はそのフラグメントを含むことを特徴とする請求項４０の方法。
【請求項４２】
前記組成物は、（ｉ）１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質、又は（ｉｉ）１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド若しくは１５８Ｐ１Ｄ７関連タンパク質のコード配列に相補的なポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項４０の方法。
【請求項４３】
前記組成物は、図２のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを含むことを特徴とする請求項４０の方法。
【請求項４４】
前記組成物は前記癌細胞に対するヒトＴ細胞であり、該ヒトＴ細胞は図２のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識し、該部分配列は前記特定のＨＬＡ分子に関連していることを特徴とする請求項４０の方法。
【請求項４５】
前記組成物は単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを運搬するベクターを含み、該コードされた単鎖抗体は図２のタンパク質を発現する癌細胞の内部で細胞内発現されることを特徴とする請求項４０の方法。
【請求項４６】
図２のタンパク質を発現する細胞に剤を送達する方法であって、
請求項３２の抗体又はそのフラグメントとコンジュゲートされた剤を与えること；及び
前記細胞と、前記抗体−剤コンジュゲート又はフラグメント−剤コンジュゲートを接触させること
を含む方法。
【請求項４７】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の生存能力、成長又は複製状態を阻害する方法であって、
前記癌細胞に請求項２８の組成物を投与して、該癌細胞の生存能力、成長又は複製状態を阻害すること
を含む方法。
【請求項４８】
表１に列挙した組織の癌を阻止又は治療するための情報を、当該阻止又は治療の必要な被検体に対しターゲティングする方法であって、
被検体からのサンプル中における、表１に列挙した組織の癌と関連するポリヌクレオチドの発現の有無を検出すること、但し、前記ポリヌクレオチドの発現は、
（ａ）図２のヌクレオチド配列；
（ｂ）図２のヌクレオチド配列によってコードされたポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）図２のヌクレオチド配列によってコードされたアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
からなる群から選択される；及び
前記サンプル中における前記ポリヌクレオチドの発現の有無に基づいて、表１に列挙した組織の癌を阻止又は治療するための情報を、当該阻止又は治療の必要な被検体に向けること
を含む方法。
【請求項４９】
前記情報は表１に列挙された組織の癌のための検出手順又は治療の記述を含むことを特徴とする請求項４８の方法。
【請求項５０】
細胞増殖を調節する候補分子を同定するための方法であって、
（ａ）試験分子を
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列；
（ｉｉ）図３に示したアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｉｉｉ）図３に示したアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び
（ｉｖ）前記（ｉ）、（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に導入するか、又は
試験分子を前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）又は（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に導入すること；及び
（ｂ）前記試験分子と前記ヌクレオチド配列又はタンパク質との間の相互作用の有無を決定し、該試験分子と該ヌクレオチド配列又はタンパク質との間の相互作用の存在により、該試験分子は、細胞増殖を調節する候補分子として同定されること、
を含む方法。
【請求項５１】
前記系は動物であることを特徴とする請求項５０の方法。
【請求項５２】
前記系は細胞であることを特徴とする請求項５０の方法。
【請求項５３】
前記試験分子は、前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）又は（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメントを含むことを特徴とする請求項５０の方法。
【請求項５４】
被検体において表１に列挙された組織の癌を治療するための方法であって、
請求項５０の方法によって同定された候補分子を、治療の必要のある被検体に投与することにより、該候補分子が該被検体内の表１に列挙された組織の癌を治療することを特徴とする方法。
【請求項５５】
表１に列挙された組織の癌を治療するための候補薬を同定するための方法であって、
（ａ）試験分子を
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列；
（ｉｉ）図３に示したアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｉｉｉ）図３に示したアミノ酸配列と９０％以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び
（ｉｖ）前記（ｉ）、（ｉｉ）又は（ｉｉｉ）のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に導入するか、又は
試験分子を前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）又は（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に導入すること；及び
（ｂ）前記試験分子と前記ヌクレオチド配列又はタンパク質との間の相互作用の有無を決定し、該試験分子と該ヌクレオチド配列又はタンパク質との間の相互作用の存在により、該試験分子は、表１に列挙された組織の癌を治療するための候補薬として同定されること、
を含む方法。
【請求項５６】
前記系は動物であることを特徴とする請求項５５の方法。
【請求項５７】
前記系は細胞であることを特徴とする請求項５５の方法。
【請求項５８】
前記試験分子は、前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）又は（ｉｖ）のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体又は抗体フラグメントを含むことを特徴とする請求項５５の方法。

【図１】

【図２】












【図３】


【図４】

【図５】


【図６】

【図７】



【図９】

【図１０】





























【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】


【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】



【図３６】

【公表番号】特表２００７−５２４３６１（Ｐ２００７−５２４３６１Ａ）
【公表日】平成１９年８月３０日（２００７．８．３０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５０３４８６（Ｐ２００６−５０３４８６）
【出願日】平成１６年２月１０日（２００４．２．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／００３９８４
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０７２２６３
【国際公開日】平成１６年８月２６日（２００４．８．２６）
【出願人】（５０１３９８０６４）アジェンシス，　インコーポレイテッド (13)
【Ｆターム（参考）】