説明

重篤な被検体の被検体結果の指標としてのバソプレシン経路多型

【課題】 バソプレシン受容体アゴニスト処置からより大きな利益を受ける被検体を同定するために1又は2以上のバソプレシン受容体アゴニスト処置に対する被検体応答を予測するための方法、核酸、組成物及びキットの提供。
【解決手段】 炎症性状態を有する又は発症する危険のある被検体についての予後を得る(求める)方法において、前記方法は、前記被検体のバソプレシン経路遺伝子配列(複数)における1又は2以上の多型部位又はこれらの組合せを含む前記被検体の遺伝子型を決定する(求める)ことを含む、該遺伝子型は、前記被検体が前記炎症性状態から回復する可能性を示す。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
炎症性状態を有する又は発症する危険のある被検体についての予後を得る(求める)方法であって、
前記方法は、前記被検体のバソプレシン経路遺伝子配列(複数)における1又は2以上の多型部位又はこれらの組合せを含む前記被検体の遺伝子型を決定する(求める)こと、該遺伝子型は、前記被検体が前記炎症性状態から回復する可能性を示す
を含むこと
を特徴とする方法。
【請求項2】
前記多型部位は、rs18059;rs27711;rs38041;rs10051637;rs1410713;rs857240;rs857242;rs10877970;rs3803107及びrs1495027の1又は2以上又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位から選択されること
を特徴とする請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記連鎖不均衡にある多型部位は、rs2762;rs10051637;rs1477364;rs7731592;rs7736466;rs1363974;rs2351010;rs1423357;rs1544777;rs2161548;rs38032;rs38034;rs38041;rs27436;rs27306;rs27307;rs27397;rs27659;rs27711;rs27290;rs38030;rs27294;rs27747;rs39602;rs248215;rs27302;rs2278018;rs1559355;rs3734015;rs4869315;rs2247650;rs2549781;rs2549782;rs2161657;rs251339;rs187265;rs2548527;rs1056893;rs2548523;rs2255546;rs2255637;rs10195O3;rs251344;rs1981846;rs10071975;rs7700332;rs38042;rs18059;rs9127;rs7972829;rs10784339;rs3803107;rs11836346;rs7308008;rs11835545;rs7959001;rs11832877;rs10877977;rs2201895;rs7302323;rs10877986;rs2030106;rs1495027;rs10877962;rs1042615;rs16856;rs18059;rs27296;rs27300;rs27613;rs27711;rs38033;rs38035;rs38036;rs38041;rs38043;rs716848;rs1216565;rs1230358;rs1363907;rs1974871;rs2042385;rs2113050;rs2113189;rs2161658;rs2255633;rs2255634;rs2287988;rs2548524;rs2548529;rs2548530;rs2548532;rs2548533;rs2548536;rs2548538;rs2548539;rs2548540;rs2549783;rs2549784;rs2549790;rs2549791;rs2549794;rs2549795;rs2549796;rs2549797;rs2617447;rs2910686;rs2927609;rs3797796;rs3849749;rs3849750;rs4360063;rs4869314;rs4869316;rs6556942;rs7713127;rs7716222;rs7719705;rs10044354;rs10051637;rs10058476;rs12516666及びrs12716486の1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項2に記載の方法。
【請求項4】
前記決定された(求められた)遺伝子型と、以下の炎症性状態:
(i)前記被検体のタイプの炎症性状態;又は
(ii)別の(タイプの)炎症性状態
からの回復に対する予後の指標として既知である既知の遺伝子型とを対比すること
を更に含むこと
を特徴とする請求項1〜3の何れか一項に記載の方法。
【請求項5】
前記被検体についてのバソプレシン経路遺伝子配列情報を取得すること
を更に含むこと
を特徴とする請求項1〜4の何れか一項に記載の方法。
【請求項6】
前記遺伝子型は、前記被検体からの核酸サンプルを用いて決定される(求められる)こと
を特徴とする請求項1〜5の何れか一項に記載の方法。
【請求項7】
前記被検体から前記核酸サンプルを取得すること
を更に含むこと
を特徴とする請求項6に記載の方法。
【請求項8】
前記遺伝子型は、以下の手法:
(a)制限断片長分析;
(b)シークエンシング;
(c)マイクロシークエンシングアッセイ;
(d)ハイブリダイゼーション;
(e)インベーダーアッセイ;
(f)遺伝子チップ(gene chip)ハイブリダイゼーションアッセイ;
(g)オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ;
(h)ライゲーションローリングサークル型増幅法;
(i)5’ヌクレアーゼアッセイ;
(j)ポリメラーゼプルーフリーディング法;
(k)アレル特異的PCR;
(l)マトリックス支援レーザ脱離イオン化飛行時間(MALDI−TOF)質量分析法;
(m)リガーゼ連鎖反応アッセイ;
(n)酵素増幅型電子伝達法(enzyme-amplified electronic transduction);
(o)一塩基対伸長アッセイ(single base pair extension assay);及び
(p)リーディング配列データ法(reading sequence data)
の1又は2以上を用いて決定される(求められる)こと
を特徴とする請求項1〜7の何れか一項に記載の方法。
【請求項9】
前記被検体の前記遺伝子型は、前記炎症性状態から死亡又は器官機能障害の危険の増大を示すこと
を特徴とする請求項1〜8の何れか一項に記載の方法。
【請求項10】
前記被検体は重症であり、かつ、前記遺伝子型は重篤な循環器又は呼吸器機能障害の予後を示すこと
を特徴とする請求項9に記載の方法。
【請求項11】
