説明

HPIV−2のバリアント及びそれらの医学的な適用

本出願は、HPIV-2のバリアントの系統群、より具体的には新規のHPIV-2のバリアントの系統亜群に関する。本出願は、この新規の群及びこの新規の亜群を考慮してHPIV-2を診断するための手段を提案する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
HPIV-2 バリアントの系統亜群の一部を形成しているHPIV-2 ウイルスであって、Greer, Toshiba, V98 およびV94 HPIV-2 単離体を含まず、以下を特徴とするウイルス:
・ そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、配列番号24, 29, 34, 39, 44の少なくとも一つの配列と、99.85%をこえる同一性, 好ましくは 少なくとも 99.90%, より好ましくは 少なくとも 99.95%の同一性を有する;および/または
・ そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、配列番号26, 31, 36, 41の少なくとも一つのアミノ酸配列と、99.15%をこえる同一性, 好ましくは 少なくとも 99.20%, より好ましくは 少なくとも 99.30%の同一性を有する。
【請求項2】
HPIV-2 バリアントの系統亜群の一部を形成しているHPIV-2 ウイルスであって、Greer, Toshiba, V98 およびV94 HPIV-2 単離体を含まず、以下を特徴とするウイルス:
・ そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、配列番号24, 29, 34, 39, 44の少なくとも一つの配列と、99.3%をこえる同一性, 好ましくは 少なくとも 99.4%, より好ましくは 少なくとも 99.5%の同一性を有する;および/または
・ そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、配列番号26, 31, 36, 41(それぞれ単離体 18620, 20283, 20435, 26056)の少なくとも一つの配列と、98.6%をこえる同一性, 好ましくは 少なくとも 98.7%, より好ましくは 少なくとも 98.8%の同一性を有する;および/または
・ そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つのアミノ酸ポジション: 102, 104, 112, 160;および/または
・ そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つのアミノ酸ポジション: 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482 において異なる;
前記ウイルスは、さらに以下を特徴とする、
o そのF タンパク質に関する配列のポジション 175において、H以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Rを有する;
o そのHN タンパク質に関する配列のポジション 186において、M以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン)を有する。
【請求項3】
請求項1または請求項2に記載のウイルスであって、以下を特徴とするウイルス:
・ そのHN タンパク質に関する配列のポジション 316において、S以外でグリコシル化部位を形成するアミノ酸、好ましくはアミノ酸 N (アスパラギン)を有する; および/または
・ そのHN タンパク質に関する配列のポジション 513において、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Nを有する; および/または
・ そのHN タンパク質に関する配列のポジション 514において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Sを有する。
【請求項4】
請求項1〜3の何れか一項に記載のHPIV-2ウイルスであって、CNCMから受託番号 I-3761, I-3762, I-3763, I-3764, I-3765で利用可能なHPIV-2 ウイルスから選択されることを特徴とするウイルス。
【請求項5】
以下の配列を含むまたは該配列により構成されることを特徴とする核酸:
a) 請求項1〜4の何れか一項に記載のHPIV-2ウイルスのゲノムRNAに関する配列;または
b) 前記ゲノムRNAの逆転写で得られるcDNAに関する配列;または
c) 前記配列 a) または b)の全長に対し、上記a) および b)において予見される配列の一つと相補的である配列。
【請求項6】
少なくとも一つの請求項1〜4の何れか一項に記載のウイルスの一つのエンベロープタンパク質のアミノ酸配列を含むことを特徴とするタンパク質。
【請求項7】
請求項6に記載のタンパク質であって、前記少なくとも一つのエンベロープタンパク質がF タンパク質であることを特徴とするタンパク質。
【請求項8】
請求項7に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質が以下を有することを特徴とするタンパク質:
・ ポジション102において、アミノ酸 P (プロリン); および/または
・ ポジション104において、アミノ酸R (アルギニン)。
【請求項9】
請求項7または請求項8に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質の切断部位に対する配列がKPRRER (配列番号 14)であることを特徴とするタンパク質。
【請求項10】
請求項7〜9の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質が以下を有することを特徴とするタンパク質:
・ ポジション112において、アミノ酸 I (イソロイシン); および/または
・ ポジション160において、アミノ酸T (スレオニン)。
【請求項11】
請求項7〜10の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質がその配列のポジション175において、H以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸Rを有することを特徴とするタンパク質。
