PARP仲介疾患を診断および治療する方法
集団由来の複数のサンプル中の差示的に発現される遺伝子(少なくともPARPを含む)の発現レベルを確認し、差示的に発現される遺伝子に対するモジュレータにより処置可能な疾患の確認に関する決定を行う(ここで、決定は差示的に発現される遺伝子の発現レベルに基づいてなされる)ことにより、疾患中で差示的に発現される遺伝子のモジュレータ(少なくともPARPモジュレータを含む)で処置可能な疾患を確認する方法を開示する。本方法は、確認された差示的に発現される遺伝子のモジュレータで対象集団中の疾患を処置することをさらに含み得る。本方法は、疾患で確認された差示的に発現される遺伝子のアップレギュレートされた発現を確認することおよび疾患の処置に関する決定を為すことに関する。疾患で差示的に発現される遺伝子の発現レベルはまた、差示的に発現される遺伝子に対するモジュレータでの処置の有効性を決定するのに有用であり得る。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
PARP仲介疾患の治療を同定する方法であって、集団由来の複数のサンプル中の同定された一パネルの遺伝子(少なくともPARPを含む)の発現レベルを同定し、そして該PARP仲介疾患の治療に関する決定を行うことを含み、ここで該治療決定がパネル中の少なくとも1つの同定された遺伝子の該発現レベルに基づいて行われる、上記方法。
【請求項2】
遺伝子のパネルは、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
遺伝子のパネルは、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
遺伝子のパネルは、PARP、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
発現が、パネル中で測定される、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
発現が、ポリメラーゼ連結反応アッセイを使用して測定される、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
複数のサンプルが、ヒト正常サンプル、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項8】
PARPレベルがアップレギュレートされており、そして治療決定がPARP阻害剤およびパネル中の少なくとも1つのアップレギュレートされた遺伝子の阻害剤を用いて疾患を治療するための決定である、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
治療決定が、PARPアップレギュレートを含む発現のアップレギュレートを示すパネル中の各遺伝子に対する阻害剤を用いて疾患を治療するための決定である、請求項1に記載の方法。
【請求項10】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドールおよびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
PARP阻害剤が4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
方法が、さらに患者、医療提供者または医療管理者に疾患に関する結論を提供することを含み、該結論が決定に基づく、請求項1に記載の方法。
【請求項13】
治療が、経口投与、経粘膜投与、バッカル投与、経鼻投与、吸入、非経口投与、静脈内、皮下、筋肉内、舌下、経皮投与、および直腸投与からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項14】
PARP仲介疾患が、がん、炎症、代謝疾患、CVS疾患、CNS疾患、血液リンパ系の障害、内分泌および神経内分泌の障害、ウイルス感染、尿路の障害、呼吸器系の障害、女性生殖器系の障害ならびに男性生殖器系の障害からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項15】
がんが、結腸腺がん、食道腺がん、肝臓肝細胞がん、扁平上皮がん、膵臓腺がん、島細胞腫、直腸腺がん、消化管間質腫瘍、胃腺がん、副腎皮質細胞がん、濾胞腺がん、乳頭がん、乳がん、腺管がん、小葉がん、腺管内がん、粘液性がん、葉状腫瘍、ユーイング肉腫、卵巣腺がん、子宮内膜腺がん、顆粒膜細胞腫(granulose cell tumor)、ムチン性嚢胞腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、前立腺腺がん、骨の巨細胞腫、骨肉腫、咽頭がん、肺腺がん、腎臓がん、膀胱がん、ウィルムス腫瘍、およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
炎症が、非ホジキンリンパ腫、ウェゲナー肉芽腫症、橋本甲状腺炎、肝細胞がん、慢性膵炎、関節リウマチ、反応性リンパ組織増生、変形性関節炎、潰瘍性大腸炎、および乳頭がんからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項17】
代謝疾患が糖尿病または肥満である、請求項14に記載の方法。
【請求項18】
CVS疾患が、アテローム性動脈硬化症、冠動脈疾患、肉芽腫性心筋炎、慢性心筋炎、心筋梗塞、および特発性肥大型心筋症からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項19】
CNS疾患が、アルツハイマー病、コカイン乱用、統合失調症、およびパーキンソン病からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項20】
血液リンパ系の障害が、非ホジキンリンパ腫、慢性リンパ性白血病、および反応性リンパ組織増生からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項21】
内分泌の障害および神経内分泌の障害が、結節性過形成、橋本甲状腺炎、島細胞腫、および乳頭がんからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項22】
尿路の障害が、腎細胞がん、移行上皮がん、およびウィルムス腫瘍からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項23】
呼吸系の障害が、腺扁平上皮がん、扁平上皮がん、および大細胞がんからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項24】
女性生殖器系の障害が、腺がん、平滑筋腫、ムチン性嚢胞腺がん、および漿液性嚢胞腺がんからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項25】
男性生殖器系の障害が、前立腺がん、良性結節性過形成、およびセミノーマからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項26】
ウイルス感染が、HIV感染、B型肝炎感染症、およびC型肝炎感染症からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項27】
PARP阻害剤治療に感受性の疾患を有する患者の治療に有用な遺伝子を同定する方法であって、
a.少なくとも1つのPARPモジュレータで治療可能な疾患を同定すること(ここで、集団由来の複数のサンプル中のPARPの発現レベルが、対照サンプルと比較して調節されている);
b.複数のサンプル中の遺伝子パネルの発現レベルを決定すること;および
c.該PARP調節と共調節される遺伝子を同定すること(ここで、複数のサンプル中の該共調節遺伝子の発現レベルが、対照サンプルと比較して増加または減少される)を含み;
