説明

選択された遺伝子のエピジェネティックな変化及び癌

試料中で、癌に対する素因又はその発生を検出するための方法は、NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子、GATA4、OSMR、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、MGMT、TFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化の検出は、癌に対する素因又はその発生を示す。癌に適した治療レジメンを決定するための遺伝薬理学的方法及び本発明の方法による患者の選択に基づいて、癌患者を治療するための方法もまた記載される。本発明はまた、試料、特に体液試料を収集し、処理し、分析するための、改良された方法に関する。これらの方法は、様々な疾患を診断する、ステージづける、又はその他の場合では特徴づけるのに有用である可能性がある。本発明はまた、癌、特に、結腸直腸癌、胃癌、及び食道癌などの胃腸癌を同定する、診断する、ステージづける、又はその他の場合では特徴づけるための方法にも関する。本発明の方法は、とりわけ、糞便試料及び血液ベースの試料からヒトDNA構成成分を単離し、分析することに関する。


Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298

【特許請求の範囲】
【請求項1】
試料中で、癌に対する素因又はその発生を検出するための方法であって、NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子、GATA4、OSMR、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、MGMT、TFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化の検出は、癌に対する素因又はその発生を示す方法。
【請求項2】
癌は結腸直腸癌であり、少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
試験試料は糞便試験試料である、請求項1又は2に記載の方法。
【請求項4】
NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子のエピジェネティックなサイレンシングを検出するステップを含み、前記遺伝子のエピジェネティックなサイレンシングは、癌若しくは癌に対する素因又は進行腺腫を示す、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子発現が決定され、前記遺伝子の発現の低下は、結腸癌及び/若しくは胃癌又は結腸癌及び/若しくは胃癌に対する素因、又は進行腺腫を示す、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子メチル化状態が決定され、前記遺伝子のメチル化は、結腸癌及び/若しくは胃癌又は結腸癌及び/若しくは胃癌に対する素因、又は進行腺腫を示す、請求項1に記載の方法。
【請求項7】
癌は結腸直腸癌であり、試料は血液試料又はその誘導体であり、少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、及びAPCから選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項8】
癌は結腸直腸癌であり、試料は組織試料であり、少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、GATA4、及びADAM23又はOSMR、GATA4、及びGATA5を含む遺伝子のパネルであり、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化の検出は、結腸直腸癌に対する素因又はその発生を示す、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
癌は胃腸癌を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項10】
胃腸癌は、結腸直腸癌、胃癌、胃の癌、及び/又は食道癌を含む、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
胃腸癌は結腸直腸癌である、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
食道癌は食道腺癌である、請求項10に記載の方法。
【請求項13】
胃の癌は胃のびまん型癌腫及び/又は腸管型癌腫を含む、請求項10に記載の方法。
【請求項14】
少なくとも1つの遺伝子はNDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子である、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項15】
NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子はNDRG4遺伝子を含む又はNDRG4遺伝子からなる、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項16】
少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、及びSFRP2から選択される、請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
【請求項17】
