説明

IMPDH経路の阻害をモニタリングするためのバイオマーカー

本発明は、患者におけるIMPDHの阻害の効果をモニタリングするのに有用なバイオマーカーに指向される。それを使用する方法および組成物が記載される。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
表I〜VIIIのいずれか1つ以上に列挙されるポリヌクレオチドから選択される少なくとも4個のポリヌクレオチドから本質的になる核酸アレイであって、前記ポリヌクレオチドは固体表面上に固定化されており、前記アレイは、さらに、1つ以上の較正ポイントおよび1つ以上のハウスキーピング遺伝子を含む、核酸アレイ。
【請求項2】
前記ポリヌクレオチドがcDNAである、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項3】
前記ポリヌクレオチドがオリゴヌクレオチドである、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項4】
少なくとも10の前記ポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項5】
少なくとも15の前記ポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項6】
少なくとも20の前記ポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項7】
表I〜VIIIの遺伝子の全てにハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項8】
同一の遺伝子へハイブリダイズする2つ以上のポリヌクレオチドを含む、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項9】
別個かつ既知の位置で前記表面上に固定化された、表Iに列挙されるポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも4個の異なる核酸配列から本質的になる核酸アレイであって、前記核酸が、IMPDHの阻害に応答してアップレギュレートまたはダウンレギュレートされる被検体のサンプル中の核酸へハイブリダイズする、核酸アレイ。
【請求項10】
別個かつ既知の位置で前記表面上に固定化された、表IVに列挙されるポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも4個の異なる核酸配列から本質的になる核酸アレイであって、前記核酸が、IMPDHの阻害に応答してアップレギュレートまたはダウンレギュレートされる被検体のサンプル中の核酸へハイブリダイズする、核酸アレイ。
【請求項11】
前記マイクロアレイ上の核酸が、表Vからの遺伝子からなる群から選択される、請求項10に記載の核酸アレイ。
【請求項12】
前記マイクロアレイ上の核酸が、表VIからの遺伝子からなる群から選択される、請求項10に記載の核酸。
【請求項13】
別個かつ既知の位置で前記表面上に固定化された、表VIIに列挙されるポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも4個の異なる核酸配列から本質的になる核酸アレイであって、前記核酸が、IMPDHの阻害に応答してアップレギュレートまたはダウンレギュレートされる被検体のサンプル中の核酸へハイブリダイズする、核酸アレイ。
【請求項14】
前記表面が、金属、シリコン、ポリマープラスチック、紙、セラミック、石英、ヒ化ガリウム、金属、半金属、セルロース、酢酸セルロース、ニトロセルロース、およびガラスからなる群から選択される、請求項10に記載の核酸アレイ。
【請求項15】
前記プラスチックが、ナイロン、ポリカーボネート、ポリエチレン、ポリスチレン、テフロン、ポリプロピレン、ポリ(4−メチルブテン)、ポリスチレン/ラテックス、ポリメタクリレート、ポリ(エチレンテレフタレート)、レーヨン、ポリビニルブチレート、およびポリビニリデンジフルオライドからなる群から選択される、請求項14に記載の核酸アレイ。
【請求項16】
前記少なくとも1つのコントロールスポットが、IMPDH阻害で変調されないことが知られている1つ以上の核酸からなる、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項17】
前記アレイが1〜10のコントロールスポットを含む、請求項1に記載の核酸アレイ。
【請求項18】
前記表面が、疎水性ポリマーストリップで互いに隔離された複数のマイクロアレイを含む、請求項13に記載の核酸アレイ。
