体液性免疫反応を高めるためのシステム及び方法
【課題】
【解決手段】
本出願は、一般に、検出及び／又は治療のための、システム及び／又は方法に関する。
【解決手段】
本出願は、一般に、検出及び／又は治療のための、システム及び／又は方法に関する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願に対する相互参照
本出願は、下記に列挙する出願（単数又は複数）（「関連出願」）に関し、該出願の、利用できるもっとも早い有効登録日付を主張し（例えば、暫定特許出願以外の、利用できるもっとも早い優先日付を主張する；暫定特許出願に関する米国特許法第３５条１１９（ｅ）項の下に利益を主張する）、且つ、下記に列挙する出願（「関連出願」）の全ての主題を、参照することによりその全体を本出願に含める。本出願はまた、該関連出願の親出願、祖母出願、曾祖母出願等の、利用できるもっとも早い有効登録日付を主張し、且つ、その任意の、及び全ての主題を、参照することにより、その全体を本出願に含める。米国特許商標庁（ＵＳＰＴＯ）は、下記の内容の告示を公刊した。すなわち、ＵＳＰＴＯのコンピュータプログラムの必要から、出願者がある出願を参照する場合、該出願の連続番号、及び該出願が、継続か、部分的継続であるかを報知しなければならない、と言う内容である。本出願人は、先に特許法の記述に従って、下記に、それに基づいて優先権を主張する出願に対する特異的参照を提出した。本出願人は、特許法の特異的参照に関する言語は明晰であり、連続番号も、その他の特定事項、例えば、「継続」、又は「部分的継続」を必要としないことを理解する。この発言にも拘わらず、本出願人は、ＵＳＰＴＯのコンピュータプログラムはいくつかのデータ記入要求を有することを理解する。従って、本出願人は、本出願が、その親出願の部分的継続であると表示するが、しかし、その表示は、本発明が、その親出願の事物の上に更に何か新たな事物を含むかどうか、に関する何かの言及、及び／又は、容認であると、いかなる意味でも解釈してはならないと、ここに宣告する。
関連出願：
１．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫システム改善に関連するシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＴＯ ＩＭＰＲＯＶＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＳＹＳＴＥＭ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ． Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ，Ｊｒ．、登録日付：２００４年８月２４日、ＵＳＡＮ １０／９２５，９０４、の部分的継続を構成する。
２．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫反応を高めるシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＦＯＲ ＨＥＩＧＨＴＥＮＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌ．Ｗｏｏｄ，Ｊｒ、登録日付：２００４年８月２５日、ＵＳＡＮ １０／９２６，７５３、の部分的継続を構成する。
３．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫システムの増強に関連するシステム及び方法」（“Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＴＯ ＡＵＧＭＥＮＴＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ，Ｊｒ．、登録日付：２００４年８月２４日、ＵＳＡＮ １０／９２５，９０５、の部分的継続を構成する。
４．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫システムの強化に関連するシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＴＯ ＥＮＨＡＮＣＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＳＹＳＴＥＭ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ Ｊｒ．、登録日付：２００４年８月２４日、ＵＳＡＮ １０／９２５，９０２、の部分的継続を構成する。
５．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫反応を拡大するためのシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＦＯＲ ＭＡＧＮＩＦＹＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ Ｊｒ．、登録日付：２００４年８月２５日、ＵＳＡＮ １０／９２６，８８１、の部分的継続を構成する。
６．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫反応を変調するためのシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＦＯＲ ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ Ｊｒ．、登録日付：２００４年１２月２日、ＵＳＡＮ＿＿（指定の予定）の部分的継続を構成する。
７．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「体液免疫反応を増強するためのシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＦＯＲ ＡＵＧＭＥＮＴＩＮＧ Ａ ＨＵＭＯＲＡＬ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ Ｊｒ．、登録は本出願と同時に行われた出願、の部分的継続を構成する。
【０００２】
技術分野
本発明は、一般的に、検出及び／又は治療に関する。
【発明の開示】
【０００３】
概要
一つの態様において、本発明は、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するステップと；宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットと；を形成することを含むが、ただしそれらに限定されない。前記に加え、他の方法態様が、本出願の部分を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【０００４】
一つの態様では、システムは、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備する回路と；宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する回路と；を含むが、ただしそれらに限定されない。前記に加え、他のシステム態様が、本出願の部分を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【０００５】
一又はそれ以上の様々な態様において、関連システムは、本明細書に引用される方法態様を実行するための回路及び／又はプログラミングを含むが、ただしそれらに限定されない；すなわち、回路及び／又はプログラミングは、システムデザイナーのデザイン選択に応じて、本明細書に参照される方法を実行するよう構成される、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアの、ほぼ任意の組み合わせであってもよい。
【０００６】
一つの態様では、システムは、コンピュータ読み取り可能な媒体であって、限定されないが、コンピュータシステムと共に使用される少なくとも一つのコンピュータプログラムを含み、前記少なくとも一つのコンピュータプログラムは、複数の指令：すなわち、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するための１個又はそれ以上の指令と；宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；を含む複数の指令を含むコンピュータ読み取り可能な媒体を含むが、ただしそれに限定されない。前記に加え、他のシステム態様が、本出願の部分を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【０００７】
一つの態様では、方法は、限定されないが：宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備するステップと；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成するステップと；を含む。前記に加え、他の方法態様が、本出願の部分を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【０００８】
一又はそれ以上の様々な態様において、関連システムは、限定されないが、本明細書に参照される方法態様を実行するための回路、及び／又はプログラミングを含む；すなわち、回路、及び／又はプログラミングは、システムデザイナーのデザイン選択に応じて、本明細書に参照される方法態様を実行するよう構成される、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアの、ほぼ任意の組み合わせであってもよい。
【０００９】
一つの態様において、プログラム製品は、限定されないが：少なくとも１個の信号担持媒体であって、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備するための１個又はそれ以上の指令と；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；を含む信号担持媒体を含む。前記に加え、他のプログラム製品態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１０】
