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非小細胞肺癌の診断のための方法
説明

非小細胞肺癌の診断のための方法

【課題】差次的に発現される遺伝子を用いる、非小細胞肺癌の検出のための方法を提供する。
【解決手段】対象由来の生物試料における非小細胞肺癌関連遺伝子の発現レベルを決定する段階を含む、対象における非小細胞肺癌または非小細胞肺癌を発症する素因の診断方法からなり、該レベルの、該遺伝子の正常対照レベルと比較した増加または低下により、対象が非小細胞肺癌に罹患していること、または非小細胞肺癌を発症するリスクを有することが示される方法からなる。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
対象由来の生物試料における非小細胞肺癌関連遺伝子の発現レベルを決定する段階を含む、対象における非小細胞肺癌または非小細胞肺癌を発症する素因の診断方法であって、該レベルの、該遺伝子の正常対照レベルと比較した増加または低下により、対象が非小細胞肺癌に罹患していること、または非小細胞肺癌を発症するリスクを有することが示される方法。
【請求項2】
非小細胞肺癌関連遺伝子がNSC 807〜1448からなる群より選択され、前記レベルの、正常対照レベルと比較した増加により、対象が非小細胞肺癌に罹患していること、または非小細胞肺癌を発症するリスクを有することが示される、請求項1記載の方法。
【請求項3】
前記増加が該正常対照レベルを少なくとも10%上回る、請求項2記載の方法。
【請求項4】
非小細胞肺癌関連遺伝子がNSC 1〜806からなる群より選択され、前記レベルの、正常対照レベルと比較した低下により、対象が非小細胞肺癌に罹患していること、または非小細胞肺癌を発症するリスクを有することが示される、請求項1記載の方法。
【請求項5】
低下が正常対照レベルを少なくとも10%下回る、請求項4記載の方法。
【請求項6】
複数の非小細胞肺癌関連遺伝子の前記レベルを決定する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項7】
前記レベルが以下の段階からなる群より選択されるいずれか1つの方法によって決定される、請求項1記載の方法:
(1)非小細胞肺癌関連遺伝子のmRNAを検出すること;
(2)非小細胞肺癌関連遺伝子によってコードされるタンパク質を検出すること;および
(3)非小細胞肺癌関連遺伝子によってコードされるタンパク質の生物学的活性を検出すること。
【請求項8】
前記レベルが、非小細胞肺癌関連遺伝子プローブと患者由来組織試料の遺伝子転写物とのハイブリダイゼーションによって検出することで決定される、請求項1記載の方法。
【請求項9】
ハイブリダイゼーションの段階がDNAアレイ上で行われる、請求項8記載の方法。
【請求項10】
生物試料が痰または血液を含む、請求項1記載の方法。
【請求項11】
NSC 1〜1448からなる群より選択される2つまたはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現のパターンを含む、非小細胞肺癌の参照発現プロファイル(reference expression profile)。
【請求項12】
以下の段階を含む、非小細胞肺癌関連遺伝子の発現または活性を阻害する化合物の同定方法:
(1)非小細胞肺癌関連遺伝子を発現する被験細胞を被験化合物と接触させる段階;
(2)非小細胞肺癌関連遺伝子の発現レベルを検出する段階;および
(3)該発現レベルを該遺伝子の正常対照レベルと比較して抑制する化合物を、該非小細胞肺癌関連遺伝子の阻害因子として決定する段階。
【請求項13】
被験細胞がNSCLC細胞である、請求項12記載の方法。
【請求項14】
以下の段階を含む、非小細胞肺癌関連遺伝子の発現または活性を増強する化合物の同定方法:
(1)非小細胞肺癌関連遺伝子を発現する被験細胞を被験化合物と接触させる段階;
(2)非小細胞肺癌関連遺伝子の発現レベルを検出する段階;および
(3)該発現レベルを該遺伝子の正常対照レベルと比較して高める化合物を、非小細胞肺癌関連遺伝子の増強物質として決定する段階。
【請求項15】
被験細胞がNSCLC細胞である、請求項14記載の方法。
【請求項16】
以下の段階を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための化合物に関するスクリーニングの方法:
(1)被験化合物を、NSC 1〜1448からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと接触させる段階;
(2)ポリペプチドと被験化合物との結合活性を検出する段階;および
(3)ポリペプチドと結合する化合物を選択する段階。
【請求項17】
以下の段階を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための化合物に関するスクリーニングの方法:
(a)被験化合物を、NSC 1〜1448からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと接触させる段階;
(b)段階(a)のポリペプチドの生物学的活性を検出する段階;および
