【課題】本発明は、醸造用の下面発酵酵母の菌株を相互に識別する方法を提供することを目的とする。
【解決手段】醸造用の下面発酵酵母のゲノムＤＮＡについて特定の荒れるの複数個を選んだ組み合わせからなるアレルの検出をホモ接合とヘテロ接合を区別しつつ行い、その結果に基づいて下面発酵酵母の菌株を特定する、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別方法。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、酵母の菌株の識別方法、分類方法、及び、求める醸造特性を持つ株の選抜方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
従来酵母の同定には、培養による糖の資化性検査などの生化学的検査に主に依存してきた。これらの検査は時間がかかり、培養条件の影響などにより、検査結果は必ずしも信頼に値するものではない。
【０００３】
ビールの醸造に使用されている酵母は、大きく分けて、２種に分類される。上面発酵に用いられる上面発酵酵母と、下面発酵に用いられる下面発酵酵母である。
【０００４】
上面発酵酵母はサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）に分類され、一方、下面発酵酵母は、サッカロマイセス・パストリアヌス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐａｓｔｏｒｉａｎｕｓ）に分類されている。サッカロマイセス・パストリアヌスは、サッカロマイセス・セレビシエと、その近縁種であるサッカロマイセス・バヤヌス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｂａｙａｎｕｓ）の２種のゲノムを合わせ持つ異質倍数体であることが知られている。サッカロマイセス・パストリアヌスのゲノムを構成する２種のサブゲノムは、サッカロマイセス・セレビシエに由来するものをＳｃ型ゲノム、サッカロマイセス・バヤヌスに由来するものをＬｇ型ゲノムと呼ぶ。このように、上面発酵酵母と下面発酵酵母の２種の菌種は、非常に近縁であり、ともにビール醸造に使用されるため、通常の菌学的性質は共通しており、生化学的方法による菌株の区別は困難である。まして、同一菌種内の菌株の識別は、さらに困難を極める。
【０００５】
生化学的検査に代わる菌株同定法としては、ＤＮＡレベルの差異を検出する方法が挙げられる。特開平９−２９９０９０「Ｓ． ｄｉａｓｔａｔｉｃｕｓの検出に用いるプライマー」に、ビール醸造上の有害野生酵母であるＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｄｉａｓｔａｔｉｃｕｓの検出の方法が記載され、特開平１１−５６３６６「酵母を同定する方法」に、醸造用酵母と非醸造用酵母を区別し同定する方法が記載され、特開２００２−２３３３８２「ビール酵母の識別方法」に、醸造用下面発酵酵母と野生酵母を識別する方法が記載されている。これらの方法は全て、醸造用酵母とその他の酵母を識別するための方法であって、醸造用酵母菌株同士の識別に関する方法ではない。すなわち、これらの方法では、遺伝的に非常に近い同一用途の酵母菌株を識別できなかった。
【０００６】
ＤＮＡレベルの差異の検出による酵母菌株の識別法としては、特開２００５−２７５２７「清酒酵母の菌株同定法」に、清酒酵母に属する菌株を識別する方法が記載されている。しかしながら、清酒酵母以外の醸造用酵母について、菌株を識別する方法は、未だかつてなかったのである。
【０００７】
ＳＮＰ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ、一塩基多型）は、ＤＮＡレベルのわずかな違いを識別できるため、遺伝的に非常に近い品種の識別にも利用可能と考えられている。特開２００２−２０９５８１「牛の品種鑑別方法」に、ＳＮＰを利用した牛の品種識別方法が記載されている。しかしながら、ＳＮＰを利用した酵母の菌株識別の方法は、まだない。
【０００８】
酵母の分類も、酵母の識別の場合と同様、培養による糖の資化性検査などの生化学的検査に主に依存してきた。これらの検査は時間がかかり、培養条件の影響などにより、検査結果は必ずしも信頼に値するものではない。
【０００９】
生化学的検査に代わる菌株同定法としては、ＤＮＡレベルの差異を検出する方法が挙げられる。ＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｌｅｎｇｔｈ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法による分類を試みた文献があるが（例えば、非特許文献１参照）、遺伝的に非常に近い同一用途の酵母菌株の分類には不十分であった。
【００１０】
亜硫酸、エステル、高級アルコールはいずれも、酒類の香味に大きな影響を与える、重要な香気成分である。
【００１１】
亜硫酸は、高い抗酸化効果を有する物質であり、食品や飲料、医薬品などの分野では、酸化防止剤として広く利用されている。ビール醸造においても、製品に含まれる亜硫酸濃度の上昇に依存して品質保持期間が長期化することが知られており、製品中の亜硫酸濃度を高めれば、香味安定性に優れ、長期の品質保持期間を有する製品を製造することができる。
【００１２】
遺伝子組換えの技術を用いて、酵母の亜硫酸生成能を高める数々の試みがなされているが（例えば、特許文献６、非特許文献２、非特許文献３参照）、遺伝子組換え食品に対する消費者のイメージ等を考慮すれば、遺伝子組換え技術を用いて酵母の亜硫酸生成能を高めることは好適ではない。
【００１３】
硫化水素は、「腐った卵」様の臭いを有する物質であり、ビール醸造においては、製品のオフフレーバーの原因となるだけでなく、他のオフフレーバー原因物質の前駆体となる。そのため、酵母の硫化水素生成能は低いほうが望ましいとされる。
【００１４】
遺伝子組換えの技術を用いて、酵母の硫化水素生成能を下げる試みもなされている。特許第２００５３９８号「酵母硫化水素生成抑制遺伝子及び当該遺伝子を導入した醸造用酵母」に、ＮＨＳ５遺伝子の導入によって酵母の硫化水素生成能を低下させる方法が記載され、特許第３５１４５０７号「硫化水素生成能が低減された酵母とこの酵母を用いたビール製造法」に、ＭＥＴ２５遺伝子を構成的に発現させることによって酵母の硫化水素生成能を低下させる方法が記載されている。しかしながら、遺伝子組換え食品に対する消費者のイメージ等を考慮すれば、遺伝子組換え技術を用いて酵母の硫化水素生成能を低減させることは好適ではない。
【００１５】
数多くの酵母菌株の中から、亜硫酸生成能の高い菌株や、硫化水素生成能の低い菌株を選抜することは、一般的である。しかしながら、これらの菌株を選抜するためには、発酵試験を行なう必要があった。発酵試験は時間がかかり、培養条件の影響などにより、検査結果は必ずしも信頼に値するものではなかった。
【００１６】
エステルは、酒類の香味の特徴を決定する特に重要な香気成分であり、酵母によって発酵中に生成される物質である。高級アルコールも酵母によって生成される物質であるが、高級アルコールは酒類の香味に影響を与えるだけでなく、重要な香気成分であるエステル生成の前駆体となり、酒類の製品中の含有量は、製品の特性に直結する重要な要因である。従来、エステルや高級アルコール生成能の高い、若しくは、低い酵母菌株を選抜するためには、発酵試験を行なう必要があった。発酵試験は時間がかかり、培養条件の影響などにより、検査結果は必ずしも信頼に値するものではなかった。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１７】
【特許文献１】特開平９−２９９０９０号公報
【特許文献２】特開平１１−５６３６６号公報
【特許文献３】特開２００２−２３３３８２号公報
【特許文献４】特開２００５−２７５２７号公報
【特許文献５】特開２００２−２０９５８１号公報
【特許文献６】特開２００４−２８３１６９号公報
【特許文献７】特許第２００５３９８号公報
【特許文献８】特許第３５１４５０７号公報
【非特許文献】
【００１８】
【非特許文献１】Ｍ． Ａｚｕｍｉ ｅｔ ａｌ．， 「Ｙｅａｓｔ」、Ｖｏｌ．１８、ｐ．１１４５〜１１５４、２００１
【非特許文献２】Ｃ． Ｋｏｒｃｈ ｅｔ ａｌ．， 「Ｐｒｏｃ． Ｅｕｒ． Ｂｒｅｗ． Ｃｏｎｖ． Ｃｏｎｇｒｅｓｓ．， Ｌｉｓｂｏｎ」、 ｐ．２０１〜２０８、１９９１
【非特許文献３】Ｊ． Ｈａｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．， 「Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．」、Ｖｏｌ．１４、ｐ．１５８７〜１５９１、１９９６
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１９】
ビールや発泡酒、その他の雑酒の醸造において酵母は、アルコール発酵を行なうのみならず、様々な香気成分を生成する。酵母の菌株と麦汁成分、発酵制御法の組み合わせによって、ビールや発泡酒、その他の雑酒の香味に特徴を持たせるので、酵母の菌株を分類・同定することは、適切な醸造管理を行なう上で欠かせない技術である。このように、実際の酒類製造の現場において、また試験研究機関において、短時間で正確に多数の酵母菌株を識別・分類する技術の確立は、従来より、重大な課題である。また、亜硫酸はビールや発泡酒、その他の雑酒の品質保持期間に影響を与える重要な物質であり、さらにエステルや高級アルコールは、ビールや発泡酒、その他の雑酒において、製品の香味上の特徴を決定する重要な香気成分である。本発明は、醸造用途の酵母の菌株を相互に識別する方法と、醸造用途の酵母の菌株を分類する方法、また、亜硫酸や硫化水素、エステル、高級アルコールといった物質の生成能の高い若しくは低い酵母を選抜する方法を提供することを目的としてなされたものである。
【課題を解決するための手段】
【００２０】
本発明者らは、上記課題を解決するため鋭意研究を行った結果、酵母のゲノムＤＮＡについて、ゲノムワイドに探索した３３遺伝子座の遺伝子多型についてのアレルを検出し、検出されたアレルの組み合わせに基づいて前記ゲノムＤＮＡの属する酵母菌株を特定する方法により、酵母の菌株を相互に識別することに、また、酵母を分類することに成功した。さらには、特定のアレルを調べることにより、亜硫酸や硫化水素、エステル、高級アルコールといった物質の生成能の高い若しくは低い酵母を選抜することに成功した。本発明はこの成果に基づいて完成された。
【００２１】
すなわち、本発明は以下の通りである。
ビール酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）から（３３）のいずれか、又は（１）から（３３）から複数個を選んだ組み合わせからなるアレルの検出を行い、その結果に基づいて酵母の菌株を特定することを特徴とする、酵母の菌株の識別方法及び分類方法：
（１）配列番号１の、（ア）から（キ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはであるアレル、
（エ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号２２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（キ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００２２】
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号３２２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００２３】
（３）配列番号３の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３５１から３５４の位置に存在する３塩基の挿入若しくは非挿入であるアレル；
【００２４】
（４）配列番号４の、（ア）から（コ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（キ）塩基番号３２４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ク）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ケ）塩基番号４５３の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（コ）塩基番号４６６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００２５】
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（イ）塩基番号４６４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００２６】
（６）配列番号６の、（ア）から（シ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号７５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２１７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（オ）塩基番号２５３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（キ）塩基番号３１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ク）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（ケ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（コ）塩基番号４４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（サ）塩基番号４６３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（シ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００２７】
（７）配列番号７の、（ア）から（カ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２９０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（カ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００２８】
（８）配列番号８の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号８８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１５２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（オ）塩基番号３８１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００２９】
（９）配列番号９の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
【００３０】
（１０）配列番号１０の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６３から１７０の位置に存在する１塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、
（イ）塩基番号３０９から３１７の位置に存在する１塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル；
【００３１】
（１１）配列番号１１の、（ア）から（キ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１１１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２１０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（カ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（キ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００３２】
（１２）配列番号１２の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００３３】
（１３）配列番号１３の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号２６４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００３４】
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（ウ）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００３５】
（１５）配列番号１５の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する１塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（エ）塩基番号２８０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号３３８の位置に存在する塩基若ＧしくはＴであるアレル；
【００３６】
（１６）配列番号１６の、（ア）から（サ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１３５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号１３８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（カ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（キ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ク）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（ケ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（コ）塩基番号２９３の位置に存在する塩基Ａ若しくはでＧあるアレル、及び
（サ）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００３７】
（１７）配列番号１７の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００３８】