一つの態様では、方法は、限定されないが、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のエピトープを準備するステップと；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のエピトープセットを形成するステップと；を含む。前記に加え、他の方法態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１１】
一又はそれ以上の様々な態様において、関連システムは、限定されないが、本明細書に参照される方法態様を実行するための回路及び／プログラミングを含む；すなわち、回路及び／又はプログラミングは、システムデザイナーのデザイン選択に応じて、本明細書に参照される方法態様を実行するよう構成される、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアの、ほぼ任意の組み合わせであってもよい。
【００１２】
一つの態様において、プログラム製品は、限定されないが、少なくとも１個の信号担持媒体であって、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のエピトープを準備するための１個又はそれ以上の指令と；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のエピトープセットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；を含む信号担持媒体を含む。前記に加え、他のプログラム製品態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１３】
一つの態様では、方法は、限定されないが、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備するステップと；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成するステップと；を含む。前記に加え、他の方法態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１４】
一又はそれ以上の様々な態様において、関連システムは、限定されないが、本明細書に参照される方法態様を実行するための回路及び／プログラミングを含む；すなわち、回路、及び／又はプログラミングは、システムデザイナーのデザイン選択に応じて、本明細書に参照される方法態様を実行するよう構成される、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアの、ほぼ任意の組み合わせであってもよい。
【００１５】
一つの態様において、プログラム製品は、限定されないが、少なくとも１個の信号担持媒体であって、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備するための１個又はそれ以上の指令と；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；を含む信号担持媒体を含む。前記に加え、他のプログラム製品態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１６】
前記に加え、種々の他の方法及びシステム態様が、本出願の本文（例えば、請求項及び／又は詳細な説明）、及び／又は図面において記述され、記載される。
【００１７】
前記は概要であり、従って、必然的に、詳細の単純化、一般化、省略である。それ故、当業者であれば、概要は単に例示のものに過ぎず、いかなる意味でも限定的であることが意図されないことが了解されるであろう。本出願に記載される装置及び／又は工程の、他の態様、発明特性、及び利点は、請求項においてのみ定められるものであるが、本出願に記述される、詳細な、非限定的記載において明らかになろう。
【００１８】
異なる図面における同じ記号の使用は、通常、類似の、又は同一の品目であることを示す。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１９】
詳細な説明
本出願は、提示を明瞭とするために、公式的な概略題目を用いる。しかしながら、これらの概略題目は、表示目的のためのものであり、種々のタイプの主題が、出願全体を通じて議論されることが可能であることを理解しなければならない（例えば、装置／構造体は、過程／操作題目の下に記載されてもよいし、及び／又は、過程／操作が、構造体／過程題目の下に議論されてもよい）。従って、公式的概略題目の使用は、いかなる意味でも限定的であることを意図するものではない。
【００２０】
図面を、ここでは図１を参照すると、主題技術の、及び／又は、主題技術のための例示の環境として役立つシステムの一つの態様、例えば、介在因子によって提示されるエピトープ、及び／又は、コンピュータ分析可能なエピトープを変調するための免疫反応成分を表示するためのコンピュータ法として機能を果たすことができるシステムの一態様を描写する。従って、本出願は先ず、図１のある特定の例示のシステムを記載する；その後、本出願は、ある特定の例示の構造体及び過程を具体的に説明する。当業者であれば、本明細書に記載される特定の構造体及び過程は、より一般的な対照物の単なる例示として意図されていることが明らかであろう。当業者にはまた、エピトープ−抗体、コンピュータ分析可能なエピトープ−抗体相互作用、免疫細胞受容体−エピトープ及び／又は免疫細胞分泌産物−エピトープ、及び／又は抗原−抗体相互作用は、エピトープ、コンピュータ分析可能なエピトープ、及び／又は抗原と免疫反応成分の例示の相互作用であることが了解されるであろう。従って、相互作用の正確な性質は変動しても、本明細書、及び／又は、他の関連出願に記載されている全体像は、エピトープ、コンピュータ分析可能エピトープ、及び／又は抗原と相互作用を有する免疫反応成分の相互作用に関する。本明細書で用いる「エピトープ」４０２という用語は、意味上合致していれば、コンピュータ分析可能なエピトープ、抗原、パラトープ結合部位、抗原決定基、及び／又は、決定基と相互交換的に使用されてもよい。
【００２１】
Ａ．構造体及びシステム
図１を更に続けると、主題技術の、及び／又は主題技術のための例示の環境としての機能を果たすシステムの部分図を描写する。１人又はそれ以上のユーザー１１０が、コンピュータプログラム１０２、例えば、疾病、障害、及び／又は病態に関連するコンピュータ分析可能な属性を特定するためのコンピュータシステム１００を使用してもよい。コンピュータプログラム１０２は、１つ又はそれ以上の指令セット、例えば、ホストにおける免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するための指令を含んでもよい。一つの態様では、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性は、ユーザー定義のパラメータ、例えば、限定されないが、サイズ、介在因子のタイプ、及び／又は宿主のタイプを含むパラメータに応じて準備されてもよい。指令は、汎用コンピュータ、又はマイクロプロセッサーに負荷された場合、新規の機械を創出するようにプログラムされている。なぜなら、汎用コンピュータは、一旦それが、プログラムソフトウェアからの指令に関連して特定の機能を実行するようにプログラムされると、特定仕様コンピュータとなるからである。すなわち、ソフトウェアプログラムの指令は、汎用コンピュータを、該装置内に電気経路を創出することによって電気的に変えてもよい。これらの電気経路は、ある実施態様では、特定のプログラムを実行するための回路を有する、特定仕様機械を創出してもよい。コンピュータプログラム１０２は、ホスト１０４の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セット、例えば、宿主１０４の免疫反応の少なく共一部を変調するために操作することが可能な、セットの、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を形成するための回路を発生させる指令を含んでもよい。コンピュータプログラム１０２は、例えば、医療担当者、研究者、又は検査室職員、又はその装置からの入力を受信してもよい。ユーザーインターフェイスが、コンピュータプログラム１０２への接触を供給するように結合されてもよい。一つの実施態様では、コンピュータプログラム１０２は、情報を保存するデータベース１０６にアクセスし、出力１０７をコンピュータシステム１００に転送してもよい。一つの例示の実施態様では、フィードバックループが、コンピュータプログラム１０２とデータベース１０６の間に設定される。出力１０７は、コンピュータプログラム１０２にフィードバックされ、及び／又はコンピュータシステム１００に表示されてもよい。本システムは、研究ツールとして、治療を更に進めるためのツール等として使用されてもよい。本フィードバックスキームは、本明細書に及び他の場所に記載されるように反復過程において有用である可能性がある。
【００２２】
図面を、ここでは図２を参照すると、主題技術の、及び／又は該主題技術のための例示の環境として参考になるシステムの部分図が描写されている。データベース１０６、データ２００は、及び／又は、出力１０７は、各種入力機構、例えば、医学システムを介するロボット及び／又はユーザー入力２０４、製造システムを介するロボット及び／又はユーザー入力２０５、又は、検査室システムを介するロボット及び／又はユーザー入力２０６を含むが、それらに限定されない、入力機構によってアクセスされてもよい。データ２００に対するアクセスは、例えば、データの更にそれ以上の操作のために実現されてもよい。
【００２３】