少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、NDRG4、GATA5、及びADAM23から選択される、請求項1〜13のいずれか一項に記載の方法。
【請求項18】
前記遺伝子のうちの少なくとも2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つを含む遺伝子のパネル中のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化の検出は、癌に対する素因又はその発生を示す、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項19】
遺伝子のパネルは、2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つの遺伝子を含む、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
遺伝子のパネルは、GATA4及びOSMR、GATA4及びNDRG4、GATA4及びSFRP2、OSMR及びNDRG4、OSMR及びSFRP2、NDRG4及びSFRP2、APC及びSFRP2、APC及びOSMR、APC及びGATA4、APC及びNDRG4、MGMT及びOSMR、MGMT及びGATA4、MGMT及びNDRG4、MGMT及びSFRP2、MGMT及びAPC、SFRP1及びMGMT、SFRP1及びOSMR、SFRP1及びGATA4、SFRP1及びNDRG4、SFRP1及びSFRP2、SFRP1及びAPC、GATA5及びSFRP1、GATA5及びMGMT、GATA5及びOSMR、GATA5及びGATA4、GATA5及びNDRG4、GATA5及びSFRP2、又はGATA5及びAPCを含む、請求項18又は19に記載の方法。
【請求項21】
遺伝子のパネルは、GATA4、OSMR及びNDRG4、GATA4、OSMR及びSFRP2、GATA4、NDRG4及びSFRP2、SFRP1、SFRP2及びAPC、SFRP2、OSMR及びAPC、又はOSMR、NDRG4及びSFRP2を含む、請求項18〜20のいずれか一項に記載の方法。
【請求項22】
遺伝子のパネルは、GATA4、OSMR、NDRG4、及びSFRP2からなる、請求項18〜21のいずれか一項に記載の方法。
【請求項23】
遺伝子のパネルは、NDRG4、OSMR、SFRP1、ADAM23、GATA5、GATA4、及びMGMTを含む、請求項18〜20のいずれか一項に記載の方法。
【請求項24】
遺伝子のパネルは、OSMR、NDRG4、GATAJ、及びADAM23から選択される遺伝子を有する3つの遺伝子のパネルである、請求項18又は19に記載の方法。
【請求項25】
遺伝子のパネルは、OSMR、NDRG4、GATA5、及びADAM23からなる、請求項24に記載の方法。
【請求項26】
遺伝子のパネルは、OSMR、GATA4、及びADAM23、又はOSMR、GATA4、及びGATA5を含む、請求項18又は19に記載の方法。
【請求項27】
遺伝子のパネルのそれぞれのエピジェネティックな変化の検出は単一反応で実行される、請求項18〜20のいずれか一項に記載の方法。
【請求項28】
試料は、組織試料及び/又は体液試料を含む、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項29】
体液試料は糞便試料を含む、請求項28に記載の方法。
【請求項30】
少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される並びに/又はTFPI2、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
組織試料は、結腸試料及び/又は直腸試料及び/又は虫垂試料を含む、請求項28に記載の方法。
【請求項32】
体液試料は血液試料を含む、請求項28に記載の方法。
【請求項33】
血液試料又はその誘導体は血漿試料又は血清試料を含む、請求項32に記載の方法。
【請求項34】
少なくとも1つの遺伝子は、TFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、JPH3、及びJAM3から選択される、請求項32又は34に記載の方法。
【請求項35】
血漿試料は、全血の遠心分離によって得られる、請求項33又は34に記載の方法。
【請求項36】
血漿試料を得るために、複数の遠心分離ステップが用いられる、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
血漿試料を得るために、2回の遠心分離ステップが用いられる、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
2ml未満の容量の血漿試料は除外される、請求項37に記載の方法。
【請求項39】
癌は結腸直腸癌であり、結腸直腸癌は早期ステージの結腸直腸癌を含む、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項40】
早期ステージの結腸直腸癌はステージ0〜IIの結腸直腸癌を含む、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
エピジェネティックな変化はメチル化である、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項42】
遺伝子(複数可)のプロモーター領域の過剰メチル化が検出される、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
