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ncRNAをコードする超保存領域
説明

ncRNAをコードする超保存領域

ヒトの癌を区別する方法であって、一つ又は複数の転写された超保存領域(T-UCR)発現プロファイルを用いることを含み、UCRのゲノム位置と分析された癌関連ゲノムエレメントとの間の関連が統計的に高度に有意であり、miRNAに関して報告されたものと比較しうるものである方法が本明細書で記載される。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
ヒト癌を区別する方法であって、一つ又は複数の転写された超保存領域(T-UCR)発現プロファイルを用いることを含み、UCRのゲノム位置と分析された癌関連ゲノムエレメントとの間の関連が、統計的に高度に有意であり、miRNAに関して報告されたものと比較しうるものである、前記方法。
【請求項2】
ヒト癌で差示的に発現される一つ又は複数のT-UCRが、その種類の癌に特異的に関連する癌関連ゲノム領域(CAGR)に位置する、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスターが前記CAGRの中に位置する、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
2個のUCR、uc.349A(P)及びuc.352(N)が、正常と悪性のB-CLL CD5陽性細胞の間で差示的に発現される前記T-UCRに含まれる、請求項3に記載の方法。
【請求項5】
前記UCRの一つ又は複数が、悪性の過程で改変されるゲノム領域に位置する、請求項4に記載の方法。
【請求項6】
一つ又は複数のT-UCRが癌感受性の候補遺伝子である、請求項1に記載の方法。
【請求項7】
二つのCLL予後群を区別するために、5個のUCR、uc.269A(N)、uc.160(N)、uc.215(N)、uc.346A(P)及びuc.348(N)のサインが用いられる、請求項1に記載の方法。
【請求項8】
前記5個のUCR中3個が、前記サインからの13個のmiRNA中5個と、有意なアンチセンス相補性を有し、6個の可能な相互作用対、uc.160::miR-24、uc.160::miR-155、uc.160::miR-223、uc.160::miR-146a、uc.346A::miR-155及びuc.-348::miR-29bを生成する、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
前記UCRが、悪性の過程で標的にされるゲノム領域に位置し、ヒト腫瘍形成での推定上の関与を示す、請求項8に記載の方法。
【請求項10】
uc.246(E)に対応するcDNA。
【請求項11】
標準の方法によってクローン化及び発現される、請求項10に記載のcDNA。
【請求項12】
uc.269A(N)に対応するcDNA。
【請求項13】
標準の方法によってクローン化及び発現される、請求項12に記載のcDNA。
【請求項14】
前記T-UCRが結腸癌でuc.73(P)の発癌機能を有し、その過剰発現の減少が、アポトーシスを誘導し、前記T-UCRを異常に発現する結腸癌細胞で抗増殖性作用をもたらす、請求項1に記載の方法。
【請求項15】
2種類以上のncRNAが相互作用して表現型に影響を及ぼす機能的調節経路を調査する方法であって、癌患者でUCRとmiRNAの発現の相関を決定することを含む、前記方法。
【請求項16】
前記癌がCLLである、請求項15に記載の方法。
【請求項17】
前記相関がmiRNA::T-UCR相互作用の存在を含む、請求項16に記載の方法。
【請求項18】
癌患者で一つ又は複数のnc-UCGがゲノムレベルで改変される、請求項15に記載の方法。
【請求項19】
前記癌患者が白血病を有する、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
コード遺伝子及び非コード遺伝子の両方が、一つ又は複数のUCRを含むヒト腫瘍形成に関与及び協力するモデル。
【請求項21】
対象が、癌関連染色体特徴部と関連付けられる癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、癌関連染色体特徴部に近接して位置する少なくとも一つのUCR遺伝子の対象での状態を、
(i)前記対象からの試験試料で、試験試料中のUCR遺伝子に由来する少なくとも一つのUCR遺伝子産物のレベルを測定することであって、対照試料中の対応するUCR遺伝子産物のレベルと比較した試験試料中のUCR遺伝子産物のレベルの変化が、癌を対象が有するかそれを発症するリスクがあることを示すこと、
(ii)試験試料中の少なくとも一つのUCR遺伝子を欠失、突然変異又は増幅について分析することであって、対照試料中の対応するUCR遺伝子と比較したUCR遺伝子における欠失、突然変異及び/又は増幅の検出が、前記癌を対象が有するかそれを発症するリスクがあることを示すこと、並びに/又は
(iii)試験試料中の少なくとも一つのUCR遺伝子のコピー数を測定することであって、女性での体細胞性染色体若しくは性染色体の上のUCR遺伝子については2個以外のコピー数、又は男性での性染色体の上のUCR遺伝子については1個以外のコピー数が、癌を対象が有するかそれを発症するリスクがあることを示すこと
によって評価することを含む、前記方法。
【請求項22】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域、染色体脆弱部位、ヒト乳頭腫ウイルス組込み部位、及び、ホメオボックス遺伝子又は遺伝子クラスターからなる群から選択される、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項24】
前記癌関連染色体特徴部が染色体脆弱部位である、請求項1に記載の方法。
【請求項25】
前記UCR遺伝子が、7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項10に記載の方法。
【請求項26】
前記癌が白血病である、請求項17に記載の方法。
【請求項27】
対象が癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、(1)対象から得られた試験試料由来のRNAを逆転写して一組の標的オリゴデオキシヌクレオチドを提供すること、(2)標的オリゴデオキシヌクレオチドを、一つ又は複数のUCR特異的プローブオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイにハイブリダイズして、試験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを提供すること、及び(3)試験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを、対照試料から生成されるハイブリダイゼーションプロファイルと比較することを含み、シグナルの変化が、癌を対象が有するかそれを発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項28】