図面を、ここでは図３を参照すると、描かれるものは、主題技術の、及び／又は該主題技術のための例示の環境として参考になるシステムの部分図である。一つの態様では、システム３００は、宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するための成分及び／又は回路３０４を含んでもよい。システム３００はまた、宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、セットの、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を形成するための成分及び／又は回路３０６を含んでもよい。当業者であれば、本明細書に開示される実施態様のいくつかの態様は、１個又はそれ以上のコンピュータの上を走る１種又はそれ以上のコンピュータプログラムとして（例えば、１個又はそれ以上のコンピュータシステムの上を走る１種又はそれ以上のプログラムとして）、１個又はそれ以上のプロセッサーの上を走る１種又はそれ以上のプログラムとして（例えば、１個又はそれ以上のマイクロプロセッサーの上を走る１種又はそれ以上のプログラムとして）、ファームウェアとして、又は、任意のそれらの組み合わせとして、標準的な集積回路に、全部又は一部を等価的に導入することが可能であること、及び、該ソフトウェア及び／又はファームウェアのための回路を設計すること、及び／又は、コードを書くことは、本開示に照らせば、当業者の技能の範囲内にあることが認識されよう。
【００２４】
図３を更に続けると、システム３００は、特定可能なタイプ３１６のデータベース３１４、例えば、ヒトデータベース、宿主データベース、病原体データベース、植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウィルスデータベース、真菌データベース、原生生物データベース、前核細胞データベース、真核細胞データベース、生物学データベース、遺伝学データベース、ゲノムデータベース、構造データベース、ＳＮＰデータベース、免疫学データベース、エピトープマッピングデータベース、及び／又は疫学データベースを含むデータベースと結合されてもよい。出力３１０は、プロトコール３１２の形で、例えば、限定されないが、処置プロトコール、予防プロトコール、治療プロトコール、介入プロトコール、用量プロトコール、投与パターン（空間、時間、又はこれらの組み合わせ）プロトコール、効果的ルートプロトコール、及び／又は、用量プロトコールの持続時間を含むプロトコールの形で表示されてよい。一つの態様では、出力３１０のタイプはユーザーによって選択されてもよい。
【００２５】
様々な態様において、コンピュータシステム１００、コンピュータプログラム１０２、及び／又は回路は、コンピュータ分析可能なエピトープのパターン変化、及びコンピュータ分析可能なエピトープの配列を決定するための予測プログラムを含む。他の各種態様において、コンピュータシステム１００、コンピュータプログラム１０２、及び／又は回路は、介在因子のコンピュータ分析可能なエピトープのパターン変化によって影響される疾病の進行経過を決定するための予測アルゴリスムを含む。
【００２６】
様々な態様において、コンピュータシステム１００、コンピュータプログラム１０２、及び／又は回路は、介在因子が、宿主において自らを確立し、疾病、障害、及び／又は、管理を必要とする病態を引き起こす能力を抑えるための免疫反応成分を設計し、選択するためのコンピュータモデルソフトウェアを含む。
【００２７】
他の各種態様において、コンピュータシステム１００、コンピュータプログラム１０２、及び／又は回路は、他のコンピュータ系システムと相互作用を持ち、コンピュータ分析可能なエピトープを変調するための免疫反応成分の選択に関連する情報を取り込むためのソフトウェアを含む。
【００２８】
図面を、ここでは図４を参照すると、免疫反応成分、例えば、限定されないが、、抗体４０４が、例えば、介在因子４００を含む相互作用の結果として、介在因子４００によって提示されるエピトープ４０２と行う例示の相互作用の一つの態様の模式図が示される。
【００２９】
本明細書で用いる「免疫反応成分」という用語は、限定されないが、マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ（細胞膜抗原、ｃｌｕｓｔｅｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ）分子、ＣＤ３分子、ＣＤ１分子、Ｂ−リンパ球、抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、抗体断片、及び／又は、合成抗体、及び／又は、抗原又はそのエピトープに、特異的に及び／又は有用に結合する可能性のある免疫系の任意の成分の少なくとも一部を含む。
【００３０】
本明細書で用いられる「介在因子」４００という用語は、限定されないが、生物体、ウィルス、依存性ウィルス、連結ウィルス、細菌、酵母、カビ、菌、原生生物、古細菌、マイコプラズマ、ファージ、マイコバクテリウム、ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチァ、ナノ細菌、プリオン、伝染性海綿状脳症（ＴＳＥ）の原因因子、多細胞寄生生物、タンパク、感染性タンパク、ポリペプチド、ポリリボヌクレオチド、ポリデオキシリボヌクレオチド、ポリグリコペプチド、核酸、感染性核酸、ポリマー核酸、代謝副産物、細胞副産物、及び／又は毒素を含んでもよい。「介在因子」４００という用語は、限定されないが、ある疾患又は障害の予想原因因子、又は、例えば、治療標的、中和標的、及び／又は、その除去、分解、又は機能的変性が宿主にとって有利であることが判明している標的と見なされる細胞又は成分を含む。「介在因子」４００という用語はまた、限定されないが、中和される細胞、及び／又は、その除去、又は機能的変性が宿主にとって有利であることが判明している細胞の、副産物又は出力を含む。更に、「介在因子」４００という用語は、一次的対象の介在因子として同じ科又はグループに属する介在因子、又は、一次的対象の介在因子に対し、共通の及び／又は生物学的機能を現す介在因子を含んでもよい。
【００３１】
本明細書で用いる「抗体」という用語は、可能なもっとも広い意味で使用され、限定されないが、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、及び／又は抗体断片を含んでもよい。「抗体」４０４という用語はまた、抗体タイプ、例えば、限定されないが、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及び／又はＩｇＭ、及び／又は、サブタイプＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及び／又はＩｇＡ２を含んでもよい。「抗体」という用語はまた、限定されないが、抗体断片、例えば、天然抗体１０４の少なくとも一部、例えば、抗原結合性可変領域を含んでもよい。抗体断片の例は、Ｆｖ，Ｆａｂ，Ｆａｂ’，Ｆ（ａｂ’），Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２，Ｆｖ断片、ダイアボディー、直線抗体、単一鎖抗体分子、多重特異性抗体、及び／又は抗体の抗原結合性配列を含む。更にそれ以上の情報が、米国特許第５，６４１，８７０、４，８１６，５６７号、ＷＯ９３／１１１６１、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，「ダイアボディー：小型の２価及び２重特異的抗体断片」（”Ｄｉａｂｏｄｉｅｓ：ｓｍａｌｌ ｂｉｖａｌｅｎｔ ａｎｄ ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｆｒａｇｍｅｎｔ”）、ＰＮＡＳ，９０：６４４４−６４４８（１９９３），Ｚａｐａｔａ ｅｔ ａｌ．，「大腸菌における効率的生産及び抗増殖活性強調のための直線的Ｆ（ａｂ’）２の加工」（”Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｌｉｎｅａｒ F（ａｂ’）２ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｆｏｒ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ａｎｄ ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ，”），Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．８（１０）：１０５７−１０６２（１９９５）の中に見出されると思われる。なお、これらを引用することにより本明細書に含める。抗体は、治療目的のために、様々の公知の技術、例えば、ファージディスプレイ、及び／又はトランスジェニック動物を用いて生成することが可能である。
【００３２】
本明細書で用いる「抗体」４０４は、抗イディオタイプ抗体を含んでもよい。抗イディオタイプ抗体は、抗原と比べより強い免疫反応を惹起することがあるので、免疫反応の強化に使われてもよい。抗イディオタイプ抗体は、例えば、ファージディスプレイ技術によって簡単に選び出すことが可能である。更にそれ以上の情報が、Ｓｏｌｔｉｓに付与された米国特許出願第２００４０１４３１０１号に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３３】
本明細書で用いる「抗体」４０４という用語はまた、モノクロナール抗体の機能的誘導体であって、抗体分子、又は、抗原特異性の優勢断片と、親分子の機能的活性とを保持する、抗体断片を含む機能的誘導体を含んでもよい。
【００３４】
本明細書で用いる「ヘテロ抗体」とは、限定されないが、互いに連結される、２種以上の抗体、抗体断片、抗体誘導体、及び／又は少なくとも１個の特異性を有する抗体同士を含む。更にそれ以上の情報が、米国特許第６，０７１，５１７号に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３５】
本明細書で用いる「キメラ抗体」という用語は、限定されないが、ヒトの定常領域に接合されたマウス可変領域を有する抗体を含んでもよい。一つの態様では、「キメラ抗体」は、マウス及び／又はラットから得られた相補性決定領域（ＣＤＲ）と結合したヒト枠組み構造領域を有する抗体を含む。当業者であれば、ＣＤＲは、他の供給源からも入手することが可能であることが理解されよう。更にそれ以上の情報が、ＥＰＯ公報第０２３９４００に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３６】