前記遺伝子型は、以下の危険遺伝子型:rs18059CT;rs18059TT;rs27711GA;rs27711GG;rs38041GA;rs38041GG;rs10051637GA;rs10051637GG;rs1410713AA;rs857240CC;rs857242CC;rs10877970CC;rs3803107TT及びrs1495027TTの少なくとも1つ、又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位を含むこと
を特徴とする請求項9又は10に記載の方法。
【請求項12】
前記遺伝子型は、以下の危険アレル:rs3803107T及びrs10877970Cの少なくとも1つ、又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位を含むこと
を特徴とする請求項9又は10に記載の方法。
【請求項13】
前記被検体の前記遺伝子型は、前記炎症性状態から死亡又は器官機能障害の危険の低下を示すこと
を特徴とする請求項1〜8の何れか一項に記載の方法。
【請求項14】
前記被検体は重症であり、かつ、前記遺伝子型は穏和な循環器又は呼吸器機能障害の予後を示すこと
を特徴とする請求項13に記載の方法。
【請求項15】
前記遺伝子型は、以下の危険低下遺伝子型:rs18059CC;rs27711AA;rs38041AA;rs10051637AA;rs1410713CC;rs1410713AC;rs857240TT;rs857240CT;rs857242AA;rs857242AC;rs10877970TT;rs10877970CT;rs3803107CC;rs3803107CT;rs1495027CC及びrs1495027CTの少なくとも1つ、又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位を含むこと
を特徴とする請求項13又は14に記載の方法。
【請求項16】
前記遺伝子型は、以下の危険低下アレル:rs3803107C及びrs10877970Tの少なくとも1つ、又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位を含むこと
を特徴とする請求項13又は14に記載の方法。
【請求項17】
前記連鎖不均衡にある多型部位の遺伝子型は、表1B及び表1Dに記載された多型部位及び対応する遺伝子型の1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項11又は12に記載の方法。
【請求項18】
前記連鎖不均衡にある多型部位の遺伝子型は、表1B及び表1Dに記載された多型部位及び対応する遺伝子型の1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項15又は16に記載の方法。
【請求項19】
前記炎症性状態は、セプシス、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群(SIRS)、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)、急性肺障害、誤嚥性肺炎、感染症、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷起因炎症(inflammation due to trauma)、手術起因炎症(inflammation due to surgery)、慢性炎症性疾患、虚血、器官又は組織の虚血再灌流障害、疾患起因組織障害、化学療法又は放射線療法起因組織障害、及び経口摂取、吸入、注入、注射又は送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染症、日和見感染症、及び大手術又は透析を受けた被検体関連、免疫無防備状態の被検体関連、免疫抑制剤が投与された被検体関連、HIV/AIDSの被検体関連、疑似心内膜炎(心内膜炎の疑いのある)被検体関連、発熱を有する被検体関連、原因不明熱を有する被検体関連、嚢胞性線維症を有する(に罹患した)被検体関連、真性糖尿病を有する被検体関連、慢性腎不全を有する被検体関連、急性腎不全、乏尿を有する被検体関連、急性腎機能障害、糸球体腎炎、間質性腎炎、急性尿細管壊死(ATN)を有する被検体、気管支拡張症を有する被検体関連、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫又は喘息を有する被検体関連、熱性好中球減少症を有する被検体関連、髄膜炎を有する被検体関連、敗血症性関節炎を有する被検体関連、尿路感染症を有する被検体関連、壊死性筋膜炎を有する被検体関連、その他の疑似グループA連鎖球菌感染症を有する被検体関連、脾臓摘出を受けた被検体関連、再発性又は疑似腸球菌感染症を有する被検体関連、感染症の危険の増大に関連するその他の医学ないし外科的状態、グラム陽性菌敗血症、グラム陰性菌敗血症、培養陰性敗血症、真菌性敗血症、髄膜炎菌血症、ポストポンプ(post-pump)症候群、心機能不全(cardiac stun)症候群、心筋梗塞、脳卒中(発作)、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌O157:H7、マラリア、ガス壊疽、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、HELLP症候群、放線菌性結核、カリニ肺炎、肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、テング出血熱、骨盤内炎症性疾患、レジオネラ症、ライム病、A型インフルエンザ、エプスタイン・バーウイルス(感染症)、脳炎、炎症性疾患及び自己免疫(疾患)(慢性関節リウマチを含む)、変形性関節炎、汎発性強皮症、全身エリテマトーデス、炎症性腸疾患、特発性肺線維症、多臓器肉芽腫性疾患、過敏性肺炎、全身性血管炎、ウェジナー肉芽腫症、心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄を含む移植片対宿主病、移植片拒絶、鎌状赤血球性貧血、ネフローゼ症候群、OKT3のような薬剤の毒性、サイトカイン療法、及び肝硬変からなる群から選択されること
を特徴とする請求項1〜18の何れか一項に記載の方法。
【請求項20】
前記炎症性状態は、SIRS、セプシス及び敗血症ショックの1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項1〜19の何れか一項に記載の方法。
【請求項21】
炎症性状態の治療に対する有用性が既知であるか又は想定される候補薬剤の有効性(効力:efficacy)を決定する(求める)ために一群の被検体(複数)を選択するための方法であって、
前記方法は、
被検体(複数)の各々についてバソプレシン経路遺伝子配列における1又は2以上の多型部位における遺伝子型を決定する(求める)こと(但し、該遺伝子型は、前記被検体が前記炎症性状態から回復する可能性を示す)、及び
被検体(複数)を、それらの遺伝子型に基づいて分類すること
を含むこと
を特徴とする方法。
【請求項22】
