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実験的な融解曲線を、真の融解曲線とバックグラウンド蛍光の和としてモデル化する。実験的な融解曲線データおよびバックグラウンド信号のモデルに基づいて偏差関数を生成することができる。この偏差関数は、その実験曲線のある範囲を複数の窓に分割することによって生成することができる。窓ごとに、バックグラウンド信号のモデルと実験的な融解曲線データの間のフィットを計算することができる。この偏差関数は、その結果得られるフィットパラメータから形成することができる。この偏差関数はバックグラウンド信号補償を含むことができ、そのため、データ視覚化、クラスタリング、ジェノタイピング、スキャニング、ネガティブ試料除去など、さまざまな融解曲線解析操作において、この偏差関数を使用することができる。この偏差関数を使用して、自動バックグラウンド補正プロセスを提供することができる。バックグラウンド補正された融解曲線をさらに処理して、凝集信号を除去することができる。
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本発明は、組成物中の少なくとも一つの草種からの抽出物の存在を決定するための、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、及び配列番号5からなる群から選択される配列を含む、又はからなる少なくとも一つのペプチドの使用に関する。 (もっと読む)


本発明は、BAI3遺伝子における遺伝子多型とQT間隔の延長に対する素因との間の関連性について記載し、そのような素因を予測するため、QT間隔を延長する化合物を、そのような素因を有する個体に投与するため、及び化合物にQT延長を誘発する能力があるかどうかを決定するための関連する方法を提供する。 (もっと読む)


本発明は、癌患者から単離した体液試料中において同定された反復因子(好ましくはLINE1)又はマルチコピー遺伝子(好ましくはU1 RNA)のDNA断片化パターンの分析に基づいた、癌診断のための及び癌処置をモニタリンするための方法に関する。
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融解曲線を収集する自動分析用のシステム、方法及び装置が提供される。この分析は、融解された二本鎖ヌクレオチド配列(例えば、DNA又は他のヌクレオチド配列)のある種の特徴を同定することができる。例えば、配列(アンプリコンとも呼ばれる)における変化(例えば、突然変異)はこの分析から決定されてもよい。アンプリコンは、PCR又はリガーゼ連鎖反応(LCR)などの任意の増幅メカニズムを介して増幅されてもよい。自動化分析には、融解領域を同定すること、融解曲線を標準化すること、及び融解曲線をクラスタ化することが含まれ得る。
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【課題】先行技術の方法に付随する全ての課題を克服する、糖の構造分析のための方法を提供すること。
【解決手段】本発明は、以下の工程を包含する、糖の構造分析のための方法を提供する:a)表面上に、複数の本質的に配列特異的な結合因子および/または本質的に部位特異的な結合因子を提供する工程;b)表面を、分析される糖または糖の複数のフラグメントを含む混合物と接触させる工程;c)結合していない糖または糖フラグメントを洗浄または別の方法で除去する工程;d)工程c)で得られた表面に、本質的に配列特異的なマーカーおよび/もしくは本質的に部位特異的なマーカーまたは本質的に配列特異的なマーカーおよび/もしくは本質的に部位特異的なマーカーの混合物を添加する工程;e)表面に結合したマーカーの1つ以上の画像を得る工程;ならびにf)画像から分析される糖のアイデンティティに関する情報を引き出す工程。 (もっと読む)