【請求項12】
請求項7〜11の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質に関する配列が配列番号24, 29, 34, 39, 44の配列から選択されることを特徴とするタンパク質。
【請求項13】
請求項6〜12の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記少なくとも一つのエンベロープタンパク質がHN タンパク質であることを特徴とするタンパク質。
【請求項14】
請求項13に記載のタンパク質であって、前記HNタンパク質が、少なくとも一つの以下の因子, 好ましくは少なくとも二つの以下の因子, より好ましくは全ての以下の因子を有することを特徴とするタンパク質:
・ ポジション57において、D以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E;
・ ポジション114において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A;
・ ポジション139において、K以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E;
・ ポジション195において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A;
・ ポジション201において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 S;
・ ポジション319において、P以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 T;
・ ポジション344において、E以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 K;
・ ポジション348において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン);
・ ポジション378において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E;
・ ポジション379において、R以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E;
・ ポジション480において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 M;
・ ポジション482において、Q以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 R。
【請求項15】
請求項13または請求項14に記載のタンパク質であって、以下を特徴とするタンパク質:
・ ポジション316において、前記 HN タンパク質が、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Nを有する; および/または
・ ポジション513において、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 N; および/または
・ ポジション514において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 S。
【請求項16】
請求項3〜15の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記HNタンパク質がポジション186において、M以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸I (イソロイシン)を有することを特徴とするタンパク質。
【請求項17】
請求項13〜16の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記HNタンパク質に関する配列が配列番号26, 31, 36, 41の配列から選択されることを特徴とするタンパク質。
【請求項18】
請求項6〜17の何れか一項に記載のタンパク質をコードする配列に関する核酸であって、普遍的な遺伝コードの縮重を許容する核酸。
【請求項19】
請求項18に記載の核酸であって、その配列が配列番号 22, 27, 32, 37, 42, 23, 28, 33, 38, 43, 25, 30, 35, 40の配列から選択される配列を含む又は該配列により構成されることを特徴とする核酸。
【請求項20】
HPIV-2 バリアントの系統亜群の一または二以上のウイルスに特異的な核酸であって、請求項1〜4の何れか一項に記載のウイルスが一部を形成するが、Greer HPIV-2, Toshiba およびV98 単離体が一部を形成しなく、前記系統亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出におよび/または前記特異的な検出を許容するプローブ および/または プライマーの構築および生産に特に適合し、前記核酸に関する配列が以下のものを含む又は以下のものにより構成されることを特徴とする核酸:
・ 請求項1〜4の何れか一項に記載の少なくとも一つのHPIV-2 ウイルスのF タンパク質および/またはHN タンパク質をコードしている少なくとも 132 ヌクレオチドの配列の断片;または
・ 前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的な配列。
【請求項21】
請求項20に記載の核酸であって、前記HPIV-2 バリアントの系統亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出のためのリアルタイム増幅に使用するために特に適合した少なくとも一つのペアのプライマー および 少なくとも一つのプローブの構築に及び生産に特に適合し、前記核酸に関する配列が以下のものを含む又は以下のものにより構成されることを特徴とする核酸:
・ 請求項1〜4の何れか一項に記載のウイルスのF をコードしている配列またはHNをコードしている配列の断片;または
・ 前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列、