前記被検体(複数)又は被検体のサブセットに対し前記候補薬剤を投与すること、及び
各被検体が前記炎症性状態から回復する可能性を決定する(求める)こと
を更に含むこと
を特徴とする請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記候補薬剤に応答する被検体を該被検体の遺伝子型に基づいて対比すること
を更に含むこと
を特徴とする請求項22に記載の方法。
【請求項24】
処置を必要とする被検体の炎症性状態を処置するための方法であって、
前記方法は、前記被検体にバソプレシン受容体アゴニストを投与すること(但し、該被検体は、そのバソプレシン経路関連遺伝子配列に、改善応答遺伝子型を有する)、
を含むこと
を特徴とする方法。
【請求項25】
処置を必要とする被検体の炎症性状態を処置するための方法であって、
前記方法は、前記被検体にバソプレシン受容体アゴニストを選択的に投与しないこと(但し、該被検体は、そのバソプレシン経路関連遺伝子配列に、逆応答遺伝子型を有する)、
を含むこと
を特徴とする方法。
【請求項26】
バソプレシン受容体アゴニストによって炎症性状態を処置するために被検体を選択する方法であって、
そのバソプレシン経路関連遺伝子配列に改善応答遺伝子型を有する被検体を同定する工程(但し、該改善応答遺伝子型を有する被検体の同定により、前記バソプレシン受容体アゴニストによる前記炎症性状態の処置に対する応答性の増大が予測されること)、
を含むこと
を特徴とする方法。
【請求項27】
(バソプレシン受容体アゴニストによって)炎症性状態を処置するために被検体を選択する方法であって、
そのバソプレシン経路関連遺伝子配列に逆応答遺伝子型を有する被検体を同定する工程(但し、該逆応答遺伝子型を有する被検体の同定により、前記バソプレシン受容体アゴニストによる前記炎症性状態の処置に対する応答性の低下が予測されること)、
を含むこと
を特徴とする方法。
【請求項28】
炎症性状態の処置のための薬剤の製造におけるバソプレシン受容体アゴニストの使用であって、処置された被検体はそのバソプレシン経路関連遺伝子配列において改善応答遺伝子型を有する、使用。
【請求項29】
炎症性状態の処置のための薬剤の製造におけるバソプレシン受容体アゴニストの使用であって、処置された被検体はそのバソプレシン経路関連遺伝子配列において逆応答遺伝子型を有しない、使用。
【請求項30】
投与を必要とする被検体に投与するためのバソプレシン受容体アゴニストの使用であって、該被検体はそのバソプレシン経路関連遺伝子配列において改善応答遺伝子型を有する、使用。
【請求項31】
被検体リスクの評価としての、被検体の器官系機能不全の数を求めること
を更に含むこと
を特徴とする請求項24〜30の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項32】
2又は3以上の器官系機能不全は、被検体リスクの増大を示すこと
を特徴とする請求項31に記載の方法。
【請求項33】
前記炎症性状態は、セプシス、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群(SIRS)、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)、急性肺障害、誤嚥性肺炎、感染症、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷起因炎症(inflammation due to trauma)、手術起因炎症(inflammation due to surgery)、慢性炎症性疾患、虚血、器官又は組織の虚血再灌流障害、疾患起因組織障害、化学療法又は放射線療法起因組織障害、及び経口摂取、吸入、注入、注射又は送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染症、日和見感染症、及び大手術又は透析を受けた被検体関連、免疫無防備状態の被検体関連、免疫抑制剤が投与された被検体関連、HIV/AIDSの被検体関連、疑似心内膜炎(心内膜炎の疑いのある)被検体関連、発熱を有する被検体関連、原因不明熱を有する被検体関連、嚢胞性線維症を有する(に罹患した)被検体関連、真性糖尿病を有する被検体関連、慢性腎不全を有する被検体関連、急性腎不全、乏尿を有する被検体関連、急性腎機能障害、糸球体腎炎、間質性腎炎、急性尿細管壊死(ATN)を有する被検体、気管支拡張症を有する被検体関連、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫又は喘息を有する被検体関連、熱性好中球減少症を有する被検体関連、髄膜炎を有する被検体関連、敗血症性関節炎を有する被検体関連、尿路感染症を有する被検体関連、壊死性筋膜炎を有する被検体関連、その他の疑似グループA連鎖球菌感染症を有する被検体関連、脾臓摘出を受けた被検体関連、再発性又は疑似腸球菌感染症を有する被検体関連、感染症の危険の増大に関連するその他の医学ないし外科的状態、グラム陽性菌敗血症、グラム陰性菌敗血症、培養陰性敗血症、真菌性敗血症、髄膜炎菌血症、ポストポンプ(post-pump)症候群、心機能不全(cardiac stun)症候群、心筋梗塞、脳卒中(発作)、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌O157:H7、マラリア、ガス壊疽、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、HELLP症候群、放線菌性結核、カリニ肺炎、肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群/血栓性血小板減少性紫斑病、テング出血熱、骨盤内炎症性疾患、レジオネラ症、ライム病、A型インフルエンザ、エプスタイン・バーウイルス(感染症)、脳炎、炎症性疾患及び自己免疫(疾患)(慢性関節リウマチを含む)、変形性関節炎、汎発性強皮症、全身エリテマトーデス、炎症性腸疾患、特発性肺線維症、多臓器肉芽腫性疾患、過敏性肺炎、全身性血管炎、ウェジナー肉芽腫症、心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄を含む移植片対宿主病、移植片拒絶、鎌状赤血球性貧血、ネフローゼ症候群、OKT3のような薬剤の毒性、サイトカイン療法、及び肝硬変からなる群から選択されること
を特徴とする請求項24〜32の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項34】
前記炎症性状態は、SIRS、セプシス及び敗血症ショックの1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項24〜33の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項35】
前記改善応答遺伝子型は、以下の多型部位:rs18059;rs27711;rs10051637;rs1410713;rs857240;rs857242及びrs1495027の1又は2以上又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位に存在すること