ここで、該PARP調節と共調節される遺伝子の調節は、PARPモジュレータ治療に感受性の疾患の治療に有用である、上記方法。
【請求項28】
共調節遺伝子は、PARP 、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
PARPモジュレータがPARP阻害剤である、請求項27に記載の方法。
【請求項30】
PARP阻害剤がベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドールおよびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項27に記載の方法。
【請求項32】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項27に記載の方法。
【請求項33】
各共調節遺伝子のmRNAレベルが測定される、請求項27に記載の方法。
【請求項34】
mRNAレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを使用して測定される、請求項33に記載の方法。
【請求項35】
組織サンプルが、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
【請求項36】
疾患が、乳がん、肺がん、子宮内膜がんまたは卵巣がんである、請求項27に記載の方法。
【請求項37】
乳がんがトリプルネガティブ乳がんである、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
PARPモジュレータ治療に感受性の疾患を有する患者を治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARPモジュレータで治療可能な疾患を同定すること(ここで、該疾患を有する患者由来のサンプル中のPARPの発現レベルが、参照サンプルと比較して調節されている);
b.参照サンプルと比較して、該サンプル中の少なくとも1つの共調節遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対するモジュレータで該患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項39】
共調節遺伝子が、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項38に記載の方法。
【請求項40】
共調節遺伝子が、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、UBE2S、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせである、請求項38に記載の方法。
【請求項41】
共調節遺伝子が、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせである、請求項38に記載の方法。
【請求項42】
疾患ががんである、請求項38に記載の方法。
【請求項43】
がんが、結腸腺がん、食道腺がん、肝臓肝細胞がん、扁平上皮がん、膵臓腺がん、島細胞腫、直腸腺がん、消化管間質腫瘍、胃腺がん、副腎皮質細胞がん、濾胞腺がん、乳頭がん、乳がん、腺管がん、小葉がん、腺管内がん、粘液性がん、葉状腫瘍、ユーイング肉腫、卵巣腺がん、子宮内膜腺がん、顆粒膜細胞腫(granulose cell tumor)、ムチン性嚢胞腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、前立腺腺がん、骨の巨細胞腫、骨肉腫、咽頭がん、肺腺がん、腎臓がん、膀胱がん、ウィルムス腫瘍、およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項42に記載の方法。
【請求項44】
PARPの発現レベルおよび共調節遺伝子がアップレギュレートされており、そして治療決定がPARPおよび該共調節遺伝子に対する阻害剤で疾患を治療することである、請求項38に記載の方法。
【請求項45】
PARPの発現レベルおよび共調節遺伝子がダウンレギュレートされており、そして治療決定が、PARPおよび該共調節遺伝子に対する阻害剤で疾患を治療しないことの決定である、請求項38に記載の方法。
【請求項46】
PARPモジュレータが PARP阻害剤である、請求項38に記載の方法。
【請求項47】
PARP阻害剤がベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項46に記載の方法。
【請求項48】
PARP阻害剤が4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項47に記載の方法。
【請求項49】
少なくとも1つのPARPモジュレータおよび少なくとも1つの共調節遺伝子に対する少なくとも1つのモジュレータで治療可能な疾患に関する、集団由来の複数のサンプルの分析結果の伝達に適したコンピューター読み取り可能媒体であって;該情報が、該各々の複数のサンプル中のPARPのレベルおよび共調節遺伝子を同定し、そして該PARPモジュレータおよび該少なくとも1つの共調節遺伝子に対するモジュレータによって上記疾患を治療することに関して該PARPのレベルおよび該共調節遺伝子のレベルに基づいて決定を行なうことにより誘導される、コンピューター読み取り可能媒体。
【請求項50】
少なくとも1段階がコンピューターを用いて実行される、請求項49に記載の方法。
【請求項51】
疾患を治療する方法であって、
a.該疾患を患っている患者由来の複数のサンプルを備えること;
b.参照サンプルと比較して、各サンプル中で調節された少なくとも1つの遺伝子を同定すること;
c.同定された調節遺伝子に対するモジュレータおよびPARPモジュレータで該疾患を有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項52】
調節遺伝子が、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項51に記載の方法。
【請求項53】
PARPモジュレータがPARP阻害剤である、請求項51に記載の方法。
【請求項54】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドールおよびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項53に記載の方法。
【請求項55】
調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項51に記載の方法。
【請求項56】
調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項51に記載の方法。
【請求項57】
各共調節遺伝子のmRNAレベルが測定される、請求項51に記載の方法。
【請求項58】
mRNAレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを使用して測定される、請求項57に記載の方法。
【請求項59】
組織サンプルが、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項51に記載の方法。
【請求項60】
疾患が、乳がん、肺がん、子宮内膜がんまたは卵巣がんである、請求項51に記載の方法。
【請求項61】
乳がんがトリプルネガティブ乳がんである、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
PARPモジュレータ治療に感受性の疾患を治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARPモジュレータで治療可能な疾患を同定すること(ここで、複数のサンプル中のPARPの発現レベルが、参照サンプルと比較して調節されている);
