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酸化LDL受容体LOX−1の酸化LDL認識ドメインの結晶およびその立体構造ならびにその利用
説明

酸化LDL受容体LOX−1の酸化LDL認識ドメインの結晶およびその立体構造ならびにその利用

本発明は、酸化LDL受容体LOX-1の酸化LDLへの結合様式の詳細を解明するためにはLOX-1が持つ酸化LDL結合ドメインの立体構造を解明することを課題とする。特に細胞表層上に存在するのと同じ形態を保つ二量体構造としてCTLD結合ドメインの立体構造の解明が最終的な課題となる。結晶化に用いたLOX-1の酸化LDL結合ドメイン(CTLD:C-type lectin-like domain)、および二量体として存在するLOX-1酸化LDL結合ドメインとNECKドメイン(膜貫通部とCTLDをつなぐ領域)を含むタンパク質は、本明細書において開示される方法(特に、酸性pHにおいて緩衝領域を有する緩衝液を該溶液に加える工程、および該溶液にカルシウムまたは亜鉛のイオンを加える工程を含むことが好ましい、あるいは二量体LOX-1に対しては中性pHにおいて緩衝領域を有する緩衝液を該溶液に加える工程を含むことが好ましい)に従って大腸菌で大量発現させたタンパク質を巻き戻して得た試料を用いることによって得られた結晶を得、種々得られた結晶を解析することによって解決される。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の結晶を生成するための方法であって、
a)LOX−1リガンド結合フラグメントを発現して得られたタンパク質を巻き戻して得られたタンパク質を含む溶液を提供する工程;
b)酸性pHにおいて緩衝領域を有する緩衝液を該溶液に加える工程;
c)該溶液にカルシウムまたは亜鉛のイオンを加える工程;および
d)蒸気拡散法により結晶を得る工程、
を包含する、方法。
【請求項2】
前記緩衝液は、クエン酸緩衝液である、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記イオンの供給源は、塩化カルシウムまたは塩化亜鉛である、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の原子座標を含むデータアレイであって、ここで該データアレイは、三次元分子モデリングアルゴリズムを使用することにより三次元構造を提示し得る、データアレイ。
【請求項5】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標であるかまたはその相同体もしくは改変体である、請求項4に記載のデータアレイ。
【請求項6】
前記原子座標はアセチル化LDLの原子座標を含み、かつ、図7に記載のアセチル化LDL複合体化LOX−1リガンド結合フラグメント原子座標またはその相同体もしくは改変体である、請求項4に記載のデータアレイ。
【請求項7】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の原子座標をコードした、コンピューター読み取り可能な記録媒体。
【請求項8】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標であるかまたはその相同体もしくは改変体である、請求項7に記載のコンピューター読み取り可能な記録媒体。
【請求項9】
前記原子座標はアセチル化LDLの原子座標を含み、かつ、図7に記載のアセチル化LDL複合体化LOX−1リガンド結合フラグメント原子座標またはその相同体もしくは改変体である、請求項7に記載のコンピューター読み取り可能な記録媒体。
【請求項10】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の立体構造解析方法を提供するためのプログラムであって、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の原子座標をコードしたデータ;および
B)三次元立体構造の解析をコンピュータに実行させるアプリケーションのコード、
を含む、プログラム。
【請求項11】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標であるかまたはその相同体もしくは改変体である、請求項10に記載のプログラム。
【請求項12】
前記原子座標はアセチル化LDLの原子座標を含み、かつ、図7に記載のアセチル化LDL複合体化LOX−1リガンド結合フラグメント原子座標またはその相同体もしくは改変体である、請求項10に記載のプログラム。
【請求項13】
前記アプリケーションは、
A)前記原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該三次元分子モデルと比較する工程をコンピュータに実行させる、請求項10に記載のプログラム。
【請求項14】
図7に記載の原子座標によって定義される構造を有する、単離および精製された、タンパク質またはその相同体もしくは改変体。
【請求項15】
前記タンパク質は、LOX−1リガンド結合フラグメントの活性を含む、請求項14に記載のタンパク質またはその相同体もしくは改変体。
【請求項16】
前記タンパク質は、アセチル化LDL複合体化LOX−1リガンド結合フラグメントのLDL結合活性を有する、請求項14に記載のタンパク質またはその相同体もしくは改変体。
【請求項17】
P2斜方晶形、および配列番号2に示されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に1以上の置換、付加もしくは欠失を含む配列、もしくは該アミノ酸配列と少なくとも約30%以上の相同性を有する、LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の結晶。
【請求項18】
前記結晶は、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項17に記載の結晶。
【請求項19】
前記結晶は、a=62.8±0.2Å、b=69.1±0.2Å、c=79.3±0.2Åの単位格子定数を有する、請求項17に記載の結晶。
【請求項20】
前記結晶は、非対称単位中に2分子を有し、カルシウムイオンまたは亜鉛イオンを有する、請求項17に記載の結晶。
【請求項21】
P4正方晶形、および配列番号2に示されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に1以上の置換、付加もしくは欠失を含む配列、もしくは該アミノ酸配列と少なくとも約30%以上の相同性を有する、LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の結晶。
【請求項22】
前記結晶は、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項21に記載の結晶。
【請求項23】
前記結晶は、a=64.4±0.2Å、b=64.4±0.2Å、c=79.8±0.2Åの単位格子定数を有する、請求項21に記載の結晶。
【請求項24】
前記結晶は、非対称単位中に1分子を有し、白金を含む、請求項21に記載の結晶。
