エレクトロスプレーイオン化を用いて、検体から第１の極性のイオンを生成すること；試薬から第２の極性のイオンを生成すること；第１の極性のイオンと第２の極性のイオンとがチャンバ中で相互作用して第２の極性を持つ検体イオンを形成するように、第１の極性のイオンと第２の極性のイオンとを質量分析計のチャンバ中に順に注入すること；および第２の極性の検体イオンの質量スペクトルを分析することを含む、質量分析計を用いた試料のための装置および方法が記載される。所望の質量対電荷比を持つ第２の極性の検体イオンを優先的に生じさせるように、ポリアミドアミン（ｐｏｌｙａｍｉｄｏｍｉｎｅ）のような試薬が選択される。
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イオンをフィルタリングするための方法および質量分析計が提供される。質量分析計は、概して、イオンガイドと、四重極質量フィルタと、衝突セルと、飛行時間（ＴｏＦ）検出器とを備え、かつイオンビームをＴｏＦ検出器に透過することが可能である。質量分析計は、イオンビームの中のイオンが実質的に断片化されないままであり、四重極質量フィルタが、イオンガイドおよび記衝突セルのうちのいずれかの中の圧力よりもかなり低い圧力で動作するように、ＭＳモードで動作する。四重極質量フィルタは、関心のある範囲外のイオンをイオンビームからフィルタリングして、イオンビームの中の関心のある範囲内のイオンを残すように、帯域通過モードで動作する。関心のある範囲内のイオンは、ＴｏＦ検出器で分析される。
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イオンの移動度に基づいて大気圧で作動する前置フィルターと、イオン流をイオン検出器の中へと配向させるイオン集束アセンブリ、例えば、質量分析計（ＭＳ）とを備える、イオンを分析するための方法および装置。移動度に基づくフィルターは、円筒状電場非対称波形イオン移動度分析計（ＦＡＩＭＳ）、平面または吸引示差移動度分析計（ＤＭＳ）、またはイオン移動度分析計（ＩＭＳ）であり得る。イオン集束アセンブリは、イオンが通って流れる開口部を有する２つのグリッドと、２つのＤＣ電源と、グリッド間に電場を生成するための時変電源とを備える。
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２次元の実質的に四重極の電場を提供する。電場は、振幅Ａ２の四重極高調波と、振幅Ａ４の八重極高調波とを備え、Ａ４は、Ａ２の０．０１％よりも大きく、Ａ４は、Ａ２の５％未満であり、電場に存在する振幅Ａｎを有する任意の他の高次高調波について、ｎは、４を除く２よりも大きい任意の整数であり、Ａ４は、Ａｎの１０倍よりも大きい。線形イオントラップの中においてイオンを処理する方法であって、該方法は、ａ）２次元の実質的に四重極の電場を確立し、維持することであって、該電場は、振幅Ａ２の四重極の高調波と、振幅Ａ４の八重極の高調波とを備え、Ａ４は、Ａ２の０．０１％よりも大きく、Ａ４は、Ａ２の５％未満であり、該電場に存在する振幅Ａｎを有する任意の他の高次高調波について、ｎは、４を除く２よりも大きい任意の整数であり、Ａ４は、Ａｎの１０倍よりも大きい、ことと、ｂ）イオンを該電場に導入することとを含む、方法。
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高いサンプル利用度で質量スペクトルを測定する方法は、第１の所定の範囲の質量電荷比を持つ質量スペクトルから第１の群の前駆イオンを質量フィルタするステップを含む。第１の群の前駆イオン中の少なくとも１種類の前駆イオンが、次に選択的にフラグメント化される。第１の群の前駆イオン中のフラグメント化された前駆イオンの第１のフラグメント質量スペクトルが測定され、一方では第１の所定の範囲内の質量電荷比の他の前駆イオンが保持される。第２の所定の範囲の質量電荷比を持つ第２の群の前駆イオンが質量スペクトルから質量フィルタされる。第２の群の前駆イオン中で、少なくとも１種類の前駆イオンが選択的にフラグメント化される。第２の群の前駆イオン中でフラグメント化された前駆イオンの第２のフラグメント質量スペクトルが次に測定される。
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標識試薬、標識試薬のセット、および標識技術が、ケトン化合物もしくはアルデヒド化合物（ステロイドもしくはケトステロイドを含む分析物が挙げられるが、これらに限定されない）の相対的定量、絶対的定量、もしくはその両方のために提供される。上記分析物は、生物学的サンプル中の医学的化合物もしくは薬学的化合物であり得る。ケトン化合物もしくはアルデヒド化合物を標識し、分析し、そして定量するための方法もまた開示され、同様に、質量分析法も使用する方法が開示される。
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質量分析計において使用するレンズアセンブリ内のイオン光学構成要素上に蓄積される汚染物質を減少させるために、質量分析法および方法において使用するレンズアセンブリが本明細書に開示される。レンズアセンブリは、イオンレンズおよびヒータを形成するように組み立てられる複数のイオン光学構成要素を備える。複数のイオン光学構成要素は、概して類似の膨張係数を有する。ヒータは、イオン光学構成要素に動作可能に連結される。ヒータは、イオン光学構成要素を加熱し、イオン光学構成要素上の残屑の集積を減少させる。種々の実施形態では、方法は、レンズアセンブリ内でイオン源からイオンを受容することを含む。レンズアセンブリは、イオンレンズを形成するように組み立てられる複数のイオン光学構成要素を含み、複数のイオン光学構成要素は、概して類似の膨張係数を有する。また方法は、イオン光学構成要素を第１の温度に加熱することを備える。
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タンデム質量分析計において、複数の前駆体イオンを処理する方法は、イオン源によって、複数の前駆体イオンを発生させるステップを含む。複数の前駆体イオンのうちの少なくとも一部は、イオントラップ内に捕捉される。少なくとも２つの着目前駆体イオンが、濾波雑音場によって、複数の前駆体イオンから隔離される。着目前駆体イオンは、衝突セルに向かって連続的に放出される。連続的に放出された着目前駆体イオンは、衝突セル内で分裂される。次いで、分裂されたイオンの質量対電荷比スペクトルが、質量分析計によって決定される。
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試料分析システムは、試料分析システムから残留イオンを除去するためのイオン除去機構を組み込む。イオン除去機構は、イオン移動度フィルタを質量分析器計に接続する、イオン光学アセンブリの中に含むことができる。試料分析システムによって分析される試料は、イオン移動度フィルタの中へ進入させられ得る。イオン移動度フィルタは、試料のイオンを濾過して、濾過したイオン群をイオン光学アセンブリに通す。イオン光学アセンブリは、イオン群の中のイオンのうちのいくつかまたは全てが検出される質量分析器に、濾過したイオン群を輸送する。イオン除去機構は、次いで、第２の濾過した群を通過させる前に、第１の濾過した群から残った全てまたは実質的に全ての残留イオンをイオン光学系から除去する。
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ＭＳｎ質量分析計においてイオンを多重化するための方法および装置を提供する。イオンは、関心のイオン群であって、ＭＳｎ質量分析計の空間電荷制限を下回るイオン群を生成するようにフィルタリングされる。イオン群の少なくとも一部分は、断片化したイオン群を形成するように断片化される。断片化した群の少なくとも一部分は、質量分析のために、断片化した群の複数の部分を連続的に選択することができるように貯蔵される。断片化した群の複数の部分のそれぞれは、質量分析の前に、連続的に選択され、再断片化される。いったん断片化した群の複数の部分のそれぞれが断片化されると、断片化した群の複数の部分のそれぞれは、質量分析を介して分析される。
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