本明細書で用いる「ヒト化抗体」という用語は、限定されないが、１個又はそれ以上のヒト由来領域を有する抗体、及び／又は、１個又はそれ以上のヒト由来領域を有するキメラ抗体、更に、ドナーマウス及び／又はラット免疫グロブリンのＣＤＲと結合したレシピエント抗体とも見なされる抗体を含んでもよい。一つの態様では、ヒト化抗体は、ドナー及び／又はレシピエント配列いずれにも認められない残基を含んでもよい。ヒト化抗体は、単一及び／又は多重特異性を持ってもよい。更にそれ以上の情報が、米国特許第５，５３０，１０１、４，８１６，５６７号に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。情報はまた、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，「ヒト抗体の相補性決定域を、マウスのもので置換する」(“Ｒｅｐｌａｃｉｎｇ ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ−ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ｉｎ ａ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｗｉｔｈ ｔｈｏｓｅ ｆｒｏｍ ａ ｍｏｕｓｅ”），Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，「治療のためのヒト抗体の変形」(“Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅｒａｐｙ”)，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）、及び、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．，「ヒト抗体の変形：抗リゾチーム活性を移植する」（“Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ｇｒａｆｔｉｎｇ ａｎ ａｎｔｉｌｙｓｏｚｙｍｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ”），Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４（１９８８）に見出されると思われる。なお、これらの文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３７】
本明細書で用いる「ヒト抗体」という用語は、限定されないが、ヒト胚細胞系列の免疫グロブリン配列由来の可変及び定常領域を有する抗体を含んでもよい。「ヒト抗体」という用語は、限定されないが、非ヒト胚細胞系列によってコードされる、非ヒト起源のアミノ酸残基、例えば、部位指向性突然変異、ランダム突然変異、及び／又は挿入によって導入される残基を含んでもよい。ヒト抗体を生産する方法は従来技術で公知であり、引用することにより本明細書に含める。更にそれ以上の情報が、米国特許第４，６３４，６６６号に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３８】
本明細書で用いる「組み換え抗体」という用語は、限定されないが、組み換え技術によって形成、及び／又は創出される抗体、例えば、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ヘテロ抗体、及び／又は類似抗体を含む抗体を含んでもよい。
【００３９】
本明細書で用いる「エピトープ」４０２という用語は、限定されないが、少なくとも３個のアミノ酸から成る配列、少なくとも９個のヌクレオチドから成る配列、アミノ酸、ヌクレオチド、炭水化物、タンパク、脂質、カプシドタンパク、コートタンパク、ポリサッカライド、糖、リポポリサッカライド、糖脂質、糖タンパク、及び／又は、細胞、又は、生物学的実体、例えば、ウィルス粒子の少なくとも一部を含んでもよい。本明細書で用いる「エピトープ」４０２という用語は、背景が適当であるならば、抗原、パラトープ結合部位、抗原決定基、及び／又は決定基と相互交換的に使用されてもよい。本明細書で用いる「決定基」という用語は、文脈が別様に指示しない限り、影響要素、決定要素、及び／又は、因子を含んでもよい。一つの態様では、「エピトープ」４０２という用語は、限定されないが、ペプチド結合部位を含む。本明細書で用いる「エピトープ」４０２という用語は、介在因子４００に見出される構造的及び／又は機能的に類似の配列を含んでもよい。「エピトープ」４０２という用語は、限定されないが、介在因子４００のオーソログ、パラログ、ホモログ、同一機能ホモログ、ヘテロ機能ホモログ、異種ホモログ、及び／又は擬似遺伝子に観察される類似配列を含んでもよい。エピトープ４０２は、介在因子の任意の部分を含んでよい。一つの態様では、エピトープ４０２は、遺伝子又は遺伝子発現産物の少なくとも一部分を含んでもよい。別の態様では、エピトープは、非コード領域の少なくとも一部を含んでもよい。
【００４０】
本明細書で用いる「コンピュータ分析可能エピトープ」という用語は、限定されないが、エピトープ４０２であって、その考えられる将来の変異形（例えば、変異形成による）が、実行可能なコンピュータ依存性予測方法論、及び／又は実行可能な進化法、及び／又は実行可能な確率論的進化モデル、及び／又は実行可能な確率論的欠陥モデル、及び／又は実行可能な確率論的変異モデルを用いることによって予測可能であってもよいエピトープを含む。例えば、Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．は、彼らの論文「ヒトインフルエンザウィルスの抗原進化の歴史の上にインフルエンザウィルスの抗原と遺伝進化をマップする」（“Ｍａｐｐｉｎｇ ｔｈｅ Ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｖｉｒｕｓ” ｏｎ ｔｈｅ ｈｉｓｔｏｒｙ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｖｉｒｕｓ，”）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０５，３７１（２００４）の中で、その表１及びそれを支持する本文中で、ヒトの生理的健康にとって昔から馴染みの脅威であった、この特定の介在因子におけるエピトープ進化の１種又はそれ以上のパターンを予測する基盤となるウィルスコートタンパクエピトープ進化パターンセットを提示する。一つの態様では、コンピュータ分析可能エピトープは、限定されないが、類似の構造、重要残基、及び／又は、公知ドメインの有無による、予測的平行外挿を含むことによって示唆されてもよい。別の態様では、数学、統計分析、及び／又は生物学的構造モデル化ツールが、コンピュータ分析可能エピトープを表示、又は特定するための関連情報を提供する可能性がある。コンピュータ分析可能エピトープの一つの特異的例は、恐らく、例えば、７から１０個のアミノ酸長であるＨＩＶ−１ウィルスに関連するポリペプチドである。このようなポリペプチドについて、それがどのようなものであれ、開始状態（例えば、様々なアミノ酸がどのように配列決定／配置されるか）を知り、現在の計算技術を用いるならば、生物学的過程が進行するにつれて、エピトープがどのような進化を遂げるか／どのような変化がエピトープに出現するかを予測可能とするために、ポリペプチドの中の７から１０個のアミノ酸について将来起こり得る組み合わせを計算することは実行可能である。実際、ＨＩＶ−１ウィルスのいくつかの主要株のウィルスタンパク（例えば、逆転写酵素及びプロテアーゼ）のタンパク配列における多くのそのような進化的発達が文献中に報告され、患者の疾病の臨床的発達の監視にも使用されている。従って、ある実施態様では、本明細書に記載される技術は、エピトープが、将来の変異可能（例えば、変異生成）形としてどのような外見を取るかをコンピュータ的に予測する。この予測知識は、現在その存在が確定されるあるエピトープの、少なくとも１個の「将来版」を変調する（例えば、緩和する、及び／又は除去する）ために操作することが可能な、少なくとも１個の免疫反応成分の表示を可能とする。特異的例として、ＨＩＶ−１のある現在株のウィルスタンパクの少なくとも１個のエピトープが、この先の数ヶ月に取る外見の、５から６通りの、もっとも起こり得るやり方を予測し、且つ、ある個人の免疫細胞が、少なくとも１種のＨＩＶ−１株の、このような将来のエピトープの変異種に対して即応する、待機する、及び適合する免疫反応を生成するために、このような将来のＨＩＶ−１株の、このような必須タンパクのエピトープの化学的構造に暴露される個人の免疫細胞を表示することが可能となるかも知れない。一旦このような抗体、又は免疫反応成分が生成されたならば、増幅又はアジュバント技術を用い、有用となるほど大量のそのような抗体又は免疫反応物を、数ヶ月の経過よりも早く生成することが可能となり、且つ、そのような抗体、そのような抗体を惹起するワクチンを宿主に投与する、対応する細胞傷害性反応を宿主の中に調製する、及び／又は、それらの組み合わせを実行することが可能になる。更に、宿主の感染の原因となるＨＩＶ−１ウィルスの擬似種が、５又は６通りのコンピュータ的に予測されたやり方の内の任意の一つのやり方で進化、又は変異する、その程度に応じて、抗体、又は他の特異的反応が現れ、待機し、ＨＩＶ−１ウィルスに「取り付き」、該ウィルスが、予測された経路の内の任意の一つにそって変異している間に該ウィルスを殲滅し、かくして、初期の治療法からの「突然変異による逃避」を効果的に阻止する。上に挙げた例は、コンピュータ分析可能なエピトープを表示するために用いられた方法論を端に例示するものであり、いかなる意味でも限定的であることを意図するものではない。
【００４１】
図４を続けて参照すると、エピトープ４０２又はその部分は、介在因子４００によって提示されるか、又は、介在因子４００の表面に提示され、介在因子４００の表面から延びるか、及び／又は、免疫反応成分によってほんの部分的にしかアクセスされない。一つの態様では、エピトープは、直線的決定基であってもよい。例えば、配列同士互いに隣接してもよい。別の態様では、エピトープ４０２は、非直線的決定基であり、例えば、最初は非隣接的で、折り畳み、その他の収束によって相互に隣接するようになった近接グループを含む非直線的決定基である。更に、非直線的決定基の配列は、プロテアソーム処理及び／又は他の機構（例えば、グリコシル化、又は、タンパクの糖による表面的「装飾」）によって得られ、配列は、免疫反応成分に対する提示のために合成的に調製される。
