本明細書中には、それらが切断する標的分子について変化した特異性を有するプロテアーゼを生成するための方法が開示される。本発明はさらに、標的タンパク質が関係している疾患を処置するためにこれらのプロテアーゼを用いる方法を開示する。プロテアーゼを用いた特定の基質配列での特定の標的タンパク質の切断は、これらの病状を処置するための方法である。基質配列を切断するプロテアーゼを同定する方法が提供される。この方法は、プロテアーゼ配列のライブラリーを生成する工程であって、該ライブラリーの各メンバーが、野生型骨格配列に対してＮ個の変異を有するプロテアーゼ骨格を有する、工程；該基質配列を切断する際における該ライブラリーの各メンバーの活性を測定する工程；および各メンバーの該活性を該ライブラリーの平均活性に対して比較する工程であって、それによりどのプロテアーゼが最も高い切断活性を有するかを同定する、工程を包含する。
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リガンドと被検体との相互作用を測定するための方法およびアッセイが記載される。該アッセイは、問題のリガンドと結合しているコロイダル粒子の懸濁液を含み得る。該コロイダル粒子は、凝縮相から分散相への相転移状態またはその付近に、該懸濁液中に維持される。次いで、試験される被検体が、該懸濁液中に添加される。該被検体が該リガンドに結合すると、相変化が起こり、該結合が成功したことを示す。
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