ＭＡＳＰ−２結晶構造およびその使用
本発明は、MASP-2ポリペプチドの結晶およびその使用に関する。開示されるMASP-2結晶は、触媒活性のあるMASP-2ポリペプチドおよびチモーゲン MASP-2ポリペプチドを含む、MASP-2ポリペプチドの3次元構造を決定するのに有用である。本発明に開示されるように、該3次元構造は、MASP-2と相互作用する、および／またはMASP-2の活性を阻害する化合物の同定に使用することができる。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドの結晶。
【請求項２】
ポリペプチドが該セリンプロテアーゼドメインを含む、請求項１記載の結晶。
【請求項３】
該ポリペプチドがさらにMASP-2のCCP-2ドメインを含む、請求項２記載の結晶。
【請求項４】
MASP-2が配列番号１のヒトMASP-2またはその機能的ホモログであり、該機能的ホモログが配列番号１に対して少なくとも70%の配列同一性を有する、請求項１または２に記載の結晶。
【請求項５】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸483〜633を含む、請求項１記載の結晶。
【請求項６】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸363〜686を含む、請求項１記載の結晶。
【請求項７】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸363〜686、および少なくとも１アミノ酸、好ましくは約４アミノ酸の追加ペプチドより成る、請求項１記載の結晶。
【請求項８】
MASP-2がアミノ酸443〜445の少なくとも１つが変異している配列番号１のヒトMASP-2である、請求項１記載の結晶。
【請求項９】
該結晶が、原子座標を決定するためX線を少なくとも5 Å、好ましくは少なくとも4 Å、より好ましくは少なくとも3 Å、さらに好ましくは少なくとも2.5 Å、最も好ましくは少なくとも2.25 Åの分解能まで回折する、請求項１記載の結晶。
【請求項１０】
該結晶が、表３の構造座標またはそこから2.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標により表される空間的関係にて配置された原子を含む、請求項１記載の結晶。
【請求項１１】
該結晶がa=40.950、b=41.521、c=102.994、α=96.44、β=91.77、γ=119.52の単位格子寸法を有する、請求項１記載の結晶。
【請求項１２】
該結晶が、表４の構造座標またはそこから2.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標により表される空間的関係にて配置された原子を含む、請求項１記載の結晶。
【請求項１３】
MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドを含む結晶を調製する方法であって、以下の工程を含む方法：
i) 該ポリペプチドを提供する；
ii) 所望により該ポリペプチドと相互作用することができる化合物を提供する；
iii) 該ポリペプチドおよび所望により該化合物を、5〜25%の範囲のポリエチレングリコール、0.01 M〜0.5Mの範囲の塩、1〜10%の範囲のグリセロールおよび2-メチル-2,4-ペンタンジオールからなる群より選択されるアルコールを含むバッファーにおいてインキュベートする条件のもと結晶を成長させる、ここで該バッファーのpHは6〜9の範囲である；
iv) それにより該結晶を調製する。
【請求項１４】
工程iii)が5〜25℃の範囲の温度でのインキュベーションを含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１５】
該ポリペプチドがMASP-2のCCP-2およびセリンプロテアーゼドメインを含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１６】
MASP-2が配列番号１のヒトMASP-2またはその機能的ホモログであり、該機能的ホモログが配列番号１に対して少なくとも70%の配列同一性を有する、請求項１２記載の方法。
【請求項１７】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸299-686を含む、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸299-686および最大２０アミノ酸、好ましくは約４アミノ酸の追加ペプチドからなる請求項１６記載の方法。
【請求項１９】
MASP-2がアミノ酸443〜445の少なくとも１つが変異している配列番号１のヒトMASP-2である、請求項１２記載の方法。
【請求項２０】
該結晶が、原子座標を決定するためX線を少なくとも5 Å、好ましくは少なくとも4 Å、より好ましくは少なくとも3 Å、さらに好ましくは少なくとも2.5 Å、最も好ましくは少なくとも2.25 Åの分解能まで回折する、請求項１２記載の方法。
【請求項２１】
MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドと相互作用することができる化合物を同定する方法であって、以下の工程を含む方法：
i) 分子または分子複合体の三次元表示を作成するコンピューターシステムを提供する、ここで該コンピューターシステムは、
機械読み取り可能データがコードされたデータ保存マテリアルを含む機械読み取り可能データ保存媒体、ここで該データはMASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150のアミノ酸を含むポリペプチドの構造座標を含む;
該機械読み取り可能データを処理するための指示を保存するためのワーキングメモリ;