（１８）配列番号１８の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号１３３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００３９】
（１９）配列番号１９の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号４４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００４０】
（２０）配列番号２０の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２４７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（イ）塩基番号３６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００４１】
（２１）配列番号２１の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号１３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００４２】
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル；
（２３）配列番号２３の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル；
【００４３】
（２４）配列番号２４の、（ア）から（コ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号３１５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（キ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ク）塩基番号３８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ケ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（コ）塩基番号５９７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
【００４４】
（２５）配列番号２５の、（ア）から（キ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号１７１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号１７６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（キ）塩基番号２７３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００４５】
（２６）配列番号２６の、（ア）から（キ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２２１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号３０３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（キ）塩基番号４３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００４６】
（２７）配列番号２７の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号８０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１１６から１２２の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、
（ウ）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル；
【００４７】
（２８）配列番号２８の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号８３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号１６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号１９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２１５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（オ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００４８】
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３０）（ア）配列番号３０の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３１）（ア）配列番号３１の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３２）配列番号３２の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
【００４９】
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）、かつ、（２）及び（３）のいずれかの組み合わせからなるアレルの検出を行い、その結果に基づいて、亜硫酸生成能の高い酵母、硫化水素生成能の低い酵母、エステル生成能の高い酵母、エステル生成能の低い酵母、高級アルコール生成能の高い酵母、高級アルコール生成能の低い酵母の少なくとも１つを選抜する方法：
（１）配列番号１７の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２）配列番号１の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）配列番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）配列番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはであるアレル、
（ウ）配列番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）配列番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）配列番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３）配列番号２の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
上記の方法においては、酵母の菌株が、上面発酵酵母若しくは下面発酵酵母であることが望ましい。
【００５０】
また、上記の方法においては、ダイレクト・シーケンシング法、ＤＨＰＬＣ（Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ Ｈｉｇｈ Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ Ｌｉｑｕｉｄ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）法、Ｓｕｒｖｅｙｏｒ Ｎｕｃｌｅａｓｅを用いる方法、ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法、Ｉｎｖａｄｅｒ法、プライマー伸長法、ＳＳＣＰ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｓｔｒａｎｄ Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｐｏｒｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法、及びＤＮＡチップを用いる方法からなる群より選ばれる一つまたは二つ以上の方法を用いて検出を行うことができる。
【００５１】
さらに本発明は上記のアレルの検出に用いるプライマー、オリゴヌクレオチド、プライマーもしくはオリゴヌクレオチドを含むキットである。
【発明の効果】
【００５２】
本発明は、酵母の分類・同定・識別を、迅速、簡便かつ高精度に行なうことを可能にする。本発明によれば、菌株の識別を迅速かつ高精度に行なうことができ、ビールや発泡酒、その他の雑酒の生産において、香味上の特徴を安定して発揮した製品を生産できるという著効が奏される。
【００５３】
また本発明によれば、上面発酵酵母と下面発酵酵母といった異なった醸造用酵母間の識別はもとより、非常に困難でデリケートな同一の醸造用酵母間の識別、例えば同じ下面発酵酵母間の菌株の識別も可能であって、本発明は、酒類製造業、試験研究機関等において、迅速、簡便かつ高精度な酵母の分類・同定・識別を可能にするものであり、野生酵母と醸造用酵母の明確な判別も可能である。
【００５４】
さらに本発明によれば、煩雑で不正確な発酵試験を行なわずにして、亜硫酸や硫化水素、エステル、高級アルコール生成能の高い若しくは低い酵母菌株の効率的な選抜が可能である。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】酵母株のDNA塩基配列波形データを示す図である。
【図２】下面醗酵酵母および上面醗酵酵母のクラスター解析の結果を示す図である。
【図３】下面醗酵酵母のクラスター解析の結果を示す図である。
【図４】Type１およびType２のアレルタイプの酵母菌株の亜硫酸および硫化水素の生成量を示す図である。
【図５】Type１およびType２のアレルタイプの酵母菌株の酢酸イソアミルおよびn-プロパノールの生成量を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００５６】
以下、本発明の実施の形態を説明する。本識別・分類・選抜方法は、酵母の遺伝子試料におけるアレルタイプを判別し、そのアレルタイプから酵母の菌株を識別・分類・選抜する方法である。
【００５７】
本発明において、アレルの検出もしくは判定またはアレルタイプの検出もしくは判定とは、識別、分類、選別を行う酵母菌株のゲノムDNAについて、一塩基多型を有するアレルを検出し、判定することをいう。この際、１対の染色体上の一方の染色体について検出する場合も両方の染色体について検出する場合も包含され、両方の染色体について検出する場合、一塩基多型部位においてホモ接合性かヘテロ接合性かの検出を含む。また、アレルの検出またはアレルタイプの検出とは、酵母菌株において、一塩基多型部位の塩基を検出、判定することでもある。
【００５８】
遺伝子試料とは、好適には、上面発酵酵母または下面発酵酵母の細胞の遺伝子（具体的には、ＤＮＡ）、またはこれを主成分として含む試料をいう。酵母細胞からの遺伝子試料の調製は、通常公知のＤＮＡの抽出・精製方法に従って行なうことが可能である。また、市販のＤＮＡの抽出・精製キットを用いて、遺伝子試料の調製を行なうことも可能である。
【００５９】
本識別方法において、酵母のアレルタイプは、配列番号１から３３までに示した配列を含む領域のＳＮＰを指標にして判別することが可能である。かかるアレルタイプの判別は、具体的には、下記の（１）から（３３）のいずれかで表される情報に基づき行なわれ得る。
【００６０】
（１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１で示される塩基配列のうち、５３番目、１４０番目、１７０番目、１８５番目、２２５番目、２３９番目、２９８番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６１】
（２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２で示される塩基配列のうち、１０４番目、１４９番目、３０４番目、３２１番目、３２２番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表３に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６２】
（３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３で示される塩基配列のうち、１２５番目、１４５番目、３５１番目から３５４番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表４に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６３】
（４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４で示される塩基配列のうち、６７番目、７４番目、１０４番目、１６０番目、２６８番目、２６９番目、３２４番目、４４６番目、４５３番目、４６６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表５に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６４】
（５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５で示される塩基配列のうち、４３１番目、４６４番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表６に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６５】
（６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号６で示される塩基配列のうち、７５番目、１８５番目、２１６番目、２１７番目、２５３番目、２６９番目、３１８番目、４４１番目、４４４番目、４４５番目、４６３番目、４９３番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表７に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６６】
（７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号７で示される塩基配列のうち、２１３番目、２４３番目、２９０番目、３４８番目、３５０番目、３７８番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表８に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６７】
（８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号８で示される塩基配列のうち、８８番目、１５２番目、１６１番目、３０９番目、３８１番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表９に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６８】
（９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号９で示される塩基配列のうち、６６番目、２２９番目、２６２番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１０に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００６９】
（１０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１０で示される塩基配列のうち、１６３番目から１７０番目、３０９番目から３１７番目、３５６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７０】
（１１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１１で示される塩基配列のうち、６９番目、９３番目、１１１番目、２０８番目、２１０番目、４０８番目、４２９番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１２に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７１】
（１２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１２で示される塩基配列のうち、１０４番目、１５１番目、３４３番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１３に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７２】
（１３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１３で示される塩基配列のうち、１２６番目、２０１番目、２６４番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１４に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７３】
（１４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１４で示される塩基配列のうち、１３２番目、１８５番目、１８９番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１５に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７４】
（１５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１５で示される塩基配列のうち、１０１番目、１８３番目、１８８〜１９２番目、２８０番目、３３８番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１６に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７５】
（１６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１６で示される塩基配列のうち、１３４番目、１３５番目、１３７番目、１３８番目、１４２番目、１６５番目、１８３番目、２１９番目、２３２番目、２９３番目、３３２番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１７に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７６】
