本発明は、アミノ酸、ペプチド及びタンパク質の同定、示差定量のための、並びに、翻訳後修飾及び架橋状態の分析のための、方法、試薬及びキットを提供する。該方法は、アミノ酸、ペプチド又はタンパク質の混合物を誘導体化して、そのＣ末端又はＮ末端以外の部位に固定電荷イオンを含む１以上のアミノ酸、ペプチド又はタンパク質を形成させる段階、該固定電荷を含むように誘導体化したアミノ酸、ペプチド又はタンパク質を含むアミノ酸、ペプチド又はタンパク質の混合物を質量分析装置に導入する段階、該固定電荷を含むように誘導体化したアミノ酸、ペプチド又はタンパク質を含むアミノ酸、ペプチド又はタンパク質の混合物を第１の質量分解分析装置に通して、第１質量対電荷比を有するタンパク質又はペプチドプリカーサーイオンを選択する段階、上記の第１質量対電荷比を有するプリカーサーイオンを解離させて、固定電荷の近傍の部位において起こるフラグメント化の特性である第２質量対電荷比を有するプロダクトイオンを生成させる段階、及び第２質量対電荷比を有するプロダクトイオンを検出する段階、、を含んでなる。第２質量対電荷比を有するプロダクトイオンは、プリカーサーイオンからの固定電荷の中性脱離によって形成されるプロダクトイオンであっても、又はプリカーサーイオンからの固定電荷の荷電脱離によって形成されるプロダクトイオンであってもよい。
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