ＰＲＤＭ１１の変更された発現に関連する癌における新規組成物および方法
【課題】癌（特に発癌および乳癌）に関係する配列を提供する。
【解決手段】癌腫（特に乳癌）の診断および処置における使用に関する新規配列に関する。さらに、スクリーニング法において使用するための新規組成物の使用を記載する。本発明は、癌におけるＰＲＤＭ１１の変更された発現に関連する組成物および方法を提供する。薬剤候補をスクリーニングする方法が提供され、該方法は、以下：ａ）特定の配列またはそのフラグメントからなる群より選択された核酸配列を含む、癌関連性（ＣＡ）遺伝子を発現する細胞を提供する工程；ｂ）薬剤候補を該細胞に添加する工程；およびｃ）該ＣＡ遺伝子の発現における該薬剤候補の効果を決定する工程、を包含する。
【解決手段】癌腫（特に乳癌）の診断および処置における使用に関する新規配列に関する。さらに、スクリーニング法において使用するための新規組成物の使用を記載する。本発明は、癌におけるＰＲＤＭ１１の変更された発現に関連する組成物および方法を提供する。薬剤候補をスクリーニングする方法が提供され、該方法は、以下：ａ）特定の配列またはそのフラグメントからなる群より選択された核酸配列を含む、癌関連性（ＣＡ）遺伝子を発現する細胞を提供する工程；ｂ）薬剤候補を該細胞に添加する工程；およびｃ）該ＣＡ遺伝子の発現における該薬剤候補の効果を決定する工程、を包含する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願の引用）
本出願は、米国特許出願第１０／０３４，６５０号（２００１年１１月２０日出願）同
第０９／７４７，３７７号（２０００年１２月２２日出願）、および同第０９／７９８，
５８６号（２００１年３月２日出願）という出願の継続出願であり、これら全ての出願は
、本明細書中に参考として特に援用される。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、癌（特に乳癌を含む癌腫）の診断および処置における使用のための新規配列
、ならびにスクリーニング方法における新規組成物の使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景）
癌遺伝子は、癌を生じさせ得る遺伝子である。発癌は、広範な種々の機構（細胞の、癌
遺伝子を含むウイルスによる感染、宿主ゲノムにおける癌原遺伝子の活性化、および癌原
遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の変異を含む）によって、起こり得る。
【０００４】
動物の癌と同様、ヒト癌に関係することが公知である、多くのウイルスが存在する。こ
こで特に興味深いのは、それ自体に癌遺伝子を含まないウイルスである；これは、遅性ト
ランスフォーミングレトロウイルス（ｓｌｏｗ−ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ ｒｅｔｒｏ
ｖｉｒｕｓ）である。これは、宿主ゲノム内への組込みおよび種々の方法（プロモーター
挿入、エンハンサー挿入、および／または癌原遺伝子もしくは腫瘍抑制遺伝子の切断を含
む）で近隣の癌原遺伝子に影響することにより、腫瘍を誘導する。挿入部位またはその近
くにおける配列の分析は、多くの新たな癌原遺伝子の同定に導いた。
【０００５】
リンパ腫および白血病に関して、マウス白血病レトロウイルス（ＭｕＬＶ）（例えば、ＳＬ３−３またはＡｋｖなど）は、感染しやすい新生児マウスに接種される場合か、または生殖系列内に運ばれる場合、腫瘍の強力な誘発因子である。多くの配列が、リンパ腫および白血病の誘発において、挿入部位の分析により、関連する配列として同定されている；以下を参照のこと：非特許文献１；非特許文献２；；非特許文献３；非特許文献４；および非特許文献５；これらの全ては、本明細書中で参考として明白に援用される。
【０００６】
さらに、乳癌は、女性に罹患する最も重大な疾患のうちの１つである。現在の割合では
、米国人女性が９５歳までに乳癌を発症する危険性は、８人に１人である（Ａｍｅｒｉｃ
ａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ，１９９２）。後の段階での乳癌の処置は、効果が
なく効力がない（ｄｉｓｆｉｇｕｒｉｎｇ）ことがしばしばであり、このことが、この疾
患の医療的管理において、早期検出を最優先にしている。
【０００７】
ＰＲＤＭ１１は、最近説明されたタンパク質である。ＰＲＤＭ１１は、ヒト転写因子Ｐ
ＲＤＭ４の領域と低類似性の領域を含む。しかし、その生理学的機能は未だ分かっていな
い。以下に実証されるように、ＰＲＤＭ１１コーディング配列を中断する変異が癌におい
て生じる。さらに、ＰＲＤＭ１１の変更された発現は、癌（特に、乳癌）と関連する。
【０００８】
従って、癌（特に発癌および乳癌）に関係する配列を提供することが、本発明の目的で
ある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｓｏｒｅｎｓｅｎら，Ｊ．ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７４：２１６１（２０００）
【非特許文献２】Ｈａｎｓｅｎら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０（２）：２３７−４３（２０００）
【非特許文献３】Ｓｏｒｅｎｓｅｎら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７０：４０６３（１９９６）
【非特許文献４】Ｓｏｒｅｎｓｅｎら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ６７：７１１８（１９９３）
【非特許文献５】Ｊｏｏｓｔｅｎら，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２６８：３０８（２０００）
【非特許文献６】Ｌｉら，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２３：３４８（１９９９）
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
（発明の要旨）
上で概略を述べた目的に従い、本発明は、癌腫（特に乳癌）を調節する組成物のスクリ
ーニングの方法を提供する。本明細書中で、細胞（好ましくは乳癌）の増殖を阻害する方
法もまた、提供される。癌腫を処置する方法（診断を含む）もまた、本明細書中で提供さ
れる。
【００１１】
一局面において、薬物候補をスクリーニングする方法は、ＰＲＤＭ１１のような癌腫関
連遺伝子（ＣＡ遺伝子）またはそのフラグメントを発現する細胞を提供する工程を包含す
る。ＣＡ遺伝子の好ましい実施形態は、癌細胞（好ましくはリンパ細胞、胸部細胞、前立
腺細胞および上皮細胞）において、他の細胞と比較して異なって発現される遺伝子である
。本明細書中の方法において使用されるＣＡ遺伝子の好ましい実施形態としては、表１か
ら選択される核酸が挙げられるが、これらに限定されない。この方法は、細胞へ薬物候補
を添加する工程、およびＣＡ遺伝子の発現に対する薬物候補の効果を決定する工程を、さ
らに包含する。
【００１２】
一実施形態において、薬物候補をスクリーニングする方法は、薬物候補の非存在下にお
ける発現のレベルを、薬物候補の存在における発現のレベルと比較する工程を包含する。
【００１３】
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）に結合し得る生物活性剤をスクリーニングする方法もまた、
本明細書中で提供され、この方法は、ＣＡＰおよび候補生物活性剤を合わせる工程、およ
び候補薬剤のＣＡＰへの結合を決定する工程を包含する。
【００１４】
ＣＡＰの活性を調節し得る生物活性剤をスクリーニングする方法が、本明細書中でさら
に提供される。一実施形態において、この方法は、ＣＡＰおよび候補生物活性剤を合わせ
る工程、およびＣＡＰの生物活性における薬物候補の効果を決定する工程を、包含する。
【００１５】
患者に薬物を投与する工程、および患者から細胞サンプルを採取する工程を包含する、
候補癌腫薬物の効果を評価する方法もまた、提供される。細胞の発現プロファイルが、次
いで、決定される。この方法は、患者の発現プロファイルを、健常な個体の発現プロファ
イルと比較する工程を、さらに包含し得る。
【００１６】
さらなる局面において、ＣＡタンパク質の活性を阻害する方法が、提供される。一実施
形態において、この方法は、表１において概略を示される配列またはその相補体からなる
群から好ましくは選択されるＣＡタンパク質の阻害剤を、患者に投与する工程を包含する
。
【００１７】
ＣＡタンパク質（好ましくは表１において概略を示される配列の群から選択される核酸
にコードされるタンパク質）の効果を中和する方法もまた、提供される。好ましくは、こ
の方法は、上述のタンパク質に特異的な薬剤を、中和をもたらすのに充分な量で、上述の
タンパク質に接触させる工程を包含する。
【００１８】
その上、ＣＡタンパク質をコードする核酸セグメント（好ましくは表１において概略を
示される配列から選択される）を含むバイオチップが、本明細書中で提供される。
【００１９】
個体の癌腫（特に乳癌）の性質を、ある個体の少なくとも１つの癌腫または乳癌の遺伝
子を配列決定することにより、診断または決定する方法もまた、本明細書中で提供される
。本発明のさらに別の局面において、癌腫（個体における乳癌の遺伝子コピー数を含む）
を決定する方法が、提供される。
【００２０】
新規配列もまた、本明細書中で提供される。好ましい組成物は、表１に記載の配列を含
む。本発明の他の局面は、本発明の以下の説明によって、当業者にとって明確である。
【００２１】
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
表１に概説された配列からなる群から選択されたヌクレオチド配列を含む、組換え核酸。
（項目２）
項目１に記載の組換え核酸を含む、宿主細胞。
（項目３）
項目２に記載の組換え核酸を含む、発現ベクター。
（項目４）
項目３に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
（項目５）
表１に概説された配列からなる群から選択された配列を含む、核酸配列によりコードされ
たアミノ酸配列を含む、組換えタンパク質。
（項目６）
薬剤候補をスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
ａ）表１に概説された配列またはそのフラグメントからなる群より選択された核酸配列
を含む、癌関連性（ＣＡ）遺伝子を発現する細胞を提供する工程；
ｂ）薬剤候補を該細胞に添加する工程；および
ｃ）該ＣＡ遺伝子の発現における該薬剤候補の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目７）
前記決定する工程は、前記薬剤候補の非存在下における発現レベルと、該薬剤候補の存在
下における発現レベルの比較を包含する、項目６に記載の方法。
（項目８）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）に結合し得る生物活性因子をスクリーニングする方法であって
、該ＣＡＰは、表１に概説された配列からなる群より選択された核酸配列を含む核酸によ
りコードされ、該方法は、以下：
ａ）該ＣＡＰおよび候補生物活性因子を合わせる工程；および
ｂ）該候補因子と該ＣＡＰとの結合を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目９）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を調節し得る生物活性因子をスクリーニングする方法で
あって、該ＣＡＰは、表１に概説された配列からなる群から選択された核酸配列を含む核
酸によりコードされ、該方法は、以下：
ａ）該ＣＡＰおよび候補生物活性因子を合わせる工程；および
ｂ）該ＣＡＰの該生物活性における該候補因子の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目１０）
候補癌薬剤の効果を評価する方法であって、該方法は、以下：
ａ）患者に該薬剤を投与する工程；
ｂ）該患者から細胞サンプルを取り出す工程；および
ｃ）表１に概説された前記配列からなる群より選択された核酸配列を含む、遺伝子の発
現または活性の変化を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目１１）
癌腫を診断する方法であって、該方法は、以下：
ａ）第１の個体の第１の組織型における、表１に概説された配列からなる群より選択さ
れた核酸配列を含む、一つ以上の遺伝子の発現を決定する工程；および
ｂ）該遺伝子の発現と該第１の個体に由来する第２の正常な組織型または第２の罹患し
ていない個体に由来する正常な組織型とを比較する工程；
を包含し、
該発現の相違は、該第１の個体は癌腫を有することを表す、方法。
（項目１２）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を阻害する方法であって、該ＣＡＰは、表１に概説され
た前記配列からなる群より選択された核酸配列を含む核酸によりコードされ、阻害因子と
該ＣＡＰとを結合させる工程を包含する、方法。
（項目１３）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の阻害因子を患者に投与することを包含する、癌腫を処置する
方法であって、該ＣＡＰは、表１に概説された配列からなる群から選択された核酸配列を
含む核酸によってコードされる、方法。
（項目１４）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の効果を中和する方法であって、該ＣＡＰは、表１に概説され
た配列からなる群から選択された核酸配列を含む核酸によりコードされ、中和をもたらす
のに十分な量で該ＣＡＰタンパク質と該ＣＡＰタンパク質に特異的な因子とを接触させる
工程を包含する、方法。
（項目１５）
表１に概説された配列からなる群から選択された核酸配列を含む核酸によりコードされた
タンパク質と特異的に結合するポリペプチド。
（項目１６）
表１に概説された配列からなる群より選択された核酸配列を含む核酸によりコードされた
タンパク質と特異的に結合する抗体を含む、項目１５に記載のポリペプチド。
（項目１７）
表１に概説された配列またはそれらのフラグメントの核酸からなる群より選択された、一
つ以上の核酸セグメントを含む、バイオチップ。
（項目１８）
個体の少なくとも一つのＣＡ遺伝子を配列決定することにより、癌腫または癌腫の性質を
診断する方法。
（項目１９）
ハイブリダイゼーションに適した条件下で、個体に由来するゲノムＤＮＡサンプルにＣＡ
遺伝子プローブを添加する工程を包含する、ＣＡ遺伝子コピー数を決定する方法。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１】図１は、正常組織における発現と比較された乳癌組織におけるＰＲＤＭ１１のｍＲＮＡの発現を示す。サンプル１〜５０は、乳癌サンプルである。サンプル５１および５２は、正常組織である。バーは、発現レベルの平均を示す。誤差バーは、標準偏差を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
（発明の詳細な説明）
本発明は、癌腫（特にリンパ腫、乳癌または前立腺癌）に関連する多くの配列に関連す
る。クローン的に組み込まれたプロウイルス（ｃｌｏｎａｌｌｙ−ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ
ｐｒｏｖｉｒｕｓ）と癌原遺伝子との間の比較的緊密な連結は、「プロウイルスタギン
グ（ｐｒｏｖｉｒｕｓ ｔａｇｇｉｎｇ）」を形成し、ここで、挿入変異メカニズム（ｉ
ｎｓｅｒｔｉｏｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ）により作用する遅性トラン
スフォーミングレトロウイルスが、癌原遺伝子を単離するために使用される。いくつかの
モデルにおいて、非感染動物は、低い癌比率を有し、そして感染動物は、高い癌比率を有
する。関係するレトロウイルスの多くは、形質導入された宿主癌原遺伝子または病原性ト
ランス作用性（ｔｒａｎｓ−ａｃｔｉｎｇ）ウイルス遺伝子を持たないため、癌発生率は
、宿主癌原遺伝子に影響を及ぼすプロウイルスの組み込みの直接的な結果であることは、
公知である。プロウイルスの組み込みはランダムであるため、極少数の組み込み体（ｉｎ
ｔｅｇｒａｎｔ）が、選択的増殖有利性を提供する宿主癌原細胞を「活性化」する。この
稀な出来事は、腫瘍のクローン化学量論において新しいプロウイルスを生じる。
【００２４】
腫瘍形成レトロウイルス（宿主生物のゲノムにその配列が挿入されて癌腫を生じる）の
使用によって、癌腫に関係する宿主配列が、同定される。これらの配列は、次いで、多く
の異なった方法（診断、予後、調節因子（アゴニストおよびアンタゴニストの両方を含む
）のスクリーニング、抗体産生（免疫療法および画像化のため）、などが挙げられる）に
おいて、使用され得る。しかし、当業者に理解されるように、１種類の癌（乳癌など）に
おいて同定される癌遺伝子は、同様に、他の種類の癌に関わる可能性が強い。従って、本
明細書中で概略が示される配列は、最初に、リンパ腫と相関すると同定されるが、以下で
概略を示されるように、他の種類の癌においてもまた、見出され得る。
【００２５】
従って、本発明は、癌腫に関連する核酸およびタンパク質の配列（本明細書中で「癌腫
関連」配列または「ＣＡ」配列と名付ける）を、提供する。好ましい実施形態において、
本発明は、リンパ腫組織を起源とする癌腫に関連する核酸およびタンパク質の配列（本明
細書中で「乳癌関連」配列または「ＢＡ」配列と名付ける）を、提供する。
【００２６】
本発明の方法を使用して診断され得るか、またはスクリーニングされ得る適切な癌とし
ては、部位によって、または組織学的型によって、分類される癌が挙げられる。部位によ
って分類される癌としては、以下が挙げられる：口腔および咽頭（唇、舌、唾液腺、口の
床、歯肉および他の口腔、鼻咽頭、扁桃、口腔咽頭部、下咽頭、他の口／他の咽頭）の癌
；消化系（食道；胃；小腸；結腸および直腸；肛門、肛門管、および肛門直腸；肝臓；肝
臓内胆汁管；胆嚢；他の胆管；膵臓；腹膜後腔、腹膜、網、および腸間膜、他の消化）の
癌；呼吸系（鼻腔、中耳、および洞；喉頭；肺および気管支；胸膜；気管；縦隔；ならび
に他の呼吸系）の癌；中皮腫；骨および関節；および軟組織（心臓を含む）の癌；皮膚癌
（黒色腫および他の非上皮性皮膚癌を含む）；カポージ肉腫および乳癌；女性生殖系（子
宮頚；子宮体；子宮（ｎｏｓ）；卵巣；膣；外陰；および他の女性生殖器）の癌；男性生
殖系（前立腺；精巣；陰茎；および他の男性生殖器）の癌；泌尿系（膀胱；腎臓および腎
盤；尿管；および他の泌尿器）の癌；眼および眼窩の癌；脳および神経系（脳；および他
の神経系）の癌；内分泌系（甲状腺および胸腺を含む他の内分泌）の癌；リンパ腫の癌（
ホジキン病および非ホジキン性リンパ腫）、多発性骨髄腫、ならびに白血病（リンパ性白
血病；骨髄性白血病；単球性白血病；および他の白血病）。
【００２７】
本発明の配列に関連し得る他の癌（組織学的型によって分類される）としては、以下が
挙げられるが、これらに限定はされない：新生物（悪性）；癌腫（ＮＯＳ）；癌腫（未分
化、ＮＯＳ）；巨細胞癌腫および紡錘体の癌腫；小細胞癌腫（ＮＯＳ）；乳頭状癌（ＮＯ
Ｓ）；扁平上皮癌（ＮＯＳ）；リンパ上皮癌腫；基底細胞癌（ＮＯＳ）；毛質癌腫；移行
細胞癌腫（ＮＯＳ）；乳頭状移行上皮癌；腺癌（ＮＯＳ）；ガストリノーマ（悪性）；胆
管癌；肝細胞癌（ＮＯＳ）；肝細胞癌および胆管癌の複合；嚢腺腫（Ｔｒａｂｅｃｕｌａ
ｒ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）；腺様嚢胞癌；腺腫様ポリープにおける腺癌；腺癌
（大腸家族性ポリポシス）；固形癌腫（ＮＯＳ）；カルチノイド腫瘍（悪性）；気管支槽
腺癌；乳頭状腺癌（ＮＯＳ）；色素嫌性癌腫；好酸性癌腫；好酸性腺癌；好塩基性癌腫；
明細胞腺癌（ＮＯＳ）；顆粒細胞癌腫；濾胞状腺癌（ＮＯＳ）；乳頭状かつ濾胞状の腺癌
；非被包硬化癌腫；副腎皮質癌腫；子宮内膜癌腫；皮膚付属器癌腫；アポクリン腺癌；脂
腺腺癌；耳垢腺癌；粘膜表皮癌腫；嚢胞腺癌（ＮＯＳ）；乳頭状嚢胞腺癌（ＮＯＳ）；乳
頭状漿液嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌（ＮＯＳ）；粘液性腺癌；印環細胞癌；浸潤腺管癌；
髄様癌（ＮＯＳ）；小葉癌；炎症性乳癌；パジェット疾患（乳房の）；腺房細胞癌腫；腺
扁平上皮癌；扁平化生を伴う腺癌；胸腺腫（悪性）；卵巣間質腫瘍（悪性）；莢膜腫（悪
性）；顆粒膜細胞腫（悪性）；雄性芽細胞腫（悪性）；セルトーリ細胞癌腫；ライディッ
ヒ細胞腫（悪性）；脂質細胞腫瘍（悪性）；パラガングリオーマ（悪性）；乳房外パラガ
ングリオーマ（悪性）；褐色細胞腫；グロムス血管肉腫；悪性黒色腫（ＮＯＳ）；メラニ
ン欠乏症黒色腫；表在拡大型黒色腫；Ｍａｌｉｇ黒色腫巨大色素性母斑；類上皮細胞黒色
腫；青色母斑（悪性）；肉腫（ＮＯＳ）；線維肉腫（ＮＯＳ）；繊維性組織球腫（悪性）
；粘液肉腫；脂肪肉腫（ＮＯＳ）；平滑筋肉腫（ＮＯＳ）；横紋筋肉腫（ＮＯＳ）；胎児
性横紋筋肉腫；槽横紋筋肉腫；間質肉腫（ＮＯＳ）；複合腫瘍（悪性、ＮＯＳ）；ミュラ
ー複合腫瘍；腎臓芽細胞腫；肝臓芽細胞腫；癌肉腫（ＮＯＳ）；間葉腫（悪性）；ブレン
ナー腫（悪性）；葉状腫瘍（悪性）；滑膜肉腫（ＮＯＳ）；中皮腫（悪性）；未分化胚細
胞腫；胎生期癌（ＮＯＳ）；奇形腫（悪性、ＮＯＳ）；卵巣甲状腺腫（悪性）；絨毛癌；
中腎腫（悪性）；血管肉腫；血管内皮腫（悪性）；カポージ肉腫；血管周囲細胞腫（悪性
）；リンパ管肉腫；骨肉腫（ＮＯＳ）；皮質近接部骨肉腫；軟骨肉腫（ＮＯＳ）；軟骨芽
細胞腫（悪性）；間葉軟骨肉腫；骨巨細胞腫；ユーイング肉腫；歯原性腫瘍（悪性）；エ
ナメル上皮歯原性肉腫；エナメル上皮腫（悪性）；エナメル上皮線維肉腫；松果体腫（悪
性）；脊索腫；神経膠腫（悪性）；上皮腫（ＮＯＳ）；星状細胞腫（ＮＯＳ）；原型質性
星状細胞腫；繊維性星状細胞腫；星状芽細胞腫；膠芽細胞腫（ＮＯＳ）；希突起膠腫（Ｎ
ＯＳ）；希突起膠細胞腫；未分化神経外胚葉性；小脳肉腫（ＮＯＳ）；節芽細胞腫；神経
芽細胞腫（ＮＯＳ）；網膜芽腫（ＮＯＳ）；嗅神経神経原性腫瘍；髄膜腫（悪性）；神経
線維肉腫；神経鞘腫（悪性）；顆粒細胞腫瘍（悪性）；悪性リンパ腫（ＮＯＳ）；ホジキ
ン疾患（ＮＯＳ）；ホジキン性パラガングリオーマ（ＮＯＳ）；悪性リンパ腫（小リンパ
球性）；悪性リンパ腫（大細胞、散在性）；悪性リンパ腫（濾胞、ＮＯＳ）；菌状息肉腫
；他の特定の非ホジキン性リンパ腫；悪性組織球増殖；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免
疫増殖性小腸疾患；白血病（ＮＯＳ）；リンパ球性白血病（ＮＯＳ）；形質細胞性白血病
；赤血球病；リンパ肉腫細胞白血病；骨髄性白血病（ＮＯＳ）；好塩基球性白血病；好酸
球性白血病；単球性白血病（ＮＯＳ）；肥満細胞性白血病；巨核芽球性白血病；骨髄性肉
腫；およびヘアリーセル白血病。
【００２８】
さらに、この遺伝子は、加齢または神経変性疾患に関連する疾患などの他の疾患（しか
しこれらに限定はされない）に関し得る。
【００２９】
この文脈において、関連とは、ヌクレオチドまたはタンパク質配列が、癌腫において（
正常な細胞と比較して）、異なって発現するか、活性化されるか、不活性化されるかまた
は改変されるかのいずれかを意味する。以下で概略を示すように、ＣＡ配列としては、癌
腫において、アップレギュレーションされる（すなわち、より高レベルで発現する）配列
と同様、ダウンレギュレーションされる（すなわち、より低レベルで発現する）配列も、
挙げられる。ＣＡ配列としては、改変された配列（すなわち、切断された配列または置換
、欠失、または挿入（点変異を含む）を有する配列）もまた挙げられ、同じ発現プロファ
イルまたは改変されたプロファイルのどちらかを示す。好ましい実施形態において、ＣＡ
配列は、ヒト由来である；しかし、当業者によって理解されるように、他の生物由来のＣ
Ａ配列は、疾患と薬物評価の動物モデルにおいて、有用であり得る。従って、他のＣＡ配
列は、哺乳類（げっ歯類（ラット、マウス、ハムスター、モルモット、など）、霊長類、
家畜（ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマ、などが挙げられる）を含む）を含む脊椎動物か
ら、提供される。幾つかの場合において、原核生物のＣＡ配列は、有用であり得る。他の
生物由来のＣＡ配列は、以下で概要を示す技術を使用して、得られ得る。
【００３０】
ＣＡ配列は、核酸配列とアミノ酸配列との両方を含み得る。好ましい実施形態において
、ＣＡ配列は、組換え核酸である。本明細書中の用語「組換え核酸」に関して、一般的に
ポリメラーゼおよびエンドヌクレアーゼによる核酸の操作により、本来はインビトロで、
自然界で普通に見出されない形態に形成される核酸が、意味される。従って、直鎖形態で
単離された核酸、または普通は結合されないＤＮＡ分子の連結によってインビトロで形成
された発現ベクターは、両方とも、本発明の目的のための組換え体と考えられる。一旦、
組換え核酸が作られ、そして宿主細胞または宿主生物に再導入されれば、組換え核酸は、
非組換え的に（すなわち、インビトロ操作よりむしろ宿主細胞のインビボ細胞機構を使用
して）複製することが、理解される；しかし、このような核酸は、一旦組換え的に生産さ
れれば、その後、実質的に非組換え的に複製されても、やはり、本発明の目的のための組
換え体と考えられる。
【００３１】
同様に、「組換えタンパク質」は、組換え技術を使用して（すなわち、上で示されるよ
うな組換え核酸の発現を通して）作られる、タンパク質である。組換えタンパク質は、少
なくとも１つ以上の特徴により、天然に存在するタンパク質から区別される。例えば、タ
ンパク質は、通常は野生型の宿主において会合している幾らかのまたは全てのタンパク質
および化合物から、単離され得るか、または精製され得、従って、実質的に純粋であり得
る。例えば、単離されたタンパク質は、通常は天然の状態において会合している、少なく
とも幾つかの物質を、含まない（与えられたサンプルの総タンパク質重量に対し、好まし
くは少なくとも約０．５重量％、より好ましくは少なくとも約５重量％を構成する）。実
質的に純粋なタンパク質は、総タンパク質重量に対し少なくとも約７５重量％（好ましく
は少なくとも約８０重量％、そして特に好ましくは少なくとも約９０重量％）を構成する
。この定義は、異なった生物または宿主細胞における、１生物由来のＣＡタンパク質の産
生を含む。あるいは、このタンパク質は、タンパク質が増加した濃度レベルで作製される
ような、誘導プロモーターまたは高発現プロモーターの使用を通して、通常に見られるよ
り有意により高い濃度において、作製され得る。あるいは、このタンパク質は、自然界で
通常に見出されない形態（以下に考察されるような、エピトープタグの追加またはアミノ
酸の置換、挿入および欠失のような）であり得る。
【００３２】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、核酸である。当業者に理解されるように、そ
して以下により完全に概略が示されるように、ＣＡ配列は、種々の適用において有用であ
る。ここで適用としては、診断の適用（天然に存在する核酸を検出する）ならびにスクリ
ーニングの適用が挙げられる；例えば、ＣＡ配列に対する核酸プローブを含むバイオチッ
プが、生産され得る。最も広い意味においては、本明細書中の「核酸」もしくは「オリゴ
ヌクレオチド」または文法的同義語は、互いに共有結合する少なくとも２つのヌクレオチ
ドを、意味する。本発明の核酸は、大概はリン酸ジエステル結合を含むが、以下で概略を
示されるような幾つかの場合（例えば、アンチセンス適用または候補薬剤が核酸である場
合）において、代替の骨格（例えば、以下が挙げられる：ホスホロアミデート（ｐｈｏｓ
ｐｈｏｒａｍｉｄａｔｅ）（Ｂｅａｕｃａｇｅら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ４９（１０
）：１９２５（１９９３）およびこの中の参考文献；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｊ．Ｏｒｇ
．Ｃｈｅｍ．３５：３８００（１９７０）；Ｓｐｒｉｎｚｌら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈ
ｅｍ．８１：５７９（１９７７）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅ
ｓ．１４：３４８７（１９８６）；Ｓａｗａｉら，Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．８０５（１９８
４），Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１０：４４７０（１９８
８）；およびＰａｕｗｅｌｓら，Ｃｈｅｍｉｃａ Ｓｃｒｉｐｔａ ２６：１４１ ９１
９８６））、ホスホロチオエート（Ｍａｇら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１
９：１４３７（１９９１）；および米国特許第５，６４４，０４８号）、ホスホロジチオ
エート（Ｂｒｉｕら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１１：２３２１（１９８９）、Ｏ
−メチルホスホロアミダイト結合（Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆ
ｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓを参照）、ならびにペプチド核酸の骨格およ
び結合（Ｅｇｈｏｌｍ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１４：１８９５（１９９２）；
Ｍｅｉｅｒら，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３１：１００８（１９９２）；Ｎｉ
ｅｌｓｅｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３６５：５６６（１９９３）；Ｃａｒｌｓｓｏｎら，Ｎａｔ
ｕｒｅ ３８０：２０７（１９９６）を参照（全ては参考として援用される））を有する
核酸アナログが、使用され得る。他のアナログ核酸としては、陽性の骨格（Ｄｅｎｐｃｙ
ら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９２：６０９７（１９９５））；
非イオン化骨格（米国特許第５，３８６，０２３号、同第５，６３７，６８４号、同第５
，６０２，２４０号、同第５，２１６，１４１号および同第４，４６９，８６３号；Ｋｉ
ｅｄｒｏｗｓｈｉら，Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌｉｓｈ ３０：
４２３（１９９１）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１０：４
４７０（１９８８）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ＆ Ｎｕｃｌｅｏ
ｔｉｄｅ １３：１５９７（１９９４）；第２章および第３章，ＡＳＣ Ｓｙｍｐｏｓｉ
ｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０，“Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ”，Ｅｄ．Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｕｉお
よびＰ．Ｄａｎ Ｃｏｏｋ；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒら，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄ
ｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．４：３９５（１９９４）；Ｊｅｆｆｓら，Ｊ．Ｂｉ
ｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＮＭＲ３４：１７（１９９４）；Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅ
ｔｔ．３７：７４３（１９９６））および非リボース骨格（米国特許第５，２３５，０３
３号および第５，０３４，５０６号、ならびに第６章および第７章，ＡＳＣ Ｓｙｍｐｏ
ｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０，“Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉ
ｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ”，Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｕｉおよ
びＰ．Ｄａｎ Ｃｏｏｋ編）を有する、アナログ核酸が挙げられる。１つ以上の炭素環状
糖を含む核酸もまた、１つの核酸の定義（Ｊｅｎｋｉｎｓら，Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ
．（１９９５）ｐｐ１６９−１７６を参照）の範囲内に、含まれる。幾つかの核酸アナロ
グは、Ｒａｗｌｓ，Ｃ ＆ Ｅ Ｎｅｗｓ ６月２日（１９９７）３５頁において、記載
される。これらの参考文献の全ては、ここで、明白に参考として援用される。リボース−
リン酸骨格のこれらの改変は、種々の理由のため（例えば、アンチセンス適用における使
用またはバイオチップ上のプローブとしての使用についての生理学的環境における、この
ような分子の安定性および半減期を増加させるため）に、なされ得る。
【００３３】
当業者に理解されるように、これらの核酸アナログの全ては、本発明における用途を見
出し得る。さらに、天然に存在する核酸とアナログとの混合物も、作製され得る；あるい
は、異なった核酸アナログの混合物、および天然に存在する核酸とアナログとの混合物が
、作製され得る。
【００３４】
核酸は、特定されるように、一本鎖または二本鎖であり得るか、または二本鎖配列もし
くは一本鎖配列の両方の部分を含み得る。当業者に理解されるように、一本鎖「ワトソン
」の描写もまた、他の鎖「クリック」の配列を定義する；従って、本明細書中で記載され
る配列もまた、この配列の相補鎖を含む。核酸はＤＮＡ（ゲノムＤＮＡおよびｃＤＮＡの
両方）、ＲＮＡまたはハイブリッド（核酸がデオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレ
オチドの任意の組合せ、ならびにウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イ
ノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、イソグアニンなどが挙げられる塩
基の任意の組合せを含む）であり得る。本明細書で使用されるように、用語「ヌクレオシ
ド」は、ヌクレオチドおよびヌクレオシドならびにヌクレオチドアナログ、ならびに改変
されたヌクレオシド（アミノ改変されたヌクレオシドなど）を含む。さらに、「ヌクレオ
シド」は、非天然のアナログ構造を含む。従って、例えば、ペプチド核酸の個々のユニッ
ト（それぞれ塩基を含む）は、本明細書中でヌクレオシドと呼ばれる。
【００３５】
ＣＡ配列は、ＣＡ配列（本明細書中で概略を示される）に対する実質的な核酸および／
またはアミノ酸の配列相同性により、最初に同定され得る。このような相同性は、核酸ま
たはアミノ酸の配列全体に基づき得、大概、相同性プログラムまたはハイブリダイゼーシ
ョン条件のどちらかを使用して、以下で概略を示したように、決定される。
【００３６】
本発明のＣＡ配列は、本明細書中で記載されるように、最初に同定され得る；本来、マ
ウスのマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）による感染は、リンパ腫を生じさせる。配列を乳
癌細胞サンプルにおける遺伝子産物（すなわち、ｍＲＮＡ）の発現レベルを決定すること
によって引き続き検証した。
【００３７】
本明細書中で概略を示されるＣＡ配列は、ウイルスの挿入部位を含む。一般に、レトロ
ウイルスは、３つの基本的な方法で、癌腫を引き起こし得る：まず、通常は無徴候の宿主
遺伝子の上流への挿入およびその活性化（例えば、プロモーター挿入）による方法；第二
に、腫瘍形成に導く宿主遺伝子の切断による方法；または隣接遺伝子の転写の増大による
方法。例えば、レトロウイルスエンハンサー（ＳＬ３−３を含む）は、挿入部位のおよそ
２００キロベースまで、遺伝子に対して作用することが、公知である。
【００３８】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、癌腫においてアップレギュレーションされる
ＣＡ配列である；つまり、癌腫組織において（同じ分化段階の正常組織と比較して）、こ
れらの遺伝子の発現は、より強い。「アップレギュレーション」は、本明細書中で使用さ
れるように、少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約１００％、より好ましく
は少なくとも約１５０％、より好ましくは少なくとも約２００％、特に好ましくは３００
から少なくとも１０００％を意味する。
【００３９】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、癌腫においてダウンレギュレーションされる
ＣＡ配列である；つまり、癌腫組織において（同じ分化段階の正常組織と比較して）、こ
れらの遺伝子の発現は、より弱い。「ダウンレギュレーション」は、本明細書中で使用さ
れるように、少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約１００％、より好ましく
は少なくとも約１５０％、より好ましくは少なくとも約２００％、特に好ましくは３００
から少なくとも１０００％を意味する。
【００４０】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、改変されたＣＡ配列であるが、この改変ＣＡ
配列は、同じ分化段階の正常リンパ組織と比較して、同じ発現プロファイルを示すか、ま
たは改変されたプロファイルを示す。「改変ＣＡ配列」は、本明細書中で使用されるよう
に、短縮された配列、挿入を含む配列、または点変異を含む配列をいう。
【００４１】
本発明のＣＡタンパク質は、分泌タンパク質、膜貫通タンパク質、または細胞内タンパ
ク質として分類され得る。
【００４２】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、細胞内タンパク質である。細胞内タン
パク質は、細胞質および／または核において見出され得る。細胞内タンパク質は、細胞機
能および複製（例えば、シグナル伝達経路が挙げられる）の全ての局面に関連する；この
ようなタンパク質の異常な発現は、無制御または非制御の細胞過程を生じさせる。例えば
、多くの細胞内タンパク質は、酵素的活性（例えば、タンパク質キナーゼ活性、タンパク
質ホスファターゼ活性、プロテアーゼ活性、ヌクレオチドシクラーゼ活性、ポリメラーゼ
活性など）を有する。細胞内タンパク質は、ドッキングタンパク質（タンパク質の複合体
を組織することまたは種々の細胞下位置タンパク質を標的化することに関連する）として
働き、そしてオルガネラの構造的完全性を保持することに関連する。
【００４３】
細胞内タンパク質の特徴付けにおいてますます理解される概念は、規定された機能の原
因となる、１つ以上のモチーフのタンパク質における存在である。タンパク質の酵素的ド
メインにおいて見出される高度に保存された配列に加えて、タンパク質−タンパク質相互
作用に関連するタンパク質において、高度に保存された配列が、同定されている。例えば
、Ｓｒｃ−ｈｏｍｏｌｏｇｙ−２（ＳＨ２）ドメインは、チロシンリン酸化標的を、配列
依存的様式において結合する。ＳＨ２ドメインとは異なったＰＴＢドメインもまた、チロ
シンリン酸化標的を結合する。ＳＨ３ドメインは、高プロリン標的に結合する。さらに、
ごくわずかに挙げると、ＰＨドメイン、テトラトリコペプチド反復およびＷＤドメインは
、タンパク質−タンパク質相互作用を媒介することが示されている。これらの幾つかは、
リン脂質または他のセカンドメッセンジャーとの結合に、関連し得る。当業者に理解され
るように、これらのモチーフは、一次配列に基づいて、同定され得る；従って、タンパク
質の配列の分析は、分子の酵素的可能性および／またはタンパク質が結合し得る分子の両
方の洞察を、提供し得る。
【００４４】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、膜貫通タンパク質である。膜貫通タンパク質
は、細胞のリン脂質二重層にまたがる分子である。これらは細胞内ドメイン、細胞外ドメ
イン、または両方を有し得る。このようなタンパク質の細胞内ドメインは、細胞内タンパ
ク質について既に記載された機能を含む多くの機能を、有し得る。例えば、細胞内ドメイ
ンは、酵素的活性を有し得、かつ／または追加のタンパク質の結合部位として働き得る。
膜貫通タンパク質の細胞内ドメインは、両役割を果たすことが多い。例えば、特定のレセ
プターチロシンキナーゼは、プロテインキナーゼ活性およびＳＨ２ドメインの両方を有す
る。その上、レセプター分子自体におけるチロシンの自己リン酸化は、さらなるＳＨ２ド
メイン含有タンパク質に対する結合部位を作り出す。
【００４５】
膜貫通タンパク質は、１から多数の膜貫通ドメインを含み得る。例えば、レセプターチ
ロシンキナーゼ、特定のサイトカインレセプター、レセプターグアニリルシクラーゼおよ
びレセプターセリン／トレオニンタンパク質キナーゼは、１つの膜貫通ドメインを含む。
しかし、チャネルおよびアデニリルシクラーゼを含む種々の他のタンパク質は、多くの膜
貫通ドメインを含む。多くの重要な細胞表面レセプターは、７つの膜にまたがる領域を含
むため、「７回膜貫通ドメイン」タンパク質として分類される。重要な膜貫通タンパク質
レセプターとしては、以下が挙げられるが、これらに限定はされない：インスリンレセプ
ター、インスリン様成長因子レセプター、ヒト成長ホルモンレセプター、グルコーストラ
ンスポーター、トランスフェリンレセプター、表皮成長因子レセプター、低密度リポタン
パク質レセプター、表皮成長因子レセプター、レプチンレセプター、インターロイキンレ
セプター（例えば、ＩＬ−１レセプター、ＩＬ−２レセプターなど）。
【００４６】
膜貫通ドメインの特徴としては、その後に荷電アミノ酸が続き得るおよそ２０の連続的
疎水アミノ酸を含む。従って、特定のタンパク質のアミノ酸配列の分析において、タンパ
ク質内における膜貫通ドメインの位置決定および数は、予測され得る。
【００４７】
膜貫通タンパク質の細胞外ドメインは、様々である；しかし、保存されたモチーフは、
種々の細胞外ドメインの間で、くり返し見出される。保存的な構造および／または機能は
、異なった細胞外モチーフに起因される。例えば、サイトカインレセプターは、システイ
ンクラスターおよびＷＳＸＷＳ（Ｗ＝トリプトファン、Ｓ＝セリン、Ｘ＝任意のアミノ酸
）（配列番号７）モチーフによって特徴付けられる。免疫グロブリン様ドメインは、高度
に保存的である。ムチン様ドメインは、細胞接着に関与し得、そして高ロイシン反復は、
タンパク質−タンパク質相互作用に関連し得る。
【００４８】
多くの細胞外ドメインは、他の分子への結合に関連する。一局面において、細胞外ドメ
インは、レセプターである。レセプタードメインを結合する因子は、循環型リガンド（ペ
プチド、タンパク質、またはアデノシンのような低分子などであり得る）を含む。例えば
、成長因子（ＥＧＦ、ＦＧＦおよびＰＤＧＦなど）は、同族のレセプターに結合し、種々
の細胞応答を開始する循環型成長因子である。他の因子は、サイトカイン、マイトジェン
因子、神経栄養因子などを含む。細胞外ドメインは、細胞結合分子にもまた、結合する。
この点において、細胞外ドメインは、細胞間相互作用を媒介する。細胞結合リガンドは、
例えば、グリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカーにより細胞に係留さ
れ得るか、または、それ自体が膜貫通タンパク質であり得る。細胞外ドメインは、細胞外
マトリックスにもまた結合し、細胞構造の保持に貢献する。
【００４９】
本発明において、膜貫通のＣＡタンパク質が、特に好ましく、本明細書中で記載される
ように、免疫療法の良い標的である。さらに、以下で概略を示されるように、膜貫通タン
パク質は、画像化様式において、有用であり得る。
【００５０】
膜貫通タンパク質は、膜貫通配列の除去により（例えば、組換え方法を通して）、可溶
性にされ得ることもまた、当業者に理解される。さらに、可溶性にされている膜貫通タン
パク質は、適切なシグナル配列の付加により、組換え手法を通して作製され得る。
【００５１】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、分泌タンパク質である；この分泌は、
構成的分泌または制御される分泌の、どちらかであり得る。これらのタンパク質は、分泌
経路へ分子を標的化する、シグナルペプチドまたはシグナル配列を有する。分泌タンパク
質は、多くの生理学的事象に関する；その循環する性質のために、分泌タンパク質は、種
々の他の細胞型に、シグナルを伝達するために働く。分泌タンパク質は、オートクライン
様式（因子を分泌する細胞に対して作用する）、パラクライン様式（因子を分泌する細胞
に近い細胞に対して作用する）またはエンドクライン様式（遠くの細胞で作用する）で、
機能し得る。従って分泌分子は、多くの生理学の局面の調節または改変において、用途を
見出す。分泌タンパク質であるＣＡタンパク質が、診断マーカーに対する良い標的として
働く（例えば、血液検査のため）ので、本発明において特に好ましい
ＣＡ配列は、ＣＡ配列（本明細書中で概略を示される）に対する実質的な核酸および／
またはアミノ酸の配列相同性により、最初に同定される。このような相同性は、核酸また
はアミノ酸の配列全体に基づき得、大概、相同性プログラムまたはハイブリダイゼーショ
ン条件のどちらかを使用して、以下で概略を示したように、決定される。
