核酸アレイ、好ましくはマイクロアレイを用いてCpG部位でのDNAメチル化を検出する方法を開示する。具体的には、被検試料から基準試料を直接作製して、多数のCpG島部位におけるメチル化を同時に検出する方法を開示する。より具体的には、本発明の方法は、DNA試料を二つの試料に分ける段階（第一の試料および第二の試料）；任意のメチルシトシン残基が非メチル化シトシン残基として増幅されるように、核酸増幅工程によって第一のDNA試料を増幅する段階；双方の試料に存在する非メチル化シトシン残基をデオキシウラシル残基に変換するために、増幅された第一の試料および（増幅していない）第二の試料を亜硫酸水素塩で処理する段階；亜硫酸水素塩によって変換された第二の試料を第二の蛍光マーカーによって標識し、亜硫酸水素塩によって変換された第一の試料を第一の蛍光マーカーによって標識する段階であって、第一および第二の蛍光マーカーが重なり合わない蛍光の励起および蛍光の放射スペクトルを有する段階；ならびに第一の試料および第二の試料を、亜硫酸水素塩による変換型および非変換型としてDNA試料のCpG島部位とハイブリダイズするように設計された複数のオリゴヌクレオチド捕獲プローブを有するマイクロアレイ装置とハイブリダイズさせる段階を含む。 （もっと読む）