説明

試料解析方法

【課題】試料中に含まれるアイソフォームの解析を、迅速かつ正確に行うことができる試料解析方法を提供する。
【解決手段】試料中の化学物質を蛍光体で染色及び捕獲する工程と、捕獲されなかった試料中の物質を洗い流す工程と、捕獲された物質を回収する工程と、回収後の試料の等電点電気泳動を行う工程と、等電点電気泳動後の試料の蛍光強度を検出する工程と、を含む。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、化学物質の電気泳動結果の蛍光検出法を用いた試料解析方法に関し、特に、アイソフォームの違いを定量的かつ再現性高く解析できる試料解析方法に関する。
【背景技術】
【0002】
近年、網羅的タンパク質解析技術(プロテオーム解析技術)の発展により、生体内での複数タンパク質の発現情報を一度に計測し、これを医療、創薬、科学研究に役立てようとする動きが盛んである。
【0003】
ここで、プロテオームとは、タンパク質とゲノムとを結びつけた造語であり、ゲノムにコードされたタンパク質の全体を表す。また、創薬とは、医学、生物工学、及び薬学において薬剤を発見したり、設計したりするプロセスのことである。
【0004】
特に、単純なタンパク質の発現量の大小ではなく、タンパク質の何らかの変化(翻訳後修飾、プロセシング等)が、密接に生命メカニズムに関連することが報告されている。
しかし、一般に広く用いられているELISA(Enzyme Linked Immuno-Sorbent Assay:酵素免疫測定法:エライザ)等のイムノアッセイ系では、これらのアイソフォーム(若干異なる構造をもつタンパク質)を区別できない。
【0005】
一方で、2次元電気泳動等のプロテオーム解析技術を用いることで区別は可能になるが、解析に2日程度の時間が必要であり、多数サンプル処理に問題がある。2次元電気泳動の上記問題を解決できる技術として、特許文献1に記載の、マイクロチップと質量分析計とを用いた方法がある。
【0006】
マイクロチップの模式図を図5(a)〜(c)に示す。
図5(a)は、マイクロチップの平面図であり、図5(b)は、図5(a)に示した流路の波線部の部分拡大図であり、図5(c)は、図5(b)のVc−Vc線断面図である。
ガラス基板101上に、1次元状の流路102が形成されている。流路102内の斜線で示すピラー領域103には、ガラス基板101に対して垂直な方向に突出した多数の凸部を有するピラー構造104が形成されている。
ここで、マイクロチップとは、半導体の微細加工技術を応用した非常に小さな(数mm角以下)基板である。
【0007】
次に、マイクロチップを用いた試料の解析方法に関し、図6(a)〜(e)を用いて説明する。
図6(a)〜(e)は、図5(a)〜(c)に示したマイクロチップの製造方法を示す工程図である。
まず、キャリアアンフォライト(両性坦体)等を電気泳動に必要な試薬を混ぜた試料106を、ピペット105にて流路102の一端(図では左端)に滴下する(図6(a))。
滴下された試料106は、毛細管現象により流路102全体に広がる。次に、流路102の一端(左端)にリン酸、他端(この場合、右端)に水酸化ナトリウム水溶液を滴下する(図6(b))。
この後、流路102の両端に電極108を導入し、酸(リン酸)側に正、アルカリ(水酸化ナトリウム)側に負の電圧を印加して、等電点電気泳動を行う(図6(c))。
電気泳動後、電極108を取り外し、試料106を乾燥させた後、ニードル109よりシナピン酸等のマトリックス110を流路102全体に塗布する。
ここで、マトリックス110は、それ自体がイオン化されやすい、被験試料のイオン化を促進する物質である(図6(d))。
【0008】
塗布されたマトリックス110は、流路102中の試料106と混じり合い、マトリックス110−試料混合物111を形成する。
引き続き、マイクロチップをMALDI―TOF型質量分析計に導入し、レーザ112を照射することにより、照射位置の質量スペクトルを取得する。
ここで、MALDI―TOF型質量分析計は、マトリックス支援レーザ脱離方式のイオン化(MALDI)機構と、飛行時間型(TOF)質量分析計(MS)との組み合わせにより物質の質量を決定する装置であり、生体高分子の解析に適する。