（１７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１７で示される塩基配列のうち、６５番目、１５８番目、２３６番目、２５６番目、４７４番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１８に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７７】
（１８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１８で示される塩基配列のうち、９６番目、１３３番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１９に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７８】
（１９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１９で示される塩基配列のうち、２６１番目、２８２番目、３７１番目、４４０番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２０に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００７９】
（２０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２０で示される塩基配列のうち、２４７番目、３６２番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８０】
（２１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２１で示される塩基配列のうち、８２番目、９１番目、１３９番目、１４０番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２２に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８１】
（２２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２２で示される塩基配列のうち、３５９番目から３６４番目の塩基を含む塩基配列が、表２３に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８２】
（２３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２３で示される塩基配列のうち、４２０番目、４８５番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２４に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８３】
（２４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２４で示される塩基配列のうち、１８９番目、２０９番目、２１８番目、２６０番目、２８３番目、３１５番目、３７９番目、３８５番目、５５１番目、５９７番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２５に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８４】
（２５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２５で示される塩基配列のうち、６２番目、９６番目、１７１番目、１７６番目、２２２番目、２２８番目、２７３番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２６に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８５】
（２６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２６で示される塩基配列のうち、５７番目、１４９番目、２２１番目、３０３番目、３５０番目、４００番目、４３４番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２７に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８６】
（２７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２７で示される塩基配列のうち、８０番目、１１６から１２２番目、２０４番目、２４９番目、３８９番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２８に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８７】
（２８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２８で示される塩基配列のうち、８３番目、１６９番目、１９３番目、２１５番目、２３２番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表２９に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８８】
（２９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２９で示される塩基配列のうち、３０９番目の塩基を含む塩基配列が、表３０に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００８９】
（３０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３０で示される塩基配列のうち、２１６番目の塩基を含む塩基配列が、表３１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００９０】
（３１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３１で示される塩基配列のうち、１６２番目の塩基を含む塩基配列が、表３２に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００９１】
（３２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３２で示される塩基配列のうち、３４番目、３３６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表３３に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００９２】
（３３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３３で示される塩基配列のうち、３６１番目の塩基を含む塩基配列が、表３４に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００９３】
上記（１）から（３３）の方法は、ＳＮＰの存在に感受性が認められる手段を駆使することにより得ることができる。具体的には、ダイレクト・シーケンシング法、ＤＨＰＬＣ（Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ Ｈｉｇｈ Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ Ｌｉｑｕｉｄ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）法、Ｓｕｒｖｅｙｏｒ Ｎｕｃｌｅａｓｅを用いる方法、ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法、Ｉｎｖａｄｅｒ法、プライマー伸長法、ＳＳＣＰ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｓｔｒａｎｄ Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｐｏｒｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法、ＤＮＡチップを用いる方法等を例示することができる。ＤＨＰＬＣ法及びＳｕｒｖｅｙｏｒ Ｎｕｃｌｅａｓｅを用いる方法については、Ｔｒａｎｓｇｅｎｏｍｉｃ社（ＵＳＡ）の製品を用い、そのプロトコールに従って行なうことができる。ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法及びＩｎｖａｄｅｒ法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．９４〜１０５の記載に従って、またプライマー伸長法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．１０６〜１１７の記載に従って、それぞれ行なうことができる。ＳＳＣＰ法に関しては、例えばＢｉｏ Ｒａｄ社（ＵＳＡ）のＤＣｏｄｅシステムを用いて、そのプロトコールに従って行なうことができる。ＤＮＡチップを用いる方法に関しては、例えば「ＳＮＰ 遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．１２８〜１３５の記載に従って行なうことができる。その際、ＤＮＡチップに貼り付けるオリゴヌクレオチドプローブとしては、後述のＳＮＰの存在する塩基を含む５〜５０ヌクレオチドを用いることができる。最も典型的、かつ、好適な手段として、配列番号（１）から（３３）のいずれかを含む領域を後述の増幅可能な遺伝子増幅用プライマーを用いて増幅し、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｖ３．１ Ｃｙｃｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｋｉｔ（アプライドバイオシステムズ）及びＧｅｎｅＡｍｐ ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）を用いて、定法に従って遺伝子増幅産物のＤＮＡ塩基配列をダイレクト・シーケンシング法により決定し、所望するアレルタイプの判別方法として用いる方法が挙げられる。
【００９４】
アレルタイプの判別定法を用いた酵母の分類には、一般的な多変量解析の手法を用いることができる。具体的には、クラスター解析、主成分解析、判別分析等を挙げることができる。クラスター解析の方法について、さらに詳細を具体的に述べれば、最近隣法、最遠隣法、ＵＰＧＭＡ（群平均法）、ＷＰＧＭＡ（重み付き平均法）、ＷＡＲＤ法等のいずれも用いることができる。これらの多変量解析は、ＳＴＡＴＩＳＴＩＣＡ、ＳＰＳＳ、ＳＡＳ等の市販の統計ソフトウエアを用いて、容易に行なうことができる。最も典型的、かつ、好適な手段として、（１）から（３３）の中の複数のアレル情報を、ホモ接合のアレルタイプは１及び−１、ヘテロ接合のアレルタイプは０と置き換え、ＳＴＡＴＩＳＴＩＣＡを用いてＵＰＧＭＡ法を選択して、クラスター解析を行なう方法を挙げることができる。
【００９５】
酵母菌株の識別は、アレルタイプを判定し、該アレルタイプの違いにより、予めアレルタイプがわかっている酵母との異同を決定することをいい、酵母菌株の分類は、予めアレルタイプにより酵母を何種類課の型に分類しておき、新たにアレルタイプを判定した酵母のアレルタイプにより前記型のいずれかに分類することをいう。酵母の分類としては、例えば表１から表３４に記載のType1からType14の分類が挙げられる。
【００９６】
亜硫酸生成能、硫化水素生成能、エステル生成能、高級アルコール生成能に関する酵母の選抜には、配列番号１７に示した配列を含む領域のＳＮＰを指標にして、かつ、配列番号１及び２に示したいずれかの配列を含む領域のＳＮＰを指標にして、判別することが可能である。かかるアレルタイプの判別は、具体的には、下記の（１）、かつ、（２）及び（３）のいずれかの組み合わせで表される情報に基づき行なわれ得る。以下のアレルタイプについての判定を行うことにより、酵母菌株の亜硫酸生成能、硫化水素生成能、エステル生成能、高級アルコール生成能に関する特性を予測することができ、所望の特性を有する酵母菌株を選抜することができる。所望の特性としては、亜硫酸生成能、硫化水素生成能、エステル生成能、高級アルコール生成能の１つまたは複数の特性が高いという特性または低いという特性が挙げられる。
【００９７】
（１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１７で示される塩基配列のうち、６５番目、１５８番目、２３６番目、２５６番目、４７４番目の塩基を含む塩基配列が、表１８に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００９８】
（２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１で示される塩基配列のうち、５３番目、１７０番目、１８５番目、２３９番目、２９８番目の塩基を含む塩基配列が、表２に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００９９】
（３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２で示される塩基配列のうち、１０４番目、３２１番目の塩基を含む塩基配列が、表３に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【０１００】
以上、サッカロマイセス・セレビシエに属する上面発酵酵母、サッカロマイセス・パストリアヌスに属する下面発酵酵母を例にとって、その菌株識別法を説明したが、本発明においては、酵母は、サッカロマイセス・セレビシエ、またはサッカロマイセス・パストリアヌスに属する酵母であれば、すべての酵母が使用可能である。例えば本発明は、上面発酵酵母や下面発酵酵母の実用酵母に使用できるほか、清酒酵母、ワイン酵母、焼酎酵母、ウイスキー酵母にも適用できる。
【０１０１】
本発明は上記のアレルを判別し、酵母菌株を識別し、酵母菌株を分類しまたは酵母を選別するのに用いるプライマーを包含する。
【０１０２】
プライマーは、特定の一塩基多型を含むDNAを増幅するのに用いられ、該一塩基多型部位の5’側の塩基配列からなるプライマーおよび3’側の塩基配列からなるプライマーの一対のプライマーセットとして設計することができる。プライマーを構成する塩基の数は５〜５０、好ましくは１０〜３０、さらに好ましくは１５〜２５である。増幅させる塩基配列の長さは限定されない。本発明の一塩基多型部位は、酵母ゲノムDNAの３３の領域中に存在しその総計は１４８部位である。プライマーは、１４８の一塩基多型部位の少なくとも１つの部位を含む塩基配列を増幅することができればよい。また、近傍に存在する一塩基多型部位の場合は、１対のプライマーで複数の一塩基多型部位を含む塩基配列を増幅してもよい。プライマーを用いたDNAの増幅は、公知の手法で行うことができる。
【０１０３】
本発明のプライマーセットとして、例えば以下のプライマーセットが挙げられる。
酵母ゲノムDNA上の一塩基多型部位を含むDNA断片の増幅に用いる少なくとも一対のプライマーセットであって、一塩基多型部位が以下の（１）（ア）から（３３）（ア）の１４８個の一塩基多型部位の少なくとも１つであって、プライマーが配列番号１から３３の塩基配列のうちの以下の（１）（ア）から（３３）（ア）の一塩基多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位の3’側および5’側に存在する１０から３０塩基からなる部分配列からなる、DNA断片の増幅に用い得る一対のプライマーセット：
【０１０４】
（１）配列番号１の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１０５】
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３２２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１０６】
（３）配列番号３の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３５１から３５４の位置に存在する３塩基の挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位；
【０１０７】
（４）配列番号４の、（ア）から（コ）：
（ア）塩基番号６７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３２４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号４５３の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（コ）塩基番号４６６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１０８】
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４６４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１０９】
（６）配列番号６の、（ア）から（シ）：
（ア）塩基番号７５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２１７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２５３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（コ）塩基番号４４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（サ）塩基番号４６３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（シ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１１０】
（７）配列番号７の、（ア）から（カ）：
（ア）塩基番号２１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２９０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（カ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１１１】
（８）配列番号８の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３８１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１１２】
（９）配列番号９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１１３】