【請求項19】
前記疎水性ポリマーストリップが、ポリエチレン、シリコーン、パラフィン、およびテフロン(登録商標)からなる群から選択される、請求項13に記載の核酸アレイ。
【請求項20】
IMPDH阻害の検出で使用するためのポリヌクレオチドのセットであって、前記ポリヌクレオチドが、表I、表II、表III、表IV、表V、表VI、表VIIおよび表VIIIのいずれか1つ以上に記載の遺伝子からなる群から選択される4〜314個の遺伝子へハイブリダイズし、ここで、前記核酸の各々の発現が、IMPDHの阻害に応答してアップまたはダウンレギュレートされる、ポリヌクレオチドのセット。
【請求項21】
非増殖性細胞におけるIMPDH阻害剤の効果の予測で使用するためのポリヌクレオチドのセットであって、前記ポリヌクレオチドのセットが、表Iに記載の遺伝子からなる群から選択される4〜38個の遺伝子へハイブリダイズする、ポリヌクレオチドのセット。
【請求項22】
増殖性細胞におけるIMPDH阻害剤の効果の予測で使用するためのポリヌクレオチドのセットであって、前記ポリヌクレオチドのセットが、表II、表IIIおよび表IVに記載の遺伝子からなる群から選択される4〜300個の遺伝子へハイブリダイズする、ポリヌクレオチドのセット。
【請求項23】
前記増殖性細胞が血液癌由来であり、前記遺伝子が表Vに記載の遺伝子の群から選択される、請求項22に記載のセット。
【請求項24】
前記遺伝子が表VIに記載の遺伝子の群から選択される、請求項22に記載のセット。
【請求項25】
IMPDH阻害剤の抗ウイルス効果の予測で使用するための核酸のセットであって、前記ポリヌクレオチドのセットが、表VIIに記載の遺伝子からなる群から選択される4〜9個の遺伝子へハイブリダイズする、核酸のセット。
【請求項26】
抗癌剤としてのIMPDH阻害剤の効果の予測で使用するための核酸のセットであって、前記ポリヌクレオチドのセットが、表VIIIに記載の4個の遺伝子にハイブリダイズする、核酸のセット。
【請求項27】
候補IMPDH阻害剤が被検体において治療効果を奏するかどうかを予測する方法であって、生物学的サンプルと前記阻害剤とを接触させ、次いで遺伝子表I、遺伝子表II、遺伝子表III、遺伝子表IV、遺伝子表V、遺伝子表VI、遺伝子表VIIおよび遺伝子表VIIIの1つ以上に記載の遺伝子からなる群から選択される4個以上の予後遺伝子の前記生物学的サンプル中における発現レベルを測定することを含み、ここに、公知のIMPDH阻害剤から得られる変調と類似の前記4個以上の遺伝子の発現レベルの変調が、前記剤が治療的に有効なIMPDH阻害剤であることを特徴とする該方法。
【請求項28】
前記効果が臨床応答である、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
前記被検体が哺乳動物である、請求項27に記載の方法。
【請求項30】
前記被検体がヒト患者である、請求項27に記載の方法。
【請求項31】
前記生物学的サンプルが癌患者からのサンプルであり、前記癌が、乳癌、卵巣癌、胃癌、結腸直腸癌、前立腺癌、膵臓癌、および肺癌からなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
【請求項32】
前記IMPDH阻害剤に応答しての発現の変化が、VX-944の投与に応答して見られる発現の変化と類似する、請求項27に記載の方法。
【請求項33】
前記生物学的サンプルが、癌細胞を含む組織サンプルである、請求項27に記載の方法。
【請求項34】
前記組織が、固定化されているか、パラフィン包埋されているか、新鮮であるか、または凍結されている、請求項27に記載の方法。
【請求項35】
前記組織がバイオプシー由来である、請求項34に記載の方法。
【請求項36】
前記生物学的サンプルが、穿刺吸引、気管支洗浄、または経気管支バイオプシーによって得られる、請求項27に記載の方法。
【請求項37】
前記予後RNA転写物の発現レベルがPCRによって測定される、請求項27に記載の方法。
【請求項38】
前記発現産物の発現レベルが免疫組織化学により測定される、請求項27に記載の方法。
【請求項39】
前記発現産物の発現レベルがインサイチュ・ハイブリダイゼーションにより測定される、請求項27に記載の方法。
【請求項40】
前記予後RNA転写物またはそれらの発現産物の測定のためのアッセイが、キットの形態で提供される、請求項27に記載の方法。
【請求項41】
IMPDH阻害剤に対する被検体の応答についての予後プロファイルを作成する方法であって:
(a)IMPDH阻害剤へ前記被検体のエクス・ビボ細胞を暴露し;
