ａ）第１の時間において、第１のイオントラップ内にイオンを蓄積するステップと、ｂ）第２の時間において、第１の複数のイオンを第１のイオントラップから第２のイオントラップ内へと通過させるステップであって、第１の複数のイオンは、第１の質量範囲内の質量を有する、ステップと、ｃ）第２の時間において、第２の複数のイオンを第１のイオントラップ内に留保するステップであって、第２の複数のイオンは、第１の質量範囲と異なる第２の質量範囲内の質量を有する、ステップと、ｄ）第３の時間において、第１の複数のイオンを第２のイオントラップから通過させるステップと、ｅ）第３の時間において、第２の複数のイオンを第１のイオントラップから第２のイオントラップ内へと通過させるステップとを伴う、タンデムイオントラップを操作するための方法が提供される。
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第１の端部と、第２の端部と、複数のロッドと、中心縦軸とを有する、細長いロッドセットを有する質量分析計と、それを操作する方法について記載される。実施形態は、ａ）ロッドセット内へとイオンを入射することと、ｂ）複数のロッド間にＲＦ場を生成し、ロッドセット内にイオンを半径方向に閉じ込めることであって、ＲＦ場は、ロッドセットの長さの少なくとも一部に沿って変動し、各イオンに対して、イオンに作用する対応する第１の軸方向力を提供して、第１の軸方向にイオンを押出すことと、ｃ）各イオンに対して、対応する第２の軸方向力を提供し、第１の軸方向と反対の第２の軸方向にイオンを押出すこととを伴う。第１の対応する軸方向力は、イオンが中心縦軸から閾値半径方向距離未満にある場合、対応する第２の軸方向力未満であって、イオンが閾値半径方向距離を上回って中心縦軸から半径方向に変位される場合、対応する第２の軸方向力を超える。
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差動移動度分光計を含むシステムとともに、差動移動度分光計を含むシステムを操作する方法について記載される。本方法およびシステムは、ａ）イオンを差動移動度分光計に提供することと、ｂ）差動移動度分光計の入口にドリフトガスを提供することと、ｃ）調整剤液をドリフトガスに供給するために、計器を調節して、選択された体積流量を規定することと、ｄ）調整剤液の実体積流量をドリフトガスに供給することとを伴い、実体積流量は、選択された体積流量からあるパーセント偏差内にある。
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微分型移動度分析計と、少なくとも部分的に微分型移動度分析計にシールされ、かつ微分型移動度分析計と流体連絡している質量分析計とを含む、質量分析計システムを、関連方法とともに提供する。質量分析計システムは、ａ）内部動作圧力で微分型移動度分析計を維持するステップと、ｂ）イオンを微分型移動度分析計に提供するステップと、ｃ）微分型移動度分析計を通って真空チャンバの中へイオンを含むガス流を引き込むために、内部動作圧力よりも低い真空圧で質量分析計を維持するステップと、ｄ）微分型移動度分析計を通るガス流速を変化させるために、微分型移動度分析計と質量分析計との間のガス流を修正するステップとを行うように動作可能となり得、方法はこれらのステップを含み得る。
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イオンフラグメンテーションのための衝突セルを使用するタンデム質量分析計において、システム構成要素の放電上限に到達することなく、またはそれを超えることなく、衝突誘起解離（ＣＩＤ）のために必要とされる衝突エネルギーの上限が拡大され得る。本教示は、イオンの電位エネルギーをＣＩＤフラグメンテーションのために十分な所定のレベルまで引き上げる一方、無放電条件を満たす方法について説明する。また、本教示は、生成イオンが質量分析のための十分なエネルギーを有するように、ＣＩＤフラグメンテーション後、フラグメントイオンの電位エネルギーを引き上げる方法について説明する。
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イオントラップに保持されるイオンを冷却するための方法について開示する。種々の実施形態では、冷却ガスは、線形イオントラップ内に供給され、トラップの少なくとも一部分において、イオン保持時間未満の持続時間の間、約８ｘ１０^−５トールを超える非定常状態圧力上昇が引き起こされる。種々の実施形態では、圧力上昇の持続時間は、イオンが所望の量のその運動エネルギーを損失するのに必要な時間に基づくことが可能である。一実施形態において、方法におけるイオン閉じ込め装置は、４重極線形イオントラップを備えている。
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イオントラップにおいてイオンをフラグメント化する方法は、ａ）親イオンを選択することと、ｂ）保持時間間隔の間、イオントラップ内に親イオンを保持することと、ｃ）保持時間間隔内の励起時間間隔中に、ＲＦトラップ電圧をイオントラップに提供することと、ｄ）励起時間間隔中に、共鳴励起電圧をイオントラップに提供することと、ｅ）保持時間間隔のうちの少なくとも一部分の間、イオントラップ内に中性ガスを供給することによって、イオントラップ内の動作圧力の少なくとも約１０％の非定常状態圧力増加を提供することと、ｆ）保持時間間隔内で、かつ励起時間間隔の後、共鳴励起電圧を終了し、イオントラップに印加するＲＦトラップ電圧を変更して、イオントラップ内に親イオンのフラグメントを保持するように励起レベル未満の保持レベルまでマシュー安定性パラメータｑを低下させることとを伴う。
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質量分析計のイオントラップにおいてイオンをフラグメント化する方法が提供され、本方法は、ａ）フラグメンテーションのために親イオンを選択することと、ｂ）保持時間間隔の間、イオントラップ内に親イオンを保持することであって、イオントラップは、約１ｘ１０^−４トール未満の動作圧力を有することと、ｃ）保持時間間隔内の励起時間間隔中に、励起レベルにおけるマシュー安定性パラメータｑを提供するために、ＲＦトラップ電圧をイオントラップに提供することと、ｄ）親イオンを励起しフラグメント化するために、励起時間間隔中に、共鳴励起電圧をイオントラップに提供することと、ｅ）保持時間間隔内、かつ励起時間間隔の後、共鳴励起電圧を終了し、イオントラップに印加するＲＦトラップ電圧を変更し、イオントラップ内に親イオンのフラグメントを保持するように励起レベル未満の保持レベルまでマシュー安定性パラメータｑを低下させることとを含む。
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マスアナライザーに連結されるレーザー脱離イオン源（例えば、ＭＡＬＤＩ）を使用する代謝障害のハイスループットスクリーニングおよび分析のための方法およびキットが提供される。代謝障害は、アミノ酸、有機酸または脂肪酸酸化の障害であり得る。一群の障害を高速度で分析することができる。本発明の方法およびキットは、代謝障害の新生児スクリーニング（ＮＢＳ）のために特に有用である。本発明の方法はさらに、イオン源によって生じたイオンをダンピングガスにより衝突ダンピング／冷却することを含むことができる。
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イオントラップの過剰充填により引き起こされる電荷空間効果に効果的に対処するためのイオントラップ装置および方法であって、質量分析計の線形イオントラップにおいて有用である装置および方法。一実施形態では、まず、ＬＩＴを充填すると、ＬＩＴ内に小トラップ電位が産生され、次いで、過剰イオンは、ＬＩＴを退出することが可能になり、次いで、質量スペクトルの収集のためのＬＩＴからのイオンのさらなる操作および／または走査の前に、通常のトラップ条件を再確立する。
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