b.参照サンプルと比較して、該複数のサンプル中の少なくとも1つの共調節遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対するモジュレータで該疾患を有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項63】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項62に記載の方法。
【請求項64】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項62に記載の方法。
【請求項65】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項62に記載の方法。
【請求項66】
疾患ががんである、請求項62に記載の方法。
【請求項67】
がんが、結腸腺がん、食道腺がん、肝臓肝細胞がん、扁平上皮がん、膵臓腺がん、島細胞腫、直腸腺がん、消化管間質腫瘍、胃腺がん、副腎皮質細胞がん、濾胞腺がん、乳頭がん、乳がん、腺管がん、小葉がん、腺管内がん、粘液性がん、葉状腫瘍、ユーイング肉腫、卵巣腺がん、子宮内膜腺がん、顆粒膜細胞腫(granulose cell tumor)、ムチン性嚢胞腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、前立腺腺がん、骨の巨細胞腫、骨肉腫、咽頭がん、肺腺がん、腎臓がん、膀胱がん、ウィルムス腫瘍、およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項66に記載の方法。
【請求項68】
がんが、乳がん、肺がん、子宮内膜がんまたは卵巣がんである、請求項66に記載の方法。
【請求項69】
乳がんがトリプルネガティブ乳がんである、請求項68に記載の方法。
【請求項70】
PARPの発現レベルおよび共調節遺伝子がアップレギュレートされており、そして治療決定がPARPおよび該共調節遺伝子に対する阻害剤で疾患を治療することである、請求項62に記載の方法。
【請求項71】
PARPの発現レベル および共調節遺伝子がダウンレギュレートされており、そして治療決定が、PARPおよび該共調節遺伝子に対する阻害剤で疾患を治療しないことの決定である、請求項62に記載の方法。
【請求項72】
PARPモジュレータが PARP阻害剤である、請求項62に記載の方法。
【請求項73】
PARP阻害剤がベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項70に記載の方法。
【請求項74】
PARP阻害剤が4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項70に記載の方法。
【請求項75】
PARP阻害剤治療に感受性のがんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能ながんを同定すること(ここで、複数のがんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該がんを有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項76】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項75に記載の方法。
【請求項77】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項75に記載の方法。
【請求項78】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項75に記載の方法。
【請求項79】
がんが、結腸腺がん、食道腺がん、肝臓肝細胞がん、扁平上皮がん、膵臓腺がん、島細胞腫、直腸腺がん、消化管間質腫瘍、胃腺がん、副腎皮質細胞がん、濾胞腺がん、乳頭がん、乳がん、腺管がん、小葉がん、腺管内がん、粘液性がん、葉状腫瘍、ユーイング肉腫、卵巣腺がん、子宮内膜腺がん、顆粒膜細胞腫(granulose cell tumor)、ムチン性嚢胞腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、前立腺腺がん、骨の巨細胞腫、骨肉腫、咽頭がん、肺腺がん、腎臓がん、膀胱がん、ウィルムス腫瘍、およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項75に記載の方法。
【請求項80】
PARP阻害剤がベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項75に記載の方法。
【請求項81】
PARP阻害剤が4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項75に記載の方法。
【請求項82】
PARP阻害剤治療に感受性の乳がんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能な乳がんを同定すること(ここで、複数の乳がんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該乳がんを有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項83】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項82に記載の方法。
【請求項84】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項82に記載の方法。
【請求項85】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項82に記載の方法。
【請求項86】
乳がんが、リンパ腫、がん腫、ホルモン依存性腫瘍、小細胞がん、腺管がん、浸潤性腺管がん、乳腺浸潤性小葉がん、腺管および小葉混合型の浸潤性がんならびに転移性浸潤性腺管がんからなる群から選択される、請求項82に記載の方法。
【請求項87】
乳がんがトリプルネガティブ乳がんである、請求項82に記載の方法。
【請求項88】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項82に記載の方法。
【請求項89】
PARP阻害剤が、4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項82に記載の方法。
【請求項90】
PARP阻害剤治療に感受性の肺がんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能な肺がんを同定すること(ここで、複数の肺がんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該肺がんを有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項91】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項90に記載の方法。
【請求項92】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項90に記載の方法。
【請求項93】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項90に記載の方法。
【請求項94】
肺がんが、肺腺がん、小細胞がん、非小細胞がん、扁平上皮がんおよび大細胞がんからなる群から選択される、請求項90に記載の方法。
【請求項95】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項90に記載の方法。
【請求項96】