を特徴とする請求項24〜34の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項36】
前記連鎖不均衡にある多型部位は、rs2762;rs10051637;rs1477364;rs7731592;rs7736466;rs1363974;rs2351010;rs1423357;rs1544777;rs2161548;rs38032;rs38034;rs38041;rs27436;rs27306;rs27307;rs27397;rs27659;rs27711;rs27290;rs38030;rs27294;rs27747;rs39602;rs248215;rs27302;rs2278018;rs1559355;rs3734015;rs4869315;rs2247650;rs2549781;rs2549782;rs2161657;rs251339;rs187265;rs2548527;rs1056893;rs2548523;rs2255546;rs2255637;rs1019503;rs251344;rs1981846;rs10071975;rs7700332;rs38042;rs18059;rs9127;rs7972829;rs10784339;rs3803107;rs11836346;rs7308008;rs11835545;rs7959001;rs11832877;rs10877977;rs2201895;rs7302323;rs10877986;rs2030106及びrs18059;rs27296;rs27300;rs27613;rs27711;rs38033;rs38035;rs38036;rs38041;rs38043;rs716848;rs1216565;rs1230358;rs1363907;rs1974871;rs2042385;rs2113050;rs2113189;rs2161658;rs2255633;rs2255634;rs2287988;rs2548524;rs2548529;rs2548530;rs2548532;rs2548533;rs2548536;rs2548538;rs2548539;rs2548540;rs2549783;rs2549784;rs2549790;rs2549791;rs2549794;rs2549795;rs2549796;rs2549797;rs2617447;rs2910686;rs2927609;rs3797796;rs3849749;rs3849750;rs4360063;rs4869314;rs4869316;rs6556942;rs7713127;rs7716222;rs7719705;rs10044354;rs10051637;rs10058476;rs12516666及びrs12716486の1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項35に記載の方法又は使用。
【請求項37】
前記改善応答遺伝子型は、rs18059CT;rs18059TT;rs27711GG;rs10051637GA;rs10051637AA;rs1410713AC;rs1410713AA;rs857240CC;rs857242CC;rs1495027CC及びrs1495027CTの1又は2以上、又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位から選択されること
を特徴とする請求項35に記載の方法又は使用。
【請求項38】
前記連鎖不均衡にある多型部位の遺伝子型は、表1B及び表1Dに記載された多型部位及び対応する遺伝子型の1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項37に記載の方法又は使用。
【請求項39】
前記1又は2以上の改善応答遺伝子型を有する被検体は、前記バソプレシン受容体アゴニストが選択的に投与されること
を特徴とする請求項37又は38に記載の方法又は使用。
【請求項40】
前記被検体は、rs18059CC;rs27711AA;rs10051637GG;rs1410713CC;rs857240CT;rs857242AC及びrs1495027TTの1又は2以上、又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位から選択される逆応答遺伝子型を有すること
を特徴とする請求項37に記載の方法又は使用。
【請求項41】
前記連鎖不均衡にある多型部位の遺伝子型は、表1B及び表1Dに記載された多型部位及び対応する遺伝子型の1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項40に記載の方法又は使用。
【請求項42】
前記1又は2以上の逆応答遺伝子型を有する被検体は、前記バソプレシン受容体アゴニストが選択的に投与されないこと
を特徴とする請求項40又は41に記載の方法又は使用。
【請求項43】
前記バソプレシン受容体アゴニストは、バソプレシンであること
を特徴とする請求項24〜42の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項44】
ヒトターゲット配列に含まれ、被検体のバソプレシン経路関連遺伝子配列、該ターゲット配列の相補配列、又は該ターゲット配列のRNA等価物からなる配列に特異的にハイブリダイズする凡そ10〜凡そ400ヌクレオチドの2又は3以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸であって、
2又は3以上の多型の有無の決定に、又は(or)
以下の多型部位:rs18059;rs27711;rs38041;rs10051637;rs1410713;rs857240;rs857242;rs10877970;rs3803107及びrs1495027(の1又は2以上)又はそれらと連鎖不均衡にある多型部位の1又は2以上から選択されるそれらのバソプレシン経路関連遺伝子配列において、利用可能(operable)なオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。
【請求項45】