（１０）配列番号１０の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６３から１７０の位置に存在する１塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３０９から３１７の位置に存在する１塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
【０１１４】
（１１）配列番号１１の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１１１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２１０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１１５】
（１２）配列番号１２の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１１６】
（１３）配列番号１３の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号２６４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１１７】
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１１８】
（１５）配列番号１５の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号１０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する１塩基Ａの挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２８０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３３８の位置に存在する塩基若ＧしくはＴである一塩基多型部位；
【０１１９】
（１６）配列番号１６の、（ア）から（サ）：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１３５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１３８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（コ）塩基番号２９３の位置に存在する塩基Ａ若しくはでＧある一塩基多型部位、及び
（サ）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１２０】
（１７）配列番号１７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１２１】
（１８）配列番号１８の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号１３３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１２２】
（１９）配列番号１９の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１２３】
（２０）配列番号２０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号２４７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１２４】
（２１）配列番号２１の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１２５】
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位；
【０１２６】
（２３）配列番号２３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１２７】
（２４）配列番号２４の、（ア）から（コ）：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号３１５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号３８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（コ）塩基番号５９７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１２８】
（２５）配列番号２５の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１７１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１７６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号２７３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１２９】
（２６）配列番号２６の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２２１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３０３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号４３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１３０】
（２７）配列番号２７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１１６から１２２の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１３１】
（２８）配列番号２８の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２１５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１３２】
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３０）（ア）配列番号３０の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１３３】
（３１）（ア）配列番号３１の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３２）配列番号３２の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位。
【０１３４】
さらに、一度に配列番号１から３３に示す塩基配列に含まれる一塩基多型部位の全部を含む配列を増幅し得るプライマーセットも含まれ、そのようなプライマーセットとして、例えば以下のプライマーセットが挙げられる。
【０１３５】
一対のプライマーセットが以下の（１）から（３３）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなるプライマーセット：
（１）配列番号１の塩基番号５３の5’側のプライマーおよび配列番号１の塩基番号２９８の3’側のプライマー；
（２）配列番号２の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号２の塩基番号３２２の3’側のプライマー；
（３）配列番号３の塩基番号１２５の5’側のプライマーおよび配列番号３の塩基番号３５４の3’側のプライマー；
（４）配列番号４の塩基番号６７の5’側のプライマーおよび配列番号４の塩基番号４６６の3’側のプライマー；
（５）配列番号５の塩基番号４３１の5’側のプライマーおよび配列番号５の塩基番号４６４の3’側のプライマー；
（６）配列番号６の塩基番号７５の5’側のプライマーおよび配列番号６の塩基番号４９３の3’側のプライマー；
（７）配列番号７の塩基番号２１３の5’側のプライマーおよび配列番号７の塩基番号３７８の3’側のプライマー；
（８）配列番号８の塩基番号８８の5’側のプライマーおよび配列番号８の塩基番号３８１の3’側のプライマー；
（９）配列番号９の塩基番号６６の5’側のプライマーおよび配列番号９の塩基番号２６２の3’側のプライマー；
（１０）配列番号１０の塩基番１６３の5’側のプライマーおよび配列番号１０の塩基番号３５６の3’側のプライマー；
（１１）配列番号１１の塩基番号６９の5’側のプライマーおよび配列番号１１の塩基番号４２９の3’側のプライマー；
（１２）配列番号１２の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号１２の塩基番号３４３の3’側のプライマー；
（１３）配列番号１３の塩基番号１２６の5’側のプライマーおよび配列番号１３の塩基番号２６４の3’側のプライマー；
（１４）配列番号１４の塩基番号１３２の5’側のプライマーおよび配列番号１４の塩基番号１８９の3’側のプライマー；
（１５）配列番号１５の塩基番号１０１の5’側のプライマーおよび配列番号１５の塩基番号３３８の3’側のプライマー；
（１６）配列番号１６の塩基番号１３４の5’側のプライマーおよび配列番号１６の塩基番号３３２の3’側のプライマー；
（１７）配列番号１７の塩基番号６５の5’側のプライマーおよび配列番号１７の塩基番号４７４の3’側のプライマー；
（１８）配列番号１８の塩基番号９６の5’側のプライマーおよび配列番号１８の塩基番号１３３の3’側のプライマー；
（１９）配列番号１９の塩基番号２６１の5’側のプライマーおよび配列番号１９の塩基番号４４０の3’側のプライマー；
（２０）配列番号２０の塩基番号２４７の5’側のプライマーおよび配列番号２０の塩基番号３６２の3’側のプライマー；
（２１）配列番号２１の塩基番号８２の5’側のプライマーおよび配列番号２１の塩基番号１４０の3’側のプライマー；
（２２）配列番号２２の塩基番号３５９の5’側のプライマーおよび配列番号２２の塩基番号３６４の3’側のプライマー；
（２３）配列番号２３の塩基番号４２０の5’側のプライマーおよび配列番号２３の塩基番号４８５の3’側のプライマー；
（２４）配列番号２４の塩基番号１８９の5’側のプライマーおよび配列番号２４の塩基番号５９７の3’側のプライマー；
（２５）配列番号２５の塩基番号６２の5’側のプライマーおよび配列番号２５の塩基番号２７３の3’側のプライマー；
（２６）配列番号２６の塩基番号５７の5’側のプライマーおよび配列番号２６の塩基番号４３４の3’側のプライマー；
（２７）配列番号２７の塩基番号８０の5’側のプライマーおよび配列番号２７の塩基番号３８９の3’側のプライマー；
（２８）配列番号２８の塩基番号８３の5’側のプライマーおよび配列番号２８の塩基番号２３２の3’側のプライマー；
（２９）配列番号２９の塩基番号３０９の5’側のプライマーおよび配列番号２９の塩基番号３０９の3’側のプライマー；
（３０）配列番号３０の塩基番号２１６の5’側のプライマーおよび配列番号３０の塩基番号２１６の3’側のプライマー；
（３１）配列番号３１の塩基番号１６２の5’側のプライマーおよび配列番号３１の塩基番号１６２の3’側のプライマー；
（３２）配列番号３２の塩基番号３４の5’側のプライマーおよび配列番号３２の塩基番号３３６の3’側のプライマー；
（３３）配列番号３３の塩基番号３６１の5’側のプライマーおよび配列番号３３の塩基番号３６１の3’側のプライマー。
【０１３６】
上記プライマーセットの一例として配列番号１から３３のそれぞれの配列全てを増幅し得える配列が挙げられ、以下に示す配列の組合せである。
【０１３７】
一対のプライマーセットが、以下の（１）から（３３）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなるプライマーセット：
（１）配列番号３４及び配列番号３５の組み合わせ；
（２）配列番号３６及び配列番号３７の組み合わせ；
（３）配列番号３８及び配列番号３９の組み合わせ；
（４）配列番号４０及び配列番号４１の組み合わせ；
（５）配列番号４２及び配列番号４３の組み合わせ；
（６）配列番号４４及び配列番号４５の組み合わせ；
（７）配列番号４６及び配列番号４７の組み合わせ；
（８）配列番号４８及び配列番号４９の組み合わせ；
（９）配列番号５０及び配列番号５１の組み合わせ；
（１０）配列番号５２及び配列番号５３の組み合わせ；
（１１）配列番号５４及び配列番号５５の組み合わせ；
（１２）配列番号５６及び配列番号５７の組み合わせ；
（１３）配列番号５８及び配列番号５９の組み合わせ；
（１４）配列番号６０及び配列番号６１の組み合わせ；
（１５）配列番号６２及び配列番号６３の組み合わせ；
（１６）配列番号６４及び配列番号６５の組み合わせ；
（１７）配列番号６６及び配列番号６７の組み合わせ；
（１８）配列番号６８及び配列番号６９の組み合わせ；
（１９）配列番号７０及び配列番号７１の組み合わせ；
（２０）配列番号７２及び配列番号７３の組み合わせ；
（２１）配列番号７４及び配列番号７５の組み合わせ；
（２２）配列番号７６及び配列番号７７の組み合わせ；
（２３）配列番号７８及び配列番号７９の組み合わせ；
（２４）配列番号８０及び配列番号８１の組み合わせ；
（２５）配列番号８２及び配列番号８３の組み合わせ；
（２６）配列番号８４及び配列番号８５の組み合わせ；
（２７）配列番号８６及び配列番号８７の組み合わせ；
（２８）配列番号８８及び配列番号８９の組み合わせ；
（２９）配列番号９０及び配列番号９１の組み合わせ；
（３０）配列番号９２及び配列番号９３の組み合わせ；
（３１）配列番号９４及び配列番号９５の組み合わせ；
（３２）配列番号９６及び配列番号９７の組み合わせ；
（３３）配列番号９８及び配列番号９９の組み合わせ。
【０１３８】
さらに、本発明は上記のアレルを検出、判別し、酵母菌株を識別し、酵母菌株を分類しまたは酵母を選別するのに用いるオリゴヌクレオチドまたはその標識物を包含する。オリゴヌクレオチドは、酵母の一塩基多型部位を含む塩基配列または該塩基配列に相補的な塩基配列からなるDNA断片からなる。該オリゴヌクレオチドは一塩基多型を検出するためのプローブとして利用できる。アレルの検出、判別に用いるオリゴヌクレオチドを構成する塩基の数は５〜５０、好ましくは１０〜３０、さらに好ましくは１５〜２５である。アレルの判別は該プローブを用いたハイブリダイゼーションアッセイにより行うことができる。本発明のオリゴヌクレオチドは化学合成により作製することもできるし、上記プライマーを用いてPCRにより遺伝子を増幅させた増幅産物として作製することもできる。本発明のプローブは、検出のために蛍光物質、酵素、放射性同位体、化学発光物質等で標識されていてもよい。標識に用いる標識物質は、公知のものを用い、公知の方法で標識することができる。蛍光物質としては、例えば、Cy3、Cy5、ローダミン、フルオレセイン等が挙げられる。
【０１３９】
本発明のオリゴヌクレオチドとして例えば以下のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
酵母ゲノムDNA上の一塩基多型部位を含むDNA断片からなるオリゴヌクレオチドまたはその標識物であって、一塩基多型部位が以下の（１）（ア）から（３３）（ア）の１４８個の一塩基多型部位の少なくとも１つであって、配列番号１から３３の塩基配列のうちの以下の（１）（ア）から（３３）（ア）の一塩基多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位を含む１０から３０塩基からなる部分配列またはその部分配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドまたはその標識物：
【０１４０】
（１）配列番号１の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１４１】
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３２２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１４２】
（３）配列番号３の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３５１から３５４の位置に存在する３塩基の挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位；
【０１４３】
（４）配列番号４の、（ア）から（コ）：
（ア）塩基番号６７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３２４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号４５３の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（コ）塩基番号４６６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１４４】
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４６４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１４５】
（６）配列番号６の、（ア）から（シ）：
（ア）塩基番号７５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２１７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２５３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（コ）塩基番号４４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（サ）塩基番号４６３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（シ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１４６】
（７）配列番号７の、（ア）から（カ）：
（ア）塩基番号２１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２９０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（カ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１４７】
（８）配列番号８の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３８１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１４８】
（９）配列番号９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１４９】