PARP阻害剤が、4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項90に記載の方法。
【請求項97】
PARP阻害剤治療に感受性の子宮内膜がんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能な子宮内膜がんを同定すること(ここで、複数の子宮内膜がんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該患者を治療すること
を含む、上記方法。
【請求項98】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項97に記載の方法。
【請求項99】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項97に記載の方法。
【請求項100】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項97に記載の方法。
【請求項101】
子宮内膜がんが、子宮内膜腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、子宮がん、がん腫およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項97に記載の方法。
【請求項102】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項97に記載の方法。
【請求項103】
PARP阻害剤が、4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項97に記載の方法。
【請求項104】
PARP阻害剤治療に感受性の卵巣がんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能な卵巣がんを同定すること(ここで、複数の卵巣がんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該患者を治療すること
を含む、上記方法。
【請求項105】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項104に記載の方法。
【請求項106】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項104に記載の方法。
【請求項107】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項104に記載の方法。
【請求項108】
卵巣がんが、リンパ腫、がん腫、ホルモン依存性腫瘍、濾胞腺がん、卵巣腺がん、卵巣がん、および卵胞の固形腫瘍からなる群から選択される、請求項104に記載の方法。
【請求項109】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項104に記載の方法。
【請求項110】
PARP阻害剤が、4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項104に記載の方法。
【請求項111】
疾患を診断および病期診断するためのキットであって、
a.組織サンプル中のPARPの発現レベルを測定するための手段;
b.PARPと共調節されるとして予め同定された遺伝子の発現レベルを測定するための手段;および
c.PARPおよび共調節遺伝子の該発現レベルを参照サンプルと比較することを含み、ここで、参照サンプルと比較して、発現レベルが疾患の存在または病期の指標である、上記キット。
【請求項112】
PARPのアップレギュレートが、疾患の存在の指標である、請求項111に記載のキット。
【請求項113】
PARPおよび少なくとも1つの共調節遺伝子のアップレギュレートが、疾患の存在の指標である、請求項111に記載のキット。
【請求項114】
組織サンプルが、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項111に記載の方法。
【請求項115】
各共調節遺伝子のmRNAレベルが測定される、請求項111に記載のキット。
【請求項116】
mRNAレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを使用して測定される、請求項111に記載のキット。
【請求項117】
PARP阻害剤に感受性の疾患を治療するためのキットであって、
a.組織サンプル中のPARPの発現レベルを測定するための手段(ここで、参照サンプルと比較して、PARPの発現レベルの増加が、PARP阻害剤に感受性の疾患の指標である);
b.PARPと共調節されるとして予め同定された遺伝子の発現レベルを測定するための手段(ここで、該共調節遺伝子の発現の増加が、該疾患の治療における該共調節遺伝子に対する阻害剤の使用の指標である);および
c.該疾患を治療するためのPARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤を含む、キット。
【請求項118】
組織サンプルが、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項117に記載のキット。
【請求項119】
各共調節遺伝子のmRNAレベルが測定される、請求項117に記載のキット。
【請求項120】
mRNAレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを使用して測定される、請求項117に記載のキット。
【請求項121】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項117に記載のキット。
【請求項122】
PARP阻害剤が、4−ヨード、3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項117に記載のキット。
【請求項1】
PARP仲介疾患の治療を同定する方法であって、集団由来の複数のサンプル中の同定された一パネルの遺伝子(少なくともPARPを含む)の発現レベルを同定し、そして該PARP仲介疾患の治療に関する決定を行うことを含み、ここで該治療決定がパネル中の少なくとも1つの同定された遺伝子の該発現レベルに基づいて行われる、上記方法。
【請求項2】
遺伝子のパネルは、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
遺伝子のパネルは、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
遺伝子のパネルは、PARP、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
発現が、パネル中で測定される、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
発現が、ポリメラーゼ連結反応アッセイを使用して測定される、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
複数のサンプルが、ヒト正常サンプル、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項8】
PARPレベルがアップレギュレートされており、そして治療決定がPARP阻害剤およびパネル中の少なくとも1つのアップレギュレートされた遺伝子の阻害剤を用いて疾患を治療するための決定である、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
治療決定が、PARPアップレギュレートを含む発現のアップレギュレートを示すパネル中の各遺伝子に対する阻害剤を用いて疾患を治療するための決定である、請求項1に記載の方法。