【0009】
レーザ照射を流路各点で行うことにより、各等電点値に置ける質量スペクトルが得られる。その結果、2次元電気泳動と同様、等電点と分子量との2つのパラメータで特徴付けられたタンパク質の発現情報が得られ、容易にアイソフォームの区別を行うことができる。また、解析に必要な時間は1〜数時間であり、2次元電気泳動よりも大幅に時間短縮可能である。
【0010】
また、試料解析に関連する技術として特許文献2,3が挙げられる。
特許文献2に記載の発明は、ヒアルロン酸の測定方法に関する発明であり、具体的には、標識物質により修飾されたヒアルロン酸結合性蛋白質(標識ヒアルロン酸結合性蛋白質)を含有する試薬と、ヒアルロン酸を含む検体とを接触させて、ヒアルロン酸と標識ヒアルロン酸結合性蛋白質とを分離し、複合体中の標識物質又は遊離の標識ヒアルロン酸結合性蛋白質中の標識物質を測定することにより行うものである。
【0011】
特許文献2に記載の発明によれば、ヒアルロン酸を高精度に且つ簡便に測定することができるとしている。
【0012】
特許文献3に記載の発明は、適合した多数の染料を用いる差の検出方法に関するものであり、具体的には、少なくとも二つの異なった細胞試料間のタンパク質組成を比較する方法であって:(a)前記少なくとも二つの細胞試料のそれぞれから得られるタンパク質の抽出物を調製し;(b)前記タンパク質の抽出物中のタンパク質と共有結合することが可能な染料から選択される適合発光染料のセットを用意し、このとき前記セット中のそれぞれの染料は、(1)前記共有結合において、タンパク質の全体の正味電荷を維持するものである正味電荷を有し、そして前記染料のいずれか一つで標識されたタンパク質の相対的な移動が、前記セット中のもう一つの染料で標識された前記タンパク質の相対的移動と同様であるイオン及びpH特性を有し、(2)前記セット中の残りの染料の放出発光とは充分に異なる波長で発光を放出して、検出可能な異なった光信号を与え;(c)工程(a)のタンパク質のそれぞれの抽出物を、工程(b)の前記セットの異なった染料と反応させて、染料標識タンパク質を得て;(d)それぞれの前記染料標識タンパク質を混合して、異なった染料標識タンパク質の単一の混合物を形成し;(e)前記混合物中の対象とする染料標識タンパク質を分離し;そして (f)発光検出によって対象とする異なった染料標識タンパク質間の発光強度の差を検出すること;を含む方法である。
【0013】
特許文献3に記載の発明によれば、ゲルのゆがみ又はカラムの変化性に伴なう問題を排除し、そして異なった試料のタンパク質含有量を比較及び対比する、簡単な、比較的早いそして信頼性のある方法の提供を実現することができるとしている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0014】
【特許文献1】特許第4074921号公報
【特許文献2】再特WO2002101389号公報
【特許文献3】特表2003−506718号公報
【非特許文献】
【0015】
【非特許文献1】Tim Wehr, Roberto Rodfiguez-Diaz, and Mingde Zhu, "Capillary Electrophoresis of Proteins", from Marcel Dekker Inc. ISBN: 0-8247-0205-0 (Figure15)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0016】
しかしながら、特許文献1に開示されたマイクロチップでは、検出に質量分析を用いているため、アイソフォーム個々の発現量計測における、定量性や再現性に乏しいという問題があった。
【0017】
また、特許文献2,3に開示された方法では、捕獲されなかった試料中の物質が残留するおそれがあるので、正確な解析を行うことができないおそれがある。
【0018】
そこで、本発明の目的は、試料中に含まれるアイソフォームの解析を、迅速かつ正確に行うことができる試料解析方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【0019】