【００４２】
図４を続けて参照すると、一つの態様において免疫システムは、エピトープ４０２を認識、及び／又は結合することが可能な抗体を生産する体液性免疫を惹起し、それに続いて、介在因子４００の分解又は機能的変性が起こる。抗原４０２が、免疫反応を惹起する機構は、従来技術で公知であるが、この機構は、参照することにより本明細書に含まれる。一つの態様では、抗原−抗体複合体４０５を形成するための抗体４０４のエピトープ１０２に対する結合は、鍵穴と鍵式の適合と特徴付けられる。別の態様では、抗体のエピトープに対する結合親和性は、時間と共に（例えば、「親和性熟成」の進行につれて）、又は、生理的状況と共に変化する。更に別の態様では、抗原−抗体複合体は、様々な程度の可逆性をもって結合する可能性がある。抗原−抗体複合体の結合又は解離は、例えば、会合又は解離を促進する小型の（恐らく溶媒化される）原子、イオン、分子、又は化合物を供給することによって操作が可能である。
【００４３】
一つの態様で、エピトープ４０２は、免疫反応を引き起こすことが可能である。この免疫反応の強度及び／又はタイプは変動してもよく、例えば、エピトープ４０２は、免疫反応の強度で測定した場合、弱い反応及び／又は中等反応を引き起こしてもよい。一つの例では、標的照準のために選ばれるエピトープ４０２は、宿主において弱い反応を引き起こすものであってよいこと、しかしながら、それは、介在因子４００に対して選択的であってもよいことが考えられる。別の実施態様では、選ばれたエピトープ４０２は、宿主において弱い反応を引き起こしてもよいが、一方、標的と見なされるいくつかの介在因子に対して共通であるという理由で標的照準のために選ばれてもよい。本明細書に記載される実施態様は単に例示のものであって、本発明の教示に照らした場合、当業者の及ぶ範囲内の、類似及び／又は一般的実施態様を具体的に示すものと考慮されなければならない。
【００４４】
図面を、ここでは図５を参照すると、免疫反応を強調する方法の一つの態様の概略図が示される。一つの態様では、疾病及び／又は障害に対する有効な治療療法は、１種又はそれ以上の介在因子に対して共通な、１種又はそれ以上のエピトープを認識するように設計される１種又はそれ以上の免疫反応成分を利用することであってもよい。このような共通の、又は共有されるエピトープは、エピトープの効果的な標的グループを表していてもよい。共通のエピトープを探し出して中和するように設計される免疫反応成分は、１種又はそれ以上の介在因子に対して有効である可能性がある。
【００４５】
一つの態様において、１種又はそれ以上の介在因子は、介在因子４００のサブタイプであってもよい。この態様では、エピトープセットが、介在因子を照準するために選ばれてもよい。別の態様では、１種又はそれ以上の介在因子は、介在因子４００によって形成される感染を除去する、又は拡大することが可能な日和見的介在因子であってもよい。更に別の態様では、１種又はそれ以上の介在因子は、感染に先立って、又は感染後に、或いは、宿主の減衰感染反応に応じて、宿主の生体系に「橋頭堡」を築くことが知られていてもよい。
【００４６】
ここで図４及び５を参照すると、一つの態様では、共有されるエピトープ５０６は、３種の介在因子５３０、５１０、及び５２０に共通なものとして描かれる。別の態様では、第２の共有エピトープ５１２は、２種の介在因子５３０及び５１０に共通である。更に別の態様では、第３共有エピトープ５１８は、２種の介在因子５１０及び５２０に共通である。１種又はそれ以上の介在因子の間で共有される、共通エピトープのサブセットの特定は、統計学的分析、例えば、メタプロファイリングによって実行することが可能である。
【００４７】
図４及び５を続けて参照すると、一つの態様では、描かれる１種又はそれ以上の介在因子５３０、５１０、及び５２０は、あるサブセットの共通エピトープを共有する。エピトープの選択は、多くの様々の基準に依存する。例えば、初回選択は、限定されないが、１種又はそれ以上の介在因子によるエピトープ４０２の提示例の数、介在因子４００によるエピトープ４０２の提示例の数、エピトープ４０２の場所（例えば、介在因子の中、又は上）、エピトープ４０２のサイズ、エピトープ４０２の性質、１種又はそれ以上の宿主配列との、エピトープ４０２の比較配列の内容及び／又は相同性、エピトープ４０２の組成、及び／又は、エピトープ４０２配列における推定公知又は予測変化、を含む選択基準に基づいてもよい。エピトープの選択はまた、例えば、疾患、障害、及び／又は病態を治療及び／又は管理するのに望ましい免疫反応成分のタイプに依存してもよい。
【００４８】
一つの態様では、エピトープ４０２は、別の対象の介在因子、例えば、日和見因子、又は、宿主の後続、先行、又は同時感染の原因となった別因子と恐らく配列マッチを有する。別の態様では、選択されたエピトープ４０２は、例えば、自己又は自働抗体の生産による副作用を低減するために、宿主とのマッチが低い。本明細書で用いる「宿主」という用語は、限定されないが、個人、ヒト、患者、及び／又は、疾患、障害、及び／又は病態の管理を必要とする、ほぼ任意の生命体を含んでよい。例えば、選択されるエピトープ４０２は、アミノ酸レベルで、宿主又は介在因子４００と０−７０％の配列マッチ、介在因子と０−１００％の配列マッチを持ってもよい。当業者であれば、「宿主」という用語に関連する文脈の一部は、一般的に望まれるものは、介在因子（例えば、ＨＩＶ−１又はインフルエンザＡウィルス）に対する実行できる限り緊密な配列マッチであって、そうであれば、使用される１種又はそれ以上の免疫成分が該介在因子を攻撃することが可能となるからであり、宿主（例えば、患者）に対しては実行できる限り隔たった配列マッチであり、そうであれば、宿主の側で使用される免疫系成分による侵襲性は抑えられ、攻撃の可能性は低くなることを認識されるであろう。しかしながら、ある背景では、介在因子が、事実上、宿主の一部を構成（例えば、抑制しなければならない介在因子が、実際には宿主の機能不全部分、例えば、自己免疫、又は新形成疾患における機能不全部分である場合）し、その場合には、抑制するべき宿主のその部分は、「介在因子」として扱われ、比較的妨げずに放置するべき宿主の部分は、「宿主」として扱われることも理解しなければならない。別の態様では、選択されたエピトープ４０２は、介在因子と配列マッチを、例えば、高いパーセントの配列マッチを、又は、宿主と比較して、他の介在因子と比較的高いパーセントの配列マッチを、或いは、介在因子４００と０−１００％の配列マッチを有する。本明細書で用いる「配列マッチ」という用語は、核酸レベル、ポリサッカライドレベル、タンパク又は糖タンパクレベル、及び／又はポリペプチドレベルにおける配列マッチを含んでもよい。ある実施態様では、選択されたエピトープ４０２は、宿主エピトープと低いパーセントの配列マッチしか持たない。別の実施態様では、選択されたエピトープ４０２は、他の介在因子と高い配列マッチを有する。
【００４９】
分子生物学では、「配列同一性パーセント」、「配列相同性パーセント」、又は「配列類似性パーセント」又は「配列マッチパーセント」という用語は、時に、相互交換的に使用される。本出願においても、文脈から別様に解釈されない限り、これらの用語はしばしば相互交換的に使用される。
【００５０】
別の態様で、選択されたエピトープ４０２は、限定されないが、他のエピトープ、例えば、構造的配列マッチ、機能的配列マッチ、類似の機能的作用、アッセイ及び／又は結合において類似の結果を有するエピトープ４０２を含む他のエピトープと、確率の高い、及び／又は高いパーセントの配列マッチを有する。二つのタンパク、又は、その提示断片が、有用となるほど高いパーセントの構造的配列マッチを有するかどうかを決めるためには、構造比較アルゴリスム及び／又は３次元タンパク構造データを使用することが可能である。別の例では、エピトープ４０２は、対象のエピトープと機能的マッチを持ってもよいし、及び／又は、類似の機能的作用を共有してもよい。この例では、エピトープ４０２の配列マッチは比較的低くとも、同じ機能的作用を果たす可能性がある。別の例では、エピトープ４０２及び／又は、対象の他のエピトープとは、低いパーセントの配列マッチを有するが、類似の活性、例えば、アッセイを用いて定量される、酵素活性及び／又は受容体結合活性を共有しているかも知れない。
【００５１】
別の態様では、選択されるエピトープ４０２は、免疫学的に効果的な決定基であってもよい。例えば、エピトープ４０２は、抗原性は弱いが、それが誘発する免疫反応成分の性質及び／又はタイプから誘導される、効果的な免疫反応を惹起してもよい。別の態様では、エピトープ４０２は、免疫反応に対して類似の作用を及ぼしてもよい。例えば、選択されるエピトープ４０２は、問題の疾患又は障害とは無関係の介在因子の抗原性構造の一部であるが、例えば、それによって誘発される免疫反応のタイプ、性質、及び／又は時間間隔によって評価した場合、免疫反応に対し実質的に類似の作用を及ぼしてもよい。
【００５２】
一つの態様では、ある実体との配列マッチは、例えば、エピトープ同士の間、及び／又は、エピトープ４００及び／又は宿主のエピトープ配列の間の同一性パーセント及び／又は類似性パーセントを計算することによって決定されてもよい。一つの態様では、二つの配列間の同一性パーセントは、この二つの配列を整列させ、ギャップを導入した後に得られる実質的に類似の位置の数を定めることによって定量される。例えば、一つの実施態様では、二つの配列間の同一性パーセントは、｛実質的に類似な位置の数÷位置の全数｝×１００に等しい（＝）として処理される。この例では、二つの配列の最適な、最終的整列を得るために導入されるギャップの数及び長さが考慮されなければならない。別の態様では、核酸レベルにおける二つの配列の間の同一性パーセントは、広く市販されるソフトウェアツール、例えば、ＢＬＡＳＴ，ＢＬＡＳＴ−２，ＡＬＩＧＨ及び／又はＤＮＡＳＴＡＲソフトウェアを用いることによって定量される。同様に、アミノ酸レベルにおける二つの配列間の同一性パーセントは、広く市販されるソフトウェアツール、例えば、Ｐｅｐｔｉｄｅｃｕｔｔｅｒ，ＡＡＣｏｍｐＳｉｍ，Ｆｉｎｄ Ｍｏｄ，ＧｌｙｃｏＭｏｄ，ＩｎｔｅｒＰｏｓｔＳｃａｎ，ＤＡＬＩ及び／又はＥｘＰａｓｙサーバー（Ｅｘｐｅｒｔ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｙｓｔｅｍ）Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｓｅｒｖｅｒ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／を用いることによって計算される。一つの実施態様では、核酸レベル及び／又はアミノ酸レベルでの同一性パーセントが定量される。