該機械読み取り可能データを該三次元表示へと処理するため該ワーキングメモリおよび該機械読み取り可能データ保存媒体につながるセントラルプロセシングユニット；および
該三次元表示を表示するための該セントラルプロセシングユニットにつながるディスプレイ、を含む；および
ii) コンピュータがそのメモリに該ポリペプチドの分子モデルの構造座標を含むコンピュータ読み取り可能データをロードするように、該ポリペプチドの結晶の構造座標から該ポリペプチドの三次元表示を生成させるためのコンピュータに対する指示を実行する；
iii) １以上の被検化合物の分子モデルを生成させる;
iv) 該分子モデルから、該ポリペプチドと該１以上の被検化合物の結合により形成されうる１以上の可能性ある分子複合体を計算する、
v) 相互作用の程度および／またはそのような相互作用の位置および／または配向を示すアウトプットデータを生成させる、
vi) 該ポリペプチドに相互作用することができる化合物を選択する。
【請求項２２】
以下の工程をさらに含む、請求項２１記載の方法：
vii) 少なくとも１つの選択された化合物を提供する；
viii) MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150のアミノ酸を含むポリペプチドを提供する;
ix) 該ポリペプチドを該選択された化合物と相互作用のための条件下で接触させる;
x) 該ポリペプチドと該選択された化合物の間の相互作用を検出し、それにより該ポリペプチドと相互作用することができる化合物を同定する。
【請求項２３】
該ポリペプチドがMASP-2のCCP-2ドメインおよびセリンプロテアーゼドメインを含む、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
MASP-2が配列番号１のヒトMASP-2またはその機能的ホモログであり、該機能的ホモログが配列番号１と少なくとも70%の配列同一性を有する、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸299-686を含む、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸299-686および最大２０アミノ酸、好ましくは約４アミノ酸の追加ペプチドより成る、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
構造座標が、表３に示す座標、または保存されたタンパク質骨格原子に関してそこから1.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標である、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
構造座標が、表４に示す座標、または保存されたタンパク質骨格原子に関してそこから1.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標である、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
該ポリペプチド上の基質結合部位の3D表示を生成させることおよび該部位に相互作用することができる化合物を選択することを含む、請求項２１記載の方法。
【請求項３０】
基質結合部位がC4結合部位である、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
基質結合部位がC2結合部位である、請求項２９記載の方法。
【請求項３２】
基質結合部位がMASP-2結合部位である、請求項２９記載の方法。
【請求項３３】
基質結合部位がC1阻害物質結合部位である、請求項２９記載の方法。
【請求項３４】
選択された化合物がMASP-2活性の調節物質である、請求項２１記載の方法。
【請求項３５】
選択された化合物がMASP-2活性の阻害物質である、請求項２１記載の方法。
【請求項３６】
選択された化合物がMASP-2活性の活性化物質または増強物質である、請求項２１記載の方法。
【請求項３７】
さらに以下の工程を含む、請求項２１から３６のいずれかに記載の方法：
i) コンピュータがそのメモリにC1rのセリンプロテアーゼドメインを含む第２のポリペプチドの分子モデルの構造座標を含むコンピュータ読み取り可能データをロードするように、該第２のポリペプチドの三次元表示を該第２のポリペプチドの結晶の構造座標から生成させるためのコンピュータに対する指示を実行する；
i) 該分子モデルから、該第２のポリペプチドと選択した１以上の被検化合物との結合により形成されうる１以上の可能性ある分子複合体を計算する；
ii) 相互作用の程度を示すアウトプットデータを生成させる；
iii) 該第２のポリペプチドと相互作用することができない化合物を選択する。
【請求項３８】
さらに以下の工程を含む、請求項２１から３６のいずれかに記載の方法：
v) コンピュータがそのメモリにC1rのセリンプロテアーゼドメインを含む第２のポリペプチドの分子モデルの構造座標を含むコンピュータ読み取り可能データをロードするように、該第２のポリペプチドの三次元表示を該第２のポリペプチドの結晶の構造座標から作成するためのコンピュータに対する指示を実行する；
i) 該分子モデルから、該第２のポリペプチドと選択した１以上の被検化合物との結合により形成されうる１以上の可能性ある分子複合体を計算する；
ii) 相互作用の程度を示すアウトプットデータを生成させる；
iii) 該第２のポリペプチドと相互作用することができない化合物を選択する。
【請求項３９】
MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドを含む結晶および該ポリペプチドと相互作用することができる少なくとも１つの選択された化合物を調製することをさらに含む、請求項２１から３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