前記連鎖不均衡にある1又は2以上の多型部位は、以下の多型部位:rs2762;rs10051637;rs1477364;rs7731592;rs7736466;rs1363974;rs2351010;rs1423357;rs1544777;rs2161548;rs38032;rs38034;rs38041;rs27436;rs27306;rs27307;rs27397;rs27659;rs27711;rs27290;rs38030;rs27294;rs27747;rs39602;rs248215;rs27302;rs2278018;rs1559355;rs3734015;rs4869315;rs2247650;rs2549781;rs2549782;rs2161657;rs251339;rs187265;rs2548527;rs1056893;rs2548523;rs2255546;rs2255637;rs1019503;rs251344;rs1981846;rs10071975;rs7700332;rs38042;rs18059;rs9127;rs7972829;rs10784339;rs3803107;rs11836346;rs7308008;rs11835545;rs7959001;rs11832877;rs10877977;rs2201895;rs7302323;rs10877986;rs2030106;rs1495027;rs10877962;rs1042615;rs16856;rs18059;rs27296;rs27300;rs27613;rs27711;rs38033;rs38035;rs38036;rs38041;rs38043;rs716848;rs1216565;rs1230358;rs1363907;rs1974871;rs2042385;rs2113050;rs2113189;rs2161658;rs2255633;rs2255634;rs2287988;rs2548524;rs2548529;rs2548530;rs2548532;rs2548533;rs2548536;rs2548538;rs2548539;rs2548540;rs2549783;rs2549784;rs2549790;rs2549791;rs2549794;rs2549795;rs2549796;rs2549797;rs2617447;rs2910686;rs2927609;rs3797796;rs3849749;rs3849750;rs4360063;rs4869314;rs4869316;rs6556942;rs7713127;rs7716222;rs7719705;rs10044354;rs10051637;rs10058476;rs12516666及びrs12716486の1又は2以上から選択されること
を特徴とする請求項44に記載のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。
【請求項46】
下記の群から選択される2又は3以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸:
(a) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にTを有する配列番号1を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にCを有する配列番号1を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(b) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にCを有する配列番号1を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にTを有する配列番号1を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(c) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にGを有する配列番号2を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にAを有する配列番号2を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(d) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にAを有する配列番号2を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にGを有する配列番号2を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(e) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にAを有する配列番号3を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にGを有する配列番号3を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(f) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にGを有する配列番号3を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にAを有する配列番号3を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(g) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にGを有する配列番号4を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にAを有する配列番号4を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(h) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にAを有する配列番号4を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にGを有する配列番号4を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(i) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にAを有する配列番号5を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にCを有する配列番号5を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(j) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にCを有する配列番号5を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にAを有する配列番号5を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(k) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にTを有する配列番号6を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にCを有する配列番号6を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(l) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にCを有する配列番号6を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にTを有する配列番号6を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(m) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にAを有する配列番号7を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にCを有する配列番号7を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(n) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にCを有する配列番号7を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にAを有する配列番号7を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(o) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にTを有する配列番号8を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にCを有する配列番号8を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(p) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にCを有する配列番号8を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にTを有する配列番号8を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(q) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にCを有する配列番号9を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にTを有する配列番号9を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(r) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にTを有する配列番号9を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にCを有する配列番号9を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(s) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にTを有する配列番号10を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にCを有する配列番号10を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(t) 高ストリンジェンシー条件下で、201位にCを有する配列番号10を含む核酸分子にはハイブリダイズするが、201位にTを有する配列番号10を含む核酸分子にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;
(u) 表1Dに記載された多型から選択される所与の多型に対する第1アレルを含む核酸分子に対しては高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズ可能であるが、表1Dに記載された多型から選択される該所与の多型に対する第2アレルを含む核酸分子に対しては高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズ不能なオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸;及び
(v) 表1Dに記載された多型から選択される(前記)所与の多型に対する(前記)第2アレルを含む核酸分子に対しては高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズ可能であるが、表1Dに記載された多型から選択される該所与の多型に対する(前記)第1アレルを含む核酸分子に対しては高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズ不能なオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。
【請求項47】
固体支持体に結合されたオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸のアレイであって、請求項44〜46の何れかに記載されたオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸の2又は3以上を含むアレイ。
【請求項48】
2又は3以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸のアドレス可能なコレクションを含む組成物であって、
前記2又は3以上のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸は、配列番号1〜264の2又は3以上の核酸分子若しくはそれらの相補体(compliments)、フラグメント、変異体、又はアナログから本質的になること
を特徴とする組成物。
【請求項49】
検出可能なラベル、消光剤(quencher)、移動度変更因子(mobility modifier)、ターゲット配列の5’若しくは3’に又はターゲット配列の5’及び3’に位置する連続非ターゲット配列の1又は2以上を更に含むこと
を特徴とする請求項44〜48の何れか一項に記載のオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【公表番号】特表2009−523456(P2009−523456A)
【公表日】平成21年6月25日(2009.6.25)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2008−551611(P2008−551611)
【出願日】平成19年1月24日(2007.1.24)
【国際出願番号】PCT/CA2007/000111
【国際公開番号】WO2007/085087
【国際公開日】平成19年8月2日(2007.8.2)
【出願人】(503265094)ザ ユニバーシティ オブ ブリティッシュ コロンビア (17)
【出願人】(508223815)シリウス ゲノミクス インク. (2)
【Fターム(参考)】