（１０）配列番号１０の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６３から１７０の位置に存在する１塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３０９から３１７の位置に存在する１塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
【０１５０】
（１１）配列番号１１の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１１１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２１０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１５１】
（１２）配列番号１２の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１５２】
（１３）配列番号１３の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号２６４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１５３】
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１５４】
（１５）配列番号１５の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号１０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する１塩基Ａの挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２８０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３３８の位置に存在する塩基若ＧしくはＴである一塩基多型部位；
【０１５５】
（１６）配列番号１６の、（ア）から（サ）：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１３５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１３８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（コ）塩基番号２９３の位置に存在する塩基Ａ若しくはでＧある一塩基多型部位、及び
（サ）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１５６】
（１７）配列番号１７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１５７】
（１８）配列番号１８の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号１３３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１５８】
（１９）配列番号１９の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１５９】
（２０）配列番号２０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号２４７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１６０】
（２１）配列番号２１の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１６１】
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位；
（２３）配列番号２３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１６２】
（２４）配列番号２４の、（ア）から（コ）：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号３１５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号３８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（コ）塩基番号５９７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１６３】
（２５）配列番号２５の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１７１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１７６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号２７３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１６４】
（２６）配列番号２６の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２２１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３０３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号４３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１６５】
（２７）配列番号２７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１１６から１２２の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位；
【０１６６】
（２８）配列番号２８の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２１５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
【０１６７】
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３０）（ア）配列番号３０の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３１）（ア）配列番号３１の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３２）配列番号３２の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位。
【０１６８】
上記のオリゴヌクレオチドまたはその標識物は、上記一塩基多型部位の複数を含んでいてもよい。この場合、該オリゴヌクレオチドまたはその標識物は配列番号１から３３の塩基配列の部分配列であって、その配列に含まれる複数の一塩基多型部位を含む配列である。
【０１６９】
さらに、本発明は上記オリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板を含む。オリゴヌクレオチドを固定化する基板としては、スライドガラス、ニトロセルロース膜、マイクロビーズ等種々のものを用いることができる。固定化基板上に複数のオリゴヌクレオチドを整列固定化した場合、該固定化基板は、DNAマイクロアレイまたはDNAチップとして用いることができる。また、オリゴヌクレオチドは基板上で合成してもよいし、また合成したオリゴヌクレオチドを基板上に固定化してもよい。基板上への固定化は、例えば市販のスポッターやアレイヤーを用いて行うことができ、オリゴヌクレオチドの固定化は吸着や共有結合を介した結合により行うことができ、共有結合を介した結合により固定化する場合は、基板表面およびオリゴヌクレオチドに共有結合用のアミノ基、SH基等の官能基を導入すればよい。
【０１７０】
オリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板を用いるアレルの検出は公知の方法で行うことができる。
【実施例】
【０１７１】
本発明を以下の実施例によって具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
【０１７２】
プライマーの設計
プライマーの設計は以下に述べるように行なった。
まず、下面発酵酵母ＫＢＹ０１１株より、大嶋らの記載した方法（蛋白質核酸酵素、１９９０、Ｖｏｌ．３５、Ｎｏ．１４、ｐ２５２３〜ｐ２５４１）に従ってゲノムＤＮＡを抽出し、制限酵素Ｓａｕ３ＡＩ（ロシュ・ダイアグノスティクス）で部分的に分解し、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ 第３版（ＳａｍｂｒｏｏｋとＲｕｓｓｅｌｌ著、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ）の２．８０〜２．８３に記された方法に従ってショ糖密度勾配遠心分離を行ない、約１０００塩基対の大きさのＤＮＡ断片を回収した。回収されたＤＮＡは、制限酵素ＢａｍＨＩで完全分解し、脱リン酸化処理を行なったｐＵＣ１１８（タカラバイオ）のＢａｍＨＩ部位に、ＤＮＡ Ｌｉｇａｔｉｏｎ Ｋｉｔ Ｖｅｒ２．１（タカラバイオ）を用いて連結した。得られた反応生成物で、大腸菌Ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ Ｈｉｇｈ ＤＨ５α（東洋紡績）の形質転換を、添付されたプロトコールに従って行なった。得られた形質転換体について、定法に従って培養後、マルチスクリーン−ＦＢプレート（ミリポア）を用いてプラスミドの回収を行ない、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｖ３．１ Ｃｙｃｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｋｉｔ（アプライドバイオシステムズ）を用い、ＧｅｎｅＡｍｐ ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）を用いてＤＮＡシーケンシング反応を行なった。その際のプライマーには、Ｍ１３ Ｐｒｉｍｅｒ Ｍ１及びＭ１３ Ｐｒｉｍｅｒ ＲＶ（ともにタカラバイオ）を用いた。シーケンシング反応は、キットのプロトコールに従った。得られた反応性生物は、Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ−５０ Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（アマシャム）を充填したマルチスクリーン−ＨＶプレート（ミリポア）を用いて未反応蛍光色素を除去し、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ ３７００ ＤＮＡ Ａｎａｌｙｚｅｒ（アプライドバイオシステムズ）を用いて、ＤＮＡ塩基配列決定を行なった。このようにして、約６０００個の形質転換体のＤＮＡ塩基配列を得た。得られたＤＮＡ塩基配列の結果は、既知のサッカロマイセス・セレビシエの配列との相同性比較を行ない、染色体上の遺伝子座の位置確認を行なった。
【０１７３】
得られた塩基配列から、染色体地図上の適当な間隔ごとに、異質倍数体である下面発酵酵母のゲノムを構成する２種のサブゲノム、すなわち、Ｓｃ型ゲノム及びＬｇ型ゲノムからそれぞれ１１４ヶ所及び１２３ヶ所、全ゲノムから合計で２３７ヶ所の染色体上の位置（以降、遺伝子座）を設定し、それぞれの遺伝子座について、約５００塩基対の、主として非コード領域が増幅されるようなプライマー設計を行なった。
【０１７４】
また、Ｓｃ型ゲノムに関してはサッカロマイセス・セレビシエの配列とほぼ一致していることから、既知のサッカロマイセス・セレビシエの配列から、染色体地図上の適当な間隔ごとに６５ヶ所の遺伝子座を設定し、それぞれの遺伝子座について、約５００塩基対のＳｃ型ゲノムの、主として非コード領域が増幅されるようなプライマー設計を行なった。このようにして、全部でＳｃ型ゲノムから１７９ヶ所、Ｌｇ型ゲノムから１２３ヶ所、合計で３０２ヶ所の遺伝子座について、主として非コード領域を増幅するためのプライマー設計を行なった。プライマーとなるオリゴヌクレオチドは、シグマアルドリッチジャパンに、合成を依頼して入手した。
【０１７５】
ＳＮＰが存在する遺伝子座の探索
ＳＮＰが存在する遺伝子座の探索は、以下に述べるとおりに実施した。
＃２、＃５、＃８、＃１１、＃１５、＃１９、＃２７、＃２８の８株の下面発酵酵母から、大嶋らの記載した方法（蛋白質核酸酵素、１９９０、Ｖｏｌ．３５、Ｎｏ．１４、ｐ２５２３〜ｐ２５４１）に従ってゲノムＤＮＡを抽出した。得られたゲノムＤＮＡは、１０ｎｇ／μｌの濃度に調整した。得られたゲノムＤＮＡを鋳型として、上述の３０２組み合わせのプライマー対、及び、Ｅｘ−Ｔａｑ（タカラバイオ）を用いて、ＧｅｎｅＡｍｐ ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）によって遺伝子増幅を行なった。反応は、各プライマーの濃度２μＭ、鋳型ＤＮＡの濃度３ｎｇ／μｌ、１チューブあたり１０μｌのスケールで行なった。ＰＣＲ条件は、９４℃５分間の後、９４℃３０秒間、５８℃３０秒間、７２℃３０秒間を４５サイクル繰り返し、最後に７２℃７分間保温した。反応を終えた試料に、３０μｌの滅菌水を加えて希釈し、その一部を取り出し、１％アガロースゲルを用いた電気泳動によって、反応の確認を行なった。
【０１７６】
上述のＰＣＲ生成物を鋳型として、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｖ３．１ Ｃｙｃｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｋｉｔ（アプライドバイオシステムズ）を用い、ＧｅｎｅＡｍｐ ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）を用いてＤＮＡシーケンシング反応を行なった。プライマーは、鋳型を得るためのＰＣＲで用いたプライマーのいずれか片方を、２．４４μＭの濃度で用いた。シーケンシング反応は、キットのプロトコールに従った。反応を終えた試料は、Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ−５０ Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（アマシャム）を充填したマルチスクリーン−ＨＶプレート（ミリポア）を用いて未反応の蛍光色素を除去し、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ ３７００ ＤＮＡ Ａｎａｌｙｚｅｒ（アプライドバイオシステムズ）を用いて、ＤＮＡ塩基配列決定を行なった。各遺伝子座について、８株の酵母のＤＮＡより得た塩基配列データを、ＡＴＧＣ Ｖｅｒ．４（ゼネティックス）によって、コンピューター上でアセンブルし、ＳＮＰの有無を確認した。その際、得られたＤＮＡ塩基配列の波形データにも注目し、ホモ接合とヘテロ接合の区別を行なった（図１）。
【０１７７】
このようにして８株の下面発酵酵母の３０２ヶ所の遺伝子座のＤＮＡ塩基配列を比較することによって、３３ヶ所の、いずれかの酵母でＳＮＰの見られる遺伝子座を選定した。３３ヶ所の遺伝子座の領域をＰＣＲで増幅するために必要なプライマーの組み合わせ、及びそのプライマーの組み合わせで得られる代表的な配列を、以下の１から３３に示す：
１．プライマー組み合わせ：配列番号３４及び３５、増幅される配列：配列番号１；
２．プライマー組み合わせ：配列番号３６及び３７、増幅される配列：配列番号２；
３．プライマー組み合わせ：配列番号３８及び３９、増幅される配列：配列番号３；
４．プライマー組み合わせ：配列番号４０及び４１、増幅される配列：配列番号４；
５．プライマー組み合わせ：配列番号４２及び４３、増幅される配列：配列番号５；
６．プライマー組み合わせ：配列番号４４及び４５、増幅される配列：配列番号６；
７．プライマー組み合わせ：配列番号４７及び４８、増幅される配列：配列番号７；
８．プライマー組み合わせ：配列番号４８及び４９、増幅される配列：配列番号８；
９．プライマー組み合わせ：配列番号５０及び５１、増幅される配列：配列番号９；
１０．プライマー組み合わせ：配列番号５２及び５３、増幅される配列：配列番号１０；
１１．プライマー組み合わせ：配列番号５４及び５５、増幅される配列：配列番号１１；
１２．プライマー組み合わせ：配列番号５６及び５７、増幅される配列：配列番号１２；
１３．プライマー組み合わせ：配列番号５８及び５９、増幅される配列：配列番号１３；
１４．プライマー組み合わせ：配列番号６０及び６１、増幅される配列：配列番号１４；
１５．プライマー組み合わせ：配列番号６２及び６３、増幅される配列：配列番号１５；
１６．プライマー組み合わせ：配列番号６４及び６５、増幅される配列：配列番号１６；
１７．プライマー組み合わせ：配列番号６６及び６７、増幅される配列：配列番号１７；
１８．プライマー組み合わせ：配列番号６８及び６９、増幅される配列：配列番号１８；
１９．プライマー組み合わせ：配列番号７０及び７１、増幅される配列：配列番号１９；
２０．プライマー組み合わせ：配列番号７２及び７３、増幅される配列：配列番号２０；
２１．プライマー組み合わせ：配列番号７４及び７５、増幅される配列：配列番号２１；
２２．プライマー組み合わせ：配列番号７６及び７７、増幅される配列：配列番号２２；
２３．プライマー組み合わせ：配列番号７８及び７９、増幅される配列：配列番号２３；
２４．プライマー組み合わせ：配列番号８０及び８１、増幅される配列：配列番号２４；
２５．プライマー組み合わせ：配列番号８２及び８３、増幅される配列：配列番号２５；
２６．プライマー組み合わせ：配列番号８４及び８５、増幅される配列：配列番号２６；
２７．プライマー組み合わせ：配列番号８６及び８７、増幅される配列：配列番号２７；
２８．プライマー組み合わせ：配列番号８８及び８９、増幅される配列：配列番号２８；
２９．プライマー組み合わせ：配列番号９０及び９１、増幅される配列：配列番号２９；
３０．プライマー組み合わせ：配列番号９２及び９３、増幅される配列：配列番号３０；
３１．プライマー組み合わせ：配列番号９４及び９５、増幅される配列：配列番号３１；
３２．プライマー組み合わせ：配列番号９６及び９７、増幅される配列：配列番号３２；
３３．プライマー組み合わせ：配列番号９８及び９９、増幅される配列：配列番号３３；
【０１７８】
酵母菌株のＳＮＰの解析とアレルタイプによる菌株の識別
選定された３３ヶ所のＳＮＰの見られた遺伝子座に関して、上記の方法と同様にして、表１に示す５３株の下面発酵酵母及び、上面発酵酵母のＤＮＡ塩基配列を決定した。各遺伝子座について、５３株の酵母のＤＮＡより得た塩基配列データを、ＡＴＧＣ Ｖｅｒ．４（ゼネティックス）によって、コンピューター上でアセンブルし、波形データを用いてホモ接合とヘテロ接合を区別しつつ、ＳＮＰの有無を調査した。その結果、表２〜表３４に示すとおりのアレルタイプを得ることができた。
【０１７９】
【表１】

