蛍光消光検出試薬及び方法
【課題】ハイブリダイゼーション用途において、レポータフルオロフォアを、レポータ／クエンチャ対に使用する際に、望ましくない特性、分離が困難な混合物、正電荷、合成の困難、オリゴヌクレオチド合成中の不安定性、又は、他の望ましいレポータとの発光波長のオーバラップ等の問題を解決する、オリゴヌクレオチドプローブ用の試薬を提供する。
【解決手段】フルオロフォア部分が約（３００）〜約（８００）ｎｍの範囲の発光波長を有し、及び／又は、クエンチャが置換４−（フェニルジアゼニル）フェニルアミン構造を有するオリゴヌクレオチド−フルオロフォア−クエンチャ接合体。
【解決手段】フルオロフォア部分が約（３００）〜約（８００）ｎｍの範囲の発光波長を有し、及び／又は、クエンチャが置換４−（フェニルジアゼニル）フェニルアミン構造を有するオリゴヌクレオチド−フルオロフォア−クエンチャ接合体。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
式ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑを有するオリゴヌクレオチド接合体。
〔ここで、ＯＤＮは、オリゴヌクレオチド又は核酸、
ＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたフルオロフォア部分、そして
Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化１】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ、n＊＝１〜２０であり、Ｘ２は−Ｈ、ジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル、酸不安定性ブロッキング基である−（ＣＨ2）n＊−ＯＸ２、又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着している。〕〕
【請求項２】
前記クエンチャ部分と、それを前記ＯＤＮに付着する前記リンカとは、下記の式Ｑ−１、Ｑ−２、Ｑ−３及び、Ｑ３ａに図示された部分から選択される構造を有する請求項１に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【化２】
【化３】
【化４】
【化５】
〔ここで、Ｒ６はｎ*が１〜２０である−（ＣＨ2）n＊であり、ｑは１〜２０、Ｘは−Ｏ−、−ＯＣＨ2−又は−ＣＨ2−であり、ｔとｖとは、独立的に、１〜２０、ｒとｓは、独立的に１〜２０、そして前記接合クエンチャとリンカ部分は、ａ又はｂによって示される原子価結合の一つを介して前記ＯＤＮに付着されている。〕
【請求項３】
更に、ａ又はｂによって示される原子価結合の一つを介して前記クエンチャ−リンカ接合体に付着する小溝バインダ部分を有する請求項２に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【請求項４】
前記クエンチャ部分と、それを前記ＯＤＮに付着するリンカとは、下記の式Ｑ−４及びＱ−５に図示された部分から選択される構造を有する請求項１に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【化６】
【化７】
〔ここで、Ｒ6はｎ*は１〜２０である−（ＣＨ2）n*であり、q,r,ｔおよびｖは、独立的に、１〜２０、そして前記クエンチャ部分は、ａによって示される原子価結合を介して前記ＯＤＮに付着されている。〕
【請求項５】
下記の部分を有するオリゴヌクレオチド−フルオロフォア−クエンチャ接合体を作成するためのホスホルアミダイト試薬。
【化８】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3、そして、それに共有結合されたビス（メチルエチル）アミノ］（２−シアノエトキシ）ホスフィノオキシ部分である。〕
【請求項６】
ＰＡ−１、ＰＡ−２及びＰＡ−３として示された式から成るグループから選択される式を有する請求項５に記載のホスホルアミダイト試薬。
【化９】
【化１０】
【化１１】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3、Ｒ6はｎ*が１〜２０である−（ＣＨ2）n*であり、ｑは１〜２０、Ｘは−Ｏ−又は−ＣＨ2−、ｔ、ｖ、ｒ及びｓは、独立的に、１〜２０であり、そして、Ｘ2は、−Ｈ又はジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル又は酸不安定ブロック基である。〕
【請求項７】
ＰＡ−１として示された式を有する請求項６に記載のホスホルアミダイト試薬。
【請求項８】
ＰＡ−２として示された式を有する請求項６に記載のホスホルアミダイト試薬。
【請求項９】
ＰＡ−３として示された式を有する請求項６に記載のホスホルアミダイト試薬。
【請求項１０】
下記の構造を有するオリゴヌクレオチド合成に適した、共有結合した固体支持体とクエンチャとの接合体。
【化１２】
〔ここで、ＣＰＧは、ポリマ固体支持体を示し、
リンカは、１〜３０原子の長さを有し、ジフェニルアゾ部分を前記ＣＰＧに結合する部分、
Ｘ2は、ＯＨ又はジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル又は酸不安定ブロック基、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮであり、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、Ｒ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3である。〕
【請求項１１】
下記の構造から選択される構造を有する請求項１０に記載の共有結合した固体支持体とクエンチャとの接合体。
【化１３】
【化１４】
【化１５】
〔ここで、Ｒ6はｎ*が１〜２０である−（ＣＨ2）n*であり、そしてｑ、ｒ、ｔ
及びｖは、独立的に、１〜２０である。〕
【請求項１２】
式ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ−ＭＧＢを有するオリゴヌクレオチド接合体。
〔ここで、ＯＤＮはオリゴヌクレオチド又は核酸、
ＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたフルオロフォア、そして、
Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化１６】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮであり、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、Ｒ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3である〕、そして、