【請求項25】
P2斜方晶形、および配列番号2に示されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に1以上の置換、付加もしくは欠失を含む配列、もしくは該アミノ酸配列と少なくとも約30%以上の相同性を有する、LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の結晶。
【請求項26】
前記結晶は、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項25に記載の結晶。
【請求項27】
前記結晶は、a=56.8±0.2Å、b=67.6±0.2Å、c=79.0±0.2Åの単位格子定数を有する、請求項25に記載の結晶。
【請求項28】
前記結晶は、非対称単位中に2分子を有する、請求項25に記載の結晶。
【請求項29】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の活性ポケットを含む、タンパク質。
【請求項30】
前記活性ポケットは、アセチル化LDLと複合体化されたものである、請求項29に記載のタンパク質。
【請求項31】
前記活性ポケットは、図8においてアセチル化LDLの有無の前後での変化に対応する配列番号18におけるアミノ酸残基またはそれに対応するアミノ酸残基の原子座標によって定義される、請求項29に記載のタンパク質。
【請求項32】
前記活性ポケットは、配列番号4の208位〜231位またはそれに対応するアミノ酸残基の原子座標によって定義される、請求項29に記載のタンパク質。
【請求項33】
前記活性部位ポケットは、結合リガンドを含む、請求項29に記載のタンパク質。
【請求項34】
前記タンパク質は、LOX−1リガンド結合フラグメントのLDL結合活性を有する、請求項29に記載のタンパク質。
【請求項35】
LOX−1リガンド結合フラグメントの相同体を得る方法であって、該方法は、候補化合物の原子座標と、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標とを比較する工程を包含する、方法。
【請求項36】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標を含む、請求項35に記載の方法。
【請求項38】
LOX−1リガンド結合フラグメントの相同体を得る方法であって、該方法は、以下の工程:
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルと比較する工程
を包含する、方法。
【請求項39】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項38に記載の方法。
【請求項40】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標を含む、請求項38に記載の方法。
【請求項41】
請求項35または38に記載の方法によって同定される、LOX−1リガンド結合フラグメント相同体。
【請求項42】
LOX−1リガンド結合フラグメントの改変体を得る方法であって、該方法は、以下の工程:
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルと比較し、所定のパラメータに基づき変異を導入する工程、
を包含する、方法。
【請求項43】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項42に記載の方法。
【請求項44】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標を含む、請求項42に記載の方法。
【請求項45】
前記改変体は、LOX−1活性が亢進されている、請求項42に記載の方法。
【請求項46】
前記改変体は、LOX−1活性が低減されている、請求項42に記載の方法。
【請求項47】
請求項42に記載の方法によって同定された、LOX−1リガンド結合フラグメント改変体。
【請求項48】
請求項35もしくは38に記載の方法によって同定されたLOX−1リガンド結合フラグメント相同体のアミノ酸配列、または請求項42に記載の方法によって同定されたLOX−1リガンド結合フラグメント改変体のアミノ酸配列をコードする核酸分子。
【請求項49】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法であって、該方法は、以下の工程:
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に対して三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、LOX−1リガンド結合フラグメントの活性部位ポケットの空間座標を決定する工程;および
B)該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の活性部位ポケットの空間座標に対して、電子的に候補化合物のセットの空間座標をスクリーニングして、該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項50】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項49に記載の方法。
【請求項51】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標を含む、請求項49に記載の方法。
【請求項52】
前記相同体または改変体は、請求項35、38または42に記載の方法によって得られたものである、請求項49に記載の方法。
【請求項53】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、ヒトのLOX−1リガンド結合フラグメントを含む、請求項49に記載の方法。
【請求項54】
前記工程a)において決定された空間座標は、配列番号18に示されるアミノ酸残基またはそれに対応するアミノ酸残基の原子座標によって定義される、請求項49に記載の方法。
【請求項55】
前記工程a)において決定された空間座標は、アセチルLDLの座標を含む、請求項49に記載の方法。
【請求項56】
前記工程a)において決定された空間座標は、図7に記載される結合リガンドの原子座標を含む、請求項49に記載の方法。
【請求項57】
候補化合物の三次元分子モデルを、LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体の三次元分子モデルと比較することによって、LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法であって、該方法は、以下の工程:
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルの座標データをデータ構造に入力して、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子間の距離を検索する工程;および
