凍結乾燥プロセスのパラメーターは、真空ポンプ排出物内の痕跡材料を測定することによって監視される。測定は、音響光学分光法、マルチパスキャビティエンハンスト吸収分光法（ＣＥＡＳ）、及びキャビティリングダウン分光法（ＣＲＤＳ）等の技法を使用して行われる。この技法は、凍結乾燥シェルフの漏れ、凝縮コイルの漏れ、室内の雰囲気からの漏れ、及び残留清浄材料の存在等の問題を診断するために使用することができる。この技法は、２次乾燥プロセスの排出物内の水蒸気の存在を監視するために使用することもできる。
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凍結乾燥機のスロットドアの動きがラック及びピニオンアクチュエーターによって駆動される。そのアクチュエーターは容易に消毒され、消毒用スプレーが達することができる内部要素を含む。ピニオンは、無菌エリアを、駆動系統が配置される非無菌エリアから分離するシールを通り抜けるピニオン軸によって駆動される。無菌障壁を越えて回転運動だけが伝達され、消毒するのが難しいベローズ又はスライディングカバーの必要性を低減する。
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