結晶が請求項１３から２０のいずれかに記載の方法により調製される、請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
該結晶の構造が決定される、請求項３９記載の方法。
【請求項４２】
該構造に起因する情報から該ポリペプチドと相互作用することができる別の化合物を調製することをさらに含む、請求項２１から４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
請求項２１から４２のいずれかに記載の方法により同定された、MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150のアミノ酸を含むポリペプチドと相互作用することができる化合物。
【請求項４４】
MASP-2活性を阻害することができる化合物を同定する方法であって、以下の工程を含む方法：
i) 分子または分子複合体の三次元表示を作成するコンピューターシステムを提供する、ここで該コンピューターシステムは、
機械読み取り可能データがコードされたデータ保存マテリアルを含む機械読み取り可能データ保存媒体、ここで該データはMASP-2のCCP-2およびセリンプロテアーゼドメインを含むポリペプチドの構造座標を含む;
該機械読み取り可能データを処理するための指示を保存するためのワーキングメモリ;
該機械読み取り可能データを該三次元表示へと処理するための該ワーキングメモリおよび該機械読み取り可能データ保存媒体につながるセントラルプロセシングユニット；および
三次元表示を表示するための該セントラルプロセシングユニットにつながるディスプレイ、を含む；および
ii) コンピュータがそのメモリに該ポリペプチド上の基質結合部位の分子モデルの構造座標を含むコンピュータ読み取り可能データをロードするように、該基質結合部位の三次元表示を該ポリペプチドの結晶の構造座標から生成させるためのコンピュータに対する指示を実行する；
iii) １以上の被検化合物の分子モデルを生成させる;
iv) 該分子モデルから、該結合部位と該１以上の被検化合物の結合により形成されうる１以上の可能性ある分子複合体を計算する、
v) 相互作用の程度および／またはそのような相互作用の位置および／または配向を示すアウトプットデータを生成させる、
vi) 該結合部位に相互作用することができる化合物を選択し、それによりMASP-2活性の阻害物質を同定する。
【請求項４１】
以下の工程をさらに含む、請求項４４記載の方法：
i) 少なくとも１つの選択された化合物を提供する；
ii) MASP-2を提供する；
ix) 該化合物の存在下および非存在下においてMASP-2活性を測定する；
x) 該化合物の存在下におけるMASP-2活性が非存在下よりも低い化合物を同定する。
【請求項４２】
基質結合部位がC4結合部位である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
基質結合部位がC2結合部位である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
基質結合部位がMASP-2結合部位である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】
基質結合部位がC1阻害物質結合部位である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
MASP-2活性がC4切断である、請求項４４記載の方法。
【請求項４７】
MASP-2が配列番号１のヒトMASP-2またはその機能的ホモログであり、該機能的ホモログが配列番号１に対して少なくとも70%の配列同一性を有する、請求項４４から４６のいずれかに記載の方法。
【請求項４８】
構造座標が、表３に示す座標、または保存されたタンパク質骨格原子に関してそこから1.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
構造座標が、表４に示す座標、または保存されたタンパク質骨格原子に関してそこから1.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項５０】
該MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドを含む結晶および該結合部位に相互作用することができる少なくとも１つの選択された化合物を調製することをさらに含む、請求項４０から４９のいずれかに記載の方法。
【請求項５１】
結晶が請求項１３から２０のいずれかに記載の方法により調製される、請求項５０記載の方法。
【請求項５２】
該結晶の構造が決定される、請求項５１記載の方法。
【請求項５３】
該構造に起因する情報から該結合部位と相互作用することができる別の化合物を調製することをさらに含む、請求項５２記載の方法。
【請求項５４】
請求項４４から５３のいずれかに記載の方法により同定された、MASP-2活性を阻害することができる化合物。
【請求項１】
MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドの結晶。
【請求項２】
ポリペプチドが該セリンプロテアーゼドメインを含む、請求項１記載の結晶。
【請求項３】
該ポリペプチドがさらにMASP-2のCCP-2ドメインを含む、請求項２記載の結晶。
【請求項４】
MASP-2が配列番号１のヒトMASP-2またはその機能的ホモログであり、該機能的ホモログが配列番号１に対して少なくとも70%の配列同一性を有する、請求項１または２に記載の結晶。
【請求項５】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸483〜633を含む、請求項１記載の結晶。
【請求項６】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸363〜686を含む、請求項１記載の結晶。