C)候補化合物において水素結合を形成するヘテロ原子と、該三次元分子モデルにおいて活性部位ポケットを形成するヘテロ原子との間の距離を比較して、2つの構造の間での最適な水素結合に基づいて、LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルの活性部位ポケットと安定な複合体を理論上形成する候補化合物種を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項58】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項57に記載の方法。
【請求項59】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標を含む、請求項57に記載の方法。
【請求項60】
前記相同体または改変体は、請求項35、38または42に記載の方法によって得られたものである、請求項57に記載の方法。
【請求項61】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、ヒトのLOX−1リガンド結合フラグメントを含む、請求項57に記載の方法。
【請求項62】
前記候補化合物は、LOX−1リガンド結合フラグメントのLDL結合活性を阻害する活性を有する、請求項57に記載の方法。
【請求項63】
前記候補化合物は、LOX−1のLDL結合活性を活性化する活性を有する、請求項57に記載の方法。
【請求項64】
請求項57に記載の方法により同定された、化合物。
【請求項65】
請求項57に記載の方法により同定された化合物を有効成分として含む、医薬組成物。
【請求項66】
請求項57に記載の方法により同定された化合物を有効成分として含む、LOX−1リガンド結合フラグメントに関連する疾患または障害を処置または予防するための医薬組成物。
【請求項67】
請求項57に記載の方法により同定された化合物の名称および構造を含むデータをコードした、データベース。
【請求項68】
請求項57に記載の方法により同定された化合物の名称および構造を含むデータをコードした、データベースを含む記録媒体。
【請求項69】
請求項57に記載の方法により同定された化合物の名称および構造を含むデータをコードした、データベースを含む伝送媒体。
【請求項70】
LOX−1リガンド結合フラグメントのリガンドのファルマコフォアモデルの作成方法であって、
a)LOX−1リガンド結合フラグメントおよび該LOX−1リガンド結合フラグメントとアセチル化LDLとの複合体を提供する工程;
b)該LOX−1リガンド結合フラグメントのNMRと該複合体のNMRとを比較する工程;
c)変化がある原子を帰属する工程、
を包含する、方法。
【請求項71】
請求項70に記載の方法によって同定される、ファルマコフォアモデル。
【請求項72】
請求項71に記載のファルマコフォアモデルの、医薬候補分子のスクリーニングにおける使用。
【請求項73】
請求項71に記載のファルマコフォアモデルを使用したスクリーニングによって同定される化合物またはその塩。
【請求項74】
LOX−1リガンド結合フラグメントのLDL結合活性を阻害する活性を有する、請求項73に記載の医薬候補分子。
【請求項75】
請求項73または74に記載の化合物を含む、医薬組成物。
【請求項76】
LOX−1に関連する疾患または障害を処置または予防するための医薬組成物を調製する方法であって、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルと、該医薬組成物に含まれるべき候補化合物のライブラリーとの相互作用を評価する工程;
C)該候補化合物のうち、該LOX−1の活性を調節する作用を有する化合物種を選択する工程;および
D)該化合物種と、薬学的に受容可能なキャリアとを混合する工程、
を包含する、方法。
【請求項77】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項76に記載の方法。
【請求項78】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標を含む、請求項76に記載の方法。
【請求項79】
前記相同体または改変体は、請求項35、38または42に記載の方法によって得られたものである、請求項76に記載の方法。
【請求項80】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、ヒトのLOX−1リガンド結合フラグメントを含む、請求項76に記載の方法。
【請求項81】
前記化合物種を合成して該化合物種を製造する工程、をさらに包含する、請求項76に記載の方法。
【請求項82】
前記化合物種について、LOX−1活性に関する生物学的試験を行う工程をさらに包含する、請求項76に記載の方法。
【請求項83】
LOX−1に関連する疾患または障害を処置または予防するための方法であって、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルに基づいて、LOX−1の活性を調節する手段を同定する工程;および
C)該調節手段を該疾患または障害に罹患するかまたはその可能性のある被検体に投与する工程、
を包含する、方法。
【請求項84】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、アセチル化LDLと複合体化されている、請求項83に記載の方法。
【請求項85】
前記原子座標は、図7に記載の原子座標を含む、請求項83に記載の方法。
【請求項86】
前記相同体または改変体は、請求項32、35または42に記載の方法によって得られたものである、請求項83に記載の方法。
【請求項87】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、ヒトのLOX−1リガンド結合フラグメントを含む、請求項83に記載の方法。
【請求項88】
LOX−1リガンド結合フラグメントの相同体を得る方法をコンピュータに実行させるためのプログラムであって、該方法は、
A)候補化合物の原子座標と、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標とを比較する工程、
を包含する、
プログラム。
【請求項89】
LOX−1リガンド結合フラグメントの相同体を得る方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該方法は、
A)候補化合物の原子座標と、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標とを比較する工程、
を包含する、
記録媒体。
【請求項90】
LOX−1リガンド結合フラグメントの相同体を得る方法を実行するコンピュータであって、該方法は、
A)候補化合物の原子座標と、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標とを比較する手段、
を包含する、
コンピュータ。
【請求項91】
LOX−1リガンド結合フラグメントの相同体を得る方法をコンピュータに実行させるためのプログラムであって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルと比較する工程、