【０１８０】
【表２】

配列番号１における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８１】
【表３】

配列番号２における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８２】
【表４】

配列番号３における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８３】
【表５】

配列番号４における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８４】
【表６】

配列番号５における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８５】
【表７】

配列番号６における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８６】
【表８】

配列番号７における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８７】
【表９】

配列番号８における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８８】
【表１０】

配列番号９における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１８９】
【表１１】

配列番号１０における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９０】
【表１２】

配列番号１１における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９１】
【表１３】

配列番号１２における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９２】
【表１４】

配列番号１３における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９３】
【表１５】

配列番号１４における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９４】
【表１６】

配列番号１５における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９５】
【表１７】

配列番号１６における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９６】
【表１８】

配列番号１７における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９７】
【表１９】

配列番号１８における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９８】
【表２０】

配列番号１９における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０１９９】
【表２１】

配列番号２０における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２００】
【表２２】

配列番号２１における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０１】
【表２３】

配列番号２２における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０２】
【表２４】

配列番号２３における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０３】
【表２５】

配列番号２４における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０４】
【表２６】

配列番号２５における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０５】
【表２７】

配列番号２６における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０６】
【表２８】

配列番号２７における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０７】
【表２９】

配列番号２８における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０８】
【表３０】

配列番号２９における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２０９】
【表３１】

配列番号３０における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２１０】
【表３２】

配列番号３１における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２１１】
【表３３】

配列番号３２における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２１２】
【表３４】

配列番号３３における多型の位置と、各菌株のアレルパターン
【０２１３】
これらのアレルタイプの違いを組み合わせることによって、５３株の酵母をほぼ識別することが可能であった。これらのアレルタイプの違いの組み合わせで識別ができなかったのは、以下の３組の下面発酵酵母であった：
１．＃０５株と＃２７株；
２．＃０８株と＃１８株；
３．＃２１株と＃２５株；
これらの3組は、同一の株である可能性も否定できない。
【０２１４】
アレルタイプの利用による酵母菌株の分類
表１に示した５３株の下面発酵酵母及び上面発酵酵母に関して、表３、表７、表１４〜表２５、表２９、表３２〜表３４に示す１８領域の各多型のデータを用いてクラスター解析を行なった。多型データは、ホモ接合を−１及び１、ヘテロ接合を０と置き換えた。クラスター解析は、統計解析ソフトウエアＳＴＡＴＩＳＴＩＣＡを用い、ＵＰＧＭＡ法を選択して、取扱説明書に沿って解析を実施した。下面発酵酵母及び上面発酵酵母のデータを合わせて解析を行なった結果を、図２に示す。太字で示された下面発酵酵母と細字で示された上面発酵酵母は、それぞれ別のクラスターに分類された。
【０２１５】
下面発酵酵母菌株のみのデータに対してクラスター解析を行なった結果を図３に示す。
下面発酵酵母のみのデータを用いた場合でも、下面発酵酵母の菌種内での類縁関係を樹状図に示すことができた。
【０２１６】
亜硫酸、硫化水素、エステル、高級アルコール生成能と関係のあるアレルタイプの発見
表１に示す酵母菌株のうち、＃０３株、＃０４株、＃０５株、＃０６株、＃０７株、＃０８株、＃１０株、＃１２株、＃１４株、＃１５株、＃１６株、＃１７株、＃１８株、＃１９株、＃２０株、＃２１株、＃２２株、＃２３株、＃２４株、＃２５株、＃２６株、＃２７株、＃３０株、＃３１株を選び、発酵試験を行なった。発酵試験は、培地としては一般的なビール醸造用培地を用い、液量５００ｍｌ、液深１００ｃｍのガラス試験管を用いて、静置培養によって行なった。１週間の培養後、培養液の各種成分を測定した。成分の測定は、亜硫酸は滴定法によって、また硫化水素、エステル及び高級アルコールはガスクロマトグラフィーによって、それぞれ実施した。供試した酵母の、発酵中の各種成分の生成能と、表２〜表３４に示す３３領域の各多型データの関係を調べた。その結果、表１８に示す配列番号１７に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ１に含まれる株、すなわち、配列番号１７の、塩基番号６５の位置に存在する塩基がＡ／Ｇのヘテロ接合であり、塩基番号１５８の位置に存在する塩基がＡ／Ｇのヘテロ接合であり、塩基番号２３６の位置に存在する塩基がＧ／Ｔのヘテロ接合であり、塩基番号２５６の位置に存在する塩基がＡ／Ｇのヘテロ接合であり、塩基番号４７４の位置に存在する塩基がＣ／Ｔのヘテロ接合である酵母に関しては、配列番号１及び配列番号２に含まれるアレルの多型と、発酵中に生成する各種成分の値に、関係が存在することが見出された。供試菌株の中で、配列番号１７に含まれるアレルの多型タイプがＴｙｐｅ１である株は、以下のとおりである：＃０４株、＃０５株、＃０８株、＃１４株、＃１６株、＃１７株、＃１８株、＃２１株、＃２５株、＃２７株、＃３０株、＃３１株。これらの株に関して、配列番号１及び配列番号２に含まれるアレルの多型と、発酵中に生成する各種成分の値の関係を調べると、表２に示す配列番号１に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ１に含まれる株、すなわち、配列番号１の、塩基番号５３の位置に存在する塩基がＣであり、塩基番号１７０の位置に存在する塩基がＣであり、塩基番号１８５の位置に存在する塩基がＡであり、塩基番号２３９の位置に存在する塩基がＧであり、塩基番号２９８の位置に存在する塩基がＡである酵母菌株は、Ｔｙｐｅ４に含まれる株、すなわち、配列番号１の、塩基番号５３の位置に存在する塩基がＣ／Ｔのヘテロ接合であり、塩基番号１７０の位置に存在する塩基がＣ／Ｔのヘテロ接合であり、塩基番号１８５の位置に存在する塩基がＡ／Ｇのヘテロ接合であり、塩基番号２３９の位置に存在する塩基がＧ／Ｔのヘテロ接合であり、塩基番号２９８の位置に存在する塩基がＡ／Ｇのヘテロ接合であり酵母菌株よりも、亜硫酸、硫化水素、エステル及び高級アルコールの生成能が、すべて高いことが見出された。これらの結果を、図４及び図５に示す。同様に、表３に示す配列番号２に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ１に含まれる株はＴｙｐｅ５に含まれる株よりも、亜硫酸、硫化水素、エステル及び高級アルコールの生成能が、すべて高いことが見出された。これらの結果から、亜硫酸、硫化水素、エステル及び高級アルコールの生成能が高い株を選抜するためには、表１８に示す配列番号１７に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ１に含まれる株を選抜し、さらにその中から表２に示す配列番号１に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ１に含まれる株、及び、表３に示す配列番号２に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ１に含まれる株の、少なくともいずれか１つを選抜すればよいことが示された。また、亜硫酸、硫化水素、エステル及び高級アルコールの生成能が低い株を選抜するためには、表１８に示す配列番号１７に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ１に含まれる株を選抜し、さらにその中から表２に示す配列番号１に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ４に含まれる株、及び、表３に示す配列番号２に含まれるアレルの多型のうち、Ｔｙｐｅ５に含まれる株の、少なくともいずれか１つを選抜すればよいことが示された。
【配列表フリーテキスト】
【０２１７】
配列番号３４から９９：プライマー