メチル化は、メチル化特異的PCR/増幅を使用して決定される、請求項41又は42に記載の方法。
【請求項44】
メチル化特異的PCR/増幅はリアルタイムで又はエンドポイントで実行される、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
メチル化は、参照遺伝子のメチル化に対して定量される、請求項41〜44のいずれか一項に記載の方法。
【請求項46】
表2〜18に記載のヌクレオチド配列を含むプライマーから選択されるプライマーを利用する、請求項43又は44に記載の方法。
【請求項47】
表2〜18に記載のヌクレオチド配列を含むプローブから選択されるプローブを利用する、請求項43〜46のいずれか一項に記載の方法。
【請求項48】
結腸直腸癌に対する素因又はその発生を検出するために、試料中でのDNA完全性の検出若しくは少なくとも1つのDNA癌遺伝子突然変異の検出、又はDNA完全性の検出と少なくとも1つのDNA癌遺伝子突然変異の検出の両方の組合せと組み合わせて使用される、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項49】
配列番号524及び/又は配列番号525として記載のヌクレオチド配列を含むCpGアイランドのメチル化状態が決定される、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項50】
エピジェネティックな変化は、遺伝子発現のレベルでのその効果の決定によって検出される、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項51】
遺伝子発現はタンパク質レベルで決定される、請求項50に記載の方法。
【請求項52】
遺伝子発現はRNAレベルで決定される、請求項50に記載の方法。
【請求項53】
リアルタイム検出又はエンドポイント検出が用いられる、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
試料中で、癌、特に胃腸癌の組織病理学的ステージを決定するための方法であって、NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子、GATA4、OSMR、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、MGMT、TFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化の検出は、癌の組織病理学的ステージを示す方法。
【請求項55】
癌は結腸直腸癌であり、少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される、請求項54に記載の方法。
【請求項56】
試験試料は糞便試料である、請求項54又は55に記載の方法。
【請求項57】
腺腫及び/又は結腸直腸癌の組織病理学的ステージを決定するための方法であって、NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子のエピジェネティックなサイレンシングを決定するステップを含み、NDRG2/NDRG4ファミリー遺伝子のエピジェネティックなサイレンシングは、癌の組織病理学的ステージに相関する、請求項51に記載の方法。
【請求項58】
血液試料又はその誘導体中で、結腸直腸癌の組織病理学的ステージを決定するための方法であって、OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、及びAPCから選択される少なくとも1つの遺伝子並びに/又はTFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化の検出は、結腸直腸癌の組織病理学的ステージを示す、請求項54に記載の方法。
【請求項59】
組織試料中で、結腸直腸癌の組織病理学的ステージを決定するための方法であって、OSMR、GATA4、及びADAM23又はOSMR、GATA4、及びGATA5を含む遺伝子のパネル中のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化の検出は、結腸直腸癌の組織病理学的ステージを示す、請求項54に記載の方法。
【請求項60】
腺腫の癌腫への進行を予測する又はモニターするための方法であって、適した試験試料中で、NDRG2/NDRG4サブファミリー遺伝子のメチル化状態を決定するステップを含み、メチル化のレベルの上昇又は増加は、メチル化のレベルが低い場合よりも、腺腫が癌腫に進行する可能性が高いことを示す方法。
【請求項61】
NDRG4遺伝子のメチル化状態が決定される、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
表2に記載のヌクレオチド配列を含むプライマーのプライマー結合部位の間の及びそれを含む領域のNDRG4遺伝子のメチル化状態が決定される、請求項61に記載の方法。
【請求項63】
胃腸癌の進行を予測する又はモニターするための方法であって、適した試験試料中で、NDRG4遺伝子のメチル化状態を決定するステップを含み、転写開始部位に対するメチル化のレベルの上昇又は増加は、メチル化のレベルが低い場合よりも、癌がより進行していることを示す方法。
【請求項64】
胃腸癌は結腸直腸癌である、請求項63に記載の方法。
【請求項65】
