質量分析機器システムにおける混入を減らすための装置および方法が開示される。システムは、レーザ脱離／イオン化でイオンを生成する第１圧力にあるイオン源と、イオン源の第１圧力よりも低い第２圧力にある真空チェンバへの入口開口部とを含む。イオン源内のサンプルプレートが、上に堆積させたサンプルを支持し、レーザが、質量分析計の第１イオン光学軸の中心線に対して約０から約８０度の入射角でサンプルの少なくとも一部に当たるレーザパルスを生成し、プルームを生成するように構成できる。レーザパルスの入射角と、サンプルプレートと入口領域開口部との間の距離との組み合わせが、入口開口部に引き込まれるプルームにおける中性混入物を減らすことができる。
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本教示は、親娘イオン遷移モニタリング（ＰＤＩＴＭ）を使用した、試料中のタンパク質に関する質量分析ベースの検定を開発する方法を提供する。種々の態様において、本教示内容は、試料中のタンパク質に関する質量分析ベースの検定を、タンパク質の標準物質を使用せずに開発する方法を提供する。種々の実施形態において、試料は、その試料の由来元となる生理学的流体に少量しか存在しないタンパク質のタンパク質分解断片を含む。本教示内容の方法は、例えば、約１アトモル／マイクロリットル未満の濃度の血中タンパク質に関する質量分析ベースの検定を開発するのに応用することができる。 （もっと読む）

イオン源、イオンを形成する方法、および質量分析計システムが提供される。本教示はさまざまな実施例において、イオン源、イオン源からイオンを集束させる方法、および飛行時間型質量分析計を操作する方法を提供する。本教示はさまざまな実施例において、質量分析計とともに使用する場合の、マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）イオン源およびＭＡＬＤＩイオン源の操作方法に関連する。さまざまな側面において、複数の操作モードが構成されるＴＯＦ質量分析計の感度と分解能のうち１つ以上の向上を促進するイオン源およびその操作方法が提供される。
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多様な実施形態において、イオン光学システムが提供され、イオン光学システムは、対に配置された偶数個のイオンミラーを備えたイオン光学システムであって、イオン光学システムを出るイオンの軌道であって、イオンがイオン光学システムに入るときに持っていたイオンの運動エネルギから実質的に独立した位置で、イオン光学システムの像焦点面に実質的に平行である面と交わるイオンの軌道が提供され得るように、偶数個のイオンミラーが配列されている。多様な実施形態において、イオン光学システムが提供され、イオン光学システムは、前記イオンミラーは、複数の対に配列されており、各対の第１の要素と第２の要素とは、その対の該第１の要素が、その対の該第２の要素の位置に対して、第１の平面に対して鏡面対称である位置を有するように、該第１の平面の対向する側に配置されている。
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質量分析器においては、質量解析器による質量解析に先行して、イオン源からのイオンは、送出のために入口開口を通過して真空チャンバに入る。入口開口の構成は、音速開口部または音速ノズルを形成し、既定の真空チャンバ圧を用いて、超音速自由ジェット膨張は、バレルショックおよびマッハディスクの範囲内にイオンを閉じ込める真空チャンバにおいて生成される。一旦形成されると、超音速自由ジェット膨張を実質的に半径方向に閉じ込めるための既定の断面を有するイオンガイドは、真空チャンバを介して送出のためにイオンを集中し得る。これは、イオン源と質量解析器との間のイオン送出を効果的に改善する。
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種々の局面で、分析器のフィールドフリー領域で形成される準安定イオンに由来するマススペクトルシグナルを少なくとも部分的に使用して、改変ペプチドの存在を同定するための方法が提供される。例えば、上記改変ペプチドがリンペプチドである種々の実施形態において、このような準安定イオンは、前駆イオンのｍ／ｚ値よりもおよそ９５ｕ低いようであり得る（ペプチドがリン酸基を含む場合に前駆イオンから準安定イオンが形成される）。種々の実施形態において、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦマススペクトルにおけるこのような準安定イオンの検出は、改変ペプチドを同定し得る。種々の局面で、改変ペプチド、脱改変ペプチドおよび非改変ペプチドの２つ以上に由来するＭＳ／ＭＳデータを少なくとも部分的に使用して、これら３つの形態のペプチドの２つ以上の配列情報および／または改変部位情報を比較することにより、改変ペプチドの存在を同定するための方法が提供される。
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質量分析のためのマトリクスが開示される。このマトリクスは、付加物形成および／または化学ノイズ発生を最小限にするかまたは排除する添加剤を含有する。また、可溶性の予備マトリクスが置かれたＭＡＬＤＩのターゲットおよび使い捨てプレート上にマトリクスを置くための方法が、開示される。このマトリクス材料は、２，５−ジメトキシ安息香酸および付加物減少添加剤としての一塩基塩または二塩基塩または三塩基塩（例えば、一塩基リン酸アンモニウム塩および一塩基硫酸アンモニウム塩、二塩基クエン酸塩、および三塩基クエン酸塩）であり得る。 （もっと読む）