【００５２】
本明細書中で使用されるように、この核酸配列と表１の核酸の１つとの全体の相同性が
、好ましくは約７５％より高く、より好ましくは約８０％より高く、さらにより好ましく
は約８５％より高く、そして最も好ましくは約９０％より高い場合、核酸は「ＣＡ核酸」
である。幾つかの実施形態において、相同性は、約９３％から９５％または９８％までと
同じくらいの高さである。好ましい実施形態において、配列の同一性または類似性を決定
するために使用される配列は、表１の核酸配列から選択される。別の実施形態において、
この配列は、表１の核酸配列の天然に存在する対立遺伝子改変体である。別の実施形態に
おいて、配列は、本明細書中でさらに記載される配列改変体である。
【００５３】
この文脈における相同性は、配列類似性または同一性を意味する（同一性が好ましい）
。相同性の目的の好ましい比較は、配列決定エラーを含む配列を正しい配列に対し、比較
することである。この相同性は、当該分野に公知である標準的技術を使用して決定される
。この標準的技術としては以下が挙げられるが、これらに限定はされない：局所相同性ア
ルゴリズム（Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４
８２（１９８１））、相同性アラインメントアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗ
ｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０））、類似性探索法（Ｐｅ
ａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ，ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８））、こ
れらのアルゴリズムの電算化実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗ
ａｒｅ ＰａｃｋａｇｅにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳ
ＴＡ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄ
ｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、Ｂｅｓｔ Ｆｉｔ配列プログラム（Ｄｅｖｅｒｅｕ
ｘら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１２：３８７−３９５（１９８４）に記載）（好ま
しくは初期設定を使用する）、または検査。
【００５４】
有用なアルゴリズムの一例は、ＰＩＬＥＵＰである。ＰＩＬＥＵＰは、関連配列の群か
ら、進行的な一対の（ｐａｉｒｗｉｓｅ）アラインメントを使用して、多様な配列アライ
ンメントを作製する。ＰＩＬＥＵＰは、アラインメントの作製に使用されるクラスター関
係（ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ）を示すツリー（ｔｒｅｅ）もま
た、プロットし得る。ＰＩＬＥＵＰは、進行的アラインメント法（Ｆｅｎｇ ＆ Ｄｏｏ
ｌｉｔｔｌｅ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．３５：３５１−３６０（１９８７））の単純化を
使用した。この方法は、Ｈｉｇｇｉｎｓ ＆ Ｓｈａｒｐ ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１−
１５３（１９８９）に記載される方法と類似である。有用なＰＩＬＥＵＰパラメータとし
ては、３．００の初期ギャップ重量、０．１０の初期ギャップ長重量、および重み付けエ
ンドギャップが挙げられる。
【００５５】
有用なアルゴリズムの別の例は、ＢＬＡＳＴアルゴリズムである（Ａｌｔｓｃｈｕｌら
，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５，４０３−４１０（１９９０）およびＫａｒｌｉｎら，
ＰＮＡＳ ＵＳＡ ９０：５８７３−５７８７（１９９３）において記載）。特に有用な
ＢＬＡＳＴプログラムは、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２プログラムである（Ａｌｔｓｃｈｕｌら
，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６）
；ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｗｕｓｔｌから得られる）。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２は、幾
つかの探索パラメータを使用する。パラメータの殆どは、初期値に設定される。調節性パ
ラメータは、以下の値と共に設定される：重複範囲（ｏｖｅｒｌａｐ ｓｐａｎ）＝１、
重複画分（ｏｖｅｒｌａｐ ｆｒａｃｔｉｏｎ）＝０．１２５、ワード閾値（ｗｏｒｄ
ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ）（Ｔ）＝１１。ＨＳＰ ＳパラメータおよびＨＳＰ Ｓ２パラメー
タは、動値（ｄｙｎａｍｉｃ ｖａｌｕｅ）であり、そして特定の配列の組成および目的
の配列が検索される特定のデータベースの組成に依存して、プログラム自体によって確立
される；しかし、この値は、感度を上げるために調節され得る。％アミノ酸配列同一値は
、整列された領域の「より長い」配列の残基の総数によって除算された対応同一残基の数
によって決定される。「より長い」配列は、整列された領域において最も実際の残基を有
する配列である（ＷＵ−Ｂｌａｓｔ−２により、アラインメントスコアを最大にするため
に導入されるギャップは無視される）。
【００５６】
従って、「核酸配列同一性百分率（％）」は、表１の核酸のヌクレオチド残基と同一で
ある候補配列におけるヌクレオチド残基の百分率として、定義される。好ましい方法は、
初期パラメータに設定されたＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２のＢＬＡＳＴＮモジュールを、重複範
囲および重複画分（それぞれ１および０．１２５に設定される）と共に利用する。
【００５７】
アラインメントは、整列される配列におけるギャップの導入を含み得る。さらに、表１
の核酸のヌクレオチドより多いかより少ないかどちらかのヌクレオチドを含む配列につい
て、相同性の百分率は、相同なヌクレオチドの数に基づいて（ヌクレオチドの総数と関係
して）決定されることが理解される。従って、例えば、本明細書中で同定され、以下で議
論される配列より短い配列の相同性は、より短い配列におけるヌクレオシドの数を使用し
て、決定される。
【００５８】
一実施形態において、核酸の相同性は、ハイブリダイゼーション研究を通して決定され
る。従って、例えば、図面において同定される核酸、またはその相補鎖に、高ストリンジ
ェンシー下でハイブリダイズする核酸は、ＣＡ配列と考えられる。高ストリンジェンシー
条件は、当該分野に公知である；例えば、Ｍａｎｉａｔｉｓら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃ
ｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１
９８９およびＳｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏ
ｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌら編、を参照のこと。これらは両方、本明細書において参考として
援用される。ストリンジェント条件は、配列依存的であり、異なった環境において異なる
。より長い配列は、より高い温度において特異的にハイブリダイズする。核酸のハイブリ
ダイゼーションの広範なガイドは、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉ
ｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ−Ｈｙｂｒｉｄｉ
ｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ，“Ｏｖｅｒｖｉｅ
ｗ ｏｆ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｈｅ
ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ａｓｓａｙｓ”（１９９３）に
おいて見出される。一般に、ストリンジェント条件は、規定されるイオン化強度ｐＨにお
いて、特異的配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５〜１０℃低くなるように、選択される。Ｔ
ｍは、（規定されるイオン化強度、ｐＨおよび核酸濃度下で）標的に相補的なプローブの
５０％が、標的配列とハイブリダイズし、平衡になる温度である（標的配列は過剰に存在
し、Ｔｍで５０％のプローブが平衡において占められる）。ストリンジェント条件は、塩
濃度が約１．０Ｍナトリウムイオン未満（代表的には、約０．０１Ｍから１．０Ｍナトリ
ウムイオン濃度（または他の塩））、ｐＨ７．０からｐＨ８．３、ならびに温度が、短い
プローブ（例えば、１０から５０ヌクレオチド）に対し少なくとも約３０℃、および長い
プローブ（例えば、５０ヌクレオチド以上）に対し少なくとも約６０℃の条件である。ス
トリンジェント条件は、不安定化剤（ホルムアミドなど）の添加によってもまた、達成さ
れ得る。
【００５９】
別の実施形態において、より低いストリンジェントハイブリダイゼーション条件が、使
用される；当該分野で公知であるように、例えば、中程度または低いストリンジェンシー
条件が、使用され得る；ＭａｎｉａｔｉｓおよびＡｕｓｕｂｅｌ（既出）およびＴｉｊｓ
ｓｅｎ（既出）を参照のこと。
【００６０】
さらに、本発明のＣＡ核酸配列は、より大きい遺伝子の断片である（すなわち、核酸セ
グメントである）。あるいは、ＣＡ核酸配列は、癌遺伝子位置のインジケーターとして働
き得る。例えば、ＣＡ配列は、癌原遺伝子を活性化させるエンハンサーであり得る。この
文脈における「遺伝子」は、コード領域、非コード領域、およびコード領域と非コード領
域の混合を含む。従って、当業者に理解されるように、本明細書中で提供される配列を使
用し、当該分野で周知である、より長い配列または全長配列のどちらかのクローニングの
ための技術（ＭａｎｉａｔｉｓらおよびＡｕｓｕｂｅｌら（既出）（本明細書で参考とし
て明白に援用される）を参照）を使用して、ＣＡ遺伝子のさらなる配列が、得られ得る。
大概、ＰＣＲ（例えば、キネティックＰＣＲ）を使用して行われる。
【００６１】
一旦ＣＡ核酸が同定されれば、これは、クローン化され得、必要な場合、その構成部分
は、ＣＡ核酸全体を形成するように組換えられる。一旦天然の供給源から単離されれば（
例えば、プラスミドもしくは他のベクターの中に含まれるか、またはこれらから直鎖状核
酸セグメントとして切り出される）、組換えＣＡ核酸は、さらに他のＣＡ核酸（例えば、
追加のコード領域）を同定および単離するためのプローブとして、使用され得る。これは
、修飾または改変されたＣＡ核酸およびタンパク質を作製するための「前駆体」核酸とし
てもまた、使用され得る。
【００６２】
本発明のＣＡ核酸は、いくつかの方法で使用される。最初の実施形態において、ＣＡ核
酸に対する核酸プローブが、作製され、そして、バイオチップに結合される。このバイオ
チップは、スクリーニングおよび診断方法において（以下で概略が示されるように）使用
されるか、または投与のため（例えば、遺伝子療法および／またはアンチセンス適用のた
め）に使用される。あるいは、ＣＡタンパク質のコード領域を含むＣＡ核酸は、ＣＡタン
パク質発現のための発現ベクターに入れられ得る。この発現は、やはり、スクリーニング
目的または患者への投与の目的のためのどちらかである。
【００６３】
好ましい実施形態において、ＣＡ核酸に対する核酸プローブ（図面において概略が示さ
れる核酸配列および／またはその相補配列の両方）が、作製される。バイオチップに結合
される核酸プローブは、ＣＡ核酸（すなわち、標的配列（サンプルの標的配列または（例
えばサンドイッチアッセイにおける）他のプローブ配列のどちらか））に対し、実質的に
相補的であるように設計され、よって、標的配列と本発明のプローブとのハイブリダイゼ
ーションが起こる。以下で概略が示されるように、この相補性は、完全である必要はない
；任意の数の不一致塩基対が存在し得、標的配列と本発明の一本鎖核酸との間のハイブリ
ダイゼーションを妨げる。しかし、変異の数があまりにも多いために、ハイブリダイゼー
ション条件の最低のストリンジェント下ですら、ハイブリダイゼーションが起こらない場
合、この配列は、相補的標的配列ではない。従って、本明細書中で「実質的に相補的」は
、本明細書中で概略を示されるように、プローブが、標的配列に対し、通常の反応条件（
特に高いストリンジェンシー条件）下でハイブリダイズするのに、充分に相補的であるこ
とを意味する。
【００６４】
核酸プローブは、一般に一本鎖であるが、部分的に一本鎖および部分的に二本鎖であり
得る。プローブの鎖状態（ｓｔｒａｎｄｅｄｎｅｓｓ）は、構造、組成、および標的配列
の特性によって述べられる。一般に、核酸プローブは、約８塩基から約１００塩基長まで
（好ましくは約１０塩基から約８０塩基まで、特に好ましくは約３０塩基から約５０塩基
まで）の範囲におよぶ。つまり、一般に、全遺伝子は使用されない。幾つかの実施形態に
おいて、１００塩基までの、ずっと長い核酸が、使用され得る。
【００６５】
好ましい実施形態において、１つの配列につき、１つより多くのプローブが使用され、
重複するプローブまたは標的の異なったセクションに対するプローブのどちらかが、使用
される。つまり、２つ、３つ、４つ以上（３つが好ましい）のプローブが、特定の標的の
ための冗長性を形成するために使用される。これらのプローブは、重複し得る（つまり、
配列の幾らかが共通である）か、または分離され得る。
【００６６】
当業者に理解されるように、核酸は、広汎な種々の方法によって、固体保持体に結合さ
れ得るか、または固定化され得る。本明細書中の「固定化された」および文法的同義語に
より、核酸プローブと固体支持体との間の接着または結合が、以下で概略を示すような、
結合、洗浄、分析、および除去の条件下で、十分に安定であることが、意味される。結合
は、共有結合または非共有結合であり得る。本明細書中の「非共有結合」および文法的同
義語により、静電的、親水性、および疎水性の相互作用のいずれか１つ以上を意味する。
非共有結合には、分子（ストレプトアビジンなど）の支持体への共有結合およびビオチン
化プローブのストレプトアビジンへの非共有結合が、含まれる。本明細書中の「共有結合
」および文法的同義語は、固体支持体およびプローブの２つの部分が、少なくとも１つの
結合（σ結合、π結合、および配位結合が挙げられる）により、結合していることを意味
する。共有結合は、プローブと固体支持体との間に直接形成され得るか、またはクロスリ
ンカーにより、あるいは固体支持体もしくはプローブまたは両分子のいずれかに特異的な
反応基を含めることにより、形成され得る。固定化はまた、共有的相互作用および非共有
的相互作用の組合せに関与し得る。
【００６７】
一般に、プローブは、（当業者が理解するように）バイオチップに、広汎な種々の方法
で結合する。本明細書中に記載されるように、核酸は、最初に合成され、その後にバイオ
チップに結合するか、または直接バイオチップ上に合成され得るかのいずれかである。
【００６８】
バイオチップは、適切な固体基質を含む。本明細書中の「基質」もしくは「固体支持体
」または他の文法的同義語は、核酸プローブの結合または接着に適切な、別個のそれぞれ
の部位を含むように改変され得る、任意の物質であり、少なくとも１つの検出方法に容易
である。当業者に理解されるように、可能性のある基質の数は、非常に大きく、そして、
以下が挙げられるが、これらに限定はされない：ガラスおよび改変されるか、または機能
性を持たされたガラス、プラスチック（アクリル、ポリスチレン、およびスチレンと他の
物質とのコポリマー、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、テ
フロン（登録商標）、など）、ポリサッカライド、ナイロンまたはニトロセルロース、樹
脂、シリカもしくはシリカベース物質（シリコンおよび改変されたシリコンを含む）、炭
素、金属、無機ガラス、など。一般にこの基質は、光学的検出を可能にし、感知される蛍
光を発さない。
【００６９】
好ましい実施形態において、バイオチップの表面およびプローブは、この２つの後の結
合のための化学官能基により、誘導体化され得る。従って、例えば、バイオチップは、化
学官能基を用いて誘導体化され、この化学官能基としては、アミノ基、カルボキシ基、オ
キソ基およびチオール基が挙げられる（アミノ基が特に好ましい）が、これらに限定され
ない。これらの官能基を使用して、プローブは、プローブ上の官能基を使用して結合され
得る。例えば、アミノ基を含む核酸は、アミノ基を含む表面に、例えば（当該分野で公知
であるように）リンカーを使用して、結合され得る；例えば、ホモ−二官能性リンカーま
たはヘテロ−二官能性リンカーが、周知である（（１９９４）Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉ
ｃａｌ Ｃｏｍｐａｎｙ ｃａｔａｌｏｇ，ｔｅｃｈｎｉｃａｌ ｓｅｃｔｉｏｎ ｏｎ
ｃｒｏｓｓ−ｌｉｎｋｅｒｓ，１５５−２００ページを、参照のこと（本明細書中に参
考として援用される））。さらに、ある場合は、アルキル基のような追加のリンカー（置
換された基およびヘテロアルキル基を含む）が、使用され得る。
【００７０】
この実施形態において、オリゴヌクレオチドは、当該分野に公知であるように合成され
、次いで固体支持層の表面上に結合される。当業者に理解されるように、５’末端または
３’末端のどちらかが固体支持体に結合され得るか、またはこの結合は、内在性ヌクレオ
シドを経由し得る。
【００７１】
追加の実施形態において、固体支持体への固定化は、非共有的であるのに、とても強く
あり得る。例えば、ストレプトアビジンで共有結合的にコートされる表面に結合し、結合
を生じるビオチン化オリゴヌクレオチドが、作製され得る。
【００７２】
あるいは、オリゴヌクレオチドは、当該分野で公知であるように、表面上で合成され得
る。例えば、光重合体形成化合物および光重合体形成技術を利用する光活性技術が、使用
される。好ましい実施形態において、核酸は、周知の、フォトリソグラフィー技術（ＷＯ
９５／２５１１６；ＷＯ９５／３５５０５；米国特許第５，７００，６３７号および同第
５，４４５，９３４号ならびにこの中の参考文献に記載される（これら全ては参考として
明白に援用される））を使用して、インサイチュで合成され得る；これらの結合の方法は
、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙの基礎を形成する。
【００７３】
バイオチップアレイに代表される固相技術に加えて、遺伝子発現はまた、液相アレイを
使用して定量し得る。このような系の１つは、キネティックポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣ
Ｒ）である。キネティックＰＣＲは、特異的核酸配列の同時の増幅および定量を可能にす
る。この特異性は、標的部位をまとめた一本鎖核酸配列に優先的に接着するように設計さ
れた、合成オリゴヌクレオチドプライマーに由来する。このオリゴヌクレオチドプライマ
ー対は、標的配列のそれぞれの鎖に、特異的非共有結合複合体を形成する。これらの複合
体は、逆方向の二本鎖ＤＮＡのインビトロ転写を容易にする。反応混合物の温度周期は、
プライマー結合、転写、および核酸から別々の鎖への再融解の、連続の周期を作り出す。
この結果は、標的ｄｓＤＮＡ産物の指数増加である。この産物は、挿入色素または配列特
異的プローブのどちらかの使用を通してリアルタイムで定量され得る。ＳＹＢＲ（登録商
標）ＧｒｅｅｎＩは、挿入色素の例であり、ｄｓＤＮＡに優先的に結合し、蛍光シグナル
の同時の増加を生じる。ＴａｑＭａｎ（登録商標）技術に使用されるような配列特異的プ
ローブは、オリゴヌクレオチドの逆末端に共有的に結合する蛍光色素およびクエンチング
分子から構成される。このプローブは、２つのプライマーの間で標的ＤＮＡ配列に、選択
的に結合するように設計される。ＰＣＲ反応の間にＤＮＡ鎖が合成される場合、蛍光色素
は、ポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性によりプローブから切り離され、シグナルの
脱クエンチングを生じる。プローブシグナル伝達方法は、挿入色素法より特異的であり得
るが、それぞれの場合において、シグナル強度は、産生されるｄｓＤＮＡ産物に比例する
。定量方法のそれぞれの種類は、多ウェル液相アレイにおいて使用され得、この多ウェル
液相アレイは、それぞれのウェルが、目的の核酸配列に特異的なプライマーおよび／また
はプローブを示す。組織または細胞株のメッセンジャーＲＮＡ調製に使用される場合、プ
ローブ／プライマー反応のアレイは、同時に多くの目的の遺伝子産物発現を定量し得る。
Ｇｅｒｍｅｒ，Ｓ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０：２５８−２６６（２０００）；Ｈ
ｅｉｄ，Ｃ．Ａ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．６，９８６−９９４（１９９６）を、参照
のこと。
【００７４】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質をコードするＣＡ核酸は、ＣＡタンパク質
を発現する種々の発現ベクター（以下で記載されるようにスクリーニングアッセイにおい
て使用され得る）を作製するために使用される。発現ベクターは、自己複製染色体外ベク
ターまたは宿主ゲノムに組み込まれるベクターのどちらかであり得る。一般に、これらの
発現ベクターは、転写調節核酸および翻訳調節核酸（ＣＡタンパク質をコードする核酸に
作動可能に連結される）を含む。用語「制御配列」は、特定の宿主生物において、作動可
能に連結されたコード配列の発現に不可欠なＤＮＡ配列を言う。原核生物に対して適切な
制御配列としては、例えば、プロモーター、（必要に応じて）オペレーター配列、および
リボソーム結合部位が、挙げられる。真核生物細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シ
グナル、およびエンハンサーを利用することが、公知である。
【００７５】
核酸が、別の核酸配列との機能的関係の中に配置される場合、「作動可能に連結される
」。例えば、ポリペプチドの分泌に関わる前駆体タンパク質として発現する場合、前駆体
配列または分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドのＤＮＡに作動可能に連結される；プ
ロモーターまたはエンハンサーは、コード配列の転写に影響する場合、この配列に、作動
可能に連結される；またはリボソーム結合部位は、翻訳を容易にするように配置された場
合、コード配列に、作動可能に連結される。一般に、「作動可能に連結される」は、連結
されるＤＮＡ配列が、隣接し、分泌リーダーの場合は、隣接し、リーディングフレームに
あることを意味する。しかし、エンハンサーは、隣接する必要はない。連結は、都合の良
い制限部位で結合することによって、達成される。このような部位が存在しない場合、合
成オリゴヌクレオチドアダプターまたはリンカーが、従来技術の実施に従って使用される
。転写調節核酸および翻訳調節核酸は、大概、ＣＡタンパク質を発現させるために使用さ
れる宿主細胞に、適切である；例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ由来の転写調節核酸配列および
翻訳調節核酸配列は、好ましくは、ＢａｃｉｌｌｕｓにおいてＣＡタンパク質を発現する
ために使用される。多くの種類の適切な発現ベクターおよび適切な調節配列が、種々の宿
主細胞について、当該分野で公知である。
【００７６】
一般に、転写調節配列および翻訳調節配列としては、プロモーター配列、リボソーム結
合部位、転写開始配列および転写停止配列、翻訳開始配列および翻訳停止配列、ならびに
エンハンサー配列またはアクチベーター配列が挙げられ得るが、これらに限定されない。
好ましい実施形態において、調節配列は、プロモーターならびに転写開始配列および転写
停止配列を含む。
【００７７】
プロモーター配列は、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターのどちらかをコー
ドする。プロモーターは、天然に存在するプロモーターまたはハイブリッドプロモーター
のどちらかであり得る。１つより多くのプロモーターの要素を組み合わせるハイブリッド
プロモーターもまた、当該分野に公知であり、本発明において有用である。
【００７８】
さらに、発現ベクターは、追加の要素を含み得る。例えば、発現ベクターは、２つの複
製系を有し得、これによって２種の生物（例えば、発現のための哺乳動物細胞または昆虫
細胞、ならびにクローニングおよび増幅のための原核生物宿主）において維持される。さ
らに、発現ベクターの組み込みのために、発現ベクターは、宿主細胞ゲノムに相同な少な
くとも１つの配列（好ましくは発現構築物に隣接する２つの相同配列）を含む。組み込む
ベクターは、ベクター内封入のために適切な相同配列の選択により、宿主細胞における特
定の遺伝子座に指向され得る。組み込みベクターの構築物は、当該分野で周知である。
【００７９】
さらに、好ましい実施形態において、発現ベクターは、選択マーカー遺伝子を含み、形
質転換される宿主細胞の選択を可能にする。選択遺伝子は、当該分野で周知であり、使用
する宿主細胞によって変化する。
【００８０】
本発明のＣＡタンパク質は、ＣＡタンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターによ
って形質転換された宿主細胞の、ＣＡタンパク質の発現を誘導するかまたは引き起こす適
切な条件下での培養によって、産生される。ＣＡタンパク質発現に適切な条件は、発現ベ
クターおよび宿主細胞の選択によって変化し、当業者により、慣用的実験を通して容易に
確かめられる。例えば、発現ベクターにおける構成的プロモーターの使用は、宿主細胞の
生育および増殖の最適化を必要とし、一方、誘導性プロモーターの使用は、誘導に適切な
成育条件を必要とする。さらに、幾つかの実施形態において、収集のタイミングは、重要
である。例えば、昆虫細胞発現において使用されるバキュロウイルス系は、溶解性のウイ
ルスであり、従って、収集時間選択は、産物産生に決定的であり得る。
【００８１】
適切な宿主細胞としては、酵母、細菌、古細菌、真菌、および昆虫、植物ならびに動物
細胞（哺乳動物細胞を含む）が挙げられる。特に重要なのは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍ
ｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ細胞、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅおよ
び他の酵母、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｓｆ９細胞、Ｃ１２
９細胞、２９３細胞、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、ＢＨＫ、ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ細胞、
ＴＨＰ１細胞株（マクロファージ細胞株）およびヒト細胞ならびにヒト細胞株である。
【００８２】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、哺乳動物細胞において発現される。哺
乳動物発現系はまた、当該分野において公知であり、そしてレトロウイルス系を含む。好
ましい発現ベクター系は、例えば、一般的にＰＣＴ／ＵＳ９７／０１０１９およびＰＣＴ
／ＵＳ９７／０１０４８（いずれも本明細書中で参照として明白に援用される）において
記載されるレトロウイルスベクター系である。このウイルス遺伝子は、しばしば高度に発
現され、そして幅広い宿主範囲を有するので、哺乳動物プロモーターとして特に使用され
るのは、哺乳動物ウイルス遺伝子由来のプロモーターである。例としては、ＳＶ４０初期
プロモーター、マウス乳腺癌ウイルスＬＴＲプロモーター、アデノウイルス主要後期プロ
モーター、単純ヘルペスウイルスプロモーター、およびＣＭＶプロモーターが挙げられる
。代表的に、哺乳動物細胞によって認識される転写終結配列およびポリアデニル化配列は
、翻訳停止コドンの３’側に位置する調節領域であり、従ってプロモーターエレメントと
ともにコード配列の側に隣接する。転写ターミネーターおよびポリアデニル化シグナルの
例は、ＳＶ４０に由来するものを含む。
【００８３】
哺乳動物宿主および他の宿主内に外来核酸を導入する方法は、当該分野において周知で
あり、そして使用される宿主細胞とともに変化する。技術は、デキストラン媒介性トラン
スフェクション、カルシウムホスフェート沈殿、ポリブレン（ｐｏｌｙｂｒｅｎｅ）媒介
性トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、ウイルス感染
、リポソーム中へのポリヌクレオチドのカプセル化、および核内へのＤＮＡの直接微量注
入を包含する。
【００８４】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、細菌系において発現される。細菌性発
現系は、当該分野において周知である。バクテリオファージ由来のプロモーターはまた、
使用され得、そして当該分野において公知である。さらに、合成プロモーターおよびハイ
ブリッドプロモーターはまた、有用である；例えば、ｔａｃプロモーターは、ｔｒｐプロ
モーター配列およびｌａｃプロモーター配列のハイブリッドである。さらに、細菌プロモ
ーターは、細菌のＲＮＡポリメラーゼと結合し、そして転写を開始する能力を有する、天
然に存在する非細菌起源のプロモーターを含み得る。機能性プロモーター配列に加えて、
効率的なリボソーム結合部位が望ましい。発現ベクターはまた、細菌中へのＣＡタンパク
質の分泌を提供するシグナルペプチド配列を含み得る。このタンパク質は、増殖培地内に
分泌されるか（グラム陽性細菌）、または細胞膜周辺腔（細胞の内膜と外膜の間に位置さ
れる（グラム陰性細菌））内に分泌されるかのいずれかである。細菌発現ベクターはまた
、形質転換された細菌株の選択を可能にするような選択マーカー遺伝子を含み得る。適切
な選択遺伝子は、細菌を、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カ
ナマイシン、ネオマイシンおよびテトラサイクリンのような薬物に対して耐性にする遺伝
子を含む。選択マーカーはまた、生合成遺伝子（例えば、ヒスチジン、トリプトファンお
よびロイシン生合成経路におけるもの）を含む。これらの成分は、発現ベクター中で構築
される。細菌のための発現ベクターは当該分野において周知であり、とりわけ、Ｂａｃｉ
ｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏ
ｒｉｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌｉｖｉｄａｎｓのためのベクターが挙げ
られる。細菌性発現ベクターは、当該分野において周知の技術（例えば、塩化カルシウム
処理、エレクトロポレーションなど）を使用して細菌宿主細胞内に形質転換される。
【００８５】
１つの実施形態において、ＣＡタンパク質は、昆虫細胞中で産生される。昆虫細胞の形
質転換のための発現ベクター、および特にバキュロウイルスをベースにした発現ベクター
は、当該分野において周知である。
【００８６】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、酵母細胞中で産生される。酵母発現系
は、当該分野において周知であり、そしてＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓ
ｉａｅ、Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓとＣ．ｍａｌｔｏｓａ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓとＫ．ｌａｃ
ｔｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ ｇｕｉｌｌｅｒｉｍｏｎｄｉｉとＰ．ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓｃｈ
ｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅとＹａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉ
ｃａのための発現ベクターを含む。
【００８７】
ＣＡタンパク質はまた、当該分野で周知の技術を使用して融合タンパク質として作られ
得る。従って、例えば、モノクローナル抗体作製のためである。所望のエピトープが小さ
い場合、ＣＡタンパク質は、免疫原を形成するためにキャリアタンパク質に対して融合さ
れ得る。あるいは、ＣＡタンパク質は、発現を増強するために、または他の理由のために
融合タンパク質として作られ得る。例えば、ＣＡタンパク質がＣＡペプチドである場合、
このペプチドをコードする核酸は、発現目的のために、他の核酸に結合され得る。
【００８８】
１つの実施形態において、本発明のＣＡ核酸、タンパク質および抗体は、標識される。
本明細書中の「標識される」によって、化合物は、化合物の検出を可能にするために結合
する少なくとも１つの元素、同位体または化学化合物を有することが意味される。一般的
に、標識は、３つのクラスに分類される：ａ）同位体標識であり、これは放射能または重
同位体であり得る；ｂ）免疫標識であり、これは、抗体または抗原であり得る；およびｃ
）着色または蛍光色素である。標識は、ＣＡ核酸、タンパク質および抗体内に任意の位置
で組み込まれ得る。例えば、標識は、直接的または間接的のいずれかで検出可能なシグナ
ルを産生し得るべきである。検出可能な部分は、例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ
、または１２５Ｉのような放射性同位体、例えば、フルオレセイン、イソチオシアネート
、ローダミン、またはルシフェリンのような蛍光または化学発光化合物、あるいは、例え
ば、アルカリホスファターゼ、βガラクトシダーゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼの
ような酵素であり得る。抗体を標識に結合体化するための当該分野で公知の任意の方法が
使用され得、これは、Ｈｕｎｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ、１４４：９４５（１９６２）；Ｄ
ａｖｉｄら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１３：１０１４（１９７４）；Ｐａｉｎら、Ｊ
．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．、４０：２１９（１９８１）；およびＮｙｇｒｅｎ、Ｊ．
Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．ａｎｄ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．、３０：４０７（１９８２）によって
記載される方法を含む。
【００８９】
従って、本発明はまた、ＣＡタンパク質配列を提供する。本発明のＣＡタンパク質は、
いくつかの方法で同定され得る。この意味における「タンパク質」とは、タンパク質、ポ
リペプチド、およびペプチドが挙げられる。当業者によって理解されるように、本発明の
核酸配列は、タンパク質配列を生成するために使用され得る。タンパク質配列生成を行な
うための種々の方法があり、これには、全遺伝子をクローニングすること、ならびにその
フレームおよびアミノ酸配列を変更すること、またはＣＡタンパク質が、使用されるデー
タベース中のいくつかのタンパク質との相同性を有することと仮定して、フレームを提供
するための相同性を検索するために公知の配列とアミノ酸配列を比較することが挙げられ
る。概して、核酸配列は、相同性について全ての３つのフレームを検索するプログラムに
入力される。これは、以下のＮＣＢＩ Ａｄｖａｎｃｅｄ ＢＬＡＳＴパラメータを使用
する好ましい実施形態において行なわれる。このプログラムは、ｂｌａｓｔｘまたはｂｌ
ａｓｔｎである。データベースは、ｎｒである。入力データは、「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉ
ｎ ＦＡＳＴＡ ｆｏｒｍａｔ」としてある。生物リストは、「ｎｏｎｅ」である。「ｅ
ｘｐｅｃｔ」は１０であり；フィルターはデフォルトである。「ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ
ｓ」は５００であり、「アライメント」は５００であり、そして「整列図」は２つ１組で
ある。「問い合わせ遺伝暗号」は標準（１）である。マトリクスは、ＢＬＯＳＵＭ６２で
あり；ギャップの存在コストは１１であり、残基ギャップコストあたり１であり；そして
λ比は、０．８５デフォルトである。これは、推定タンパク質配列の生成を生じる。
【００９０】
本明細書中で記載されるように、天然に存在する配列のアミノ酸改変体がまた、ＣＡタ
ンパク質の１つの実施形態内に含まれる。改変体は、好ましくは、野生型配列に対して、
好ましくは約７５％より大きい、より好ましくは約８０％より大きい、さらにより好まし
くは約８５％より大きい、そして最も好ましくは９０％より大きい相同性を有する。いく
つかの実施形態において、相同性は、約９３〜９５または９８％ほど高い。核酸に関する
限りでは、このような情況における相同性は、配列類似性または同一性（同一性が好まし
い）を意味する。この相同性は、核酸相同性に関して上で略述されるように、当該分野に
おいて公知の標準的技術を使用して決定される。
【００９１】
本発明のＣＡタンパク質は、野生型アミノ酸配列より短くても長くてもよい。従って、
好ましい実施形態において、本明細書中の野生型配列の部分またはフラグメントが、ＣＡ
タンパク質の定義内に含まれる。さらに、上で略述されるように、本発明のＣＡ核酸は、
付加的コード領域、および付加的タンパク質配列を当該分野において公知の技術を使用し
て得るために使用され得る。
【００９２】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、野生型配列と比較して誘導体または改
変ＣＡタンパク質である。つまり、以下に、より十分に略述されるように、誘導体ＣＡペ
プチドは、少なくとも１つのアミノ酸置換、欠失または挿入（アミノ酸置換が特に好まし
い）を含む。アミノ酸置換、挿入または欠失は、ＣＡペプチド内の任意の残基で生じ得る
。
【００９３】
本発明のＣＡタンパク質の１つの実施形態において、アミノ酸配列改変体もまた含まれ
る。これらの改変体は、以下の３つのクラスのうちの１つ以上に含まれる：置換改変体、
挿入改変体または欠失改変体。これらの改変体は、通常、改変体をコードするＤＮＡを産
生するために、当該分野において周知のカセット式またはＰＣＲ変異誘発あるいは他の技
術を使用して、ＣＡタンパク質をコードするＤＮＡにおけるヌクレオチドの部位特異性変
異誘発によって調製され、そしてその後、上で略述されるように組換え細胞培養において
ＤＮＡを発現する。しかし、約１００〜１５０残基までを有する改変ＣＡタンパク質フラ
グメントは、確立された技術を使用するインビトロ合成によって調製され得る。アミノ酸
配列改変体は、改変体の前もって決定された性質（ＣＡタンパク質のアミノ酸配列の天然
に存在する対立遺伝子または種間バリエーションと改変体を区別する特徴）によって特徴
付けられる。代表的に改変体は、天然に存在するアナログと同じ定性的生物活性を示すが
、より十分に以下に略述されるように、改変された特徴を有する改変体がまた、選択され
得る。
【００９４】
アミノ酸配列バリエーションを導入するための部位または領域が前もって決定される一
方で、変異自体は、前もって決定される必要はない。例えば、所定の部位での変異の実行
を最適化にするために、ランダムな変異誘発は、標的コドンまたは領域で実行され得、そ
して発現したＣＡ改変体は、所望される活性の最良の組み合わせについてスクリーニング
される。公知の配列を有するＤＮＡにおける前もって決定された部位での置換変異を起こ
すための技術は、周知である（例えば、Ｍ１３プライマー変異誘発およびＬＡＲ変異誘発
）。変異体のスクリーニングは、ＣＡタンパク質活性のアッセイを使用して行なわれる。
【００９５】
アミノ酸置換は、代表的に、単一残基である；挿入は、通常約１〜２０個のアミノ酸の
オーダーであるが、かなり大きな挿入が許容され得る。欠失は、約１〜約２０残基の範囲
であるが、いくつかの場合において、欠失はより大きくあり得る。
【００９６】
置換、欠失、挿入またはそれらの任意の組み合わせが、最終的な誘導体に到達するため
に使用され得る。概してこれらの変化は、分子の変化を最小にするために数個のアミノ酸
上で行なわれる。しかし、より大きな変化は、特定の情況において許容され得る。ＣＡタ
ンパク質の特徴における小さい変化が所望される場合、置換は、概して以下のチャートに
従って行なわれる。
【表Ａ】
【００９７】
機能または免疫学的同一性における本質的な変化は、チャートＩに示されるものより保
存的でない置換を選択することによって、行なわれる。例えば：変更領域におけるポリペ
プチドの骨格構造（例えば、α−ヘリックス構造またはβシート構造）；標的部位におけ
る分子の電荷または疎水性；あるいは側鎖のかさ高さ、により著しい影響を及ぼす置換が
行なわれ得る。一般的にポリペプチド特性における最大の変化を産生することが予測され
る置換は、（ａ）親水性残基（例えば、セリルまたはトレオニル（ｔｈｒｅｏｎｙｌ））
は、疎水性残基（例えば、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリルまたはア
ラニル）と（またはこれらによって）置換される；（ｂ）システインまたはプロリンは、
任意の他の残基と（またはこれらによって）置換される；（ｃ）電気陽性側鎖（例えば、
リジル、アルギニル、またはヒスチジル）を有する残基は、電気陰性残基（例えば、グル
タミルまたはアスパルチル）と（またはこれらによって）置換される；または（ｄ）かさ
高い側鎖を有する残基（例えば、フェニルアラニン）は、側鎖をもたないもの（例えば、
グリシン）と（またはこれらによって）置換されるものである。
【００９８】
代表的に、改変体は、天然に存在するアナログと同じ定性的生物学的活性を示し、そし
て同じ免疫応答を顕在化させるが、必要とされる場合、改変体はまた、ＣＡタンパク質の
特徴を改変するために選択される。あるいは、改変体は、ＣＡタンパク質の生物学的活性
が変更されるように設計され得る。例えば、グリコシル化部位は、変更され得るか、また
は除去され得、優性な陰性変異が創造され得る、など。
【００９９】
ＣＡポリペプチドの共有結合修飾は、本発明の範囲内（例えば、スクリーニングにおい
て使用するために）に含まれる。共有結合修飾の１つの型は、ＣＡポリペプチドの標的化
アミノ酸残基と、ＣＡポリペプチドの選択された側鎖あるいはＮ−末端残基またはＣ−末
端残基と反応し得る有機誘導体化剤との反応工程を包含する。以下でより十分に記載され
るように、二官能性薬剤を用いる誘導体化は、例えば、ＣＡポリペプチドと非水溶性支持
マトリクスあるいは抗ＣＡ抗体の精製またはスクリーニングアッセイのための方法におい
て使用するための表面を架橋するのに有用である。一般的に使用される架橋剤としては、
例えば、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、
Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル（例えば、４−アジドサリチル酸とのエステル、
ホモ二官能性イミドエステル）が挙げられ、そしてジスクシンイミジルエステル（例えば
、３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート））、二官能性マレイミド（
例えば、ビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタン）および薬剤（例えば、メチル−３−
［（ｐ−アジドフェニル）ジチオ］プロピオイミデート）が挙げられる。
【０１００】
他の改変としては、グルタミニル残基およびアスパラギニル残基の、それぞれ対応する
グルタミル残基およびアスパルチル残基への脱アミド化、プロリンおよびリジンのヒドロ
キシル化、セリル、トレオニルまたはチロシル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン
、アルギニン、およびヒスチジン側鎖のａ−アミノ基のメチル化（Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈ
ｔｏｎ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏ
ｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，
７９〜８６頁（１９８３））、Ｎ末端アミンのアセチル化、および任意のＣ末端カルボキ
シル基のアミド化が挙げられる。
【０１０１】
本発明の範囲内に含まれるＣＡポリペプチドの別の型の共有結合修飾は、ポリペプチド
のネイティブのグリコシル化パターンの変更を含む。「ネイティブのグリコシル化パター
ンの変更」は、本明細書中の目的のために、ネイティブ配列ＣＡポリペプチドにおいて見
出される１つ以上の糖質部分の欠失、および／またはネイティブ配列ＣＡポリペプチド中
に存在しない１つ以上のグリコシル化部位の付加を意味することが意図される。
【０１０２】
ＣＡポリペプチドに対するグリコシル化部位の付加は、そのアミノ酸配列の変更によっ
