【課題】上皮成長因子受容体（「ＥＧＦｒ」）変異、変異体ＥＧＦｒポリペプチドを提供する。
【解決手段】上皮成長因子受容体（ＥＧＦｒ）、ホスファチジルイノシトール３’−キナーゼ（“ＰＩ３Ｋ”）及びＢ−Ｒａｆの変異。ＥＧＦｒに対するヒトモノクローナル抗体を用いて、変異されたＥＧＦｒを含有する腫瘍を治療する方法。試料中の１つ又はそれ以上の、変異体ＥＧＦｒ、変異体ＰＩ３Ｋ及び／又は変異体Ｂ−Ｒａｆの存在を確認するための方法及びキット並びに変異体ＥＧＦｒ、変異体ＰＩ３Ｋ及び／又は変異体Ｂ−Ｒａｆの存在に関連する疾患又は症状を治療するための方法及びキット。変異体ＥＧＦｒ、変異体ＰＩ３Ｋ及び／又は変異体Ｂ−Ｒａｆを含有する腫瘍を治療する方法。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項２】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなる単離されたポリペプチド。
【請求項３】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
配列番号１５、配列番号１６及び配列番号１７から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項６】
配列番号１５、配列番号１６及び配列番号１７から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなる単離されたポリペプチド。
【請求項７】
配列番号１５、配列番号１６及び配列番号１７から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
配列番号１５、配列番号１６及び配列番号１７から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
配列番号１９及び配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項１０】
配列番号１９及び配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなる単離されたポリペプチド。
【請求項１１】
配列番号１９及び配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１２】
配列番号１９及び配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１３】
請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかの少なくとも１つの単離されたポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項１４】
請求項１３のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１５】
請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかの単離されたポリヌクレオチドで形質転換された細胞。
【請求項１６】
ポリペプチド産生に対して効果的な条件下で、請求項１４の宿主細胞を培養することを含む、ポリペプチドを調製する方法。
【請求項１７】
ポリペプチドを単離することをさらに含む、請求項１６の方法。
【請求項１８】
ポリペプチド産生に対して効果的な条件下で、請求項１５の細胞を培養することを含む、ポリペプチドを調製する方法。
【請求項１９】
ポリペプチドを単離することをさらに含む、請求項１８の方法。
【請求項２０】
請求項１６の方法によって調製されたポリペプチド。
【請求項２１】
請求項１８の方法によって調製されたポリペプチド。
【請求項２２】
異種ポリペプチドに融合された請求項１、２、５、６、９及び１０の何れかの単離されたポリペプチドを含む融合タンパク質。
【請求項２３】
請求項１、２、５、６、９及び１０の何れかの単離されたポリペプチドに結合することができる特異的結合因子。
【請求項２４】
抗体、重鎖及び軽鎖がリンカーによって接続されている抗体、一本鎖Ｆｖ抗体、免疫学的に機能的な免疫グロブリン断片、Ｆａｂ抗体、Ｆａｂ’抗体、（Ｆａｂ’）_２抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、抗イディオタイプ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト化抗体並びに配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドへのＥＧＦの結合を阻害する抗体から選択される少なくとも１つの分子から選択される、請求項２３の特異的結合剤。
【請求項２５】
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つの配列を含む少なくとも１つのポリペプチドを動物に投与すること、並びに
配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つのポリペプチドに結合できる抗体を前記動物から取得すること、
を含む、配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つのポリペプチドを結合できる抗体を取得する方法。
【請求項２６】
請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかのポリヌクレオチドを含むトランスジェニック非ヒト動物。
【請求項２７】
固相支持体に付着された、請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかのポリヌクレオチド。
【請求項２８】
固相支持体に付着された、請求項１、２、５、６、９及び１０の何れかのポリペプチド。
【請求項２９】
請求項３、４、７、８、１１及び１２の何れかの少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドのアレイ。
【請求項３０】
請求項１、２、５、６、９及び１０の何れかの少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドのアレイ。
【請求項３１】
Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異を含む、変異体ＲＧＦｒポリヌクレオチドの領域をコードするポリヌクレオチドにハイブリッド形成するか、又は前記ポリヌクレオチドの相補物にハイブリッド形成する核酸プローブ。
【請求項３２】
（ａ）対象から得られた試料中での、請求項１及び２の何れかのポリペプチドの発現の存在又は量を測定すること、並びに
（ｂ）前記ポリペプチドの発現の存在又は量に基づいて、１つ又はそれ以上のＥＧＦｒ変異に関連した疾病又は症状を診断することを含む、
対象中の１つ又はそれ以上のＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を診断する方法。
【請求項３３】
（ａ）試料中での、請求項１及び２の何れかのポリペプチドの発現の存在又は量を測定すること、並びに
（ｂ）前記ポリペプチドの発現の存在又は量に基づいて、１つ又はそれ以上のＥＧＦｒ変異に関連した疾病又は症状に対する感受性を診断することを含む、
対象中の１つ又はそれ以上のＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状に対する感受性を診断する方法。
【請求項３４】
（ａ）変異体ＥＧＦｒポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドにハイブリッド形成するプローブに試料を曝露すること（前記領域は、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異を含む。）並びに、
（ｂ）前記試料中の変異体ＥＧＦｒポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在又は不存在を測定することを含む、
試料中の変異体ＥＧＦｒポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在又は不存在を測定する方法。
【請求項３５】