本発明の方法は、試料中の化学物質を蛍光体で染色及び捕獲する工程と、捕獲されなかった前記試料中の物質を洗い流す工程と、捕獲された物質を回収する工程と、回収後の試料の等電点電気泳動を行う工程と、前記等電点電気泳動後の試料の蛍光強度を検出する工程と、を含むことを特徴とする。
【発明の効果】
【0020】
本発明によれば、試料の正確な解析を行うことができる試料解析方法の提供を実現することができる。
【図面の簡単な説明】
【0021】
【図1】(a)〜(d)は、試料解析を行うための前処理を説明するための説明図である。
【図2】(a)は、本発明に係る試料解析法に用いられるマイクロチップの平面図であり、(b)は、(a)に示したマイクロチップのピラー領域の部分拡大図であり、(c)は、(b)のIIc−IIc線断面図である。
【図3】(a)〜(d)は、本発明に係る試料解析方法を適用した工程図の一例である。
【図4】(a)〜(d)は、試料の前処理を説明するための説明図である。
【図5】(a)は、マイクロチップの平面図であり、(b)は、(a)に示した流路の波線部の部分拡大図であり、(c)は、(b)のVc−Vc線断面図である。
【図6】(a)〜(e)は、図5(a)〜(c)に示したマイクロチップの製造方法を示す工程図である。
【発明を実施するための形態】
【0022】
(特徴)
本実施の形態は、資料中のターゲットタンパク質を蛍光ラベリングし、この後抗体等でターゲットを補足してから洗浄し、この後ターゲット分子の回収を行い、回収液の等電点電気泳動を行い、収束したバンドを蛍光観察することで、抗体で捕捉されたアイソフォームのみを、迅速かつ定量的に計量することを特徴とする。
【0023】
ここで、等電点電気泳動は、蛋白質の等電点(pI)の違いを利用して分離し、目的蛋白質の等電点測定や分析を行う泳動手法である。蛋白質を構成しているアミノ酸側鎖やアミノ末端、カルボキシル末端の電荷はpH条件によって変化し、電荷の総和がゼロになるpHの値が等電点である。
【0024】
(第1の実施の形態)
次に、本発明の第1の実施の形態について、図1(a)〜(d)、図2(a)〜(c)、図3(a)〜(d)を参照して詳細に説明する。
図1(a)〜(d)は、試料解析を行うための前処理を説明するための説明図である。
ターゲット分子201を含む試料に、蛍光ラベリング用試薬を加え、蛍光体203によりターゲット分子201のラベリングを行う。ただし、この場合、ターゲット分子201だけでなく、非ターゲット分子202のラベリングも同時に起こる(図1(a))。
【0025】
次に、ターゲット分子201に対する抗体204をガラス等の支持体に固定しておき、図1(a)で得られた試料溶液を導入する。抗原抗体反応により、ターゲット分子201のみ抗体204に捕獲される。
ここで、抗体とは、抗原と特異的に反応する免疫グロブリンの総称であり、2本の重鎖と2本の軽鎖とが組み合わさっており、Y字形状を有する。抗体は、免疫反応の中心的な役割を担う基本的な糖蛋白であり、中和作用、オプソニン効果、及び補体活性化作用を有する(図1(b))。
【0026】
しかる後に、試料溶液を廃棄し、バッファ溶液に置換すると、抗体204に捕獲されたターゲット分子204のみ残る(図1(c))。
【0027】
次に、酸性のバッファ溶液で置換することにより、ターゲット分子202と抗体204との間の結合を切り、ターゲット分子204の回収を行う(図1(d))。
【0028】
回収したターゲット分子204を含む溶液に、キャリアアンフォライト等を混合し、等電点電気泳動を行う。等電点電気泳動を行うデバイスとしは、一例として図2(a)〜(c)に示すようなマイクロチップを用いることができる。
図2(a)は、本発明に係る試料解析法に用いられるマイクロチップの平面図であり、図2(b)は、図2(a)に示したマイクロチップのピラー領域の部分拡大図であり、図2(c)は、図2(b)のIIc−IIc線断面図である。
ガラス基板101上には、直線型の流路102が形成されている。流路102は、ガラス基板101の表面を凹部に加工することで形成される。流路102の一部には、ピラー領域103が形成される。ピラー領域103は、円柱状の突起からなるピラー構造104の配列から構成される。
【0029】