【請求項10】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドールおよびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
PARP阻害剤が4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
方法が、さらに患者、医療提供者または医療管理者に疾患に関する結論を提供することを含み、該結論が決定に基づく、請求項1に記載の方法。
【請求項13】
治療が、経口投与、経粘膜投与、バッカル投与、経鼻投与、吸入、非経口投与、静脈内、皮下、筋肉内、舌下、経皮投与、および直腸投与からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項14】
PARP仲介疾患が、がん、炎症、代謝疾患、CVS疾患、CNS疾患、血液リンパ系の障害、内分泌および神経内分泌の障害、ウイルス感染、尿路の障害、呼吸器系の障害、女性生殖器系の障害ならびに男性生殖器系の障害からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項15】
がんが、結腸腺がん、食道腺がん、肝臓肝細胞がん、扁平上皮がん、膵臓腺がん、島細胞腫、直腸腺がん、消化管間質腫瘍、胃腺がん、副腎皮質細胞がん、濾胞腺がん、乳頭がん、乳がん、腺管がん、小葉がん、腺管内がん、粘液性がん、葉状腫瘍、ユーイング肉腫、卵巣腺がん、子宮内膜腺がん、顆粒膜細胞腫(granulose cell tumor)、ムチン性嚢胞腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、前立腺腺がん、骨の巨細胞腫、骨肉腫、咽頭がん、肺腺がん、腎臓がん、膀胱がん、ウィルムス腫瘍、およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
炎症が、非ホジキンリンパ腫、ウェゲナー肉芽腫症、橋本甲状腺炎、肝細胞がん、慢性膵炎、関節リウマチ、反応性リンパ組織増生、変形性関節炎、潰瘍性大腸炎、および乳頭がんからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項17】
代謝疾患が糖尿病または肥満である、請求項14に記載の方法。
【請求項18】
CVS疾患が、アテローム性動脈硬化症、冠動脈疾患、肉芽腫性心筋炎、慢性心筋炎、心筋梗塞、および特発性肥大型心筋症からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項19】
CNS疾患が、アルツハイマー病、コカイン乱用、統合失調症、およびパーキンソン病からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項20】
血液リンパ系の障害が、非ホジキンリンパ腫、慢性リンパ性白血病、および反応性リンパ組織増生からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項21】
内分泌の障害および神経内分泌の障害が、結節性過形成、橋本甲状腺炎、島細胞腫、および乳頭がんからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項22】
尿路の障害が、腎細胞がん、移行上皮がん、およびウィルムス腫瘍からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項23】
呼吸系の障害が、腺扁平上皮がん、扁平上皮がん、および大細胞がんからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項24】
女性生殖器系の障害が、腺がん、平滑筋腫、ムチン性嚢胞腺がん、および漿液性嚢胞腺がんからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項25】
男性生殖器系の障害が、前立腺がん、良性結節性過形成、およびセミノーマからなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項26】
ウイルス感染が、HIV感染、B型肝炎感染症、およびC型肝炎感染症からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項27】
PARP阻害剤治療に感受性の疾患を有する患者の治療に有用な遺伝子を同定する方法であって、
a.少なくとも1つのPARPモジュレータで治療可能な疾患を同定すること(ここで、集団由来の複数のサンプル中のPARPの発現レベルが、対照サンプルと比較して調節されている);
b.複数のサンプル中の遺伝子パネルの発現レベルを決定すること;および
c.該PARP調節と共調節される遺伝子を同定すること(ここで、複数のサンプル中の該共調節遺伝子の発現レベルが、対照サンプルと比較して増加または減少される)を含み;
ここで、該PARP調節と共調節される遺伝子の調節は、PARPモジュレータ治療に感受性の疾患の治療に有用である、上記方法。
【請求項28】
共調節遺伝子は、PARP 、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
PARPモジュレータがPARP阻害剤である、請求項27に記載の方法。
【請求項30】
PARP阻害剤がベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドールおよびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項27に記載の方法。
【請求項32】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項27に記載の方法。
【請求項33】
各共調節遺伝子のmRNAレベルが測定される、請求項27に記載の方法。
【請求項34】
mRNAレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを使用して測定される、請求項33に記載の方法。
【請求項35】
組織サンプルが、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項27に記載の方法。
【請求項36】
疾患が、乳がん、肺がん、子宮内膜がんまたは卵巣がんである、請求項27に記載の方法。
【請求項37】
乳がんがトリプルネガティブ乳がんである、請求項36に記載の方法。
【請求項38】
PARPモジュレータ治療に感受性の疾患を有する患者を治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARPモジュレータで治療可能な疾患を同定すること(ここで、該疾患を有する患者由来のサンプル中のPARPの発現レベルが、参照サンプルと比較して調節されている);
b.参照サンプルと比較して、該サンプル中の少なくとも1つの共調節遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対するモジュレータで該患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項39】
共調節遺伝子が、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項38に記載の方法。
【請求項40】
共調節遺伝子が、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、UBE2S、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせである、請求項38に記載の方法。
【請求項41】
共調節遺伝子が、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせである、請求項38に記載の方法。
【請求項42】
疾患ががんである、請求項38に記載の方法。
【請求項43】