DNA脱メチル化剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子を用いて、癌、特に胃腸癌の治療の成功の見込みを予測するための方法であって、NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子、GATA4、OSMR、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、MGMT、TFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化の検出は、治療の成功の見込みが、エピジェネティックな修飾が検出されない場合よりも高いことを示す方法。
【請求項66】
癌は結腸直腸癌であり、少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される、請求項65に記載の方法。
【請求項67】
試験試料は糞便試料である、請求項65又は66に記載の方法。
【請求項68】
対象から得られた試料中で、NDRG4/2ファミリー遺伝子のメチル化状態を決定するステップを含み、NDRG4/2ファミリー遺伝子がメチル化されている、特に過剰メチル化されている場合、治療の成功の見込みは、NDRG4/2ファミリー遺伝子がメチル化されていない又はより程度は小さいがメチル化されている場合よりも高い、請求項65に記載の方法。
【請求項69】
対象から得られた試料中で、NDRG4/2ファミリー遺伝子の発現レベルを測定するステップを含み、発現のレベルの低下は、NDRG4/2ファミリー遺伝子がより高いレベルで発現される場合よりも、癌の治療の成功の見込みが高いことを示す、請求項65に記載の方法。
【請求項70】
癌は結腸直腸癌であり、少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、及びAPCから選択され並びに/又はTFPI1、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択され、試料は血液試料又はその誘導体である、請求項65に記載の方法。
【請求項71】
癌は結腸直腸癌であり、組織試料中で、OSMR、GATA4、及びADAM23又はOSMR、GATA4、及びGATA5を含む遺伝子のパネル中のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化の検出は、治療の成功の見込みが、エピジェネティックな修飾が検出されない場合よりも高いことを示す、請求項65に記載の方法。
【請求項72】
DNA脱メチル化剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子を用いて、癌、特に胃腸癌の治療に対する抵抗性の見込みを予測するための方法であって、NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子、GATA4、OSMR、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、MGMT、TFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化の検出は、治療に対する抵抗性の見込みが、エピジェネティックな修飾が検出されない場合よりも低いことを示す方法。
【請求項73】
癌は結腸直腸癌であり、少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される、請求項72に記載の方法。
【請求項74】
試験試料は糞便試料である、請求項72又は73に記載の方法。
【請求項75】
対象から得られた試料中で、NDRG4/2ファミリー遺伝子のメチル化状態を決定するステップを含み、NDRG4/2ファミリー遺伝子がメチル化されていない又はより程度は小さいがメチル化されている場合、治療に対する抵抗性の見込みは、NDRG4/2ファミリー遺伝子がメチル化されている又は過剰メチル化されている場合よりも高い、請求項72に記載の方法。
【請求項76】
対象から得られた試料中で、NDRG4/2ファミリー遺伝子の発現レベルを測定するステップを含み、より高いレベルの発現は、NDRG4/2ファミリー遺伝子が低下したレベルで発現される場合よりも、癌の治療に対する抵抗性の見込みが高いことを示す、請求項72に記載の方法。
【請求項77】
癌は結腸直腸癌であり、少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、及びAPCから選択され並びに/又はTFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択され、試料は血液試料又はその誘導体である、請求項72に記載の方法。
【請求項78】
癌は結腸直腸癌であり、組織試料中で、OSMR、GATA4、及びADAM23又はOSMR、GATA4、及びGATA5を含む遺伝子のパネル中のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化の検出は、治療の成功の見込みが、エピジェネティックな修飾が検出されない場合よりも高いことを示す、請求項72に記載の方法。
【請求項79】
癌、特に胃腸癌に適した治療レジメンを選択するための方法であって、NDRG4/NDRG2サブファミリー遺伝子、GATA4、OSMR、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、MGMT、TFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化を検出することにより、治療のためにDNA脱メチル化剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子が選択され、エピジェネティックな変化が検出されない場合、DNA脱メチル化剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子は治療のために選択されない方法。