前記癌が、癌関連染色体特徴部に関連する癌である、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
前記癌がB細胞慢性リンパ性白血病である、請求項27に記載の方法。
【請求項30】
対象が、対象の一つ又は複数の悪い予後マーカーに関連する癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、(1)対象から得られた試験試料由来のRNAを逆転写して一組の標的オリゴデオキシヌクレオチドを提供すること、(2)標的オリゴデオキシヌクレオチドを、一つ又は複数のUCR特異的プローブオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイにハイブリダイズして、前記試験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを提供すること、及び(3)試験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを、対照試料から生成されるハイブリダイゼーションプロファイルと比較することを含み、シグナルの変化が、癌を対象が有するかそれを発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項31】
前記癌がB細胞慢性リンパ性白血病である、請求項30に記載の方法。
【請求項32】
対象が癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、前記対象からの試験試料において癌と関連する少なくとも一つのUCR遺伝子又は遺伝子産物を分析することを含み、対照試料中の対応するUCR遺伝子又は遺伝子産物と比較したUCR遺伝子又は遺伝子産物における突然変異の検出は、対象が、癌を有するかそれを発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項33】
前記UCR遺伝子が、7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項46に記載の方法。
【請求項34】
前記癌がB細胞慢性リンパ性白血病である、請求項33に記載の方法。
【請求項35】
UCR遺伝子産物及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物であって、単離されたUCR遺伝子産物が、癌関連染色体特徴部に近接して位置するUCR遺伝子に由来する、前記医薬組成物。
【請求項36】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域及び染色体脆弱部位からなる群から選択される、請求項35に記載の医薬組成物。
【請求項37】
癌関連染色体特徴部に近接して位置するUC遺伝子に由来する単離UCR遺伝子産物をコードする核酸、及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
【請求項38】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域、染色体脆弱部位、ヒト乳頭腫ウイルス組込み部位、及び、ホメオボックス遺伝子又は遺伝子クラスターからなる群から選択される、請求項37に記載の医薬組成物。
【請求項39】
対象で癌を治療する方法であって、
(1)癌関連染色体特徴部に近接して位置するUCR遺伝子由来の少なくとも一つの単離UCR遺伝子産物が、対照細胞と比較して対象の癌細胞で下方制御又は上方制御されている、癌関連染色体特徴部に関連する癌を有する対象を提供すること、及び
(2)(a)少なくとも一つの単離miR遺伝子産物が癌細胞で下方制御される場合に、癌細胞の増殖が対象で抑制されるように、少なくとも一つのUCR遺伝子からの少なくとも一つの単離miR遺伝子産物の有効量を対象に投与すること、又は(b)少なくとも一つの単離UCR遺伝子産物が癌細胞で上方制御される場合に、癌細胞の増殖が対象で抑制されるように、少なくとも一つのUCR遺伝子の発現を抑制する少なくとも一つの化合物の有効量を対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項40】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域及び染色体脆弱部位からなる群から選択される、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
癌関連染色体特徴部と関連する癌を治療する方法であって、
(1)対照細胞と比較して、対象からの癌細胞中の癌関連染色体特徴部に近接して位置する少なくとも一つのUCR遺伝子から発現されるUC遺伝子産物の量を決定すること、及び
(2)癌細胞中で発現されるUC遺伝子産物の量を、
(i)癌細胞で発現されるUCR遺伝子産物の量が対照細胞で発現されるmiR遺伝子産物の量より少ない場合には、UCR遺伝子からの少なくとも一つの単離miR遺伝子産物の有効量を対象に投与すること、又は
(ii)癌細胞で発現されるUCR遺伝子産物の量が対照細胞で発現されるUCR遺伝子産物の量より多い場合には、癌細胞の増殖が対象で抑制されるように、少なくとも一つのUCR遺伝子の発現を抑制する少なくとも一つの化合物の有効量を対象に投与すること
によって改変することを含む、前記方法。
【請求項42】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域及び染色体脆弱部位からなる群から選択される、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
前記癌関連染色体特徴部が染色体脆弱部位である、請求項42に記載の方法。
【請求項44】
前記癌関連染色体特徴部が癌関連ゲノム領域である、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
前記癌が、白血病、肺癌、食道癌、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、上皮癌、鼻咽頭癌、リンパ腫、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、卵巣癌、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、及び尿路上皮性癌からなる群から選択される、請求項1から44のいずれかに記載の方法。