がんが、結腸腺がん、食道腺がん、肝臓肝細胞がん、扁平上皮がん、膵臓腺がん、島細胞腫、直腸腺がん、消化管間質腫瘍、胃腺がん、副腎皮質細胞がん、濾胞腺がん、乳頭がん、乳がん、腺管がん、小葉がん、腺管内がん、粘液性がん、葉状腫瘍、ユーイング肉腫、卵巣腺がん、子宮内膜腺がん、顆粒膜細胞腫(granulose cell tumor)、ムチン性嚢胞腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、前立腺腺がん、骨の巨細胞腫、骨肉腫、咽頭がん、肺腺がん、腎臓がん、膀胱がん、ウィルムス腫瘍、およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項42に記載の方法。
【請求項44】
PARPの発現レベルおよび共調節遺伝子がアップレギュレートされており、そして治療決定がPARPおよび該共調節遺伝子に対する阻害剤で疾患を治療することである、請求項38に記載の方法。
【請求項45】
PARPの発現レベルおよび共調節遺伝子がダウンレギュレートされており、そして治療決定が、PARPおよび該共調節遺伝子に対する阻害剤で疾患を治療しないことの決定である、請求項38に記載の方法。
【請求項46】
PARPモジュレータが PARP阻害剤である、請求項38に記載の方法。
【請求項47】
PARP阻害剤がベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項46に記載の方法。
【請求項48】
PARP阻害剤が4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項47に記載の方法。
【請求項49】
少なくとも1つのPARPモジュレータおよび少なくとも1つの共調節遺伝子に対する少なくとも1つのモジュレータで治療可能な疾患に関する、集団由来の複数のサンプルの分析結果の伝達に適したコンピューター読み取り可能媒体であって;該情報が、該各々の複数のサンプル中のPARPのレベルおよび共調節遺伝子を同定し、そして該PARPモジュレータおよび該少なくとも1つの共調節遺伝子に対するモジュレータによって上記疾患を治療することに関して該PARPのレベルおよび該共調節遺伝子のレベルに基づいて決定を行なうことにより誘導される、コンピューター読み取り可能媒体。
【請求項50】
少なくとも1段階がコンピューターを用いて実行される、請求項49に記載の方法。
【請求項51】
疾患を治療する方法であって、
a.該疾患を患っている患者由来の複数のサンプルを備えること;
b.参照サンプルと比較して、各サンプル中で調節された少なくとも1つの遺伝子を同定すること;
c.同定された調節遺伝子に対するモジュレータおよびPARPモジュレータで該疾患を有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項52】
調節遺伝子が、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項51に記載の方法。
【請求項53】
PARPモジュレータがPARP阻害剤である、請求項51に記載の方法。
【請求項54】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドールおよびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項53に記載の方法。
【請求項55】
調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項51に記載の方法。
【請求項56】
調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項51に記載の方法。
【請求項57】
各共調節遺伝子のmRNAレベルが測定される、請求項51に記載の方法。
【請求項58】
mRNAレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを使用して測定される、請求項57に記載の方法。
【請求項59】
組織サンプルが、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項51に記載の方法。
【請求項60】
疾患が、乳がん、肺がん、子宮内膜がんまたは卵巣がんである、請求項51に記載の方法。
【請求項61】
乳がんがトリプルネガティブ乳がんである、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
PARPモジュレータ治療に感受性の疾患を治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARPモジュレータで治療可能な疾患を同定すること(ここで、複数のサンプル中のPARPの発現レベルが、参照サンプルと比較して調節されている);
b.参照サンプルと比較して、該複数のサンプル中の少なくとも1つの共調節遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対するモジュレータで該疾患を有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項63】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項62に記載の方法。
【請求項64】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項62に記載の方法。
【請求項65】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項62に記載の方法。
【請求項66】
疾患ががんである、請求項62に記載の方法。
【請求項67】
がんが、結腸腺がん、食道腺がん、肝臓肝細胞がん、扁平上皮がん、膵臓腺がん、島細胞腫、直腸腺がん、消化管間質腫瘍、胃腺がん、副腎皮質細胞がん、濾胞腺がん、乳頭がん、乳がん、腺管がん、小葉がん、腺管内がん、粘液性がん、葉状腫瘍、ユーイング肉腫、卵巣腺がん、子宮内膜腺がん、顆粒膜細胞腫(granulose cell tumor)、ムチン性嚢胞腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、前立腺腺がん、骨の巨細胞腫、骨肉腫、咽頭がん、肺腺がん、腎臓がん、膀胱がん、ウィルムス腫瘍、およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項66に記載の方法。
【請求項68】
がんが、乳がん、肺がん、子宮内膜がんまたは卵巣がんである、請求項66に記載の方法。
【請求項69】
乳がんがトリプルネガティブ乳がんである、請求項68に記載の方法。
【請求項70】
PARPの発現レベルおよび共調節遺伝子がアップレギュレートされており、そして治療決定がPARPおよび該共調節遺伝子に対する阻害剤で疾患を治療することである、請求項62に記載の方法。
【請求項71】
PARPの発現レベル および共調節遺伝子がダウンレギュレートされており、そして治療決定が、PARPおよび該共調節遺伝子に対する阻害剤で疾患を治療しないことの決定である、請求項62に記載の方法。
【請求項72】
PARPモジュレータが PARP阻害剤である、請求項62に記載の方法。
【請求項73】
PARP阻害剤がベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項70に記載の方法。
【請求項74】
PARP阻害剤が4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項70に記載の方法。
【請求項75】
