【課題】 海域や湖沼などの水質汚染を特徴づける特定の微生物の割合を、簡便な制限酵素断片多型解析によって高精度に検出することのできる方法を提供する。
【解決手段】 水試料中に含まれる枯草菌属細菌の割合を検出する方法であって、以下のステップ：
(1) 水試料中に存在する各微生物のDNAを抽出するステップ；
(2) 抽出したDNAを鋳型として、微生物の16SリボゾームRNA遺伝子可変領域をコードするDNA（約500bp）をPCR増幅するステップ；
(3) PCR産物DNAを以下の(a)および／または(b)の制限酵素：
(a) ヌクレオチド配列「5'-cac/gtg-3'」を認識して切断する制限酵素；
(b) ヌクレオチド配列「5'-att/att-3'」を認識して切断する制限酵素、
で処理するステップ；および
(4) 制限酵素処理によって２つに切断されたPCR産物DNAと、切断されないPCR産物DNAとの割合を確認するステップ、
を含む。 （もっと読む）