【請求項７】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸363〜686、および少なくとも１アミノ酸、好ましくは約４アミノ酸の追加ペプチドより成る、請求項１記載の結晶。
【請求項８】
MASP-2がアミノ酸443〜445の少なくとも１つが変異している配列番号１のヒトMASP-2である、請求項１記載の結晶。
【請求項９】
該結晶が、原子座標を決定するためX線を少なくとも5 Å、好ましくは少なくとも4 Å、より好ましくは少なくとも3 Å、さらに好ましくは少なくとも2.5 Å、最も好ましくは少なくとも2.25 Åの分解能まで回折する、請求項１記載の結晶。
【請求項１０】
該結晶が、表３の構造座標またはそこから2.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標により表される空間的関係にて配置された原子を含む、請求項１記載の結晶。
【請求項１１】
該結晶がa=40.950、b=41.521、c=102.994、α=96.44、β=91.77、γ=119.52の単位格子寸法を有する、請求項１記載の結晶。
【請求項１２】
該結晶が、表４の構造座標またはそこから2.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標により表される空間的関係にて配置された原子を含む、請求項１記載の結晶。
【請求項１３】
MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドを含む結晶を調製する方法であって、以下の工程を含む方法：
i) 該ポリペプチドを提供する；
ii) 所望により該ポリペプチドと相互作用することができる化合物を提供する；
iii) 該ポリペプチドおよび所望により該化合物を、5〜25%の範囲のポリエチレングリコール、0.01 M〜0.5Mの範囲の塩、1〜10%の範囲のグリセロールおよび2-メチル-2,4-ペンタンジオールからなる群より選択されるアルコールを含むバッファーにおいてインキュベートする条件のもと結晶を成長させる、ここで該バッファーのpHは6〜9の範囲である；
iv) それにより該結晶を調製する。
【請求項１４】
工程iii)が5〜25℃の範囲の温度でのインキュベーションを含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１５】
該ポリペプチドがMASP-2のCCP-2およびセリンプロテアーゼドメインを含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１６】
MASP-2が配列番号１のヒトMASP-2またはその機能的ホモログであり、該機能的ホモログが配列番号１に対して少なくとも70%の配列同一性を有する、請求項１２記載の方法。
【請求項１７】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸299-686を含む、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸299-686および最大２０アミノ酸、好ましくは約４アミノ酸の追加ペプチドからなる請求項１６記載の方法。
【請求項１９】
MASP-2がアミノ酸443〜445の少なくとも１つが変異している配列番号１のヒトMASP-2である、請求項１２記載の方法。
【請求項２０】
該結晶が、原子座標を決定するためX線を少なくとも5 Å、好ましくは少なくとも4 Å、より好ましくは少なくとも3 Å、さらに好ましくは少なくとも2.5 Å、最も好ましくは少なくとも2.25 Åの分解能まで回折する、請求項１２記載の方法。
【請求項２１】
MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドと相互作用することができる化合物を同定する方法であって、以下の工程を含む方法：
i) 分子または分子複合体の三次元表示を作成するコンピューターシステムを提供する、ここで該コンピューターシステムは、
機械読み取り可能データがコードされたデータ保存マテリアルを含む機械読み取り可能データ保存媒体、ここで該データはMASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150のアミノ酸を含むポリペプチドの構造座標を含む;
該機械読み取り可能データを処理するための指示を保存するためのワーキングメモリ;
該機械読み取り可能データを該三次元表示へと処理するため該ワーキングメモリおよび該機械読み取り可能データ保存媒体につながるセントラルプロセシングユニット；および
該三次元表示を表示するための該セントラルプロセシングユニットにつながるディスプレイ、を含む；および
ii) コンピュータがそのメモリに該ポリペプチドの分子モデルの構造座標を含むコンピュータ読み取り可能データをロードするように、該ポリペプチドの結晶の構造座標から該ポリペプチドの三次元表示を生成させるためのコンピュータに対する指示を実行する；
iii) １以上の被検化合物の分子モデルを生成させる;
iv) 該分子モデルから、該ポリペプチドと該１以上の被検化合物の結合により形成されうる１以上の可能性ある分子複合体を計算する、
v) 相互作用の程度および／またはそのような相互作用の位置および／または配向を示すアウトプットデータを生成させる、
vi) 該ポリペプチドに相互作用することができる化合物を選択する。
【請求項２２】
以下の工程をさらに含む、請求項２１記載の方法：
vii) 少なくとも１つの選択された化合物を提供する；
viii) MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150のアミノ酸を含むポリペプチドを提供する;
ix) 該ポリペプチドを該選択された化合物と相互作用のための条件下で接触させる;