PARP阻害剤治療に感受性のがんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能ながんを同定すること(ここで、複数のがんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該がんを有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項76】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項75に記載の方法。
【請求項77】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項75に記載の方法。
【請求項78】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項75に記載の方法。
【請求項79】
がんが、結腸腺がん、食道腺がん、肝臓肝細胞がん、扁平上皮がん、膵臓腺がん、島細胞腫、直腸腺がん、消化管間質腫瘍、胃腺がん、副腎皮質細胞がん、濾胞腺がん、乳頭がん、乳がん、腺管がん、小葉がん、腺管内がん、粘液性がん、葉状腫瘍、ユーイング肉腫、卵巣腺がん、子宮内膜腺がん、顆粒膜細胞腫(granulose cell tumor)、ムチン性嚢胞腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、前立腺腺がん、骨の巨細胞腫、骨肉腫、咽頭がん、肺腺がん、腎臓がん、膀胱がん、ウィルムス腫瘍、およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項75に記載の方法。
【請求項80】
PARP阻害剤がベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項75に記載の方法。
【請求項81】
PARP阻害剤が4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項75に記載の方法。
【請求項82】
PARP阻害剤治療に感受性の乳がんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能な乳がんを同定すること(ここで、複数の乳がんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該乳がんを有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項83】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項82に記載の方法。
【請求項84】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項82に記載の方法。
【請求項85】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項82に記載の方法。
【請求項86】
乳がんが、リンパ腫、がん腫、ホルモン依存性腫瘍、小細胞がん、腺管がん、浸潤性腺管がん、乳腺浸潤性小葉がん、腺管および小葉混合型の浸潤性がんならびに転移性浸潤性腺管がんからなる群から選択される、請求項82に記載の方法。
【請求項87】
乳がんがトリプルネガティブ乳がんである、請求項82に記載の方法。
【請求項88】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項82に記載の方法。
【請求項89】
PARP阻害剤が、4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項82に記載の方法。
【請求項90】
PARP阻害剤治療に感受性の肺がんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能な肺がんを同定すること(ここで、複数の肺がんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該肺がんを有する患者を治療することを含む、上記方法。
【請求項91】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項90に記載の方法。
【請求項92】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項90に記載の方法。
【請求項93】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項90に記載の方法。
【請求項94】
肺がんが、肺腺がん、小細胞がん、非小細胞がん、扁平上皮がんおよび大細胞がんからなる群から選択される、請求項90に記載の方法。
【請求項95】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項90に記載の方法。
【請求項96】
PARP阻害剤が、4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項90に記載の方法。
【請求項97】
PARP阻害剤治療に感受性の子宮内膜がんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能な子宮内膜がんを同定すること(ここで、複数の子宮内膜がんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該患者を治療すること
を含む、上記方法。
【請求項98】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項97に記載の方法。
【請求項99】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項97に記載の方法。
【請求項100】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項97に記載の方法。
【請求項101】
子宮内膜がんが、子宮内膜腺がん、子宮頸部腺がん、外陰扁平上皮がん、基底細胞がん、子宮がん、がん腫およびリンパ腫からなる群から選択される、請求項97に記載の方法。
【請求項102】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項97に記載の方法。
【請求項103】
PARP阻害剤が、4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項97に記載の方法。
【請求項104】
PARP阻害剤治療に感受性の卵巣がんを治療する方法であって、
a.少なくとも1つのPARP阻害剤で治療可能な卵巣がんを同定すること(ここで、複数の卵巣がんサンプル中のPARPの発現レベルがアップレギュレートされている);
b.該複数のサンプル中の少なくとも1つの共アップレギュレート遺伝子を同定すること;
c.PARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤で該患者を治療すること
を含む、上記方法。
【請求項105】
共調節遺伝子は、PARP、IGF1受容体、またはEGFR経路中で発現される遺伝子を含む、請求項104に記載の方法。