本発明は、サブクラスIgG1又はIgG4のヒト免疫グロブリンあるいはサブクラスIgG2a又はIgG3のマウス免疫グロブリンのグリコシル化パターンの決定のための方法に関し、以下の工程:a)酵素IdeSを用いた酵素消化により前記免疫グロブリンをフラグメントに切断すること、b)酵素消化により得られる前記免疫グロブリンのフラグメントを、逆相高速液体クロマトグラフィーにより分離すること、c)工程b)において得られる前記免疫グロブリンの分離フラグメントを、マススペクトロメトリー分析に供すること、及びd)前記免疫グロブリンのグリコシル化パターンを、工程c)において得られるマススペクトロメトリーデータから決定すること、を含む。
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本発明は、生物学的反応及び化学反応を実施するためのシステム、装置、及び方法に関する。特に本発明は、生物学的アッセイ及び化学的アッセイへの試薬の供給のための破裂可能な液体パッケージングの使用に関する。
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本発明は、哺乳類細胞発現系から発現されたタンパク質において特定のグリカン構造を検出するための方法および材料に関する。本発明は、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞集団を、前記細胞によって産生される末端ガラクトース−α−1,3−ガラクトース残基を含有するグリカンを測定することで、評価するための方法であって、CHO細胞が、α−ガラクトシルトランスフェラーゼコード配列を発現するよう遺伝子操作されたものではない、方法を提供するものである。
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【課題】ドナー検体をレシピエントアレイ中の割り当てられた位置に設置し、アレイのコピーを提供し、各コピーで異なる生物学的分析を行うことにより、組織または他の細胞検体の迅速な分子プロファイリングを行う方法を提供する。
【解決手段】2つの非常に異なるタイプのアレイを組み合せて、癌およびトリソミーのようなさまざまな遺伝障害のマーカーとなり得る遺伝子のコピー数の変化を、高い解像度で迅速かつ正確に検出する方法。特定の遺伝障害に対応する、ゲノム上の特定の「標的」領域(核酸配列)を検出する方法。プローブを用いて特定の遺伝障害のスクリーニングおよび/または診断を行う方法。遺伝障害を治療するためにゲノム標的領域と相互作用する組成物、およびこれらの組成物を用いて遺伝障害を治療する方法。 (もっと読む)


本発明は、多重化FRET(Forster Resonance Energy Transfer)解析により試料中の検体を検出するための方法に関し、この方法は、エネルギー移動ドナー、スペクトル的に異なる複数の量子ドット種、及び検体を含む試料を提供するステップであって、上記検体は、上記エネルギー移動ドナーと第1の量子ドット種とにより提供される第1のエネルギー移動ドナー−アクセプターの組におけるエネルギー移動を仲介するように構成されており、上記エネルギー移動ドナーは、上記第1のエネルギー移動ドナー−アクセプターの組においてエネルギー移動ドナーとして作用するように構成されており、かつ、上記第1の量子ドット種は、上記第1のエネルギー移動ドナー−アクセプターの組においてエネルギー移動アクセプターとして作用するように構成されている、ステップと、上記試料に対し励起光源から励起光を照射するステップと、上記第1のエネルギー移動ドナー−アクセプターの組において、上記励起光により励起された上記エネルギー移動ドナーから上記第1の量子ドット種へと励起エネルギーが移動するステップであって、当該エネルギー移動が上記検体によって仲介されるステップと、上記励起エネルギーを受け取った後に上記第1の量子ドット種により放射された発光を検出するステップとを含む。
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レポーターキナーゼの活性を検出するためのアッセイであって、(i)上述のレポーターキナーゼをアッセイ混合物に添加するステップであり、上述のレポーターキナーゼを、ADPと接触させた後、数分間以下の間、生物発光試薬と接触させ、レポーターキナーゼをADPと接触させる前に、アッセイ混合物は、レポーターキナーゼ以外のキナーゼを実質的に含まないステップ及び
(ii)アッセイ混合物からの光出力を検出するステップを含む、アッセイが提供される。試料中の分析物の存在を検出するための方法及び上記のアッセイを使用して処理プロセスを検証するための方法もまた、提供される。これらのアッセイ及び方法を行なうためのデバイスがさらに提供される。 (もっと読む)


核酸分子を合成する方法が提供され、一局面において、当該方法は、第1平均融解温度を有するアセンブリオリゴヌクレオチドのセットと、第1平均融解温度よりも低い第2平均融解温度を有する外部増幅プライマーのセットとを含むPCR反応混合物中において、PCRによって全長テンプレート核酸分子をアセンブリする工程であって、第2平均融解温度よりも高い第1アニーリング温度へPCR反応混合物を供する工程を含む、前記アセンブリする工程と、PCR反応混合物中においてPCRによって全長テンプレート核酸分子を増幅する工程であって、全長テンプレート核酸分子への外部増幅プライマーのアニーリングを可能にする第2アニーリング温度へPCR反応混合物を供する工程を含む、前記増幅する工程を含む。

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ゲノムDNAにおけるDNA修飾剤のアクセス可能性を決定するための方法および組成物を提供する。