を包含する、
プログラム。
【請求項92】
LOX−1リガンド結合フラグメントの相同体を得る方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルと比較する工程、
を包含する、
記録媒体。
【請求項93】
LOX−1リガンド結合フラグメントの相同体を得る方法を実行するコンピュータであって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルと比較する工程、
を包含する、
コンピュータ。
【請求項94】
LOX−1リガンド結合フラグメントの改変体を得る方法をコンピュータに実行させるためのプログラムであって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルと比較し、所定のパラメータに基づき変異を導入する工程、
を包含する、
プログラム。
【請求項95】
LOX−1リガンド結合フラグメントの改変体を得る方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルと比較し、所定のパラメータに基づき変異を導入する工程、
を包含する、
記録媒体。
【請求項96】
LOX−1リガンド結合フラグメントの改変体を得る方法を実行するコンピュータであって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルと比較し、所定のパラメータに基づき変異を導入する工程、
を包含する、
コンピュータ。
【請求項97】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法をコンピュータに実行させるためのプログラムであって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に対して三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、LOX−1リガンド結合フラグメントの活性部位ポケットの空間座標を決定する工程;および
B)該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の活性部位ポケットの空間座標に対して、電子的に候補化合物のセットの空間座標をスクリーニングして、該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する工程、
を包含する、
プログラム。
【請求項98】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に対して三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、LOX−1リガンド結合フラグメントの活性部位ポケットの空間座標を決定する工程;および
B)該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の活性部位ポケットの空間座標に対して、電子的に候補化合物のセットの空間座標をスクリーニングして、該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する工程、
を包含する、
記録媒体。
【請求項99】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法を実行するコンピュータであって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に対して三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、LOX−1リガンド結合フラグメントの活性部位ポケットの空間座標を決定する工程;および
B)該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の活性部位ポケットの空間座標に対して、電子的に候補化合物のセットの空間座標をスクリーニングして、該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する工程、
を包含する、
コンピュータ。
【請求項100】
候補化合物の三次元分子モデルを、LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体の三次元分子モデルと比較することによって、LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法をコンピュータに実行させるためのプログラムであって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルの座標データをデータ構造に入力して、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子間の距離を検索する工程;および
C)候補化合物において水素結合を形成するヘテロ原子と、該三次元分子モデルにおいて活性部位ポケットを形成するヘテロ原子との間の距離を比較して、2つの構造の間での最適な水素結合に基づいて、LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルの活性部位ポケットと安定な複合体を理論上形成する候補化合物種を同定する工程、
を包含する、
プログラム。
【請求項101】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルの座標データをデータ構造に入力して、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子間の距離を検索する工程;および
C)候補化合物において水素結合を形成するヘテロ原子と、該三次元分子モデルにおいて活性部位ポケットを形成するヘテロ原子との間の距離を比較して、2つの構造の間での最適な水素結合に基づいて、LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルの活性部位ポケットと安定な複合体を理論上形成する候補化合物種を同定する工程、
を包含する、
記録媒体。
【請求項102】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法を実行するコンピュータであって、該方法は、
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルの座標データをデータ構造に入力して、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子間の距離を検索する工程;および
C)候補化合物において水素結合を形成するヘテロ原子と、該三次元分子モデルにおいて活性部位ポケットを形成するヘテロ原子との間の距離を比較して、2つの構造の間での最適な水素結合に基づいて、LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルの活性部位ポケットと安定な複合体を理論上形成する候補化合物種を同定する工程、
を包含する、
コンピュータ。
【請求項103】
LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体またはその相同体もしくは改変体の結晶を生成するための方法であって、
a)LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体を発現して得られたタンパク質を巻き戻して得られたタンパク質を含む溶液を提供する工程であって、該LOX−1は、ジスルフィド結合に必要なシステイン残基を含む、工程および
b)蒸気拡散法により結晶を得る工程、
を包含する、方法。
【請求項104】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、NECK領域部またはその一部を含む、請求項103に記載の方法。
【請求項105】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントは、CTLDと、NECK領域部14残基(NLQETLKRVANCSA)とを含む、請求項103に記載の方法。
【請求項106】
前記タンパク質を含む溶液は、巻き戻し条件に供される、請求項103に記載の方法。
【請求項107】
二量体形態でのLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の原子座標を含むデータアレイであって、ここで該データアレイは、三次元分子モデリングアルゴリズムを使用することにより三次元構造を提示し得る、データアレイ。
【請求項108】
前記原子座標は、図17に記載の原子座標であるかまたはその相同体もしくは改変体である、請求項107に記載のデータアレイ。
【請求項109】
二量体形態でのLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の原子座標をコードした、コンピューター読み取り可能な記録媒体。
【請求項110】
二量体形態でのLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の立体構造解析方法を提供するためのプログラムであって、
A)二量体形態でのLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の原子座標をコードしたデータ;および
B)三次元立体構造の解析をコンピュータに実行させるアプリケーションのコード、
を含む、プログラム。
【請求項111】
二量体形態での、図17記載の原子座標によって定義される構造を有する、単離および精製された、タンパク質またはその相同体もしくは改変体。
【請求項112】
C2単斜晶形、および配列番号36に示されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列に1以上の置換、付加もしくは欠失を含む配列、もしくは該アミノ酸配列と少なくとも約30%以上の相同性を有する、二量体形態でのLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の結晶。
【請求項113】
前記結晶は、a=70.86±0.20Å、b=49.54±0.20Å、c=76.73±0.20Åの単位格子定数を有する、請求項17に記載の結晶。
【請求項114】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の二量体界面に存在するキャビティー構造を含む、タンパク質。
【請求項115】
前記タンパク質は、配列番号36に示す配列を含む、請求項114に記載のタンパク質。
【請求項116】
LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体の相同体を得る方法であって、該方法は、候補化合物の原子座標と、LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体界面の原子座標とを比較する工程を包含する、方法。
【請求項117】
前記二量体は、図17記載の原子座標によって定義される構造を有する、請求項116に記載の方法。
【請求項118】
LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体の相同体を得る方法であって、該方法は、以下の工程:
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体の三次元分子モデルと比較する工程
を包含する、方法。
【請求項119】
前記二量体は、図17記載の原子座標によって定義される構造を有する、請求項118に記載の方法。
【請求項120】
請求項116または118に記載の方法によって同定される、二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメント相同体。
【請求項121】
LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体の改変体を得る方法であって、該方法は、以下の工程:
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;および
B)候補化合物の三次元分子モデルを、該LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体の三次元分子モデルと比較し、所定のパラメータに基づき変異を導入する工程、
を包含する、方法。
【請求項122】
前記二量体は、図17記載の原子座標によって定義される構造を有する、請求項121に記載の方法。
【請求項123】
請求項121に記載の方法によって同定された、二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメント改変体。
【請求項124】
請求項116もしくは118に記載の方法によって同定された、二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメント相同体のアミノ酸配列、または請求項121に記載の方法によって同定された二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメント改変体のアミノ酸配列をコードする核酸分子。
【請求項125】
LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体に結合し得る化合物を同定する方法であって、該方法は、以下の工程:
A)LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体の原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に対して三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体を形成する二量体界面の空間座標を決定する工程;および
B)該LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体を形成する二量体界面の空間座標に対して、電子的に候補化合物のセットの空間座標をスクリーニングして、該LOX−1の二量体を形成する二量体界面に結合し得る化合物を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項126】