（ａ）変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの領域をコードするポリヌクレオチドにハイブリッド形成するプローブに試料を曝露すること（前記領域は、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異をコードする。）並びに、
（ｂ）前記試料中の変異体ＥＧＦｒ変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在を測定することを含む、
試料中の変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在を測定する方法。
【請求項３６】
対象中のＥＧＦｒ関連癌を診断する方法であり、前記対象から得た試料中における、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含む少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在を測定することを含み、前記少なくとも変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在が前記対象中のＥＧＦ関連癌を診断する、前記方法。
【請求項３７】
対象中のＥＧＦｒ関連癌を診断する方法であり、前記対象から得た試料中における、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含むポリペプチドをコードする少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの存在又は不存在を測定することを含み、前記少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの存在が前記対象中のＥＧＦ関連癌を診断する、前記方法。
【請求項３８】
対象中のＥＧＦｒ関連癌の発生の可能性を決定する方法であり、前記対象から得た試料中における、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含む少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在又は不存在を測定することを含み、前記少なくとも変異体ＥＧＦｒポリペプチドの存在が前記対象中のＥＧＦｒ関連癌の発生の可能性を示す、前記方法。
【請求項３９】
対象中のＥＧＦｒ関連癌の発生の可能性を決定する方法であり、前記対象から得た試料中における、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含むポリペプチドをコードする少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの存在又は不存在を測定することを含み、前記少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリヌクレオチドの存在が前記対象中のＥＧＦ関連癌の発生の可能性を示す、前記方法。
【請求項４０】
ＥＧＦｒ関連癌が非小細胞肺癌である、請求項３６、３７、３８及び３９の何れかの方法。
【請求項４１】
（ａ）請求項１４又は１５の何れかの細胞を検査化合物と接触させること、及び
（ｂ）前記検査化合物が変異体ＥＧＦｒポリペプチドの活性を調節するかどうかを検出すること、
を含む、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つの変異を含む少なくとも１つの変異体ＥＧＦｒポリペプチドの活性の調節物質に対するスクリーニングの方法。
【請求項４２】
請求項４１の方法によって同定された化合物。
【請求項４３】
少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状に対する治療を必要とする対象に、請求項４２の化合物を投与することを含む、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を治療する方法。
【請求項４４】
（ａ）対象から得られたポリヌクレオチド中の少なくとも１つのＥＧＦｒ変異を検出すること（少なくとも１つのＥＧＦｒ変異の検出は、少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を発症することに対して、患者が増加した感受性を有することを示す。）、
（ｂ）変異体ＥＧＦｒポリペプチドを特異的に結合する抗体を前記対象に投与することを含む、
少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状に対して対象を治療する方法。
【請求項４５】
（ａ）対象から得られたポリヌクレオチド中の少なくとも１つのＥＧＦｒ変異を検出すること（少なくとも１つのＥＧＦｒ変異の検出は、患者が少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を有することを示す。）、及び
（ｂ）変異体ＥＧＦｒポリペプチドを特異的に結合する抗体を前記対象に投与することを含む、
少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状に対して対象を治療する方法。
【請求項４６】
抗体がヒト抗体である、請求項４４の方法。
【請求項４７】
抗体がパニツムマブ又はその抗原結合領域である、請求項４６の方法。
【請求項４８】
ＥＧＦｒ変異の少なくとも１つが、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される、請求項４４の方法。
【請求項４９】
少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状が非小細胞肺癌である、請求項４４の方法。
【請求項５０】
少なくとも１つのＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を治療する方法であり、このような治療を必要とする対象に、請求項３及び４の何れかのポリヌクレオチドに対してアンチセンスのポリヌクレオチドを投与することを含む、前記方法。
【請求項５１】
（ａ）集団中の個体の遺伝的プロファイル中に少なくとも１つのＥＧＦｒ変異の存在を測定すること、並びに
（ｂ）変異体ＥＧＦｒ遺伝的プロファイルと前記個体の特異的特徴との間の関係を確定することを含む、
個体の特異的集団において、変異体ＥＧＦｒ集団プロファイルを確定する方法。
【請求項５２】
個体の特異的特徴が、ＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を発症する感受性を含む、請求項５１の方法。
【請求項５３】
個体の特異的特徴が、ＥＧＦｒ変異に関連する疾病又は症状を呈することを含む、請求項５１の方法。
【請求項５４】
対象の変異体ＥＧＦｒポリペプチド中のＥＧＦｒ変異Ｔ７９０Ｍの存在又は不存在を測定することを含み、１つ又はそれ以上の変異体ＥＧＦｒポリペプチド中のＥＧＦｒ変異Ｔ７９０Ｍの存在がゲフィチニブを用いた治療に対する耐性を示す、対象中の疾病又は症状に対するゲフィチニブ治療の効力を予測する方法。
【請求項５５】
対象中のＥＧＦｒ変異Ｔ７９０Ｍの存在又は不存在を測定することを含む、癌に罹患する対象中の抗ＥＧＦｒ抗体を用いた治療に対する応答性を測定する方法。
【請求項５６】
抗体がパニツムマブ又はセツキシマブである、請求項５５の方法。
【請求項５７】
変異体ＥＧＦｒポリペプチドの領域をコードするポリヌクレオチドにハイブリッド形成するプローブを含む（前記領域は、Ｌ６８８Ｐ、Ｑ７０１Ｈ、Ｋ７４５Ｎ、Ｃ７８１Ｒ、アミノ酸７７１と７７２の間のヒスチジン挿入、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８２８停止、Ｑ８４９Ｒ、Ｆ９１０Ｌ及びＶ９４８Ａから選択される少なくとも１つのＥＧＦｒ変異を含む。）、対象中の変異体ＥＧＦｒポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを検出するためのキット。
【請求項５８】
２つ又はそれ以上の増幅プライマーをさらに含む、請求項５７のキット。
【請求項５９】
検出部分をさらに含む、請求項５７のキット。
【請求項６０】
核酸試料採取要素をさらに含む、請求項５７のキット。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５Ａ】

