本発明は、タンパク質の発現のためにヌクレオチド配列を、該タンパク質のアミノ酸配列に基づいて最適化する方法に関し、この方法において、特定の領域に関して、コドン占有が変化させられるm個の最適化位置を有する試験配列が特定され、これらの最適化位置上の最適コドン占有を突き止めるために、品質関数が使用され、そして、この最適占有の1つ又は2つ以上のコドンが、最適化ヌクレオチド配列のコドンとして特定される。これらのステップは反復され、先行ステップにおいて特定された最適化ヌクレオチド配列のコドンは、後続の反復ステップにおいて不変のままである。本発明は加えて、この方法を実施するための装置に関する。
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