【課題】両末端配列決定アプローチおよび他の核酸技術に有用な新規の方法、システムおよび組成物を提供する。
【解決手段】本発明は、核酸の大きいフラグメントの両方の末端を単離および配列決定するための迅速でありかつ費用対効果の高い方法を提供し、この方法は、迅速であり、かつ自動化に適しており、そしてＤＮＡの大きいフラグメントの配列決定および連鎖を可能にする。本発明の方法は、ＤＮＡフラグメントのライブラリーを産生するために使用され得、そのフラグメントは、ＤＮＡのより大きいフラグメント由来の末端を含む。 （もっと読む）

【課題】ピロリン酸配列決定技法を使用してＰＣＲ産物の直接配列決定を可能にする、新しい試料調製方法を提供する。
【解決手段】本発明は、ピロリン酸配列決定技法を使用してＰＣＲ産物の直接配列決定を可能にする、新しい試料調製方法を提供する。ＰＣＲ産物はゲノムの特定の領域である場合がある。本開示内容に示される技法は、一個体又は個体集団における個々の対立遺伝子多型のＳＮＰ（一塩基多型）検出、分類及び評価を可能にする。これらの結果は、患者の診断及び処置、並びにウイルス及び細菌の集団同定の評価に使用される場合がある。現在の方法と対比して、本発明は、ある程度は高処理能力の非サンガー配列決定技法の速度及び処理能力を有効に使用し、対象となる１つ以上の特定のポリヌクレオチド領域又は遺伝子座における、優れた正確さ、及び対立遺伝子検知の低い閾値を達成する。 （もっと読む）

ａ）第１の濃度の酵素試薬を、反応基質を含む反応環境中に導入するステップであって、酵素試薬および反応基質は、配列決定プロセスの構成部分である、ステップと、ｂ）反応環境中の第１の濃度の酵素試薬の活性レベルを測定するステップであって、活性レベルは、酵素試薬と反応基質との間の反応の測定可能な生成物を含む、ステップと、ｃ）第１の濃度の測定した活性レベルを使用して、最適濃度を特定するステップと、ｄ）酵素試薬の最適濃度を使用して、反応環境中で配列決定プロセスを実行するステップであって、配列決定プロセスは、反復する一連の配列決定反応を含む、ステップと、を含む、適応試薬制御のための方法の一実施形態を記載する。
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核酸エレメントから得られた配列データ中に導入されたエラーの検出および導入されたエラーの訂正を可能にする配列組成を含む核酸エレメントを含む、鋳型核酸分子の起源を特定する識別子エレメントの実施形態が記載され、核酸エレメントは鋳型核酸分子の末端と連結するように構築され、鋳型核酸分子の起源を特定する。本発明は、これらの識別子エレメントを使用して鋳型核酸分子の起源を特定するための方法、ならびにこの方法を実施するためのキットおよびコンピュータも提供する。 （もっと読む）

一実施形態において、薬物耐性と関連している１種類以上のＨＩＶ配列バリアントの低頻度存在を検出するための方法であって、ＨＩＶ試料集団のＲＮＡ分子からｃＤＮＡ種を作製すること；該ｃＤＮＡ種から第１のアンプリコンを増幅させること、ここで、各アンプリコンは増幅コピーを含み、遺伝子座を規定する１対の核酸プライマーで増幅される；該第１のアンプリコンの増幅コピーをクローン増幅させ、第１のアンプリコンの増幅コピーの１つと実質的に同一のコピーの固定化集団を含む第２のアンプリコンを得ること；該固定化集団の少なくとも１００個の核酸配列組成を単一の機器においてパラレルで決定すること；該少なくとも１００個の固定化集団の核酸配列組成において、５％以下の頻度で存在する１つ以上の配列バリアントを検出すること；および検出された配列バリアントを、ＨＩＶ薬物耐性と関連している変異と相関させることを含む方法を記載する。
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本発明は、標的核酸の２つの末端を含むより小さい核酸を生成するために、標的核酸フラグメントを調製するための方法を提供する。具体的に、本発明は、大きい標的核酸の２つの末端を、迅速なクローニング、配列決定、または増幅のための単一の小さいＤＮＡ構築物に分離するためのクローニングストラテジーおよびＤＮＡ操作ストラテジーを提供する。本発明の方法は、ＤＮＡの大きいフラグメント由来の末端を含むＤＮＡ構築物のライブラリーを産生するために、複数の標的ＤＮＡフラグメントにおいて同時に行われ得る。本発明の１つの利点は、ライブラリーが原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞を使用することなくインビトロで構築され得ることである。
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本発明は、テンプレート分子の実質的に同じコピーの集団から生成された配列データの位相同期に関連する誤差を補正するための方法の一実施態様について、（ａ）配列決定反応において１つまたは複数のヌクレオチドの組込みに応答して生成された信号を検出するステップと、（ｂ）この信号の値を生成するステップと、（ｃ）第１パラメータおよび第２繰越パラメータを使用して位相同期誤差の値を補正するステップとを含むことを説明する。
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迅速なＤＮＡ配列決定、例えばゲノム配列決定を実施するための装置および方法を本明細書に記載する。該方法は以下の工程、即ち、ゲノム配列決定のためのサンプルＤＮＡを調製する工程、調製されたＤＮＡを代表的な様式において増幅する工程、および、唯一のプライマーハイブリダイゼーション工程を用いて増幅されたＤＮＡに対して多重配列決定反応を実施する工程を包む。本発明は、特に大型鋳型ＤＮＡまたは全（もしくは部分）ゲノムＤＮＡから誘導された複数のＤＮＡ配列のライブラリを調製する為の新規な方法を提供する。１本鎖ＤＮＡの配列は、大型鋳型ＤＮＡまたは全もしくは部分ＤＮＡゲノムのサンプルからフラグメント化、ポリッシング、アダプターライゲーション、ニック修復および１本鎖ＤＮＡの単離を経て調製される。
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自動配列決定システムと適合するアダプター配列による、ｍＲＮＡサンプルからｃＤＮＡライブラリーを作製するための高速処理用新規生化学プロトコールが提供される。提供される方法は、従来のｃＤＮＡライブラリー産生法に伴う３’バイアスを持たないｃＤＮＡライブラリーを産生する。ＤＮＡからＤＮＡライブラリーを産生するための新規方法も提供される。５’および３’末端に既知のアダプター配列を含む、得られる１本鎖ｃＤＮＡは、方向性情報を保持するので、ベクターまたは宿主細胞にクローンすることを要せずに、自動配列決定システムを用いて自動配列決定するのに好適である。

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本発明は、ピロリン酸配列決定技法を使用してＰＣＲ産物の直接配列決定を可能にする、新しい試料調製方法を提供する。ＰＣＲ産物はゲノムの特定の領域である場合がある。本開示内容に示される技法は、一個体又は個体集団における個々の対立遺伝子多型のＳＮＰ（一塩基多型）検出、分類及び評価を可能にする。これらの結果は、患者の診断及び処置、並びにウイルス及び細菌の集団同定の評価に使用される場合がある。現在の方法と対比して、本発明は、ある程度は高処理能力の非サンガー配列決定技法の速度及び処理能力を有効に使用し、対象となる１つ以上の特定のポリヌクレオチド領域又は遺伝子座における、優れた正確さ、及び対立遺伝子検知の低い閾値を達成する。
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