Fターム[2G041GA09]の内容

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【課題】或るMS1ピークをプリカーサイオンとしたMS2分析を実行する前にそのMS2分析結果を利用した物質同定の確率を定量的に推定することにより、同定作業の効率向上を図る。
【解決手段】同定確率推定モデル構築部32は、既知試料から得られた多数の分画試料をMS1、MS2分析し、同定を行った結果(成功/失敗)から、同定成功の確率が高いMS1ピークのm/z及びSN比を把握し、MS1ピークを順位付けするパラメータと、その順位に従ってMS2分析及び同定を行った場合の分析累積数と同定成功数との関係を示す同定確率推定モデルを表すパラメータを求め、記憶部33に記憶しておく。目的試料中の物質同定に際しては、分析により得られたMS1ピークについてMS1ピーク順位付けパラメータを用いて近似順位を求め、同定確率推定モデルを参照して近似順位から同定確率推定値を求める。例えば同定確率がを基にMS1ピークを選択しMS2分析することで効率良く網羅的同定が可能である。 (もっと読む)


【課題】卵巣癌(OC)の存在を示す健康状態を予測する方法、具体的には、ビタミンEアイソフォーム及び関連代謝産物の測定を通した、OCの診断に関する。開業医が、スクリーニングした患者が卵巣癌に陽性である可能性又はそのリスクを有する可能性を判定することを可能にする。
【解決手段】未確定の健康状態を有する患者からの血液試料中の、代謝産物と呼ばれる特異的小有機分子の強度を測定し、これらの強度を、健康な個体の集団で観察される強度及び/又は確認された卵巣癌陽性の個体の集団で前に観察された強度と比較する。 (もっと読む)


【課題】前立腺癌を示す健康状態を予測するための方法を提供する。
【解決手段】未決定健康状態を有する患者からの血液試料中の代謝産物と呼ばれる特定の小さい生化学物質の強度を測定し、これらの強度を健常個体の集団で観察される強度、及び/又は、確定された前立腺癌陽性個体の集団で観察された強度と比較する。本方法は、医師が、スクリーニングされた患者が前立腺癌に陽性である確率を決定することを可能にさせる。 (もっと読む)


【課題】物質の構造に関する情報の取得効率を向上し、測定及び物質同定の時間を短縮することのできる質量分析方法を提供する。
【解決手段】質量分析でのプリカーサイオン選択過程において、MS1スペクトルで検出された任意のイオンと他のイオンとの分子量差を算出し、分子量差が修飾物組み合わせ理論値と一致するイオン群からプリカーサイオンを選択することを特徴とする質量分析方法を提供する。 (もっと読む)


【課題】MS/MSイオンサーチやデノボシーケンシングによってペプチドが同定できないような場合でも、高い精度でペプチドの同定を可能とする。
【解決手段】低m/zのプリカーサイオンに対するMSnスペクトルは情報量が少ない反面、デノボシーケンシングにより高い信頼度でアミノ酸配列を推定できる。そこで、意図的にm/zが500以下であるプリカーサイオンに対するMSnスペクトルを取得し(S2-S6)、該スペクトルに対しデノボシーケンシングを実行してプリカーサイオンのm/zからm/z=0までの間のアミノ酸配列を推定する。そして、推定されたアミノ酸配列、MSn分析のプリカーサイオンm/z、及びMS2分析のプリカーサイオンm/zを用いてシーケンスタグを生成する(S7)。このタグの信頼度は高く、シーケンスタグサーチではタグが正確であれば正解ペプチドを見逃しなく検索可能であるから、高い精度でペプチド同定又は候補の絞り込みが行える(S8)。 (もっと読む)


【課題】試料に含まれる物質を網羅的に同定する際にMS2分析する分画数を抑えることで分析時間を短縮しながら同定の正確性を確保する。
【解決手段】全ての分画試料をMS1分析した結果に基づき作成した、保持時間、m/z、信号強度を3軸とする3次元グラフに対し(S1-S2)、ωよりも大きな閾値θNで強度を判定してピーク検出を行い、検出されたピークのピークトップが存在する分画試料をMS2分析対象として選択する(S3-S5)。次に、選択された分画試料にピークトップが存在し、強度が閾値ω以上であるピークを検出し、検出されたピークをプリカーサイオン候補として挙げる(S6)。そして、選択された分画試料の含有物質が同定されるまでプリカーサイオン候補についてのMS2分析を順次実行する(S7-S9,S14-S15)。1つの分画試料に対し多くのプリカーサイオン候補が挙げられるので、分画試料の含有物質の同定確率が高まる。 (もっと読む)