【請求項106】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、ALOX5、ALPL、ANP32E、AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP−19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATP1B1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI−90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMKOR1、CNDP2、CPD、CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、ELOVL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBXO45、FBXO7、FLJ23091、FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HYOU1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP−1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、MKNK2.MLPH、MOBK1B、MOBKL1A、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQO1、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY−REN−41、ODC1、OLR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD1、PLOD2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、PON2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、RHOBTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA−KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、TIAM1、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、TOX、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、UGDH、UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項104に記載の方法。
【請求項107】
共調節遺伝子は、IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETS1、MMP−1、MMP−3、MMP−9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、ファルネシル転移酵素、UBE2S、またはそれらの組み合わせを含む、請求項104に記載の方法。
【請求項108】
卵巣がんが、リンパ腫、がん腫、ホルモン依存性腫瘍、濾胞腺がん、卵巣腺がん、卵巣がん、および卵胞の固形腫瘍からなる群から選択される、請求項104に記載の方法。
【請求項109】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項104に記載の方法。
【請求項110】
PARP阻害剤が、4−ヨード,3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項104に記載の方法。
【請求項111】
疾患を診断および病期診断するためのキットであって、
a.組織サンプル中のPARPの発現レベルを測定するための手段;
b.PARPと共調節されるとして予め同定された遺伝子の発現レベルを測定するための手段;および
c.PARPおよび共調節遺伝子の該発現レベルを参照サンプルと比較することを含み、ここで、参照サンプルと比較して、発現レベルが疾患の存在または病期の指標である、上記キット。
【請求項112】
PARPのアップレギュレートが、疾患の存在の指標である、請求項111に記載のキット。
【請求項113】
PARPおよび少なくとも1つの共調節遺伝子のアップレギュレートが、疾患の存在の指標である、請求項111に記載のキット。
【請求項114】
組織サンプルが、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項111に記載の方法。
【請求項115】
各共調節遺伝子のmRNAレベルが測定される、請求項111に記載のキット。
【請求項116】
mRNAレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを使用して測定される、請求項111に記載のキット。
【請求項117】
PARP阻害剤に感受性の疾患を治療するためのキットであって、
a.組織サンプル中のPARPの発現レベルを測定するための手段(ここで、参照サンプルと比較して、PARPの発現レベルの増加が、PARP阻害剤に感受性の疾患の指標である);
b.PARPと共調節されるとして予め同定された遺伝子の発現レベルを測定するための手段(ここで、該共調節遺伝子の発現の増加が、該疾患の治療における該共調節遺伝子に対する阻害剤の使用の指標である);および
c.該疾患を治療するためのPARPおよび共調節遺伝子に対する阻害剤を含む、キット。
【請求項118】
組織サンプルが、腫瘍サンプル、毛髪、血液、細胞、組織、器官、脳組織、血液、血清、痰、唾液、血漿、乳頭アスピラント、滑液、脳脊髄液、汗、尿、糞便、膵液、骨梁液、脳脊髄液、涙、気管支洗浄液、ぬぐい液、気管支アスピラント、精液、前立腺液、前頸部液、膣液、および射精前液からなる群から選択される、請求項117に記載のキット。
【請求項119】
各共調節遺伝子のmRNAレベルが測定される、請求項117に記載のキット。
【請求項120】
mRNAレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応アッセイを使用して測定される、請求項117に記載のキット。
【請求項121】
PARP阻害剤が、ベンズアミド、キノロン、イソキノロン、ベンゾピロン、環状ベンズアミド、ベンゾイミダゾール、インドール、およびそれらの薬学的塩、溶媒和物、異性体、互変異性体、代謝物、アナログ、またはプロドラッグからなる群から選択される、請求項117に記載のキット。
【請求項122】
PARP阻害剤が、4−ヨード、3−ニトロベンズアミドまたはその代謝物である、請求項117に記載のキット。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19A】
【図19B】
【図20】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19A】
【図19B】
【図20】
【公表番号】特表2011−521618(P2011−521618A)
【公表日】平成23年7月28日(2011.7.28)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−545281(P2010−545281)
【出願日】平成21年2月4日(2009.2.4)
【国際出願番号】PCT/US2009/033117
【国際公開番号】WO2009/100159
【国際公開日】平成21年8月13日(2009.8.13)
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.WINDOWS
2.フロッピー
【出願人】(507401258)バイパー サイエンシズ,インコーポレイティド (13)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成23年7月28日(2011.7.28)
【国際特許分類】
【出願日】平成21年2月4日(2009.2.4)
【国際出願番号】PCT/US2009/033117
【国際公開番号】WO2009/100159
【国際公開日】平成21年8月13日(2009.8.13)
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.WINDOWS
2.フロッピー
【出願人】(507401258)バイパー サイエンシズ,インコーポレイティド (13)
【Fターム(参考)】
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