本発明は、テスト配列の誤り訂正方法であって、配列を受け取り、そして高頻度の短い配列リストを、予め定められた高頻度閾値に基づき構築すること、それぞれの受け取ったテスト配列を配列方向に調べ、そして高頻度の短い配列と組み合わせて、それぞれのテスト配列上の連続した高頻度の短い配列の最大多数の領域を検索すること、対応する受け取ったテスト配列及び高頻度の短い配列リストに従い、検索した領域の左側において高頻度の短い配列だけからなる左側の配列を構築すること、及び／又は検索した領域の右側において高頻度の短い配列だけからなる右側の配列を構築すること、及び検索した領域と構築した左側及び／又は右側の配列とを、対応するテスト配列へと結合することを含む。また、本発明は、テスト配列及び遺伝子アセンブリ装置の対応する誤り訂正システムを提供する。
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本発明は、遺伝子工学の分野に関連し、特に断片アセンブリングスキャフォールドの構築方法及びシステム、並びにゲノムシークエンシング装置に関する。該方法は、配列決定を通して得られたダブルバレルデータをコンティグにマッピングすること、前記コンティグにマッピングした前記ダブルバレルデータに基づき、コンティグ間のギャップサイズとされる、コンティグ間の長さの平均値又は中間値を計算すること、コンティグ間のギャップサイズ及び、コンティグ間のダブルバレル関係に基づき、スキャフォールドを構築すること、そして完全なスキャフォールドのグラフを得ることを含む。コンティグ間の平均長さは、コンティグにマッピングされた多数の組のダブルバレルデータより計算され、そしてコンティグ間のギャップサイズとされる。したがって、コンティグ間のギャップサイズの推定の精度が、劇的に改善される。これは、短い配列の読み込みを含むゲノム配列決定方法に用いて、配列決定断片のアセンブリングのタスクを終了することができる。
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