(c)NSC 807〜1448からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの生物学的活性を被験化合物の非存在下で検出される生物学的活性と比較して抑制する化合物、またはNSC 1〜806からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの生物学的活性を被験化合物の非存在下で検出される生物学的活性と比較して増強する化合物を選択する段階。
【請求項18】
生物学的活性が細胞増殖活性である、請求項17記載の方法。
【請求項19】
以下の段階を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための化合物に関するスクリーニングの方法:
(1)被験化合物を1つまたは複数のマーカー遺伝子を発現する細胞と接触させる段階であって、ここで1つまたは複数のマーカー遺伝子がNSC 1〜1448からなる群より選択される段階;および
(2)NSC 807〜1448からなる群より選択される1つもしくは複数のマーカー遺伝子の発現レベルを低下させる化合物、またはNSC 1〜806からなる群より選択される1つもしくは複数のマーカー遺伝子の発現レベルを増加させる化合物を選択する段階。
【請求項20】
細胞がNSCLC細胞である、請求項19記載の方法。
【請求項21】
以下の段階を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための化合物に関するスクリーニングの方法:
(1)被験化合物を、1つまたは複数のマーカー遺伝子の転写調節領域およびその転写調節領域の制御下で発現されるレポーター遺伝子を含むベクターが導入された細胞と接触させる段階であって、ここで1つまたは複数のマーカー遺伝子はNSC 1〜1448からなる群より選択される段階;
(2)該レポーター遺伝子の活性を測定する段階;および
(3)対照と比較して、該マーカー遺伝子がNSC 807〜1448からなる群より選択される上方制御されたマーカー遺伝子である場合は該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物、または該マーカー遺伝子がNSC 1〜806からなる群より選択された下方制御されたマーカー遺伝子である場合は該レポーター遺伝子の発現レベルを増強させる化合物を選択する段階。
【請求項22】
NSC 1〜1448からなる群より選択される1つもしくは複数の遺伝子またはそれらによってコードされるポリペプチドと結合する2つまたはそれ以上の検出用試薬を含むキット。
【請求項23】
NSC 1〜1448からなる群より選択される1つまたは複数の遺伝子と結合する2つまたはそれ以上のポリヌクレオチドを含むアレイ。
【請求項24】
対象における非小細胞肺癌の治療または予防の方法であって、NSC 807〜1448からなる群より選択される遺伝子のコード配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むアンチセンス組成物を対象に投与する段階を含む方法。
【請求項25】
siRNA組成物を対象に投与する段階を含む、対象における非小細胞肺癌の治療または予防の方法であって、ここで該組成物がNSC 807〜1448からなる群より選択される遺伝子の発現を低下させる、方法。
【請求項26】
NSC 807〜1448からなる群より選択される遺伝子によってコードされるポリペプチドと結合する抗体またはその断片の薬学的有効量を対象に投与する段階を含む、対象における非小細胞肺癌の治療または予防のための方法。
【請求項27】
NSC 807〜1448からなる群より選択される遺伝子によってコードされるポリペプチド、または該ポリペプチドの免疫活性断片、またはそのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むワクチンを対象に投与する段階を含む、対象における非小細胞肺癌の治療または予防の方法。
【請求項28】
NSC 1〜806からなる群より選択される遺伝子の発現または活性を増加させる化合物を対象に投与する段階を含む、対象における非小細胞肺癌の治療または予防の方法。
【請求項29】
対象における非小細胞肺癌の治療または予防の方法であって、請求項12〜21のいずれか一項記載の方法によって得られた化合物を投与する段階を含む方法。
【請求項30】
NSC 1〜806からなる群より選択されるポリヌクレオチドまたはそれによってコードされるポリペプチドの薬学的有効量を対象に投与する段階を含む、対象における非小細胞肺癌の治療または予防の方法。
【請求項31】
NSC 807〜1448からなる群より選択される遺伝子に対するアンチセンスポリヌクレオチドまたはsiRNAの薬学的有効量を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための組成物。
【請求項32】
NSC 807〜1448からなる群より選択される遺伝子によってコードされるポリペプチドと結合する抗体またはその断片の薬学的有効量を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための組成物。
【請求項33】
有効成分としての請求項12〜21のいずれか一項記載の方法によって選択された化合物の薬学的有効量、および薬学的に許容される担体を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための組成物。
【請求項34】
以下のものからなる群より選択される、実質的に純粋なポリペプチド:
(a)配列番号:2のアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(b)配列番号:2のアミノ酸配列からなるタンパク質と等価な生物学的活性を有する、最大5%までのアミノ酸が置換、除去、挿入、および/または付加された配列番号:2のアミノ酸配列を含むポリペプチド;ならびに
(c)配列番号:2のアミノ酸配列からなるタンパク質と等価な生物学的活性を有する、配列番号:1のヌクレオチド配列からなる遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド。
【請求項35】
請求項34記載のポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項36】
配列番号:1記載のヌクレオチド配列を含む、請求項35記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項37】
請求項35記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項38】
請求項35記載のポリヌクレオチドまたはこのポリヌクレオチドを含むベクターを保有する宿主細胞。
【請求項39】
以下の段階を含む、請求項34記載のポリペプチドを産生するための方法:
(1)請求項34記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはこのポリヌクレオチドを含むベクターを保有する宿主細胞を培養する段階;
(2)宿主細胞にポリペプチドを発現させる段階;および
(3)発現されたポリペプチドを収集する段階。
【請求項40】
請求項34記載のポリペプチドと結合する抗体。
【請求項41】
請求項35記載のポリヌクレオチドまたはその相補鎖に対して相補的であって、少なくとも15ヌクレオチドを含むポリヌクレオチド。
【請求項42】
請求項35記載のポリヌクレオチドに対するアンチセンスポリヌクレオチドまたはsiRNA。
【請求項43】
配列番号:423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、501、503、505、507、509、511、513、515、517、519、521、523、525、527、529、または531のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドからなる群より選択されるアンチセンスポリヌクレオチド。
【請求項44】
配列番号:533、534、535、536、537、538、539、540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、および552のヌクレオチド配列を標的配列として含むポリヌクレオチドからなる群より選択されるsiRNA。
【請求項45】
請求項43記載のアンチセンスポリヌクレオチドの薬学的有効量を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための組成物。
【請求項46】
請求項44記載のsiRNAの薬学的有効量を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための組成物。
【請求項47】
請求項45記載のアンチセンス組成物を対象に投与する段階を含む、対象における非小細胞肺癌の治療または予防のための方法。
【請求項48】
請求項46記載のsiRNA組成物を対象に投与する段階を含む、対象における非小細胞肺癌の治療または予防のための方法。
【請求項49】
請求項34記載のポリペプチドまたはこのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの薬学的有効量を含む、非小細胞肺癌の治療または予防のための薬学的組成物。
【請求項50】
ポリヌクレオチドが発現ベクター中に組み入れられている、請求項49記載の薬学的組成物。
【請求項51】
抗腫瘍免疫を誘導するための方法であって、NSC 807〜1448からなる群より選択される遺伝子によってコードされるポリペプチド、または該ポリペプチドの免疫活性断片、またはこのポリペプチドもしくは断片をコードするポリヌクレオチドを投与する段階を含む方法。
【請求項52】
抗原提示細胞を対象に投与する段階をさらに含む、請求項51記載の抗腫瘍免疫を誘導するための方法。

【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9−1】
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【図9−2】
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【公開番号】特開2010−42016(P2010−42016A)
【公開日】平成22年2月25日(2010.2.25)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−231138(P2009−231138)
【出願日】平成21年10月5日(2009.10.5)
【分割の表示】特願2004−541231(P2004−541231)の分割
【原出願日】平成15年9月22日(2003.9.22)
【出願人】(502240113)オンコセラピー・サイエンス株式会社 (142)
【Fターム(参考)】