【００５３】
一つの態様では、相同セグメントを特定するために、文字列マッチングアルゴリスム、例えば、ＦＡＳＴＡ及びＢＬＡＳＴを用いてもよい。別の態様では、相同セグメントを速やかに特定するために、高速フーリエ変換（ＦＦＴ）アルゴリスムに基づく整列を用いてもよい。更に別の態様では、相同セグメントを特定し、選択するために、反復サーチを用いてもよい。サーチは、共有エピトープを特定し、選択するためばかりでなく、ヒト配列ともっとも相同性の低いエピトープを特定するためにも使用されてよい。更にそれ以上の情報が、Ｋａｔｏｈ ｅｔ ａｌ．，「ＭＡＦＴ：高速フーリエ変換に基づく速やかな複数配列整列を実現するための新規方法」(“ＭＡＦＴ：ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｒａｐｉｄ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｆａｓｔ Ｆｏｕｒｉｅｒ ｔｒａｎｓｆｏｒｍ”）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，３０（１４）：３０５９−６６（２００２）に見出されるであろう。なお、この文献を引用することにより本明細書に含める。
【００５４】
設計された抗体を特定し、選択するためには、いくつかの大規模スクリーニング技術を用いてもよい。例えば、設計抗体は、結合分子をスクリーニングすることが可能な、光ファイバーアレイ装置を用いて選択してもよい。更にそれ以上の情報が、Ｋｉｍｏｎ ｅｔ ａｌ．に付与された米国特許出願第２００４１３２１１２号に見出されるであろう。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００５５】
当業者であれば、選択されたエピトープ４０２は、介在因子４００によって示されるマッチング配列に限定される必要がないことが了解されるであろう。一つの態様では、メタ署名、及び／又は、共通配列を、任意の数の基準に基づいて誘導することが可能である。一つの態様では、メタ署名は、抗原進化、遺伝的進化、抗原シフト、抗原ドリフト、結晶構造データ、宿主との予想されるマッチ、他の株との予想されるマッチ、及び／又は、所望の免疫反応の強度のような起源からのデータの分析によって誘導することが可能である。メタ署名は、新規配列を含んでもよいし、及び／又は、いくつかの配列を排除してもよい。例えば、メタ署名は、サイレント突然変異、ミスマッチ、ホットスポット、すなわち、配列において極めて変異性の高い部位や、予想される変化を迂回するためのスペーサーを含んでもよいし、及び／又は、複数の介在因子由来のエピトープを含み、そうすることによって、複数介在因子による免疫系保護を実現するようにしてもよい。別の例として、メタ署名は、限定されないが、変異性配列、及び／又は、宿主のエピトープと高いパーセントの配列マッチを有する配列を含む配列を排除してもよい。
【００５６】
一つの態様では、エピトープ４０２における予測変化は、介在因子４００において観察及び／又は予測された過去の変動を分析することによって決定される（例えば、図５）。配列変動、及び／又はホットスポットを示す領域を定めるためには、コンピュータ分析を使用することが可能である。一つの態様では、高速連続継代をインシリコで実行して、天然において、介在因子４００の新型株の発生を伴って起こる連続継代をコンピュータ的に模倣することが可能である。当業者であれば、ホットスポットは、エピトープ４０２を調べることによって、及び／又は、介在配列４００との関連においてエピトープ４０２を調べることによって特定する必要がないことが了解されるであろう。ホットスポットに関連する情報も、他の介在因子の配列分析、及び／又は、他の介在因子のドメイン分析を実行することによって外挿することも可能である。例えば、一つの実施態様では、エピトープ４０２は、複数の介在因子の間で共有されるドメインの一部であって、その介在因子のいくつかは対象のエピトープ４０２を欠くものであってもよい。他の介在因子のドメインの中に特定されるホットスポットに関連する情報は、メタ署名を決定する際に実際的有用性を有する場合がある。
【００５７】
一つの態様では、一又はそれ以上のセット及び／又はサブセットのエピトープが形成されてよい。複数のセット及び／又はサブセットを形成するために使用される基準の性質及びタイプは、例えば、介在因子４００の性質及びタイプ、所望の免疫反応の持続時間（例えば、短期免疫、又は長期免疫）、所望の免疫反応の性質（例えば、低度、中等、強度）、保護される集団（例えば、様々の程度の、介在因子との先行暴露の存在及び／又は現状）等に依存する。このようにして形成されるセット及び／又はサブセットは、入力を、ロボットを通じて、又はユーザーから（例えば、免疫反応成分のメーカーから、検査室から、及び／又は、医療担当者から）受信してもよい。
【００５８】
エピトープ４０２において予測されるパターン変化は、例えば、他の方法論、統計分析、歴史データ、及び／又は、当業者によって利用されるタイプの外挿によって補足されてもよい。これらの予測されるパターン変化に関する知識は、免疫反応成分の設計、及び／又は選択の際の武器庫となる。予測されるパターン変化を用いて、そのような変化を管理するために必要な免疫反応成分の変化の進行を決定することが可能である。エピトープ４０２のパターン変化を推測し、その情報を用いて進行する反応を変調することは、その反応をより効果的に管理するのに役立つと思われる。例えば、パターン変化を用いて、治療の変更が可能な時点、どのような治療が変化又は変化の持続を構成できるか、を実際に知ることが可能である。更に特異的例として、１型ヒト免疫不全ウィルス（ＨＩＶ−１）が最終的に宿主を殺すことができる一つの理由は、該ウィルスが、抗原署名プロフィールを突然変異させるに際して、ヒトの免疫システムが有効に追跡し、それらの突然変異に反応することができなくなるほど際立って速く突然変異させることである。本明細書に記載される主題の特異的実施態様では、ＨＩＶ−１のサンプルが、ある時点で患者から採取され、該ウィルスの抗原署名プロフィールの、将来における可能な突然変異を推測するために用いられる。次に、クローニングのような技術を利用して、予測される将来のＨＩＶ株の、免疫システム活性化態様を合成し、その後、複製技術を利用して、患者のその特定のＨＩＶ−１株及び下位株の予測される将来世代に対してぴったり適合する、１種又はそれ以上の免疫システム成分（例えば、抗体）の大量コピーを速やかに生成する。一旦調製されたならば、この免疫システム成分は患者に投与され、ＨＩＶ−１ウィルスの擬似変異種が突然変異して、予期された新形となる、及び／又は、複製してこれらの形を増殖する場合、これらのウィルス擬似変異種を「待ち構える」。もしもＨＩＶ−１ウィルス擬似変異種が予期したように突然変異するならば、「あらかじめ負荷された」免疫反応成分がこの変異した擬似変異種成分を殲滅し、患者のウィルス負荷を大いに減じ、その後の突然変異進化の可能性を決定的に抑制する。なぜなら、突然変異形のウィルス集団が相当の大きさとなることは決してないからである。別の実施態様では、ＨＩＶ−１擬似変異種の変異の歴史が綿密に追跡されて、一旦実際の突然変異の方向が決定されたならば、高速（恐らく、エクスビボの）技術を用いて、突然変異ウィルス擬似変異種の効果的抑制を可能とする免疫システム成分であって、ウィルスが効果的に突然変異し、抑制療法から「逃避」することができるよりも際立って速く抑制することが可能な免疫システム成分が生成される。
【００５９】
一つの態様では、免疫反応成分を表示するために選ばれるエピトープ４０２は、介在因子４００ｋから合成的に製造されても、及び／又は、誘導されてもよい。一つの実施態様では、選択されたエピトープ４０２は、治療を望む個人から抽出される介在因子４００、及び／又は、該因子に対して抵抗性を有することが判明した個人から得られた介在因子４００から誘導される。一つの態様では、免疫反応成分を表示するために選ばれるエピトープ４０２は、正確に同じエピトープの多数コピー、及び／又は、様々なエピトープの多数コピーを含んでもよい。
【００６０】
一つの態様では、メタ署名は、隣接及び／又は接触配列にマッチする配列を含む。別の態様では、メタ署名は、非隣接配列を含む。例えば、当業者には、天然に見られるエピトープ４０２のペプチドスプライシング及び／又はプロテオソーム処理は、新規エピトープ、例えば、非直線的エピトープの形成をもたらす場合があることが了解されよう。この例では、プロテオソーム処理によって、配列切断や、非接触的配列の配置転換又は並置がもたらされて非直線的エピトープが形成される。更にそれ以上の情報が、Ｈａｎａｄａ ｅｔ ａｌ．，「翻訳後タンパクスプライシングによるヒト直腸ガン抗原の免疫認識」（“Ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｈｕｍａｎ ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎ ｔｈｒｏｕｇｈ ｐｏｓｔ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｐｌｉｃｉｎｇ，”）Ｎａｔｕｒｅ ４２７：２５２（２００４）、及び、Ｖｉｇｎｅｒｏｎ ｅｔ ａｌ．，「プロテオソームにおけるペプチドスプライシングによって生産される抗原性ペプチド」（“Ａｎ ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｐｅｐｔｉｄｅ ｐｒｏｄｕｃｅｄ ｂｙ ｐｅｐｔｉｄｅ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｏｔｅｏｓｏｍｅ”）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０４：５８７（２００４）に見出されよう。なおこれらの文献を引用することにより本明細書に含める。