ＭＧＢは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して、前記ＯＤＮ部分又は前記クエンチャ部分に共有結合付着された小溝バインダ部分である。〕
【請求項１３】
前記ＭＧＢ部分は前記クエンチャ部分に付着し、前記共有結合ＭＧＢ−Ｑ部分は以下の構造を有する請求項１２に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【化１７】
〔ここで、ｔとｖとは、独立的に１〜２０であって、ａによって示される原子価結合が前記ＭＧＢ−Ｑ部分を前記ＯＤＮ部分に付着させている。〕
【請求項１４】
以下の構造を有するオリゴヌクレオチド合成用の共有結合した小溝バインダ・クエンチャ試薬。
【化１８】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮであり、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、そしてｔとｖとは、独立的に１〜２０である、
Ｘ2は、−Ｈ又はジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル又は酸不安定ブロック基、そして
Ｘ3は、ペンタフルオロフェニルオキシ、又はＮＨ−ＬＩＮＫＥＲ−ＣＰＧ又はＯ−ＬＩＮＫＥＲ−ＣＰＧであり、ここで、ＣＰＧはポリマ固体支持体であり、リンカは０〜３０原子の長さを有し前記三環性部分を前記ＣＰＧに結合する結合部分である。〕
【請求項１５】
Ｘ3は、ペンタフルオロフェニルオキシである請求項１４に記載の共有結合した小溝バインダ・クエンチャ試薬。
【請求項１６】
Ｘ3は、ＮＨ−ＬＩＮＫＥＲ−ＣＰＧ又はＯ−ＬＩＮＫＥＲ−ＣＰＧである請求項１４に記載の共有結合した小溝バインダ・クエンチャ試薬。
【請求項１７】
ｖ＝ｔ＝３である請求項１４の共有結合した小溝バインダ・クエンチャ試薬。
【請求項１８】
下記の式のオリゴヌクレオチド接合体。
【化１９】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ*＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）n*ＣＨ3、−（ＣＨ2）n*ＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）ｎ´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、ＦＬは、３００〜８００ｎｍの帯域の発光波長を有するフルオロフォア部分、
Ｋは、Ｃ、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｐ及びＨから成るグループから選択される１〜３０原子を含むリンカ、
［Ａ−Ｂ］nは、ＯＤＮ、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はＰＮＡ或いはそれらの組み合わせを示し、ここで、Ａは、糖とリン酸とが独立的に修飾され得る糖リン酸骨格鎖、Ｂは、複素環塩基、ここで、Ｂは、独立的に、プリン、ピリミジン、ピラゾロ［３、４−ｄ］ピリミジン、７−置換ピラゾロ［３、４−ｄ］ピリミジン−、７−デアザプリン、７−置換 ７−デアザプリン、及び修飾プリン−及びピリミジン−塩基であり、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ又はＯＤＮは、これらの塩基のすべての組み合わせを含むことができる、そして、ｎは、前記ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ又はＯＤＮのヌクレオチド単位の数、Ｗは、Ｃ、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｐ及びＨから成るグループから選択される０〜３０原子の長さのリンカ、そして、ｍは、１〜２０の値を有する整数である。〕
【請求項１９】
前記フルオロフォア部分は３００〜８００ｎｍの発光波長を有する請求項１８に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【請求項２０】
下記の式を有するオリゴヌクレオチド−フルオロフォア−クエンチャ接合体を作成するためのホスホルアミダイト試薬。
【化２０】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ*＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）n*ＣＨ3、−（ＣＨ2）n*ＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、そして、Ｒ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、
ｎは１〜１０、
ｑは１〜２０、そして、
Ｘ2は、−Ｈ又はジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル又は酸不安定ブロック基である。〕
【請求項２１】
以下の工程を有する核酸をハイブリダイズする方法。
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−核酸−Ｑ接合体を有し、ここでＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォア部分、そして、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する
【化２１】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、そしてＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着されている。〕
【請求項２２】
下記の工程を有する単一のヌクレオチドが異なるポリヌクレオチド間を識別する方法。
（ａ）標的配列を有するポリヌクレオチドを提供する
（ｂ）少なくとも二つのＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ接合体を提供する、ここで、ＯＤＮはオリゴヌクレオチド部分を示す、前記少なくとも二つのＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ接合体の一方は、前記標的配列に対して完全に相補的な配列を有し、前記少なくとも二つのＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ接合体の他方は、前記標的配列に対して単一のヌクレオチドミスマッチを有する
