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Fターム[2G041FA12]の内容

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Fターム[2G041FA12]に分類される特許

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【課題】MS/MSイオンサーチやデノボシーケンシングによってペプチドが同定できないような場合でも、高い精度でペプチドの同定を可能とする。
【解決手段】低m/zのプリカーサイオンに対するMSnスペクトルは情報量が少ない反面、デノボシーケンシングにより高い信頼度でアミノ酸配列を推定できる。そこで、意図的にm/zが500以下であるプリカーサイオンに対するMSnスペクトルを取得し(S2-S6)、該スペクトルに対しデノボシーケンシングを実行してプリカーサイオンのm/zからm/z=0までの間のアミノ酸配列を推定する。そして、推定されたアミノ酸配列、MSn分析のプリカーサイオンm/z、及びMS2分析のプリカーサイオンm/zを用いてシーケンスタグを生成する(S7)。このタグの信頼度は高く、シーケンスタグサーチではタグが正確であれば正解ペプチドを見逃しなく検索可能であるから、高い精度でペプチド同定又は候補の絞り込みが行える(S8)。 (もっと読む)


【課題】疎水性ペプチドのイオン化効率を向上させることができる新規化合物を提供する。
【解決手段】下記式(I):


(式中、Rは炭素数6〜10のアルキル基を表し、カルボキシル基と水酸基とは互いにオルト位又はメタ位に置換している。)で示される5−アルコキシ−2−又は3−ヒドロキシ安息香酸。上記式(I)で示される、質量分析用マトリックスの添加剤。α−シアノ−4−ヒドロキシケイ皮酸、2,5−ジヒドロキシ安息香酸、シナピン酸、及び1,5−ジアミノナフタレンからなる群から選ばれる質量分析用マトリックスに添加される、上記の添加剤。疎水性ペプチドの質量分析に用いられる、上記の添加剤。 (もっと読む)


【課題】ペプチド、特に疎水性ペプチドの質量分析感度を高めるための質量分析用タグを提供する。
【解決手段】一般式(1)で表される、n個のアミノ酸残基からなる質量分析用タグ。
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【課題】翻訳後修飾を受けたタンパク質の同定を可能としたシステムにおいて非修飾タンパク質の同定性能の低下を防止するとともに同定時間の短縮化を図る。
【解決手段】公的なアミノ酸配列データベース等の登録情報など、既知のタンパク質のアミノ酸配列情報と翻訳後修飾情報とに基づいて、既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む同定用DB5を予め構築する。この際に、修飾されたアミノ酸を通常のアミノ酸と重複しない特定の記号で表記する。検索条件入力部44から同定対象のデータと翻訳後修飾を含む検索条件が指定されると、DB検索部43は指定されたデータを同定用DB5と照合してペプチドの候補を抽出する。修飾タンパク質は既知のものに限られるため検索空間はそれほど拡大しない。それによって、高い同定性能を確保しながら検索時間を短縮することができる。 (もっと読む)


【課題】夾雑物等の影響により目的化合物由来のプリカーサイオンピークにほかのピークが重なっているような場合でも、MS2スペクトル上のピークの中から目的化合物由来のプロダクトイオンピークを的確に選出し化合物同定等に供する。
【解決手段】取得したイメージングMS2データからピクセル(測定点位置)とm/zとを行及び列とし強度値を要素とするデータマトリクスを作成し、目的化合物由来のプリカーサイオンの空間強度分布と類似した空間強度分布を示すm/z値を基準ピークとして選出する。目的化合物由来のプロダクトイオンは基準ピークと類似した空間強度分布を示す筈であるから、上記データマトリクスにおいて基準ピークと他ピークとのデータの相関計数を計算する。順相関で大きな相関係数値を与えるピークがプロダクトイオンピークであると判断し、該ピークのm/z値を選出して組成解析や同定処理に供する。 (もっと読む)


【課題】細胞の性質や疾患に係る、実際に発現している選択的スプライシングバリアントを同定する方法を提供する。
【解決手段】トランスクリプトーム解析とプロテオーム解析とを組み合わせることにより、細胞の性質や疾患に係る、実際に発現している選択的スプライシングバリアントを同定する。mRNAのシークエンシングを行い、細胞の性質に関与するスプライシングバリアントの塩基配列を同定する工程;同定したスプライシングバリアントの塩基配列を翻訳して得られたアミノ酸配列からなるタンパク質を、スプライシングバリアントタンパク質として同定する工程を含む。さらにかかる方法により、胃がん細胞の転移性に関与する、実際に発現している選択的スプライシングバリアントを同定する。 (もっと読む)