【課題】 糖尿病の素因を効率的かつ確実に診断するための手段および方法の提供。
【解決手段】 本発明は、糖尿病の素因を有している疑いのある被験者の被験サンプル中の少なくとも1種の代謝物質を測定することと、該少なくとも1種の代謝物質を参照と比較することにより糖尿病の素因を診断することと、を含む、糖尿病の素因の診断方法に関する。さらに、本発明は、一群の代謝物質と、代謝物質の特性値を含むデータ集合と、該データ集合を含む記憶媒体と、を包含する。そのうえさらに、本発明はまた、サンプルの代謝物質の特性値を比較するための手段をデータ記憶媒体に作動的にリンクして含むシステムに関する。本発明にさらに包含されるのは、少なくとも1種の代謝物質を含む診断手段と、糖尿病の素因を診断するための診断手段を作製するための該少なくとも1種の代謝物質の使用と、である。最後に、本発明は、糖尿病関連代謝物質の同定方法に関する。 (もっと読む)


【課題】ペプチド、特に疎水性ペプチドの質量分析感度を高めるための質量分析用タグを提供する。
【解決手段】一般式(1)で表される、n個のアミノ酸残基からなる質量分析用タグ。
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【課題】環境要因等に影響されることなく、植物におけるホウ素の充足・不足状態を反映するホウ素充足度判定用マーカーを開発し、提供する。また、そのホウ素充足度判定用マーカーを用いることで、植物におけるホウ素の充足・不足状態を判定する方法を提供する。
【解決手段】植物におけるホウ素の充足度に依存して量的に変化する代謝産物をホウ素充足度判定用マーカーとし、植物体におけるそのマーカーの蓄積量に基づいて、植物におけるホウ素の充足度を正確に判定する。 (もっと読む)


【課題】ガスクロマトグラフィと連結された質量分析計を含む質量分析計に関し、質量分析計を調整して、その性能を改善または回復させる。
【解決手段】質量分析計またはガスクロマトグラフ/質量分析計システムにおいて、水素等の調整ガスを添加して、イオン源等の質量分析計の1つ以上の構成要素または領域を調整または洗浄する。調整ガスは質量分析計の上流、試料入口またはクロマトグラフカラムの中に添加されてもよく、または質量分析計の中に直接添加されてもよい。調整ガスは質量分析計が試料を分析していないとき、オフラインで添加されてもよく、または試料分析中にオンラインで添加されてもよい。オンラインで添加されるとき、調整ガスはヘリウム等のキャリアガスと混合されてもよい。別の実施形態では、調整ガスはまたカラムを通るキャリアガスとして機能し、ヘリウムなどの別のガスがキャリアガス流に添加されてもよい。 (もっと読む)


【課題】環境要因等に影響されることなく、植物における水分の充足・不足状態を反映する水分充足度判定用マーカーを開発し、提供する。また、その水分充足度判定用マーカーを用いることで、植物における水分の充足・不足状態を判定する方法を提供する。
【解決手段】植物における水分の充足度に依存して量的に変化する代謝産物を水分充足度判定用マーカーとし、植物におけるそのマーカーの蓄積量に基づいて、植物における水分の充足度を正確に判定する。 (もっと読む)


【課題】MSn分析によって得られたデータを基に未知物質の構造推定を容易に行うことのできる質量分析データ解析方法を提供する。
【解決手段】未知物質のプリカーサイオンの質量電荷比からその組成式を推定し(S12)、該未知物質に類似する既知物質の構造式と所定の構造変化パターンを組み合わせることで該組成式と同様の組成式が得られる構造候補を作成する(S14)。該構造候補から発生するフラグメントイオンピークを推定し(S15)、それを基に前記構造候補を蓋然性の高い順にランク付けする(S16)。次に、未知物質と既知物質のマススペクトルを比較し、両者に共通するフラグメントイオンピークを探索する(S19)、共通するピークが存在した場合には該ピークに対応する既知物質の部分構造が未知物質にも含まれているものと推定し、該部分構造情報を基に上記構造候補の絞り込みを行う(S21)。 (もっと読む)


【課題】 糖尿病および/またはその素因を効率的かつ確実に検出するための手段および方法の提供。
【解決手段】 本発明は、糖尿病に罹患しているかまたはその素因を有している疑いのある被験者の被験サンプル中の少なくとも1種の代謝物質を測定することと、該少なくとも1種の代謝物質を参照と比較することにより糖尿病またはその素因を検出することと、を含む、糖尿病またはその素因の検出方法に関する。さらに、本発明は、一群の代謝物質と、代謝物質の特性値を含むデータ集合と、該データ集合を含む記憶媒体と、を包含する。そのうえさらに、本発明はまた、サンプルの代謝物質の特性値を比較するための手段をデータ記憶媒体に作動的にリンクして含むシステムに関する。本発明にさらに包含されるのは、少なくとも1種の代謝物質を含む検出手段と、糖尿病を検出するための検出手段を作製するための該少なくとも1種の代謝物質の使用と、である。最後に、本発明は、糖尿病関連代謝物質の同定方法に関する。 (もっと読む)