【請求項80】
癌は結腸直腸癌であり、少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される、請求項79に記載の方法。
【請求項81】
試料は糞便試料である、請求項79又は80に記載の方法。
【請求項82】
対象から得られた試料中で、NDRG4/2ファミリー遺伝子のエピジェネティックなサイレンシングを決定するステップを含み、遺伝子が、エピジェネティックにサイレンシングされている、特に過剰メチル化されている又は発現が低下している場合、DNA脱メチル化剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子が治療のために選択される、請求項79に記載の方法。
【請求項83】
癌若しくは癌に対する素因又は進行腺腫に適した治療レジメンを選択するための方法であって、対象から得られた試料中で、NDRG4/2ファミリー遺伝子のメチル化状態及び/又は発現レベルを決定するステップを含み、遺伝子が、メチル化されていない又はより高度に発現している場合、DNA脱メチル化剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子を用いる治療は禁忌となる、請求項79に記載の方法。
【請求項84】
癌は結腸直腸癌であり、少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、及びAPCから選択され並びに/又はTFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択され、試料は血液試料又はその誘導体である、請求項79に記載の方法。
【請求項85】
癌は結腸直腸癌であり、組織試料中で、OSMR、GATA4、及びADAM23又はOSMR、GATA4、及びGATA5を含む遺伝子のパネル中のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化を検出することにより、治療のためにDNA脱メチル化剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子が選択され、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化が検出されない場合、DNA脱メチル化剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子が治療に選択されない、請求項79に記載の方法。
【請求項86】
請求項1〜53のいずれか一項に記載の方法の特徴によってさらに特徴づけられる、請求項54〜85のいずれか一項に記載の方法。
【請求項87】
対象の癌を治療するための方法であって、DNA脱メチル化剤及び/又はHDAC阻害因子及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子を投与するステップを含み、対象は、先の請求項のいずれかに記載の方法に基づいて治療について選択された方法。
【請求項88】
対象は、NDRG2/NDRG4ファミリー遺伝子プロモーターのメチル化状態、NDRG2/NDRG4ファミリー遺伝子の発現レベル、又はその組合せを測定することに基づいて治療について選択された、請求項87に記載の方法。
【請求項89】
癌は胃腸癌を含む、請求項87又は88に記載の方法。
【請求項90】
胃腸癌は、結腸直腸癌、胃癌、胃の癌、及び/又は食道癌、特に結腸直腸癌を含む、請求項89に記載の方法。
【請求項91】
食道癌は食道腺癌である、請求項90に記載の方法。
【請求項92】
胃の癌は、胃のびまん型癌腫及び/又は腸管型癌腫を含む、請求項90に記載の方法。
【請求項93】
(a)DNA傷害剤及び/又はDNAメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び/又はHDAC阻害因子を用いる、癌の治療の成功の見込み及び/又は癌の治療に対する抵抗性の見込みを予測し、
(b)癌に適した治療レジメンを選択し、
(c)癌又は癌に対する素因を診断するためのキットであって、
NDRG2/NDRG4ファミリー遺伝子、GATA4、OSMR、GATA5、SERP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される少なくとも1つの遺伝子並びに/又はTFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態を検出するのに使用されるプライマーのセットをその中に含有するキャリアー手段を含むキット。
【請求項94】
少なくとも1つの遺伝子はNDRG2/NDRG4サブファミリー遺伝子である、請求項93に記載のキット。
【請求項95】
NDRG2/NDRG4サブファミリー遺伝子はNDRG4である、請求項94に記載のキット。
【請求項96】
試料中に含有されるDNA中の非メチル化シトシン残基を選択的に修飾して、検出可能な修飾残基を生成するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬をさらに含む、請求項93〜95のいずれか一項に記載のキット。
【請求項97】
試薬は重亜硫酸塩(bisulphite)試薬を含む、請求項96に記載のキット。
【請求項98】
重亜硫酸塩試薬は重亜硫酸ナトリウム塩を含む、請求項97に記載のキット。
【請求項99】
試料中で、胃腸癌、特に結腸直腸癌に対する素因又はその発生を検出するためのキットであって、