【図５Ｂ】

【図５Ｃ】

【図５Ｄ】

【図５Ｅ】

【図５Ｆ】

【図６Ａ】

【図６Ｂ】

【図６Ｃ】

【図６Ｄ】

【図６Ｅ】

【図６Ｆ】

【図６Ｇ】

【図６Ｈ】

【図６Ｉ】

【図６Ｊ】

【図６Ｋ】

【図６Ｌ】

【図６Ｍ】

【図６Ｎ】

【図６Ｏ】

【図６Ｐ】

【図６Ｑ】

【図６Ｒ】

【図６Ｓ】

【図６Ｔ】

【図６Ｕ】

【図６Ｖ】

【図６Ｗ】

【図６Ｘ】

【図６Ｙ】

【図６Ｚ】

【図７Ａ】

【図７Ｂ】

【図７Ｃ】

【図７Ｄ】

【図７Ｅ】

【図７Ｆ】

【図７Ｇ】

【図７Ｈ】

【図８Ａ】

【図８Ｂ】

【図８Ｃ】

【図８Ｄ】

【図８Ｅ】

【図８Ｆ】

【公開番号】特開２０１２−１４９０７０（Ｐ２０１２−１４９０７０Ａ）
【公開日】平成２４年８月９日（２０１２．８．９）
【国際特許分類】
【外国語出願】
【出願番号】特願２０１２−４９０１２（Ｐ２０１２−４９０１２）
【出願日】平成２４年３月６日（２０１２．３．６）
【分割の表示】特願２００７−５５７２１２（Ｐ２００７−５５７２１２）の分割
【原出願日】平成１８年２月２３日（２００６．２．２３）
【出願人】（５０００４９７１６）アムジエン・インコーポレーテツド (242)
【Ｆターム（参考）】