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【課題】核酸塩基配列中のGCの頻度が全領域に亘って一様であり、連続した20塩基以上の部分配列が既存データベース上の天然由来の配列とは一致せず、10塩基以上の連続した繰り返し配列を含まないことを特徴とし、さらに高次構造を形成しない塩基配列からなる核酸標準物質の提供。
【解決手段】GC含量に偏りにない10,000塩基長以上の核酸標準物質、典型的には特定の配列に示される核酸及びそのフラグメントからなる核酸標準物質は、天然に存在する配列と一致する配列を連続して20塩基以上有せず、10塩基以上連続した繰り返し配列を有せず、かつ高次構造をとらない優れた核酸標準物質であり、数千から数万塩基長の塩基配列からなる、GC含量が一定である核酸標準物質を作成した。 (もっと読む)


【解決手段】 本発明はバイオポリマーサンプルについて構造的情報を得る方法を提供するものである。この方法は、DNAまたはRNAのようなバイオポリマーの一部を標識する工程、場合によっては、バイオポリマーを線形化する工程、及び、標識の間の距離を測定する工程を含む。使用者はそれにより、異なるサンプルの質的な比較及び側面領域におけるヌクレオチドの付加及び欠失のため与えられたサンプルの分析と、異なるサンプル間の距離を比較することができる。この方法はまた、バイオポリマーの配列決定も可能にする。
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【課題】多種の標的因子を再現可能・敏感・低コストの方法で検出することができるシステムを提供すること。
【解決手段】試料内の標的因子の存在が、プローブの立体構造の検出可能な変化と関連づけられるように考案された少なくとも一つのプローブを含む。本発明のプローブは、標的因子とプローブとの連合を、あるハイブリダイゼーション状態から他のハイブリダイゼーション状態に検出可能に変化することによって報知する核酸ベースのシグナルトランスデューサーを含む。 (もっと読む)


【課題】空気酸化に抵抗性のある等電点マーカー蛋白質の提供、及び当該等電点マーカー蛋白質を等電点の内部標準として用いる、蛋白質の分離、同定、解析方法の提供。
【解決手段】L−システインおよびL−メチオニンを含まない、下記式(1)で示されるアミノ酸配列からなる蛋白質を等電点マーカー蛋白質として用い、蛋白質の分離、同定、解析方法における内部標準とする。
式(1)
1−R2−R3
(式中、R1は、天然の機能性蛋白質に由来するアミノ酸配列であって、そのアミノ酸配列中のL−システインおよびL−メチオニンが全て他のアミノ酸に置換された変異蛋白質のアミノ酸配列を表す。
2は、L−システインおよびL−メチオニン以外の同一のアミノ酸2〜10個で構成されるスペーサー配列であり、
は、アミノ酸が付加されないか、又はL−アスパラギン酸、L−グルタミン酸、L−アルギニン、L−リジンの4種類から選ばれた1種類のアミノ酸の1〜15個で構成されるアミノ酸配列を表す。)。 (もっと読む)


本発明は、トランスポザーゼ及びトランスポゾン末端を用いて二本鎖標的DNAをインビトロで広範に断片化及び5’タグ化し、次いで、DNAポリメラーゼを用いて、PCR増幅反応を行わずに5’及び3’がタグ化された一本鎖DNA断片を作製する、方法、組成物、及びキットであって、5’末端の第1のタグが転移トランスポゾン末端の配列及び必要に応じて更なる任意配列を示し、3’末端の第2のタグが第1のタグが示す配列とは異なる配列を示す、方法、組成物、及びキットを提供する。方法は、環境試料中のDNAのメタゲノム分析、DNAのコピー数変化(CNV)分析、及び大規模並列DNAシークエンシング(いわゆる「次世代シークエンシング)等の比較ゲノムシークエンシング(CGS)のプロセスを初めとする種々のプロセスで使用するための5’及び3’タグ化DNA断片の作製に有用である。 (もっと読む)


【課題】プラスミドDNAの抽出操作を簡略化し、試薬の使用量を削減し、操作にかかる時間を短縮する方法を提供する。
【解決手段】アルカリ金属水酸化物塩と陰イオン界面活性剤とを含む細胞溶解液によって微生物細胞を溶解し、ライセートを調製する。次に、このライセートをアルカリ土類金属を交換性陽イオンとして保持する陽イオン交換体、および水素イオンを交換性陽イオンとして保持する陽イオン交換体と接触させる。次に、固液分離を行ってプラスミドDNAを含有する溶液を回収する。 (もっと読む)


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