て達成され得る。例えば、変更は、ネイティブ配列ＣＡポリペプチドに対する（Ｏ−連結
グリコシル化部位について）１つ以上のセリンまたはトレオニン残基の付加、またはこれ
らによる置換によってなされ得る。ＣＡアミノ酸配列は、ＤＮＡレベルでの変化（特に、
所望のアミノ酸に翻訳されるコドンが生成されるように、ＣＡポリペプチドをコードする
ＤＮＡを前もって選択された塩基で変異させることによって）を介して必要に応じて変性
され得る。
【０１０３】
ＣＡポリペプチド上の糖質部分の数を増加する別の方法は、グリコシドをポリペプチド
に対して化学的または酵素的に結合することによる。そのような方法は、当該分野におい
て記載される（例えば、１９８７年９月１１日に公開されたＷＯ ８７／０５３３０、な
らびにＡｐｌｉｎおよびＷｒｉｓｔｏｎ，ＬＡ Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，
２５９〜３０６頁（１９８１））。
【０１０４】
ＣＡポリペプチド上に存在する糖質部分の除去は、グリコシル化のための標的として作
用するアミノ酸残基をコードするコドンの、化学的置換または酵素的置換あるいは変異性
置換によって達成され得る。化学的脱グリコシル化技術は、当該分野において公知であり
、そして例えば、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎ、ら、Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙ
ｓ．、２５９：５２（１９８７）およびＥｄｇｅら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１１
８：１３１（１９８１）によって記載される。ポリペプチド上の糖質部分の酵素切断は、
Ｔｈｏｔａｋｕｒａら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１３８：３５０（１９８７）によ
って記載されるように、種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼの使用
によって達成され得る。
【０１０５】
ＣＡの共有結合修飾の別の型は、米国特許第４，６４０，８３５号；同第４，４９６，
６８９号；同第４，３０１，１４４号；同第４，６７０，４１７号；同第４，７９１，１
９２号または同第４，１７９，３３７号において示される様式で、ＣＡポリペプチドと種
々の非タンパク性ポリマー（例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコー
ル、またはポリオキシアルキレン）の１つとの連結を含む。
【０１０６】
本発明のＣＡポリペプチドはまた、別のもの（異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列）
と融合したＣＡポリペプチドを含むキメラ分子を形成するための方法において改変され得
る。１つの実施形態において、そのようなキメラ分子は、ＣＡポリペプチドと、抗タグ抗
体が選択的に結合し得るエピトープを提供するタグポリペプチドとの融合を含む。一般的
にエピトープタグは、ＣＡポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に配置され
るが、内部融合がまた、いくつかの実施例において許容され得る。ＣＡポリペプチドのこ
のようなエピトープ−タグ化形態の存在は、タグポリペプチドに対する抗体の使用によっ
て検出され得る。また、エピトープタグの提供は、ＣＡポリペプチドが抗タグ抗体または
エピトープタグに結合するアフィニティーマトリクスの他の型を使用するアフィニティー
精製によって容易に精製されることを可能にする。代替の実施形態において、キメラ分子
は、ＣＡポリペプチドと免疫グロブリンまたは免疫グロブリンの特定の領域との融合を含
み得る。キメラ分子の二価形態について、そのような融合は、ＩｇＧ分子のＦｃ領域に対
してであり得る。
【０１０７】
種々のタグポリペプチドおよびそれらのそれぞれの抗体は、当該分野において周知であ
る。例としては、ポリ−ヒスチジン（ｐｏｌｙ−ｈｉｓ）またはポリ−ヒスチジン−グリ
シン（ｐｏｌｙ−ｈｉｓ−ｇｌｙ）タグ；ｆｌｕＨＡタグポリペプチドおよびその抗体１
２ＣＡ５（Ｆｉｅｌｄら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，８：２１５９〜２１６５（１
９８８））；ｃ−ｍｙｃタグおよびこれに対する８Ｆ９、３Ｃ７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７
および９Ｅ１０抗体（Ｅｖａｎら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂ
ｉｏｌｏｇｙ，５：３６１０〜３６１６（１９８５））；ならびに単純ヘルペスウイルス
糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグおよびその抗体（Ｐａｂｏｒｓｋｙら，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅ
ｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，３（６）５４７〜５５３（１９９０））が挙げられる。他のタグ
ポリペプチドとしては、Ｆｌａｇペプチド（Ｈｏｐｐら，Ｂｉｏ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
，６：１２０４〜１２１０（１９８８））；ＫＴ３エピトープペプチド（Ｍａｒｔｉｎら
，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５５：１９２〜１９４（１９９２））；チューブリンエピトープペ
プチド（Ｓｋｉｎｎｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６６：１５１６３〜１５１６
６（１９９１））；およびＴ７遺伝子１０タンパク質ペプチドタグ（Ｌｕｔｚ−Ｆｒｅｙ
ｅｒｍｕｔｈら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：６３９３〜６
３９７（１９９０））が挙げられる。
【０１０８】
１つの実施形態において、ＣＡタンパク質の定義を用いると、ＣＡファミリーの他のＣ
Ａンパク質、および他の生物由来のＣＡタンパク質もまた含まれ、これは以下に略述され
るようにクローン化され、そして発現される。従って、プローブまたは縮重ポリメラーゼ
連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー配列が、ヒトまたは他の生物由来の他の関連ＣＡタンパク
質を見出すために使用され得る。当業者によって理解されるように、特定の有用なプロー
ブおよび／またはＰＣＲプライマー配列は、ＣＡ核酸配列の独特の領域を含む。一般的に
当該分野で公知であるように、好ましいＰＣＲプライマーは、約１５〜約３５ヌクレオチ
ド長（約２０〜約３０が好ましい）であり、そして必要であるならばイノシンを含み得る
。ＰＣＲ反応のための条件は、当該分野において周知である。
【０１０９】
さらに、本明細書中で略述されるように、図面の核酸によってコードされるものより長
いＣＡタンパク質（例えば、付加配列の解説、エピトープまたは精製タグの付加、他の融
合配列の付加、などによって）が作られ得る。
【０１１０】
ＣＡタンパク質はまた、ＣＡ核酸によってコードされるタンパク質として同定され得る
。従って、本明細書中で略述されるように、ＣＡタンパク質は、配列表の配列、またはそ
の相補体とハイブリダイズする核酸によってコードされる。
【０１１１】
好ましい実施形態において、本発明は、ＣＡ抗体を提供する。好ましい実施形態におい
て、ＣＡタンパク質が、例えば、免疫療法のために、抗体を生成するために使用され得る
場合、ＣＡタンパク質は、少なくとも１つのエピトープまたは決定因子を全長のタンパク
質と共有するべきである。ＭＨＣの場合、本明細書中での「エピトープ」または「決定因
子」によって、抗体またはＴ細胞レセプターを生成し、そして／または結合するタンパク
質の部分が意味される。従って、ほとんどの例において、より小さいＣＡタンパク質に対
して作られた抗体は、全長のタンパク質に結合し得る。好ましい実施形態において、エピ
トープは独特である；つまり、独特のエピトープに対して生成された抗体は、ほとんどま
たは全く交差反応を示さない。
【０１１２】
１つの実施形態において、用語「抗体」は、抗体フラグメント（当該分野で公知である
ように、抗体全体の改変によって産生されるか、または組み換えＤＮＡ技術を使用して新
規に合成されたもののいずれかである、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、単鎖抗体（例えば、Ｆｖ）、
キメラ抗体、などを含む）を含む。
【０１１３】
ポリクローナル抗体の調製方法は、当業者によって公知である。ポリクローナル抗体は
、例えば、免疫剤、および望ましくは、アジュバントの１回以上の注射によって、哺乳動
物中で惹起され得る。代表的には、免疫剤および／またはアジュバントは、複数回の皮下
注射または腹腔内注射によって哺乳動物内へ注射される。免疫剤としては、図面の核酸に
よってコードされるタンパク質またはそれらのフラグメントもしくは融合タンパク質が挙
げられ得る。免疫された哺乳動物において免疫原であることが公知のタンパク質を免疫剤
に結合体化することが有用であり得る。そのような免疫原性タンパク質の例としては、キ
ーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、およびダイ
ズトリプシン阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用され得るアジュバント
の例としては、フロイント完全アジュバントおよびＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホ
スホリルリピドＡ、合成トレハロースジコリノミコレート（ｄｉｃｏｒｙｎｏｍｙｃｏｌ
ａｔｅ））が挙げられる。免疫プロトコルは、過度の実験をすることなく、当業者によっ
て選択され得る。
【０１１４】
あるいは、抗体は、モノクローナル抗体であり得る。モノクローナル抗体は、ハイブリ
ドーマ方法（例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｎａｔｕｒｅ、２５６：４
９５（１９７５）によって記載される）を使用して調製され得る。ハイブリドーマ方法に
おいて、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物は、代表的に、特異的に免疫剤
に結合する抗体を産生するか、または産生し得るリンパ球を導き出すために免疫剤で免疫
される。あるいは、リンパ球が、インビトロで免疫され得る。代表的に、免疫剤としては
、表１の核酸によってコードされるポリペプチド、またはそれらのフラグメントもしくは
融合タンパク質が挙げられる。一般的に、ヒト起源の細胞が所望される場合、末梢血リン
パ球（「ＰＢＬ」）が使用されるか、または非ヒト哺乳動物供給源が所望される場合、脾
臓細胞またはリンパ節細胞が使用される。次いで、リンパ球は、ハイブリドーマ細胞（Ｇ
ｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａ
ｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，（１９８６）５９〜１０３頁
）を形成するために、適切な融合剤（例えば、ポリエチレングリコール）を使用して不死
化細胞株とともに融合される。不死化細胞株は、通常形質転換された哺乳動物細胞（特に
げっ歯類、ウシおよびヒト起源の骨髄腫細胞）である。通常、ラットまたはマウスの骨髄
腫細胞株が使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、未融合の不死化細胞の成長
または生存を阻害する１つ以上の物質を含む適切な培養培地中で培養され得る。例えば、
その親細胞が酵素ヒポキサンチン・グアニン・ホスホリボシル・トランスフェラーゼ（Ｈ
ＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠乏する場合、代表的に、ハイブリドーマのための培養培地
は、ヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジン（「ＨＡＴ培地」）を含み、この
物質は、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の成長を防止する。
【０１１５】
１つの実施形態において、抗体は、二官能性抗体である。二官能性抗体は、少なくとも
２つの異なる抗原に対して結合特異性を有するモノクローナル（好ましくは、ヒトまたは
ヒト化された）抗体である。本発明の場合において、結合特異性の１つは、表１の核酸に
よってコードされるタンパク質、またはそれらのフラグメントについてであり、他方は、
任意の他の抗原についてであり、そして好ましくは、細胞表面タンパク質またはレセプタ
ーあるいはレセプターサブユニット（好ましくは、腫瘍特異的であるもの）についてであ
る。
【０１１６】
好ましい実施形態において、以下に記載されるように、ＣＡに対する抗体は、ＣＡの生
物学的機能を減少し得るか、または除去し得る。つまり、ＣＡ（またはＣＡを含む細胞）
への抗ＣＡ抗体（ポリクローナルまたは好ましくはモノクローナルのいずれか）の付加は
、ＣＡ活性を減少し得るか、または除去し得る。一般的に、活性において、少なくとも２
５％の減少が好まれ、さらに、少なくとも約５０％の減少が特に好ましく、そして約９５
〜１００％の減少が特に好ましい。
【０１１７】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質に対する抗体は、ヒト化抗体である。非ヒ
ト（例えば、マウス）抗体のヒト化形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列
を含む免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント（例えば、Ｆｖ、
Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合部分配列）のキメラ分子で
ある。ヒト化抗体は、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を含み、ここで、レシピ
エントの相補性決定領域（ＣＤＲ）を形成する残基は、例えば、所望の特異性、親和性お
よび能力を有するマウス、ラットまたはウサギのような非ヒト種のＣＤＲ（ドナー抗体）
由来の残基によって置換される。いくつかの例において、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレ
ームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピ
エント抗体においてもインポートＣＤＲのいずれにおいても見出されない残基あるいはフ
レームワーク配列を含み得る。一般的に、ヒト化抗体は、実質的に少なくとも１つ、およ
び代表的には２つの可変ドメインの全てを含み、非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対
応するＣＤＲ領域の全てまたは実質上全ておよび免疫グロブリンのフレームワーク残基（
ＦＲ）領域の全てまたは実質上全ては、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものであ
る。ヒト化抗体はまた、必要に応じて、少なくとも免疫グロブリン定常部分（Ｆｃ）（代
表的にヒト免疫グロブリンの定常部分）の一部を含む（Ｊｏｎｅｓら，Ｎａｔｕｒｅ，３
２１：５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３
２３〜３２９（１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉ
ｏｌ．，２：５９３〜５９６（１９９２））。
【０１１８】
非ヒト抗体をヒト化するための方法は、当該分野において周知である。一般的に、ヒト
化抗体は、ヒトではない供給源からヒト抗体へ導入された１つ以上のアミノ酸残基を有す
る。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしばインポート残基と称され、これは、代表的
にインポート可変ドメインから得られる。ヒト化は、Ｗｉｎｔｅｒおよびその共同研究者
らの方法（Ｊｏｎｅｓら，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｉｅ
ｃｈｍａｎｎら，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３〜３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙ
ｅｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４〜１５３６（１９８８））に従って（げっ歯
類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列とヒト抗体の対応配列とを置換することによって）本質的に実
行され得る。従って、そのようなヒト化抗体は、キメラ抗体であり（米国特許第４，８１
６，５６７号）、ここで実質的にほとんどインタクトではないヒト可変ドメインは、非ヒ
ト種由来の対応配列によって置換されている。実際問題として、ヒト化抗体は、代表的に
いくつかのＣＤＲ残基およびおそらくはいくつかのＦＲ残基が、げっ歯類抗体における類
似部位からの残基によって置換されるヒト抗体である。
【０１１９】
ヒト抗体はまた、当該分野において公知の種々の技術（ファージディスプレイライブラ
リーを含む）を使用して産生され得る（ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．
Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏ
ｌ．，２２２：５８１（１９９１））。ＣｏｌｅらおよびＢｏｅｒｎｅｒらの技術はまた
、ヒトモノクローナル抗体の調製のために利用できる（Ｃｏｌｅら，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａ
ｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌ
ｉｓｓ，７７頁（１９８５）およびＢｏｅｒｎｅｒら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７（
１）：８６〜９５（１９９１））。同様に、ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン座をトラン
スジェニック動物（例えば、内因性免疫グロブリン遺伝子が部分的または完全に不活性化
されるマウス）内へ導入することによって作られ得る。チャレンジの際に、ヒト抗体産生
が観察され、このヒト抗体は、遺伝子の再配列、集合、および抗体レパートリーを含む、
全ての点で、ヒトにおいて見出されるものと密接に似ている。このアプローチは、例えば
、米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２
５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６６１，０１６
号、および以下の科学刊行物：Ｍａｒｋｓら，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０，７
７９〜７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇら，Ｎａｔｕｒｅ ３６８ ８５６〜８５９
（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ ３６８，８１２〜１３（１９９４）；
Ｆｉｓｈｗｉｌｄら，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４，８４５〜５１
（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４
，８２６（１９９６）；ＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉ
ｍｍｕｎｏｌ．１３ ６５〜９３（１９９５）において記載される。
【０１２０】
免疫治療によって、ＣＡタンパク質に対して惹起された抗体での癌腫の処置が意味され
る。本明細書中で使用される場合、免疫治療は、受動的であるか、または能動的であり得
る。本明細書中で定義されるように、受動免疫治療は、レシピエント（患者）への抗体の
受動移送である。能動免疫は、レシピエント（患者）における抗体および／またはＴ細胞
応答の誘導である。免疫応答の誘導は、レシピエントに抗体が惹起される抗原を提供する
ことの結果である。当業者によって理解されるように、抗原は、抗体が惹起されることが
望ましいポリペプチドをレシピエントに注射すること、または抗原の発現のための条件下
でレシピエントと、抗原を発現し得る核酸とを接触させることによって、提供され得る。
【０１２１】
好ましい実施形態において、分泌された成長因子をコードする癌遺伝子は、上述される
ように分泌されたタンパク質であるＣＡタンパク質に対して抗体を惹起することによって
阻害され得る。理論によって束縛されることなく、処置のために使用される抗体が結合し
、そして分泌されたタンパク質がそのレセプターに結合することを防止し、それによって
分泌されたＣＡタンパク質を不活化する。
【０１２２】
別の好ましい実施形態において、抗体が惹起されるＣＡタンパク質は、膜貫通タンパク
質である。理論によって束縛されることなく、処置のために使用される抗体は、ＣＡタン
パク質の細胞外ドメインに結合し、そしてＣＡタンパク質が他のタンパク質（例えば、循
環リガンドまたは細胞関連分子）に結合することを防止する。抗体は、膜貫通ＣＡタンパ
ク質のダウンレギュレートを引き起こし得る。当業者によって理解されるように、抗体は
、競合的、非競合的であり得るか、またはＣＡタンパク質の細胞外ドメインに結合するタ
ンパク質の非競合的阻害剤であり得る。抗体はまた、ＣＡタンパク質のアンタゴニストで
ある。さらに、抗体は、膜貫通ＣＡタンパク質の活性化を防止する。１つの局面において
、抗体がＣＡタンパク質への他の分子の結合を防止する場合、抗体は、細胞の成長を防止
する。抗体はまた、細胞傷害性剤（ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−β、ＩＬ−１、ＩＮＦ−γおよ
びＩＬ−２が挙げられるがこれらに限定されない）、または化学治療剤（５ＦＵ、ビンブ
ラスチン、アクチノマイシンＤ、シスプラチン、メトトレキサートなどを含む）に対して
細胞を感作し得る。いくつかの例において、抗体が膜貫通タンパク質と複合体化し、それ
によって細胞傷害性を媒介する場合、抗体は、血清補体を活性化する亜類型に属する。従
って、癌は、患者に膜貫通ＣＡタンパク質に対して指向される抗体を投与することによっ
て処置され得る。
【０１２３】
別の好ましい実施形態において、抗体は、治療部分と結合体化される。１つの局面にお
いて、治療部分は、ＣＡタンパク質の活性を調節する低分子である。別の局面で、治療部
分は、ＣＡタンパク質と関連するか、またはＣＡタンパク質と密接に近位にある分子の活
性化を調節する。この治療部分は、癌と関連するプロテアーゼ活性またはプロテインキナ
ーゼ活性のような酵素活性を阻害し得る。
【０１２４】
好ましい実施形態において、治療部分はまた、細胞傷害性の薬剤であり得る。この方法
において、細胞傷害性薬剤を腫瘍組織または細胞に対して標的化することは、罹患細胞の
数の減少を生じ、それゆえ、癌（リンパ腫または乳癌を含む）に関連する症状を減少させ
る。細胞傷害性薬剤は、多数および多様であり、そして細胞傷害性薬剤としては、傷害性
薬物または毒素あるいはそのような毒素の活性フラグメントが挙げられるが、これらに限
定されない。適切な毒素およびその対応フラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、体外毒
素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉ
ｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）な
どが挙げられる。細胞傷害性薬剤はまた、放射性同位元素をＣＡタンパク質に対して惹起
される抗体に結合体化すること、または放射性核種を抗体と共有結合するキレート剤に結
合することによって作られる放射化学物質を含む。治療部分の膜貫通ＣＡタンパク質への
標的化は、目的の癌（すなわち、リンパ腫または乳癌）における治療部分の局所濃度を増
加するばかりでなく、治療部分と関連し得る有害な副作用を減少するように作用する。
【０１２５】
別の好ましい実施形態において、抗体が惹起されるＣＡタンパク質は、細胞内タンパク
質である。この場合において、抗体は、細胞内への侵入を促進するタンパク質に結合体化
され得る。１つの場合において、抗体は、エンドサイトーシスによって細胞へ入る。別の
実施形態において、抗体をコードする核酸は、個体または細胞に投与される。そのうえ、
ここでＣＡタンパク質は、細胞内で（すなわち、核に）標的化され得、これに対する抗体
は、局在を標的にするためのシグナル（すなわち、核局在シグナル）を含む。
【０１２６】
本発明のＣＡ抗体は、特異的にＣＡタンパク質に結合する。本明細書中の「特異的結合
」によって、抗体は、少なくとも１０−４〜１０−６Ｍ−１の範囲にある結合定数を有す
る（好ましくは、１０−７〜１０−９Ｍ−１の範囲を有する）タンパク質と結合すること
が意味される。
【０１２７】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、発現後に精製されるかまたは単離され
る。ＣＡタンパク質は、どのような他の成分がサンプル中に存在するかに依存して、当業
者に公知の種々の方法で単離されるか、または精製され得る。標準的な精製方法としては
、電気泳動的技術、分子的技術、免疫学的技術およびクロマトグラフィー技術（イオン交
換クロマトグラフィー、疎水性クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー
、および逆相ＨＰＬＣクロマトグラフィー）ならびに等電点電気泳動が挙げられる。例え
ば、ＣＡタンパク質は、標準的な抗ＣＡ抗体カラムを使用して精製され得る。タンパク質
濃度に関連して、限外濾過技術およびダイアフィルトレーション（ｄｉａｆｉｌｔｒａｔ
ｉｏｎ）技術もまた、有用である。適切な精製技術における一般的な指針については、Ｓ
ｃｏｐｅｓ、Ｒ．、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖ
ｅｒｌａｇ、ＮＹ（１９８２）を参照のこと。精製の必要性の程度は、ＣＡタンパクの使
用に依存して変化する。いくつかの例において、精製は必要ない。
【０１２８】
一旦発現され、そして必要に応じて精製されたならば、ＣＡタンパク質および核酸は、
多くの適用において有用である。
【０１２９】
１つの局面において、遺伝子の発現レベルは、癌腫表現型における異なる細胞状態につ
いて決定される；つまり、正常な組織および癌組織における遺伝子発現のレベル（以下で
略述されるように、いくつかの場合において、予後と関係するリンパ腫または乳癌の重症
度を変えるために）は、発現プロファイルを提供するために評価される。特定の細胞状態
または発生点での発現プロファイルは、本質的にその状態の「フィンガープリント」であ
り；２つの状態は、類似して発現した任意の特定の遺伝子を有し得る一方で、多くの遺伝
子の評価は、細胞の状態に独特である遺伝子発現プロファイルの生成を同時に可能にする
。異なる状態における細胞の発現プロファイルを比較することによって、これらの状態の
各々においてどの遺伝子が重要である（遺伝子のアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションの両方を含む）かに関する情報が得られる。次いで、診断がなされ得るか
、または確認され得る：特定の患者由来の用量組織は、正常組織または癌腫組織の遺伝子
発現プロファイルを有する。
【０１３０】
本明細書中で使用される場合、「差示的発現」または文法的に等価なものは、細胞内お
よび細胞間での、遺伝子の一時的発現パターンおよび／または細胞性発現パターンにおけ
る定性的差異ならびに定量的差異の両方をいう。従って、差示的に発現した遺伝子は、定
性的に発現を変化させ得、この変化としては、例えば、正常組織 対 癌腫組織における
活性化または不活化を含む。つまり、遺伝子は、他の状態と関連して、特定の状態におい
てスイッチが入り得るか、または切れ得る。当業者によって理解されるように、２つ以上
の状態の任意の比較が行われ得る。そのように定性的に調節される遺伝子は、１つのその
ような状態または細胞型において標準的な技術によって検出可能であるが、両方では検出
不可能である１つの状態または細胞型内における発現パターンを示す。あるいは、発現が
増加するまたは減少するという点で、この決定は、定量的である：つまり、遺伝子発現は
アップレギュレートされ、転写物の量の増加を生じるか、またはダウンレギュレートされ
、転写物の量の減少を生じるかのいずれかである。発現の差異の程度としては、以下に略
述されるように、標準的な特性付け技術を介して（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｇｅ
ｎｅＣｈｉｐ（商標登録）発現分析（Ｌｏｃｋｈａｒｔ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ
ｎｏｌｏｇｙ，１４：１６７５〜１６８０（１９９６））（本明細書中で参照として明確
に援用される）の使用によって）定量するために十分大きいことのみが必要である。他の
技術としては、定量逆転写ＰＣＲ、ノーザン分析およびＲＮａｓｅ保護が挙げられるが、
これらに限定されない。上で略述されるように、好ましくは、発現における変化（すなわ
ち、アップレギュレーションまたはダウンレギュレーション）は、少なくとも約５０％で
あり、より好ましくは少なくとも約１００％であり、より好ましくは少なくとも約１５０
％であり、より好ましくは、少なくとも約２００％であり、３００から少なくとも１００
０％までが特に好ましい。
【０１３１】
当業者によって理解されるように、これは、遺伝子転写またはタンパク質レベルのいず
れかでの評価によってなされ得る；つまり、遺伝子発現量は、遺伝子転写物のＤＮＡまた
はＲＮＡ等価物に対する核酸プローブを使用することでモニターされ得、そして遺伝子発
現レベルの定量、あるいは最終的な遺伝子産物自体（タンパク質）は、例えば、ＣＡタン
パク質に対する抗体および標準的な免疫アッセイ（ＥＬＩＳＡなど）の使用または他の技
術（質量分光計アッセイ、２Ｄゲル電気泳動アッセイなどを含む）の使用を介してモニタ
ーされ得る。従って、ＣＡ遺伝子に対応するタンパク質（すなわち、特定の癌腫表現型（
すなわち、乳癌またはリンパ腫）において重要であるとして同定されたもの）は、癌腫に
特異的な診断試験において評価され得る。
【０１３２】
好ましい実施形態において、遺伝子発現モニタリングが行われ、そして多くの遺伝子（
すなわち、発現プロファイル）は、同時にモニターされるが、複数のタンパク質発現モニ
タリングもまた、行われ得る。同様に、これらのアッセイはまた、個々に基づいて行われ
得る。
【０１３３】
この実施形態において、ＣＡ核酸プローブは、本明細書中で略述されるように、特定の
細胞におけるＣＡ配列の検出および定量のためにバイオチップに結合され得る。アッセイ
は、当該分野で公知のように行われる。当業者によって理解されるように、任意の数の異
なるＣＡ配列が、プローブとして使用され得、いくつかのケースにおいて、単一配列アッ
セイが使用され、そして本明細書中で記載される複数の配列が他の実施形態において使用
される。さらに、固相アッセイが記載されているが、任意の数の溶液ベースアッセイもま
た、行われ得る。
【０１３４】
好ましい実施形態において、固相ベースアッセイおよび溶液ベースのアッセイの両方が
、正常組織と比較された場合、癌腫においてアップレギュレートされるか、またはダウン
レギュレートされるＣＡ配列を検出するために使用され得る。ＣＡ配列は変性されるが、
同じ発現プロファイルまたは変更された発現プロファイルを示す例において、このタンパ
ク質は、本明細書中で略述されるように検出される。
【０１３５】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質をコードする核酸が検出される。ＣＡタン
パク質をコードするＤＮＡまたはＲＮＡは検出され得るが、ＣＡタンパク質をコードする
ｍＲＮＡを検出する方法が、特に興味深い。サンプルにおけるｍＲＮＡの存在は、ＰＲＤ
Ｍ１１のようなＣＡ遺伝子がｍＲＮＡを形成するために転写されることの指標であり、そ
してタンパク質が発現されることを示唆する。ｍＲＮＡを検出するためのプローブは、ｍ
ＲＮＡと相補的であり、そしてこのｍＲＮＡとの塩基対である任意のヌクレオチド／デオ
キシヌクレオチドプローブであり得、そしてこのプローブとしては、オリゴヌクレオチド
、ｃＤＮＡまたはＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。プローブはまた、本明
細書中で規定されるように、検出可能な標識を含むべきである。１つの方法において、ｍ
ＲＮＡは、試験されるべき核酸を固形支持体上（例えば、ナイロン膜）に固定化し、そし
てプローブをサンプルにハイブリダイズした後に検出される。洗浄して非特異的に結合し
たプローブを除去した後、標識が検出される。別の方法において、ｍＲＮＡの検出は、イ
ンサイチュで実行される。この方法において、浸透細胞または組織サンプルは、プローブ
を標的ｍＲＮＡとハイブリダイズさせるために十分な時間の間、検出可能に標識された核
酸プローブと接触される。洗浄して非特異的に結合したプローブを除去した後、標識が検
出される。例えば、ＣＡタンパク質をコードするｍＲＮＡと相補的なジゴキシゲニン標識
リボプローブ（ＲＮＡプローブ）は、ジゴキシゲニンと抗ジゴキシゲニン二次抗体の結合
によって検出され、そしてニトロブルーテトラゾリウムおよび５−ブロモ−４−クロロ−
３−インドイルホスフェートで発色される。
【０１３６】
好ましい実施形態において、本明細書中で記載されるように、３つのクラスのタンパク
質のうちのいずれか（分泌性タンパク質、膜貫通タンパク質または細胞内タンパク質）が
、診断アッセイにおいて使用される。ＣＡタンパク質、抗体、核酸、ＣＡ配列を含む改変
タンパク質および細胞が、診断アッセイにおいて使用される。この診断アッセイは、個々
の遺伝子または対応するポリペプチドレベルについて行われるか、またはアッセイのセッ
トとして行われる。
【０１３７】
本明細書中で記載され、そして定義されるように、ＣＡタンパク質は、癌腫（例えば、
乳癌またはホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫のようなリンパ腫が含まれるが、
これに限定されない）のマーカーとしての使用を見出す。癌腫と推定される組織または患
者におけるこれらのタンパク質の検出は、癌腫の型の決定または診断を可能にする。当業
者に公知の多くの方法は、癌腫を検出する際の使用を見出す。１つの実施形態において、
抗体は、ＣＡタンパク質を検出するために使用される。好ましい方法は、ゲル（代表的に
は、変性および還元したタンパク質ゲルであるが、等電点電気泳動ゲルなどを含む任意の
他の型のゲルでもあり得る）上での電気泳動によって、タンパク質をサンプルまたは患者
から分離する。タンパク質を分離した後、ＣＡタンパク質は、このＣＡタンパク質に対し
て惹起された抗体との免疫ブロッティングによって検出される。免疫ブロッティングの方
法は、当業者に周知である。
【０１３８】
別の好ましい方法において、ＣＡタンパク質に対する抗体は、インサイチュでの画像化
技術における使用を見出す。この方法において、細胞は、ＣＡタンパク質に対する１から
多くの抗体と接触される。洗浄して非特異的抗体結合を除去した後、抗体の存在が検出さ
れる。１つの実施形態において、抗体は、検出可能な標識を含む二次抗体とともにインキ
ュベートすることによって検出される。別の方法において、ＣＡタンパク質に対する一次
抗体は、検出可能な標識を含む。別の好ましい実施形態において、複数の一次抗体のうち
のそれぞれ１つは、別個の検出可能な標識を含む。この方法は、複数のＣＡタンパク質に
ついての同時スクリーニングにおける特定の使用を見出す。当業者によって理解されるよ
うに、多くの他の組織学的画像化技術は、本発明において有用である。
【０１３９】
好ましい実施形態において、標識は、異なる波長の放出を検出し、そして区別する能力
を有する蛍光計で検出される。さらに、蛍光活性化セルソーター（ＦＡＣＳ）が、本方法
において使用され得る。
【０１４０】
別の好ましい実施形態において、抗体は、血液サンプルから癌腫を診断する際の使用を
見出す。以前に記載されたように、特定のＣＡタンパク質は、分泌された分子／循環分子
である。それゆえ、血液サンプルは、プローブされるべきサンプルとして有用であるか、
または分泌されたＣＡタンパク質の存在について試験される。当業者によって理解される
ように、抗体は、以前に記載された免疫アッセイ技術（ＥＬＩＳＡ、免疫ブロッティング
（ウエスタンブロット）、免疫沈降、ＢＩＡＣＯＲＥ技術などが含まれる）のいずれかに
よってＣＡタンパク質を検出するために使用され得る。
【０１４１】
好ましい実施形態において、標識されたＣＡ核酸プローブの組織アレイとのインサイチ
ュハイブリダイゼーションが行われる。例えば、組織サンプル（ＣＡ組織および／または
正常組織を含む）のアレイが作製される。次いで、当該分野において公知のインサイチュ
ハイブリダイゼーションが行われ得る。
【０１４２】
個体と標準との間の発現フィンガープリントが比較される場合、当業者は、診断および
予後を行い得ることが理解される。さらに、診断を示す遺伝子は、予後を示す遺伝子とは
異なり得ることが理解される。
【０１４３】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質、抗体、核酸、ＣＡ配列を含む改変タンパ
ク質および細胞は、予後アッセイにおいて使用される。上記のように、癌腫（特に、乳癌
またはリンパ腫）、長期予後の点からみた重症度に関連する遺伝子発現プロファイルが生
成され得る。ここでも、これは、タンパク質または遺伝子レベルのいずれかで行われ得る
（遺伝子の使用が、好ましい）。上記のように、ＣＡプローブは、組織または患者内での
ＣＡ配列の検出および定量化のためにバイオチップに結合される。このアッセイは、診断
のために略述されるように行われる。
【０１４４】
好ましい実施形態において、本明細書中で記載されるようなＣＡ配列のいずれかが、薬
物スクリーニングアッセイにおいて使用される。ＣＡタンパク質、抗体、核酸、ＣＡ配列
を含む改変タンパク質および細胞が、薬剤スクリーニングアッセイにおいて、または「遺
伝子発現プロファイル」もしくはポリペプチドの発現プロファイルに対する薬物候補の効
果を評価することによって使用される。１つの実施形態において、好ましくは、候補薬剤
で処置した後の発現プロファイル遺伝子に関するモニタリングを可能にするための高スル
ープットスクリーニング技術（Ｚｌｏｋａｒｎｉｋら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７９，８４〜
８（１９９８），Ｈｅｉｄら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，６：９８６〜９９４（１９９６
））と併用して、発現プロファイルが使用される。
【０１４５】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質、抗体、核酸、改変ＣＡタンパク質および
ネイティブのＣＡタンパク質または改変ＣＡタンパク質を含む細胞が、スクリーニングア
ッセイにおいて使用される。つまり、本発明は、癌腫表現型を調節する組成物についての
スクリーニングのための新規の方法を提供する。上記のように、これは、遺伝子発現のた
めの調節因子またはタンパク質活性の調節因子についてのスクリーニングによって行われ
得る。同様に、これは、個々の遺伝子またはタンパク質レベルについて、あるいは「遺伝
子発現プロファイル」に対する薬物候補の効果を評価することによって行われ得る。好ま
しい実施形態において、好ましくは、候補薬剤で処置した後に発現プロファイル遺伝子に
関するモニタリングを可能にするための高スループットスクリーニング技術（Ｚｌｏｋａ
ｒｎｉｋ，前出を参照のこと）と併用して、発現プロファイルが使用される。
【０１４６】
本明細書でＣＡ遺伝子を同定したので、遺伝子発現に対する薬剤の効果を評価するため
に多様なアッセイが実施され得る。好ましい実施形態において、アッセイは、個々の遺伝
子レベルまたはタンパク質レベルに対して実行され得る。すなわち、癌腫において異常に
調節される遺伝子として、特定の遺伝子を同定すると、遺伝子応答を調節する候補生物活
性薬剤が、スクリーニングされ得る。このように「モジュレーション」は、遺伝子発現ま
たは活性における増加および減少の両方を包含する。好ましいモジュレーション量は、正
常組織 対 腫瘍組織における遺伝子発現の最初の変化に依存し、少なくとも１０％、好
ましくは５０％、さらに好ましくは１００〜３００％の変化を有し、そしてある実施形態
においては３００〜１０００％以上の変化を有する。このように、ある遺伝子が正常組織
と比較して腫瘍組織では４倍の増加を表す場合、約４倍の減少が所望される；正常組織と
比較して、腫瘍組織では１０倍の減少は、候補薬剤の発現において１０倍の増加を与える
ことが所望される、など。あるいは、ＣＡ配列が変更されるが、同一の発現プロファイル
または変更された発現プロファイルを示す場合、本明細書で概要を述べられるように、タ
ンパク質は検出され得る。
【０１４７】
当業者により理解されるように、これは、遺伝子レベルまたはタンパク質レベルのいず
れかでの評価により実施され得る；すなわち遺伝子発現量は、核酸プローブおよび遺伝子
発現レベルの定量化を用いてモニターされ得、あるいは、遺伝子産物それ自身のレベルは
モニターされ得る（例えば、ＣＡタンパク質に対する抗体および標準的な免疫学的検定法
の使用によって）。あるいは、タンパク質を用いた結合アッセイおよび生物活性アッセイ
は、以下に概要を述べられているように実施され得る。
【０１４８】
好ましい実施形態において、遺伝子発現のモニタリングが実施され、多くの遺伝子、す
なわち発現プロファイルが同時にモニターされるが、多くのタンパク質の発現をモニター
することが、同様に実施され得る。
【０１４９】
本実施形態において、特定の細胞において、本明細書中に概要を述べられるように、Ｃ
Ａ配列の検出および定量化のために、ＣＡ核酸プローブはバイオチップに結合される。ア
ッセイは、さらに以下に記述される。
【０１５０】
概して、好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤は、分析前に細胞に添加される
。さらに、スクリーニングは、癌腫の特定の型を調節するか、ＣＡタンパク質を調節する
か、ＣＡタンパク質に結合するか、またはＣＡタンパク質と抗体との結合間で干渉する、
候補生物活性薬剤を同定するように提供される。
【０１５１】
本明細書中で使用される場合、「候補生物活性薬剤」もしくは「薬物候補」という用語
、または文法的な同義語は、癌腫表現型（ＣＡタンパク質に結合し、そして／またはＣＡ
タンパク質の生物活性を調節する）またはＣＡ配列の発現（核酸配列およびタンパク質配
列の両方の発現を含む）のいずれかを直接的にもしくは間接的に変え得る、生物活性薬剤
について試験されるべき、任意の分子、例えば、タンパク質、オリゴペプチド、有機低分
子または無機低分子、多糖類、ポリヌクレオチドなどを記載する。特に好ましい実施形態
において、候補薬剤は、例えば正常組織フィンガープリントに対して、ＣＡ表現型を抑制
する。同様に、候補薬剤は、好ましくは重症ＣＡ表現型を抑制する。概して、複数のアッ
セイ混合物は、種々の濃度に対して異なる応答を得るため、異なる薬剤の濃度で平行して
実施される。代表的に、これらの濃度の１つは、ネガティブコントロール（すなわち、ゼ
ロ濃度または検出レベル以下で）としての役割を果たす。
【０１５２】
一つの局面において、候補薬剤は、ＣＡタンパク質の効果を無効にする。「無効にする
」は、細胞に実質的な効果を与えないように、タンパク質の活性が、阻害されるか、また
は反対に作用されるかのいずれかを意味する。
【０１５３】
候補薬剤は、多くの化学的分類（代表的にそれらは有機分子または無機分子であるが、
好ましくは１００を超え、そして約２，５００ダルトン未満の分子量を有する有機低分子
化合物）を包含する。好ましい低分子は、２０００Ｄ未満または１５００Ｄ未満または１
０００Ｄ未満または５００Ｄ未満である。候補薬剤は、タンパク質との構造相互作用（特
に水素結合）に必要な官能基を含み、この官能基としては、代表的には少なくとも一つの
アミン基、カルボニル基、ヒドロキシル基またはカルボキシル基を包含し、好ましくは少
なくとも二つの化学官能基が挙げられる。候補薬剤は、しばしば、一つ以上の上記の官能
基で置換された環式炭素構造または複素環式構造、および／あるいは芳香族構造または多
芳香族構造を含む。候補薬剤はまた、ペプチド、サッカリド、脂肪酸、ステロイド、プリ
ン、ピリミジン、誘導体、これらの構造アナログまたはそれらの組み合わせを含む生体分
子の中から見出される。ペプチドが、特に、好ましい。
【０１５４】
候補薬剤は、合成化合物または天然化合物のライブラリーを含有する、広範囲の多様な
供給源から得られる。例えば、多くの手段は、広範囲の多様な有機化合物および生体分子
のランダムそして指向的な合成（ランダム化したオリゴヌクレオチドの発現を含む）のた
めに利用可能である。あるいは、細菌、真菌、植物および動物の抽出物の形態において、
天然化合物のライブラリーは、入手可能であるかまたは容易に作製される。さらに、天然
にかまたは合成的に生成されたライブラリーおよび化合物は、従来の化学的手段、物理的
手段および生物化学的手段により、容易に改変される。公知の薬理学的な薬剤は、構造的