(a)GATA4、OSMR、NDRG4、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される少なくとも1つの遺伝子並びに/又はTFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するための手段、
(b)糞便試料を処理するための手段を含むキット。
【請求項100】
少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、GATA5、SFRP1、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される、請求項93〜99のいずれか一項に記載のキット。
【請求項101】
少なくとも1つの遺伝子は、GATA4、OSMR、NDRG4、及びSFRP2から選択される、請求項93に記載のキット。
【請求項102】
前記遺伝子のうちの少なくとも2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つを含む遺伝子のパネルのエピジェネティックな変化を検出するための手段を含み、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化の検出は、結腸直腸癌に対する素因又はその発生を示す、請求項93〜101のいずれか一項に記載のキット。
【請求項103】
遺伝子のパネルは、2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つの遺伝子を含む、請求項102に記載のキット。
【請求項104】
遺伝子のパネルは、GATA4及びOSMR、GATA4及びNDRG4、GATA4及びSFRP2、OSMR及びNDRG4、OSMR及びSFRP2、又はNDRG4及びSFRP2を含む、請求項102又は103に記載のキット。
【請求項105】
遺伝子のパネルは、GATA4、OSMR及びNDRG4、GATA4、OSMR及びSFRP2、GATA4、NDRG4及びSFRP2、又はOSMR、NDRG4及びSFRP2を含む、請求項102〜104のいずれか一項に記載のキット。
【請求項106】
遺伝子から選択される3つ又は4つの遺伝子のパネルは、GATA4、OSMR、NDRG4、及びSFRP2からなる、請求項102〜105のいずれか一項に記載のキット。
【請求項107】
遺伝子のパネルは、NDRG4、OSMR、SFRP1、ADAM23、GATA5、及びMGMTを含む、請求項102又は103に記載のキット。
【請求項108】
糞便試料を処理するための手段は、糞便試料の収集のための密封可能な容器を含む、請求項99〜107のいずれか一項に記載のキット。
【請求項109】
糞便試料を処理するための手段はホモジナイゼーションバッファーを含む、請求項99〜108のいずれか一項に記載のキット。
【請求項110】
糞便試料を処理するための手段は、DNAの抽出/単離/濃縮/精製のための試薬を含む、請求項99〜109のいずれか一項に記載のキット。
【請求項111】
糞便試料を処理するための手段は、試料中でのDNAの増幅を誘導するためのプライマーを含む、請求項99〜110のいずれか一項に記載のキット。
【請求項112】
試料中で、胃腸癌、特に結腸直腸癌に対する素因又はその発生を検出するためのキットであって、
(a)OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、及びAPCから選択される少なくとも1つの遺伝子並びに/又はTFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される少なくとも1つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するための手段、
(b)血液試料又はその誘導体を処理するための手段を含むキット。
【請求項113】
少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、及びAPCから選択される、請求項112に記載のキット。
【請求項114】
血液試料又はその誘導体は血漿試料又は血清試料を含む、請求項112又は113に記載のキット。
【請求項115】
少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、NDRG4、GATA5、及びADAM23から選択される、請求項112〜114のいずれか一項に記載のキット。
【請求項116】
前記遺伝子のうちの少なくとも2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つを含む遺伝子のパネルのエピジェネティックな変化を検出するための手段を含み、パネル中の遺伝子の少なくとも1つのエピジェネティックな変化の検出は、結腸直腸癌に対する素因又はその発生を示す、請求項112〜115のいずれか一項に記載のキット。
【請求項117】
遺伝子のパネルは、2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つの遺伝子を含む、請求項116に記載のキット。
【請求項118】
遺伝子のパネルは、OSMR、NDRG4、GATA5、及びADAM23からなる、請求項116又は117に記載のキット。
【請求項119】
結腸直腸癌は早期ステージの結腸直腸癌を含む、請求項112〜118のいずれか一項に記載のキット。
【請求項120】
早期ステージの結腸直腸癌はステージ0〜IIの結腸直腸癌を含む、請求項119に記載のキット。
【請求項121】
血液試料又はその誘導体を処理するための手段は、血液試料の収集のための密封可能な容器を含む、請求項112〜120のいずれか一項に記載のキット。
