本発明は、支持体に固定された核酸アナログ、例えばPNA(Peptide Nucleic Acid)プローブと標識されていない標的核酸のハイブリダイゼーション反応後に、検出可能な標識と、前記標識を標的核酸に導入する物質を加えて標的核酸を選択的に標識する方法、及びこれを用いた標的核酸の検出方法に関するものであって、プローブと相補的に結合されている標的核酸のみ選択的に標識し、少量の標識導入物質(例：酵素)と標識で標識が可能であり、低コスト・高効率で標識することができ、ハイブリダイゼーションした標的核酸とハイブリダイゼーションしていないプローブとのシグナル差異を増幅してハイブリダイゼーション検出感度を向上させることができる。更に、プローブと標的核酸のハイブリダイゼーション反応前、又はハイブリダイゼーション反応と同時に標的核酸を断片化することにより、ハイブリダイゼーション反応の効率又は特異性を増加させることができる。
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