【課題】多細胞系代謝モデルおよびその方法の提供。
【解決手段】本発明は、ホモ・サピエンスゲノム中の遺伝子間の相互結合およびそれらに関連する反応および作用物質を記載するイン・シリコモデルを提供する。また、本発明は、細胞内の異なる生化学ネットワークの間の、ならびに細胞間の相互結合を記載するイン・シリコモデルも提供する。細胞間の異なる生化学ネットワーク内の相互結合は、例えば、異なる位置、組織、器官内の細胞を含めた細胞の群の間の、あるいは多細胞生物の異なる機能を行う細胞間の相互作用を記載することができる。従って、該モデルを用いて、ヒト細胞を含めた多細胞生物に由来する細胞の細胞挙動の異なる態様を刺激することができ、ならびにそれを用いて、細胞の群の細胞挙動相互作用の異なる態様を刺激することができる。 （もっと読む）

本発明は、（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路、ｐ−トルイル酸経路および／またはテレフタル酸経路を有する非天然の微生物を提供する。本発明はさらに、（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路、ｐ−トルイル酸経路またはテレフタル酸経路を生成するために上記生物を使用する方法を提供する。
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１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）経路を有する非天然の微生物は、少なくとも１つの外因性の核酸を含み、この核酸は１，３−ＢＤＯの産生に十分量で発現される１，３−ＢＤＯ経路の酵素またはタンパク質をコードする。１，３−ＢＤＯを産生するための方法は、１，３−ＢＤＯを産生するための条件下で二１，３−ＢＤＯを産生するに十分な期間にわたって非天然の微生物を培養する工程を包含する。
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本発明は、ｎ−プロパノールおよびイソプロパノールの経路、１，４−ブタンジオール（１４−ＢＤＯ）およびイソプロパノールの経路、１，３−ブタンジオール（１３−ＢＤＯ）およびイソプロパノールの経路、またはメチルアクリル酸（ＭＡＡ）およびイソプロパノールの経路を有している天然に存在しない微生物を提供する。上記微生物は、ｎ−プロパノール、１４−ＢＤＯ、１３−ＢＤＯまたはＭＡＡとイソプロパノールとの経路のそれぞれにおける酵素をコードしている外来性の核酸を少なくとも１つ含んでいる。本発明は、ｎ−プロパノールおよびイソプロパノール、１４−ＢＤＯおよびイソプロパノール、１３−ＢＤＯおよびイソプロパノール、またはＭＡＡおよびイソプロパノールを共生成させる方法をさらに提供する。当該方法は、ｎ−プロパノールおよびイソプロパノールを共生成する微生物を培養することを包含し得る。当該微生物は、ｎ−プロパノール経路、イソプロパノール経路、１４−ＢＤＯ経路、１３−ＢＤＯ経路および／またはＭＡＡ経路の酵素をコードしている少なくとも１つの外来性の核酸を、各産物を生成させるために十分な時間にわたって、各産物を生成させるための十分な量において発現している。
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【課題】ゲノム配列が進行中の生物の数及び多様性を増大するための制約に基づくモデルを提供する。
【解決手段】プロセスは、（ａ）コンピュータによって実行される、バイオ粒子ゲノムのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の注釈付きネットワークセットを含むネットワーク遺伝子構成要素のデータベースにアクセスするステップを含み、（ｂ）コンピュータによって実行される、ネットワーク遺伝子構成要素をネットワーク反応構成要素と関連付けるデータ構造を形成するステップを含み、データ構造によってネットワーク反応構成要素の連結性及び流れのネットワークモデルを特定するデータセットが確立され、（ｃ）コンピュータによって実行される、データセットを連結性及び流れのネットワークモデルを規定する反応物フラックスの数学的記述に変換するステップを含み、数学的記述によって拡張可能なバイオ粒子の出力ネットワークモデルが定義される。 （もっと読む）

本発明は、４−ヒドロキシブタン酸脱水素酵素、スクシニル−ＣｏＡ合成酵素、ＣｏＡ依存性コハク酸セミアルデヒド脱水素酵素、またはα−ケトグルタル酸脱炭酸酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を有する４−ヒドロキシブタン酸（４−ＨＢ）生合成経路を有する微生物を含む天然に存在しない微生物生体触媒を提供し、ここで、外因性核酸は、単量体４−ヒドロキシブタン酸（４−ＨＢ）を生産するのに十分な量で発現される。また、４−ヒドロキシブタン酸（４−ＨＢ）および１，４−ブタンジオール（ＢＤＯ）生合成経路を有する微生物を含む天然に存在しない微生物生体触媒が提供され、この経路は、４−ヒドロキシブタン酸脱水素酵素、スクシニル−ＣｏＡ合成酵素などをコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、ここで、外因性核酸は、１，４−ブタンジオール（ＢＤＯ）を生産するのに十分な量で発現される。 （もっと読む）

本発明は、酵素の活性が低下したときに、増殖連動型のコハク酸塩の生成と関連する酵素をコード化する１つ以上の遺伝子破壊で構成される非自然発生的な微生物を提供し、それにより１つ以上の遺伝子破壊は、非自然発生的な微生物に安定的な増殖連動型のコハク酸塩の生成を与える。また、コハク酸塩生成を微生物の増殖と強制的に連動させる代謝改変の組であって、


からなる遺伝子の組またはそのオーソログから選択される１つ以上の遺伝子破壊からなる代謝改変の組で構成される非自然発生的な微生物であって、安定的な増殖連動型のコハク酸塩の生成を示す微生物も提供される。
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本発明は、ホモ・サピエンスゲノム中の遺伝子間の相互結合およびそれらに関連する反応および作用物質を記載するイン・シリコモデルを提供する。また、本発明は、細胞内の異なる生化学ネットワークの間の、ならびに細胞間の相互結合を記載するイン・シリコモデルも提供する。細胞間の異なる生化学ネットワーク内の相互結合は、例えば、異なる位置、組織、器官内の細胞を含めた細胞の群の間の、あるいは多細胞生物の異なる機能を行う細胞間の相互作用を記載することができる。従って、該モデルを用いて、ヒト細胞を含めた多細胞生物に由来する細胞の細胞挙動の異なる態様を刺激することができ、ならびにそれを用いて、細胞の群の細胞挙動相互作用の異なる態様を刺激することができる。
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