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、前記ＦＬ−ＯＮＤ−Ｑ接合体のそれぞれを、別々に、前記ポリヌクレオチドとインキュベートする
（ｄ）前記ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑのそれぞれと前記ポリヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション強度を測定する、ここでＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォア部分であり、そしてＱは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する
【化２２】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着されている。〕
【請求項２３】
以下の工程を有する核酸をハイブリダイズする方法。
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−核酸−Ｑ−ＭＧＢ接合体を有する
〔ここで、ＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォアであり、ＭＧＢは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮ部分又はクエンチャ部分に共有結合付着された小溝バインダ部分であり、そして、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化２３】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着されている。〕〕
【請求項２４】
核酸をハイブリダイズする方法であって、以下の工程を有する、
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する、
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする、そして
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、
ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−核酸−Ｑ−ＭＧＢ接合体を有する
〔ここで、ＭＧＢは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮ部分又は前記クエンチャ部分に共有結合付着された小溝バインダ部分、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化２４】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ、n＊＝１〜２０であり、Ｘ２は−Ｈ、ジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル、酸不安定性ブロッキング基である−（ＣＨ2）n＊−ＯＸ２、又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着している。〕、
そしてＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォアであり、当該フルオロフォア部分は３００〜８００ｎｍの発光波長を有する。〕
【請求項２５】
以下の工程を有する核酸をハイブリダイズする方法。
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ−ＭＧＢ接合体を有する
〔ここで、ＯＤＮは核酸又は修飾核酸であり、ＭＧＢは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮ部分又はクエンチャ部分に共有結合付着された小溝バインダ部分、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたクエンチャ部分、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化２５】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ、n＊＝１〜２０であり、Ｘ２は−Ｈ、ジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル、酸不安定性ブロッキング基である−（ＣＨ2）n＊−ＯＸ２、又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着している。〕、
そして、ＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォアであり、当該フルオロフォア部分は３００〜８００ｎｍの発光波長を有する。〕
【請求項２６】
以下の工程を有する核酸をハイブリダイズする方法。
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ接合体を有する
〔ここで、ＯＤＮは核酸又は修飾核酸であり、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたクエンチャ部分、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化２６】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ、n＊＝１〜２０であり、Ｘ２は−Ｈ、ジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル、酸不安定性ブロッキング基である−（ＣＨ2）n＊−ＯＸ２、又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着している。〕
そしてＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォア部分であり、当該フルオロフォア部分は３００〜８００ｎｍの発光波長を有する。〕
【請求項１】
式ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑを有するオリゴヌクレオチド接合体。
〔ここで、ＯＤＮは、オリゴヌクレオチド又は核酸、
ＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたフルオロフォア部分、そして
Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化１】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ、n＊＝１〜２０であり、Ｘ２は−Ｈ、ジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル、酸不安定性ブロッキング基である−（ＣＨ2）n＊−ＯＸ２、又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着している。〕〕
【請求項２】
前記クエンチャ部分と、それを前記ＯＤＮに付着する前記リンカとは、下記の式Ｑ−１、Ｑ−２、Ｑ−３及び、Ｑ３ａに図示された部分から選択される構造を有する請求項１に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【化２】
【化３】
【化４】
【化５】
〔ここで、Ｒ６はｎ*が１〜２０である−（ＣＨ2）n＊であり、ｑは１〜２０、Ｘは−Ｏ−、−ＯＣＨ2−又は−ＣＨ2−であり、ｔとｖとは、独立的に、１〜２０、ｒとｓは、独立的に１〜２０、そして前記接合クエンチャとリンカ部分は、ａ又はｂによって示される原子価結合の一つを介して前記ＯＤＮに付着されている。〕
【請求項３】
更に、ａ又はｂによって示される原子価結合の一つを介して前記クエンチャ−リンカ接合体に付着する小溝バインダ部分を有する請求項２に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【請求項４】
前記クエンチャ部分と、それを前記ＯＤＮに付着するリンカとは、下記の式Ｑ−４及びＱ−５に図示された部分から選択される構造を有する請求項１に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【化６】
【化７】
〔ここで、Ｒ6はｎ*は１〜２０である−（ＣＨ2）n*であり、q,r,ｔおよびｖは、独立的に、１〜２０、そして前記クエンチャ部分は、ａによって示される原子価結合を介して前記ＯＤＮに付着されている。〕
【請求項５】
下記の部分を有するオリゴヌクレオチド−フルオロフォア−クエンチャ接合体を作成するためのホスホルアミダイト試薬。
【化８】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3、そして、それに共有結合されたビス（メチルエチル）アミノ］（２−シアノエトキシ）ホスフィノオキシ部分である。〕
【請求項６】
ＰＡ−１、ＰＡ−２及びＰＡ−３として示された式から成るグループから選択される式を有する請求項５に記載のホスホルアミダイト試薬。
【化９】
【化１０】
【化１１】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3、Ｒ6はｎ*が１〜２０である−（ＣＨ2）n*であり、ｑは１〜２０、Ｘは−Ｏ−又は−ＣＨ2−、ｔ、ｖ、ｒ及びｓは、独立的に、１〜２０であり、そして、Ｘ2は、−Ｈ又はジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル又は酸不安定ブロック基である。〕
【請求項７】
ＰＡ−１として示された式を有する請求項６に記載のホスホルアミダイト試薬。
【請求項８】
ＰＡ−２として示された式を有する請求項６に記載のホスホルアミダイト試薬。
【請求項９】
ＰＡ−３として示された式を有する請求項６に記載のホスホルアミダイト試薬。
【請求項１０】
下記の構造を有するオリゴヌクレオチド合成に適した、共有結合した固体支持体とクエンチャとの接合体。
【化１２】
〔ここで、ＣＰＧは、ポリマ固体支持体を示し、
リンカは、１〜３０原子の長さを有し、ジフェニルアゾ部分を前記ＣＰＧに結合する部分、
Ｘ2は、ＯＨ又はジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル又は酸不安定ブロック基、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮであり、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、Ｒ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3である。〕
【請求項１１】
下記の構造から選択される構造を有する請求項１０に記載の共有結合した固体支持体とクエンチャとの接合体。
【化１３】
【化１４】
【化１５】
〔ここで、Ｒ6はｎ*が１〜２０である−（ＣＨ2）n*であり、そしてｑ、ｒ、ｔ
及びｖは、独立的に、１〜２０である。〕
【請求項１２】
式ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ−ＭＧＢを有するオリゴヌクレオチド接合体。
〔ここで、ＯＤＮはオリゴヌクレオチド又は核酸、
ＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたフルオロフォア、そして、
Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化１６】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮであり、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、Ｒ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3である〕、そして、
ＭＧＢは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して、前記ＯＤＮ部分又は前記クエンチャ部分に共有結合付着された小溝バインダ部分である。〕
【請求項１３】
前記ＭＧＢ部分は前記クエンチャ部分に付着し、前記共有結合ＭＧＢ−Ｑ部分は以下の構造を有する請求項１２に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【化１７】
〔ここで、ｔとｖとは、独立的に１〜２０であって、ａによって示される原子価結合が前記ＭＧＢ−Ｑ部分を前記ＯＤＮ部分に付着させている。〕
【請求項１４】
以下の構造を有するオリゴヌクレオチド合成用の共有結合した小溝バインダ・クエンチャ試薬。
【化１８】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮであり、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、そしてｔとｖとは、独立的に１〜２０である、
Ｘ2は、−Ｈ又はジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル又は酸不安定ブロック基、そして
Ｘ3は、ペンタフルオロフェニルオキシ、又はＮＨ−ＬＩＮＫＥＲ−ＣＰＧ又はＯ−ＬＩＮＫＥＲ−ＣＰＧであり、ここで、ＣＰＧはポリマ固体支持体であり、リンカは０〜３０原子の長さを有し前記三環性部分を前記ＣＰＧに結合する結合部分である。〕
【請求項１５】
