本発明は、単鎖鋳型に沿った二本鎖伸長の連続的サイクルを行なうことにより、核酸配列を決定する方法を提供する。該サイクルは、伸長、ライゲーション、および好ましくは、切断の工程を含む。ある特定の実施形態において、該方法では、ホスホロチオレート結合を含有する伸長プローブを利用し、かかる連結を切断するのに適した試薬を用いる。ある特定の実施形態において、該方法では、無塩基残基または損傷塩基を含有する伸長プローブを利用し、ヌクレオシドと無塩基残基間の連結を切断するのに適した試薬および／または損傷塩基を核酸から除去するのに適した試薬を用いる。本発明は、少なくとも２つの識別可能に標識されたプローブファミリーを用いて配列に関する情報を決定する方法を提供する。ある特定の実施形態において、該方法により、各サイクルで複数の鋳型内のヌクレオチドの各々から２ビット未満の情報が取得される。
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