【課題】翻訳後修飾を受けたタンパク質の同定を可能としたシステムにおいて非修飾タンパク質の同定性能の低下を防止するとともに同定時間の短縮化を図る。
【解決手段】公的なアミノ酸配列データベース等の登録情報など、既知のタンパク質のアミノ酸配列情報と翻訳後修飾情報とに基づいて、既知の修飾タンパク質のアミノ酸配列を含む同定用DB5を予め構築する。この際に、修飾されたアミノ酸を通常のアミノ酸と重複しない特定の記号で表記する。検索条件入力部44から同定対象のデータと翻訳後修飾を含む検索条件が指定されると、DB検索部43は指定されたデータを同定用DB5と照合してペプチドの候補を抽出する。修飾タンパク質は既知のものに限られるため検索空間はそれほど拡大しない。それによって、高い同定性能を確保しながら検索時間を短縮することができる。 (もっと読む)


【課題】繰り返し構造を持つ物質の解析を容易化することができる画像生成装置を提供する。
【解決手段】画像生成装置100は、繰り返し構造を有する物質を解析するための画像を生成する画像生成装置であって、質量電荷比に対するイオン強度の情報を含む前記物質のイオン強度データを取得するイオン強度データ取得部11と、前記物質の繰り返し単位の質量情報を取得する質量情報取得部12と、前記物質の繰り返し単位の質量情報に基づいて、前記イオン強度データを、所定の質量電荷比の範囲ごとに配列する配列部13と、配列された前記イオン強度データに基づいて、画像を生成する画像生成部14と、を含む。 (もっと読む)


【課題】細胞の性質や疾患に係る、実際に発現している選択的スプライシングバリアントを同定する方法を提供する。
【解決手段】トランスクリプトーム解析とプロテオーム解析とを組み合わせることにより、細胞の性質や疾患に係る、実際に発現している選択的スプライシングバリアントを同定する。mRNAのシークエンシングを行い、細胞の性質に関与するスプライシングバリアントの塩基配列を同定する工程;同定したスプライシングバリアントの塩基配列を翻訳して得られたアミノ酸配列からなるタンパク質を、スプライシングバリアントタンパク質として同定する工程を含む。さらにかかる方法により、胃がん細胞の転移性に関与する、実際に発現している選択的スプライシングバリアントを同定する。 (もっと読む)


【課題】試料液中の[モノ、ビス(塩化トリメチルアンモニウムメチレン)]アルキルトルエンの定量方法を提供する。
【解決手段】試料液中の[モノ、ビス(塩化トリメチルアンモニウムメチレン)]アルキルトルエンのうち、モノ体は試料液を有機溶媒で抽出処理し、当該抽出物を分析用試料とし、ビス体は溶液を陽イオン交換樹脂で吸着処理し、酸性溶液で溶出した画分を分析用試料とし、それぞれを親水性相互作用クロマトグラフィーカラムを用いた液体クロマトグラフ/タンデム型質量分析計を用いて分析し、その濃度を合計することを特徴とする、試料液中の[モノ、ビス(塩化トリメチルアンモニウムメチレン)]アルキルトルエンの定量方法である。 (もっと読む)


【課題】膵臓癌の特異的検出及び予後の予測の方法等の膵臓癌及び予後マーカー、及び使用方法を提供すること。
【解決手段】予後良好及び予後不良の膵臓癌組織、並びに対照となる正常膵管組織のFFPE標本からタンパク質を抽出して可溶化し、LC/MS/MSにより、それぞれの組織において発現するタンパク質を計1229種同定した。次に、統計解析やスペクトラム・カウンティング解析、遺伝子オントロジー解析により、計170種類のタンパク質を膵臓癌マーカータンパク質候補として選択しMRM法で解析した。MRM法の解析結果を精査し、最終的に、A群〜C群の膵臓癌マーカータンパク質を同定した。これらの膵臓癌マーカータンパク質を用いることによって、膵臓癌を特異的に検出し、予後を予測することができる。 (もっと読む)


【課題】目的成分に対する最適なプリカーサイオンとプロダクトイオンの組を選択することができるMS/MS型質量分析装置及び同装置用プログラムを提供する。
【解決手段】プリカーサイオンを選別する第1質量分離部3と、イオン開裂部4と、プロダクトイオンを選別する第2質量分離部6と、検出器7とを有するMS/MS型質量分析装置であって、目的成分のMS分析を行うMS分析実行部110と、MS分析の結果に基づき1又は複数の正イオン、及び、1又は複数の負イオンをプリカーサイオン候補とするプリカーサイオン候補選択部120と、全プリカーサイオン候補のMS/MS分析を行うMS/MS分析実行部130と、MS/MS分析結果に基づき目的成分に対するプリカーサイオンとプロダクトイオンの組を選択する組合せ選択部140を備える。 (もっと読む)


【課題】試料中に含まれるアミノ酸、ペプチド等のアミノ官能性化合物を簡便かつ高感度に分析する方法を提供する。
【解決手段】アミノ官能性化合物を含む試料中のアミノ官能性化合物を、p−トリメチルアンモニウムアニリル−N−ヒドロキシスクシンイミジルカルバメートアイオダイド等の特定カルバメート化合物でアミノ官能性化合物を標識して選択性を高め、簡便かつ高感度に分析する。特に、MS/MS法等、質量分析法により目的化合物を定量的に分析することができる。更に、このために使用する質量分析用の標識試薬やこの標識試薬に使用することができる新規化合物。 (もっと読む)


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