Ｘ3は、ペンタフルオロフェニルオキシである請求項１４に記載の共有結合した小溝バインダ・クエンチャ試薬。
【請求項１６】
Ｘ3は、ＮＨ−ＬＩＮＫＥＲ−ＣＰＧ又はＯ−ＬＩＮＫＥＲ−ＣＰＧである請求項１４に記載の共有結合した小溝バインダ・クエンチャ試薬。
【請求項１７】
ｖ＝ｔ＝３である請求項１４の共有結合した小溝バインダ・クエンチャ試薬。
【請求項１８】
下記の式のオリゴヌクレオチド接合体。
【化１９】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ*＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）n*ＣＨ3、−（ＣＨ2）n*ＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）ｎ´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、ＦＬは、３００〜８００ｎｍの帯域の発光波長を有するフルオロフォア部分、
Ｋは、Ｃ、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｐ及びＨから成るグループから選択される１〜３０原子を含むリンカ、
［Ａ−Ｂ］nは、ＯＤＮ、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はＰＮＡ或いはそれらの組み合わせを示し、ここで、Ａは、糖とリン酸とが独立的に修飾され得る糖リン酸骨格鎖、Ｂは、複素環塩基、ここで、Ｂは、独立的に、プリン、ピリミジン、ピラゾロ［３、４−ｄ］ピリミジン、７−置換ピラゾロ［３、４−ｄ］ピリミジン−、７−デアザプリン、７−置換 ７−デアザプリン、及び修飾プリン−及びピリミジン−塩基であり、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ又はＯＤＮは、これらの塩基のすべての組み合わせを含むことができる、そして、ｎは、前記ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ又はＯＤＮのヌクレオチド単位の数、Ｗは、Ｃ、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｐ及びＨから成るグループから選択される０〜３０原子の長さのリンカ、そして、ｍは、１〜２０の値を有する整数である。〕
【請求項１９】
前記フルオロフォア部分は３００〜８００ｎｍの発光波長を有する請求項１８に記載のオリゴヌクレオチド接合体。
【請求項２０】
下記の式を有するオリゴヌクレオチド−フルオロフォア−クエンチャ接合体を作成するためのホスホルアミダイト試薬。
【化２０】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ*＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）n*ＣＨ3、−（ＣＨ2）n*ＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、そして、Ｒ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、
ｎは１〜１０、
ｑは１〜２０、そして、
Ｘ2は、−Ｈ又はジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル又は酸不安定ブロック基である。〕
【請求項２１】
以下の工程を有する核酸をハイブリダイズする方法。
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−核酸−Ｑ接合体を有し、ここでＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォア部分、そして、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する
【化２１】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、そしてＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着されている。〕
【請求項２２】
下記の工程を有する単一のヌクレオチドが異なるポリヌクレオチド間を識別する方法。
（ａ）標的配列を有するポリヌクレオチドを提供する
（ｂ）少なくとも二つのＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ接合体を提供する、ここで、ＯＤＮはオリゴヌクレオチド部分を示す、前記少なくとも二つのＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ接合体の一方は、前記標的配列に対して完全に相補的な配列を有し、前記少なくとも二つのＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ接合体の他方は、前記標的配列に対して単一のヌクレオチドミスマッチを有する
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、前記ＦＬ−ＯＮＤ−Ｑ接合体のそれぞれを、別々に、前記ポリヌクレオチドとインキュベートする
（ｄ）前記ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑのそれぞれと前記ポリヌクレオチドとの間のハイブリダイゼーション強度を測定する、ここでＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォア部分であり、そしてＱは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する
【化２２】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着されている。〕
【請求項２３】
以下の工程を有する核酸をハイブリダイズする方法。
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−核酸−Ｑ−ＭＧＢ接合体を有する
〔ここで、ＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォアであり、ＭＧＢは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮ部分又はクエンチャ部分に共有結合付着された小溝バインダ部分であり、そして、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化２３】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着されている。〕〕