x) 該ポリペプチドと該選択された化合物の間の相互作用を検出し、それにより該ポリペプチドと相互作用することができる化合物を同定する。
【請求項２３】
該ポリペプチドがMASP-2のCCP-2ドメインおよびセリンプロテアーゼドメインを含む、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
MASP-2が配列番号１のヒトMASP-2またはその機能的ホモログであり、該機能的ホモログが配列番号１と少なくとも70%の配列同一性を有する、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸299-686を含む、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
ポリペプチドが配列番号１のアミノ酸299-686および最大２０アミノ酸、好ましくは約４アミノ酸の追加ペプチドより成る、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
構造座標が、表３に示す座標、または保存されたタンパク質骨格原子に関してそこから1.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標である、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
構造座標が、表４に示す座標、または保存されたタンパク質骨格原子に関してそこから1.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標である、請求項２１または２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
該ポリペプチド上の基質結合部位の3D表示を生成させることおよび該部位に相互作用することができる化合物を選択することを含む、請求項２１記載の方法。
【請求項３０】
基質結合部位がC4結合部位である、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
基質結合部位がC2結合部位である、請求項２９記載の方法。
【請求項３２】
基質結合部位がMASP-2結合部位である、請求項２９記載の方法。
【請求項３３】
基質結合部位がC1阻害物質結合部位である、請求項２９記載の方法。
【請求項３４】
選択された化合物がMASP-2活性の調節物質である、請求項２１記載の方法。
【請求項３５】
選択された化合物がMASP-2活性の阻害物質である、請求項２１記載の方法。
【請求項３６】
選択された化合物がMASP-2活性の活性化物質または増強物質である、請求項２１記載の方法。
【請求項３７】
さらに以下の工程を含む、請求項２１から３６のいずれかに記載の方法：
i) コンピュータがそのメモリにC1rのセリンプロテアーゼドメインを含む第２のポリペプチドの分子モデルの構造座標を含むコンピュータ読み取り可能データをロードするように、該第２のポリペプチドの三次元表示を該第２のポリペプチドの結晶の構造座標から生成させるためのコンピュータに対する指示を実行する；
i) 該分子モデルから、該第２のポリペプチドと選択した１以上の被検化合物との結合により形成されうる１以上の可能性ある分子複合体を計算する；
ii) 相互作用の程度を示すアウトプットデータを生成させる；
iii) 該第２のポリペプチドと相互作用することができない化合物を選択する。
【請求項３８】
さらに以下の工程を含む、請求項２１から３６のいずれかに記載の方法：
v) コンピュータがそのメモリにC1rのセリンプロテアーゼドメインを含む第２のポリペプチドの分子モデルの構造座標を含むコンピュータ読み取り可能データをロードするように、該第２のポリペプチドの三次元表示を該第２のポリペプチドの結晶の構造座標から作成するためのコンピュータに対する指示を実行する；
i) 該分子モデルから、該第２のポリペプチドと選択した１以上の被検化合物との結合により形成されうる１以上の可能性ある分子複合体を計算する；
ii) 相互作用の程度を示すアウトプットデータを生成させる；
iii) 該第２のポリペプチドと相互作用することができない化合物を選択する。
【請求項３９】
MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドを含む結晶および該ポリペプチドと相互作用することができる少なくとも１つの選択された化合物を調製することをさらに含む、請求項２１から３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
結晶が請求項１３から２０のいずれかに記載の方法により調製される、請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
該結晶の構造が決定される、請求項３９記載の方法。
【請求項４２】
該構造に起因する情報から該ポリペプチドと相互作用することができる別の化合物を調製することをさらに含む、請求項２１から４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
請求項２１から４２のいずれかに記載の方法により同定された、MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150のアミノ酸を含むポリペプチドと相互作用することができる化合物。
【請求項４４】
MASP-2活性を阻害することができる化合物を同定する方法であって、以下の工程を含む方法：
i) 分子または分子複合体の三次元表示を作成するコンピューターシステムを提供する、ここで該コンピューターシステムは、
機械読み取り可能データがコードされたデータ保存マテリアルを含む機械読み取り可能データ保存媒体、ここで該データはMASP-2のCCP-2およびセリンプロテアーゼドメインを含むポリペプチドの構造座標を含む;