前記断片は:
・ 前記ウイルスのF をコードしている配列のポジション 259 から 395;または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 234 から 443;または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 1466 から 1673にわたる。
【請求項22】
請求項21に記載の核酸であって、以下を特徴とする核酸:
F をコードしている配列のポジション 259 から 395にわたっている断片は、配列番号 62 から 66の配列の一つで構成される;または
HN をコードしている配列のポジション 234 から 443にわたっている断片は、配列番号 67 から 70の配列の一つで構成される;または
HN をコードしている配列のポジション 1466 から 1673にわたっている断片は、配列番号 83 から 86の配列の一つで構成される。
【請求項23】
請求項21または請求項22に記載の核酸であって、Greer, Toshiba および V98 HPIV 単離体からの核酸を増幅することなく、請求項1〜4の何れか一項に記載のウイルスの核酸を増幅する能力のあるプライマーペアの構築に及び生産に特に適合し、前記バリアントの系統亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出のための、前記プライマーペアでのリアルタイム増幅に使用しえる少なくとも一つのプローブの構築に及び生産に特に適合し、その配列が配列番号 62から66, 67から70, 83から86の配列の一つにより構成されることを特徴とする核酸。
【請求項24】
請求項20に記載の核酸であって、請求項1〜4の何れか一項に記載の一または二以上のウイルスの特異的な検出のためのチップに使用するために特に適合したプローブの構築に及び生産に特に適合し、前記核酸に関する配列が以下のものを含む又は以下のものにより構成されることを特徴とする核酸:
・ 請求項1〜4の何れか一項に記載のウイルスのF をコードしている配列またはHNをコードしている配列の断片;または
・ 前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列;
前記断片は:
・ 前記ウイルスのF をコードしている配列のポジション 241 から 420;または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 241 から 420;または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 961 から 1140;または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 1381 から 1560
にわたる。
【請求項25】
請求項24に記載の核酸であって、その配列が配列番号 57から61, 71から74, 75から78, 79から82の配列, および規定された配列番号の配列の全長にわたり規定された配列番号の配列と相補的な配列の一つを含む、又は、で構成されることを特徴とする核酸。
【請求項26】
請求項1〜4の何れか一項に記載の少なくとも一つのウイルスの核酸を増幅する能力のあるプライマーペアであって、Greer, Toshiba および V98 HPIV 単離体からの核酸を増幅することなく且つ以下を特徴とするプライマーペア:
・ 前記ペアのプライマーの一つに関する配列は、請求項23に記載の核酸の14 から 30 ヌクレオチドの 5' 断片のものであり;
・ 前記ペアの他のプライマーに関する配列は、前記核酸の全長にわたり同じ請求項23に記載の核酸と相補的な配列の14 から 30 ヌクレオチドの 5' 断片のものであり;
前記 5' 断片は、それらが断片として存在する配列の5’端に第一のヌクレオチドを含む断片である。
【請求項27】
請求項26に記載のプライマーペアであって、Greer, Toshiba および V98 HPIV 単離体からの核酸を増幅することなく、請求項4において規定した五つのウイルスの各々からの核酸を増幅する能力のあることを特徴とするプライマーペア。
【請求項28】
請求項26または請求項27に記載のプライマーペアであって、前記 5' 断片の各々が独立に18から23 ヌクレオチドで構成されることを特徴とするプライマーペア。
【請求項29】
請求項26〜28の何れか一項に記載のプライマーペアであって、以下で構成されることを特徴とするプライマーペア:
・ 配列番号 87に関するプライマーおよび配列番号 88に関するプライマー; または
・ 配列番号 91に関するプライマーおよび配列番号 92に関するプライマー; または
・ 配列番号 95に関するプライマーおよび配列番号 96に関するプライマー。
【請求項30】
少なくとも一つの請求項26〜29の何れか一項に記載のプライマーのペアを含むプライマーのセット。
【請求項31】
請求項26〜29の何れか一項に記載のペアないから選択されるプライマーの配列が自身の配列であることを特徴とするプライマー。
【請求項32】
少なくとも一つの請求項1〜4の何れか一項に記載のウイルスの特異的な検出のための、請求項26〜29の何れか一項に記載のプライマーペアでのリアルタイム増幅に使用することができるプローブであって、その配列が以下のものであることを特徴とするプローブ:
・ 請求項23に記載の核酸の14 から 30 ヌクレオチド断片のものであって、前記断片は好ましくは前記核酸の5’端に第一のヌクレオチドを含んでおらず、好ましくは前記核酸の3’端に最後のヌクレオチドを含んでいないもの;または
・ 前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列のもの。
【請求項33】
請求項32に記載のプローブであって、前記核酸断片が23 から 28 ヌクレオチドで構成されることを特徴とするプローブ。
【請求項34】
呼吸器の疾患または感染の診断のためのキットであって、少なくとも一つの請求項26〜29の何れか一項に記載のプライマーペアおよび/または少なくとも一つの請求項32または請求項33に記載のプローブを含むキット。
【請求項35】