【課題】心疾患の診断に際し、被験者から採取される血液サンプルから調製される血清サンプルを利用する血液検査の一環として、該血清サンプル中に含有されるMDA−LDL中に含まれる、ApoB100タンパク質における、酸化の進行度を評価する際、有効に利用可能な診断マーカーを提供する。
【解決手段】MDA−LDL中に含まれる、ApoB100タンパク質のトリプシン消化により生成する一群のペプチド断片中、冠動脈病変枝数3と判定された患者群と、冠動脈病変枝数0と判定された健常者(非患者)群を比較した際、健常者(非患者)群において検出される量を基準として、患者群において検出される量は、「有意に高い」、または、「有意に低い」という、統計学的検定結果を示す「マーカー」として特定されたものを、診断マーカーとして利用する。 (もっと読む)


【課題】試料中の微量タンパク質を精製するための方法を提供する。
【解決手段】試料中の微量タンパク質を精製するための方法であって、該微量タンパク質は該試料中において分子シャペロンと複合体を形成しており、該方法が、(i)該分子シャペロンに対する一または複数種の抗体を用いたアフィニティー精製によって、該試料より分子シャペロン−微量タンパク質複合体を精製する工程;および(ii)工程(i)にて精製された複合体に由来する微量タンパク質を質量分析によって同定する工程、を含む、上記方法。 (もっと読む)


【課題】膵臓癌の特異的検出及び予後の予測の方法等の膵臓癌及び予後マーカー、及び使用方法を提供すること。
【解決手段】予後良好及び予後不良の膵臓癌組織、並びに対照となる正常膵管組織のFFPE標本からタンパク質を抽出して可溶化し、LC/MS/MSにより、それぞれの組織において発現するタンパク質を計1229種同定した。次に、統計解析やスペクトラム・カウンティング解析、遺伝子オントロジー解析により、計170種類のタンパク質を膵臓癌マーカータンパク質候補として選択しMRM法で解析した。MRM法の解析結果を精査し、最終的に、A群〜C群の膵臓癌マーカータンパク質を同定した。これらの膵臓癌マーカータンパク質を用いることによって、膵臓癌を特異的に検出し、予後を予測することができる。 (もっと読む)


【課題】実測のMS3スペクトルの情報を有効且つ的確に活用してペプチド同定の精度を向上させるとともに、同定したペプチドの信頼度を示す正確な定量情報を併せて提供する。
【解決手段】被検試料に対する実測MS2スペクトルに基づくデータベース検索により、複数の候補ペプチドを選出する。候補ペプチド一つ一つについて、理論MS3フラグメントの質量を求め、該質量の中で、対応するピークが実測MS3スペクトルに存在するが実測MS2スペクトルには存在しないものを抽出し、このピークを元の実測MS2スペクトルによるピークリストに追加する。そして、修正されたピークリストに基づいて候補ペプチドのスコアを再計算する。全ての候補ペプチドのスコアを再計算した後に、それを比較してスコア1位となる候補ペプチドが正解ペプチドであると判断し、スコアやスコア分布から計算される期待値とともに同定結果を出力する。 (もっと読む)


【課題】糖ペプチド又は糖タンパク質を感度良く分析することができる質量分析用マトリックスを提供する。
【解決手段】3−アミノキノリンイオンとp−クマル酸イオンとを含むイオン液体である、糖ペプチド又は糖タンパク質の質量分析用マトリックス。好ましくは、3−アミノキノリンとp−クマル酸とを5:1〜20:1のモル比で混合して調製したものであり、混合されるべきp−クマル酸が99%以上の純度を有するものであり、リン酸アンモニウムを添加剤として用いるものであり、酸性糖を含む糖ペプチド又は糖タンパク質の測定のために用いられるものである。 (もっと読む)


【課題】 測定対象物質を脱離・イオン化する質量分析において、脱離/イオン化した測定対象物質の検出を高感度に行うことができる質量分析方法を提供する。
【解決手段】 基板上に、少なくとも、下記式(1)で表される官能基を1分子中に2個以上有し、かつ沸点が150℃以上であるイオン化剤と、測定対象物質とを載置する工程、前記イオン化剤と測定対象物質に、イオン、中性粒子、電子、並びに、レーザー光の中から選ばれる一つの一次ビームを照射する工程を有する質量分析方法。
【化1】
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【課題】 同種抗原認識を検出する方法,およびかかる方法に用いる検査薬を提供すること。
【解決手段】
同種抗原認識の成立とCCL8の発現量の増加とが有意に関連することが見いだされた。宿主対移植片疾患を検査するための方法であって,被験者または被検動物から得た試料中のCCL8蛋白質の量を測定し,得られた測定値を宿主対移植片疾患の診断または経過の指標とすることを特徴とする方法が開示される。また,抗CCL8抗体を含む宿主対移植片疾患の検査薬も提供される。 (もっと読む)