【請求項122】
血液試料又はその誘導体を処理するための手段は、血液試料又はその誘導体からのDNAの抽出/単離/濃縮/精製のための試薬を含む、請求項112〜121のいずれか一項に記載のキット。
【請求項123】
血液試料又はその誘導体からのDNAの抽出/単離/濃縮/精製のための試薬は、表1のキットから選択される、請求項122に記載のキット。
【請求項124】
血液試料又はその誘導体を処理するための手段は安定剤を含む、請求項112〜123のいずれか一項に記載のキット。
【請求項125】
試料中で、結腸直腸癌に対する素因又はその発生を検出するためのキットであって、
(a)OSMR、GATA4、及びADAM23又はOSMR、GATA4、及びGATA5を含む遺伝子のパネル中のエピジェネティックな変化を検出する手段、
(b)結腸組織試料、直腸組織試料、又は虫垂組織試料を処理するための手段を含むキット。
【請求項126】
遺伝子のパネル中のエピジェネティックな変化を検出するための手段は、検出を単一反応で実行させることができる、請求項93〜125のいずれか一項に記載のキット。
【請求項127】
エピジェネティックな変化はメチル化である、請求項93〜126のいずれか一項に記載のキット。
【請求項128】
遺伝子(複数可)のプロモーター領域の過剰メチル化が検出される、請求項127に記載のキット。
【請求項129】
メチル化を検出するための手段は、メチル化特異的PCRプライマーを含む、請求項127又は128に記載のキット。
【請求項130】
メチル化特異的PCRをリアルタイムで又はエンドポイントで実行するための手段をさらに含む、請求項129に記載のキット。
【請求項131】
メチル化特異的PCRプライマーは、表2〜18に記載のヌクレオチド配列を含むプライマーから選択される、請求項129又は130に記載のキット。
【請求項132】
表2〜18に記載のヌクレオチド配列を含むプローブから選択されるプローブを含む、請求項130又は131に記載のキット。
【請求項133】
糞便試料又は血液試料若しくはその誘導体又は組織試料を処理するための手段は、試料中に含有されるDNA中の非メチル化シトシン残基を選択的に修飾して、検出可能な修飾残基を生成するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬を含む、請求項99〜132のいずれか一項に記載のキット。
【請求項134】
試薬は重亜硫酸塩試薬を含む、請求項133に記載のキット。
【請求項135】
重亜硫酸塩試薬は重亜硫酸ナトリウムを含む、請求項134に記載のキット。
【請求項136】
血漿試料又は血清試料中で、少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態を決定するための方法であって、
(a)血漿試料又は血清試料からDNAを単離するステップと、
(b)単離DNAを、試料中に含有されるDNA中の非メチル化シトシン残基を選択的に修飾して、検出可能な修飾残基を生成するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬を用いる処理にさらすステップと、
(c)少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態を決定するために処理された単離DNAを増幅するステップであって、0.07〜0.72mlの血漿試料又は血清試料に相当するDNAが増幅反応当たりに使用されることを特徴とするステップとを含む方法。
【請求項137】
血漿試料又は血清試料は血漿試料である、請求項136に記載の方法。
【請求項138】
血漿試料は、全血の遠心分離によって得られる、請求項137に記載の方法。
【請求項139】
血漿試料を得るために、複数の遠心分離ステップが用いられる、請求項138に記載の方法。
【請求項140】
血漿試料を得るために、2回の遠心分離ステップが用いられる、請求項1381に記載の方法。
【請求項141】
2ml未満の血漿容量を有する試料は、DNAの単離に先立って除外される、請求項136〜140のいずれか一項に記載の方法。
【請求項142】
試薬は重亜硫酸塩試薬を含む、請求項136〜141のいずれか一項に記載の方法。
【請求項143】
血液試料又はその誘導体の容量は約10mlである、請求項136〜142のいずれか一項に記載の方法。
【請求項144】
ステップ(b)に続いて、処理された単離DNAを増幅に先立って濃縮するステップをさらに含む、請求項136〜143のいずれか一項に記載の方法。
【請求項145】
安定剤を用いる血漿試料又は血清試料を安定化するステップをさらに含む、請求項136〜143のいずれか一項に記載の方法。
【請求項146】
少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、APC、及びMGMTから選択される並びに/又はTFPI2、BNIP3、FOXE1、SYNE1、SOX17、PHACTR3、及びJAM3から選択される、請求項136〜145のいずれか一項に記載の方法。
【請求項147】
少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、SFRP1、NDRG4、GATA5、ADAM23、JPH3、SFRP2、及びAPCから選択される、請求項146に記載の方法。
【請求項148】
少なくとも1つの遺伝子は、OSMR、NDRG4、GATA5、及びADAM23から選択される、請求項147に記載の方法。
【請求項149】