【特許請求の範囲】
【請求項１】
醸造用の下面発酵酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）から（３３）から複数個を選んだ組み合わせからなるアレルの検出をホモ接合とヘテロ接合を区別しつつ行い、その結果に基づいて下面発酵酵母の菌株を特定する、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別方法：
（１）配列番号１の、（ア）から（キ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはであるアレル、
（エ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号２２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（キ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号３２２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３）配列番号３の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３５１から３５４の位置に存在する３塩基の挿入若しくは非挿入であるアレル；
（４）配列番号４の、（ア）から（コ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（キ）塩基番号３２４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ク）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ケ）塩基番号４５３の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（コ）塩基番号４６６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（イ）塩基番号４６４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（６）配列番号６の、（ア）から（シ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号７５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２１７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（オ）塩基番号２５３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（キ）塩基番号３１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ク）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（ケ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（コ）塩基番号４４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（サ）塩基番号４６３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（シ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（７）配列番号７の、（ア）から（カ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２９０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（カ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（８）配列番号８の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号８８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１５２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（オ）塩基番号３８１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（９）配列番号９の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（１０）配列番号１０の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６３から１７０の位置に存在する１塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、
（イ）塩基番号３０９から３１７の位置に存在する１塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル；
（１１）配列番号１１の、（ア）から（キ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１１１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２１０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（カ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（キ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１３）配列番号１３の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号２６４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（ウ）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する１塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（エ）塩基番号２８０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号３３８の位置に存在する塩基若ＧしくはＴであるアレル；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（サ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１３５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号１３８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（カ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（キ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ク）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（ケ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（コ）塩基番号２９３の位置に存在する塩基Ａ若しくはでＧあるアレル、及び
（サ）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１７）配列番号１７の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１８）配列番号１８の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号１３３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号４４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２０）配列番号２０の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２４７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（イ）塩基番号３６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２１）配列番号２１の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号１３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル；
（２３）配列番号２３の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル；
（２４）配列番号２４の、（ア）から（コ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号３１５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（キ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ク）塩基番号３８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ケ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（コ）塩基番号５９７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（キ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号１７１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号１７６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（キ）塩基番号２７３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２６）配列番号２６の、（ア）から（キ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２２１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号３０３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（キ）塩基番号４３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号８０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１１６から１２２の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、
（ウ）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号８３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号１６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号１９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２１５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（オ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３０）（ア）配列番号３０の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３１）（ア）配列番号３１の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３２）配列番号３２の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル。
【請求項２】
アレルの検出を以下の(i)〜(iii）のいずれかのプライマーセット、(iv)のオリゴヌクレオチド若しくはその標識物または(v)の固定化基板を用いて行う請求項１記載の方法：
(i) 醸造用の下面発酵酵母ゲノムDNA上の一塩基多型部位を含むDNA断片の増幅に用いる、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のための少なくとも一対のプライマーセットであって、一塩基多型部位が以下の（１）（ア）から（３３）（ア）の１４８個の一塩基多型部位の少なくとも１つであって、プライマーが配列番号１から３３の塩基配列のうちの以下の（１）（ア）から（３３）（ア）の一塩基多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位の3’側および5’側に存在する１０から３０塩基からなる部分配列からなる、DNA断片の増幅に用い得る、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のための一対のプライマーセット：
（１）配列番号１の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３２２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３）配列番号３の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５１から３５４の位置に存在する３塩基の挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位；
（４）配列番号４の、（ア）から（コ）：
（ア）塩基番号６７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３２４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号４５３の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（コ）塩基番号４６６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４６４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６）配列番号６の、（ア）から（シ）：
（ア）塩基番号７５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２１７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２５３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（コ）塩基番号４４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（サ）塩基番号４６３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（シ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（７）配列番号７の、（ア）から（カ）：
（ア）塩基番号２１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２９０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（カ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（８）配列番号８の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３８１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（９）配列番号９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１０）配列番号１０の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６３から１７０の位置に存在する１塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３０９から３１７の位置に存在する１塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（１１）配列番号１１の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１１１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２１０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１３）配列番号１３の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号２６４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号１０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する１塩基Ａの挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２８０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３３８の位置に存在する塩基若ＧしくはＴである一塩基多型部位；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（サ）：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１３５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１３８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（コ）塩基番号２９３の位置に存在する塩基Ａ若しくはでＧある一塩基多型部位、及び
（サ）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１７）配列番号１７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１８）配列番号１８の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号１３３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２０）配列番号２０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号２４７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２１）配列番号２１の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位；
（２３）配列番号２３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２４）配列番号２４の、（ア）から（コ）：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号３１５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号３８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（コ）塩基番号５９７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１７１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１７６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号２７３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２６）配列番号２６の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２２１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３０３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号４３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１１６から１２２の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２１５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３０）（ア）配列番号３０の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３１）（ア）配列番号３１の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３２）配列番号３２の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
(ii) 一対のプライマーセットが以下の（１）から（３３）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなる(i)の、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのプライマーセット：
（１）配列番号１の塩基番号５３の5’側のプライマーおよび配列番号１の塩基番号２９８の3’側のプライマー；
（２）配列番号２の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号２の塩基番号３２２の3’側のプライマー；
（３）配列番号３の塩基番号１２５の5’側のプライマーおよび配列番号３の塩基番号３５４の3’側のプライマー；
（４）配列番号４の塩基番号６７の5’側のプライマーおよび配列番号４の塩基番号４６６の3’側のプライマー；
（５）配列番号５の塩基番号４３１の5’側のプライマーおよび配列番号５の塩基番号４６４の3’側のプライマー；
（６）配列番号６の塩基番号７５の5’側のプライマーおよび配列番号６の塩基番号４９３の3’側のプライマー；
（７）配列番号７の塩基番号２１３の5’側のプライマーおよび配列番号７の塩基番号３７８の3’側のプライマー；
