原子状水素ソース（２６）を用いて、ガラス基板上の多結晶シリコン膜などのターゲット（２４）を水素化する方法および装置が提供される。ターゲットは、ターゲットの少なくとも１つのエリアが予め決められた最小の時間長だけ水素場に晒されるまでソースの原子状水素場の間歇的な露出に晒される。それの原子状水素場によって規定されるソースの処理エリアは、ターゲットよりも小さく、ターゲットが高温処理ゾーン（１４）に移動させられたあとで、それは、ターゲット全体が予め決められた最小の時間長だけ処理されるまで、ターゲットの引き続くエリアを間歇的に処理するように高温処理ゾーン内を移動させられる。ターゲット全体が処理されたあとで、ターゲットは、尚もターゲットを原子状水素に間歇的に晒しながら、予め決められた下限温度まで冷却される。
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基板上に処理を実行する１工程として、ホール・パターンは、基板の上に形成された有機樹脂マスク材料の薄い層において提供され、処理マスクを提供する。処理工程はそれからマスクにおける開口を通して実行され、処理工程が完了すると、マスクは、構造がマスク材料の溶剤の溶剤蒸気の雰囲気の中に置かれるリフロー処理によって調整される。リフロー処理によって、マスク材料は柔らかくなりリフローし、マスクにおける開口の大きさを小さくし、後続の処理工程のために、処理工程が実行された表面領域の端がマスクによって覆われるようにする。
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ノボラックなどの有機樹脂材料（１７）の薄膜がエッチングマスクとして用いられ、開口部（３２）がマスクに所定のパターンで形成されて、開口部により画定される選択された部分が処理される。開口部（３２）は、開口部が形成されるべき部分に、水酸化ナトリウム（ＮａＯＨ）又は水酸化カリウム（ＫＯＨ）などの苛性エッチング液の液滴（７６）のパターンを適用することにより形成される。液滴（７６）は、インクジェットプリンタ（９０）を用いて適用され、インクジェットプリンタは液滴が適用される際に有機樹脂の表面の上方でスキャンされる。液滴（７６）は、開口部（３２）の寸法を定め、液滴（７６）の下側の有機樹脂（１７）を完全に除去できる大きさのものである。エッチング液が有機樹脂をエッチングして貫いて下にある表面（１２）を露出させた後、エッチング液は有機樹脂及び開口部（３２）から洗い流される。

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シリコン（１２）が、有機樹脂材料（ノボラックなど）の層を備えるマスク１１を通してエッチングされ、マスクを通して開口部（３２）がエッチングされる部分に形成される。最初に、エッチングされるデバイスの自由表面上に有機樹脂の層が付着される。次に、水酸化ナトリウム（ＮａＯＨ）又は水酸化カリウム（ＫＯＨ）などの苛性エッチング液の液滴を、インクジェットプリンタを用いて付着させることにより、開口部（３２）が形成される。エッチング剤が樹脂と反応してエッチングされる部分のシリコン表面を露出する。シリコン表面のエッチングは、マスクの開口部を通して、露出された表面に、フッ化水素酸（ＨＦ）及び過マンガン酸カリウム（ＫＭｎＯ_４）の希溶液を適用して、所望の深さ（８３）までシリコンをエッチングすることにより実施される。

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