少なくとも1つの遺伝子は、少なくとも2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つの遺伝子を含む遺伝子のパネルの一部を形成し、遺伝子のそれぞれのメチル化状態が決定される、請求項136〜148のいずれか一項に記載の方法。
【請求項150】
遺伝子のパネルは、2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つの遺伝子を含む、請求項149に記載の方法。
【請求項151】
遺伝子のパネルは、OSMR、NDRG4、GATA5、及びADAM23からなる、請求項149又は150に記載の方法。
【請求項152】
遺伝子のパネルのそれぞれのメチル化状態の決定は単一反応で実行される、請求項149〜151のいずれか一項に記載の方法。
【請求項153】
増幅するステップはポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を含む、先の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項154】
PCRはメチル化特異的PCRである、請求項153に記載の方法。
【請求項155】
メチル化特異的PCRはリアルタイム又はエンドポイントで実行される、請求項154に記載の方法。
【請求項156】
表2〜18に記載のヌクレオチド配列を含むプライマー及びプローブから選択されるプライマー及び/又はプローブを用いて、少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態を決定する、請求項136〜155のいずれか一項に記載の方法。
【請求項157】
少なくとも1つの遺伝子のメチル化状態は疾患の発生と相関しており、疾患に対する素因又はその発生を検出するために使用される、請求項136〜156のいずれか一項に記載の方法。
【請求項158】
疾患は細胞増殖性の障害を含む、請求項157に記載の方法。
【請求項159】
細胞増殖性の障害は癌を含む、請求項158に記載の方法。
【請求項160】
癌は胃腸癌を含む、請求項159に記載の方法。
【請求項161】
胃腸癌は、結腸直腸癌を含む、請求項160に記載の方法。
【請求項162】
結腸直腸癌は早期ステージの結腸直腸癌を含む、請求項161に記載の方法。
【請求項163】
早期ステージの結腸直腸癌はステージ0〜IIの結腸直腸癌を含む、請求項162に記載の方法。
【請求項164】
糞便試料中で、結腸直腸癌に対する素因又はその発生を検出するのに使用するために、糞便試料を処理してDNAを単離し、調製するための方法であって、
(a)糞便試料からDNAを単離するステップと、
(b)1回の増幅反応当たり必要とされる、少なくとも2.5μgの単離DNAを、試料中に含有されるDNA中の非メチル化シトシン残基を選択的に修飾して、検出可能な修飾残基を生成するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬を用いる処理にさらすステップと、
(c)処理された単離DNAを増幅するステップとを含む方法。
【請求項165】
ステップ(a)に先立って、糞便試料にホモジナイゼーションバッファーを添加するステップを含む、請求項164に記載の方法。
【請求項166】
試薬は重亜硫酸塩試薬を含む、請求項164又は165に記載の方法。
【請求項167】
重亜硫酸塩試薬は重亜硫酸ナトリウムを含む、請求項166に記載の方法。
【請求項168】
ステップ(b)の後、ステップ(c)に先立って、処理された単離DNAが濃縮される、請求項5164〜167のいずれか一項に記載の方法。
【請求項169】
糞便試料は少なくとも4gの重量である、請求項164〜168のいずれか一項に記載の方法。
【請求項170】
増幅された処理DNAに請求項1〜58のいずれか一項に記載の方法を実行するステップをさらに含む、請求項164〜169のいずれか一項に記載の方法。
【請求項171】
表2〜18に記載のヌクレオチド配列を含むプライマー対から選択されるプライマー対。
【請求項172】
表2〜18に記載のヌクレオチド配列を含むプローブから選択されるプローブ。
【請求項173】
請求項171に記載のプライマー対及び請求項172に記載の対応するプローブを含むキット。

【図1a】
image rotate

【図1b】
image rotate

【図2】
image rotate

【図3a】
image rotate

【図3b−1】
image rotate

【図3b】
image rotate

【図4】
image rotate

【図5】
image rotate

【図6】
image rotate

【図7】
image rotate

【図8】
image rotate

【図9】
image rotate

【図10】
image rotate

【図11a】
image rotate

【図11b】
image rotate

【図11c】
image rotate

【図12a】
image rotate

【図12b】
image rotate

【図12c】
image rotate


【公表番号】特表2010−515448(P2010−515448A)
【公表日】平成22年5月13日(2010.5.13)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−545222(P2009−545222)
【出願日】平成20年1月9日(2008.1.9)
【国際出願番号】PCT/GB2008/000056
【国際公開番号】WO2008/084219
【国際公開日】平成20年7月17日(2008.7.17)
【出願人】(509194703)オンコメチローム サイエンシズ エスエー (3)
【Fターム(参考)】