【００６１】
更に、当業者であれば、メタ署名は、介在因子４００の二つの異なる部分に表示される配列を含んでもよいことが了解されるであろう。例えば、非隣接配列が、タンパクが折りたたまれた場合に、互いに隣接して見えるようになることがある。この態様では、メタ署名は、該メタ署名を特定するために非隣接配列を含んでもよい。更に、メタ署名は、タンパクの特定の立体配置状態に一致する非隣接配列を含んでもよい。このような配列に結合するように設計される免疫反応成分は、そのタンパクの立体配置状態に対して特異的であってもよい。このメタ署名を指定するためには、３−Ｄ及び／又は結晶構造情報も用いてよい。
【００６２】
一つの態様では、メタ署名は、予測されるパターン変化及び／又は観察されるパターン変化に照準を合わせた複数組のエピトープを含む。例えば、ワクチン化のために、及び／又は、免疫反応成分の生産のために、複数組のエピトープが指定されてもよい。
【００６３】
エピトープマッピングの技術は従来技術で公知であり、引用することにより本明細書に含まれる。例えば、抗体の、エピトープの少なくとも一部を含む合成ペプチドに対する結合を調べるのに、ＦＡＣＳ分析及びＥＬＩＳＡを用いることが可能である。抗体４０２の、介在因子４０２の上に提示されるエピトープ４０２に対する結合能力を予測するため、抗体、又はその他の要素４０４のエピトープ４０２に対する結合親和度を定量するため、及び／又は、抗体又はその他の免疫要素４０４の所望の形態を見分けるために、エピトープマッピング分析技術、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ分析等を用いてもよい。
【００６４】
更に図５の参照を続けると、一つの態様では、例えば、選択されたエピトープ５０６、５１２、及び／又は５１８を用いて、それぞれ、１種又はそれ以上の相補的抗体、又はその他の免疫要素５２４、５２２、及び／又は５２６を設計してもよい。選択エピトープ５０６、５１２、及び／又は５１８の配列を用いて、例えば、ヒト−マウスシステムをクローン、又は使用することによってモノクロナール抗体を形成してもよい。
【００６５】
選択されたエピトープ５０６、５１２、及び５１８の配列は、Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．に付与された米国特許第４，６８３，１９５、４，６８３，２０２、及び４，８００，１５９号に記載されるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて増幅してもよい。なおこれらの特許文献の全体（例えば、エピトープが核酸特性を有する場合）を本明細書に含む。別の態様では、共通配列及び／又はメタ署名を指定し、増幅してもよい。タンパクを生産し、その発現タンパクを用いて、選択されたエピトープに対して特異的な抗体を生産するために、関連配列を発現ベクターに挿入することも可能である。一つの態様では、選択されたエピトープは、抗原性であってもよいが、直接免疫原性でなくともよい。
【００６６】
ヒト抗体は、例えば、ヒト−マウスシステム、例えば、Ａｂｇｅｎｉｘ社のＸｅｎｏｍｏｕｓｅ技術（現在、本社をＦｒｅｍｏｎｔ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ９４５５５に有するＡｂｇｅｎｉｘ社から市販される）、及び／又は、Ｍｅｄａｒｅｘ社のＨｕＭＡｂマウス技術（現在、本社をＡｎｎａｄａｌｅ、ニュージャージー州に有するＭｅｄａｒｅｘ社から市販される）を用いて製造が可能である。このシステムでは、宿主マウスの免疫グロブリン遺伝子は不活性化され、ヒト免疫グロブリン遺伝子が宿主に挿入される。抗原で刺激されると、このトランスジェニックマウスは、完全にヒトの抗体を生産する。その後、ヒトモノクロナール抗体を、標準的ハイブリドーマ技術に従って単離することが可能である。
【００６７】
有望なげっ歯類抗体の中から、高い結合親和性を有するヒト化抗体を取り出す選択は、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．によって開発されたコンピュータモデル化ソフトウェアによって実行が可能である。この方法によって生産される抗体は、関連ヒト配列の約９０％を含む。特異的抗体の構造は、コンピュータモデル化に基づいて予測され、形態を保持するのに必要な、従って、相補性決定基（ＣＤＲ）の結合特異性を保持するのに必要と予測される最重要アミノ酸を保持する。従って、重要なげっ歯類アミノ酸は、ヒト抗体枠組みに置換され、これにげっ歯類ＣＤＲが付属する。次にこのソフトウェアを用いて、再設計抗体と、抗原との結合親和度を試験する。更にそれ以上の情報が、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．に付与された米国特許第５，６９３，７６２号に見出されよう。なお、この特許文献を、引用することにより本明細書に含める。
【００６８】
その他の抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２、又はＦｃの形成は、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，「ファージ抗体：抗体の可変領域を表示する繊維状ファージ」（“Ｐｈａｇｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ｆｉｌａｍｅｎｔｏｕｓ ｐｈａｇｅ ｄｉｓｐｌａｙｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ，”）Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４（１９９０）、及びＣｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，「ファージディスプレイライブラリーによる抗体断片の製造」（“Ｍａｋｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ Ｕｓｉｎｇ Ｐｈａｇｅ Ｄｉｓｐｌａｙ Ｌｉｂｒａｒｉｅｓ，”）Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４−６２８（１９９１）、及びＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．に付与された米国特許第５，５６５，３３２号によって記載される技術を用いて生成されるファージ抗体によって実行されてもよい。リアルタイムの生体特異的相互作用を分析のためには、例えば、表面プラズモン共鳴法を用いてもよい。ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、及び抗イディオタイプ抗体は、従来技術で公知の技術によって選択されてよい。なお、この技術を参照することにより本明細書に含める。
【００６９】
一つの態様では、免疫反応を変調するための抗体の選択は、その機能に基づいてなされてよい。例えば、活性化抗体、阻止抗体、中和抗体、及び／又は抑制抗体を用いて、免疫反応を変調してもよい。このような抗体は、適切な条件下に１種又はそれ以上の機能を実行することが可能である。より具体的な例では、抗体４０４は、補因子を供給することによって、及び／又は、周囲温、又はその他の周囲の条件、例えば、総合浸透圧又はｐＨ、又は、ある特定の化合物、原子、又はイオンの濃度を変えることによって、立体配置変化を受けるように誘発されてもよい。立体配置変化は、その抗体４０４によって実行される新規の機能をもたらすことがある。
【００７０】
抗体を精製する技術は、従来技術で公知であり、参照することにより本明細書に含められる。次に、この精製された相補的抗体５３０、５２８、又は５３２は、治療処置及び／又は予防処置のために利用可能とされてもよい。
【００７１】
本明細書で用いる「効果的治療法」という用語は、限定されないが、他の抗体、抗体断片と組み合わせた、及び／又は、他の治療、例えば、薬剤、ビタミン、ホルモン、医療製剤、製薬組成物、及び／又はその他の治療的及び／又は予防的組み合わせを含む治療と組み合わせた免疫反応成分の使用を含む。別の態様では、免疫反応成分は、例えば、免疫反応のモジュレーター、及び／又は抗体のモジュレーターと組み合わせて使用されてもよい。一つの態様では、免疫反応成分のカクテルが、例えば、皮下、点鼻、鼻腔内、筋肉内、静脈内、動脈内、硬膜下腔内、関節嚢胞内、眼窩内、心臓内、経皮、皮下、皮内、腹腔内、経気管、表皮下、関節内、関節嚢胞下、くも膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内ルート、輸液、局所的、舌下、及び／又は、経口ルートによる注入、又はその他のやり方による効果的挿入によって投与されてよい。
【００７２】
免疫反応成分の治療効果は、１種又はそれ以上の作用方式によって生み出されてよい。例えば、一つの態様では、免疫反応成分は、特定の細胞を照準し、それらを中和することによって、治療効果を発揮し、及び／又は症状を緩和してもよい。別の態様では、免疫反応成分は、介在因子４００の上に存在する受容体に結合し、及び／又は、該受容体をブロックしてもよいし、及び／又は、直接及び／又は間接に、分子の、例えば、サイトカイン、及び／又は増殖因子、又はモジュレーター、又はアポトーシス作用性又は拮抗性シグナル物質の介在因子４００に対する結合をブロックしてもよい。別の態様では、免疫反応成分の治療効果は、シグナル分子として機能することによって生み出される。この例では、免疫反応成分は、受容体の架橋結合を誘発し、その後の設計された細胞死（例えば、アポトーシス）を誘発する。
【００７３】
免疫反応成分は、例えば、１種又はそれ以上のエフェクター分子、例えば、薬剤、小型分子、酵素、トキシン、核種、サイトカイン、及び／又はＤＮＡ分子を含むように工学的に加工されてもよい。この例では、免疫反応成分は、介在因子４００に照準し、結合し、及び／又は１種又はそれ以上のエフェクター分子を送達するためのベヒクルとして働く。一つの態様では、免疫反応成分は、該免疫反応成分の天然のエフェクター機能の外に、１種又はそれ以上のエフェクター分子を含むように加工されてもよい。