アナログを生成するために、指向的またはランダムな化学修飾（アシル化、アルキル化、
エステル化、アミド化のような）に供され得る。
【０１５５】
好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤はタンパク質である。本明細書において
「タンパク質」は、少なくとも二つの共有結合されたアミノ酸（それは、タンパク質、ポ
リペプチド、オリゴペプチドおよびペプチドを包含する）を意味する。タンパク質は、天
然に存在するアミノ酸およびペプチド結合、または合成ペプチド模倣構造から構成され得
る。このように、本明細書で使用される場合、「アミノ酸」または「ペプチド残基」は、
天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸の両方を意味する。例えば、ホモフェニルア
ラニン、シトルリンおよびノルロイシンは、本発明の目的のためのアミノ酸と考慮される
。「アミノ酸」はまた、イミノ酸残基（プロリンおよびヒドロキシプロリンのような）も
包含する。側鎖は、（Ｒ）体または（Ｓ）体のいずれかであり得る。好ましい実施形態に
おいて、アミノ酸は、（Ｓ）体またはＬ体である。天然に存在しない側鎖が使用される場
合、非アミノ酸置換基は、例えば、インビボでの分解を妨げるかもしくは遅らせるために
使用され得る。
【０１５６】
好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤は、天然に存在するタンパク質または天
然に存在するタンパク質のフラグメントである。このように、例えば、タンパク質を含有
する細胞抽出物、またはタンパク様の細胞抽出物のランダムなもしくは指向的な消化が使
用され得る。この方法において、原核生物タンパク質および真核生物タンパク質のライブ
ラリーは、本発明の方法でスクリーニングするために作製され得る。本実施形態において
、細菌、真菌、ウイルスおよび哺乳類のタンパク質のライブラリーが特に好ましく、後者
が好ましく、ヒトタンパク質が特に好ましい。
【０１５７】
好ましい実施形態では、候補生物活性薬剤は、約５〜約３０アミノ酸のペプチドであり
、約５〜約２０アミノ酸が好ましく、約７〜約１５が特に好ましい。そのペプチドは、上
記に概要を述べられているような天然に存在するタンパク質、ランダムなペプチド、また
は「偏った（ｂｉａｓｅｄ）」ランダムなペプチドの消化であり得る。本明細書中の「ラ
ンダム化」または文法的な同義語は、本質的にランダムなヌクレオチドおよびアミノ酸か
らなる、それぞれ核酸およびペプチドのいずれかを意味する。概して、これらのランダム
なペプチド（または核酸、以下に検討される）は、化学的に合成されるので、それらは、
任意の位置で、任意のヌクレオチドまたはアミノ酸を組み込み得る。合成プロセスは、ラ
ンダム化されたタンパク質または核酸を生成するように設計され、配列の長さにわたる全
てのまたはほとんどの可能な組み合わせの形成を可能にし、従ってランダム化された候補
生物活性タンパク様薬剤のライブラリーを形成し得る。
【０１５８】
１つの実施形態において、ライブラリーは、任意の位置での配列優先性または一定配列
を有さずに、十分にランダム化される。好ましい実施形態において、ライブラリーは偏る
。すなわち、配列内のいくつかの位置は、一定配列を保持されるか、または限られた数の
可能性から選択されるかのいずれかである。例えば、好ましい実施形態において、ヌクレ
オチドまたはアミノ酸残基は、規定された分類（例えば、疎水性アミノ酸、親水性残基、
立体的に偏った（小さいかまたは大きいかのいずれか）残基、核酸結合ドメインの生成に
ついて、システインの作製、交差結合について、ＳＨ−３ドメインについてのプロリン、
リン酸化部位についてのセリン、スレオニン、チロシンまたはヒスチジンなど、または、
プリンなど）内でランダム化される。
【０１５９】
好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤は、上記で規定されるような核酸である
。
【０１６０】
タンパク質について概して上で記述されるように、核酸候補生物活性薬剤は、天然に存
在する核酸、ランダムな核酸、または「偏った」ランダムな核酸であり得る。例えば、原
核生物ゲノムまたは真核生物ゲノムの消化物は、タンパク質について、上記に概要を述べ
られたように使用され得る。
【０１６１】
好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤は、有機化学的部分であり、この広い範
囲は文献において入手可能である。
【０１６２】
一つ以上のＣＡ遺伝子の発現プロファイルを変更するためのアッセイにおいて、候補薬
剤が添加され、細胞はしばらくの間インキュベートされた後、分析される標的配列を含む
サンプルは、バイオチップに添加される。必要な場合、標的配列は、公知技術を用いて調
製される。例えば、公知の溶解緩衝液、エレクトロポレーションなどを用いて、精製およ
び／または必要に応じて生じるＰＣＲのような増幅を用いて、当業者に理解されるように
、サンプルは細胞を溶解するように処理され得る。例えば、ヌクレオシドに共有結合され
た標識を用いてインビトロの転写が行われる。概して、核酸は、本明細書中で規定される
ように、標識（ビオチン−ＦＩＴＣまたはＰＥ、ｃｙ３およびｃｙ５が特に好ましい）を
用いて標識化される。
【０１６３】
好ましい実施形態において、標的配列は、プローブに対する標的配列の特異的な結合を
検出する手段を与えるために、例えば、蛍光、化学発光、化学的信号もしくは放射線信号
を用いて標識される。標識はまた、適切な基質が検出され得る生成物を生成するのであれ
ば、アルカリフォスファターゼまたはホースラディッシュペルオキシダーゼのような酵素
であり得る。あるいは、標識は、標識化合物または標識低分子（酵素阻害剤のような）で
あり得、それは、結合するが、触媒されないか、または酵素により変更されない。標識は
また、部分または化合物（例えば、エピトープタグもしくはストレプトアビジンに特異的
に結合するビオチン）であり得る。ビオチンの例について、ストレプトアビジンは、上記
に記述されたように標識化され、それにより、結合された標的配列に検出可能なシグナル
を提供する。当該分野で公知のように、非結合標識ストレプトアビジンは、分析前に除去
される。
【０１６４】
当業者に理解されるように、これらのアッセイは、直接的なハイブリダイゼーションア
ッセイであり得るか、または「サンドイッチアッセイ」（それは多くのプローブの使用を
含み、概して米国特許第５,６８１,７０２号、同第５,５９７,９０９号、同第５,５４５,
７３０号、同第５,５９４,１１７号、同第５,５９１,５８４号、同第５,５７１,６７０号
、同第５,５８０,７３１号、同第５,５７１,６７０号、同第５,５９１,５８４号、同第５
,６２４,８０２号、同第５,６３５,３５２号、同第５,５９４,１１８号、同第５,３５９,
１００号、同第５,１２４,２４６号および同第５,６８１,６９７号（これらの全てが本明
細書中で参考として援用される）に概要が述べられている）、を包含し得る。本実施形態
において、一般的に、標的核酸は、上記に概要が述べられているように調製され、次いで
、ハイブリダイゼーション複合体を形成をさせる条件下で、複数の核酸プローブを含むバ
イオチップに添加される。
【０１６５】
多様なハイブリダイゼーションの条件が、本発明で使用され得、上記に概要が述べられ
ているように高い、中程度のおよび低いストリンジェンシー条件を包含する。アッセイは
、概してストリンジェンシー条件下で実施され、これは、標的の存在下のみで標識プロー
ブハイブリダイゼーション複合体を形成させる。ストリンジェンシーは、工程パラメータ
（熱力学的変数であり、温度、ホルムアミド濃度、塩濃度、カオトロピック塩濃度ｐＨ、
有機溶媒濃度等が挙げられるが、これらに限定されない）を変えることによりコントロー
ルされ得る。
【０１６６】
これらのパラメータはまた、概して米国特許第５,６８１,６９７号に概要が述べられて
いるように、非特異的な結合を制御するために使用され得る。従って、非特異的な結合を
減少するため、より高いストリンジェンシー条件で特定の工程を実施することが望ましく
あり得る。
【０１６７】
本明細書中で概要が述べられた反応は、当業者に理解されるように、多様な方法で達成
され得る。反応の構成要素は、任意の順序で、同時にまたは連続的に添加され得、好まし
い実施形態は、以下に概要を述べられる。さらに、反応は、アッセイに含有され得る多く
の他の試薬を含有し得る。これらは、塩、緩衝液、中性タンパク質（例えば、アルブミン
）、界面活性剤等の様な試薬を含み、これらは最適なハイブリダイゼーションおよび検出
を容易にするために使用され得、そして／または非特異的な相互作用もしくはバックグラ
ウンドの相互作用を減少するために使用され得る。また、アッセイの効率を別な方法で改
善する試薬（プロテアーゼ阻害剤、ヌクレアーゼ阻害剤、抗微生物剤などのような）が使
用され得、それはサンプル調製法および標的の純度に依存する。さらに、固相または液体
ベースの（すなわち動力学的ＰＣＲ）いずれかのアッセイが使用され得る。
【０１６８】
一度そのアッセイが実施されると、データは、個々の遺伝子の発現レベル、およびその
状態の間の発現レベルの変化を決定するために分析され、遺伝子発現プロファイルを形成
する。
【０１６９】
好ましい実施形態において、診断用途および予後用途に関しては、任意の一つの状態で
重要な差次的に発現された遺伝子または変異遺伝子を同定したので、スクリーニングは、
遺伝子個々の発現を変えるために実施され得る。すなわち、単一遺伝子発現の制御を調節
するためのスクリーニングが行われ得る。このように、例えば、特にその存在または非存
在が２つの状態の間で特有である標的遺伝子の場合において、スクリーニングは標的遺伝
子発現の調節因子に対して行われる。
【０１７０】
さらに、スクリーニングは、候補因子に応答して誘導される新規遺伝子について行われ
得る。正常な発現パターンへ導くＣＡ発現パターンを抑制するか、または正常組織からの
遺伝子発現を模倣するように１つのＣＡ遺伝子発現プロファイルを調節するその能力に基
づいて候補因子を同定した後、上記に記述されるようにスクリーニングが、因子に応答し
て特に調節される遺伝子を同定するために実施され得る。正常組織と因子で処理されたＣ
Ａ組織との間において、発現プロファイルを比較することは、正常組織またはＣＡ組織で
発現されないが、因子で処理された組織で発現される遺伝子を明らかにする。これらの因
子特異的な配列は、同定され得、そしてＣＡ遺伝子またはタンパク質について本明細書で
記述された任意の方法により使用され得る。特に、これらの配列およびそれらがコードす
るタンパク質は、因子で処理された細胞に目印をつけるか、または同定することにおける
用途を発見する。さらに、抗体は、因子誘導タンパク質に対して惹起され得、そして、処
理されたＣＡ組織サンプルに対する新規治療薬を標的化するために使用され得る。
【０１７１】
このように、一つの実施形態において、候補因子は、このように関連したＣＡ発現プロ
ファイルを有する、ＣＡ細胞集団に対して投与される。本明細書中の「投与」または「接
触」は、候補因子が、摂取および細胞内作用、または細胞表面での作用のいずれかにより
、因子が細胞に作用するようにする様式で細胞に添加されることを意味する。ある実施形
態において、タンパク質様候補因子（すなわちペプチド）をコードする核酸は、ウイルス
構築物（例えば、レトロウイルス構築物）に入れられ得、そして、細胞に添加され、その
結果、ペプチド因子の発現が達成される（ＰＣＴ ＵＳ９７／０１０１９を参照のこと、
本明細書中で参考として明白に援用される）。
【０１７２】
一旦、候補因子が細胞に投与されると、所望される場合に細胞は洗浄され得、そして、
いくらかの期間好ましい生理条件下でインキュベートされる。次いで、本明細書で概要を
述べたように、細胞が回収され、新しい遺伝子発現プロファイルが生成される。
【０１７３】
このように、例えば、ＣＡ組織は、ＣＡ表現型を減少するか、または抑制する因子につ
いてスクリーニングされ得る。少なくとも一つの遺伝子の発現プロファイルの変化は、因
子がＣＡ活性に対する効果を有すことを示す。ＣＡ表現型に対するこのようなサイン（ｓ
ｉｇｎａｔｕｒｅ）を規定することにより、表現型を変える新しい薬物のスクリーニング
が考案され得る。このアプローチの場合、薬物の標的は公知である必要はなく、元々の発
現スクリーニングプラットフォームにおいて示される必要もなく、標的タンパク質につい
ての転写レベルが変化する必要もない。
【０１７４】
好ましい実施形態において、上記で概要を述べたように、スクリーニングは個々の遺伝
子および遺伝子産物（タンパク質）に対して実施され得る。すなわち、特定の状態におい
て重要であるような特に差次的に発現される遺伝子が同定されるので、遺伝子または遺伝
子産物それ自身の発現のいずれかの調節因子のスクリーニングが行われ得る。差次的に発
現された遺伝子の遺伝子産物は、時々、本明細書中で「ＣＡタンパク質」または「ＣＡＰ
」といわれる。ＣＡＰは、フラグメントであり得るか、あるいは、表１の核酸によりコー
ド化されるフラグメントについての全長タンパク質であり得る。好ましくは、ＣＡＰは、
フラグメントである。別の実施形態において、配列は、さらに本明細書に記述されている
ように、配列改変体である。
【０１７５】
好ましくは、ＣＡＰは、約１４〜２４のアミノ酸長のフラグメントである。さらに好ま
しくは、フラグメントは可溶性フラグメントである。好ましくは、フラグメントは、非膜
貫通領域を含む。好ましい実施形態において、フラグメントは、溶解性を補助するために
Ｎ末端にＣｙｓを有する。一つの実施形態において、フラグメントのｃ末端は、遊離酸と
して保たれ、ｎ末端は、結合を補助するための遊離アミン（すなわち、システインに対す
る）である。
【０１７６】
一つの実施形態において、ＣＡタンパク質は、本明細書中で検討されているように、免
疫原性因子に結合体化される。一つの実施形態において、ＣＡタンパク質は、ＢＳＡに結
合体化される。
【０１７７】
好ましい実施形態において、スクリーニングは、ＰＲＤＭ１１のようなＣＡ遺伝子の発
現産物の生物学的機能を変えるために実施される。また、特定の状態にある遺伝子の重要
性を同定されるので、遺伝子産物を結合し、そして／または遺伝子産物の生物学的活性を
調節する因子についてのスクリーニングは、以下にさらに十分に概要を述べるように実行
され得る。
【０１７８】
好ましい実施形態において、スクリーニングは、ＣＡタンパク質に結合し得る候補因子
をまず見つけるように設計され、次いで、これらの因子は、ＣＡＰ活性および癌腫表現型
を調節する候補因子の能力を評価するアッセイにおいて使用され得る。このように、当業
者に理解されるように、実施され得る多くの様々なアッセイ（結合アッセイおよび活性ア
ッセイ）が存在する。
【０１７９】
好ましい実施形態において、結合アッセイが実施される。一般的に、精製または単離さ
れた遺伝子産物が使用される；すなわち、一つ以上のＣＡ核酸の遺伝子産物が作製される
。一般的に、これは、当該分野に公知であるように実施される。例えば、抗体は、タンパ
ク質遺伝子産物に対して産生され、標準免疫アッセイは、存在するタンパク質量を決定す
るために実行される。あるいは、ＣＡタンパク質を含む細胞が、アッセイに使用され得る
。
【０１８０】
このように、好ましい実施形態において、方法は、ＣＡタンパク質と候補生物活性因子
とを合わせる工程、およびＣＡタンパク質への候補因子の結合を決定する工程を包含する
。好ましい実施形態はヒトまたはマウスのＣＡタンパク質を利用するが、他の哺乳動物タ
ンパク質をまた、例えば、ヒト疾患の動物モデルの開発のために使用され得る。いくつか
の実施形態において、本明細書に概要が述べられるように、改変体または誘導体のＣＡタ
ンパク質が使用され得る。
【０１８１】
概して、本明細書中の方法の好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質または候補因
子は、単離されたサンプル受容領域（例えば、マイクロタイタープレート、アレイなど）
を有する、不溶性支持体に非拡散的に結合される。この不溶性支持体は、任意の組成物か
ら作製され得、これらの組成物はこの支持体に結合され得、可溶性物質から容易に分離さ
れ、そうでなければ、全般的なスクリーニング方法と適合性である。このような支持体の
表面は、中実または多孔性であり得、任意の都合のよい形状である。適切な不溶性支持体
の例としては、マイクロタイタープレート、アレイ、メンブレンおよびビーズが挙げられ
る。これらは、代表的には、ガラス、プラスチック（例えば、ポリスチレン）、多糖類、
ナイロンもしくはニトロセルロース、ＴｅｆｌｏｎＴＭなどからつくられる。マイクロタ
イタープレートおよびアレイは、特に都合がよい。なぜなら、少量の試薬およびサンプル
を用いて、膨大な数のアッセイが同時に実行され得るからである。組成物の特定様式の結
合は、試薬および本発明の全般的な方法と適合性であり、組成物の活性を維持し、そして
、非拡散性である限り、重要ではない。好ましい結合方法としては、抗体（タンパク質が
支持体に結合される場合、リガンド結合部位または活性化配列のいずれも立体的にブロッ
クしない）、「粘着性」支持体またはイオン性支持体への直接結合、化学的架橋、タンパ
ク質または因子の表面上での合成などの使用が挙げられる。タンパク質または因子の結合
後、過剰の非結合性材料は洗浄により除去される。次いで、サンプル受容領域は、ウシ血
清アルブミン（ＢＳＡ）、カゼインまたは他の無害なタンパク質もしくは他の成分とのイ
ンキュベーションによりブロック化され得る。
【０１８２】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は支持体に結合され、そして候補生物活性
因子は、アッセイに添加される。あるいは、候補因子は、支持体に結合され、ＣＡタンパ
ク質が添加される。新規結合因子としては、特定の抗体、化学的なライブラリーのスクリ
ーニングで同定された非天然の結合因子、ペプチドアナログなどが挙げられる。ヒト細胞
に対して低い毒性を有する因子についてのスクリーニングアッセイは特に興味深い。広範
囲の多様なアッセイは、この目的のために使用され得、このアッセイとしては、標識化イ
ンビトロタンパク質−タンパク質結合アッセイ、電気泳動移動度シフトアッセイ、タンパ
ク質結合についての免疫アッセイ、機能的アッセイ（リン酸化アッセイなど）などが挙げ
られる。
【０１８３】
ＣＡタンパク質への候補生物活性因子の結合の決定は、多くの方法で実施され得る。好
ましい実施形態において、候補生物活性因子は標識され、結合が直接的に決定される。例
えば、これは、固体支持体にＣＡタンパク質の全てまたは一部を結合することにより、標
識化候補因子（例えば、蛍光標識）を添加することにより、過剰な試薬を洗い流すことに
より、そして標識が固体支持体上に存在するかどうかを決定することにより、実施され得
る。多様なブロッキング工程および洗浄工程が、当該分野で公知であるように利用され得
る。
【０１８４】
本明細書中の「標識化」は、検出可能なシグナルを提供する標識（例えば、放射線同位
元素、蛍光体、酵素、抗体、磁気粒子のような粒子、化学発光体または特異的な結合分子
など）を用いて、化合物が直接的または間接的のいずれかで標識化されることを意味する
。特異的な結合分子は、ビオチンとストレプトアビジンや、ジゴキシンと抗ジゴキシンな
どのような対を含む。特異的な結合メンバーについて、相補的なメンバーは、通常、上に
概要を述べたように、公知の手順に従って、検出を提供する分子を用いて標識化される。
標識は、検出可能なシグナルを直接的または間接的に与え得る。
【０１８５】
ある実施形態において、構成要素の一つのみが標識化される。例えば、タンパク質（ま
たはタンパク様候補因子）は、１２５Ｉまたは発蛍光団を用いてチロシン位で標識され得
る。あるいは、１を超える成分は、異なる標識を用いて（；例えば、タンパク質に対して
１２５Ｉを用いて、そして候補因子について蛍光体を用いて）標識され得る。
【０１８６】
好ましい実施形態において、候補生物活性因子の結合は、競合結合アッセイの使用によ
り決定される。この実施形態において、競合剤（例えば、抗体、ペプチド、結合パートナ
ー、リガンドなど）は、標的分子（すなわち、ＣＡタンパク質）に結合することが、公知
の結合部分である。特定の状況下で、生物活性因子を置換する結合部分を用いて、生物活
性因子および結合部分の間のように競合的結合が存在し得る。
【０１８７】
ある実施形態において、候補生物活性因子は標識される。候補生物活性因子または競合
剤のいずれか、あるいはその両方が存在する場合、結合させるのに十分な時間の間、タン
パク質にまず添加される。インキュベーションは、最適の活性を容易にする任意の温度（
代表的には４〜４０℃の間）で実施され得る。インキュベーション期間は、最適の活性に
ついて選択されるが、また、迅速なハイスループットスクリーニングを容易にするために
最適化もされ得る。代表的に、０．１〜１時間の間が十分である。過剰の試薬は、概して
除去されるかもしくは洗い流される。次いで、第２番目の成分要素が添加され、標識され
た成分の存在もしくは非存在が追跡され、結合を示す。
【０１８８】
好ましい実施形態において、競合剤が、まず添加され、その後、候補生物活性因子が添
加される。競合剤の置換は、候補生物活性因子がＣＡタンパク質に結合していることを示
し、従って、ＣＡタンパク質に結合し得、ＣＡタンパク質の活性を潜在的に調節し得る。
この実施形態において、いずれかの成分が標識され得る。従って、例えば、競合剤が標識
化される場合、洗浄溶液中の標識の存在は、因子による置換を表す。あるいは、候補生物
活性因子が標識される場合、支持体上の標識の存在は、置換を表す。
【０１８９】
代替的な実施形態において、候補生物活性因子がまず添加され、インキュベーションお
よび洗浄を行い、その後、競合剤が添加される。競合剤による結合の非存在は、生物活性
因子がより高い親和性でＣＡタンパク質と結合される、ということを表し得る。従って、
候補生物活性因子が標識される場合、支持体上の標識の存在は、競合剤結合の欠損と合わ
せて、候補因子がＣＡタンパク質に結合し得ることを表し得る。
【０１９０】
好ましい実施形態において、方法は、ＣＡタンパク質の活性を調節し得る、生物活性因
子を同定するために、差次的スクリーニング工程を包含する。この実施形態において、こ
の方法は、第１サンプル中の、ＣＡタンパク質と競合剤とを組み合わせる工程を包含する
。第２サンプルは、候補生物活性因子、ＣＡタンパク質および競合剤を含む。競合剤の結
合は、両サンプルについて決定され、そして２つのサンプル間の結合の変化または相違は
、ＣＡタンパク質に結合し得る因子の存在、およびその活性を潜在的に調節することを表
す。すなわち、競合剤の結合が、第１サンプルに比べて第２サンプルにおいて異なる場合
、因子は、ＣＡタンパク質に結合し得る。
【０１９１】
あるいは、好ましい実施形態は、ネイティブなＣＡタンパク質に結合するが、改変され
たＣＡタンパク質に結合し得ない薬物候補を同定するために差次的スクリーニングを利用
する。ＣＡタンパク質の構造は、モデル化され得、その部位と相互作用する因子を合成す
るために、合理的な薬物設計において使用され得る。ＣＡ生物活性に影響を及ぼす薬物候
補はまた、タンパク質の活性を増強するかまたは減少する能力について、薬物をスクリー
ニングすることにより同定される。
【０１９２】
ポジティブコントロールおよびネガティブコントロールは、アッセイにおいて使用され
得る。好ましくは、全てのコントロールおよび試験サンプルは、統計上有意な結果を得る
ために、少なくとも三連で実施される。全てのサンプルのインキュベーションは、タンパ
ク質に因子を結合するために十分な時間の間である。インキュベーション後、全てのサン
プルは、非特異的に結合された材料を含まないように洗浄され、そして結合された量（概
して、標識された因子）が決定される。例えば、放射標識が使用される場合で、サンプル
は、結合化合物量を決定するために、シンチレーションカウンターで計数され得る。
【０１９３】
多様な他の試薬は、スクリーニングアッセイにおいて包まれ得る。これらは、試薬（塩
、中性タンパク質（例えば、アルブミン）、界面活性剤など）を含み、それは、最適なタ
ンパク質−タンパク質結合を容易にし、そして／または非特異的な相互作用もしくはバッ
クグラウンド相互作用を減らすために使用され得る。そうでなければ、アッセイの効率を
改善する試薬（プロテアーゼ阻害剤、ヌクレアーゼ阻害剤、抗微生物剤など）もまた、使
用され得る。成分の混合物は、必須の結合を提供する任意の順番で添加され得る。
【０１９４】
ＣＡタンパク質の活性を調節する因子のスクリーニングもまた、実施され得る。好まし
い実施形態において、ＣＡタンパク質の活性を調節し得る生物活性因子をスクリーニング
する方法は、上述のように、ＣＡタンパク質のサンプルに候補生物活性因子を添加する工
程およびＣＡタンパク質の生物学的活性の変化を決定する工程を包含する。「ＣＡタンパ
ク質の活性を調節する」ことは、活性の増大；活性の減少、または存在する活性の型もし
くは種類の変化を包含する。このように、この実施形態において、候補因子は、本明細書
中に規定される場合、ＣＡタンパク質と結合すること（これは必要というわけではないが
）およびその生物学的活性または生化学的な活性を変えること、の両方をすべきである。
方法は、ＣＡタンパクの存在、分布、活性または量の変化について、インビトロのスクリ
ーニング方法（概して上に概要が述べられるように）およびインビボの細胞スクリーニン
グの両方を包含する。
【０１９５】
従って、この実施形態において、方法は、ＣＡサンプルと候補生物活性因子とを組み合
わせる工程、およびＣＡ活性に対する効果を評価する工程を包含する。本明細書中におい
て「ＣＡ活性」または文法的な同義語は、ＣＡタンパク質の生物学的活性（腫瘍形成にお
けるその役割（細胞分裂、好ましくはリンパ組織における細胞分裂、細胞増殖、腫瘍増殖
および細胞の形質転換を包含する）がこれらに限定されない）のうちの一つを意味する。
一つの実施形態において、ＣＡ活性は、表１の核酸によりコードされるタンパク質の活性
化、または、表１の核酸によりコード化されたタンパク質による活性化を包含する。ＣＡ
活性の阻害剤は、任意の一つ以上のＣＡ活性の阻害である。
【０１９６】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質の活性は増大される；別の好ましい実施形
態において、ＣＡタンパク質の活性は減少される。従って、アンダゴニストである生物活
性因子は、いくつかの実施形態において好ましく、アゴニストである生物活性因子は、他
の実施形態において好ましくあり得る。
【０１９７】
好ましい実施形態において、本発明は、ＣＡタンパク質の活性を調節し得る生物活性因
子をスクリーニングするための方法を提供する。本方法は、上に規定されるように、ＣＡ
タンパク質を含む細胞に、候補生物活性因子を添加する工程を包含する。好ましい細胞型
は、ほとんどの任意の細胞を含む。細胞は、ＣＡタンパク質をコードする組換え核酸を含
む。好ましい実施形態において、候補因子のライブラリーは、複数の細胞に対して試験さ
れる。
【０１９８】
一つの局面において、アッセイは、生理学的なシグナル（例えば、ホルモン、抗体、ペ
プチド、抗原、サイトカイン、増殖因子、活動電位）、化学療法剤を包含する薬理学的な
因子、放射線、発癌剤、または他の細胞（すなわち、細胞と細胞との接触）の存在下また
は非存在下、あるいはこれらの生理学的なシグナルの曝露前または曝露後で評価される。
別の実施例において、決定因子は、細胞周期過程の異なる段階で決定される。
【０１９９】
このようにして、生物活性因子は同定される。薬理学的な活性を有する化合物は、ＣＡ
タンパク質の活性を増強し得るか、または妨害し得る。
【０２００】
一つの実施形態において、癌腫癌細胞分裂を阻害する方法が提供される。本方法は、癌
腫癌阻害剤の投与を包含する。
【０２０１】
好ましい実施形態において、リンパ腫癌腫細胞分裂を阻害する方法を提供し、この方法
は、リンパ腫癌腫阻害剤の投与を包含する。
【０２０２】
好ましい実施形態において、乳癌癌腫細胞分裂を阻害する方法を提供し、この方法は、
乳癌癌腫阻害剤の投与を包含する。
【０２０３】
別の実施形態において、腫瘍増殖を阻害する方法が提供される。本方法は、癌腫癌阻害
剤の投与を包含する。特に好ましい実施形態において、リンパ組織において腫瘍増殖を阻
害する方法を提供し、この方法は、リンパ腫阻害剤の投与を包含する。
【０２０４】
別の実施形態において、腫瘍増殖を阻害する方法が提供される。本方法は、癌腫癌阻害
剤の投与を包含する。特に好ましい実施形態において、哺乳動物組織において腫瘍増殖を
阻害する方法を提供し、この方法は、乳癌阻害剤の投与を包含する。
【０２０５】
さらなる実施形態において、細胞を処理する方法または癌を有する個体を処理する方法
が提供される。本方法は、癌腫癌阻害剤の投与を包含する。一つの実施形態において、癌
腫は乳癌癌腫である。代替の実施形態において、癌腫はリンパ腫である。
【０２０６】
一つの実施形態において、癌腫性癌阻害剤は、上記で検討されたように、抗体である。
別の実施形態において、癌腫癌阻害剤は、アンチセンス分子である。本明細書中で使用さ
れる場合、アンチセンス分子は、癌腫性癌分子についての標的ｍＲＮＡ（センス）または
ＤＮＡ（アンチセンス）配列に結合し得る一本鎖核酸配列（ＲＮＡまたはＤＮＡのいずれ
か）を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドを含む。
本発明に従うと、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドは、
概して、少なくとも約１４ヌクレオチドのフラグメントを含み、好ましくは約１４〜３０
ヌクレオチドのフラグメントである。所定のタンパク質をコードするｃＤＮＡ配列に基づ
く、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドを誘導する能力は
、以下に記述される：例えば、Ｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｃｏｈｅｎ， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅ
ｓ．４８：２６５９，（１９８８）およびｖａｎ ｄｅｒ Ｋｒｏｌら、Ｂｉｏ Ｔｅｃ
ｈｎｉｑｕｅｓ ６：９５８，（１９８８）。
【０２０７】
アンチセンス分子は、リガンド結合分子を用いた結合体形成により、標的ヌクレオチド
配列を含む細胞に導入され得る（ＷＯ９１／０４７５３に記載）。適切なリガンド結合分
子は、限定されないが、細胞表面レセプター、成長因子、他のサイトカイン、または細胞
表面レセプターに結合する他のリガンドを包含する。好ましくは、リガンド結合分子の結
合体は、リガンド結合分子が、その対応する分子もしくはレセプターに結合する能力を実
質的に妨げないか、または、センスもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチド、もしくは
その結合体バージョンの細胞への進入をブロックしない。あるいは、センスまたはアンチ
センスオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド脂質複合体の形成により、標的核酸配
列を含む細胞へ導入され得る（ＷＯ９０／１０４４８に記載）。アンチセンス分子または
ノックアウトモデルおよびノックインモデルの使用はまた、処理方法に加えて、上記で検
討されているように、スクリーニングアッセイで使用され得ることが理解される。
【０２０８】
所望の薬理活性を有する化合物は、前述したように、宿主に対して生理学的に受容可能
なキャリアにおいて投与され得る。薬剤は、多様な方法、経口、非経口（例えば、皮下、
腹腔内、脈管内など）で投与され得る。導入方法に依存して、化合物は多様な方法で処方
され得る。処方物中の、治療活性化合物の濃度は、約０．１〜１００％ｗｇｔ／ｖｏｌで
変動し得る。薬剤は、単独、または他の処置（すなわち、放射線）との組み合わせで投与
され得る。
【０２０９】
薬学的組成物は、多様な形態（例えば、顆粒、錠剤、丸剤、坐剤、カプセル、懸濁剤、
軟膏剤、ローション剤など）で調製され得る。経口および局所の使用に適した、医薬品等
級の有機または無機キャリアおよび／または希釈薬は、治療活性化合物を含む組成物を構
成するために使用され得る。当該分野に公知の希釈薬としては、水性媒体、植物および動
物油、および脂肪が挙げられる。安定化薬、湿潤剤および乳化薬、浸透圧を変える塩、ま
たは適切なｐＨ値に安定化するための緩衝液および皮膚浸透増強剤は、補助的な薬剤とし
て使用され得る。
【０２１０】
理論に束縛されずに、種々のＣＡ配列は、癌腫において重要であるようである。従って
、変異体または改変体のＣＡ遺伝子に基づいた障害が、決定され得る。一つの実施形態に
おいて、本発明は、細胞において少なくとも一つの内因性ＣＡ遺伝子の配列の全部または
一部を決定することを包含する、改変体ＣＡ遺伝子を含む細胞を同定するための方法を提
供する。当業者により理解されるように、これは、任意の数の配列決定の技術を使用して
行われ得る。好ましい実施形態において、本発明は、個体の少なくとも一つのＣＡ遺伝子
（例えば、ＰＲＤＭ１１）の配列の全部または一部を決定することを包含する、１個体の
ＣＡ遺伝子型を同定する方法を提供する。これは、概して、少なくとも一つの個体組織に
おいて実施され、多くの組織または同一組織の異なるサンプルの評価を包含し得る。この
方法は、配列決定されたＣＡ遺伝子の配列と公知のＰＲＤＭ１１のようなＣＡ遺伝子（す
なわち、野生型遺伝子）とを比較することを包含し得る。当業者により理解されるように
、ある癌遺伝子の配列における変化は、疾患の存在または疾患を発生する傾向、または予
後評価のいずれかの指標であり得る。
【０２１１】
次いで、ＣＡ遺伝子（例えば、ＰＲＤＭ１１）の全部または一部の配列は、任意の相違
が存在するか否かを決定するために公知のＣＡ遺伝子の配列と比較され得る。これは、任
意の数の公知の相同性プログラム（例えば、Ｂｅｓｔｆｉｔなど）を用いて、実施され得
る。好ましい実施形態において、患者のＣＡ遺伝子（例えば、ＰＲＤＭ１１）と公知ＣＡ
遺伝子との間の配列における相違の存在は、本明細書で概要が述べられているように、疾
患状態の指標または疾患状態についての傾向の指標である。
【０２１２】
好ましい実施形態において、ＣＡ遺伝子は、ゲノムにおけるＰＲＤＭ１１のようなＣＡ
遺伝子のコピー数を決定するためのプローブとして使用され得る。例えば、幾つかの癌は
、染色体欠失または挿入を呈し、その結果、遺伝子のコピー数が変化する。
【０２１３】
別の好ましい実施形態において、ＣＡ遺伝子は、ＣＡ遺伝子の染色体位置を決定するた
めのプローブとして使用される。染色体異常（例えば、転座など）などがＣＡ遺伝子座（
例えば、ＰＲＤＭ１１遺伝子座）で同定された際、染色体位置のような情報は、特に診断
または予後診断を提供する有効性を見出す。
【０２１４】
このように、一つの実施形態において、細胞または生物でのＣＡを調節する方法を提供
する。一つの実施形態において、この方法は、内因性ＣＡタンパク質の生物学的活性を減
少または排除する抗ＣＡ抗体を細胞に投与することを包含する。あるいは、この方法は、
ＣＡタンパク質をコードする組換え核酸を、細胞または生物に投与することを包含する。
当業者により理解されるように、これは、任意の数の方法で実行され得る。好ましい実施
形態において、例えば、ＣＡ配列が癌腫においてダウンレギュレーションされた際、例え
ば、公知の遺伝子治療技術を用いて、細胞内のＣＡ量の増加（例えば、内因性ＣＡを過剰
発現することにより、またはＣＡ配列をコードする遺伝子を投与することにより）により
、ＣＡ遺伝子の活性は増大される。好ましい実施形態において、遺伝子治療技術は、増強
された相同組換え（ＥＨＲ）（例えば、ＰＣＴ／ＵＳ９３／０３８６８（本明細書中で全
体が参考として援用される）に記述されるような）を用いる外因性遺伝子の組み込みを包
含する。あるいは、例えばＣＡ配列が癌腫においてアップレギュレーションされる際、内
因性ＣＡ遺伝子の活性は、例えば、ＣＡアンチセンス核酸の投与により減少される。
【０２１５】
一つの実施形態において、本発明のＣＡタンパク質は、ＣＡタンパク質に対するポリク
ローナル抗体およびモノクローナル抗体を生成するために使用され得、それは本明細書に
記載されるように有用である。同様に、ＣＡタンパク質は、標準技術を用いて、アフィニ
ティークロマトグラフィーカラムに結合され得る。次いで、これらのカラムは、ＣＡ抗体
を精製するために使用され得る。好ましい実施形態において、抗体は、ＣＡタンパク質に
特有のエピトープに対して生成される；すなわち、抗体は、他のタンパク質に対して、ほ
とんどもしくは全く交差反応を示さない。これらの抗体は、多くの適用において有用性を
見出す。例えば、ＣＡ抗体は、標準アフィニティークロマトグラフィーカラムに結合され
得、ＣＡタンパク質を精製するために使用され得る。抗体はまた、ＣＡタンパク質に特異
的に結合するので、上に概要が述べられているように、ポリペプチドをブロッキングする
ために使用され得る。
【０２１６】
一つの実施形態において、治療有効用量のＣＡまたはそのモジュレーターは、患者に投
与される。本明細書中の「治療有効用量」は、投与される効果を生じる用量を意味する。
正確な用量は、処置目的に依存し、公知の技術を用いて当業者により確かめられ得る。当
該分野で公知なように、ＣＡ分解、全身 対 局所の送達および新しいプロテアーゼ合成
率、ならびに年齢、体重、全身健康状態、性別、食事、投与時間、薬物相互作用および状
態の重症度についての調整が必要であり得、当業者により慣用的な実験により確かめられ
得る。
【０２１７】
本発明の目的のための「患者」は、ヒトならびに他の動物（特に哺乳動物）および生物
の双方を包含する。このように、この方法は、ヒト治療および獣医学の適用の双方に適用
可能である。好ましい実施形態において、患者は哺乳動物であり、最も好ましい実施形態
では、患者はヒトである。
【０２１８】
本発明のＣＡタンパク質およびモジュレーターの投与は、上で検討されたように、多様
な方法（限定されていないが、経口、皮下、静脈内、鼻腔内、経皮的、腹腔内、筋肉内、
肺内、膣的、直腸的または眼内を包含する）において実施され得る。幾つかの例において
、例えば、創傷および炎症の処置において、ＣＡタンパク質およびモジュレーターが、溶
液またはスプレーとして、直接適用され得る。
【０２１９】
本発明の薬学的組成物は、患者への投与に適切な形態でＣＡタンパク質を含む。好まし
い実施形態において、薬学的組成物は、水溶性形態（例えば、薬学的に受容可能な塩とし
て存在する）であり、酸および塩基の双方の付加塩を包含することを意味する。「薬学的
に受容可能な酸付加塩」は、遊離塩基の生物学的効果を保持し、そして以下の酸と生物学
的には形成されず、そうでなければ所望されない塩をいい、酸としては、無機酸（例えば
、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸など）および有機酸（例えば、酢酸、プロピオ
ン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル
酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、桂皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスル
ホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、サリチル酸など）である。「薬学的に受容可能な塩基
付加塩」としては、無機塩基（ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシ
ウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、銅、マンガン、アルミニウム塩など）から誘導される塩
が挙げられる。特に好ましくは、アンモニウム、カリウム、ナトリウム、カルシウムおよ
びマグネシウム塩である。薬学的に受容可能な有機非毒性塩基から誘導される塩としては
、第１級、第２級および第３級アミンの塩、置換アミン（天然に存在する置換アミンを包
含する）、環状アミンおよび塩基性イオン交換樹脂（例えば、イソプロピルアミン、トリ
メチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミンおよびエタノー
ルアミン）が挙げられる。
【０２２０】
薬学的組成物はまた、以下の一つ以上を含み得る：血清アルブミンのようなキャリアタ
ンパク質；緩衝剤；微晶性セルロース、乳糖、トウモロコシデンプンおよび他のデンプン
のような充填剤；結合剤；甘味料および他の矯味矯臭剤；着色剤；およびポリエチレング
ルコール。添加剤は、当該分野に周知であり、多様な処方物で使用される。
【０２２１】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質およびモジュレーターは、治療薬として投
与され、上に概要が述べられているように、処方され得る。同様に、ＣＡ遺伝子（全長配
列、部分配列の両方またはＣＡコード領域の調節配列を含む）は、当該分野に公知なよう
に、遺伝子治療の適用において投与され得る。これらのＣＡ遺伝子は、当業者により理解
されるように、遺伝子治療（すなわち、ゲノムへの組み込み）として、またはアンチセン
ス組成物としてのいずれかで、アンチセンスの適用を包含し得る。
【０２２２】
好ましい実施形態において、ＰＲＤＭ１１のようなＣＡ遺伝子は、ＤＮＡワクチン（単
一遺伝子またはＣＡ遺伝子の組み合わせのいずれか）として投与される。裸のＤＮＡワク
チンは、概して当該分野で公知である、Ｂｒｏｗｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎ
ｏｌｏｇｙ，１６：１３０４〜１３０５（１９９８）。
【０２２３】
一つの実施形態において、本発明のＣＡ遺伝子は、ＤＮＡワクチンとして使用される。
ＤＮＡワクチンとしての遺伝子の使用のための方法は、当業者に対して周知であり、癌腫
を有する患者における発現のためのプロモーターの制御下で、ＣＡ遺伝子またはＣＡ遺伝
子の一部を配置することを包含する。ＤＮＡワクチンで使用されるＣＡ遺伝子は、全長Ｃ
Ａタンパク質をコードし得るが、さらに好ましくは、ＣＡタンパク質由来のペプチドを含
むＣＡタンパク質の一部をコードし得る。好ましい実施形態において、患者は、ＣＡ遺伝
子由来の複数のヌクレオチド配列を含むＤＮＡワクチンで免疫される。同様に、本明細書
で定義されるような、複数のＣＡ遺伝子またはその部分を用いて、患者を免疫することが
可能である。理論に束縛されずに、ＣＡタンパク質を発現する細胞を認識しそして破壊も
しくは除去する、ＤＮＡワクチンによりコードされるポリペプチドの発現、細胞傷害性Ｔ
細胞、ヘルパーＴ細胞および抗体が、誘導される。
【０２２４】
好ましい実施形態において、ＤＮＡワクチンは、ＤＮＡワクチンとともに、アジュバン
ト分子をコード化する遺伝子を含む。このようなアジュバント分子は、サイトカイン（Ｄ
ＮＡワクチンによりコードされるＣＡポリペプチドに対する免疫原性応答を増大する）を
含む。さらなるアジュバントまたは代替的なアジュバントは、当業者に公知であり、発明
での有用性を見出す。
【０２２５】
別の好ましい実施形態において、ＣＡ遺伝子は、癌腫（特に乳癌またはリンパ腫性癌腫
）の動物モデルを作製する際に有用性を見出す。当業者により理解されるように、同定さ
れたＣＡ遺伝子が、ＣＡ組織内で抑制されるまたは減少される際、アンチセンスＲＮＡが
ＣＡ遺伝子に指向された遺伝子治療技術はまた、遺伝子の発現を減少または抑制する。そ
のように作製された動物は、生物活性薬剤候補のスクリーニングにおける有用性を見出す
ＣＡの動物モデルとして機能する。同様に、例えば、適切な遺伝子標的化ベクターを用い
た相同性組換えの結果としての、遺伝子ノックアウト技術は、ＣＡタンパク質の非存在と
いう結果となる。所望ならば、ＣＡタンパク質の組織特異的な発現またはノックアウトは
、必要であり得る。
【０２２６】
ＣＡタンパク質が、癌腫において過剰に発現されることもまた、可能である。そのよう
にして、ＣＡタンパク質を過剰に発現するトランスジェニック動物が作製され得る。所望
の発現レベルに依存して、種々の強度のプロモーターが、トランスジーンを発現するため
に使用され得る。また、組み込まれたトランスジーンのコピー数は、トランスジーンの発
現レベルの決定のために、決定および比較され得る。このような方法により作製された動
物は、ＣＡの動物モデルとしての有用性を見出し、癌腫の処置のための生物活性分子のス
クリーニングにおいてさらに有用である。
【０２２７】
本発明のＣＡ核酸配列は、表１に示される。各表における配列は、ゲノム配列、ｍＲＮ
Ａ、およびマウスならびにヒトの双方についてのコード配列を含む。Ｎ／Ａは、同定され
ているが、名称が割り当てられていない遺伝子を示す。異なる配列は、以下の配列番号が
割り当てられている：
表１（マウス遺伝子：ｍＣＧ２２５７；ヒト遺伝子ＰＲＤＭ１１）
マウスゲノム配列（配列番号１）
マウスｍＲＮＡ配列（配列番号２）
マウスコード配列（配列番号３）
ヒトゲノム配列（配列番号４）
ヒトｍＲＮＡ配列（配列番号５）
ヒトコード配列（配列番号６）
【表Ｂ】
【実施例】
【０２２８】
（実施例１ 乳癌サンプルにおけるＰＲＤＭ１１のｍＲＮＡ発現分析）
ｍＲＮＡを、当該分野において公知の標準的手順によって乳癌サンプルから調製した。
遺伝子発現を５’ヌクレアーゼ（ＴａｑＭａｎ）化学を用いるＡＢＩ ７９００ＨＴＳｅ
ｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍによる定量的ＰＣＲによって測定した
。この化学は、２つのＰＣＲプライマー間をアニールする二重標識（レポーターおよびク
エンチャー）蛍光プローブの付加による標準的ＰＣＲとは異なる。レポーター染料の蛍光
は、隣接しているクエンチャーによってクエンチされる。サーマルサイクルの間、Ｔａｑ
ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性は、アニールされたプローブを切断し、レ
ポーターおよびクエンチャー染料を遊離させる。蛍光の増強が認められ、蛍光がバックグ
ラウンドを超えて増強するサイクル回数は、対数線形様式において開始テンプレート濃度
に関連する。
【０２２９】
データ分析について、標的遺伝子の発現レベルを、ハウスキーピング遺伝子の発現レベ
ルで正規化した。ハウスキーピング遺伝子発現の平均レベルを、標的遺伝子の平均発現レ
ベルから差し引く。次いで標準偏差を決定した。さらに、癌組織における標的遺伝子の発
現レベルを、正常組織における標的遺伝子の発現レベルと比較する。
