本開示は、選択反応モニタリング（ＳＲＭ）質量分析、または多重反応モニタリング（ＭＲＭ）質量分析とも名付けられてもいる方法により、ホルマリン中で固定された生物検体中で直接的にＥＧＦＲタンパク質を定量するための特に好都合な、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）タンパク質由来の特異的ペプチド、および生成されるペプチドのイオン化特性を提供する。このような生物検体は、化学的に保存および固定され、前記生物検体は、ホルマリン固定組織／細胞、ホルマリン固定／パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織／細胞、ＦＦＰＥ組織ブロックおよびこれらのブロック由来の細胞、ならびにホルマリン固定および／またはパラフィン包埋されている組織培養細胞を含む試薬／固定液を含むホルムアルデヒドで処理した組織および細胞から選択される。タンパク質検体は、前記生物検体からＬｉｑｕｉｄ Ｔｉｓｓｕｅ（登録商標）試薬およびプロトコルを使って調製され、ＥＧＦＲタンパク質が、ＳＲＭ／ＭＲＭ質量分析法を使って、Ｌｉｑｕｉｄ Ｔｉｓｓｕｅ（登録商標）検体中でタンパク質検体中の少なくとも１つ以上の記載ペプチドを定量することにより定量化される。これらのペプチドが修飾または非修飾型で存在する場合は、定量化可能である。ＥＧＦＲペプチドの修飾型の一例は、ペプチド配列内のチロシン、トレオニン、セリン、および／または他のアミノ酸残基のリン酸化である。 （もっと読む）

質量スペクトルデータ分析および分類アルゴリズムを用いる方法により、結腸直腸癌（ＣＲＣ）患者について、上皮増殖因子受容体経路を標的にする薬物、例えばモノクローナル抗体であるＥＧＦＲ阻害剤が有効である可能性が高いかどうかを決定する可能性を提供する。該方法は、ａ）該患者より採取した血液に基づくサンプルから質量スペクトルを得ること；ｂ）ステップａ）にて得られた質量スペクトルに、１つ以上の所定の前処理ステップを行うこと；ｃ）ステップｂ）にて質量スペクトルに前処理ステップを行った後、１つ以上の所定のｍ／ｚ範囲で、該スペクトルの選択された特徴の積分強度値を得ること；および、ｄ）該薬物による治療が有効である可能性が高いか低いかについて該患者を同定するために、他の患者より採取した血液に基づくサンプルから作成したクラス標識したスペクトル（class-labeled spectra）を含む訓練集合（training set）を用いる分類アルゴリズムに、ステップｃ）にて得られた値を用いること、の各ステップを含む。
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本発明は、生物学的サンプル中の興味のある抗体量を決定するための新規方法に関する。1つの態様では、本発明の方法は、F(ab)₂断片を産生するために、ペプシン消化による該生物学的サンプルのタンパク質除去工程を少なくとも含むことを特徴とする。好ましい態様では、興味のある抗体の配列を同定する1個またはそれ以上のペプチドを、タンデム質量分析検出を備えた高速液体クロマトグラフィー(HPLC-MS/MS)を用いてモニターする。
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【課題】プロテオーム解析のための迅速で、効率的でかつ費用効率的な方法の提供。
【解決手段】ポリペプチドを同定する方法であって、以下：（ａ）ポリペプチドの集団由来の親ポリペプチドのサブセットの質量と該親ポリペプチドのサブセットのフラグメントの質量を同時に決定する工程；（ｂ）注釈されたポリペプチドインデックスと該決定された質量を比較する工程；および（ｃ）該決定された質量を有する該注釈されたポリペプチドインデックスの１つ以上のポリペプチドを同定する工程、を包含する方法など。 （もっと読む）

本発明は、質量分光計の使用を通じて、物質を識別、および／または物質の識別を承認するためのシステム、方法、およびコンピュータプログラミングを提供する。既知の組成物の複数の検体が未知の組成物に加えられ、その組み合わせが分析される。分析の間に獲得されたデータは互いに比較される、および／または既知または見込みの参照データと比較される。未知の組成物から成る物質を識別するため、またはそのような物質の識別を承認するために、比較が使用される。
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ＬＣ／ＭＳシステムにより生成されるクロマトグラムおよび質量スペクトルは、スペクトルデータおよびクロマトグラフデータの二次元データ行列を作成することにより分析される。二次元行列は、データ行列の連続する列内に、ＬＣ／ＭＳシステムの質量分析計部分により生成されるスペクトルを入れることにより作成することができる。この方法により、データ行列の行は、クロマトグラフデータに対応し、データ行列の列は、スペクトルに対応する。イオンに関連するピークをシステムが検出する能力を高めるために、二次元フィルタが指定され、データ行列に適用される。所望のベースラインに従って、二次元フィルタが指定される。階数１および階数２フィルタは、計算効率の改善のため指定できる。二次元フィルタを適用する一方法では、データ行列と二次元フィルタとの畳み込みにより出力データ行列を生成する。検出されたイオンに対応するピークは、出力データ行列中で識別される。例えば、ピークのパラメータが決定され、定量化、または指定された保持時間窓内に入る保持時間を持つ、もしくは指定された質量対電荷比窓内に入る質量対電荷比を持つイオンに関連するピークを同定することによるクロマトグラムもしくはスペクトルの簡素化を含む後処理のために格納される。 （もっと読む）

本発明は、固有の標識化試薬もしくは固有の標識化試薬からなるセットを用いた質量分析よって分析物を測定するための方法、混合物、キット、および／または組成物に関する。標識化試薬は、異性体的または同重体的であり、標識分析物の多重化分析に適した混合物の生成に用いることができる。分析物の標識は、該分析物を式ＲＰ−Ｘ−ＬＫ−Ｙ−ＲＧの化合物またはその塩である標識化試薬と反応させておこなうことができる。複数のセットの異性体的または同重体的標識化試薬を用いて、２種類以上の異なる試料からなる分析物を標識することができる。 （もっと読む）