説明

CNNに対するジンクフィンガー結合ドメイン

式CNNのヌクレオチド配列に結合するジンクフィンガーとヌクレオチドの結合領域を含有するポリペプチドが提供される。又、複数のポリペプチドを含有する組成物、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びにこのようなポリペプチド、組成物及びポリヌクレオチドで遺伝子発現を調節する方法も提供される。本発明は、本明細書に開示した複数又は好ましくは約2〜約12個のジンクフィンガーヌクレオチド結合領域を含有するポリペプチド組成物を提供する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
式CNN(式中、NはA、C、G又はTである)の標的ヌクレオチドに優先的に結合する、5〜10個のアミノ酸残基のヌクレオチド結合領域を含む、単離精製ジンクフィンガーヌクレオチド結合ポリペプチド。
【請求項2】
前記標的ヌクレオチドが、式CAN、CCN、CGN、CTN、CNA、CNC、CNG又はCNTを有する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項3】
前記標的ヌクレオチドが、式CAA、CAC、CAG、CAT、CCA、CCC、CCG、CCT、CGA、CGC、CGG、CGT、CTA、CTC、CTG又はCTTを有する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項4】
前記結合領域が、配列番号1〜28、35〜45、48、54、57〜82、85〜130及び134〜157の何れかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列を有する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項5】
前記結合領域が、配列番号1〜28、35〜45、48、54、57〜82、85〜130及び134〜157の何れかをその中に含むポリペプチドと結合について競合する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項6】
前記結合領域が、配列番号1〜28、35〜45、48、54、57〜82、85〜130及び134〜157の何れかのアミノ酸配列を有する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項7】
前記結合領域が、配列番号54、57〜82、85〜130及び134〜157の何れかのアミノ酸配列を有する、請求項6に記載のポリペプチド。
【請求項8】
前記結合領域が、配列番号2、14、18、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、75、77、78、79、80、81、82、134及び153の何れかのアミノ酸配列を有する、請求項6に記載のポリペプチド。
【請求項9】
前記結合領域が、配列番号2、14、18、63、66、71、72、73、75、77、78、79、80、81及び82の何れかのアミノ酸配列を有する、請求項8に記載のポリペプチド。
【請求項10】
前記ヌクレオチド結合領域が7個の残基であり、αヘリカル構造を有する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項11】
前記結合領域が、
(a)配列番号2、14、18、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、75、77、78、79、80、81、82、134及び153の何れかのアミノ酸配列の結合領域;並びに
(b)配列番号2、14、18、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、75、77、78、79、80、81、82、134及び153の何れかのアミノ酸配列と、2個以下の保存的アミノ酸置換でしか異ならない結合領域であって、解離定数が該置換前のポリペプチドの解離定数の125%以下であり、且つ保存的アミノ酸置換が、以下の置換:Ala/Gly又はSer;Arg/Lys;Asn/Gln又はHis;Asp/Glu;Cys/Ser;Gln/Asn;Gly/Asp;Gly/Ala又はPro;His/Asn又はGln;Ile/Leu又はVal;Leu/Ile又はVal;Lys/Arg又はGln又はGlu;Met/Leu又はTyr又はIle;Phe/Met又はLeu又はTyr;Ser/Thr;Thr/Ser;Trp/Tyr;Tyr/Trp又はPhe;Val/Ile又はLeuの1つである、結合領域、
からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項12】
前記ジンクフィンガーヌクレオチド結合ポリペプチドが、天然に存在するジンクフィンガータンパク質の誘導体又は変異体である、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項13】
前記天然に存在するジンクフィンガータンパク質が、SP1C、TFIIIA及びZif268からなる群から選択される、請求項12に記載のポリペプチド。
【請求項14】
請求項1に記載のポリペプチドを複数含むポリペプチド組成物であって、該ポリペプチドが互いに作動可能に結合している、ポリペプチド組成物。
【請求項15】
前記ポリペプチドが、5〜15個のアミノ酸残基のフレキシブルペプチドリンカーを介して作動可能に結合する、請求項14に記載のポリペプチド組成物。
【請求項16】
前記リンカーが配列番号30及び配列番号133からなる群から選択される配列を有する、請求項15に記載のポリペプチド組成物。
【請求項17】
前記組成物が2〜12個のポリペプチドを含む、請求項14に記載のポリペプチド組成物。
【請求項18】
前記組成物が2〜6個のポリペプチドを含む、請求項17に記載のポリペプチド組成物。
【請求項19】
前記ポリペプチド組成物が、天然に存在するジンクフィンガータンパク質の誘導体又は変異体である、請求項15に記載のポリペプチド組成物。
【請求項20】
前記天然に存在するジンクフィンガータンパク質が、SP1C、TFIIIA及びZif268からなる群から選択される、請求項19に記載のポリペプチド組成物。