前記原子座標は、図17に記載の原子座標を含む、請求項125に記載の方法。
【請求項127】
前記化合物はLOX−1活性を、亢進または低減させるものである、請求項125に記載の方法。
【請求項128】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体を形成するポリペプチドは、配列番号36に示す配列を含む、請求項125に記載の方法。
【請求項129】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体を形成するポリペプチドは、配列番号4に示す配列のうち、150位のトリプトファン(W)が保存される、請求項125に記載の方法。
【請求項130】
前記LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体を形成するポリペプチドは、配列番号4に示す配列のうち、150位のトリプトファン(W)を含むキャビティー形成部分が保存される、請求項125に記載の方法。
【請求項131】
候補化合物の三次元分子モデルを、二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体の三次元分子モデルと比較することによって、LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の二量体を形成する二量体界面に結合し得る化合物を同定する方法であって、該方法は、以下の工程:
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルの座標データをデータ構造に入力して、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子間の距離を検索する工程;および
C)候補化合物において水素結合を形成するヘテロ原子と、該三次元分子モデルにおいて活性部位ポケットを形成するヘテロ原子との間の距離を比較して、2つの構造の間での最適な水素結合に基づいて、二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルの二量体を形成する二量体界面と安定な複合体を理論上形成する候補化合物種を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項132】
前記原子座標は、図17に記載の原子座標を含む、請求項131に記載の方法。
【請求項133】
請求項125または131に記載の方法によって同定された化合物。
【請求項134】
請求項125または131に記載の方法によって同定された化合物を有効成分として含む、LOX−1に関連する疾患を処置または予防するための医薬組成物。
【請求項135】
請求項125または131に記載の方法により同定された化合物の名称および構造を含むデータをコードした、データベース。
【請求項136】
請求項125または131に記載の方法により同定された化合物の名称および構造を含むデータをコードした、データベースを含む記録媒体。
【請求項137】
請求項125または131に記載の方法により同定された化合物の名称および構造を含むデータをコードした、データベースを含む伝送媒体。
【請求項138】
LOX−1リガンド結合フラグメントのリガンドのファルマコフォアモデルの作成方法であって、
a)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその改変体、および二量体を形成しないLOX−1リガンド結合フラグメントの改変体を提供する工程;
b)該二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその改変体のNMRと該二量体を形成しないLOX−1リガンド結合フラグメントの改変体のNMRとを比較する工程;
c)変化がある原子を帰属する工程、
を包含する、方法。
【請求項139】
LOX−1に関連する疾患または障害を処置または予防するための医薬組成物を調製する方法であって、
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルと、該医薬組成物に含まれるべき候補化合物のライブラリーとの相互作用を評価する工程;
C)該候補化合物のうち、該LOX−1の活性を調節する作用を有する化合物種を選択する工程;および
D)該化合物種と、薬学的に受容可能なキャリアとを混合する工程、
を包含する、方法。
【請求項140】
前記原子座標は、図17に記載の原子座標を含む、請求項139に記載の方法。
【請求項141】
LOX−1に関連する疾患または障害を処置または予防するための方法であって、
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルに基づいて、LOX−1の活性を調節する手段を同定する工程;および
C)該調節手段を該疾患または障害に罹患するかまたはその可能性のある被検体に投与する工程、
を包含する、方法。
【請求項142】
前記原子座標は、図17に記載の原子座標を含む、請求項141に記載の方法。
【請求項143】
LOX−1に結合し得る化合物を同定する方法をコンピュータに実行させるためのプログラムであって、該方法は、
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に対して三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体を形成する二量体界面の空間座標を決定する工程;および
B)該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の二量体を形成する二量体界面の空間座標に対して、電子的に候補化合物のセットの空間座標をスクリーニングして、該LOX−1に結合し得る化合物を同定する工程、
を包含する、
プログラム。
【請求項144】
LOX−1に結合し得る化合物を同定する方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該方法は、
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に対して三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体を形成する二量体界面の空間座標を決定する工程;および
B)該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の二量体を形成する二量体界面の空間座標に対して、電子的に候補化合物のセットの空間座標をスクリーニングして、該LOX−1に結合し得る化合物を同定する工程、
を包含する、
記録媒体。
【請求項145】
LOX−1に結合し得る化合物を同定する方法を実行するコンピュータであって、該方法は、
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に対して三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、LOX−1リガンド結合フラグメントの二量体を形成する二量体界面の空間座標を決定する工程;および