【０２３０】
図１に示されるように、ＰＲＤＭ１１は、試験した乳癌サンプルの約４６％においてア
ップレギュレートされた。
【技術分野】
【０００１】
（関連出願の引用）
本出願は、米国特許出願第１０／０３４，６５０号（２００１年１１月２０日出願）同
第０９／７４７，３７７号（２０００年１２月２２日出願）、および同第０９／７９８，
５８６号（２００１年３月２日出願）という出願の継続出願であり、これら全ての出願は
、本明細書中に参考として特に援用される。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、癌（特に乳癌を含む癌腫）の診断および処置における使用のための新規配列
、ならびにスクリーニング方法における新規組成物の使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景）
癌遺伝子は、癌を生じさせ得る遺伝子である。発癌は、広範な種々の機構（細胞の、癌
遺伝子を含むウイルスによる感染、宿主ゲノムにおける癌原遺伝子の活性化、および癌原
遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の変異を含む）によって、起こり得る。
【０００４】
動物の癌と同様、ヒト癌に関係することが公知である、多くのウイルスが存在する。こ
こで特に興味深いのは、それ自体に癌遺伝子を含まないウイルスである；これは、遅性ト
ランスフォーミングレトロウイルス（ｓｌｏｗ−ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ ｒｅｔｒｏ
ｖｉｒｕｓ）である。これは、宿主ゲノム内への組込みおよび種々の方法（プロモーター
挿入、エンハンサー挿入、および／または癌原遺伝子もしくは腫瘍抑制遺伝子の切断を含
む）で近隣の癌原遺伝子に影響することにより、腫瘍を誘導する。挿入部位またはその近
くにおける配列の分析は、多くの新たな癌原遺伝子の同定に導いた。
【０００５】
リンパ腫および白血病に関して、マウス白血病レトロウイルス（ＭｕＬＶ）（例えば、ＳＬ３−３またはＡｋｖなど）は、感染しやすい新生児マウスに接種される場合か、または生殖系列内に運ばれる場合、腫瘍の強力な誘発因子である。多くの配列が、リンパ腫および白血病の誘発において、挿入部位の分析により、関連する配列として同定されている；以下を参照のこと：非特許文献１；非特許文献２；；非特許文献３；非特許文献４；および非特許文献５；これらの全ては、本明細書中で参考として明白に援用される。
【０００６】
さらに、乳癌は、女性に罹患する最も重大な疾患のうちの１つである。現在の割合では
、米国人女性が９５歳までに乳癌を発症する危険性は、８人に１人である（Ａｍｅｒｉｃ
ａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ，１９９２）。後の段階での乳癌の処置は、効果が
なく効力がない（ｄｉｓｆｉｇｕｒｉｎｇ）ことがしばしばであり、このことが、この疾
患の医療的管理において、早期検出を最優先にしている。
【０００７】
ＰＲＤＭ１１は、最近説明されたタンパク質である。ＰＲＤＭ１１は、ヒト転写因子Ｐ
ＲＤＭ４の領域と低類似性の領域を含む。しかし、その生理学的機能は未だ分かっていな
い。以下に実証されるように、ＰＲＤＭ１１コーディング配列を中断する変異が癌におい
て生じる。さらに、ＰＲＤＭ１１の変更された発現は、癌（特に、乳癌）と関連する。
【０００８】
従って、癌（特に発癌および乳癌）に関係する配列を提供することが、本発明の目的で
ある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｓｏｒｅｎｓｅｎら，Ｊ．ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７４：２１６１（２０００）
【非特許文献２】Ｈａｎｓｅｎら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０（２）：２３７−４３（２０００）
【非特許文献３】Ｓｏｒｅｎｓｅｎら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７０：４０６３（１９９６）
【非特許文献４】Ｓｏｒｅｎｓｅｎら，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ６７：７１１８（１９９３）
【非特許文献５】Ｊｏｏｓｔｅｎら，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２６８：３０８（２０００）
【非特許文献６】Ｌｉら，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２３：３４８（１９９９）
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
（発明の要旨）
上で概略を述べた目的に従い、本発明は、癌腫（特に乳癌）を調節する組成物のスクリ
ーニングの方法を提供する。本明細書中で、細胞（好ましくは乳癌）の増殖を阻害する方
法もまた、提供される。癌腫を処置する方法（診断を含む）もまた、本明細書中で提供さ
れる。
【００１１】
一局面において、薬物候補をスクリーニングする方法は、ＰＲＤＭ１１のような癌腫関
連遺伝子（ＣＡ遺伝子）またはそのフラグメントを発現する細胞を提供する工程を包含す
る。ＣＡ遺伝子の好ましい実施形態は、癌細胞（好ましくはリンパ細胞、胸部細胞、前立
腺細胞および上皮細胞）において、他の細胞と比較して異なって発現される遺伝子である
。本明細書中の方法において使用されるＣＡ遺伝子の好ましい実施形態としては、表１か
ら選択される核酸が挙げられるが、これらに限定されない。この方法は、細胞へ薬物候補
を添加する工程、およびＣＡ遺伝子の発現に対する薬物候補の効果を決定する工程を、さ
らに包含する。
【００１２】
一実施形態において、薬物候補をスクリーニングする方法は、薬物候補の非存在下にお
ける発現のレベルを、薬物候補の存在における発現のレベルと比較する工程を包含する。
【００１３】
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）に結合し得る生物活性剤をスクリーニングする方法もまた、
本明細書中で提供され、この方法は、ＣＡＰおよび候補生物活性剤を合わせる工程、およ
び候補薬剤のＣＡＰへの結合を決定する工程を包含する。
【００１４】
ＣＡＰの活性を調節し得る生物活性剤をスクリーニングする方法が、本明細書中でさら
に提供される。一実施形態において、この方法は、ＣＡＰおよび候補生物活性剤を合わせ
る工程、およびＣＡＰの生物活性における薬物候補の効果を決定する工程を、包含する。
【００１５】
患者に薬物を投与する工程、および患者から細胞サンプルを採取する工程を包含する、
候補癌腫薬物の効果を評価する方法もまた、提供される。細胞の発現プロファイルが、次
いで、決定される。この方法は、患者の発現プロファイルを、健常な個体の発現プロファ
イルと比較する工程を、さらに包含し得る。
【００１６】
さらなる局面において、ＣＡタンパク質の活性を阻害する方法が、提供される。一実施
形態において、この方法は、表１において概略を示される配列またはその相補体からなる
群から好ましくは選択されるＣＡタンパク質の阻害剤を、患者に投与する工程を包含する
。
【００１７】
ＣＡタンパク質（好ましくは表１において概略を示される配列の群から選択される核酸
にコードされるタンパク質）の効果を中和する方法もまた、提供される。好ましくは、こ
の方法は、上述のタンパク質に特異的な薬剤を、中和をもたらすのに充分な量で、上述の
タンパク質に接触させる工程を包含する。
【００１８】
その上、ＣＡタンパク質をコードする核酸セグメント（好ましくは表１において概略を
示される配列から選択される）を含むバイオチップが、本明細書中で提供される。
【００１９】
個体の癌腫（特に乳癌）の性質を、ある個体の少なくとも１つの癌腫または乳癌の遺伝
子を配列決定することにより、診断または決定する方法もまた、本明細書中で提供される
。本発明のさらに別の局面において、癌腫（個体における乳癌の遺伝子コピー数を含む）
を決定する方法が、提供される。
【００２０】
新規配列もまた、本明細書中で提供される。好ましい組成物は、表１に記載の配列を含
む。本発明の他の局面は、本発明の以下の説明によって、当業者にとって明確である。
【００２１】
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
表１に概説された配列からなる群から選択されたヌクレオチド配列を含む、組換え核酸。
（項目２）
項目１に記載の組換え核酸を含む、宿主細胞。
（項目３）
項目２に記載の組換え核酸を含む、発現ベクター。
（項目４）
項目３に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
（項目５）
表１に概説された配列からなる群から選択された配列を含む、核酸配列によりコードされ
たアミノ酸配列を含む、組換えタンパク質。
（項目６）
薬剤候補をスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
ａ）表１に概説された配列またはそのフラグメントからなる群より選択された核酸配列
を含む、癌関連性（ＣＡ）遺伝子を発現する細胞を提供する工程；
ｂ）薬剤候補を該細胞に添加する工程；および
ｃ）該ＣＡ遺伝子の発現における該薬剤候補の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目７）
前記決定する工程は、前記薬剤候補の非存在下における発現レベルと、該薬剤候補の存在
下における発現レベルの比較を包含する、項目６に記載の方法。
（項目８）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）に結合し得る生物活性因子をスクリーニングする方法であって
、該ＣＡＰは、表１に概説された配列からなる群より選択された核酸配列を含む核酸によ
りコードされ、該方法は、以下：
ａ）該ＣＡＰおよび候補生物活性因子を合わせる工程；および
ｂ）該候補因子と該ＣＡＰとの結合を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目９）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を調節し得る生物活性因子をスクリーニングする方法で
あって、該ＣＡＰは、表１に概説された配列からなる群から選択された核酸配列を含む核
酸によりコードされ、該方法は、以下：
ａ）該ＣＡＰおよび候補生物活性因子を合わせる工程；および
ｂ）該ＣＡＰの該生物活性における該候補因子の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目１０）
候補癌薬剤の効果を評価する方法であって、該方法は、以下：
ａ）患者に該薬剤を投与する工程；
ｂ）該患者から細胞サンプルを取り出す工程；および
ｃ）表１に概説された前記配列からなる群より選択された核酸配列を含む、遺伝子の発
現または活性の変化を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目１１）
癌腫を診断する方法であって、該方法は、以下：
ａ）第１の個体の第１の組織型における、表１に概説された配列からなる群より選択さ
れた核酸配列を含む、一つ以上の遺伝子の発現を決定する工程；および
ｂ）該遺伝子の発現と該第１の個体に由来する第２の正常な組織型または第２の罹患し
ていない個体に由来する正常な組織型とを比較する工程；
を包含し、
該発現の相違は、該第１の個体は癌腫を有することを表す、方法。
（項目１２）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を阻害する方法であって、該ＣＡＰは、表１に概説され
た前記配列からなる群より選択された核酸配列を含む核酸によりコードされ、阻害因子と
該ＣＡＰとを結合させる工程を包含する、方法。
（項目１３）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の阻害因子を患者に投与することを包含する、癌腫を処置する
方法であって、該ＣＡＰは、表１に概説された配列からなる群から選択された核酸配列を
含む核酸によってコードされる、方法。
（項目１４）
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の効果を中和する方法であって、該ＣＡＰは、表１に概説され
た配列からなる群から選択された核酸配列を含む核酸によりコードされ、中和をもたらす
のに十分な量で該ＣＡＰタンパク質と該ＣＡＰタンパク質に特異的な因子とを接触させる
工程を包含する、方法。
（項目１５）
表１に概説された配列からなる群から選択された核酸配列を含む核酸によりコードされた
タンパク質と特異的に結合するポリペプチド。
（項目１６）
表１に概説された配列からなる群より選択された核酸配列を含む核酸によりコードされた
タンパク質と特異的に結合する抗体を含む、項目１５に記載のポリペプチド。
（項目１７）
表１に概説された配列またはそれらのフラグメントの核酸からなる群より選択された、一
つ以上の核酸セグメントを含む、バイオチップ。
（項目１８）
個体の少なくとも一つのＣＡ遺伝子を配列決定することにより、癌腫または癌腫の性質を
診断する方法。
（項目１９）
ハイブリダイゼーションに適した条件下で、個体に由来するゲノムＤＮＡサンプルにＣＡ
遺伝子プローブを添加する工程を包含する、ＣＡ遺伝子コピー数を決定する方法。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１】図１は、正常組織における発現と比較された乳癌組織におけるＰＲＤＭ１１のｍＲＮＡの発現を示す。サンプル１〜５０は、乳癌サンプルである。サンプル５１および５２は、正常組織である。バーは、発現レベルの平均を示す。誤差バーは、標準偏差を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
（発明の詳細な説明）
本発明は、癌腫（特にリンパ腫、乳癌または前立腺癌）に関連する多くの配列に関連す
る。クローン的に組み込まれたプロウイルス（ｃｌｏｎａｌｌｙ−ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ
ｐｒｏｖｉｒｕｓ）と癌原遺伝子との間の比較的緊密な連結は、「プロウイルスタギン
グ（ｐｒｏｖｉｒｕｓ ｔａｇｇｉｎｇ）」を形成し、ここで、挿入変異メカニズム（ｉ
ｎｓｅｒｔｉｏｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ）により作用する遅性トラン
スフォーミングレトロウイルスが、癌原遺伝子を単離するために使用される。いくつかの
モデルにおいて、非感染動物は、低い癌比率を有し、そして感染動物は、高い癌比率を有
する。関係するレトロウイルスの多くは、形質導入された宿主癌原遺伝子または病原性ト
ランス作用性（ｔｒａｎｓ−ａｃｔｉｎｇ）ウイルス遺伝子を持たないため、癌発生率は
、宿主癌原遺伝子に影響を及ぼすプロウイルスの組み込みの直接的な結果であることは、
公知である。プロウイルスの組み込みはランダムであるため、極少数の組み込み体（ｉｎ
ｔｅｇｒａｎｔ）が、選択的増殖有利性を提供する宿主癌原細胞を「活性化」する。この
稀な出来事は、腫瘍のクローン化学量論において新しいプロウイルスを生じる。
【００２４】
腫瘍形成レトロウイルス（宿主生物のゲノムにその配列が挿入されて癌腫を生じる）の
使用によって、癌腫に関係する宿主配列が、同定される。これらの配列は、次いで、多く
の異なった方法（診断、予後、調節因子（アゴニストおよびアンタゴニストの両方を含む
）のスクリーニング、抗体産生（免疫療法および画像化のため）、などが挙げられる）に
おいて、使用され得る。しかし、当業者に理解されるように、１種類の癌（乳癌など）に
おいて同定される癌遺伝子は、同様に、他の種類の癌に関わる可能性が強い。従って、本
明細書中で概略が示される配列は、最初に、リンパ腫と相関すると同定されるが、以下で
概略を示されるように、他の種類の癌においてもまた、見出され得る。
【００２５】
従って、本発明は、癌腫に関連する核酸およびタンパク質の配列（本明細書中で「癌腫
関連」配列または「ＣＡ」配列と名付ける）を、提供する。好ましい実施形態において、
本発明は、リンパ腫組織を起源とする癌腫に関連する核酸およびタンパク質の配列（本明
細書中で「乳癌関連」配列または「ＢＡ」配列と名付ける）を、提供する。
【００２６】
本発明の方法を使用して診断され得るか、またはスクリーニングされ得る適切な癌とし
ては、部位によって、または組織学的型によって、分類される癌が挙げられる。部位によ
って分類される癌としては、以下が挙げられる：口腔および咽頭（唇、舌、唾液腺、口の
床、歯肉および他の口腔、鼻咽頭、扁桃、口腔咽頭部、下咽頭、他の口／他の咽頭）の癌
；消化系（食道；胃；小腸；結腸および直腸；肛門、肛門管、および肛門直腸；肝臓；肝
臓内胆汁管；胆嚢；他の胆管；膵臓；腹膜後腔、腹膜、網、および腸間膜、他の消化）の
癌；呼吸系（鼻腔、中耳、および洞；喉頭；肺および気管支；胸膜；気管；縦隔；ならび
に他の呼吸系）の癌；中皮腫；骨および関節；および軟組織（心臓を含む）の癌；皮膚癌
（黒色腫および他の非上皮性皮膚癌を含む）；カポージ肉腫および乳癌；女性生殖系（子
宮頚；子宮体；子宮（ｎｏｓ）；卵巣；膣；外陰；および他の女性生殖器）の癌；男性生
殖系（前立腺；精巣；陰茎；および他の男性生殖器）の癌；泌尿系（膀胱；腎臓および腎
盤；尿管；および他の泌尿器）の癌；眼および眼窩の癌；脳および神経系（脳；および他
の神経系）の癌；内分泌系（甲状腺および胸腺を含む他の内分泌）の癌；リンパ腫の癌（
ホジキン病および非ホジキン性リンパ腫）、多発性骨髄腫、ならびに白血病（リンパ性白
血病；骨髄性白血病；単球性白血病；および他の白血病）。
【００２７】
本発明の配列に関連し得る他の癌（組織学的型によって分類される）としては、以下が
挙げられるが、これらに限定はされない：新生物（悪性）；癌腫（ＮＯＳ）；癌腫（未分
化、ＮＯＳ）；巨細胞癌腫および紡錘体の癌腫；小細胞癌腫（ＮＯＳ）；乳頭状癌（ＮＯ
Ｓ）；扁平上皮癌（ＮＯＳ）；リンパ上皮癌腫；基底細胞癌（ＮＯＳ）；毛質癌腫；移行
細胞癌腫（ＮＯＳ）；乳頭状移行上皮癌；腺癌（ＮＯＳ）；ガストリノーマ（悪性）；胆
管癌；肝細胞癌（ＮＯＳ）；肝細胞癌および胆管癌の複合；嚢腺腫（Ｔｒａｂｅｃｕｌａ
ｒ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）；腺様嚢胞癌；腺腫様ポリープにおける腺癌；腺癌
（大腸家族性ポリポシス）；固形癌腫（ＮＯＳ）；カルチノイド腫瘍（悪性）；気管支槽
腺癌；乳頭状腺癌（ＮＯＳ）；色素嫌性癌腫；好酸性癌腫；好酸性腺癌；好塩基性癌腫；
明細胞腺癌（ＮＯＳ）；顆粒細胞癌腫；濾胞状腺癌（ＮＯＳ）；乳頭状かつ濾胞状の腺癌
；非被包硬化癌腫；副腎皮質癌腫；子宮内膜癌腫；皮膚付属器癌腫；アポクリン腺癌；脂
腺腺癌；耳垢腺癌；粘膜表皮癌腫；嚢胞腺癌（ＮＯＳ）；乳頭状嚢胞腺癌（ＮＯＳ）；乳
頭状漿液嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌（ＮＯＳ）；粘液性腺癌；印環細胞癌；浸潤腺管癌；
髄様癌（ＮＯＳ）；小葉癌；炎症性乳癌；パジェット疾患（乳房の）；腺房細胞癌腫；腺
扁平上皮癌；扁平化生を伴う腺癌；胸腺腫（悪性）；卵巣間質腫瘍（悪性）；莢膜腫（悪
性）；顆粒膜細胞腫（悪性）；雄性芽細胞腫（悪性）；セルトーリ細胞癌腫；ライディッ
ヒ細胞腫（悪性）；脂質細胞腫瘍（悪性）；パラガングリオーマ（悪性）；乳房外パラガ
ングリオーマ（悪性）；褐色細胞腫；グロムス血管肉腫；悪性黒色腫（ＮＯＳ）；メラニ
ン欠乏症黒色腫；表在拡大型黒色腫；Ｍａｌｉｇ黒色腫巨大色素性母斑；類上皮細胞黒色
腫；青色母斑（悪性）；肉腫（ＮＯＳ）；線維肉腫（ＮＯＳ）；繊維性組織球腫（悪性）
；粘液肉腫；脂肪肉腫（ＮＯＳ）；平滑筋肉腫（ＮＯＳ）；横紋筋肉腫（ＮＯＳ）；胎児
性横紋筋肉腫；槽横紋筋肉腫；間質肉腫（ＮＯＳ）；複合腫瘍（悪性、ＮＯＳ）；ミュラ
ー複合腫瘍；腎臓芽細胞腫；肝臓芽細胞腫；癌肉腫（ＮＯＳ）；間葉腫（悪性）；ブレン
ナー腫（悪性）；葉状腫瘍（悪性）；滑膜肉腫（ＮＯＳ）；中皮腫（悪性）；未分化胚細
胞腫；胎生期癌（ＮＯＳ）；奇形腫（悪性、ＮＯＳ）；卵巣甲状腺腫（悪性）；絨毛癌；
中腎腫（悪性）；血管肉腫；血管内皮腫（悪性）；カポージ肉腫；血管周囲細胞腫（悪性
）；リンパ管肉腫；骨肉腫（ＮＯＳ）；皮質近接部骨肉腫；軟骨肉腫（ＮＯＳ）；軟骨芽
細胞腫（悪性）；間葉軟骨肉腫；骨巨細胞腫；ユーイング肉腫；歯原性腫瘍（悪性）；エ
ナメル上皮歯原性肉腫；エナメル上皮腫（悪性）；エナメル上皮線維肉腫；松果体腫（悪
性）；脊索腫；神経膠腫（悪性）；上皮腫（ＮＯＳ）；星状細胞腫（ＮＯＳ）；原型質性
星状細胞腫；繊維性星状細胞腫；星状芽細胞腫；膠芽細胞腫（ＮＯＳ）；希突起膠腫（Ｎ
ＯＳ）；希突起膠細胞腫；未分化神経外胚葉性；小脳肉腫（ＮＯＳ）；節芽細胞腫；神経
芽細胞腫（ＮＯＳ）；網膜芽腫（ＮＯＳ）；嗅神経神経原性腫瘍；髄膜腫（悪性）；神経
線維肉腫；神経鞘腫（悪性）；顆粒細胞腫瘍（悪性）；悪性リンパ腫（ＮＯＳ）；ホジキ
ン疾患（ＮＯＳ）；ホジキン性パラガングリオーマ（ＮＯＳ）；悪性リンパ腫（小リンパ
球性）；悪性リンパ腫（大細胞、散在性）；悪性リンパ腫（濾胞、ＮＯＳ）；菌状息肉腫
；他の特定の非ホジキン性リンパ腫；悪性組織球増殖；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免
疫増殖性小腸疾患；白血病（ＮＯＳ）；リンパ球性白血病（ＮＯＳ）；形質細胞性白血病
；赤血球病；リンパ肉腫細胞白血病；骨髄性白血病（ＮＯＳ）；好塩基球性白血病；好酸
球性白血病；単球性白血病（ＮＯＳ）；肥満細胞性白血病；巨核芽球性白血病；骨髄性肉
腫；およびヘアリーセル白血病。
【００２８】
さらに、この遺伝子は、加齢または神経変性疾患に関連する疾患などの他の疾患（しか
しこれらに限定はされない）に関し得る。
【００２９】
この文脈において、関連とは、ヌクレオチドまたはタンパク質配列が、癌腫において（
正常な細胞と比較して）、異なって発現するか、活性化されるか、不活性化されるかまた
は改変されるかのいずれかを意味する。以下で概略を示すように、ＣＡ配列としては、癌
腫において、アップレギュレーションされる（すなわち、より高レベルで発現する）配列
と同様、ダウンレギュレーションされる（すなわち、より低レベルで発現する）配列も、
挙げられる。ＣＡ配列としては、改変された配列（すなわち、切断された配列または置換
、欠失、または挿入（点変異を含む）を有する配列）もまた挙げられ、同じ発現プロファ
イルまたは改変されたプロファイルのどちらかを示す。好ましい実施形態において、ＣＡ
配列は、ヒト由来である；しかし、当業者によって理解されるように、他の生物由来のＣ
Ａ配列は、疾患と薬物評価の動物モデルにおいて、有用であり得る。従って、他のＣＡ配
列は、哺乳類（げっ歯類（ラット、マウス、ハムスター、モルモット、など）、霊長類、
家畜（ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマ、などが挙げられる）を含む）を含む脊椎動物か
ら、提供される。幾つかの場合において、原核生物のＣＡ配列は、有用であり得る。他の
生物由来のＣＡ配列は、以下で概要を示す技術を使用して、得られ得る。
【００３０】
ＣＡ配列は、核酸配列とアミノ酸配列との両方を含み得る。好ましい実施形態において
、ＣＡ配列は、組換え核酸である。本明細書中の用語「組換え核酸」に関して、一般的に
ポリメラーゼおよびエンドヌクレアーゼによる核酸の操作により、本来はインビトロで、
自然界で普通に見出されない形態に形成される核酸が、意味される。従って、直鎖形態で
単離された核酸、または普通は結合されないＤＮＡ分子の連結によってインビトロで形成
された発現ベクターは、両方とも、本発明の目的のための組換え体と考えられる。一旦、
組換え核酸が作られ、そして宿主細胞または宿主生物に再導入されれば、組換え核酸は、
非組換え的に（すなわち、インビトロ操作よりむしろ宿主細胞のインビボ細胞機構を使用
して）複製することが、理解される；しかし、このような核酸は、一旦組換え的に生産さ
れれば、その後、実質的に非組換え的に複製されても、やはり、本発明の目的のための組
換え体と考えられる。
【００３１】
同様に、「組換えタンパク質」は、組換え技術を使用して（すなわち、上で示されるよ
うな組換え核酸の発現を通して）作られる、タンパク質である。組換えタンパク質は、少
なくとも１つ以上の特徴により、天然に存在するタンパク質から区別される。例えば、タ
ンパク質は、通常は野生型の宿主において会合している幾らかのまたは全てのタンパク質
および化合物から、単離され得るか、または精製され得、従って、実質的に純粋であり得
る。例えば、単離されたタンパク質は、通常は天然の状態において会合している、少なく
とも幾つかの物質を、含まない（与えられたサンプルの総タンパク質重量に対し、好まし
くは少なくとも約０．５重量％、より好ましくは少なくとも約５重量％を構成する）。実
質的に純粋なタンパク質は、総タンパク質重量に対し少なくとも約７５重量％（好ましく
は少なくとも約８０重量％、そして特に好ましくは少なくとも約９０重量％）を構成する
。この定義は、異なった生物または宿主細胞における、１生物由来のＣＡタンパク質の産
生を含む。あるいは、このタンパク質は、タンパク質が増加した濃度レベルで作製される
ような、誘導プロモーターまたは高発現プロモーターの使用を通して、通常に見られるよ
り有意により高い濃度において、作製され得る。あるいは、このタンパク質は、自然界で
通常に見出されない形態（以下に考察されるような、エピトープタグの追加またはアミノ
酸の置換、挿入および欠失のような）であり得る。
【００３２】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、核酸である。当業者に理解されるように、そ
して以下により完全に概略が示されるように、ＣＡ配列は、種々の適用において有用であ
る。ここで適用としては、診断の適用（天然に存在する核酸を検出する）ならびにスクリ
ーニングの適用が挙げられる；例えば、ＣＡ配列に対する核酸プローブを含むバイオチッ
プが、生産され得る。最も広い意味においては、本明細書中の「核酸」もしくは「オリゴ
ヌクレオチド」または文法的同義語は、互いに共有結合する少なくとも２つのヌクレオチ
ドを、意味する。本発明の核酸は、大概はリン酸ジエステル結合を含むが、以下で概略を
示されるような幾つかの場合（例えば、アンチセンス適用または候補薬剤が核酸である場
合）において、代替の骨格（例えば、以下が挙げられる：ホスホロアミデート（ｐｈｏｓ
ｐｈｏｒａｍｉｄａｔｅ）（Ｂｅａｕｃａｇｅら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ４９（１０
）：１９２５（１９９３）およびこの中の参考文献；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｊ．Ｏｒｇ
．Ｃｈｅｍ．３５：３８００（１９７０）；Ｓｐｒｉｎｚｌら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈ
ｅｍ．８１：５７９（１９７７）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅ
ｓ．１４：３４８７（１９８６）；Ｓａｗａｉら，Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．８０５（１９８
４），Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１０：４４７０（１９８
８）；およびＰａｕｗｅｌｓら，Ｃｈｅｍｉｃａ Ｓｃｒｉｐｔａ ２６：１４１ ９１
９８６））、ホスホロチオエート（Ｍａｇら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１
９：１４３７（１９９１）；および米国特許第５，６４４，０４８号）、ホスホロジチオ
エート（Ｂｒｉｕら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１１：２３２１（１９８９）、Ｏ
−メチルホスホロアミダイト結合（Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆ
ｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓを参照）、ならびにペプチド核酸の骨格およ
び結合（Ｅｇｈｏｌｍ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１４：１８９５（１９９２）；
Ｍｅｉｅｒら，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３１：１００８（１９９２）；Ｎｉ
ｅｌｓｅｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３６５：５６６（１９９３）；Ｃａｒｌｓｓｏｎら，Ｎａｔ
ｕｒｅ ３８０：２０７（１９９６）を参照（全ては参考として援用される））を有する
核酸アナログが、使用され得る。他のアナログ核酸としては、陽性の骨格（Ｄｅｎｐｃｙ
ら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９２：６０９７（１９９５））；
非イオン化骨格（米国特許第５，３８６，０２３号、同第５，６３７，６８４号、同第５
，６０２，２４０号、同第５，２１６，１４１号および同第４，４６９，８６３号；Ｋｉ
ｅｄｒｏｗｓｈｉら，Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌｉｓｈ ３０：
４２３（１９９１）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１０：４
４７０（１９８８）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ＆ Ｎｕｃｌｅｏ
ｔｉｄｅ １３：１５９７（１９９４）；第２章および第３章，ＡＳＣ Ｓｙｍｐｏｓｉ
ｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０，“Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ”，Ｅｄ．Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｕｉお
よびＰ．Ｄａｎ Ｃｏｏｋ；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒら，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄ
ｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．４：３９５（１９９４）；Ｊｅｆｆｓら，Ｊ．Ｂｉ
ｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＮＭＲ３４：１７（１９９４）；Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅ
ｔｔ．３７：７４３（１９９６））および非リボース骨格（米国特許第５，２３５，０３
３号および第５，０３４，５０６号、ならびに第６章および第７章，ＡＳＣ Ｓｙｍｐｏ
ｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０，“Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉ
ｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ”，Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｕｉおよ
びＰ．Ｄａｎ Ｃｏｏｋ編）を有する、アナログ核酸が挙げられる。１つ以上の炭素環状
糖を含む核酸もまた、１つの核酸の定義（Ｊｅｎｋｉｎｓら，Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ
．（１９９５）ｐｐ１６９−１７６を参照）の範囲内に、含まれる。幾つかの核酸アナロ
グは、Ｒａｗｌｓ，Ｃ ＆ Ｅ Ｎｅｗｓ ６月２日（１９９７）３５頁において、記載
される。これらの参考文献の全ては、ここで、明白に参考として援用される。リボース−
リン酸骨格のこれらの改変は、種々の理由のため（例えば、アンチセンス適用における使
用またはバイオチップ上のプローブとしての使用についての生理学的環境における、この
ような分子の安定性および半減期を増加させるため）に、なされ得る。
【００３３】
当業者に理解されるように、これらの核酸アナログの全ては、本発明における用途を見
出し得る。さらに、天然に存在する核酸とアナログとの混合物も、作製され得る；あるい
は、異なった核酸アナログの混合物、および天然に存在する核酸とアナログとの混合物が
、作製され得る。
【００３４】
核酸は、特定されるように、一本鎖または二本鎖であり得るか、または二本鎖配列もし
くは一本鎖配列の両方の部分を含み得る。当業者に理解されるように、一本鎖「ワトソン
」の描写もまた、他の鎖「クリック」の配列を定義する；従って、本明細書中で記載され
る配列もまた、この配列の相補鎖を含む。核酸はＤＮＡ（ゲノムＤＮＡおよびｃＤＮＡの
両方）、ＲＮＡまたはハイブリッド（核酸がデオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレ
オチドの任意の組合せ、ならびにウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イ
ノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、イソグアニンなどが挙げられる塩
基の任意の組合せを含む）であり得る。本明細書で使用されるように、用語「ヌクレオシ
ド」は、ヌクレオチドおよびヌクレオシドならびにヌクレオチドアナログ、ならびに改変
されたヌクレオシド（アミノ改変されたヌクレオシドなど）を含む。さらに、「ヌクレオ
シド」は、非天然のアナログ構造を含む。従って、例えば、ペプチド核酸の個々のユニッ
ト（それぞれ塩基を含む）は、本明細書中でヌクレオシドと呼ばれる。
【００３５】
ＣＡ配列は、ＣＡ配列（本明細書中で概略を示される）に対する実質的な核酸および／
またはアミノ酸の配列相同性により、最初に同定され得る。このような相同性は、核酸ま
たはアミノ酸の配列全体に基づき得、大概、相同性プログラムまたはハイブリダイゼーシ
ョン条件のどちらかを使用して、以下で概略を示したように、決定される。
【００３６】
本発明のＣＡ配列は、本明細書中で記載されるように、最初に同定され得る；本来、マ
ウスのマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）による感染は、リンパ腫を生じさせる。配列を乳
癌細胞サンプルにおける遺伝子産物（すなわち、ｍＲＮＡ）の発現レベルを決定すること
によって引き続き検証した。
【００３７】
本明細書中で概略を示されるＣＡ配列は、ウイルスの挿入部位を含む。一般に、レトロ
ウイルスは、３つの基本的な方法で、癌腫を引き起こし得る：まず、通常は無徴候の宿主
遺伝子の上流への挿入およびその活性化（例えば、プロモーター挿入）による方法；第二
に、腫瘍形成に導く宿主遺伝子の切断による方法；または隣接遺伝子の転写の増大による
方法。例えば、レトロウイルスエンハンサー（ＳＬ３−３を含む）は、挿入部位のおよそ
２００キロベースまで、遺伝子に対して作用することが、公知である。
【００３８】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、癌腫においてアップレギュレーションされる
ＣＡ配列である；つまり、癌腫組織において（同じ分化段階の正常組織と比較して）、こ
れらの遺伝子の発現は、より強い。「アップレギュレーション」は、本明細書中で使用さ
れるように、少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約１００％、より好ましく
は少なくとも約１５０％、より好ましくは少なくとも約２００％、特に好ましくは３００
から少なくとも１０００％を意味する。
【００３９】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、癌腫においてダウンレギュレーションされる
ＣＡ配列である；つまり、癌腫組織において（同じ分化段階の正常組織と比較して）、こ
れらの遺伝子の発現は、より弱い。「ダウンレギュレーション」は、本明細書中で使用さ
れるように、少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約１００％、より好ましく
は少なくとも約１５０％、より好ましくは少なくとも約２００％、特に好ましくは３００
から少なくとも１０００％を意味する。
【００４０】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、改変されたＣＡ配列であるが、この改変ＣＡ
配列は、同じ分化段階の正常リンパ組織と比較して、同じ発現プロファイルを示すか、ま
たは改変されたプロファイルを示す。「改変ＣＡ配列」は、本明細書中で使用されるよう
に、短縮された配列、挿入を含む配列、または点変異を含む配列をいう。
【００４１】
本発明のＣＡタンパク質は、分泌タンパク質、膜貫通タンパク質、または細胞内タンパ
ク質として分類され得る。
【００４２】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、細胞内タンパク質である。細胞内タン
パク質は、細胞質および／または核において見出され得る。細胞内タンパク質は、細胞機
能および複製（例えば、シグナル伝達経路が挙げられる）の全ての局面に関連する；この
ようなタンパク質の異常な発現は、無制御または非制御の細胞過程を生じさせる。例えば
、多くの細胞内タンパク質は、酵素的活性（例えば、タンパク質キナーゼ活性、タンパク
質ホスファターゼ活性、プロテアーゼ活性、ヌクレオチドシクラーゼ活性、ポリメラーゼ
活性など）を有する。細胞内タンパク質は、ドッキングタンパク質（タンパク質の複合体
を組織することまたは種々の細胞下位置タンパク質を標的化することに関連する）として
働き、そしてオルガネラの構造的完全性を保持することに関連する。
【００４３】
細胞内タンパク質の特徴付けにおいてますます理解される概念は、規定された機能の原
因となる、１つ以上のモチーフのタンパク質における存在である。タンパク質の酵素的ド
メインにおいて見出される高度に保存された配列に加えて、タンパク質−タンパク質相互
作用に関連するタンパク質において、高度に保存された配列が、同定されている。例えば
、Ｓｒｃ−ｈｏｍｏｌｏｇｙ−２（ＳＨ２）ドメインは、チロシンリン酸化標的を、配列
依存的様式において結合する。ＳＨ２ドメインとは異なったＰＴＢドメインもまた、チロ
シンリン酸化標的を結合する。ＳＨ３ドメインは、高プロリン標的に結合する。さらに、
ごくわずかに挙げると、ＰＨドメイン、テトラトリコペプチド反復およびＷＤドメインは
、タンパク質−タンパク質相互作用を媒介することが示されている。これらの幾つかは、
リン脂質または他のセカンドメッセンジャーとの結合に、関連し得る。当業者に理解され
るように、これらのモチーフは、一次配列に基づいて、同定され得る；従って、タンパク
質の配列の分析は、分子の酵素的可能性および／またはタンパク質が結合し得る分子の両
方の洞察を、提供し得る。
【００４４】
好ましい実施形態において、ＣＡ配列は、膜貫通タンパク質である。膜貫通タンパク質
は、細胞のリン脂質二重層にまたがる分子である。これらは細胞内ドメイン、細胞外ドメ
イン、または両方を有し得る。このようなタンパク質の細胞内ドメインは、細胞内タンパ
ク質について既に記載された機能を含む多くの機能を、有し得る。例えば、細胞内ドメイ
ンは、酵素的活性を有し得、かつ／または追加のタンパク質の結合部位として働き得る。
膜貫通タンパク質の細胞内ドメインは、両役割を果たすことが多い。例えば、特定のレセ
プターチロシンキナーゼは、プロテインキナーゼ活性およびＳＨ２ドメインの両方を有す
る。その上、レセプター分子自体におけるチロシンの自己リン酸化は、さらなるＳＨ２ド
メイン含有タンパク質に対する結合部位を作り出す。
【００４５】
膜貫通タンパク質は、１から多数の膜貫通ドメインを含み得る。例えば、レセプターチ
ロシンキナーゼ、特定のサイトカインレセプター、レセプターグアニリルシクラーゼおよ
びレセプターセリン／トレオニンタンパク質キナーゼは、１つの膜貫通ドメインを含む。
しかし、チャネルおよびアデニリルシクラーゼを含む種々の他のタンパク質は、多くの膜
貫通ドメインを含む。多くの重要な細胞表面レセプターは、７つの膜にまたがる領域を含
むため、「７回膜貫通ドメイン」タンパク質として分類される。重要な膜貫通タンパク質
レセプターとしては、以下が挙げられるが、これらに限定はされない：インスリンレセプ
ター、インスリン様成長因子レセプター、ヒト成長ホルモンレセプター、グルコーストラ
ンスポーター、トランスフェリンレセプター、表皮成長因子レセプター、低密度リポタン
パク質レセプター、表皮成長因子レセプター、レプチンレセプター、インターロイキンレ
セプター（例えば、ＩＬ−１レセプター、ＩＬ−２レセプターなど）。
【００４６】
膜貫通ドメインの特徴としては、その後に荷電アミノ酸が続き得るおよそ２０の連続的
疎水アミノ酸を含む。従って、特定のタンパク質のアミノ酸配列の分析において、タンパ
ク質内における膜貫通ドメインの位置決定および数は、予測され得る。
【００４７】
膜貫通タンパク質の細胞外ドメインは、様々である；しかし、保存されたモチーフは、
種々の細胞外ドメインの間で、くり返し見出される。保存的な構造および／または機能は
、異なった細胞外モチーフに起因される。例えば、サイトカインレセプターは、システイ
ンクラスターおよびＷＳＸＷＳ（Ｗ＝トリプトファン、Ｓ＝セリン、Ｘ＝任意のアミノ酸
）（配列番号７）モチーフによって特徴付けられる。免疫グロブリン様ドメインは、高度
に保存的である。ムチン様ドメインは、細胞接着に関与し得、そして高ロイシン反復は、
タンパク質−タンパク質相互作用に関連し得る。
【００４８】
多くの細胞外ドメインは、他の分子への結合に関連する。一局面において、細胞外ドメ
インは、レセプターである。レセプタードメインを結合する因子は、循環型リガンド（ペ
プチド、タンパク質、またはアデノシンのような低分子などであり得る）を含む。例えば
、成長因子（ＥＧＦ、ＦＧＦおよびＰＤＧＦなど）は、同族のレセプターに結合し、種々
の細胞応答を開始する循環型成長因子である。他の因子は、サイトカイン、マイトジェン
因子、神経栄養因子などを含む。細胞外ドメインは、細胞結合分子にもまた、結合する。
この点において、細胞外ドメインは、細胞間相互作用を媒介する。細胞結合リガンドは、
例えば、グリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカーにより細胞に係留さ
れ得るか、または、それ自体が膜貫通タンパク質であり得る。細胞外ドメインは、細胞外
マトリックスにもまた結合し、細胞構造の保持に貢献する。
【００４９】
本発明において、膜貫通のＣＡタンパク質が、特に好ましく、本明細書中で記載される
ように、免疫療法の良い標的である。さらに、以下で概略を示されるように、膜貫通タン
パク質は、画像化様式において、有用であり得る。
【００５０】
膜貫通タンパク質は、膜貫通配列の除去により（例えば、組換え方法を通して）、可溶
性にされ得ることもまた、当業者に理解される。さらに、可溶性にされている膜貫通タン
パク質は、適切なシグナル配列の付加により、組換え手法を通して作製され得る。
【００５１】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、分泌タンパク質である；この分泌は、
構成的分泌または制御される分泌の、どちらかであり得る。これらのタンパク質は、分泌
経路へ分子を標的化する、シグナルペプチドまたはシグナル配列を有する。分泌タンパク
質は、多くの生理学的事象に関する；その循環する性質のために、分泌タンパク質は、種
々の他の細胞型に、シグナルを伝達するために働く。分泌タンパク質は、オートクライン
様式（因子を分泌する細胞に対して作用する）、パラクライン様式（因子を分泌する細胞
に近い細胞に対して作用する）またはエンドクライン様式（遠くの細胞で作用する）で、
機能し得る。従って分泌分子は、多くの生理学の局面の調節または改変において、用途を
見出す。分泌タンパク質であるＣＡタンパク質が、診断マーカーに対する良い標的として
働く（例えば、血液検査のため）ので、本発明において特に好ましい
ＣＡ配列は、ＣＡ配列（本明細書中で概略を示される）に対する実質的な核酸および／
またはアミノ酸の配列相同性により、最初に同定される。このような相同性は、核酸また
はアミノ酸の配列全体に基づき得、大概、相同性プログラムまたはハイブリダイゼーショ
ン条件のどちらかを使用して、以下で概略を示したように、決定される。
【００５２】
本明細書中で使用されるように、この核酸配列と表１の核酸の１つとの全体の相同性が
、好ましくは約７５％より高く、より好ましくは約８０％より高く、さらにより好ましく
は約８５％より高く、そして最も好ましくは約９０％より高い場合、核酸は「ＣＡ核酸」
である。幾つかの実施形態において、相同性は、約９３％から９５％または９８％までと
同じくらいの高さである。好ましい実施形態において、配列の同一性または類似性を決定
するために使用される配列は、表１の核酸配列から選択される。別の実施形態において、
この配列は、表１の核酸配列の天然に存在する対立遺伝子改変体である。別の実施形態に
おいて、配列は、本明細書中でさらに記載される配列改変体である。
【００５３】
この文脈における相同性は、配列類似性または同一性を意味する（同一性が好ましい）
。相同性の目的の好ましい比較は、配列決定エラーを含む配列を正しい配列に対し、比較
することである。この相同性は、当該分野に公知である標準的技術を使用して決定される
。この標準的技術としては以下が挙げられるが、これらに限定はされない：局所相同性ア
ルゴリズム（Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４
８２（１９８１））、相同性アラインメントアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗ
ｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０））、類似性探索法（Ｐｅ
ａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ，ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８））、こ
れらのアルゴリズムの電算化実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗ
ａｒｅ ＰａｃｋａｇｅにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳ
ＴＡ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄ
ｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、Ｂｅｓｔ Ｆｉｔ配列プログラム（Ｄｅｖｅｒｅｕ
ｘら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１２：３８７−３９５（１９８４）に記載）（好ま
しくは初期設定を使用する）、または検査。
【００５４】
有用なアルゴリズムの一例は、ＰＩＬＥＵＰである。ＰＩＬＥＵＰは、関連配列の群か
ら、進行的な一対の（ｐａｉｒｗｉｓｅ）アラインメントを使用して、多様な配列アライ
ンメントを作製する。ＰＩＬＥＵＰは、アラインメントの作製に使用されるクラスター関
係（ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ）を示すツリー（ｔｒｅｅ）もま
た、プロットし得る。ＰＩＬＥＵＰは、進行的アラインメント法（Ｆｅｎｇ ＆ Ｄｏｏ
ｌｉｔｔｌｅ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．３５：３５１−３６０（１９８７））の単純化を
使用した。この方法は、Ｈｉｇｇｉｎｓ ＆ Ｓｈａｒｐ ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１−
１５３（１９８９）に記載される方法と類似である。有用なＰＩＬＥＵＰパラメータとし
ては、３．００の初期ギャップ重量、０．１０の初期ギャップ長重量、および重み付けエ
ンドギャップが挙げられる。
【００５５】
有用なアルゴリズムの別の例は、ＢＬＡＳＴアルゴリズムである（Ａｌｔｓｃｈｕｌら
，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５，４０３−４１０（１９９０）およびＫａｒｌｉｎら，
ＰＮＡＳ ＵＳＡ ９０：５８７３−５７８７（１９９３）において記載）。特に有用な
ＢＬＡＳＴプログラムは、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２プログラムである（Ａｌｔｓｃｈｕｌら
，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６）
；ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｗｕｓｔｌから得られる）。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２は、幾
つかの探索パラメータを使用する。パラメータの殆どは、初期値に設定される。調節性パ
ラメータは、以下の値と共に設定される：重複範囲（ｏｖｅｒｌａｐ ｓｐａｎ）＝１、
重複画分（ｏｖｅｒｌａｐ ｆｒａｃｔｉｏｎ）＝０．１２５、ワード閾値（ｗｏｒｄ
ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ）（Ｔ）＝１１。ＨＳＰ ＳパラメータおよびＨＳＰ Ｓ２パラメー
タは、動値（ｄｙｎａｍｉｃ ｖａｌｕｅ）であり、そして特定の配列の組成および目的
の配列が検索される特定のデータベースの組成に依存して、プログラム自体によって確立
される；しかし、この値は、感度を上げるために調節され得る。％アミノ酸配列同一値は
、整列された領域の「より長い」配列の残基の総数によって除算された対応同一残基の数
によって決定される。「より長い」配列は、整列された領域において最も実際の残基を有
する配列である（ＷＵ−Ｂｌａｓｔ−２により、アラインメントスコアを最大にするため
に導入されるギャップは無視される）。
【００５６】
従って、「核酸配列同一性百分率（％）」は、表１の核酸のヌクレオチド残基と同一で
ある候補配列におけるヌクレオチド残基の百分率として、定義される。好ましい方法は、
初期パラメータに設定されたＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２のＢＬＡＳＴＮモジュールを、重複範
囲および重複画分（それぞれ１および０．１２５に設定される）と共に利用する。
【００５７】
アラインメントは、整列される配列におけるギャップの導入を含み得る。さらに、表１
の核酸のヌクレオチドより多いかより少ないかどちらかのヌクレオチドを含む配列につい
て、相同性の百分率は、相同なヌクレオチドの数に基づいて（ヌクレオチドの総数と関係
して）決定されることが理解される。従って、例えば、本明細書中で同定され、以下で議
論される配列より短い配列の相同性は、より短い配列におけるヌクレオシドの数を使用し
て、決定される。
【００５８】
一実施形態において、核酸の相同性は、ハイブリダイゼーション研究を通して決定され
る。従って、例えば、図面において同定される核酸、またはその相補鎖に、高ストリンジ
ェンシー下でハイブリダイズする核酸は、ＣＡ配列と考えられる。高ストリンジェンシー
条件は、当該分野に公知である；例えば、Ｍａｎｉａｔｉｓら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃ
ｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１
９８９およびＳｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏ
ｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌら編、を参照のこと。これらは両方、本明細書において参考として
援用される。ストリンジェント条件は、配列依存的であり、異なった環境において異なる
。より長い配列は、より高い温度において特異的にハイブリダイズする。核酸のハイブリ
ダイゼーションの広範なガイドは、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉ
ｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ−Ｈｙｂｒｉｄｉ
ｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ，“Ｏｖｅｒｖｉｅ
ｗ ｏｆ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｈｅ
ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ａｓｓａｙｓ”（１９９３）に
おいて見出される。一般に、ストリンジェント条件は、規定されるイオン化強度ｐＨにお
いて、特異的配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５〜１０℃低くなるように、選択される。Ｔ
ｍは、（規定されるイオン化強度、ｐＨおよび核酸濃度下で）標的に相補的なプローブの
５０％が、標的配列とハイブリダイズし、平衡になる温度である（標的配列は過剰に存在
し、Ｔｍで５０％のプローブが平衡において占められる）。ストリンジェント条件は、塩
濃度が約１．０Ｍナトリウムイオン未満（代表的には、約０．０１Ｍから１．０Ｍナトリ
ウムイオン濃度（または他の塩））、ｐＨ７．０からｐＨ８．３、ならびに温度が、短い
プローブ（例えば、１０から５０ヌクレオチド）に対し少なくとも約３０℃、および長い
プローブ（例えば、５０ヌクレオチド以上）に対し少なくとも約６０℃の条件である。ス
トリンジェント条件は、不安定化剤（ホルムアミドなど）の添加によってもまた、達成さ
れ得る。
【００５９】
別の実施形態において、より低いストリンジェントハイブリダイゼーション条件が、使
用される；当該分野で公知であるように、例えば、中程度または低いストリンジェンシー
条件が、使用され得る；ＭａｎｉａｔｉｓおよびＡｕｓｕｂｅｌ（既出）およびＴｉｊｓ
ｓｅｎ（既出）を参照のこと。
【００６０】
さらに、本発明のＣＡ核酸配列は、より大きい遺伝子の断片である（すなわち、核酸セ
グメントである）。あるいは、ＣＡ核酸配列は、癌遺伝子位置のインジケーターとして働
き得る。例えば、ＣＡ配列は、癌原遺伝子を活性化させるエンハンサーであり得る。この
文脈における「遺伝子」は、コード領域、非コード領域、およびコード領域と非コード領
域の混合を含む。従って、当業者に理解されるように、本明細書中で提供される配列を使
用し、当該分野で周知である、より長い配列または全長配列のどちらかのクローニングの
ための技術（ＭａｎｉａｔｉｓらおよびＡｕｓｕｂｅｌら（既出）（本明細書で参考とし
て明白に援用される）を参照）を使用して、ＣＡ遺伝子のさらなる配列が、得られ得る。
大概、ＰＣＲ（例えば、キネティックＰＣＲ）を使用して行われる。
【００６１】
一旦ＣＡ核酸が同定されれば、これは、クローン化され得、必要な場合、その構成部分
は、ＣＡ核酸全体を形成するように組換えられる。一旦天然の供給源から単離されれば（
例えば、プラスミドもしくは他のベクターの中に含まれるか、またはこれらから直鎖状核
酸セグメントとして切り出される）、組換えＣＡ核酸は、さらに他のＣＡ核酸（例えば、
追加のコード領域）を同定および単離するためのプローブとして、使用され得る。これは
、修飾または改変されたＣＡ核酸およびタンパク質を作製するための「前駆体」核酸とし
てもまた、使用され得る。
【００６２】
本発明のＣＡ核酸は、いくつかの方法で使用される。最初の実施形態において、ＣＡ核
酸に対する核酸プローブが、作製され、そして、バイオチップに結合される。このバイオ
チップは、スクリーニングおよび診断方法において（以下で概略が示されるように）使用
されるか、または投与のため（例えば、遺伝子療法および／またはアンチセンス適用のた
め）に使用される。あるいは、ＣＡタンパク質のコード領域を含むＣＡ核酸は、ＣＡタン
パク質発現のための発現ベクターに入れられ得る。この発現は、やはり、スクリーニング
目的または患者への投与の目的のためのどちらかである。
【００６３】
好ましい実施形態において、ＣＡ核酸に対する核酸プローブ（図面において概略が示さ
れる核酸配列および／またはその相補配列の両方）が、作製される。バイオチップに結合
される核酸プローブは、ＣＡ核酸（すなわち、標的配列（サンプルの標的配列または（例
えばサンドイッチアッセイにおける）他のプローブ配列のどちらか））に対し、実質的に
相補的であるように設計され、よって、標的配列と本発明のプローブとのハイブリダイゼ
ーションが起こる。以下で概略が示されるように、この相補性は、完全である必要はない
；任意の数の不一致塩基対が存在し得、標的配列と本発明の一本鎖核酸との間のハイブリ
ダイゼーションを妨げる。しかし、変異の数があまりにも多いために、ハイブリダイゼー
ション条件の最低のストリンジェント下ですら、ハイブリダイゼーションが起こらない場
合、この配列は、相補的標的配列ではない。従って、本明細書中で「実質的に相補的」は
、本明細書中で概略を示されるように、プローブが、標的配列に対し、通常の反応条件（
特に高いストリンジェンシー条件）下でハイブリダイズするのに、充分に相補的であるこ
とを意味する。
【００６４】
核酸プローブは、一般に一本鎖であるが、部分的に一本鎖および部分的に二本鎖であり
得る。プローブの鎖状態（ｓｔｒａｎｄｅｄｎｅｓｓ）は、構造、組成、および標的配列
の特性によって述べられる。一般に、核酸プローブは、約８塩基から約１００塩基長まで
（好ましくは約１０塩基から約８０塩基まで、特に好ましくは約３０塩基から約５０塩基
まで）の範囲におよぶ。つまり、一般に、全遺伝子は使用されない。幾つかの実施形態に
おいて、１００塩基までの、ずっと長い核酸が、使用され得る。
【００６５】
好ましい実施形態において、１つの配列につき、１つより多くのプローブが使用され、
重複するプローブまたは標的の異なったセクションに対するプローブのどちらかが、使用
される。つまり、２つ、３つ、４つ以上（３つが好ましい）のプローブが、特定の標的の
ための冗長性を形成するために使用される。これらのプローブは、重複し得る（つまり、
配列の幾らかが共通である）か、または分離され得る。
【００６６】
当業者に理解されるように、核酸は、広汎な種々の方法によって、固体保持体に結合さ
れ得るか、または固定化され得る。本明細書中の「固定化された」および文法的同義語に
より、核酸プローブと固体支持体との間の接着または結合が、以下で概略を示すような、
結合、洗浄、分析、および除去の条件下で、十分に安定であることが、意味される。結合
は、共有結合または非共有結合であり得る。本明細書中の「非共有結合」および文法的同
義語により、静電的、親水性、および疎水性の相互作用のいずれか１つ以上を意味する。
非共有結合には、分子（ストレプトアビジンなど）の支持体への共有結合およびビオチン
化プローブのストレプトアビジンへの非共有結合が、含まれる。本明細書中の「共有結合
」および文法的同義語は、固体支持体およびプローブの２つの部分が、少なくとも１つの
結合（σ結合、π結合、および配位結合が挙げられる）により、結合していることを意味
する。共有結合は、プローブと固体支持体との間に直接形成され得るか、またはクロスリ
ンカーにより、あるいは固体支持体もしくはプローブまたは両分子のいずれかに特異的な
反応基を含めることにより、形成され得る。固定化はまた、共有的相互作用および非共有
的相互作用の組合せに関与し得る。
【００６７】
一般に、プローブは、（当業者が理解するように）バイオチップに、広汎な種々の方法
で結合する。本明細書中に記載されるように、核酸は、最初に合成され、その後にバイオ
チップに結合するか、または直接バイオチップ上に合成され得るかのいずれかである。
【００６８】
バイオチップは、適切な固体基質を含む。本明細書中の「基質」もしくは「固体支持体
」または他の文法的同義語は、核酸プローブの結合または接着に適切な、別個のそれぞれ
の部位を含むように改変され得る、任意の物質であり、少なくとも１つの検出方法に容易
である。当業者に理解されるように、可能性のある基質の数は、非常に大きく、そして、
以下が挙げられるが、これらに限定はされない：ガラスおよび改変されるか、または機能
性を持たされたガラス、プラスチック（アクリル、ポリスチレン、およびスチレンと他の
物質とのコポリマー、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、テ
フロン（登録商標）、など）、ポリサッカライド、ナイロンまたはニトロセルロース、樹
脂、シリカもしくはシリカベース物質（シリコンおよび改変されたシリコンを含む）、炭
素、金属、無機ガラス、など。一般にこの基質は、光学的検出を可能にし、感知される蛍
光を発さない。
【００６９】
好ましい実施形態において、バイオチップの表面およびプローブは、この２つの後の結
合のための化学官能基により、誘導体化され得る。従って、例えば、バイオチップは、化
学官能基を用いて誘導体化され、この化学官能基としては、アミノ基、カルボキシ基、オ
キソ基およびチオール基が挙げられる（アミノ基が特に好ましい）が、これらに限定され
ない。これらの官能基を使用して、プローブは、プローブ上の官能基を使用して結合され
得る。例えば、アミノ基を含む核酸は、アミノ基を含む表面に、例えば（当該分野で公知
であるように）リンカーを使用して、結合され得る；例えば、ホモ−二官能性リンカーま
たはヘテロ−二官能性リンカーが、周知である（（１９９４）Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉ
ｃａｌ Ｃｏｍｐａｎｙ ｃａｔａｌｏｇ，ｔｅｃｈｎｉｃａｌ ｓｅｃｔｉｏｎ ｏｎ
ｃｒｏｓｓ−ｌｉｎｋｅｒｓ，１５５−２００ページを、参照のこと（本明細書中に参
考として援用される））。さらに、ある場合は、アルキル基のような追加のリンカー（置
換された基およびヘテロアルキル基を含む）が、使用され得る。
【００７０】
この実施形態において、オリゴヌクレオチドは、当該分野に公知であるように合成され
、次いで固体支持層の表面上に結合される。当業者に理解されるように、５’末端または
３’末端のどちらかが固体支持体に結合され得るか、またはこの結合は、内在性ヌクレオ
シドを経由し得る。
【００７１】
追加の実施形態において、固体支持体への固定化は、非共有的であるのに、とても強く
あり得る。例えば、ストレプトアビジンで共有結合的にコートされる表面に結合し、結合
を生じるビオチン化オリゴヌクレオチドが、作製され得る。
【００７２】
あるいは、オリゴヌクレオチドは、当該分野で公知であるように、表面上で合成され得
る。例えば、光重合体形成化合物および光重合体形成技術を利用する光活性技術が、使用
される。好ましい実施形態において、核酸は、周知の、フォトリソグラフィー技術（ＷＯ
９５／２５１１６；ＷＯ９５／３５５０５；米国特許第５，７００，６３７号および同第
５，４４５，９３４号ならびにこの中の参考文献に記載される（これら全ては参考として
明白に援用される））を使用して、インサイチュで合成され得る；これらの結合の方法は
、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙの基礎を形成する。
【００７３】
バイオチップアレイに代表される固相技術に加えて、遺伝子発現はまた、液相アレイを
使用して定量し得る。このような系の１つは、キネティックポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣ
Ｒ）である。キネティックＰＣＲは、特異的核酸配列の同時の増幅および定量を可能にす
る。この特異性は、標的部位をまとめた一本鎖核酸配列に優先的に接着するように設計さ
れた、合成オリゴヌクレオチドプライマーに由来する。このオリゴヌクレオチドプライマ
ー対は、標的配列のそれぞれの鎖に、特異的非共有結合複合体を形成する。これらの複合
体は、逆方向の二本鎖ＤＮＡのインビトロ転写を容易にする。反応混合物の温度周期は、
プライマー結合、転写、および核酸から別々の鎖への再融解の、連続の周期を作り出す。
この結果は、標的ｄｓＤＮＡ産物の指数増加である。この産物は、挿入色素または配列特
異的プローブのどちらかの使用を通してリアルタイムで定量され得る。ＳＹＢＲ（登録商
標）ＧｒｅｅｎＩは、挿入色素の例であり、ｄｓＤＮＡに優先的に結合し、蛍光シグナル
の同時の増加を生じる。ＴａｑＭａｎ（登録商標）技術に使用されるような配列特異的プ
ローブは、オリゴヌクレオチドの逆末端に共有的に結合する蛍光色素およびクエンチング
分子から構成される。このプローブは、２つのプライマーの間で標的ＤＮＡ配列に、選択
的に結合するように設計される。ＰＣＲ反応の間にＤＮＡ鎖が合成される場合、蛍光色素
は、ポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性によりプローブから切り離され、シグナルの
脱クエンチングを生じる。プローブシグナル伝達方法は、挿入色素法より特異的であり得
るが、それぞれの場合において、シグナル強度は、産生されるｄｓＤＮＡ産物に比例する
。定量方法のそれぞれの種類は、多ウェル液相アレイにおいて使用され得、この多ウェル
液相アレイは、それぞれのウェルが、目的の核酸配列に特異的なプライマーおよび／また
はプローブを示す。組織または細胞株のメッセンジャーＲＮＡ調製に使用される場合、プ
ローブ／プライマー反応のアレイは、同時に多くの目的の遺伝子産物発現を定量し得る。
Ｇｅｒｍｅｒ，Ｓ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０：２５８−２６６（２０００）；Ｈ
ｅｉｄ，Ｃ．Ａ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．６，９８６−９９４（１９９６）を、参照
のこと。
【００７４】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質をコードするＣＡ核酸は、ＣＡタンパク質
を発現する種々の発現ベクター（以下で記載されるようにスクリーニングアッセイにおい
て使用され得る）を作製するために使用される。発現ベクターは、自己複製染色体外ベク
ターまたは宿主ゲノムに組み込まれるベクターのどちらかであり得る。一般に、これらの
発現ベクターは、転写調節核酸および翻訳調節核酸（ＣＡタンパク質をコードする核酸に
作動可能に連結される）を含む。用語「制御配列」は、特定の宿主生物において、作動可
能に連結されたコード配列の発現に不可欠なＤＮＡ配列を言う。原核生物に対して適切な
制御配列としては、例えば、プロモーター、（必要に応じて）オペレーター配列、および
リボソーム結合部位が、挙げられる。真核生物細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シ
グナル、およびエンハンサーを利用することが、公知である。
【００７５】
核酸が、別の核酸配列との機能的関係の中に配置される場合、「作動可能に連結される
」。例えば、ポリペプチドの分泌に関わる前駆体タンパク質として発現する場合、前駆体
配列または分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドのＤＮＡに作動可能に連結される；プ
ロモーターまたはエンハンサーは、コード配列の転写に影響する場合、この配列に、作動
可能に連結される；またはリボソーム結合部位は、翻訳を容易にするように配置された場
合、コード配列に、作動可能に連結される。一般に、「作動可能に連結される」は、連結
されるＤＮＡ配列が、隣接し、分泌リーダーの場合は、隣接し、リーディングフレームに
あることを意味する。しかし、エンハンサーは、隣接する必要はない。連結は、都合の良
い制限部位で結合することによって、達成される。このような部位が存在しない場合、合
成オリゴヌクレオチドアダプターまたはリンカーが、従来技術の実施に従って使用される
。転写調節核酸および翻訳調節核酸は、大概、ＣＡタンパク質を発現させるために使用さ
れる宿主細胞に、適切である；例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ由来の転写調節核酸配列および
翻訳調節核酸配列は、好ましくは、ＢａｃｉｌｌｕｓにおいてＣＡタンパク質を発現する
ために使用される。多くの種類の適切な発現ベクターおよび適切な調節配列が、種々の宿
主細胞について、当該分野で公知である。
【００７６】
一般に、転写調節配列および翻訳調節配列としては、プロモーター配列、リボソーム結
合部位、転写開始配列および転写停止配列、翻訳開始配列および翻訳停止配列、ならびに
エンハンサー配列またはアクチベーター配列が挙げられ得るが、これらに限定されない。
好ましい実施形態において、調節配列は、プロモーターならびに転写開始配列および転写
停止配列を含む。
【００７７】
プロモーター配列は、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターのどちらかをコー
ドする。プロモーターは、天然に存在するプロモーターまたはハイブリッドプロモーター
のどちらかであり得る。１つより多くのプロモーターの要素を組み合わせるハイブリッド
プロモーターもまた、当該分野に公知であり、本発明において有用である。
【００７８】
さらに、発現ベクターは、追加の要素を含み得る。例えば、発現ベクターは、２つの複
製系を有し得、これによって２種の生物（例えば、発現のための哺乳動物細胞または昆虫
細胞、ならびにクローニングおよび増幅のための原核生物宿主）において維持される。さ
らに、発現ベクターの組み込みのために、発現ベクターは、宿主細胞ゲノムに相同な少な
くとも１つの配列（好ましくは発現構築物に隣接する２つの相同配列）を含む。組み込む
ベクターは、ベクター内封入のために適切な相同配列の選択により、宿主細胞における特
定の遺伝子座に指向され得る。組み込みベクターの構築物は、当該分野で周知である。
【００７９】
さらに、好ましい実施形態において、発現ベクターは、選択マーカー遺伝子を含み、形
質転換される宿主細胞の選択を可能にする。選択遺伝子は、当該分野で周知であり、使用
する宿主細胞によって変化する。
【００８０】
本発明のＣＡタンパク質は、ＣＡタンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターによ
って形質転換された宿主細胞の、ＣＡタンパク質の発現を誘導するかまたは引き起こす適
切な条件下での培養によって、産生される。ＣＡタンパク質発現に適切な条件は、発現ベ
クターおよび宿主細胞の選択によって変化し、当業者により、慣用的実験を通して容易に
確かめられる。例えば、発現ベクターにおける構成的プロモーターの使用は、宿主細胞の
生育および増殖の最適化を必要とし、一方、誘導性プロモーターの使用は、誘導に適切な
成育条件を必要とする。さらに、幾つかの実施形態において、収集のタイミングは、重要
である。例えば、昆虫細胞発現において使用されるバキュロウイルス系は、溶解性のウイ
ルスであり、従って、収集時間選択は、産物産生に決定的であり得る。
【００８１】
適切な宿主細胞としては、酵母、細菌、古細菌、真菌、および昆虫、植物ならびに動物
細胞（哺乳動物細胞を含む）が挙げられる。特に重要なのは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍ
ｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ細胞、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅおよ
び他の酵母、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｓｆ９細胞、Ｃ１２
９細胞、２９３細胞、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、ＢＨＫ、ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ細胞、
ＴＨＰ１細胞株（マクロファージ細胞株）およびヒト細胞ならびにヒト細胞株である。
【００８２】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、哺乳動物細胞において発現される。哺
乳動物発現系はまた、当該分野において公知であり、そしてレトロウイルス系を含む。好
ましい発現ベクター系は、例えば、一般的にＰＣＴ／ＵＳ９７／０１０１９およびＰＣＴ
／ＵＳ９７／０１０４８（いずれも本明細書中で参照として明白に援用される）において
記載されるレトロウイルスベクター系である。このウイルス遺伝子は、しばしば高度に発
現され、そして幅広い宿主範囲を有するので、哺乳動物プロモーターとして特に使用され
るのは、哺乳動物ウイルス遺伝子由来のプロモーターである。例としては、ＳＶ４０初期
プロモーター、マウス乳腺癌ウイルスＬＴＲプロモーター、アデノウイルス主要後期プロ
モーター、単純ヘルペスウイルスプロモーター、およびＣＭＶプロモーターが挙げられる
。代表的に、哺乳動物細胞によって認識される転写終結配列およびポリアデニル化配列は
、翻訳停止コドンの３’側に位置する調節領域であり、従ってプロモーターエレメントと
ともにコード配列の側に隣接する。転写ターミネーターおよびポリアデニル化シグナルの
例は、ＳＶ４０に由来するものを含む。
【００８３】
哺乳動物宿主および他の宿主内に外来核酸を導入する方法は、当該分野において周知で
あり、そして使用される宿主細胞とともに変化する。技術は、デキストラン媒介性トラン
スフェクション、カルシウムホスフェート沈殿、ポリブレン（ｐｏｌｙｂｒｅｎｅ）媒介
性トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、ウイルス感染
、リポソーム中へのポリヌクレオチドのカプセル化、および核内へのＤＮＡの直接微量注
入を包含する。
【００８４】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、細菌系において発現される。細菌性発
現系は、当該分野において周知である。バクテリオファージ由来のプロモーターはまた、
使用され得、そして当該分野において公知である。さらに、合成プロモーターおよびハイ
ブリッドプロモーターはまた、有用である；例えば、ｔａｃプロモーターは、ｔｒｐプロ
モーター配列およびｌａｃプロモーター配列のハイブリッドである。さらに、細菌プロモ
ーターは、細菌のＲＮＡポリメラーゼと結合し、そして転写を開始する能力を有する、天
然に存在する非細菌起源のプロモーターを含み得る。機能性プロモーター配列に加えて、
効率的なリボソーム結合部位が望ましい。発現ベクターはまた、細菌中へのＣＡタンパク
質の分泌を提供するシグナルペプチド配列を含み得る。このタンパク質は、増殖培地内に
分泌されるか（グラム陽性細菌）、または細胞膜周辺腔（細胞の内膜と外膜の間に位置さ
れる（グラム陰性細菌））内に分泌されるかのいずれかである。細菌発現ベクターはまた
、形質転換された細菌株の選択を可能にするような選択マーカー遺伝子を含み得る。適切
な選択遺伝子は、細菌を、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カ
ナマイシン、ネオマイシンおよびテトラサイクリンのような薬物に対して耐性にする遺伝
子を含む。選択マーカーはまた、生合成遺伝子（例えば、ヒスチジン、トリプトファンお
よびロイシン生合成経路におけるもの）を含む。これらの成分は、発現ベクター中で構築
される。細菌のための発現ベクターは当該分野において周知であり、とりわけ、Ｂａｃｉ
ｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏ
ｒｉｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌｉｖｉｄａｎｓのためのベクターが挙げ
られる。細菌性発現ベクターは、当該分野において周知の技術（例えば、塩化カルシウム
処理、エレクトロポレーションなど）を使用して細菌宿主細胞内に形質転換される。
【００８５】
１つの実施形態において、ＣＡタンパク質は、昆虫細胞中で産生される。昆虫細胞の形
質転換のための発現ベクター、および特にバキュロウイルスをベースにした発現ベクター
は、当該分野において周知である。
【００８６】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、酵母細胞中で産生される。酵母発現系
は、当該分野において周知であり、そしてＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓ
ｉａｅ、Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓとＣ．ｍａｌｔｏｓａ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓとＫ．ｌａｃ
ｔｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ ｇｕｉｌｌｅｒｉｍｏｎｄｉｉとＰ．ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｓｃｈ
ｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅとＹａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉ
ｃａのための発現ベクターを含む。
【００８７】
ＣＡタンパク質はまた、当該分野で周知の技術を使用して融合タンパク質として作られ
得る。従って、例えば、モノクローナル抗体作製のためである。所望のエピトープが小さ
い場合、ＣＡタンパク質は、免疫原を形成するためにキャリアタンパク質に対して融合さ
れ得る。あるいは、ＣＡタンパク質は、発現を増強するために、または他の理由のために
融合タンパク質として作られ得る。例えば、ＣＡタンパク質がＣＡペプチドである場合、
このペプチドをコードする核酸は、発現目的のために、他の核酸に結合され得る。
【００８８】
１つの実施形態において、本発明のＣＡ核酸、タンパク質および抗体は、標識される。
本明細書中の「標識される」によって、化合物は、化合物の検出を可能にするために結合
する少なくとも１つの元素、同位体または化学化合物を有することが意味される。一般的
に、標識は、３つのクラスに分類される：ａ）同位体標識であり、これは放射能または重
同位体であり得る；ｂ）免疫標識であり、これは、抗体または抗原であり得る；およびｃ
）着色または蛍光色素である。標識は、ＣＡ核酸、タンパク質および抗体内に任意の位置
で組み込まれ得る。例えば、標識は、直接的または間接的のいずれかで検出可能なシグナ
ルを産生し得るべきである。検出可能な部分は、例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ
、または１２５Ｉのような放射性同位体、例えば、フルオレセイン、イソチオシアネート
、ローダミン、またはルシフェリンのような蛍光または化学発光化合物、あるいは、例え
ば、アルカリホスファターゼ、βガラクトシダーゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼの
ような酵素であり得る。抗体を標識に結合体化するための当該分野で公知の任意の方法が
使用され得、これは、Ｈｕｎｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ、１４４：９４５（１９６２）；Ｄ
ａｖｉｄら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１３：１０１４（１９７４）；Ｐａｉｎら、Ｊ
．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．、４０：２１９（１９８１）；およびＮｙｇｒｅｎ、Ｊ．
Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．ａｎｄ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．、３０：４０７（１９８２）によって
記載される方法を含む。
【００８９】
従って、本発明はまた、ＣＡタンパク質配列を提供する。本発明のＣＡタンパク質は、
いくつかの方法で同定され得る。この意味における「タンパク質」とは、タンパク質、ポ
リペプチド、およびペプチドが挙げられる。当業者によって理解されるように、本発明の
核酸配列は、タンパク質配列を生成するために使用され得る。タンパク質配列生成を行な
うための種々の方法があり、これには、全遺伝子をクローニングすること、ならびにその
フレームおよびアミノ酸配列を変更すること、またはＣＡタンパク質が、使用されるデー
タベース中のいくつかのタンパク質との相同性を有することと仮定して、フレームを提供
するための相同性を検索するために公知の配列とアミノ酸配列を比較することが挙げられ
る。概して、核酸配列は、相同性について全ての３つのフレームを検索するプログラムに
入力される。これは、以下のＮＣＢＩ Ａｄｖａｎｃｅｄ ＢＬＡＳＴパラメータを使用
する好ましい実施形態において行なわれる。このプログラムは、ｂｌａｓｔｘまたはｂｌ
ａｓｔｎである。データベースは、ｎｒである。入力データは、「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉ
ｎ ＦＡＳＴＡ ｆｏｒｍａｔ」としてある。生物リストは、「ｎｏｎｅ」である。「ｅ
ｘｐｅｃｔ」は１０であり；フィルターはデフォルトである。「ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ
ｓ」は５００であり、「アライメント」は５００であり、そして「整列図」は２つ１組で
ある。「問い合わせ遺伝暗号」は標準（１）である。マトリクスは、ＢＬＯＳＵＭ６２で
あり；ギャップの存在コストは１１であり、残基ギャップコストあたり１であり；そして
λ比は、０．８５デフォルトである。これは、推定タンパク質配列の生成を生じる。
【００９０】
本明細書中で記載されるように、天然に存在する配列のアミノ酸改変体がまた、ＣＡタ
ンパク質の１つの実施形態内に含まれる。改変体は、好ましくは、野生型配列に対して、
好ましくは約７５％より大きい、より好ましくは約８０％より大きい、さらにより好まし
くは約８５％より大きい、そして最も好ましくは９０％より大きい相同性を有する。いく
つかの実施形態において、相同性は、約９３〜９５または９８％ほど高い。核酸に関する
限りでは、このような情況における相同性は、配列類似性または同一性（同一性が好まし
い）を意味する。この相同性は、核酸相同性に関して上で略述されるように、当該分野に
おいて公知の標準的技術を使用して決定される。
【００９１】
本発明のＣＡタンパク質は、野生型アミノ酸配列より短くても長くてもよい。従って、
好ましい実施形態において、本明細書中の野生型配列の部分またはフラグメントが、ＣＡ
タンパク質の定義内に含まれる。さらに、上で略述されるように、本発明のＣＡ核酸は、
付加的コード領域、および付加的タンパク質配列を当該分野において公知の技術を使用し
て得るために使用され得る。
【００９２】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、野生型配列と比較して誘導体または改
変ＣＡタンパク質である。つまり、以下に、より十分に略述されるように、誘導体ＣＡペ
プチドは、少なくとも１つのアミノ酸置換、欠失または挿入（アミノ酸置換が特に好まし
い）を含む。アミノ酸置換、挿入または欠失は、ＣＡペプチド内の任意の残基で生じ得る
。
【００９３】
本発明のＣＡタンパク質の１つの実施形態において、アミノ酸配列改変体もまた含まれ
る。これらの改変体は、以下の３つのクラスのうちの１つ以上に含まれる：置換改変体、
挿入改変体または欠失改変体。これらの改変体は、通常、改変体をコードするＤＮＡを産
生するために、当該分野において周知のカセット式またはＰＣＲ変異誘発あるいは他の技
術を使用して、ＣＡタンパク質をコードするＤＮＡにおけるヌクレオチドの部位特異性変
異誘発によって調製され、そしてその後、上で略述されるように組換え細胞培養において
ＤＮＡを発現する。しかし、約１００〜１５０残基までを有する改変ＣＡタンパク質フラ
グメントは、確立された技術を使用するインビトロ合成によって調製され得る。アミノ酸
配列改変体は、改変体の前もって決定された性質（ＣＡタンパク質のアミノ酸配列の天然
に存在する対立遺伝子または種間バリエーションと改変体を区別する特徴）によって特徴
付けられる。代表的に改変体は、天然に存在するアナログと同じ定性的生物活性を示すが
、より十分に以下に略述されるように、改変された特徴を有する改変体がまた、選択され
得る。
【００９４】
アミノ酸配列バリエーションを導入するための部位または領域が前もって決定される一
方で、変異自体は、前もって決定される必要はない。例えば、所定の部位での変異の実行
を最適化にするために、ランダムな変異誘発は、標的コドンまたは領域で実行され得、そ
して発現したＣＡ改変体は、所望される活性の最良の組み合わせについてスクリーニング
される。公知の配列を有するＤＮＡにおける前もって決定された部位での置換変異を起こ
すための技術は、周知である（例えば、Ｍ１３プライマー変異誘発およびＬＡＲ変異誘発
）。変異体のスクリーニングは、ＣＡタンパク質活性のアッセイを使用して行なわれる。
【００９５】
アミノ酸置換は、代表的に、単一残基である；挿入は、通常約１〜２０個のアミノ酸の
オーダーであるが、かなり大きな挿入が許容され得る。欠失は、約１〜約２０残基の範囲
であるが、いくつかの場合において、欠失はより大きくあり得る。
【００９６】
置換、欠失、挿入またはそれらの任意の組み合わせが、最終的な誘導体に到達するため
に使用され得る。概してこれらの変化は、分子の変化を最小にするために数個のアミノ酸
上で行なわれる。しかし、より大きな変化は、特定の情況において許容され得る。ＣＡタ
ンパク質の特徴における小さい変化が所望される場合、置換は、概して以下のチャートに
従って行なわれる。
【表Ａ】
【００９７】
機能または免疫学的同一性における本質的な変化は、チャートＩに示されるものより保
存的でない置換を選択することによって、行なわれる。例えば：変更領域におけるポリペ
プチドの骨格構造（例えば、α−ヘリックス構造またはβシート構造）；標的部位におけ
る分子の電荷または疎水性；あるいは側鎖のかさ高さ、により著しい影響を及ぼす置換が
行なわれ得る。一般的にポリペプチド特性における最大の変化を産生することが予測され
る置換は、（ａ）親水性残基（例えば、セリルまたはトレオニル（ｔｈｒｅｏｎｙｌ））
は、疎水性残基（例えば、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリルまたはア
ラニル）と（またはこれらによって）置換される；（ｂ）システインまたはプロリンは、
任意の他の残基と（またはこれらによって）置換される；（ｃ）電気陽性側鎖（例えば、
リジル、アルギニル、またはヒスチジル）を有する残基は、電気陰性残基（例えば、グル
タミルまたはアスパルチル）と（またはこれらによって）置換される；または（ｄ）かさ
高い側鎖を有する残基（例えば、フェニルアラニン）は、側鎖をもたないもの（例えば、
グリシン）と（またはこれらによって）置換されるものである。
【００９８】
代表的に、改変体は、天然に存在するアナログと同じ定性的生物学的活性を示し、そし
て同じ免疫応答を顕在化させるが、必要とされる場合、改変体はまた、ＣＡタンパク質の
特徴を改変するために選択される。あるいは、改変体は、ＣＡタンパク質の生物学的活性
が変更されるように設計され得る。例えば、グリコシル化部位は、変更され得るか、また
は除去され得、優性な陰性変異が創造され得る、など。
【００９９】
ＣＡポリペプチドの共有結合修飾は、本発明の範囲内（例えば、スクリーニングにおい
て使用するために）に含まれる。共有結合修飾の１つの型は、ＣＡポリペプチドの標的化
アミノ酸残基と、ＣＡポリペプチドの選択された側鎖あるいはＮ−末端残基またはＣ−末
端残基と反応し得る有機誘導体化剤との反応工程を包含する。以下でより十分に記載され
るように、二官能性薬剤を用いる誘導体化は、例えば、ＣＡポリペプチドと非水溶性支持
マトリクスあるいは抗ＣＡ抗体の精製またはスクリーニングアッセイのための方法におい
て使用するための表面を架橋するのに有用である。一般的に使用される架橋剤としては、
例えば、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、
Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル（例えば、４−アジドサリチル酸とのエステル、
ホモ二官能性イミドエステル）が挙げられ、そしてジスクシンイミジルエステル（例えば
、３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート））、二官能性マレイミド（
例えば、ビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタン）および薬剤（例えば、メチル−３−
［（ｐ−アジドフェニル）ジチオ］プロピオイミデート）が挙げられる。
【０１００】
他の改変としては、グルタミニル残基およびアスパラギニル残基の、それぞれ対応する
グルタミル残基およびアスパルチル残基への脱アミド化、プロリンおよびリジンのヒドロ
キシル化、セリル、トレオニルまたはチロシル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン
、アルギニン、およびヒスチジン側鎖のａ−アミノ基のメチル化（Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈ
ｔｏｎ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏ
ｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，
７９〜８６頁（１９８３））、Ｎ末端アミンのアセチル化、および任意のＣ末端カルボキ
シル基のアミド化が挙げられる。
【０１０１】
本発明の範囲内に含まれるＣＡポリペプチドの別の型の共有結合修飾は、ポリペプチド
のネイティブのグリコシル化パターンの変更を含む。「ネイティブのグリコシル化パター
ンの変更」は、本明細書中の目的のために、ネイティブ配列ＣＡポリペプチドにおいて見
出される１つ以上の糖質部分の欠失、および／またはネイティブ配列ＣＡポリペプチド中
に存在しない１つ以上のグリコシル化部位の付加を意味することが意図される。
【０１０２】
ＣＡポリペプチドに対するグリコシル化部位の付加は、そのアミノ酸配列の変更によっ
て達成され得る。例えば、変更は、ネイティブ配列ＣＡポリペプチドに対する（Ｏ−連結
グリコシル化部位について）１つ以上のセリンまたはトレオニン残基の付加、またはこれ
らによる置換によってなされ得る。ＣＡアミノ酸配列は、ＤＮＡレベルでの変化（特に、
所望のアミノ酸に翻訳されるコドンが生成されるように、ＣＡポリペプチドをコードする
ＤＮＡを前もって選択された塩基で変異させることによって）を介して必要に応じて変性
され得る。
【０１０３】
ＣＡポリペプチド上の糖質部分の数を増加する別の方法は、グリコシドをポリペプチド
に対して化学的または酵素的に結合することによる。そのような方法は、当該分野におい
て記載される（例えば、１９８７年９月１１日に公開されたＷＯ ８７／０５３３０、な
らびにＡｐｌｉｎおよびＷｒｉｓｔｏｎ，ＬＡ Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，
２５９〜３０６頁（１９８１））。
【０１０４】
ＣＡポリペプチド上に存在する糖質部分の除去は、グリコシル化のための標的として作
用するアミノ酸残基をコードするコドンの、化学的置換または酵素的置換あるいは変異性
置換によって達成され得る。化学的脱グリコシル化技術は、当該分野において公知であり