【課題】N末端アミノ酸残基がグルタミンやカルバミドメチル化したシステインである場合、優先的な環化によってNH3やH2Oが脱離するためにm/zずれが生じてペプチド同定が困難になる。本発明はこのようなN-結合型糖ペプチドに対しても高い精度でペプチドを同定することを目的とする。
【解決手段】MS2スペクトルに現れる糖鎖組成を示すピーク列についてデノボシーケンス処理を実施する際に、そのピークの1つとMS2プリカーサとの質量電荷比差からNH3又はH2O脱離によるm/zずれの有無を推定する(S4、S5)。さらに、MS2スペクトル上のN-結合型糖ペプチドに特徴的なトリプレットピークとMS1スペクトル上のトリプレットピークとの質量電荷比差からも同様のm/zずれの有無を推定する(S6、S7)。N末端アミノ酸残基の環化ありと判断されたならば、それをデータベース検索の際の検索条件の1つとすることでペプチドの同定精度を高める。 (もっと読む)


【課題】
食品中の微生物種を迅速かつ高精度で同定分析するために、食品から微生物を増殖させることなく直接分離した微生物濃縮物を、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析法に供する方法を提供すること。
【解決手段】
液状の食品試料を遠心分離して得た沈殿物、その沈殿物の懸濁液を微細孔膜に通し分離したろ液または液状もしくは液体に分散させた食品試料を微細孔膜に通し分離したろ液、あるいは食品由来のタンパク質成分を等電点沈殿させたのち、微細孔膜を通過させたろ液部を遠心分離法により分離した沈殿物を、微生物濃縮物としてマトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析法の同定分析に供する。 (もっと読む)


【課題】癌を患う患者を治療するための新規な医薬の提供。
【解決手段】癌、特に乳癌、甲状腺癌又は肺癌を患う患者における遠隔播種及び細胞浸潤をブロックし、治療するための、ProNGFインヒビターを含む医薬。該ProNGFインヒビターが、可溶型のProNGFレセプター類似体又は抗ProNGF抗体である医薬。さらには、該ProNGFインヒビターがProNGFレセプターのsiRNAである医薬。活性成分として少なくとも一のProNGFインヒビターを含んでなる、製薬的組成物。 (もっと読む)


【課題】疾患の診断又は治療のための指標となるタンパク質を一斉に定量することができる、液体クロマトグラフ−タンデム質量分析装置(LC/MS/MS)を用いた高感度なタンパク質の定量方法を提供すること。
【解決手段】被定量タンパク質のペプチド断片を調製する工程において、試料中の被定量タンパク質を、リシルエンドペプチダーゼを用いて断片化した後に、さらに、トリプシンを用いて断片化する。また、液体クロマトグラフ−タンデム質量分析装置(LC/MS/MS)の液体クロマトグラフ部において30〜70分の間に溶出されるペプチドを同定し、該ペプチドを定量対象ペプチドとして用いる。 (もっと読む)


【課題】 試料の分析において、質量分布画像と光学顕微鏡の画像とをマーカを利用して重ね合わせることは知られていたが、ラマン分光法を用いて取得されるラマン振動の強度分布情報と、質量分析法を用いて取得される質量情報を精度よく関連させる技術は知られていなかった。
【解決手段】 基板上に、試料と、高さが試料表面と同じか試料表面よりも高い三次元形状のマーカを試料の外周部に配置する。試料とマーカについて、ラマン分光分析および質量分析をする。得られたラマン振動の強度分布情報と質量情報とをマーカの情報に基づいて位置合わせをする。 (もっと読む)


【課題】測定対象物質を脱離・イオン化する質量分析において、分析対象物質について、その二次元分布状態を損なわず、各測定場所において、分析対象物質のソフトイオン化と、高いイオン化効率の実現を両立することが、困難であるという課題があった。
【解決手段】分析対象物質に、-(CF2)COOH で表される官能基を有する沸点150℃以上の有機酸と、常圧において融点が20℃以下かつ沸点150℃以上である多価アルコールとを含むイオン化補助剤を付与することで、イオン化補助剤の構成成分である有機酸が分析対象物質に効果的にプロトンを付加することによりイオン化効率を向上し、多価アルコールがフラグメンテーションを抑制する。結果、これらの作用が相乗的に奏効することによる幅広い分子量域での高効率な質量分析及びイメージングが可能となる。 (もっと読む)


【課題】試料の構成成分の本来の分布情報を保持しつつ、感度良く検出できる試料分析方法および装置を提供する。
【解決手段】試料に一次イオンビームを照射し、該試料から放出される二次イオンを質量分析法によって分析する試料分析方法であって、チャンバー内に配置した試料を冷却する工程と、前記チャンバー内に水または水溶液を放出し、冷却された前記試料の表面に氷の層を形成する工程と、前記氷の層が形成された状態で、前記試料表面に前記一次ビームを照射する工程とを有し、前記氷の層を形成する水の量が0.1ng/mm以上20ng/mm以下であることを特徴とする分析方法。 (もっと読む)


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