B)該LOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体もしくは改変体の二量体を形成する二量体界面の空間座標に対して、電子的に候補化合物のセットの空間座標をスクリーニングして、該LOX−1に結合し得る化合物を同定する工程、
を包含する、
コンピュータ。
【請求項146】
候補化合物の三次元分子モデルを、二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体の三次元分子モデルと比較することによって、LOX−1に結合し得る化合物を同定する方法をコンピュータに実行させるためのプログラムであって、該方法は、
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルの座標データをデータ構造に入力して、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子間の距離を検索する工程;および
C)候補化合物において水素結合を形成するヘテロ原子と、該三次元分子モデルにおいて活性部位ポケットを形成するヘテロ原子との間の距離を比較して、2つの構造の間での最適な水素結合に基づいて、LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルの二量体を形成する二量体界面と理論上結合する候補化合物種を同定する工程、
を包含する、
プログラム。
【請求項147】
候補化合物の三次元分子モデルを、二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体の三次元分子モデルと比較することによって、LOX−1に結合し得る化合物を同定する方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該方法は、
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルの座標データをデータ構造に入力して、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子間の距離を検索する工程;および
C)候補化合物において水素結合を形成するヘテロ原子と、該三次元分子モデルにおいて活性部位ポケットを形成するヘテロ原子との間の距離を比較して、2つの構造の間での最適な水素結合に基づいて、LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルの二量体を形成する二量体界面と理論上結合する候補化合物種を同定する工程、
を包含する、
記録媒体。
【請求項148】
候補化合物の三次元分子モデルを、二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントまたはその相同体の三次元分子モデルと比較することによって、LOX−1に結合し得る化合物を同定する方法を実行するコンピュータであって、該方法は、
A)二量体を形成するLOX−1リガンド結合フラグメントの原子座標またはその相同体もしくは改変体の原子座標に三次元分子モデリングアルゴリズムを適用して、三次元分子モデルを得る工程;
B)該三次元分子モデルの座標データをデータ構造に入力して、LOX−1リガンド結合フラグメントの原子間の距離を検索する工程;および
C)候補化合物において水素結合を形成するヘテロ原子と、該三次元分子モデルにおいて活性部位ポケットを形成するヘテロ原子との間の距離を比較して、2つの構造の間での最適な水素結合に基づいて、LOX−1リガンド結合フラグメントの三次元分子モデルの二量体を形成する二量体界面と理論上結合する候補化合物種を同定する工程、
を包含する、
コンピュータ。

【図7−1】
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【図7−2】
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【図7−3】
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【図7−4】
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【図7−5】
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【図7−6】
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【図7−7】
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【図7−8】
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【図7−9】
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【図7−10】
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【図7−11】
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【図7−12】
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【図7−13】
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【図7−14】
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【図7−15】
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【図7−16】
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【図7−17】
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【図7−18】
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【図7−19】
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【図7−20】
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【図7−21】
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【図12】
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【図13】
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【図14】
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【図17−1】