(b)工程(a)の細胞から抽出されるRNAを、遺伝子発現プロファイリングへ供し;
(c)表I、表II、表III、表IV、表V、表VI、表VIIおよび表VIIIの1つ以上に記載の遺伝子からなる群から選択される少なくとも4個の遺伝子の前記細胞中における発現レベルを測定し;次いで
(d)工程(c)において得られる発現レベルを、前記IMPDH阻害剤の不在下で得られる発現レベルと比較する:
ここに、前記IMPDH阻害剤に応答しての前記4個以上の遺伝子の発現レベルの変調は、前記被検体が前記阻害剤に対して応答性である傾向にあることを示すことを特徴とする該方法。
【請求項42】
IMPDH阻害剤に対する被検体の応答についての予後プロファイルを作成する方法であって:
(a)IMPDH阻害剤を前記被検体へ投与し;
(b)前記被検体の細胞から抽出されるRNAを、遺伝子発現プロファイリングへ供し;
(c)表I、表II、表III、表IV、表V、表VI、表VIIおよび表VIIIの1つ以上に記載の遺伝子からなる群から選択される少なくとも4個の遺伝子の前記被検体の前記細胞中における発現レベルを測定し;次いで
(d)工程cにおいて得られる発現レベルを、前記IMPDH阻害剤の前記投与の不在下で得られる発現レベルと比較する工程を含み、
ここに、前記IMPDH阻害剤投与に応答しての前記4個以上の遺伝子の発現レベルの変調は、前記IMPDH阻害剤が、前記IMPDH阻害剤投与に対する前記被検体の応答を予測する傾向にあることを示すことを特徴とする該方法。
【請求項43】
前記応答が、治療的応答、毒性、用量範囲、または患者層別化である、請求項42に記載の方法。
【請求項44】
前記細胞が、前記被検体から得られる癌細胞である、請求項41または42に記載の方法。
【請求項45】
前記癌細胞が、乳癌、卵巣癌、血液癌、胃癌、結腸直腸癌、膵臓癌、および肺癌からなる群から選択される、請求項44に記載の方法。
【請求項46】
前記癌細胞が、前記癌の、固定化され、パラフィン包埋されたバイオプシーサンプルである、請求項44に記載の方法。
【請求項47】
前記癌細胞が、前記癌の新鮮なバイオプシーサンプル由来である、請求項44に記載の方法。
【請求項48】
前記癌細胞がエクス・ビボで培養される、請求項44に記載の方法。
【請求項49】
前記発現プロファイルが、IMPDH阻害剤での前記被検体の治療の推奨を含むレポートへコンパイルされる、請求項41または42に記載の方法。
【請求項50】
表I、II、III、IV、V、VI、VII、およびVIIIに記載の遺伝子から選択される1個以上の遺伝子、または対応の発現産物の、変化された発現が測定される場合、前記レポートが、前記被検体は、IMPDH阻害に基づく治療についての好適な候補者であるという予測を含む、請求項41または42に記載の方法。
【請求項51】
前記患者をIMPDH阻害剤で治療する工程をさらに含む、請求項42に記載の方法。
【請求項52】
IMPDH阻害剤を請求項27に記載の方法に従って同定する、請求項42に記載の方法。
【請求項53】
前記生物学的サンプルが、血液サンプル、組織バイオプシー、または腫瘍バイオプシーから単離される腫瘍細胞である、請求項42に記載の方法。
【請求項54】
請求項1〜19のいずれかに記載の核酸アレイまたは請求項20〜26のいずれかに記載のポリヌクレオチドのセット、容器、ならびに使用指示書を含む、キット。
【請求項55】
参照被検体の核酸をさらに含む、請求項54に記載のキット。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【公表番号】特表2008−500057(P2008−500057A)
【公表日】平成20年1月10日(2008.1.10)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2007−520600(P2007−520600)
【出願日】平成17年5月27日(2005.5.27)
【国際出願番号】PCT/US2005/018551
【国際公開番号】WO2005/117943
【国際公開日】平成17年12月15日(2005.12.15)
【出願人】(598032106)バーテックス ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド (414)
【氏名又は名称原語表記】VERTEX PHARMACEUTICALS INCORPORATED
【住所又は居所原語表記】130 Waverly Street, Camridge, Massachusetts 02139−4242, U.S.A.
【Fターム(参考)】