【請求項46】
少なくとも一つの肺癌関連疾患の開始、進行、重症度、病状、攻撃性、段階、活性、障害、死亡率、罹患率、疾患細分類又は他の根底にある病原性若しくは病理学的特徴のうちの少なくとも一つに寄与する一つ又は複数の代謝経路を調べるためのマーカーであって、
一つ又は複数のUCR遺伝子産物を含む、前記マーカー。
【請求項47】
請求項1から46のいずれかに記載のマーカーの一つ又は複数を含む組成物。
【請求項48】
対象で少なくとも一つの癌関連疾患の開始又は発症の可能性を特定する方法であって、請求項1から47のいずれかに記載のマーカーの一つ又は複数を測定することを提供する、前記方法。
【請求項49】
前記一つ又は複数のマーカーが単離された試料に存在し、方法の全ステップがin
vitroで実施される、請求項48に記載の方法。
【請求項50】
癌関連疾患について試験するための試薬であって、請求項1から49のいずれかに記載の少なくとも一つのマーカーのヌクレオチド配列、又は前記マーカーのヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む、前記試薬。
【請求項51】
癌関連疾患について試験するための試薬であって、請求項1から50のいずれかに記載の少なくとも一つのマーカーによってコードされるタンパク質を認識する抗体を含む、前記試薬。
【請求項52】
癌関連疾患について試験するためのDNAチップであって、請求項1から51のいずれかに記載の少なくとも一つのマーカーを分析するためにプローブが固定化されている、前記DNAチップ。
【請求項53】
少なくとも一つの肺癌関連疾患を予防、診断及び/又は治療するための療法の有効性を評価する方法であって、
(1)その有効性を評価する療法を動物に施すこと、及び
(2)請求項1から52のいずれかに記載の少なくとも一つのマーカーを評価することによって、試験する治療法の、肺癌関連疾患の治療又は予防における有効性のレベルを決定することを含む、前記方法。
【請求項54】
候補治療剤が、医薬組成物、機能性食品組成物及びホメオパシー組成物の一つ又は複数を含む、請求項53に記載の方法。
【請求項55】
前記評価する療法がヒト対象で使用するためのものである、請求項54に記載の方法。
【請求項56】
ヒト又は動物の体の手術又は療法による治療の方法でない、請求項55に記載の方法。
【請求項57】
動物モデルで癌関連疾患応答を開始する能力について少なくとも一つの物質の可能性を評価する方法であって、
(1)動物で癌関連疾患応答を開始するのに十分な量の一つ又は複数の物質に動物を曝露した後に、請求項1から56のいずれかに記載の上方制御又は下方制御されたマーカーの一つ又は複数を測定すること、及び
(2)上方制御又は下方制御されたマーカーの少なくとも一つが癌関連疾患応答を開始する能力を有するかどうか決定することを提供する、前記方法。
【請求項58】
癌関連疾患を治療するための医薬組成物であって、
7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される少なくとも一つのUCR遺伝子産物、及び
薬学的に許容される担体
を含む、前記医薬組成物。
【請求項59】
少なくとも一つのmiR遺伝子産物が、適する対照細胞と比較して癌細胞で上方制御又は下方制御されているUCR遺伝子産物に対応する、請求項59に記載の医薬組成物。
【請求項60】
前記肺癌関連疾患が腺癌である、請求項59に記載の医薬組成物。
【請求項61】
肺癌を治療するための医薬組成物であって、
少なくとも一つのUCR発現抑制化合物、及び
薬学的に許容される担体を含み、
前記少なくとも一つのUCR発現抑制化合物が、7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択されるmiR遺伝子産物に特異的である、前記医薬組成物。
【請求項62】
少なくとも一つのUCR発現抑制化合物が、適する対照細胞と比較して癌細胞で上方制御又は下方制御されているUCR遺伝子産物に特異的である、請求項61に記載の医薬組成物。
【請求項63】
請求項1から62のいずれかに記載のマーカーの少なくとも一つから選択される、癌関連疾患のマーカーに結合する少なくとも一つの捕捉試薬を含む製造品。
【請求項64】
癌関連疾患を治療するための治療剤の候補化合物についてスクリーニングするためのキットであって、
請求項1から63のいずれかに記載の少なくとも一つのマーカーの一つ又は複数の試薬、及び
少なくとも一つのマーカーを発現する細胞
を含む、前記キット。
【請求項65】
マーカーの存在が、少なくとも一つのマーカーに特異的に結合する抗体又は抗体フラグメントを含む試薬を用いて検出される、請求項64に記載のキット。
【請求項66】
前記試薬が、標識、放射標識又はビオチン標識され、及び/又は抗体又は抗体フラグメントが、放射標識、発色団標識、蛍光団標識又は酵素標識される、請求項65に記載のキット。
【請求項67】
前記マーカーの少なくとも一つを含む容器をさらに含む、請求項66に記載のキット。
【請求項68】
前記試薬が、抗体、該試薬が結合しているか結合することができるプローブ、及び固定化金属キレートの一つ又は複数を含む、請求項67に記載のキット。
【請求項69】
肺癌関連疾患のためのスクリーニング試験であって、
請求項1から68のいずれかに記載のマーカーの一つ又は複数を、そのようなマーカーの基質及び試験剤と接触させること、及び
該試験剤がマーカーの活性を調節するかどうか決定することを含むスクリーニング試験。
【請求項70】
方法の全ステップがin vitroで実施される、請求項69に記載のスクリーニング試験。
【請求項71】
請求項1から70のいずれかに記載の少なくとも一つのマーカーに対する抗体を含む、対象で癌関連疾患の存在を予測するためのマイクロアレイ。
【請求項72】
前記マーカーの発現レベルが、転写されたポリヌクレオチド又はその部分の存在を検出することによって評価され、該転写されたポリヌクレオチドはマーカーのコード領域を含む、請求項71に記載の方法。
【請求項73】
試料が癌関連体液又は組織である、請求項72に記載の方法。
【請求項74】
試料が患者から得られる細胞を含む、請求項73に記載の方法。
【請求項75】
癌関連疾患合併症を、必要とする個体において治療するか、予防するか、回復させるか、又はその重症度を制限するための方法であって、
少なくとも一つの癌関連疾患応答シグナル伝達経路を妨害する作用物質を、そのようなシグナル伝達を妨害するのに十分な量で個体に投与することを含み、
前記作用物質が、少なくとも一つのUCR遺伝子産物を含む、前記方法。
【請求項76】
個体において癌関連疾患合併症を治療するか、予防するか、回復させるか、又はその重症度を制限するための医薬の製造のための、少なくとも一つの肺癌関連疾患応答シグナル伝達経路を妨害する作用物質の使用であって、
