【課題】特定の遺伝子配列上の改変に基づくのではなく、より汎用的にゲノムの構造を解析して、染色体再編成の変遷及び不安定領域を推定することが可能な、情報処理装置、情報処理方法及びプログラムを提供すること。
【解決手段】本発明に係る情報処理装置は、一つ以上の文字からなる文字列を表す文字列データを取得するデータ取得部と、前記データ取得部によって取得された前記文字列データを解析して、当該文字列データが表す文字列内における相同する文字列断片を抽出し、抽出した相同する文字列断片の存在位置及び相同関係に応じて系統解析を行う系統解析部と、を備える。 （もっと読む）

【課題】 従来行われてきた遺伝子配列の相同性に基づく系統解析は、同じ種類の分子の進化速度が一定であるとの前提に基づいているので、同じ種類の遺伝子間での分析しかできないという欠点がある。
【解決手段】 本発明者は、各遺伝子におけるコドンに対応するアミノ酸の物性値とコドンの組成比を分析することで新たな遺伝子の進化的性質を見出した。
第一に、Ｇ＋Ｔの対称性によるコドンに対応するアミノ酸の親水性疎水性指標値の期待値は、真正細菌、古細菌および真核生物の指標となる。
第二に、Ｇ＋Ｃの対称性によるコドンの組成比の遺伝子集合における標準偏差は、高次機能を有する生物種の指標となる。
第三に、Ｇ＋Ａの対称性によるコドンに対応するアミノ酸の分子量の期待値は、極限環境で生育できる生物種の指標となる。
以上の知見に基づいて、遺伝子集合のコドン情報に基づいて生物種を分類する方法を完成させた。 （もっと読む）

【課題】 従来行われてきた遺伝子配列の相同性に基づく系統樹による解析は、同じ種類の分子の進化速度が一定であるとの前提に基づいているので、同じ種類の遺伝子間での分析しかできないという欠点がある。
【解決手段】 本発明者は、複数の生物種が有する遺伝子集合の塩基組成比を遺伝子別に分析することで、第一に、すべての生物の遺伝子のＧ＋Ｔは、ほぼ０．５であるという普遍的な分子の性質を、第二に、遺伝子のＧ＋Ｃは多様であり、高次機能を有する真核生物の遺伝子のＧ＋Ｃの分布のばらつきは大きいという進化的性質を、第三に、極限環境で生育している古細菌の遺伝子は、ピリミジン残基（Ｃ＋Ｔ）に比べて分子の大きさの大きいプリン残基（Ｇ＋Ａ）の比率が大きいという進化的性質をそれぞれ見出した。この知見に基づいて、任意の種類の遺伝子集合の配列情報に基づいて生物種を分類する新たな方法を完成させた。 （もっと読む）