【請求項21】
αヘリカル構造を有し、式CNN(式中、NはA、C、G又はTである)の標的ヌクレオチドに優先的に結合する、単離ヘプタペプチド。
【請求項22】
前記標的ヌクレオチドが、式CAN、CCN、CGN、CTN、CNA、CNC、CNG又はCNTを有する、請求項21に記載の単離ヘプタペプチド。
【請求項23】
前記標的ヌクレオチドが、式CAA、CAC、CAG、CAT、CCA、CCC、CCG、CCT、CGA、CGC、CGG、CGT、CTA、CTC、CTG又はCTTを有する、請求項22に記載の単離ヘプタペプチド。
【請求項24】
前記ヘプタペプチドが、配列番号1〜28、35〜45、48、54、57〜82、85〜130及び134〜157の何れかのアミノ酸配列を有する、請求項21に記載の単離ヘプタペプチド。
【請求項25】
前記ヘプタペプチドが、配列番号2、14、18、63、66、71、72、73、75、77、78、79、80、81、82、134及び153の何れかのアミノ酸配列を有する、請求項24に記載の単離ヘプタペプチド。
【請求項26】
前記ヘプタペプチドが、配列番号2、14、18、63、66、71、72、73、75、77、78、79、80、81及び82の何れかのアミノ酸配列を有する、単離ヘプタペプチド。
【請求項27】
前記ヘプタペプチドが、
(a)配列番号2、14、18、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、75、77、78、79、80、81、82、134及び153の何れかのアミノ酸配列;並びに
(b)配列番号2、14、18、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、75、77、78、79、80、81、82、134及び153の何れかのアミノ酸配列と、2個以下の保存的アミノ酸置換でしか異ならないアミノ酸配列であって、解離定数が該置換前の該ポリペプチドの解離定数の125%以下であり、且つ保存的アミノ酸置換が、以下の置換:即ち、Ala/Gly又はSer;Arg/Lys;Asn/Gln又はHis;Asp/Glu;Cys/Ser;Gln/Asn;Gly/Asp;Gly/Ala又はPro;His/Asn又はGln;Ile/Leu又はVal;Leu/Ile又はVal;Lys/Arg又はGln又はGlu;Met/Leu又はTyr又はIle;Phe/Met又はLeu又はTyr;Ser/Thr;Thr/Ser;Trp/Tyr;Tyr/Trp又はPhe;Val/Ile又はLeuの1つである、アミノ酸配列
からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、請求項21に記載の単離ヘプタペプチド。
【請求項28】
1個以上の転写調節因子と作動可能に結合されている、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項29】
前記転写調節因子が転写のレプレッサーである、請求項28に記載のポリペプチド。
【請求項30】
前記転写調節因子が転写のアクチベーターである、請求項28に記載のポリペプチド。
【請求項31】
1個以上の転写調節因子と作動可能に結合されている、請求項14に記載のポリペプチド組成物。
【請求項32】
前記転写調節因子が転写のレプレッサーである、請求項31に記載のポリペプチド組成物。
【請求項33】
前記転写調節因子が転写のアクチベーターである、請求項32に記載のポリペプチド組成物。
【請求項34】
請求項1に記載のポリペプチドをコードする、単離精製ポリヌクレオチド。
【請求項35】
請求項14に記載のポリペプチド組成物をコードする、単離精製ポリヌクレオチド。
【請求項36】
請求項21に記載の単離ヘプタペプチドをコードする、単離精製ポリヌクレオチド。
【請求項37】
請求項34に記載の単離精製ポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項38】
請求項35に記載の単離精製ポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項39】
請求項36に記載の単離精製ポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項40】
請求項37に記載のベクターで形質転換又は形質導入した宿主細胞。
【請求項41】
真核生物である、請求項40に記載の宿主細胞。
【請求項42】
原核細胞である、請求項40に記載の宿主細胞。
【請求項43】
請求項38に記載のベクターで形質転換又は形質導入した宿主細胞。
【請求項44】
真核生物である、請求項43に記載の宿主細胞。
【請求項45】
原核細胞である、請求項45に記載の宿主細胞。
【請求項46】
請求項39に記載のベクターで形質転換又は形質導入した宿主細胞。
【請求項47】
真核生物である、請求項46に記載の宿主細胞。
【請求項48】
原核細胞である、請求項46に記載の宿主細胞。
【請求項49】
請求項34に記載のポリヌクレオチドで形質転換又は形質導入した宿主細胞。
【請求項50】
真核生物である、請求項49に記載の宿主細胞。
【請求項51】
原核細胞である、請求項49に記載の宿主細胞。
【請求項52】
請求項35に記載のポリヌクレオチドで形質転換又は形質導入した宿主細胞。
【請求項53】
真核生物である、請求項52に記載の宿主細胞。
【請求項54】
原核細胞である、請求項52に記載の宿主細胞。
【請求項55】
請求項36に記載のポリヌクレオチドで形質転換又は形質導入した宿主細胞。
【請求項56】
真核生物である、請求項55に記載の宿主細胞。
【請求項57】
原核細胞である、請求項55に記載の宿主細胞。
【請求項58】
(a)請求項1のポリペプチドをコードする単離精製ポリヌクレオチド;及び
(b)(a)の配列と少なくとも95%相同であるが、但し、特異的核酸結合活性を含む請求項1に記載のポリペプチドの活性を有するポリペプチドに翻訳されることを条件とする、核酸配列
からなる群から選択される、単離精製ポリヌクレオチド。
【請求項59】
(a)請求項14に記載のポリペプチド組成物をコードする単離精製ポリヌクレオチド;並びに