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【図17−2】
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【図17−3】
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【図17−4】
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【図17−5】
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【図17−6】
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【図17−7】
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【図17−8】
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【図17−9】
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【図17−10】
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【図17−11】
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【図17−12】
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【図17−13】
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【図17−14】
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【図17−15】
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【図17−16】
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【図17−17】
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【図17−18】
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【図17−19】
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【図17−20】
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【図17−21】
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【図17−22】
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【図17−23】
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【図17−24】
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【図17−25】
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【図17−26】
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【図17−27】
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【図17−28】
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【図17−29】
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【図17−30】
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【図17−31】
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【図17−32】
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【図17−33】
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【図17−34】
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【図17−35】
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【図17−36】
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【図17−37】
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【図17−38】
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【図17−39】
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【図17−40】
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【図17−41】
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【図17−42】
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【図17−43】
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【図17−44】
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【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図15】
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【図16】
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【国際公開番号】WO2005/054460
【国際公開日】平成17年6月16日(2005.6.16)
【発行日】平成19年12月6日(2007.12.6)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2005−515952(P2005−515952)
【国際出願番号】PCT/JP2004/017890
【国際出願日】平成16年12月1日(2004.12.1)
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.Linux
【出願人】(000001029)協和醗酵工業株式会社 (276)
【Fターム(参考)】