、そして例えば、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎ、ら、Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙ
ｓ．、２５９：５２（１９８７）およびＥｄｇｅら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１１
８：１３１（１９８１）によって記載される。ポリペプチド上の糖質部分の酵素切断は、
Ｔｈｏｔａｋｕｒａら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１３８：３５０（１９８７）によ
って記載されるように、種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼの使用
によって達成され得る。
【０１０５】
ＣＡの共有結合修飾の別の型は、米国特許第４，６４０，８３５号；同第４，４９６，
６８９号；同第４，３０１，１４４号；同第４，６７０，４１７号；同第４，７９１，１
９２号または同第４，１７９，３３７号において示される様式で、ＣＡポリペプチドと種
々の非タンパク性ポリマー（例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコー
ル、またはポリオキシアルキレン）の１つとの連結を含む。
【０１０６】
本発明のＣＡポリペプチドはまた、別のもの（異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列）
と融合したＣＡポリペプチドを含むキメラ分子を形成するための方法において改変され得
る。１つの実施形態において、そのようなキメラ分子は、ＣＡポリペプチドと、抗タグ抗
体が選択的に結合し得るエピトープを提供するタグポリペプチドとの融合を含む。一般的
にエピトープタグは、ＣＡポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に配置され
るが、内部融合がまた、いくつかの実施例において許容され得る。ＣＡポリペプチドのこ
のようなエピトープ−タグ化形態の存在は、タグポリペプチドに対する抗体の使用によっ
て検出され得る。また、エピトープタグの提供は、ＣＡポリペプチドが抗タグ抗体または
エピトープタグに結合するアフィニティーマトリクスの他の型を使用するアフィニティー
精製によって容易に精製されることを可能にする。代替の実施形態において、キメラ分子
は、ＣＡポリペプチドと免疫グロブリンまたは免疫グロブリンの特定の領域との融合を含
み得る。キメラ分子の二価形態について、そのような融合は、ＩｇＧ分子のＦｃ領域に対
してであり得る。
【０１０７】
種々のタグポリペプチドおよびそれらのそれぞれの抗体は、当該分野において周知であ
る。例としては、ポリ−ヒスチジン（ｐｏｌｙ−ｈｉｓ）またはポリ−ヒスチジン−グリ
シン（ｐｏｌｙ−ｈｉｓ−ｇｌｙ）タグ；ｆｌｕＨＡタグポリペプチドおよびその抗体１
２ＣＡ５（Ｆｉｅｌｄら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，８：２１５９〜２１６５（１
９８８））；ｃ−ｍｙｃタグおよびこれに対する８Ｆ９、３Ｃ７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７
および９Ｅ１０抗体（Ｅｖａｎら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂ
ｉｏｌｏｇｙ，５：３６１０〜３６１６（１９８５））；ならびに単純ヘルペスウイルス
糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグおよびその抗体（Ｐａｂｏｒｓｋｙら，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅ
ｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，３（６）５４７〜５５３（１９９０））が挙げられる。他のタグ
ポリペプチドとしては、Ｆｌａｇペプチド（Ｈｏｐｐら，Ｂｉｏ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
，６：１２０４〜１２１０（１９８８））；ＫＴ３エピトープペプチド（Ｍａｒｔｉｎら
，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５５：１９２〜１９４（１９９２））；チューブリンエピトープペ
プチド（Ｓｋｉｎｎｅｒら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６６：１５１６３〜１５１６
６（１９９１））；およびＴ７遺伝子１０タンパク質ペプチドタグ（Ｌｕｔｚ−Ｆｒｅｙ
ｅｒｍｕｔｈら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：６３９３〜６
３９７（１９９０））が挙げられる。
【０１０８】
１つの実施形態において、ＣＡタンパク質の定義を用いると、ＣＡファミリーの他のＣ
Ａンパク質、および他の生物由来のＣＡタンパク質もまた含まれ、これは以下に略述され
るようにクローン化され、そして発現される。従って、プローブまたは縮重ポリメラーゼ
連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー配列が、ヒトまたは他の生物由来の他の関連ＣＡタンパク
質を見出すために使用され得る。当業者によって理解されるように、特定の有用なプロー
ブおよび／またはＰＣＲプライマー配列は、ＣＡ核酸配列の独特の領域を含む。一般的に
当該分野で公知であるように、好ましいＰＣＲプライマーは、約１５〜約３５ヌクレオチ
ド長（約２０〜約３０が好ましい）であり、そして必要であるならばイノシンを含み得る
。ＰＣＲ反応のための条件は、当該分野において周知である。
【０１０９】
さらに、本明細書中で略述されるように、図面の核酸によってコードされるものより長
いＣＡタンパク質（例えば、付加配列の解説、エピトープまたは精製タグの付加、他の融
合配列の付加、などによって）が作られ得る。
【０１１０】
ＣＡタンパク質はまた、ＣＡ核酸によってコードされるタンパク質として同定され得る
。従って、本明細書中で略述されるように、ＣＡタンパク質は、配列表の配列、またはそ
の相補体とハイブリダイズする核酸によってコードされる。
【０１１１】
好ましい実施形態において、本発明は、ＣＡ抗体を提供する。好ましい実施形態におい
て、ＣＡタンパク質が、例えば、免疫療法のために、抗体を生成するために使用され得る
場合、ＣＡタンパク質は、少なくとも１つのエピトープまたは決定因子を全長のタンパク
質と共有するべきである。ＭＨＣの場合、本明細書中での「エピトープ」または「決定因
子」によって、抗体またはＴ細胞レセプターを生成し、そして／または結合するタンパク
質の部分が意味される。従って、ほとんどの例において、より小さいＣＡタンパク質に対
して作られた抗体は、全長のタンパク質に結合し得る。好ましい実施形態において、エピ
トープは独特である；つまり、独特のエピトープに対して生成された抗体は、ほとんどま
たは全く交差反応を示さない。
【０１１２】
１つの実施形態において、用語「抗体」は、抗体フラグメント（当該分野で公知である
ように、抗体全体の改変によって産生されるか、または組み換えＤＮＡ技術を使用して新
規に合成されたもののいずれかである、Ｆａｂ、Ｆａｂ２、単鎖抗体（例えば、Ｆｖ）、
キメラ抗体、などを含む）を含む。
【０１１３】
ポリクローナル抗体の調製方法は、当業者によって公知である。ポリクローナル抗体は
、例えば、免疫剤、および望ましくは、アジュバントの１回以上の注射によって、哺乳動
物中で惹起され得る。代表的には、免疫剤および／またはアジュバントは、複数回の皮下
注射または腹腔内注射によって哺乳動物内へ注射される。免疫剤としては、図面の核酸に
よってコードされるタンパク質またはそれらのフラグメントもしくは融合タンパク質が挙
げられ得る。免疫された哺乳動物において免疫原であることが公知のタンパク質を免疫剤
に結合体化することが有用であり得る。そのような免疫原性タンパク質の例としては、キ
ーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、およびダイ
ズトリプシン阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用され得るアジュバント
の例としては、フロイント完全アジュバントおよびＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホ
スホリルリピドＡ、合成トレハロースジコリノミコレート（ｄｉｃｏｒｙｎｏｍｙｃｏｌ
ａｔｅ））が挙げられる。免疫プロトコルは、過度の実験をすることなく、当業者によっ
て選択され得る。
【０１１４】
あるいは、抗体は、モノクローナル抗体であり得る。モノクローナル抗体は、ハイブリ
ドーマ方法（例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｎａｔｕｒｅ、２５６：４
９５（１９７５）によって記載される）を使用して調製され得る。ハイブリドーマ方法に
おいて、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物は、代表的に、特異的に免疫剤
に結合する抗体を産生するか、または産生し得るリンパ球を導き出すために免疫剤で免疫
される。あるいは、リンパ球が、インビトロで免疫され得る。代表的に、免疫剤としては
、表１の核酸によってコードされるポリペプチド、またはそれらのフラグメントもしくは
融合タンパク質が挙げられる。一般的に、ヒト起源の細胞が所望される場合、末梢血リン
パ球（「ＰＢＬ」）が使用されるか、または非ヒト哺乳動物供給源が所望される場合、脾
臓細胞またはリンパ節細胞が使用される。次いで、リンパ球は、ハイブリドーマ細胞（Ｇ
ｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａ
ｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，（１９８６）５９〜１０３頁
）を形成するために、適切な融合剤（例えば、ポリエチレングリコール）を使用して不死
化細胞株とともに融合される。不死化細胞株は、通常形質転換された哺乳動物細胞（特に
げっ歯類、ウシおよびヒト起源の骨髄腫細胞）である。通常、ラットまたはマウスの骨髄
腫細胞株が使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、未融合の不死化細胞の成長
または生存を阻害する１つ以上の物質を含む適切な培養培地中で培養され得る。例えば、
その親細胞が酵素ヒポキサンチン・グアニン・ホスホリボシル・トランスフェラーゼ（Ｈ
ＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠乏する場合、代表的に、ハイブリドーマのための培養培地
は、ヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジン（「ＨＡＴ培地」）を含み、この
物質は、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の成長を防止する。
【０１１５】
１つの実施形態において、抗体は、二官能性抗体である。二官能性抗体は、少なくとも
２つの異なる抗原に対して結合特異性を有するモノクローナル（好ましくは、ヒトまたは
ヒト化された）抗体である。本発明の場合において、結合特異性の１つは、表１の核酸に
よってコードされるタンパク質、またはそれらのフラグメントについてであり、他方は、
任意の他の抗原についてであり、そして好ましくは、細胞表面タンパク質またはレセプタ
ーあるいはレセプターサブユニット（好ましくは、腫瘍特異的であるもの）についてであ
る。
【０１１６】
好ましい実施形態において、以下に記載されるように、ＣＡに対する抗体は、ＣＡの生
物学的機能を減少し得るか、または除去し得る。つまり、ＣＡ（またはＣＡを含む細胞）
への抗ＣＡ抗体（ポリクローナルまたは好ましくはモノクローナルのいずれか）の付加は
、ＣＡ活性を減少し得るか、または除去し得る。一般的に、活性において、少なくとも２
５％の減少が好まれ、さらに、少なくとも約５０％の減少が特に好ましく、そして約９５
〜１００％の減少が特に好ましい。
【０１１７】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質に対する抗体は、ヒト化抗体である。非ヒ
ト（例えば、マウス）抗体のヒト化形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列
を含む免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント（例えば、Ｆｖ、
Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合部分配列）のキメラ分子で
ある。ヒト化抗体は、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を含み、ここで、レシピ
エントの相補性決定領域（ＣＤＲ）を形成する残基は、例えば、所望の特異性、親和性お
よび能力を有するマウス、ラットまたはウサギのような非ヒト種のＣＤＲ（ドナー抗体）
由来の残基によって置換される。いくつかの例において、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレ
ームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピ
エント抗体においてもインポートＣＤＲのいずれにおいても見出されない残基あるいはフ
レームワーク配列を含み得る。一般的に、ヒト化抗体は、実質的に少なくとも１つ、およ
び代表的には２つの可変ドメインの全てを含み、非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対
応するＣＤＲ領域の全てまたは実質上全ておよび免疫グロブリンのフレームワーク残基（
ＦＲ）領域の全てまたは実質上全ては、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものであ
る。ヒト化抗体はまた、必要に応じて、少なくとも免疫グロブリン定常部分（Ｆｃ）（代
表的にヒト免疫グロブリンの定常部分）の一部を含む（Ｊｏｎｅｓら，Ｎａｔｕｒｅ，３
２１：５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３
２３〜３２９（１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉ
ｏｌ．，２：５９３〜５９６（１９９２））。
【０１１８】
非ヒト抗体をヒト化するための方法は、当該分野において周知である。一般的に、ヒト
化抗体は、ヒトではない供給源からヒト抗体へ導入された１つ以上のアミノ酸残基を有す
る。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしばインポート残基と称され、これは、代表的
にインポート可変ドメインから得られる。ヒト化は、Ｗｉｎｔｅｒおよびその共同研究者
らの方法（Ｊｏｎｅｓら，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｉｅ
ｃｈｍａｎｎら，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３〜３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙ
ｅｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４〜１５３６（１９８８））に従って（げっ歯
類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列とヒト抗体の対応配列とを置換することによって）本質的に実
行され得る。従って、そのようなヒト化抗体は、キメラ抗体であり（米国特許第４，８１
６，５６７号）、ここで実質的にほとんどインタクトではないヒト可変ドメインは、非ヒ
ト種由来の対応配列によって置換されている。実際問題として、ヒト化抗体は、代表的に
いくつかのＣＤＲ残基およびおそらくはいくつかのＦＲ残基が、げっ歯類抗体における類
似部位からの残基によって置換されるヒト抗体である。
【０１１９】
ヒト抗体はまた、当該分野において公知の種々の技術（ファージディスプレイライブラ
リーを含む）を使用して産生され得る（ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．
Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏ
ｌ．，２２２：５８１（１９９１））。ＣｏｌｅらおよびＢｏｅｒｎｅｒらの技術はまた
、ヒトモノクローナル抗体の調製のために利用できる（Ｃｏｌｅら，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａ
ｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌ
ｉｓｓ，７７頁（１９８５）およびＢｏｅｒｎｅｒら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７（
１）：８６〜９５（１９９１））。同様に、ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン座をトラン
スジェニック動物（例えば、内因性免疫グロブリン遺伝子が部分的または完全に不活性化
されるマウス）内へ導入することによって作られ得る。チャレンジの際に、ヒト抗体産生
が観察され、このヒト抗体は、遺伝子の再配列、集合、および抗体レパートリーを含む、
全ての点で、ヒトにおいて見出されるものと密接に似ている。このアプローチは、例えば
、米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２
５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６６１，０１６
号、および以下の科学刊行物：Ｍａｒｋｓら，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０，７
７９〜７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇら，Ｎａｔｕｒｅ ３６８ ８５６〜８５９
（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ ３６８，８１２〜１３（１９９４）；
Ｆｉｓｈｗｉｌｄら，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４，８４５〜５１
（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４
，８２６（１９９６）；ＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉ
ｍｍｕｎｏｌ．１３ ６５〜９３（１９９５）において記載される。
【０１２０】
免疫治療によって、ＣＡタンパク質に対して惹起された抗体での癌腫の処置が意味され
る。本明細書中で使用される場合、免疫治療は、受動的であるか、または能動的であり得
る。本明細書中で定義されるように、受動免疫治療は、レシピエント（患者）への抗体の
受動移送である。能動免疫は、レシピエント（患者）における抗体および／またはＴ細胞
応答の誘導である。免疫応答の誘導は、レシピエントに抗体が惹起される抗原を提供する
ことの結果である。当業者によって理解されるように、抗原は、抗体が惹起されることが
望ましいポリペプチドをレシピエントに注射すること、または抗原の発現のための条件下
でレシピエントと、抗原を発現し得る核酸とを接触させることによって、提供され得る。
【０１２１】
好ましい実施形態において、分泌された成長因子をコードする癌遺伝子は、上述される
ように分泌されたタンパク質であるＣＡタンパク質に対して抗体を惹起することによって
阻害され得る。理論によって束縛されることなく、処置のために使用される抗体が結合し
、そして分泌されたタンパク質がそのレセプターに結合することを防止し、それによって
分泌されたＣＡタンパク質を不活化する。
【０１２２】
別の好ましい実施形態において、抗体が惹起されるＣＡタンパク質は、膜貫通タンパク
質である。理論によって束縛されることなく、処置のために使用される抗体は、ＣＡタン
パク質の細胞外ドメインに結合し、そしてＣＡタンパク質が他のタンパク質（例えば、循
環リガンドまたは細胞関連分子）に結合することを防止する。抗体は、膜貫通ＣＡタンパ
ク質のダウンレギュレートを引き起こし得る。当業者によって理解されるように、抗体は
、競合的、非競合的であり得るか、またはＣＡタンパク質の細胞外ドメインに結合するタ
ンパク質の非競合的阻害剤であり得る。抗体はまた、ＣＡタンパク質のアンタゴニストで
ある。さらに、抗体は、膜貫通ＣＡタンパク質の活性化を防止する。１つの局面において
、抗体がＣＡタンパク質への他の分子の結合を防止する場合、抗体は、細胞の成長を防止
する。抗体はまた、細胞傷害性剤（ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−β、ＩＬ−１、ＩＮＦ−γおよ
びＩＬ−２が挙げられるがこれらに限定されない）、または化学治療剤（５ＦＵ、ビンブ
ラスチン、アクチノマイシンＤ、シスプラチン、メトトレキサートなどを含む）に対して
細胞を感作し得る。いくつかの例において、抗体が膜貫通タンパク質と複合体化し、それ
によって細胞傷害性を媒介する場合、抗体は、血清補体を活性化する亜類型に属する。従
って、癌は、患者に膜貫通ＣＡタンパク質に対して指向される抗体を投与することによっ
て処置され得る。
【０１２３】
別の好ましい実施形態において、抗体は、治療部分と結合体化される。１つの局面にお
いて、治療部分は、ＣＡタンパク質の活性を調節する低分子である。別の局面で、治療部
分は、ＣＡタンパク質と関連するか、またはＣＡタンパク質と密接に近位にある分子の活
性化を調節する。この治療部分は、癌と関連するプロテアーゼ活性またはプロテインキナ
ーゼ活性のような酵素活性を阻害し得る。
【０１２４】
好ましい実施形態において、治療部分はまた、細胞傷害性の薬剤であり得る。この方法
において、細胞傷害性薬剤を腫瘍組織または細胞に対して標的化することは、罹患細胞の
数の減少を生じ、それゆえ、癌（リンパ腫または乳癌を含む）に関連する症状を減少させ
る。細胞傷害性薬剤は、多数および多様であり、そして細胞傷害性薬剤としては、傷害性
薬物または毒素あるいはそのような毒素の活性フラグメントが挙げられるが、これらに限
定されない。適切な毒素およびその対応フラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、体外毒
素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉ
ｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）な
どが挙げられる。細胞傷害性薬剤はまた、放射性同位元素をＣＡタンパク質に対して惹起
される抗体に結合体化すること、または放射性核種を抗体と共有結合するキレート剤に結
合することによって作られる放射化学物質を含む。治療部分の膜貫通ＣＡタンパク質への
標的化は、目的の癌（すなわち、リンパ腫または乳癌）における治療部分の局所濃度を増
加するばかりでなく、治療部分と関連し得る有害な副作用を減少するように作用する。
【０１２５】
別の好ましい実施形態において、抗体が惹起されるＣＡタンパク質は、細胞内タンパク
質である。この場合において、抗体は、細胞内への侵入を促進するタンパク質に結合体化
され得る。１つの場合において、抗体は、エンドサイトーシスによって細胞へ入る。別の
実施形態において、抗体をコードする核酸は、個体または細胞に投与される。そのうえ、
ここでＣＡタンパク質は、細胞内で（すなわち、核に）標的化され得、これに対する抗体
は、局在を標的にするためのシグナル（すなわち、核局在シグナル）を含む。
【０１２６】
本発明のＣＡ抗体は、特異的にＣＡタンパク質に結合する。本明細書中の「特異的結合
」によって、抗体は、少なくとも１０−４〜１０−６Ｍ−１の範囲にある結合定数を有す
る（好ましくは、１０−７〜１０−９Ｍ−１の範囲を有する）タンパク質と結合すること
が意味される。
【０１２７】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は、発現後に精製されるかまたは単離され
る。ＣＡタンパク質は、どのような他の成分がサンプル中に存在するかに依存して、当業
者に公知の種々の方法で単離されるか、または精製され得る。標準的な精製方法としては
、電気泳動的技術、分子的技術、免疫学的技術およびクロマトグラフィー技術（イオン交
換クロマトグラフィー、疎水性クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー
、および逆相ＨＰＬＣクロマトグラフィー）ならびに等電点電気泳動が挙げられる。例え
ば、ＣＡタンパク質は、標準的な抗ＣＡ抗体カラムを使用して精製され得る。タンパク質
濃度に関連して、限外濾過技術およびダイアフィルトレーション（ｄｉａｆｉｌｔｒａｔ
ｉｏｎ）技術もまた、有用である。適切な精製技術における一般的な指針については、Ｓ
ｃｏｐｅｓ、Ｒ．、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖ
ｅｒｌａｇ、ＮＹ（１９８２）を参照のこと。精製の必要性の程度は、ＣＡタンパクの使
用に依存して変化する。いくつかの例において、精製は必要ない。
【０１２８】
一旦発現され、そして必要に応じて精製されたならば、ＣＡタンパク質および核酸は、
多くの適用において有用である。
【０１２９】
１つの局面において、遺伝子の発現レベルは、癌腫表現型における異なる細胞状態につ
いて決定される；つまり、正常な組織および癌組織における遺伝子発現のレベル（以下で
略述されるように、いくつかの場合において、予後と関係するリンパ腫または乳癌の重症
度を変えるために）は、発現プロファイルを提供するために評価される。特定の細胞状態
または発生点での発現プロファイルは、本質的にその状態の「フィンガープリント」であ
り；２つの状態は、類似して発現した任意の特定の遺伝子を有し得る一方で、多くの遺伝
子の評価は、細胞の状態に独特である遺伝子発現プロファイルの生成を同時に可能にする
。異なる状態における細胞の発現プロファイルを比較することによって、これらの状態の
各々においてどの遺伝子が重要である（遺伝子のアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションの両方を含む）かに関する情報が得られる。次いで、診断がなされ得るか
、または確認され得る：特定の患者由来の用量組織は、正常組織または癌腫組織の遺伝子
発現プロファイルを有する。
【０１３０】
本明細書中で使用される場合、「差示的発現」または文法的に等価なものは、細胞内お
よび細胞間での、遺伝子の一時的発現パターンおよび／または細胞性発現パターンにおけ
る定性的差異ならびに定量的差異の両方をいう。従って、差示的に発現した遺伝子は、定
性的に発現を変化させ得、この変化としては、例えば、正常組織 対 癌腫組織における
活性化または不活化を含む。つまり、遺伝子は、他の状態と関連して、特定の状態におい
てスイッチが入り得るか、または切れ得る。当業者によって理解されるように、２つ以上
の状態の任意の比較が行われ得る。そのように定性的に調節される遺伝子は、１つのその
ような状態または細胞型において標準的な技術によって検出可能であるが、両方では検出
不可能である１つの状態または細胞型内における発現パターンを示す。あるいは、発現が
増加するまたは減少するという点で、この決定は、定量的である：つまり、遺伝子発現は
アップレギュレートされ、転写物の量の増加を生じるか、またはダウンレギュレートされ
、転写物の量の減少を生じるかのいずれかである。発現の差異の程度としては、以下に略
述されるように、標準的な特性付け技術を介して（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｇｅ
ｎｅＣｈｉｐ（商標登録）発現分析（Ｌｏｃｋｈａｒｔ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ
ｎｏｌｏｇｙ，１４：１６７５〜１６８０（１９９６））（本明細書中で参照として明確
に援用される）の使用によって）定量するために十分大きいことのみが必要である。他の
技術としては、定量逆転写ＰＣＲ、ノーザン分析およびＲＮａｓｅ保護が挙げられるが、
これらに限定されない。上で略述されるように、好ましくは、発現における変化（すなわ
ち、アップレギュレーションまたはダウンレギュレーション）は、少なくとも約５０％で
あり、より好ましくは少なくとも約１００％であり、より好ましくは少なくとも約１５０
％であり、より好ましくは、少なくとも約２００％であり、３００から少なくとも１００
０％までが特に好ましい。
【０１３１】
当業者によって理解されるように、これは、遺伝子転写またはタンパク質レベルのいず
れかでの評価によってなされ得る；つまり、遺伝子発現量は、遺伝子転写物のＤＮＡまた
はＲＮＡ等価物に対する核酸プローブを使用することでモニターされ得、そして遺伝子発
現レベルの定量、あるいは最終的な遺伝子産物自体（タンパク質）は、例えば、ＣＡタン
パク質に対する抗体および標準的な免疫アッセイ（ＥＬＩＳＡなど）の使用または他の技
術（質量分光計アッセイ、２Ｄゲル電気泳動アッセイなどを含む）の使用を介してモニタ
ーされ得る。従って、ＣＡ遺伝子に対応するタンパク質（すなわち、特定の癌腫表現型（
すなわち、乳癌またはリンパ腫）において重要であるとして同定されたもの）は、癌腫に
特異的な診断試験において評価され得る。
【０１３２】
好ましい実施形態において、遺伝子発現モニタリングが行われ、そして多くの遺伝子（
すなわち、発現プロファイル）は、同時にモニターされるが、複数のタンパク質発現モニ
タリングもまた、行われ得る。同様に、これらのアッセイはまた、個々に基づいて行われ
得る。
【０１３３】
この実施形態において、ＣＡ核酸プローブは、本明細書中で略述されるように、特定の
細胞におけるＣＡ配列の検出および定量のためにバイオチップに結合され得る。アッセイ
は、当該分野で公知のように行われる。当業者によって理解されるように、任意の数の異
なるＣＡ配列が、プローブとして使用され得、いくつかのケースにおいて、単一配列アッ
セイが使用され、そして本明細書中で記載される複数の配列が他の実施形態において使用
される。さらに、固相アッセイが記載されているが、任意の数の溶液ベースアッセイもま
た、行われ得る。
【０１３４】
好ましい実施形態において、固相ベースアッセイおよび溶液ベースのアッセイの両方が
、正常組織と比較された場合、癌腫においてアップレギュレートされるか、またはダウン
レギュレートされるＣＡ配列を検出するために使用され得る。ＣＡ配列は変性されるが、
同じ発現プロファイルまたは変更された発現プロファイルを示す例において、このタンパ
ク質は、本明細書中で略述されるように検出される。
【０１３５】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質をコードする核酸が検出される。ＣＡタン
パク質をコードするＤＮＡまたはＲＮＡは検出され得るが、ＣＡタンパク質をコードする
ｍＲＮＡを検出する方法が、特に興味深い。サンプルにおけるｍＲＮＡの存在は、ＰＲＤ
Ｍ１１のようなＣＡ遺伝子がｍＲＮＡを形成するために転写されることの指標であり、そ
してタンパク質が発現されることを示唆する。ｍＲＮＡを検出するためのプローブは、ｍ
ＲＮＡと相補的であり、そしてこのｍＲＮＡとの塩基対である任意のヌクレオチド／デオ
キシヌクレオチドプローブであり得、そしてこのプローブとしては、オリゴヌクレオチド
、ｃＤＮＡまたはＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。プローブはまた、本明
細書中で規定されるように、検出可能な標識を含むべきである。１つの方法において、ｍ
ＲＮＡは、試験されるべき核酸を固形支持体上（例えば、ナイロン膜）に固定化し、そし
てプローブをサンプルにハイブリダイズした後に検出される。洗浄して非特異的に結合し
たプローブを除去した後、標識が検出される。別の方法において、ｍＲＮＡの検出は、イ
ンサイチュで実行される。この方法において、浸透細胞または組織サンプルは、プローブ
を標的ｍＲＮＡとハイブリダイズさせるために十分な時間の間、検出可能に標識された核
酸プローブと接触される。洗浄して非特異的に結合したプローブを除去した後、標識が検
出される。例えば、ＣＡタンパク質をコードするｍＲＮＡと相補的なジゴキシゲニン標識
リボプローブ（ＲＮＡプローブ）は、ジゴキシゲニンと抗ジゴキシゲニン二次抗体の結合
によって検出され、そしてニトロブルーテトラゾリウムおよび５−ブロモ−４−クロロ−
３−インドイルホスフェートで発色される。
【０１３６】
好ましい実施形態において、本明細書中で記載されるように、３つのクラスのタンパク
質のうちのいずれか（分泌性タンパク質、膜貫通タンパク質または細胞内タンパク質）が
、診断アッセイにおいて使用される。ＣＡタンパク質、抗体、核酸、ＣＡ配列を含む改変
タンパク質および細胞が、診断アッセイにおいて使用される。この診断アッセイは、個々
の遺伝子または対応するポリペプチドレベルについて行われるか、またはアッセイのセッ
トとして行われる。
【０１３７】
本明細書中で記載され、そして定義されるように、ＣＡタンパク質は、癌腫（例えば、
乳癌またはホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫のようなリンパ腫が含まれるが、
これに限定されない）のマーカーとしての使用を見出す。癌腫と推定される組織または患
者におけるこれらのタンパク質の検出は、癌腫の型の決定または診断を可能にする。当業
者に公知の多くの方法は、癌腫を検出する際の使用を見出す。１つの実施形態において、
抗体は、ＣＡタンパク質を検出するために使用される。好ましい方法は、ゲル（代表的に
は、変性および還元したタンパク質ゲルであるが、等電点電気泳動ゲルなどを含む任意の
他の型のゲルでもあり得る）上での電気泳動によって、タンパク質をサンプルまたは患者
から分離する。タンパク質を分離した後、ＣＡタンパク質は、このＣＡタンパク質に対し
て惹起された抗体との免疫ブロッティングによって検出される。免疫ブロッティングの方
法は、当業者に周知である。
【０１３８】
別の好ましい方法において、ＣＡタンパク質に対する抗体は、インサイチュでの画像化
技術における使用を見出す。この方法において、細胞は、ＣＡタンパク質に対する１から
多くの抗体と接触される。洗浄して非特異的抗体結合を除去した後、抗体の存在が検出さ
れる。１つの実施形態において、抗体は、検出可能な標識を含む二次抗体とともにインキ
ュベートすることによって検出される。別の方法において、ＣＡタンパク質に対する一次
抗体は、検出可能な標識を含む。別の好ましい実施形態において、複数の一次抗体のうち
のそれぞれ１つは、別個の検出可能な標識を含む。この方法は、複数のＣＡタンパク質に
ついての同時スクリーニングにおける特定の使用を見出す。当業者によって理解されるよ
うに、多くの他の組織学的画像化技術は、本発明において有用である。
【０１３９】
好ましい実施形態において、標識は、異なる波長の放出を検出し、そして区別する能力
を有する蛍光計で検出される。さらに、蛍光活性化セルソーター（ＦＡＣＳ）が、本方法
において使用され得る。
【０１４０】
別の好ましい実施形態において、抗体は、血液サンプルから癌腫を診断する際の使用を
見出す。以前に記載されたように、特定のＣＡタンパク質は、分泌された分子／循環分子
である。それゆえ、血液サンプルは、プローブされるべきサンプルとして有用であるか、
または分泌されたＣＡタンパク質の存在について試験される。当業者によって理解される
ように、抗体は、以前に記載された免疫アッセイ技術（ＥＬＩＳＡ、免疫ブロッティング
（ウエスタンブロット）、免疫沈降、ＢＩＡＣＯＲＥ技術などが含まれる）のいずれかに
よってＣＡタンパク質を検出するために使用され得る。
【０１４１】
好ましい実施形態において、標識されたＣＡ核酸プローブの組織アレイとのインサイチ
ュハイブリダイゼーションが行われる。例えば、組織サンプル（ＣＡ組織および／または
正常組織を含む）のアレイが作製される。次いで、当該分野において公知のインサイチュ
ハイブリダイゼーションが行われ得る。
【０１４２】
個体と標準との間の発現フィンガープリントが比較される場合、当業者は、診断および
予後を行い得ることが理解される。さらに、診断を示す遺伝子は、予後を示す遺伝子とは
異なり得ることが理解される。
【０１４３】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質、抗体、核酸、ＣＡ配列を含む改変タンパ
ク質および細胞は、予後アッセイにおいて使用される。上記のように、癌腫（特に、乳癌
またはリンパ腫）、長期予後の点からみた重症度に関連する遺伝子発現プロファイルが生
成され得る。ここでも、これは、タンパク質または遺伝子レベルのいずれかで行われ得る
（遺伝子の使用が、好ましい）。上記のように、ＣＡプローブは、組織または患者内での
ＣＡ配列の検出および定量化のためにバイオチップに結合される。このアッセイは、診断
のために略述されるように行われる。
【０１４４】
好ましい実施形態において、本明細書中で記載されるようなＣＡ配列のいずれかが、薬
物スクリーニングアッセイにおいて使用される。ＣＡタンパク質、抗体、核酸、ＣＡ配列
を含む改変タンパク質および細胞が、薬剤スクリーニングアッセイにおいて、または「遺
伝子発現プロファイル」もしくはポリペプチドの発現プロファイルに対する薬物候補の効
果を評価することによって使用される。１つの実施形態において、好ましくは、候補薬剤
で処置した後の発現プロファイル遺伝子に関するモニタリングを可能にするための高スル
ープットスクリーニング技術（Ｚｌｏｋａｒｎｉｋら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７９，８４〜
８（１９９８），Ｈｅｉｄら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，６：９８６〜９９４（１９９６
））と併用して、発現プロファイルが使用される。
【０１４５】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質、抗体、核酸、改変ＣＡタンパク質および
ネイティブのＣＡタンパク質または改変ＣＡタンパク質を含む細胞が、スクリーニングア
ッセイにおいて使用される。つまり、本発明は、癌腫表現型を調節する組成物についての
スクリーニングのための新規の方法を提供する。上記のように、これは、遺伝子発現のた
めの調節因子またはタンパク質活性の調節因子についてのスクリーニングによって行われ
得る。同様に、これは、個々の遺伝子またはタンパク質レベルについて、あるいは「遺伝
子発現プロファイル」に対する薬物候補の効果を評価することによって行われ得る。好ま
しい実施形態において、好ましくは、候補薬剤で処置した後に発現プロファイル遺伝子に
関するモニタリングを可能にするための高スループットスクリーニング技術（Ｚｌｏｋａ
ｒｎｉｋ，前出を参照のこと）と併用して、発現プロファイルが使用される。
【０１４６】
本明細書でＣＡ遺伝子を同定したので、遺伝子発現に対する薬剤の効果を評価するため
に多様なアッセイが実施され得る。好ましい実施形態において、アッセイは、個々の遺伝
子レベルまたはタンパク質レベルに対して実行され得る。すなわち、癌腫において異常に
調節される遺伝子として、特定の遺伝子を同定すると、遺伝子応答を調節する候補生物活
性薬剤が、スクリーニングされ得る。このように「モジュレーション」は、遺伝子発現ま
たは活性における増加および減少の両方を包含する。好ましいモジュレーション量は、正
常組織 対 腫瘍組織における遺伝子発現の最初の変化に依存し、少なくとも１０％、好
ましくは５０％、さらに好ましくは１００〜３００％の変化を有し、そしてある実施形態
においては３００〜１０００％以上の変化を有する。このように、ある遺伝子が正常組織
と比較して腫瘍組織では４倍の増加を表す場合、約４倍の減少が所望される；正常組織と
比較して、腫瘍組織では１０倍の減少は、候補薬剤の発現において１０倍の増加を与える
ことが所望される、など。あるいは、ＣＡ配列が変更されるが、同一の発現プロファイル
または変更された発現プロファイルを示す場合、本明細書で概要を述べられるように、タ
ンパク質は検出され得る。
【０１４７】
当業者により理解されるように、これは、遺伝子レベルまたはタンパク質レベルのいず
れかでの評価により実施され得る；すなわち遺伝子発現量は、核酸プローブおよび遺伝子
発現レベルの定量化を用いてモニターされ得、あるいは、遺伝子産物それ自身のレベルは
モニターされ得る（例えば、ＣＡタンパク質に対する抗体および標準的な免疫学的検定法
の使用によって）。あるいは、タンパク質を用いた結合アッセイおよび生物活性アッセイ
は、以下に概要を述べられているように実施され得る。
【０１４８】
好ましい実施形態において、遺伝子発現のモニタリングが実施され、多くの遺伝子、す
なわち発現プロファイルが同時にモニターされるが、多くのタンパク質の発現をモニター
することが、同様に実施され得る。
【０１４９】
本実施形態において、特定の細胞において、本明細書中に概要を述べられるように、Ｃ
Ａ配列の検出および定量化のために、ＣＡ核酸プローブはバイオチップに結合される。ア
ッセイは、さらに以下に記述される。
【０１５０】
概して、好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤は、分析前に細胞に添加される
。さらに、スクリーニングは、癌腫の特定の型を調節するか、ＣＡタンパク質を調節する
か、ＣＡタンパク質に結合するか、またはＣＡタンパク質と抗体との結合間で干渉する、
候補生物活性薬剤を同定するように提供される。
【０１５１】
本明細書中で使用される場合、「候補生物活性薬剤」もしくは「薬物候補」という用語
、または文法的な同義語は、癌腫表現型（ＣＡタンパク質に結合し、そして／またはＣＡ
タンパク質の生物活性を調節する）またはＣＡ配列の発現（核酸配列およびタンパク質配
列の両方の発現を含む）のいずれかを直接的にもしくは間接的に変え得る、生物活性薬剤
について試験されるべき、任意の分子、例えば、タンパク質、オリゴペプチド、有機低分
子または無機低分子、多糖類、ポリヌクレオチドなどを記載する。特に好ましい実施形態
において、候補薬剤は、例えば正常組織フィンガープリントに対して、ＣＡ表現型を抑制
する。同様に、候補薬剤は、好ましくは重症ＣＡ表現型を抑制する。概して、複数のアッ
セイ混合物は、種々の濃度に対して異なる応答を得るため、異なる薬剤の濃度で平行して
実施される。代表的に、これらの濃度の１つは、ネガティブコントロール（すなわち、ゼ
ロ濃度または検出レベル以下で）としての役割を果たす。
【０１５２】
一つの局面において、候補薬剤は、ＣＡタンパク質の効果を無効にする。「無効にする
」は、細胞に実質的な効果を与えないように、タンパク質の活性が、阻害されるか、また
は反対に作用されるかのいずれかを意味する。
【０１５３】
候補薬剤は、多くの化学的分類（代表的にそれらは有機分子または無機分子であるが、
好ましくは１００を超え、そして約２，５００ダルトン未満の分子量を有する有機低分子
化合物）を包含する。好ましい低分子は、２０００Ｄ未満または１５００Ｄ未満または１
０００Ｄ未満または５００Ｄ未満である。候補薬剤は、タンパク質との構造相互作用（特
に水素結合）に必要な官能基を含み、この官能基としては、代表的には少なくとも一つの
アミン基、カルボニル基、ヒドロキシル基またはカルボキシル基を包含し、好ましくは少
なくとも二つの化学官能基が挙げられる。候補薬剤は、しばしば、一つ以上の上記の官能
基で置換された環式炭素構造または複素環式構造、および／あるいは芳香族構造または多
芳香族構造を含む。候補薬剤はまた、ペプチド、サッカリド、脂肪酸、ステロイド、プリ
ン、ピリミジン、誘導体、これらの構造アナログまたはそれらの組み合わせを含む生体分
子の中から見出される。ペプチドが、特に、好ましい。
【０１５４】
候補薬剤は、合成化合物または天然化合物のライブラリーを含有する、広範囲の多様な
供給源から得られる。例えば、多くの手段は、広範囲の多様な有機化合物および生体分子
のランダムそして指向的な合成（ランダム化したオリゴヌクレオチドの発現を含む）のた
めに利用可能である。あるいは、細菌、真菌、植物および動物の抽出物の形態において、
天然化合物のライブラリーは、入手可能であるかまたは容易に作製される。さらに、天然
にかまたは合成的に生成されたライブラリーおよび化合物は、従来の化学的手段、物理的
手段および生物化学的手段により、容易に改変される。公知の薬理学的な薬剤は、構造的
アナログを生成するために、指向的またはランダムな化学修飾（アシル化、アルキル化、
エステル化、アミド化のような）に供され得る。
【０１５５】
好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤はタンパク質である。本明細書において
「タンパク質」は、少なくとも二つの共有結合されたアミノ酸（それは、タンパク質、ポ
リペプチド、オリゴペプチドおよびペプチドを包含する）を意味する。タンパク質は、天
然に存在するアミノ酸およびペプチド結合、または合成ペプチド模倣構造から構成され得
る。このように、本明細書で使用される場合、「アミノ酸」または「ペプチド残基」は、
天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸の両方を意味する。例えば、ホモフェニルア
ラニン、シトルリンおよびノルロイシンは、本発明の目的のためのアミノ酸と考慮される
。「アミノ酸」はまた、イミノ酸残基（プロリンおよびヒドロキシプロリンのような）も
包含する。側鎖は、（Ｒ）体または（Ｓ）体のいずれかであり得る。好ましい実施形態に
おいて、アミノ酸は、（Ｓ）体またはＬ体である。天然に存在しない側鎖が使用される場
合、非アミノ酸置換基は、例えば、インビボでの分解を妨げるかもしくは遅らせるために
使用され得る。
【０１５６】
好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤は、天然に存在するタンパク質または天