次に、図3(a)〜(d)を用いて、試料解析の手順に関する説明を行う。
図3(a)〜(d)は、本発明に係る試料解析方法を適用した工程図の一例である。
電気泳動に必要な試薬を混ぜた試料106を、ピペット105にて流路102の一端(図では左端)に滴下する。流路102にはピラー領域103(図2(a)参照)が形成されており、表面積が大きく親水性が高まっているため、滴下された試料106は、毛細管現象により流路102全体に広がる(図3(a))。
【0030】
次に、流路102の一端(左端)にリン酸、他端(右端)に水酸化ナノトリウム水溶液を滴下する(図3(b))。
【0031】
この後、流路102の両端に一対の電極108をそれぞれ導入し、酸側(左端)に正、アルカリ側(右端)に負の電圧を印加して、等電点電気泳動を行う(図3(c))。
【0032】
電気泳動後、電極108を取り外し、試料106を乾燥させてから、マイクロチップを図示しないスキャナに載せて蛍光測定を行う。ターゲット分子201(図1(a)〜(d)参照)は蛍光体203でラベルされているため、蛍光強度をモニタすることで容易にターゲット分子201の量を計量できる。尚、113はバンドを示し、114は蛍光を示す(図3(d))。
【0033】
(マイクロチップの製造方法)
次に、第1の実施の形態におけるマイクロチップの製造方法について説明する。
初めに、例えば厚さ0.5mm程度のガラス基板に光リソグラフィー用レジストを塗布し、ステッパ等の半導体向け露光装置を用いて光照射を行い、現像の後、レジストパターンを得る。この場合、流路102の幅を0.1〜5mmとし、流路102の長さを10〜100mmとする。また、ピラー構造104の直径として0.1〜100μmとし、最近接のピラー構造間距離を0.1〜100μm程度とする。
【0034】
次に、レジストをマスクとして、CF4(四フッ化メタン)ガス等による反応性イオンエッチングによりガラス基板101の表面に0.1〜100μmの深さの溝を形成し、アッシング処理によりレジストを剥離する。
ここで、アッシング処理とは、ウエハ上のレジストなどを気相中で分解・除去する工程である。
【0035】
以上において、本実施形態によれば、アイソフォームの等電点が異なる場合、電点電気泳動により空間的に分離されるため、蛍光観察を行うことでアイソフォームの区別が可能になる。電気泳動の時間は数分から数10分と高速であると共に、蛍光による検出はMSに依る物に比べ、再現性や定量性に優れる。
【0036】
尚、電気泳動としては、アガロースゲル電気泳動、パルスフィールド電気泳動、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、もしくは二次元電気泳動が挙げられる。
【実施例1】
【0037】
上記の製法にてマイクロチップを作製した。
流路102の幅、長さ、深さは、例えばそれぞれ20mm、40mm、10μmである。ピラー構造104は、上から見ると長方形の凸構造から鳴り、流路102に沿った長さが約10μm、流路102と垂直方向の長さが約5μmである。流路102に沿った方向のピラー構造間距離は約10μm、流路102と垂直方向のピラー構造間距離は約5μmである。
【0038】
試料106として、50μgのtransthyretin(トランスサイレチン:分子量:約15kDa(g/mol)、Sigma社製)を1ミリリットルの水に溶解させた後、1nmolのCy3蛍光試薬でラベリングを行った。この後、抗transthyretin抗体を固定した磁気ビーズを導入し、室温で約1時間インキュベーション(培養)を行った。この後、PBS(リン酸緩衝食塩液)により磁気ビーズの洗浄を行い、pH=2の蟻酸を用いてtransthyretinの回収を行った。回収後、水酸化アンモニウムにて、回収液を中和した。
尚、PBSの代わりに他のpH調整用の緩衝液(例えば、TRIS:トリス(HOCH23CNH2)を用いてもよい。
【0039】
回収した試料溶液15マイクロリットルに、キャリアアンフォライトを1マイクロリットル、水を30マイクロリットル混合した後、1マイクロリットルの量をマイクロチップに導入した。
導入後、陽極側にpH=2のリン酸水溶液、陰極側にpH=12の水酸化ナトリウム水溶液を導入した。