(b)(a)の配列と少なくとも95%相同であるが、但し、特異的核酸結合活性を含む請求項10に記載のポリペプチドの活性を有するポリペプチドに翻訳されることを条件とする、核酸配列
からなる群から選択される、単離精製ポリヌクレオチド。
【請求項60】
(a)請求項21に記載のヘプタペプチドをコードする単離精製ポリヌクレオチド;並びに
(b)(a)の配列と少なくとも95%相同であるが、但し、特異的核酸結合活性を含む請求項17に記載のポリペプチドの活性を有するポリペプチドに翻訳されることを条件とする、核酸配列
からなる群から選択される、単離精製ポリヌクレオチド。
【請求項61】
配列5’−(CNN)−3’(式中、nは2〜12である)を含有するヌクレオチド配列の発現を調節するプロセスであって、該ヌクレオチド配列を請求項14に記載のポリペプチド組成物の有効量に曝露することを含む、プロセス。
【請求項62】
前記配列5’−(CNN)−3’が5’−(CNN)−3’配列内に位置する、請求項61に記載のプロセス。
【請求項63】
前記配列5’−(CNN)−3’が前記ヌクレオチド配列の転写領域に位置する、請求項61に記載のプロセス。
【請求項64】
前記配列5’−(CNN)−3’が前記ヌクレオチド配列のプロモーター領域に位置する、請求項61に記載のプロセス。
【請求項65】
前記配列5’−(CNN)−3’が発現配列タグ内に位置する、請求項61に記載のプロセス。
【請求項66】
前記ポリペプチド組成物が1個以上の転写調節因子に作動可能に結合する、請求項61に記載のプロセス。
【請求項67】
前記転写調節因子が転写のレプレッサーである、請求項66に記載のプロセス。
【請求項68】
前記転写調節因子が転写のアクチベーターである、請求項66に記載のプロセス。
【請求項69】
前記ヌクレオチド配列が遺伝子である、請求項61に記載のプロセス。
【請求項70】
前記遺伝子が真核細胞遺伝子である、請求項69に記載のプロセス。
【請求項71】
前記遺伝子が原核細胞遺伝子である、請求項69に記載のプロセス。
【請求項72】
前記遺伝子がウイルス遺伝子である、請求項69に記載のプロセス。
【請求項73】
前記真核細胞遺伝子が哺乳動物遺伝子である、請求項70に記載のプロセス。
【請求項74】
前記哺乳動物遺伝子がヒト遺伝子である、請求項73に記載のプロセス。
【請求項75】
前記真核細胞遺伝子が植物遺伝子である、請求項70に記載のプロセス。
【請求項76】
前記原核細胞遺伝子が細菌遺伝子である、請求項71に記載のプロセス。
【請求項77】
(a)治療有効量の請求項1に記載のポリペプチド;及び
(b)薬学的に許容される担体
を含む、薬学的組成物。
【請求項78】
(a)治療有効量の請求項14に記載のポリペプチド組成物;及び
(b)薬学的に許容される担体
を含む、薬学的組成物。
【請求項79】
(a)治療有効量の請求項21に記載のヘプタペプチド;及び
(b)薬学的に許容される担体
を含む、薬学的組成物。
【請求項80】
(a)治療有効量の請求項34に記載のポリヌクレオチド;及び
(b)薬学的に許容される担体
を含む、薬学的組成物。
【請求項81】
(a)治療有効量の請求項35に記載のポリヌクレオチド;及び
(b)薬学的に許容される担体
を含む、薬学的組成物。
【請求項82】
(a)治療有効量の請求項36に記載のポリヌクレオチド;及び
(b)薬学的に許容される担体
を含む、薬学的組成物。

【図1−2】
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【図1−3】
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【図1−4】
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【図1−5】
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【図1−6】
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【図1−7】
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【図1−8】
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【図1−9】
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【図1−10】
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【図1−11】
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【図1−12】
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【図1−13】
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【図1−14】
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【図1−15】
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【図1−16】
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【図1−17】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【公表番号】特表2009−504156(P2009−504156A)
【公表日】平成21年2月5日(2009.2.5)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2008−526046(P2008−526046)
【出願日】平成18年7月26日(2006.7.26)
【国際出願番号】PCT/US2006/029075
【国際公開番号】WO2007/019062
【国際公開日】平成19年2月15日(2007.2.15)
【出願人】(593052785)ザ スクリップス リサーチ インスティテュート (91)
【Fターム(参考)】