チップでの使用に特に適合し、Greer, Toshiba および V98 HPIV-2 単離体からの核酸とハイブリダイズすることなく、請求項1〜4の何れか一項に記載の一または二以上のウイルスの核酸とハイブリダイズする能力のあるプローブであって、その配列が請求項25に記載の核酸断片のものであること又は前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列のものであることを特徴とするプローブ。
【請求項36】
チップなどのマイクロ流の循環に適合した固体の支持体であって、少なくとも一つの請求項35に記載のプローブを含むことを特徴とする固体の支持体。
【請求項37】
HPIV-2のエンベロープタンパク質に結合する抗体または前記抗体の保存された断片であって、該保存された断片はHPIV-2 エンベロープタンパク質に結合する能力を保存しており、前記の抗体または抗体の保存された断片は、Greer HPIV-2 単離体 NC_003443のエンベロープタンパク質に結合することなく、少なくとも一つの請求項1〜4の何れか一項に記載のHPIV-2 ウイルスのエンベロープ タンパク質に結合することを特徴とする抗体または前記抗体の保存された断片。
【請求項38】
請求項37に記載の抗体または抗体断片であって、請求項 4の五つの単離体のエンベロープタンパク質に結合することを特徴とする抗体または抗体断片。
【請求項39】
請求項37または請求項38に記載の抗体または抗体断片であって、請求項1〜4の何れか一項に記載の少なくとも一つの HPIV-2 ウイルスのエンベロープタンパク質がF タンパク質を含む又はF タンパク質により構成されることを特徴とする抗体または抗体断片。
【請求項40】
請求項39に記載の抗体または抗体断片であって、F タンパク質に関する配列においてポジション 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸を含む少なくとも一つのエピトープにおいてF タンパク質と結合することを特徴とする抗体または抗体断片。
【請求項41】
請求項37〜40の何れか一項に記載の抗体または抗体断片であって、請求項1〜4の何れか一項に記載の少なくとも一つの HPIV-2 ウイルスのエンベロープタンパク質がHN タンパク質を含む又はHN タンパク質により構成されることを特徴とする抗体または抗体断片。
【請求項42】
請求項41に記載の抗体または抗体断片であって、HN タンパク質に関する配列においてポジション 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸を含む少なくとも一つのエピトープにおいてHN タンパク質と結合することを特徴とする抗体または抗体断片。
【請求項43】
請求項42に記載の抗体または抗体断片であって、HN タンパク質に関する配列においてポジション 316, 513, 514に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸を含む少なくとも一つのエピトープにおいてHN タンパク質と結合することを特徴とする抗体または抗体断片。
【請求項44】
請求項37〜43の何れか一項に記載の抗体または抗体断片であって、V94 HPIV-2 単離体 (AF533010)のエンベロープタンパク質に結合しないことを特徴とする抗体または抗体断片。
【請求項45】
呼吸器の疾患または感染の診断のためのキットであって、少なくとも一つの請求項37〜44の何れか一項に記載の抗体または抗体断片を含むことを特徴とするキット。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5−1】
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【図5−2】
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【図5−3】
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【図5−4】
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【図6−1】
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【図6−2】
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【図6−3】
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【図6−4】
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【図7−1】
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【図7−2】
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【図7−3】
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【図8−1】
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【図8−2】
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【公表番号】特表2010−533484(P2010−533484A)
【公表日】平成22年10月28日(2010.10.28)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−516542(P2010−516542)
【出願日】平成20年7月18日(2008.7.18)
【国際出願番号】PCT/FR2008/001067
【国際公開番号】WO2009/037402
【国際公開日】平成21年3月26日(2009.3.26)
【出願人】(500174661)サントル・ナショナル・ドゥ・ラ・レシェルシュ・サイエンティフィーク−セ・エン・エール・エス− (54)
【出願人】(510017491)
【氏名又は名称原語表記】LES HOSPICES CIVILS DE LYON
【住所又は居所原語表記】162, avenue Lacassagne−Batiment A, 69424 LYON CEDEX 03, France
【Fターム(参考)】