次に、両極間に3kVの電圧を10分間印加することで、等電点電気泳動を行った。電気泳動後、マイクロチップ上の試料を風乾させ、チップごと蛍光スキャナ装置に載せ、蛍光分布の測定を行った。pI=6.8付近に明瞭な3本の蛍光ピークが観測され、電気泳動によるtransthyretinのアイソフォーム分離が確認できた。また、流路間の蛍光ピーク強度は、マイクロチップ間でバラツキが±10%以内であると共に、導入したtransthyretin量と線形の関係が得られた。質量分析を用いると、数十%以上の信号バラツキになることを鑑みると、蛍光による検出は質量分析よりも再現性と定量性に優れている。また、蛍光ラベリングから蛍光検出までに要した時間は約4時間であった。
【0040】
なお、上述した実施の形態及び実施例は、本発明の好適な一例を示すものであり、本発明はそれに限定されることなく、その要旨を逸脱しない範囲内において、種々変形実施が可能である。
【0041】
例えば、試料中の化学物質を蛍光体で染色した後に化学物質の捕獲を行うことが挙げられる。
また、試料中の化学物質を捕獲した後蛍光体で染色し、染色後の残留蛍光体を除去することが挙げられる。
【0042】
また、化学物質の捕獲を、抗体、アプタマー、受容体、もしくは分子インプリンティング法で行うことが挙げられる。
ここで、アプタマーとは、特異的に標的物質に結合する能力を有する合成DNA/RNA分子である。
また、捕獲された物質の回収に、酸、アルカリ、変性剤、プロテアーゼ、もしくはDNaseを用いることが挙げられる。
ここで、プロテアーゼとは、ペプチド結合(−CO−NH−)の加水分解を触媒する酵素の総称であり、プロテイナーゼとペプチダーゼとに分けられる。プロテイナーゼは、タンパク質分子のペプチド結合を加水分解する酵素で、エンドップチダーゼとも言われ、高分子タンパクに作用すると急速な低分子化が起こり、タンパクはペプトン化する。ペプチダーゼは、ペプチダーゼはペプチド鎖のアミノ末端あるいはカルボキシ末端のペプチド結合を加水分解する酵素で、エキソぺプチダーゼとも言われ、ペプチド鎖の末端から順次アミノ酸を遊離させる。
【0043】
また、DNase(Deoxyribonuclease,DNase)とは、核酸であるDNAを分解して、デオキシリボースの5’末端にリン酸基をもったヌクレオチド(塩基−デオキシリボース−リン酸)を2個(ジオクレオチド)または数個(オリゴヌクレオチド)生成する酵素である。
また、デオキシリボヌクレアーザとは、デオキシリボ核酸のホスホジエステル核酸のホスホジエステル結合を切断してオリゴヌクレオチドまたはモノヌクレオチドに分解する一群の酵素の総称である。
【0044】
また、等電点電気泳動を、キャピラリーに形成された流路中で行うことが挙げられる。
【0045】
また、試料毎に発色波長の異なる蛍光体で染色した後に試料を混合すると共に、各発色毎の蛍光強度の検出を行うことが挙げられる。
【0046】
(第2の実施の形態)
次に、本発明の第2の実施の形態について、図4(a)〜(d)を参照して詳細に説明する。
図4(a)〜(d)は、試料の前処理を説明するための説明図である。
ターゲット分子201に対する抗体204をガラス等の支持体に固定しておき、ターゲット分子201を含む試料を導入し、抗原抗体反応により、ターゲット分子のみ抗体204に捕獲させる(図4(a))。
【0047】
しかる後に、試料溶液を廃棄し、バッファ溶液に置換すると、抗体204に捕獲されたターゲット分子201のみ残る。
次に、酸性のバッファ溶液で置換することにより、ターゲット分子201と抗体204との間の結合を切り、ターゲット分子201の回収を行う(図4(b))。
【0048】
しかる後に、蛍光ラベリング用試薬を加え、蛍光体203によりターゲット分子201のラベリングを行う(図4(c))。
【0049】
次に、スピンカラム等の分離装置を用いて、ターゲット201の結合に寄与しなかった蛍光体203の除去を行う(図4(d))。
【0050】
この後、キャリアアンフォライト等の試薬を混合工程になるが、本工程以降は第1の実施の形態と同様である。
【0051】
本実施の形態では蛍光体の除去工程が必要となるため、第1の実施の形態に対し、作業の複雑さ、作業時間の増大、サンプルロスの点で改善の余地がある。
