本明細書記載の本発明は、プロテオミクス質量分析(MS)データを解析して糖タンパク質を同定および特徴づけるために開発されたツールに関する。本ツールは、4つの主要な課題を独立してまたは必要に応じて行うように設計されている：MS/MSのための糖ペプチドの選択を至適化する、MS/MSデータから糖ペプチドスペクトルを同定する、同定された糖ペプチドスペクトルの糖成分を特徴づける、およびグリコシル化前駆体をその親タンパク質に一致させる。これらの成分のそれぞれに関する設計および実行について、本特許出願においてさらに詳細に説明する。
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本発明は、生物学的試料間で生体分子を比較するためのコンピュータによる方法およびシステムを特徴としている。これらの方法において、質量分析測定値が、2種またはそれ以上の試料中の生体分子について得られる。次にこれらの測定値は、本明細書に説明された方法により処理および解析され、それらをより比較可能なものとする。本発明者らは、この技術を「コンステレーションマッピング」(CM)と称する。得られたデータであるコンステレーションマップを用い、試料間の生体分子の存在量を比較することができ、リアルタイムで行う場合は、これを使用し、後のLC/MS-MSのために示差的存在量の生体分子を選択することができる。
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PrP^Scに特異的に結合するペプチドが開示される。配列非依存性および／または配列依存性スクリーニングアッセイによってこれらのペプチドを同定する方法も開示される。プリオン病を治療するための薬剤の同定のための用途を含めて、その方法および同定されるペプチドの様々な応用が記載される。 （もっと読む）