【請求項２４】
核酸をハイブリダイズする方法であって、以下の工程を有する、
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する、
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする、そして
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、
ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−核酸−Ｑ−ＭＧＢ接合体を有する
〔ここで、ＭＧＢは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮ部分又は前記クエンチャ部分に共有結合付着された小溝バインダ部分、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたクエンチャ部分であり、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化２４】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ、n＊＝１〜２０であり、Ｘ２は−Ｈ、ジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル、酸不安定性ブロッキング基である−（ＣＨ2）n＊−ＯＸ２、又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着している。〕、
そしてＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォアであり、当該フルオロフォア部分は３００〜８００ｎｍの発光波長を有する。〕
【請求項２５】
以下の工程を有する核酸をハイブリダイズする方法。
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ−ＭＧＢ接合体を有する
〔ここで、ＯＤＮは核酸又は修飾核酸であり、ＭＧＢは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮ部分又はクエンチャ部分に共有結合付着された小溝バインダ部分、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたクエンチャ部分、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化２５】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ、n＊＝１〜２０であり、Ｘ２は−Ｈ、ジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル、酸不安定性ブロッキング基である−（ＣＨ2）n＊−ＯＸ２、又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着している。〕、
そして、ＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォアであり、当該フルオロフォア部分は３００〜８００ｎｍの発光波長を有する。〕
【請求項２６】
以下の工程を有する核酸をハイブリダイズする方法。
（ａ）第１核酸と第２核酸を提供する
（ｂ）前記両核酸をハイブリダイゼーション条件下でインキュベートする
（ｃ）ハイブリダイズした核酸を同定する、ここで、前記核酸の少なくとも一つは、ＦＬ−ＯＤＮ−Ｑ接合体を有する
〔ここで、ＯＤＮは核酸又は修飾核酸であり、Ｑは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記ＯＤＮに共有結合付着されたクエンチャ部分、当該クエンチャ部分は下記の構造を有する、
【化２６】
〔ここで、ＲO、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3及びＲ4は、それぞれ独立的に、−Ｈ、ハロゲン、ｎ＝０〜５である−Ｏ（ＣＨ2）nＣＨ3、−（ＣＨ2）nＣＨ3、−ＮＯ2、−ＳＯ3、ｎ´＝１〜５である−Ｎ［（ＣＨ2）n´ＣＨ3］2、又は−ＣＮ、ただし、Ｒ0が−Ｈ、Ｒ1がベンゼン核の４位の−ＮＯ2、Ｒ2がベンゼン核の２位の−Ｈ又は−Ｃｌ、そしてＲ3及びＲ4が−Ｈである組み合わせではない、及びＲ5＝−Ｈ、n＊＝１〜２０であり、Ｘ２は−Ｈ、ジメトキシトリチル、メトキシトリチル、トリチル、酸不安定性ブロッキング基である−（ＣＨ2）n＊−ＯＸ２、又はｎ´´＝０〜５である−（ＣＨ2）n´´ＣＨ3であり、そして、前記クエンチャ部分は、ａによって表わされる原子価結合を介して前記リンカに付着している。〕
そしてＦＬは、０〜３０原子の長さを有するリンカを介して前記核酸に共有結合付着されたフルオロフォア部分であり、当該フルオロフォア部分は３００〜８００ｎｍの発光波長を有する。〕
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図２】
【図３】
【図４】
【公開番号】特開２０１２−１７５９７５（Ｐ２０１２−１７５９７５Ａ）
【公開日】平成２４年９月１３日（２０１２．９．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−９３４２８（Ｐ２０１２−９３４２８）
【出願日】平成２４年４月１６日（２０１２．４．１６）
【分割の表示】特願２００１−５４４３７６（Ｐ２００１−５４４３７６）の分割
【原出願日】平成１２年１２月８日（２０００．１２．８）
【出願人】（５００４６１５７２）エポック・バイオサイエンシーズ・インコーポレイテッド (4)
【住所又は居所原語表記】２１７２０２３ＲＤ ＤＲＩＶＥ，Ｓ．Ｅ．，ＳＵＩＴＥ １５０，ＢＯＴＨＥＬＬ，ＷＡＳＨＩＮＧＴＯＮ ９８０２１，ＵＮＩＴＥＤ ＳＴＡＴＥＳ ＯＦ ＡＭＥＲＩＣＡ
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２４年９月１３日（２０１２．９．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成２４年４月１６日（２０１２．４．１６）
【分割の表示】特願２００１−５４４３７６（Ｐ２００１−５４４３７６）の分割
【原出願日】平成１２年１２月８日（２０００．１２．８）
【出願人】（５００４６１５７２）エポック・バイオサイエンシーズ・インコーポレイテッド (4)
【住所又は居所原語表記】２１７２０２３ＲＤ ＤＲＩＶＥ，Ｓ．Ｅ．，ＳＵＩＴＥ １５０，ＢＯＴＨＥＬＬ，ＷＡＳＨＩＮＧＴＯＮ ９８０２１，ＵＮＩＴＥＤ ＳＴＡＴＥＳ ＯＦ ＡＭＥＲＩＣＡ
【Ｆターム（参考）】
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