【0052】
(第3の実施の形態)
次に、本発明の第3の実施の形態について説明する。
第1の実施の形態では、transthyretinの回収に蟻酸を用いたが、本実施の形態では尿素を用いる。
例えば、7mol/ミリリットルの濃度の尿素水溶液を用いることで、抗体からtransthyretinを離脱させ回収できる。尿素水溶液は中性であるため、蟻酸の場合のように、回収後の中和の必要がない。
【0053】
(第4の実施の形態)
次に、本発明の第4の実施の形態について説明する。
まず、50マイクログラムのtransthyretinを1ミリリットルの水に溶解させた試料(試料1)と、25マイクログラムのものを溶解した試料(試料2)とを作成した。
【0054】
次に、試料1に関しては蛍光化合物Cy3、試料2に関しては蛍光化合物Cy5でラベリングを行い、その後、両者を混合した。この後、第1の実施例の手順に従い、免疫沈降、回収を行った。これを、マイクロチップに導入し、等電点電気泳動及び風乾を行った。検出に当たり、蛍光化合物Cy3の波長に合わせた検出と、蛍光化合物Cy5の波長に合わせた検出とを行った。蛍光化合物Cy5の蛍光量は、蛍光化合物Cy3の蛍光量の半分であり、試料中のtransthyretinの量を反映した結果を得た。このときの、蛍光化合物Cy3と蛍光化合物Cy5との強度比バラツキはチップ間で5%以内であった。
【0055】
(効果)
本実施形態の効果は、定量性と再現性とを担保しつつ、試料中に含まれるアイソフォーム個々の発現量を高速に検出できることである。
【産業上の利用可能性】
【0056】
本発明の活用例として、試料中に含まれるアイソフォームの解析があげられる。特に、迅速で正確なアイソフォーム検出が重要な意味を持つ医療分野へ適用が可能である。
【符号の説明】
【0057】
101 ガラス基板
102 流路
103 ピラー領域
104 ピラー構造
105 ピペット
106 試料
107 電極液
108 電極
109 ニードル
110 マトリックス
111 マトリックス−試料混合物
112 レーザ
113 バンド
114 蛍光
201 ターゲット分子
202 非ターゲット分子
203 蛍光体
204 抗体

【特許請求の範囲】
【請求項1】
試料中の化学物質を蛍光体で染色及び捕獲する工程と、
捕獲されなかった前記試料中の物質を洗い流す工程と、
捕獲された物質を回収する工程と、
回収後の試料の等電点電気泳動を行う工程と、
前記等電点電気泳動後の試料の蛍光強度を検出する工程と、を含むことを特徴とする試料解析方法。
【請求項2】
前記試料中の化学物質を前記蛍光体で染色した後に前記化学物質の捕獲を行うことを特徴とする請求項1に記載の試料解析方法。
【請求項3】
前記試料中の化学物質を捕獲した後前記蛍光体で染色し、染色後の残留蛍光体を除去することを特徴とする請求項1に記載の試料解析方法。
【請求項4】
前記化学物質の捕獲を、抗体、アプタマー、受容体、もしくは分子インプリンティング法で行うことを特徴とする請求項1から3の何れか一項に記載の試料解析方法。
【請求項5】
捕獲された物質の回収に、酸、アルカリ、変性剤、プロテアーゼ、もしくはDNaseを用いることを特徴とする請求項1に記載の試料解析方法。
【請求項6】
前記等電点電気泳動を、キャピラリーあるいはマイクロチップ上に形成された流路中で行うことを特徴とする請求項1に記載の試料解析方法。
【請求項7】
前記試料毎に発色波長の異なる蛍光体で染色した後に前記試料を混合すると共に、各発色毎の蛍光強度の検出を行うことを特徴とする請求項1から3の何れか一項に記載の試料解析方法。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【公開番号】特開2010−185703(P2010−185703A)
【公開日】平成22年8月26日(2010.8.26)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−28654(P2009−28654)
【出願日】平成21年2月10日(2009.2.10)
【出願人】(000004237)日本電気株式会社 (19,353)
【Fターム(参考)】