第一および第二端を伴う第一イオンガイドを有し、異極性の第一イオン群と第二イオン群を第一イオンガイドに導入し、第一および第二イオン群を第一イオンガイド内に半径方向に閉じ込めるために、ＲＦ電位を第一イオンガイドに印加する、イオンを分析する方法が提供される。第一イオン群を第一イオンガイド内にトラップするために、第一トラップ障壁が第一イオンガイドの第一端に提供され、第二イオン群を第一イオンガイド内にトラップするために、第二トラップ障壁が第一イオンガイドの第二端に提供され、第一イオン群を第一トラップ障壁に向かって押し、第二イオン群を第二トラップ障壁に向かって押すために、軸方向電場が提供される。
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イオンガイドを有する線形イオントラップおよびそれを操作する方法を提供する。イオンガイドは第１端部および第２端部を有する。本方法は、ａ）イオンガイド内に第１群のイオンを提供する工程と、ｂ）イオンガイド内に第１群のイオンと反対の極性を有する第２群のイオンを提供する工程と、ｃ）イオンガイド内で第１群のイオンおよび第２群のイオンを半径方向に拘束するためのＲＦ駆動電圧をイオンガイドに提供する工程と、ｄ）第１群のイオンおよび第２群のイオンをイオンガイドの第１端部からはじくために、イオンガイドの第１端部からイオンガイドの中央に向かって、第１の軸方向に不活性ガスのガス流を提供する工程と、ｅ）第１群のイオンおよび第２群のイオンをイオンガイドの第２端部からはじくために、捕捉領域バリアを提供する工程と、を含む。
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２つ以上のイオン収束要素および気体チャネリングスリーブを有するイオンガイドが記述される。気体チャネリングスリーブ内のイオン移送空間は、ポンプポートと流体連絡している。吸引デバイスは、ポンプポートを介してイオン移送空間から気体を吸引するために用いられ、気体の流れを作る。イオン移送空間におけるイオンは、気体の流れによって、イオンガイドのイオン入口端部からイオン出口端部に移送される。いくつかの例は、ロッドがイオン収束要素として用いられる多重極イオンガイドを含む。気体チャネリングスリーブはロッドの周りに合っている。別の例において、環状体またはリング形状のイオン収束要素がイオン収束要素として用いられる。別の例において、イオン収束リングのセットは、絶縁体の間に取り付けられ、気体不浸透性側壁を有するシリンダーを形成する。シリンダー自体は、気体チャネリングスリーブとして用いられる。
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イオン流束を計算するためのシステムおよび方法。一実施形態において、質量分析器は、分析期間中に複数のパルスによってサンプルからイオンのビームを発するためのイオン源と、前記イオン源の下流に配置される検出器とを含む。すべてのパルスの対応パルス時間セグメントに各ビンが対応する、繰り返し可能な一連のビンを決定するように構成されるクロックが提供される。さらに、検出器とクロックとに動作可能に結合され、分析期間中の合計パルス数を決定するように構成される制御装置が提供される。制御装置はさらに、繰り返し可能な一連のビンにおける少なくとも１つビンについて、分析期間中にイオン衝撃が検出されなかった対応パルス時間セグメントの数を決定するように構成される。
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試料中の化合物を解析するためのシステムおよび方法。一実施形態において、質量分析計は、試料から複数のイオンを放出するためのイオン源、ならびに、前記イオン源の下流に位置決めされており放出されるイオンの衝撃を検出器上で検出するように構成されている検出器を含む。質量分析計は、検出器およびイオン源と動作可能に連結されており検出済み各イオンのｍ／ｚを計算するように構成されている制御装置も含む。制御装置は、検出済み各イオンのｍ／ｚが所定の質量欠損範囲に入るかどうかを判断するように構成されている質量欠損フィルタを含む。質量分析計は、制御装置に連結されているデータストレージも含み、データストレージは、ｍ／ｚが質量欠損範囲に入る場合、検出済みイオンのｍ／ｚに対応する検出済みイオンｍ／ｚデータを保存するように構成されている。
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質量分析計システムは、導入端と、放出端と、複数のロッドと、中心長手軸とを有する１組の細長いロッドを有する。質量分析計システムは、以下のステップを実施するように動作可能である。ａ）第１の複数のイオン群をロッドセットの導入端に導入し、ｂ）複数のロッドの間に領域を生成して、ロッドセット内に第１の複数のイオン群を閉じ込め、ｃ）第１の複数のイオン群内の第１のイオン群のための第１の質量／電荷範囲を選択し、ｄ）第１の放射状励起場を提供して、第１の質量／電荷範囲内の第１のイオン群を中心長手軸から放射状に変位させ、同時に、第１の質量／電荷範囲から離れた第２の質量／電荷範囲内にある、第１のイオン群よりも中心長手軸に近い第２のイオン群を保持し、ｅ）軸方向加速場を提供することによって、第１のイオン群に作用する第１の軸方向の力を提供する。第１の軸方向の力は、ステップｄ）では提供されない。
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イオントラップと下流の質量分析計とを有する質量分析計システムが提供される。複数のイオン群がイオントラップに提供され、第一の質量対電荷比が選択される。該下流の質量分析計は、（ｉ）該第一の質量対電荷比とは異なる第一の選択されない質量対電荷比を有するイオンと、（ｉｉ）該第一の質量対電荷比とは異なる該第一の選択されない質量対電荷比を有するイオンに対する質量シグナルとのうちの１つを除去するように設定される。第一の質量対電荷比の第一のイオン群は、第一のイオントラップから下流の質量分析計まで排出される。
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