前記作用物質が、少なくとも一つのUCR遺伝子産物を含む、前記使用。
【請求項77】
癌関連疾患合併症を、必要とする個体において治療するか、予防するか、回復させるか、又はその重症度を制限するための方法であって、
少なくとも一つの癌関連疾患応答カスケードを妨害する作用物質を個体に投与することを含み、
該作用物質が、少なくとも一つのUCR遺伝子産物を含む、前記方法。
【請求項78】
個体において癌関連疾患合併症を治療するか、予防するか、回復させるか、又はその重症度を制限するための医薬の製造のための、少なくとも一つの癌関連疾患応答カスケードを妨害する作用物質の使用であって、
該作用物質が、少なくとも一つのUCR遺伝子産物を含む、前記使用。
【請求項79】
複数のデジタルコード化された参照プロファイルを有するデータベースを含むコンピュータ可読媒体であって、少なくとも第一の参照プロファイルが、癌関連疾患応答の兆候を示している一又は複数の対象に由来する一つ又は複数の試料中の少なくとも第一のマーカーのレベルを表し、
該マーカーが、一つ又は複数のUCR遺伝子産物を含む、前記コンピュータ可読媒体。
【請求項80】
癌関連疾患応答の兆候を示している一又は複数の対象、又は癌関連疾患を有する対象に由来する一つ又は複数の試料中の少なくとも第二のマーカーのレベルを表す少なくとも第二の参照プロファイルを含む、請求項79に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項81】
対象が、癌関連疾患を有するか、その素因があるか、又はそれに関して生存期間の不良な予後を有するかどうか決定するためのコンピュータシステムであって、
請求項1から80のいずれかに記載のデータベース、及び
コンピュータに対象のプロファイルを受け取らせ、対象プロファイルに診断上関連している適合する参照プロファイルをデータベースから特定させ、対象が癌関連疾患を有するか、その素因があるかどうかの表示を生成させるための、コンピュータ実行可能コードを含むサーバー
を含む、前記コンピュータシステム。
【請求項82】
対象で癌関連疾患の存在、非存在、性質又は程度を評価するためのコンピュータを利用した方法であって、
(1)対象から得た試料からのデータを分類するためのモデル又はアルゴリズムを含むコンピュータを提供することであって、
前記分類が、少なくとも一つのマーカーの存在、非存在又は量についてデータを分析することを含み、
前記マーカーが、一つ又は複数のmiR遺伝子産物を含むこと、
(2)対象から得た生体試料からのデータを入力すること、及び
(3)癌関連疾患の存在、非存在、性質又は程度を表示するために生体試料を分類することを含む、前記方法。
【請求項83】
少なくとも一つのUCR遺伝子産物及びその組合せが、その単離された変異体又は生物学的活性断片又は機能同等物、又はそれに結合する抗体を含む、請求項82に記載の方法。
【請求項84】
UCR遺伝子産物が、7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項83に記載の方法。
【請求項85】
一つ又は複数のUCR遺伝子産物の変化した発現の少なくとも一つが存在する、癌の動物モデル。
【請求項86】
前記動物モデルがヒト以外の脊椎動物である、請求項85に記載の動物モデル。
【請求項87】
前記動物モデルがマウス、ラット、ウサギ又は霊長類である、請求項86に記載の動物モデル。

【図1A】
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【図1B】
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【図1C】
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【図1D】
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【図1E】
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【図2A】
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【図2B−1】
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【図2B−2】
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【図3A】
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【図3B】
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【図3C】
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【図3D】
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【図3E】
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【図4A】
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【図4B】
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【図4C】
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【図4D】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12−1】
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【図12−2】
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【図13】
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【図14】
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【図15−1】
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【図15−2】
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【図15−3】
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【図15−4】
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【図15−5】