（８）配列番号８の塩基番号８８の5’側のプライマーおよび配列番号８の塩基番号３８１の3’側のプライマー；
（９）配列番号９の塩基番号６６の5’側のプライマーおよび配列番号９の塩基番号２６２の3’側のプライマー；
（１０）配列番号１０の塩基番１６３の5’側のプライマーおよび配列番号１０の塩基番号３５６の3’側のプライマー；
（１１）配列番号１１の塩基番号６９の5’側のプライマーおよび配列番号１１の塩基番号４２９の3’側のプライマー；
（１２）配列番号１２の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号１２の塩基番号３４３の3’側のプライマー；
（１３）配列番号１３の塩基番号１２６の5’側のプライマーおよび配列番号１３の塩基番号２６４の3’側のプライマー；
（１４）配列番号１４の塩基番号１３２の5’側のプライマーおよび配列番号１４の塩基番号１８９の3’側のプライマー；
（１５）配列番号１５の塩基番号１０１の5’側のプライマーおよび配列番号１５の塩基番号３３８の3’側のプライマー；
（１６）配列番号１６の塩基番号１３４の5’側のプライマーおよび配列番号１６の塩基番号３３２の3’側のプライマー；
（１７）配列番号１７の塩基番号６５の5’側のプライマーおよび配列番号１７の塩基番号４７４の3’側のプライマー；
（１８）配列番号１８の塩基番号９６の5’側のプライマーおよび配列番号１８の塩基番号１３３の3’側のプライマー；
（１９）配列番号１９の塩基番号２６１の5’側のプライマーおよび配列番号１９の塩基番号４４０の3’側のプライマー；
（２０）配列番号２０の塩基番号２４７の5’側のプライマーおよび配列番号２０の塩基番号３６２の3’側のプライマー；
（２１）配列番号２１の塩基番号８２の5’側のプライマーおよび配列番号２１の塩基番号１４０の3’側のプライマー；
（２２）配列番号２２の塩基番号３５９の5’側のプライマーおよび配列番号２２の塩基番号３６４の3’側のプライマー；
（２３）配列番号２３の塩基番号４２０の5’側のプライマーおよび配列番号２３の塩基番号４８５の3’側のプライマー；
（２４）配列番号２４の塩基番号１８９の5’側のプライマーおよび配列番号２４の塩基番号５９７の3’側のプライマー；
（２５）配列番号２５の塩基番号６２の5’側のプライマーおよび配列番号２５の塩基番号２７３の3’側のプライマー；
（２６）配列番号２６の塩基番号５７の5’側のプライマーおよび配列番号２６の塩基番号４３４の3’側のプライマー；
（２７）配列番号２７の塩基番号８０の5’側のプライマーおよび配列番号２７の塩基番号３８９の3’側のプライマー；
（２８）配列番号２８の塩基番号８３の5’側のプライマーおよび配列番号２８の塩基番号２３２の3’側のプライマー；
（２９）配列番号２９の塩基番号３０９の5’側のプライマーおよび配列番号２９の塩基番号３０９の3’側のプライマー；
（３０）配列番号３０の塩基番号２１６の5’側のプライマーおよび配列番号３０の塩基番号２１６の3’側のプライマー；
（３１）配列番号３１の塩基番号１６２の5’側のプライマーおよび配列番号３１の塩基番号１６２の3’側のプライマー；
（３２）配列番号３２の塩基番号３４の5’側のプライマーおよび配列番号３２の塩基番号３３６の3’側のプライマー；
（３３）配列番号３３の塩基番号３６１の5’側のプライマーおよび配列番号３３の塩基番号３６１の3’側のプライマー、
(iii) 一対のプライマーセットが、以下の（１）から（３３）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなる(ii)の、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのプライマーセット：
（１）配列番号３４及び配列番号３５の組み合わせ；
（２）配列番号３６及び配列番号３７の組み合わせ；
（３）配列番号３８及び配列番号３９の組み合わせ；
（４）配列番号４０及び配列番号４１の組み合わせ；
（５）配列番号４２及び配列番号４３の組み合わせ；
（６）配列番号４４及び配列番号４５の組み合わせ；
（７）配列番号４６及び配列番号４７の組み合わせ；
（８）配列番号４８及び配列番号４９の組み合わせ；
（９）配列番号５０及び配列番号５１の組み合わせ；
（１０）配列番号５２及び配列番号５３の組み合わせ；
（１１）配列番号５４及び配列番号５５の組み合わせ；
（１２）配列番号５６及び配列番号５７の組み合わせ；
（１３）配列番号５８及び配列番号５９の組み合わせ；
（１４）配列番号６０及び配列番号６１の組み合わせ；
（１５）配列番号６２及び配列番号６３の組み合わせ；
（１６）配列番号６４及び配列番号６５の組み合わせ；
（１７）配列番号６６及び配列番号６７の組み合わせ；
（１８）配列番号６８及び配列番号６９の組み合わせ；
（１９）配列番号７０及び配列番号７１の組み合わせ；
（２０）配列番号７２及び配列番号７３の組み合わせ；
（２１）配列番号７４及び配列番号７５の組み合わせ；
（２２）配列番号７６及び配列番号７７の組み合わせ；
（２３）配列番号７８及び配列番号７９の組み合わせ；
（２４）配列番号８０及び配列番号８１の組み合わせ；
（２５）配列番号８２及び配列番号８３の組み合わせ；
（２６）配列番号８４及び配列番号８５の組み合わせ；
（２７）配列番号８６及び配列番号８７の組み合わせ；
（２８）配列番号８８及び配列番号８９の組み合わせ；
（２９）配列番号９０及び配列番号９１の組み合わせ；
（３０）配列番号９２及び配列番号９３の組み合わせ；
（３１）配列番号９４及び配列番号９５の組み合わせ；
（３２）配列番号９６及び配列番号９７の組み合わせ；
（３３）配列番号９８及び配列番号９９の組み合わせ、
(iv) 醸造用の下面発酵酵母ゲノムDNA上の一塩基多型部位を含むDNA断片からなる、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのオリゴヌクレオチドまたはその標識物であって、一塩基多型部位が以下の（１）（ア）から（３３）（ア）の１４８個の一塩基多型部位の少なくとも１つであって、配列番号１から３３の塩基配列のうちの以下の（１）（ア）から（３３）（ア）の一塩基多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位を含む１０から３０塩基からなる部分配列またはその部分配列に相補的な配列からなる、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのオリゴヌクレオチドまたはその標識物：
（１）配列番号１の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３２２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３）配列番号３の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５１から３５４の位置に存在する３塩基の挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位；
（４）配列番号４の、（ア）から（コ）：
（ア）塩基番号６７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３２４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号４５３の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（コ）塩基番号４６６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４６４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６）配列番号６の、（ア）から（シ）：
（ア）塩基番号７５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２１７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２５３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（コ）塩基番号４４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（サ）塩基番号４６３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（シ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（７）配列番号７の、（ア）から（カ）：
（ア）塩基番号２１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２９０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（カ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（８）配列番号８の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３８１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（９）配列番号９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１０）配列番号１０の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６３から１７０の位置に存在する１塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３０９から３１７の位置に存在する１塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（１１）配列番号１１の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１１１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２１０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１３）配列番号１３の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号２６４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号１０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する１塩基Ａの挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２８０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３３８の位置に存在する塩基若ＧしくはＴである一塩基多型部位；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（サ）：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１３５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１３８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（コ）塩基番号２９３の位置に存在する塩基Ａ若しくはでＧある一塩基多型部位、及び
（サ）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１７）配列番号１７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１８）配列番号１８の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号１３３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２０）配列番号２０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号２４７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２１）配列番号２１の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位；
（２３）配列番号２３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２４）配列番号２４の、（ア）から（コ）：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号３１５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号３８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ケ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（コ）塩基番号５９７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号９６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１７１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１７６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号２７３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２６）配列番号２６の、（ア）から（キ）：
（ア）塩基番号５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２２１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号３０３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号３５０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（キ）塩基番号４３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１１６から１２２の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号８３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１６９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２１５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３０）（ア）配列番号３０の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３１）（ア）配列番号３１の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３２）配列番号３２の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
(v) (iv)の、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのオリゴヌクレオチドまたはその標識物を固定化した固定化基板。
【請求項３】
醸造用の下面発酵酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）、かつ、（２）及び（３）のいずれかの組み合わせからなるアレルの検出をホモ接合とヘテロ接合を区別しつつ行い、その結果に基づいて醸造用の下面発酵酵母の菌株を識別する、請求項１記載の方法：
（１）配列番号１７の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２）配列番号１の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはであるアレル、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３）配列番号２の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル。
【請求項４】
アレルの検出を以下の(vi)〜(viii)のいずれかのプライマーセット、(ix)のオリゴヌクレオチド若しくはその標識物または(x)の固定化基板を用いて行う請求項３記載の方法:
(vi) 一塩基多型部位が下の（１）（ア）から（３）（イ）の１２個の一塩基多型部位の少なくとも１つである、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのプライマーセット：
（１）配列番号１７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型；
（２）配列番号１の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはである一塩基多型、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型；
（３）配列番号２の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型、
(vii) 一対のプライマーセットが以下の（１）から（３）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなる(vi)の、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのプライマーセット：
（１）配列番号１７の塩基番号６５の5’側のプライマーおよび配列番号１７の塩基番号４７４の3’側のプライマー；
（２）配列番号１の塩基番号５３の5’側のプライマーおよび配列番号１の塩基番号２９８の3’側のプライマー；
（３）配列番号２の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号２の塩基番号３２１の3’側のプライマー、
(viii) 一対のプライマーセットが以下の（１）から（３）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなる(vii)の、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのプライマーセット：
（１）配列番号６６及び配列番号６７の組み合わせ；
（２）配列番号３４及び配列番号３５の組み合わせ；
（３）配列番号３６及び配列番号３７の組み合わせ、
(ix) 醸造用の下面発酵酵母ゲノムDNA上の一塩基多型部位を含むDNA断片からなる、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのオリゴヌクレオチドまたはその標識物であって、一塩基多型部位が、以下の（１）（ア）から（３）（イ）の１２個の一塩基多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位を含む１０から３０塩基からなる部分配列またはその部分配列に相補的な配列からなる、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのオリゴヌクレオチドまたはその標識物：
（１）配列番号１７の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型、及び
（オ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型；
（２）配列番号１の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくＴはである一塩基多型、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型；
（３）配列番号２の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型、
(x) (ix)に記載の、醸造用の下面発酵酵母の菌株の識別のためのオリゴヌクレオチドまたはその標識物を固定化した固定化基板。
【請求項５】
識別される醸造用の下面発酵酵母が、醸造特性として以下の(i)〜(viii)の特性のいずれかを有するかを予測する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法：
(i) 高い亜硫酸生成能を有する；
(ii) 低い亜硫酸生成能を有する；
(iii) 高い硫化水素生成能を有する；
(iv) 低い硫化水素生成能を有する；
(v) 高いエステル生成能を有する；
(vi) 低いエステル生成能を有する；
(vii) 高い高級アルコール生成能を有する；及び
(viii) 低い高級アルコール生成能を有する。
【請求項６】
検出が、ダイレクト・シーケンシング法、ＤＨＰＬＣ（Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ Ｈｉｇｈ Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ Ｌｉｑｕｉｄ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）法、Ｓｕｒｖｅｙｏｒ Ｎｕｃｌｅａｓｅを用いる方法、ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法、Ｉｎｖａｄｅｒ法、プライマー伸長法、ＳＳＣＰ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｓｔｒａｎｄ Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｐｏｒｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法、及びＤＮＡチップを用いる方法からなる群より選ばれる一つまたは二つ以上の方法を用いて行われることを特徴とする、請求項１〜５のいずれか１項記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【公開番号】特開２０１２−２１０２２２（Ｐ２０１２−２１０２２２Ａ）
【公開日】平成２４年１１月１日（２０１２．１１．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−１４９７１４（Ｐ２０１２−１４９７１４）
【出願日】平成２４年７月３日（２０１２．７．３）
【分割の表示】特願２００５−１６４７４８（Ｐ２００５−１６４７４８）の分割
【原出願日】平成１７年６月３日（２００５．６．３）
【出願人】（３０７０２７５７７）麒麟麦酒株式会社 (350)
【Ｆターム（参考）】