該機械読み取り可能データを処理するための指示を保存するためのワーキングメモリ;
該機械読み取り可能データを該三次元表示へと処理するための該ワーキングメモリおよび該機械読み取り可能データ保存媒体につながるセントラルプロセシングユニット；および
三次元表示を表示するための該セントラルプロセシングユニットにつながるディスプレイ、を含む；および
ii) コンピュータがそのメモリに該ポリペプチド上の基質結合部位の分子モデルの構造座標を含むコンピュータ読み取り可能データをロードするように、該基質結合部位の三次元表示を該ポリペプチドの結晶の構造座標から生成させるためのコンピュータに対する指示を実行する；
iii) １以上の被検化合物の分子モデルを生成させる;
iv) 該分子モデルから、該結合部位と該１以上の被検化合物の結合により形成されうる１以上の可能性ある分子複合体を計算する、
v) 相互作用の程度および／またはそのような相互作用の位置および／または配向を示すアウトプットデータを生成させる、
vi) 該結合部位に相互作用することができる化合物を選択し、それによりMASP-2活性の阻害物質を同定する。
【請求項４１】
以下の工程をさらに含む、請求項４４記載の方法：
i) 少なくとも１つの選択された化合物を提供する；
ii) MASP-2を提供する；
ix) 該化合物の存在下および非存在下においてMASP-2活性を測定する；
x) 該化合物の存在下におけるMASP-2活性が非存在下よりも低い化合物を同定する。
【請求項４２】
基質結合部位がC4結合部位である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
基質結合部位がC2結合部位である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
基質結合部位がMASP-2結合部位である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】
基質結合部位がC1阻害物質結合部位である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
MASP-2活性がC4切断である、請求項４４記載の方法。
【請求項４７】
MASP-2が配列番号１のヒトMASP-2またはその機能的ホモログであり、該機能的ホモログが配列番号１に対して少なくとも70%の配列同一性を有する、請求項４４から４６のいずれかに記載の方法。
【請求項４８】
構造座標が、表３に示す座標、または保存されたタンパク質骨格原子に関してそこから1.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
構造座標が、表４に示す座標、または保存されたタンパク質骨格原子に関してそこから1.5 Å以下の二乗平均平方根偏差を有する座標である、請求項４４または４１のいずれかに記載の方法。
【請求項５０】
該MASP-2のセリンプロテアーゼドメインに由来する少なくとも150の連続するアミノ酸を含むポリペプチドを含む結晶および該結合部位に相互作用することができる少なくとも１つの選択された化合物を調製することをさらに含む、請求項４０から４９のいずれかに記載の方法。
【請求項５１】
結晶が請求項１３から２０のいずれかに記載の方法により調製される、請求項５０記載の方法。
【請求項５２】
該結晶の構造が決定される、請求項５１記載の方法。
【請求項５３】
該構造に起因する情報から該結合部位と相互作用することができる別の化合物を調製することをさらに含む、請求項５２記載の方法。
【請求項５４】
請求項４４から５３のいずれかに記載の方法により同定された、MASP-2活性を阻害することができる化合物。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【公表番号】特表２００７−５０４８０５（Ｐ２００７−５０４８０５Ａ）
【公表日】平成１９年３月８日（２００７．３．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５２５０５０（Ｐ２００６−５２５０５０）
【出願日】平成１６年９月６日（２００４．９．６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＤＫ２００４／０００５８９
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０２４０１３
【国際公開日】平成１７年３月１７日（２００５．３．１７）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
２．Ｌｉｎｕｘ
【出願人】（５０４１５４４６９）ナットイムネ・アクティーゼルスカブ (3)
【氏名又は名称原語表記】ＮａｔＩｍｍｕｎｅ Ａ／Ｓ
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年３月８日（２００７．３．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年９月６日（２００４．９．６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＤＫ２００４／０００５８９
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０２４０１３
【国際公開日】平成１７年３月１７日（２００５．３．１７）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
２．Ｌｉｎｕｘ
【出願人】（５０４１５４４６９）ナットイムネ・アクティーゼルスカブ (3)
【氏名又は名称原語表記】ＮａｔＩｍｍｕｎｅ Ａ／Ｓ
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]