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【図15−6】
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【図15−7】
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【図15−8】
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【図15−9】
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【図15−10】
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【図16−1】
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【図16−2】
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【図17−1】
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【図17−2】
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【図17−3】
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【図17−4】
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【図17−5】
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【図17−6】
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【図17−7】
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【図17−8】
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【図18−1】
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【図18−2】
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【図18−3】
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【図18−4】
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【図18−5】
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【図18−6】
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【図18−7】
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【図18−8】
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【図18−9】
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【図18−10】
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【図18−11】
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【図18−12】
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【図18−13】
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【図18−14】
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【図18−15】
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【図18−16】
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【図18−17】
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【図18−18】
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【図18−19】
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【図18−20】
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【図18−21】
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【図18−22】
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【図18−23】
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【図18−24】
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【図18−25】
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【図18−26】
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【図18−27】
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【図18−28】
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【公表番号】特表2010−535473(P2010−535473A)
【公表日】平成22年11月25日(2010.11.25)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−519269(P2010−519269)
【出願日】平成20年8月4日(2008.8.4)
【国際出願番号】PCT/US2008/072081
【国際公開番号】WO2009/020905
【国際公開日】平成21年2月12日(2009.2.12)
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.フロッピー
【出願人】(510025821)
【Fターム(参考)】