然に存在するタンパク質のフラグメントである。このように、例えば、タンパク質を含有
する細胞抽出物、またはタンパク様の細胞抽出物のランダムなもしくは指向的な消化が使
用され得る。この方法において、原核生物タンパク質および真核生物タンパク質のライブ
ラリーは、本発明の方法でスクリーニングするために作製され得る。本実施形態において
、細菌、真菌、ウイルスおよび哺乳類のタンパク質のライブラリーが特に好ましく、後者
が好ましく、ヒトタンパク質が特に好ましい。
【０１５７】
好ましい実施形態では、候補生物活性薬剤は、約５〜約３０アミノ酸のペプチドであり
、約５〜約２０アミノ酸が好ましく、約７〜約１５が特に好ましい。そのペプチドは、上
記に概要を述べられているような天然に存在するタンパク質、ランダムなペプチド、また
は「偏った（ｂｉａｓｅｄ）」ランダムなペプチドの消化であり得る。本明細書中の「ラ
ンダム化」または文法的な同義語は、本質的にランダムなヌクレオチドおよびアミノ酸か
らなる、それぞれ核酸およびペプチドのいずれかを意味する。概して、これらのランダム
なペプチド（または核酸、以下に検討される）は、化学的に合成されるので、それらは、
任意の位置で、任意のヌクレオチドまたはアミノ酸を組み込み得る。合成プロセスは、ラ
ンダム化されたタンパク質または核酸を生成するように設計され、配列の長さにわたる全
てのまたはほとんどの可能な組み合わせの形成を可能にし、従ってランダム化された候補
生物活性タンパク様薬剤のライブラリーを形成し得る。
【０１５８】
１つの実施形態において、ライブラリーは、任意の位置での配列優先性または一定配列
を有さずに、十分にランダム化される。好ましい実施形態において、ライブラリーは偏る
。すなわち、配列内のいくつかの位置は、一定配列を保持されるか、または限られた数の
可能性から選択されるかのいずれかである。例えば、好ましい実施形態において、ヌクレ
オチドまたはアミノ酸残基は、規定された分類（例えば、疎水性アミノ酸、親水性残基、
立体的に偏った（小さいかまたは大きいかのいずれか）残基、核酸結合ドメインの生成に
ついて、システインの作製、交差結合について、ＳＨ−３ドメインについてのプロリン、
リン酸化部位についてのセリン、スレオニン、チロシンまたはヒスチジンなど、または、
プリンなど）内でランダム化される。
【０１５９】
好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤は、上記で規定されるような核酸である
。
【０１６０】
タンパク質について概して上で記述されるように、核酸候補生物活性薬剤は、天然に存
在する核酸、ランダムな核酸、または「偏った」ランダムな核酸であり得る。例えば、原
核生物ゲノムまたは真核生物ゲノムの消化物は、タンパク質について、上記に概要を述べ
られたように使用され得る。
【０１６１】
好ましい実施形態において、候補生物活性薬剤は、有機化学的部分であり、この広い範
囲は文献において入手可能である。
【０１６２】
一つ以上のＣＡ遺伝子の発現プロファイルを変更するためのアッセイにおいて、候補薬
剤が添加され、細胞はしばらくの間インキュベートされた後、分析される標的配列を含む
サンプルは、バイオチップに添加される。必要な場合、標的配列は、公知技術を用いて調
製される。例えば、公知の溶解緩衝液、エレクトロポレーションなどを用いて、精製およ
び／または必要に応じて生じるＰＣＲのような増幅を用いて、当業者に理解されるように
、サンプルは細胞を溶解するように処理され得る。例えば、ヌクレオシドに共有結合され
た標識を用いてインビトロの転写が行われる。概して、核酸は、本明細書中で規定される
ように、標識（ビオチン−ＦＩＴＣまたはＰＥ、ｃｙ３およびｃｙ５が特に好ましい）を
用いて標識化される。
【０１６３】
好ましい実施形態において、標的配列は、プローブに対する標的配列の特異的な結合を
検出する手段を与えるために、例えば、蛍光、化学発光、化学的信号もしくは放射線信号
を用いて標識される。標識はまた、適切な基質が検出され得る生成物を生成するのであれ
ば、アルカリフォスファターゼまたはホースラディッシュペルオキシダーゼのような酵素
であり得る。あるいは、標識は、標識化合物または標識低分子（酵素阻害剤のような）で
あり得、それは、結合するが、触媒されないか、または酵素により変更されない。標識は
また、部分または化合物（例えば、エピトープタグもしくはストレプトアビジンに特異的
に結合するビオチン）であり得る。ビオチンの例について、ストレプトアビジンは、上記
に記述されたように標識化され、それにより、結合された標的配列に検出可能なシグナル
を提供する。当該分野で公知のように、非結合標識ストレプトアビジンは、分析前に除去
される。
【０１６４】
当業者に理解されるように、これらのアッセイは、直接的なハイブリダイゼーションア
ッセイであり得るか、または「サンドイッチアッセイ」（それは多くのプローブの使用を
含み、概して米国特許第５,６８１,７０２号、同第５,５９７,９０９号、同第５,５４５,
７３０号、同第５,５９４,１１７号、同第５,５９１,５８４号、同第５,５７１,６７０号
、同第５,５８０,７３１号、同第５,５７１,６７０号、同第５,５９１,５８４号、同第５
,６２４,８０２号、同第５,６３５,３５２号、同第５,５９４,１１８号、同第５,３５９,
１００号、同第５,１２４,２４６号および同第５,６８１,６９７号（これらの全てが本明
細書中で参考として援用される）に概要が述べられている）、を包含し得る。本実施形態
において、一般的に、標的核酸は、上記に概要が述べられているように調製され、次いで
、ハイブリダイゼーション複合体を形成をさせる条件下で、複数の核酸プローブを含むバ
イオチップに添加される。
【０１６５】
多様なハイブリダイゼーションの条件が、本発明で使用され得、上記に概要が述べられ
ているように高い、中程度のおよび低いストリンジェンシー条件を包含する。アッセイは
、概してストリンジェンシー条件下で実施され、これは、標的の存在下のみで標識プロー
ブハイブリダイゼーション複合体を形成させる。ストリンジェンシーは、工程パラメータ
（熱力学的変数であり、温度、ホルムアミド濃度、塩濃度、カオトロピック塩濃度ｐＨ、
有機溶媒濃度等が挙げられるが、これらに限定されない）を変えることによりコントロー
ルされ得る。
【０１６６】
これらのパラメータはまた、概して米国特許第５,６８１,６９７号に概要が述べられて
いるように、非特異的な結合を制御するために使用され得る。従って、非特異的な結合を
減少するため、より高いストリンジェンシー条件で特定の工程を実施することが望ましく
あり得る。
【０１６７】
本明細書中で概要が述べられた反応は、当業者に理解されるように、多様な方法で達成
され得る。反応の構成要素は、任意の順序で、同時にまたは連続的に添加され得、好まし
い実施形態は、以下に概要を述べられる。さらに、反応は、アッセイに含有され得る多く
の他の試薬を含有し得る。これらは、塩、緩衝液、中性タンパク質（例えば、アルブミン
）、界面活性剤等の様な試薬を含み、これらは最適なハイブリダイゼーションおよび検出
を容易にするために使用され得、そして／または非特異的な相互作用もしくはバックグラ
ウンドの相互作用を減少するために使用され得る。また、アッセイの効率を別な方法で改
善する試薬（プロテアーゼ阻害剤、ヌクレアーゼ阻害剤、抗微生物剤などのような）が使
用され得、それはサンプル調製法および標的の純度に依存する。さらに、固相または液体
ベースの（すなわち動力学的ＰＣＲ）いずれかのアッセイが使用され得る。
【０１６８】
一度そのアッセイが実施されると、データは、個々の遺伝子の発現レベル、およびその
状態の間の発現レベルの変化を決定するために分析され、遺伝子発現プロファイルを形成
する。
【０１６９】
好ましい実施形態において、診断用途および予後用途に関しては、任意の一つの状態で
重要な差次的に発現された遺伝子または変異遺伝子を同定したので、スクリーニングは、
遺伝子個々の発現を変えるために実施され得る。すなわち、単一遺伝子発現の制御を調節
するためのスクリーニングが行われ得る。このように、例えば、特にその存在または非存
在が２つの状態の間で特有である標的遺伝子の場合において、スクリーニングは標的遺伝
子発現の調節因子に対して行われる。
【０１７０】
さらに、スクリーニングは、候補因子に応答して誘導される新規遺伝子について行われ
得る。正常な発現パターンへ導くＣＡ発現パターンを抑制するか、または正常組織からの
遺伝子発現を模倣するように１つのＣＡ遺伝子発現プロファイルを調節するその能力に基
づいて候補因子を同定した後、上記に記述されるようにスクリーニングが、因子に応答し
て特に調節される遺伝子を同定するために実施され得る。正常組織と因子で処理されたＣ
Ａ組織との間において、発現プロファイルを比較することは、正常組織またはＣＡ組織で
発現されないが、因子で処理された組織で発現される遺伝子を明らかにする。これらの因
子特異的な配列は、同定され得、そしてＣＡ遺伝子またはタンパク質について本明細書で
記述された任意の方法により使用され得る。特に、これらの配列およびそれらがコードす
るタンパク質は、因子で処理された細胞に目印をつけるか、または同定することにおける
用途を発見する。さらに、抗体は、因子誘導タンパク質に対して惹起され得、そして、処
理されたＣＡ組織サンプルに対する新規治療薬を標的化するために使用され得る。
【０１７１】
このように、一つの実施形態において、候補因子は、このように関連したＣＡ発現プロ
ファイルを有する、ＣＡ細胞集団に対して投与される。本明細書中の「投与」または「接
触」は、候補因子が、摂取および細胞内作用、または細胞表面での作用のいずれかにより
、因子が細胞に作用するようにする様式で細胞に添加されることを意味する。ある実施形
態において、タンパク質様候補因子（すなわちペプチド）をコードする核酸は、ウイルス
構築物（例えば、レトロウイルス構築物）に入れられ得、そして、細胞に添加され、その
結果、ペプチド因子の発現が達成される（ＰＣＴ ＵＳ９７／０１０１９を参照のこと、
本明細書中で参考として明白に援用される）。
【０１７２】
一旦、候補因子が細胞に投与されると、所望される場合に細胞は洗浄され得、そして、
いくらかの期間好ましい生理条件下でインキュベートされる。次いで、本明細書で概要を
述べたように、細胞が回収され、新しい遺伝子発現プロファイルが生成される。
【０１７３】
このように、例えば、ＣＡ組織は、ＣＡ表現型を減少するか、または抑制する因子につ
いてスクリーニングされ得る。少なくとも一つの遺伝子の発現プロファイルの変化は、因
子がＣＡ活性に対する効果を有すことを示す。ＣＡ表現型に対するこのようなサイン（ｓ
ｉｇｎａｔｕｒｅ）を規定することにより、表現型を変える新しい薬物のスクリーニング
が考案され得る。このアプローチの場合、薬物の標的は公知である必要はなく、元々の発
現スクリーニングプラットフォームにおいて示される必要もなく、標的タンパク質につい
ての転写レベルが変化する必要もない。
【０１７４】
好ましい実施形態において、上記で概要を述べたように、スクリーニングは個々の遺伝
子および遺伝子産物（タンパク質）に対して実施され得る。すなわち、特定の状態におい
て重要であるような特に差次的に発現される遺伝子が同定されるので、遺伝子または遺伝
子産物それ自身の発現のいずれかの調節因子のスクリーニングが行われ得る。差次的に発
現された遺伝子の遺伝子産物は、時々、本明細書中で「ＣＡタンパク質」または「ＣＡＰ
」といわれる。ＣＡＰは、フラグメントであり得るか、あるいは、表１の核酸によりコー
ド化されるフラグメントについての全長タンパク質であり得る。好ましくは、ＣＡＰは、
フラグメントである。別の実施形態において、配列は、さらに本明細書に記述されている
ように、配列改変体である。
【０１７５】
好ましくは、ＣＡＰは、約１４〜２４のアミノ酸長のフラグメントである。さらに好ま
しくは、フラグメントは可溶性フラグメントである。好ましくは、フラグメントは、非膜
貫通領域を含む。好ましい実施形態において、フラグメントは、溶解性を補助するために
Ｎ末端にＣｙｓを有する。一つの実施形態において、フラグメントのｃ末端は、遊離酸と
して保たれ、ｎ末端は、結合を補助するための遊離アミン（すなわち、システインに対す
る）である。
【０１７６】
一つの実施形態において、ＣＡタンパク質は、本明細書中で検討されているように、免
疫原性因子に結合体化される。一つの実施形態において、ＣＡタンパク質は、ＢＳＡに結
合体化される。
【０１７７】
好ましい実施形態において、スクリーニングは、ＰＲＤＭ１１のようなＣＡ遺伝子の発
現産物の生物学的機能を変えるために実施される。また、特定の状態にある遺伝子の重要
性を同定されるので、遺伝子産物を結合し、そして／または遺伝子産物の生物学的活性を
調節する因子についてのスクリーニングは、以下にさらに十分に概要を述べるように実行
され得る。
【０１７８】
好ましい実施形態において、スクリーニングは、ＣＡタンパク質に結合し得る候補因子
をまず見つけるように設計され、次いで、これらの因子は、ＣＡＰ活性および癌腫表現型
を調節する候補因子の能力を評価するアッセイにおいて使用され得る。このように、当業
者に理解されるように、実施され得る多くの様々なアッセイ（結合アッセイおよび活性ア
ッセイ）が存在する。
【０１７９】
好ましい実施形態において、結合アッセイが実施される。一般的に、精製または単離さ
れた遺伝子産物が使用される；すなわち、一つ以上のＣＡ核酸の遺伝子産物が作製される
。一般的に、これは、当該分野に公知であるように実施される。例えば、抗体は、タンパ
ク質遺伝子産物に対して産生され、標準免疫アッセイは、存在するタンパク質量を決定す
るために実行される。あるいは、ＣＡタンパク質を含む細胞が、アッセイに使用され得る
。
【０１８０】
このように、好ましい実施形態において、方法は、ＣＡタンパク質と候補生物活性因子
とを合わせる工程、およびＣＡタンパク質への候補因子の結合を決定する工程を包含する
。好ましい実施形態はヒトまたはマウスのＣＡタンパク質を利用するが、他の哺乳動物タ
ンパク質をまた、例えば、ヒト疾患の動物モデルの開発のために使用され得る。いくつか
の実施形態において、本明細書に概要が述べられるように、改変体または誘導体のＣＡタ
ンパク質が使用され得る。
【０１８１】
概して、本明細書中の方法の好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質または候補因
子は、単離されたサンプル受容領域（例えば、マイクロタイタープレート、アレイなど）
を有する、不溶性支持体に非拡散的に結合される。この不溶性支持体は、任意の組成物か
ら作製され得、これらの組成物はこの支持体に結合され得、可溶性物質から容易に分離さ
れ、そうでなければ、全般的なスクリーニング方法と適合性である。このような支持体の
表面は、中実または多孔性であり得、任意の都合のよい形状である。適切な不溶性支持体
の例としては、マイクロタイタープレート、アレイ、メンブレンおよびビーズが挙げられ
る。これらは、代表的には、ガラス、プラスチック（例えば、ポリスチレン）、多糖類、
ナイロンもしくはニトロセルロース、ＴｅｆｌｏｎＴＭなどからつくられる。マイクロタ
イタープレートおよびアレイは、特に都合がよい。なぜなら、少量の試薬およびサンプル
を用いて、膨大な数のアッセイが同時に実行され得るからである。組成物の特定様式の結
合は、試薬および本発明の全般的な方法と適合性であり、組成物の活性を維持し、そして
、非拡散性である限り、重要ではない。好ましい結合方法としては、抗体（タンパク質が
支持体に結合される場合、リガンド結合部位または活性化配列のいずれも立体的にブロッ
クしない）、「粘着性」支持体またはイオン性支持体への直接結合、化学的架橋、タンパ
ク質または因子の表面上での合成などの使用が挙げられる。タンパク質または因子の結合
後、過剰の非結合性材料は洗浄により除去される。次いで、サンプル受容領域は、ウシ血
清アルブミン（ＢＳＡ）、カゼインまたは他の無害なタンパク質もしくは他の成分とのイ
ンキュベーションによりブロック化され得る。
【０１８２】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質は支持体に結合され、そして候補生物活性
因子は、アッセイに添加される。あるいは、候補因子は、支持体に結合され、ＣＡタンパ
ク質が添加される。新規結合因子としては、特定の抗体、化学的なライブラリーのスクリ
ーニングで同定された非天然の結合因子、ペプチドアナログなどが挙げられる。ヒト細胞
に対して低い毒性を有する因子についてのスクリーニングアッセイは特に興味深い。広範
囲の多様なアッセイは、この目的のために使用され得、このアッセイとしては、標識化イ
ンビトロタンパク質−タンパク質結合アッセイ、電気泳動移動度シフトアッセイ、タンパ
ク質結合についての免疫アッセイ、機能的アッセイ（リン酸化アッセイなど）などが挙げ
られる。
【０１８３】
ＣＡタンパク質への候補生物活性因子の結合の決定は、多くの方法で実施され得る。好
ましい実施形態において、候補生物活性因子は標識され、結合が直接的に決定される。例
えば、これは、固体支持体にＣＡタンパク質の全てまたは一部を結合することにより、標
識化候補因子（例えば、蛍光標識）を添加することにより、過剰な試薬を洗い流すことに
より、そして標識が固体支持体上に存在するかどうかを決定することにより、実施され得
る。多様なブロッキング工程および洗浄工程が、当該分野で公知であるように利用され得
る。
【０１８４】
本明細書中の「標識化」は、検出可能なシグナルを提供する標識（例えば、放射線同位
元素、蛍光体、酵素、抗体、磁気粒子のような粒子、化学発光体または特異的な結合分子
など）を用いて、化合物が直接的または間接的のいずれかで標識化されることを意味する
。特異的な結合分子は、ビオチンとストレプトアビジンや、ジゴキシンと抗ジゴキシンな
どのような対を含む。特異的な結合メンバーについて、相補的なメンバーは、通常、上に
概要を述べたように、公知の手順に従って、検出を提供する分子を用いて標識化される。
標識は、検出可能なシグナルを直接的または間接的に与え得る。
【０１８５】
ある実施形態において、構成要素の一つのみが標識化される。例えば、タンパク質（ま
たはタンパク様候補因子）は、１２５Ｉまたは発蛍光団を用いてチロシン位で標識され得
る。あるいは、１を超える成分は、異なる標識を用いて（；例えば、タンパク質に対して
１２５Ｉを用いて、そして候補因子について蛍光体を用いて）標識され得る。
【０１８６】
好ましい実施形態において、候補生物活性因子の結合は、競合結合アッセイの使用によ
り決定される。この実施形態において、競合剤（例えば、抗体、ペプチド、結合パートナ
ー、リガンドなど）は、標的分子（すなわち、ＣＡタンパク質）に結合することが、公知
の結合部分である。特定の状況下で、生物活性因子を置換する結合部分を用いて、生物活
性因子および結合部分の間のように競合的結合が存在し得る。
【０１８７】
ある実施形態において、候補生物活性因子は標識される。候補生物活性因子または競合
剤のいずれか、あるいはその両方が存在する場合、結合させるのに十分な時間の間、タン
パク質にまず添加される。インキュベーションは、最適の活性を容易にする任意の温度（
代表的には４〜４０℃の間）で実施され得る。インキュベーション期間は、最適の活性に
ついて選択されるが、また、迅速なハイスループットスクリーニングを容易にするために
最適化もされ得る。代表的に、０．１〜１時間の間が十分である。過剰の試薬は、概して
除去されるかもしくは洗い流される。次いで、第２番目の成分要素が添加され、標識され
た成分の存在もしくは非存在が追跡され、結合を示す。
【０１８８】
好ましい実施形態において、競合剤が、まず添加され、その後、候補生物活性因子が添
加される。競合剤の置換は、候補生物活性因子がＣＡタンパク質に結合していることを示
し、従って、ＣＡタンパク質に結合し得、ＣＡタンパク質の活性を潜在的に調節し得る。
この実施形態において、いずれかの成分が標識され得る。従って、例えば、競合剤が標識
化される場合、洗浄溶液中の標識の存在は、因子による置換を表す。あるいは、候補生物
活性因子が標識される場合、支持体上の標識の存在は、置換を表す。
【０１８９】
代替的な実施形態において、候補生物活性因子がまず添加され、インキュベーションお
よび洗浄を行い、その後、競合剤が添加される。競合剤による結合の非存在は、生物活性
因子がより高い親和性でＣＡタンパク質と結合される、ということを表し得る。従って、
候補生物活性因子が標識される場合、支持体上の標識の存在は、競合剤結合の欠損と合わ
せて、候補因子がＣＡタンパク質に結合し得ることを表し得る。
【０１９０】
好ましい実施形態において、方法は、ＣＡタンパク質の活性を調節し得る、生物活性因
子を同定するために、差次的スクリーニング工程を包含する。この実施形態において、こ
の方法は、第１サンプル中の、ＣＡタンパク質と競合剤とを組み合わせる工程を包含する
。第２サンプルは、候補生物活性因子、ＣＡタンパク質および競合剤を含む。競合剤の結
合は、両サンプルについて決定され、そして２つのサンプル間の結合の変化または相違は
、ＣＡタンパク質に結合し得る因子の存在、およびその活性を潜在的に調節することを表
す。すなわち、競合剤の結合が、第１サンプルに比べて第２サンプルにおいて異なる場合
、因子は、ＣＡタンパク質に結合し得る。
【０１９１】
あるいは、好ましい実施形態は、ネイティブなＣＡタンパク質に結合するが、改変され
たＣＡタンパク質に結合し得ない薬物候補を同定するために差次的スクリーニングを利用
する。ＣＡタンパク質の構造は、モデル化され得、その部位と相互作用する因子を合成す
るために、合理的な薬物設計において使用され得る。ＣＡ生物活性に影響を及ぼす薬物候
補はまた、タンパク質の活性を増強するかまたは減少する能力について、薬物をスクリー
ニングすることにより同定される。
【０１９２】
ポジティブコントロールおよびネガティブコントロールは、アッセイにおいて使用され
得る。好ましくは、全てのコントロールおよび試験サンプルは、統計上有意な結果を得る
ために、少なくとも三連で実施される。全てのサンプルのインキュベーションは、タンパ
ク質に因子を結合するために十分な時間の間である。インキュベーション後、全てのサン
プルは、非特異的に結合された材料を含まないように洗浄され、そして結合された量（概
して、標識された因子）が決定される。例えば、放射標識が使用される場合で、サンプル
は、結合化合物量を決定するために、シンチレーションカウンターで計数され得る。
【０１９３】
多様な他の試薬は、スクリーニングアッセイにおいて包まれ得る。これらは、試薬（塩
、中性タンパク質（例えば、アルブミン）、界面活性剤など）を含み、それは、最適なタ
ンパク質−タンパク質結合を容易にし、そして／または非特異的な相互作用もしくはバッ
クグラウンド相互作用を減らすために使用され得る。そうでなければ、アッセイの効率を
改善する試薬（プロテアーゼ阻害剤、ヌクレアーゼ阻害剤、抗微生物剤など）もまた、使
用され得る。成分の混合物は、必須の結合を提供する任意の順番で添加され得る。
【０１９４】
ＣＡタンパク質の活性を調節する因子のスクリーニングもまた、実施され得る。好まし
い実施形態において、ＣＡタンパク質の活性を調節し得る生物活性因子をスクリーニング
する方法は、上述のように、ＣＡタンパク質のサンプルに候補生物活性因子を添加する工
程およびＣＡタンパク質の生物学的活性の変化を決定する工程を包含する。「ＣＡタンパ
ク質の活性を調節する」ことは、活性の増大；活性の減少、または存在する活性の型もし
くは種類の変化を包含する。このように、この実施形態において、候補因子は、本明細書
中に規定される場合、ＣＡタンパク質と結合すること（これは必要というわけではないが
）およびその生物学的活性または生化学的な活性を変えること、の両方をすべきである。
方法は、ＣＡタンパクの存在、分布、活性または量の変化について、インビトロのスクリ
ーニング方法（概して上に概要が述べられるように）およびインビボの細胞スクリーニン
グの両方を包含する。
【０１９５】
従って、この実施形態において、方法は、ＣＡサンプルと候補生物活性因子とを組み合
わせる工程、およびＣＡ活性に対する効果を評価する工程を包含する。本明細書中におい
て「ＣＡ活性」または文法的な同義語は、ＣＡタンパク質の生物学的活性（腫瘍形成にお
けるその役割（細胞分裂、好ましくはリンパ組織における細胞分裂、細胞増殖、腫瘍増殖
および細胞の形質転換を包含する）がこれらに限定されない）のうちの一つを意味する。
一つの実施形態において、ＣＡ活性は、表１の核酸によりコードされるタンパク質の活性
化、または、表１の核酸によりコード化されたタンパク質による活性化を包含する。ＣＡ
活性の阻害剤は、任意の一つ以上のＣＡ活性の阻害である。
【０１９６】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質の活性は増大される；別の好ましい実施形
態において、ＣＡタンパク質の活性は減少される。従って、アンダゴニストである生物活
性因子は、いくつかの実施形態において好ましく、アゴニストである生物活性因子は、他
の実施形態において好ましくあり得る。
【０１９７】
好ましい実施形態において、本発明は、ＣＡタンパク質の活性を調節し得る生物活性因
子をスクリーニングするための方法を提供する。本方法は、上に規定されるように、ＣＡ
タンパク質を含む細胞に、候補生物活性因子を添加する工程を包含する。好ましい細胞型
は、ほとんどの任意の細胞を含む。細胞は、ＣＡタンパク質をコードする組換え核酸を含
む。好ましい実施形態において、候補因子のライブラリーは、複数の細胞に対して試験さ
れる。
【０１９８】
一つの局面において、アッセイは、生理学的なシグナル（例えば、ホルモン、抗体、ペ
プチド、抗原、サイトカイン、増殖因子、活動電位）、化学療法剤を包含する薬理学的な
因子、放射線、発癌剤、または他の細胞（すなわち、細胞と細胞との接触）の存在下また
は非存在下、あるいはこれらの生理学的なシグナルの曝露前または曝露後で評価される。
別の実施例において、決定因子は、細胞周期過程の異なる段階で決定される。
【０１９９】
このようにして、生物活性因子は同定される。薬理学的な活性を有する化合物は、ＣＡ
タンパク質の活性を増強し得るか、または妨害し得る。
【０２００】
一つの実施形態において、癌腫癌細胞分裂を阻害する方法が提供される。本方法は、癌
腫癌阻害剤の投与を包含する。
【０２０１】
好ましい実施形態において、リンパ腫癌腫細胞分裂を阻害する方法を提供し、この方法
は、リンパ腫癌腫阻害剤の投与を包含する。
【０２０２】
好ましい実施形態において、乳癌癌腫細胞分裂を阻害する方法を提供し、この方法は、
乳癌癌腫阻害剤の投与を包含する。
【０２０３】
別の実施形態において、腫瘍増殖を阻害する方法が提供される。本方法は、癌腫癌阻害
剤の投与を包含する。特に好ましい実施形態において、リンパ組織において腫瘍増殖を阻
害する方法を提供し、この方法は、リンパ腫阻害剤の投与を包含する。
【０２０４】
別の実施形態において、腫瘍増殖を阻害する方法が提供される。本方法は、癌腫癌阻害
剤の投与を包含する。特に好ましい実施形態において、哺乳動物組織において腫瘍増殖を
阻害する方法を提供し、この方法は、乳癌阻害剤の投与を包含する。
【０２０５】
さらなる実施形態において、細胞を処理する方法または癌を有する個体を処理する方法
が提供される。本方法は、癌腫癌阻害剤の投与を包含する。一つの実施形態において、癌
腫は乳癌癌腫である。代替の実施形態において、癌腫はリンパ腫である。
【０２０６】
一つの実施形態において、癌腫性癌阻害剤は、上記で検討されたように、抗体である。
別の実施形態において、癌腫癌阻害剤は、アンチセンス分子である。本明細書中で使用さ
れる場合、アンチセンス分子は、癌腫性癌分子についての標的ｍＲＮＡ（センス）または
ＤＮＡ（アンチセンス）配列に結合し得る一本鎖核酸配列（ＲＮＡまたはＤＮＡのいずれ
か）を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドを含む。
本発明に従うと、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドは、
概して、少なくとも約１４ヌクレオチドのフラグメントを含み、好ましくは約１４〜３０
ヌクレオチドのフラグメントである。所定のタンパク質をコードするｃＤＮＡ配列に基づ
く、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドを誘導する能力は
、以下に記述される：例えば、Ｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｃｏｈｅｎ， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅ
ｓ．４８：２６５９，（１９８８）およびｖａｎ ｄｅｒ Ｋｒｏｌら、Ｂｉｏ Ｔｅｃ
ｈｎｉｑｕｅｓ ６：９５８，（１９８８）。
【０２０７】
アンチセンス分子は、リガンド結合分子を用いた結合体形成により、標的ヌクレオチド
配列を含む細胞に導入され得る（ＷＯ９１／０４７５３に記載）。適切なリガンド結合分
子は、限定されないが、細胞表面レセプター、成長因子、他のサイトカイン、または細胞
表面レセプターに結合する他のリガンドを包含する。好ましくは、リガンド結合分子の結
合体は、リガンド結合分子が、その対応する分子もしくはレセプターに結合する能力を実
質的に妨げないか、または、センスもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチド、もしくは
その結合体バージョンの細胞への進入をブロックしない。あるいは、センスまたはアンチ
センスオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド脂質複合体の形成により、標的核酸配
列を含む細胞へ導入され得る（ＷＯ９０／１０４４８に記載）。アンチセンス分子または
ノックアウトモデルおよびノックインモデルの使用はまた、処理方法に加えて、上記で検
討されているように、スクリーニングアッセイで使用され得ることが理解される。
【０２０８】
所望の薬理活性を有する化合物は、前述したように、宿主に対して生理学的に受容可能
なキャリアにおいて投与され得る。薬剤は、多様な方法、経口、非経口（例えば、皮下、
腹腔内、脈管内など）で投与され得る。導入方法に依存して、化合物は多様な方法で処方
され得る。処方物中の、治療活性化合物の濃度は、約０．１〜１００％ｗｇｔ／ｖｏｌで
変動し得る。薬剤は、単独、または他の処置（すなわち、放射線）との組み合わせで投与
され得る。
【０２０９】
薬学的組成物は、多様な形態（例えば、顆粒、錠剤、丸剤、坐剤、カプセル、懸濁剤、
軟膏剤、ローション剤など）で調製され得る。経口および局所の使用に適した、医薬品等
級の有機または無機キャリアおよび／または希釈薬は、治療活性化合物を含む組成物を構
成するために使用され得る。当該分野に公知の希釈薬としては、水性媒体、植物および動
物油、および脂肪が挙げられる。安定化薬、湿潤剤および乳化薬、浸透圧を変える塩、ま
たは適切なｐＨ値に安定化するための緩衝液および皮膚浸透増強剤は、補助的な薬剤とし
て使用され得る。
【０２１０】
理論に束縛されずに、種々のＣＡ配列は、癌腫において重要であるようである。従って
、変異体または改変体のＣＡ遺伝子に基づいた障害が、決定され得る。一つの実施形態に
おいて、本発明は、細胞において少なくとも一つの内因性ＣＡ遺伝子の配列の全部または
一部を決定することを包含する、改変体ＣＡ遺伝子を含む細胞を同定するための方法を提
供する。当業者により理解されるように、これは、任意の数の配列決定の技術を使用して
行われ得る。好ましい実施形態において、本発明は、個体の少なくとも一つのＣＡ遺伝子
（例えば、ＰＲＤＭ１１）の配列の全部または一部を決定することを包含する、１個体の
ＣＡ遺伝子型を同定する方法を提供する。これは、概して、少なくとも一つの個体組織に
おいて実施され、多くの組織または同一組織の異なるサンプルの評価を包含し得る。この
方法は、配列決定されたＣＡ遺伝子の配列と公知のＰＲＤＭ１１のようなＣＡ遺伝子（す
なわち、野生型遺伝子）とを比較することを包含し得る。当業者により理解されるように
、ある癌遺伝子の配列における変化は、疾患の存在または疾患を発生する傾向、または予
後評価のいずれかの指標であり得る。
【０２１１】
次いで、ＣＡ遺伝子（例えば、ＰＲＤＭ１１）の全部または一部の配列は、任意の相違
が存在するか否かを決定するために公知のＣＡ遺伝子の配列と比較され得る。これは、任
意の数の公知の相同性プログラム（例えば、Ｂｅｓｔｆｉｔなど）を用いて、実施され得
る。好ましい実施形態において、患者のＣＡ遺伝子（例えば、ＰＲＤＭ１１）と公知ＣＡ
遺伝子との間の配列における相違の存在は、本明細書で概要が述べられているように、疾
患状態の指標または疾患状態についての傾向の指標である。
【０２１２】
好ましい実施形態において、ＣＡ遺伝子は、ゲノムにおけるＰＲＤＭ１１のようなＣＡ
遺伝子のコピー数を決定するためのプローブとして使用され得る。例えば、幾つかの癌は
、染色体欠失または挿入を呈し、その結果、遺伝子のコピー数が変化する。
【０２１３】
別の好ましい実施形態において、ＣＡ遺伝子は、ＣＡ遺伝子の染色体位置を決定するた
めのプローブとして使用される。染色体異常（例えば、転座など）などがＣＡ遺伝子座（
例えば、ＰＲＤＭ１１遺伝子座）で同定された際、染色体位置のような情報は、特に診断
または予後診断を提供する有効性を見出す。
【０２１４】
このように、一つの実施形態において、細胞または生物でのＣＡを調節する方法を提供
する。一つの実施形態において、この方法は、内因性ＣＡタンパク質の生物学的活性を減
少または排除する抗ＣＡ抗体を細胞に投与することを包含する。あるいは、この方法は、
ＣＡタンパク質をコードする組換え核酸を、細胞または生物に投与することを包含する。
当業者により理解されるように、これは、任意の数の方法で実行され得る。好ましい実施
形態において、例えば、ＣＡ配列が癌腫においてダウンレギュレーションされた際、例え
ば、公知の遺伝子治療技術を用いて、細胞内のＣＡ量の増加（例えば、内因性ＣＡを過剰
発現することにより、またはＣＡ配列をコードする遺伝子を投与することにより）により
、ＣＡ遺伝子の活性は増大される。好ましい実施形態において、遺伝子治療技術は、増強
された相同組換え（ＥＨＲ）（例えば、ＰＣＴ／ＵＳ９３／０３８６８（本明細書中で全
体が参考として援用される）に記述されるような）を用いる外因性遺伝子の組み込みを包
含する。あるいは、例えばＣＡ配列が癌腫においてアップレギュレーションされる際、内
因性ＣＡ遺伝子の活性は、例えば、ＣＡアンチセンス核酸の投与により減少される。
【０２１５】
一つの実施形態において、本発明のＣＡタンパク質は、ＣＡタンパク質に対するポリク
ローナル抗体およびモノクローナル抗体を生成するために使用され得、それは本明細書に
記載されるように有用である。同様に、ＣＡタンパク質は、標準技術を用いて、アフィニ
ティークロマトグラフィーカラムに結合され得る。次いで、これらのカラムは、ＣＡ抗体
を精製するために使用され得る。好ましい実施形態において、抗体は、ＣＡタンパク質に
特有のエピトープに対して生成される；すなわち、抗体は、他のタンパク質に対して、ほ
とんどもしくは全く交差反応を示さない。これらの抗体は、多くの適用において有用性を
見出す。例えば、ＣＡ抗体は、標準アフィニティークロマトグラフィーカラムに結合され
得、ＣＡタンパク質を精製するために使用され得る。抗体はまた、ＣＡタンパク質に特異
的に結合するので、上に概要が述べられているように、ポリペプチドをブロッキングする
ために使用され得る。
【０２１６】
一つの実施形態において、治療有効用量のＣＡまたはそのモジュレーターは、患者に投
与される。本明細書中の「治療有効用量」は、投与される効果を生じる用量を意味する。
正確な用量は、処置目的に依存し、公知の技術を用いて当業者により確かめられ得る。当
該分野で公知なように、ＣＡ分解、全身 対 局所の送達および新しいプロテアーゼ合成
率、ならびに年齢、体重、全身健康状態、性別、食事、投与時間、薬物相互作用および状
態の重症度についての調整が必要であり得、当業者により慣用的な実験により確かめられ
得る。
【０２１７】
本発明の目的のための「患者」は、ヒトならびに他の動物（特に哺乳動物）および生物
の双方を包含する。このように、この方法は、ヒト治療および獣医学の適用の双方に適用
可能である。好ましい実施形態において、患者は哺乳動物であり、最も好ましい実施形態
では、患者はヒトである。
【０２１８】
本発明のＣＡタンパク質およびモジュレーターの投与は、上で検討されたように、多様
な方法（限定されていないが、経口、皮下、静脈内、鼻腔内、経皮的、腹腔内、筋肉内、
肺内、膣的、直腸的または眼内を包含する）において実施され得る。幾つかの例において
、例えば、創傷および炎症の処置において、ＣＡタンパク質およびモジュレーターが、溶
液またはスプレーとして、直接適用され得る。
【０２１９】
本発明の薬学的組成物は、患者への投与に適切な形態でＣＡタンパク質を含む。好まし
い実施形態において、薬学的組成物は、水溶性形態（例えば、薬学的に受容可能な塩とし
て存在する）であり、酸および塩基の双方の付加塩を包含することを意味する。「薬学的
に受容可能な酸付加塩」は、遊離塩基の生物学的効果を保持し、そして以下の酸と生物学
的には形成されず、そうでなければ所望されない塩をいい、酸としては、無機酸（例えば
、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸など）および有機酸（例えば、酢酸、プロピオ
ン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル
酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、桂皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスル
ホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、サリチル酸など）である。「薬学的に受容可能な塩基
付加塩」としては、無機塩基（ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシ
ウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、銅、マンガン、アルミニウム塩など）から誘導される塩
が挙げられる。特に好ましくは、アンモニウム、カリウム、ナトリウム、カルシウムおよ
びマグネシウム塩である。薬学的に受容可能な有機非毒性塩基から誘導される塩としては
、第１級、第２級および第３級アミンの塩、置換アミン（天然に存在する置換アミンを包
含する）、環状アミンおよび塩基性イオン交換樹脂（例えば、イソプロピルアミン、トリ
メチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミンおよびエタノー
ルアミン）が挙げられる。
【０２２０】
薬学的組成物はまた、以下の一つ以上を含み得る：血清アルブミンのようなキャリアタ
ンパク質；緩衝剤；微晶性セルロース、乳糖、トウモロコシデンプンおよび他のデンプン
のような充填剤；結合剤；甘味料および他の矯味矯臭剤；着色剤；およびポリエチレング
ルコール。添加剤は、当該分野に周知であり、多様な処方物で使用される。
【０２２１】
好ましい実施形態において、ＣＡタンパク質およびモジュレーターは、治療薬として投
与され、上に概要が述べられているように、処方され得る。同様に、ＣＡ遺伝子（全長配
列、部分配列の両方またはＣＡコード領域の調節配列を含む）は、当該分野に公知なよう
に、遺伝子治療の適用において投与され得る。これらのＣＡ遺伝子は、当業者により理解
されるように、遺伝子治療（すなわち、ゲノムへの組み込み）として、またはアンチセン
ス組成物としてのいずれかで、アンチセンスの適用を包含し得る。
【０２２２】
好ましい実施形態において、ＰＲＤＭ１１のようなＣＡ遺伝子は、ＤＮＡワクチン（単
一遺伝子またはＣＡ遺伝子の組み合わせのいずれか）として投与される。裸のＤＮＡワク
チンは、概して当該分野で公知である、Ｂｒｏｗｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎ
ｏｌｏｇｙ，１６：１３０４〜１３０５（１９９８）。
【０２２３】
一つの実施形態において、本発明のＣＡ遺伝子は、ＤＮＡワクチンとして使用される。
ＤＮＡワクチンとしての遺伝子の使用のための方法は、当業者に対して周知であり、癌腫
を有する患者における発現のためのプロモーターの制御下で、ＣＡ遺伝子またはＣＡ遺伝
子の一部を配置することを包含する。ＤＮＡワクチンで使用されるＣＡ遺伝子は、全長Ｃ
Ａタンパク質をコードし得るが、さらに好ましくは、ＣＡタンパク質由来のペプチドを含
むＣＡタンパク質の一部をコードし得る。好ましい実施形態において、患者は、ＣＡ遺伝
子由来の複数のヌクレオチド配列を含むＤＮＡワクチンで免疫される。同様に、本明細書
で定義されるような、複数のＣＡ遺伝子またはその部分を用いて、患者を免疫することが
可能である。理論に束縛されずに、ＣＡタンパク質を発現する細胞を認識しそして破壊も
しくは除去する、ＤＮＡワクチンによりコードされるポリペプチドの発現、細胞傷害性Ｔ
細胞、ヘルパーＴ細胞および抗体が、誘導される。
【０２２４】
好ましい実施形態において、ＤＮＡワクチンは、ＤＮＡワクチンとともに、アジュバン
ト分子をコード化する遺伝子を含む。このようなアジュバント分子は、サイトカイン（Ｄ
ＮＡワクチンによりコードされるＣＡポリペプチドに対する免疫原性応答を増大する）を
含む。さらなるアジュバントまたは代替的なアジュバントは、当業者に公知であり、発明
での有用性を見出す。
【０２２５】
別の好ましい実施形態において、ＣＡ遺伝子は、癌腫（特に乳癌またはリンパ腫性癌腫
）の動物モデルを作製する際に有用性を見出す。当業者により理解されるように、同定さ
れたＣＡ遺伝子が、ＣＡ組織内で抑制されるまたは減少される際、アンチセンスＲＮＡが
ＣＡ遺伝子に指向された遺伝子治療技術はまた、遺伝子の発現を減少または抑制する。そ
のように作製された動物は、生物活性薬剤候補のスクリーニングにおける有用性を見出す
ＣＡの動物モデルとして機能する。同様に、例えば、適切な遺伝子標的化ベクターを用い
た相同性組換えの結果としての、遺伝子ノックアウト技術は、ＣＡタンパク質の非存在と
いう結果となる。所望ならば、ＣＡタンパク質の組織特異的な発現またはノックアウトは
、必要であり得る。
【０２２６】
ＣＡタンパク質が、癌腫において過剰に発現されることもまた、可能である。そのよう
にして、ＣＡタンパク質を過剰に発現するトランスジェニック動物が作製され得る。所望
の発現レベルに依存して、種々の強度のプロモーターが、トランスジーンを発現するため
に使用され得る。また、組み込まれたトランスジーンのコピー数は、トランスジーンの発
現レベルの決定のために、決定および比較され得る。このような方法により作製された動
物は、ＣＡの動物モデルとしての有用性を見出し、癌腫の処置のための生物活性分子のス
クリーニングにおいてさらに有用である。
【０２２７】
本発明のＣＡ核酸配列は、表１に示される。各表における配列は、ゲノム配列、ｍＲＮ
Ａ、およびマウスならびにヒトの双方についてのコード配列を含む。Ｎ／Ａは、同定され
ているが、名称が割り当てられていない遺伝子を示す。異なる配列は、以下の配列番号が
割り当てられている：
表１（マウス遺伝子：ｍＣＧ２２５７；ヒト遺伝子ＰＲＤＭ１１）
マウスゲノム配列（配列番号１）
マウスｍＲＮＡ配列（配列番号２）
マウスコード配列（配列番号３）
ヒトゲノム配列（配列番号４）
ヒトｍＲＮＡ配列（配列番号５）
ヒトコード配列（配列番号６）
【表Ｂ】
【実施例】
【０２２８】
（実施例１ 乳癌サンプルにおけるＰＲＤＭ１１のｍＲＮＡ発現分析）
ｍＲＮＡを、当該分野において公知の標準的手順によって乳癌サンプルから調製した。
遺伝子発現を５’ヌクレアーゼ（ＴａｑＭａｎ）化学を用いるＡＢＩ ７９００ＨＴＳｅ
ｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍによる定量的ＰＣＲによって測定した
。この化学は、２つのＰＣＲプライマー間をアニールする二重標識（レポーターおよびク
エンチャー）蛍光プローブの付加による標準的ＰＣＲとは異なる。レポーター染料の蛍光
は、隣接しているクエンチャーによってクエンチされる。サーマルサイクルの間、Ｔａｑ
ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性は、アニールされたプローブを切断し、レ
ポーターおよびクエンチャー染料を遊離させる。蛍光の増強が認められ、蛍光がバックグ
ラウンドを超えて増強するサイクル回数は、対数線形様式において開始テンプレート濃度
に関連する。
【０２２９】
データ分析について、標的遺伝子の発現レベルを、ハウスキーピング遺伝子の発現レベ
ルで正規化した。ハウスキーピング遺伝子発現の平均レベルを、標的遺伝子の平均発現レ
ベルから差し引く。次いで標準偏差を決定した。さらに、癌組織における標的遺伝子の発
現レベルを、正常組織における標的遺伝子の発現レベルと比較する。
【０２３０】
図１に示されるように、ＰＲＤＭ１１は、試験した乳癌サンプルの約４６％においてア
ップレギュレートされた。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【図１】
【公開番号】特開２００９−１９５２４２（Ｐ２００９−１９５２４２Ａ）
【公開日】平成２１年９月３日（２００９．９．３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−１０７１６６（Ｐ２００９−１０７１６６）
【出願日】平成２１年４月２４日（２００９．４．２４）
【分割の表示】特願２００３−５７８９３４（Ｐ２００３−５７８９３４）の分割
【原出願日】平成１５年３月２０日（２００３．３．２０）
【出願人】（５０４１７７２１７）サイグレス ディスカバリー， インコーポレイテッド (17)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２１年９月３日（２００９．９．３）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年４月２４日（２００９．４．２４）
【分割の表示】特願２００３−５７８９３４（Ｐ２００３−５７８９３４）の分割
【原出願日】平成１５年３月２０日（２００３．３．２０）
【出願人】（５０４１７７２１７）サイグレス ディスカバリー， インコーポレイテッド (17)
【Ｆターム（参考）】
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