【００７４】
別の態様では、１種又はそれ以上の免疫反応成分は、免疫システム成分が、有害細胞、又はその他の生物学的実体、例えば、ウィルス粒子を除去する作用を促進する分子に結合されてもよい。この技術は、抗体を用いて、腫瘍、ウィルス感染細胞、真菌、及び細菌の治療について記載されている。更にそれ以上の情報が、Ｓｅｇａｌに付与された米国特許第４，６７６，９８０号に見出されよう。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００７５】
図面を、ここでは図６を参照すると、抗原−抗体相互作用の一態様であり、ある選択されたエピトープにおける突然変異の出現と、相補的抗体における対応する変化が示される。選択されたエピトープ５０６は、突然変異変化を受けることがある。他のエピトープ６０２及び／又は６０８は、例えば、これらのエピトープの突然変異率が実質的に高いので、選択されないかもしれない。これらの突然変異はランダムであり、従って予測不可能であるか、或いは、その突然変異は予測可能であってもよい。例えば、ある突然変異は、「ホットスポット」の出現、又は公知の突然変異史に基づいて、実質的により予測可能であってもよい。相補的抗体、又は、他の免疫反応成分６２４は、この選択されたエピトープ５０６に対し、例えば、有用となるのに十分な程高い親和度で結合してもよい。しかしながら、選択された変異エピトープ６２９に描かれる配列変化６１０は、相補的抗体、又は他の免疫反応成分６２４の結合親和度を低下させる。突然変異６２８を取り込んだ相補的抗体、又は他の免疫反応成分は、結合親和度を、例えば、有用となるのに十分な程高い親和度に回復する。同様に、突然変異６１０、６１１、及び６１２の出現は、有用となるのに十分な程高い親和度を実現するためには、新しい相補抗体、又は他の免疫反応成分６２０を必要とするかもしれない。更に、突然変異６１０、６１１の出現は、新しい相補抗体、又は他の免疫反応成分６２７を必要とするかもしれない。コンピュータシステム、ソフトウェア、及び／又は、回路の予測態様を用いて、突然変異に関し、及び、それら突然変異に対処するのに必要な、又は有用であると思われる治療成分に関し数学的予測を実行してもよい。一つの態様では、相補的抗体、又は他の免疫反応成分は、高い結合親和度を有する必要はない。例えば、新規抗体、又は他の免疫反応成分６２６を用いて、突然変異６１０、６１１、及び／又は６１２を有する介在因子に結合させ、変調してもよい。
【００７６】
別の態様では、比較的高い親和度を有する抗体又は他の免疫反応成分が選ばれてもよい。抗体又は他の免疫反応成分の、エピトープ４０２に対する結合親和度を強化するためには、数多くの技術が存在する。一つの態様では、抗体又は他の免疫反応成分のエピトープ４０２に対する結合親和度は、偶然又は免疫化のいずれかによってエピトープ４０２によって免疫化された個人からファージディスプレイ・ライブラリーを構築することによって強化することが可能である。より高い親和度を有する抗体又は他の免疫反応成分の生成及び選択は、例えば、体細胞超変異性、相補性決定領域（ＣＤＲ）歩行変異性、抗体鎖シャッフリング、及び／又は、Ｘｅｎｏｍａｘ技術（現在、本社をＦｒｅｍｏｎｔ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ９４５５５に有するＡｂｇｅｎｉｘ社から市販される）を用いることによって改善することも可能である。一つの例では、導入された突然変異を含む抗体は、繊維性バクテリオファージの表面に表示させることが可能である。次に、一次的及び／又は二次的免疫反応を模倣する過程を用い、解離の速度論を評価することによって、所望の抗体、例えば、抗原に対してより高い結合親和度を示す抗体を選択することが可能である。これ以上の情報については、Ｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，「体性超変異性を模倣する：細菌変異株による、バクテリオファージの上に表示される抗体のアフィニティー成熟」（“Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ Ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｄｉｓｐｌａｙｅｄ Ｏｎ Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ Ｕｓｉｎｇ Ａ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｍｕｔａｔｏｒ Ｓｔｒａｉｎ，”）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２６０：３５９−３６８（１９９６）；Ｈａｗｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，「結合親和度、模倣的アフィニティー成熟によるファージ抗体の選択」（“Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ Ｏｆ Ｐｈａｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｂｙ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ａｆｆｉｎｉｔｙ． Ｍｉｍｉｃｋｉｎｇ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｍａｔｕｒａｔｉｏ，”）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６（１９９２）を参照されたい。なお、これらの文献を引用することにより本明細書に含める。
【００７７】
別の例では、より高い親和度を有する抗体の生成及び／又は選択は、三次免疫選択過程を模倣する、ＣＤＲ歩行変異性によって実行される。例えば、抗体４０４のＣＤＲの飽和変異性を用いて、繊維性バクテリオファージの表面に表示される抗体断片の１個又はそれ以上のライブラリーを生成し、次に、不動化抗原を用いて関連抗体の選択を行う。次に、継時的及び平行的最適化戦略を用い、更に高い親和度を有する抗体を選択する。これ以上の情報については、Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，「強力なヒト抗ＨＩＶ−１抗体のアフィニティー成熟をピコモル範囲にするためのＣＤＲ歩行変異性」(“ＣＤＲ Ｗａｌｋｉｎｇ Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ Ｆｏｒ Ｔｈｅ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ Ｏｆ Ａ Ｐｏｔｅｎｔ Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉ−ＨＩＶ−１ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｉｎｔｏ Ｔｈｅ Ｐｉｃｏｍｏｌａｒ Ｒａｎｇｅ，”）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ ２５４（３）：３９２−４０３（１９９５）を参照されたい。なお、この文献の全体を引用することにより本明細書に含める。
【００７８】
更に別の例では、部位指向性突然変異を用いて、例えば、節減変異性によってより高い親和度を有する抗体を生成し、選択してもよい。この例では、コンピュータ法を用いて、抗原−抗体反応に関わる抗体１０４の可変領域の１個又はそれ以上のＣＤＲに含まれるアミノ酸残基を特定し、スクリーニングする。更に、いくつかの実施態様では、導入されるコドンの数は、変性位置にあるコドンの約５０％は野生型であるように選ばれる。別の例では、抗体鎖シャッフリングを用いて、より高い親和度を有する抗体を生成し、選択してもよい。これらの技術は従来技術で公知であるが、参照することにより本明細書に含める。
【００７９】
免疫反応成分の用量は変動してよく、一つの態様では、治療の持続時間、体量、既往、病気の重度、健康史、遺伝型、性別、及び／又は年齢に依存してもよい。免疫反応成分を含む組成物は、予防的及び／又は治療的処置のために個人に送達されてよい。一つの態様では、疾患及び／又は病態を抱える個人は、症状によって表される病態を緩和する、及び／又は、少なくとも部分的に治癒するために治療用量を投与される。この例では、治療的有効量が患者に投与される。
【００８０】
別の態様では、病状に対する個人の耐性が、抗体４０４の予防的に較正された用量を与えることによって強化される。予防的用量は、例えば、ある疾患及び／又は病態になりやすい遺伝的素因を有するヒト、ある疾患が蔓延している地域にいるヒト、及び／又は、自分の免疫反応を強化したいと願っているヒトを含む人々に投与されてもよい。
【００８１】
免疫反応成分の物理化学的性質の最適化は、コンピュータス利用クリーニング法によって改善される。抗体療法に影響を及ぼす性質、例えば、安定性、抗原結合親和度、及び／又は可溶性もまた改善することが可能である。それ以上の情報が、Ｌａｚａｒに付与された米国特許出願第２００４０１１０２２６号に見出されるであろう。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００８２】
図面を、ここでは図４、５、及び６を参照すると、選択されたエピトープ５０６における突然変異変化の出現、及び、相補性抗体又はその他の免疫反応成分５２４における対応変化の出現を示す、抗原−抗体反応の一態様が示されている。選択されたエピトープ５０６のこのような突然変異変化の性質は小さいこともあるし、大きいこともある。これら小さい及び／又は大きい抗原変動は、既存の治療をより効果の低いものにすることがある。従って、疾患又は病態に対する効果的治療法は、限定されないが、１種又はそれ以上の予測可能な抗原変動、例えば、１種又はそれ以上の介在因子の抗原変動、又は１種又はそれ以上の関連介在因子の抗原変動、及び／又は、少なくとも二つの介在因子によって共有される抗原変動を含む抗原変動を予期して設計された１種又はそれ以上の抗体によって疾患又は病態を治療することを含んでもよい。更に、介在因子４００及び／又は関連介在因子の抗原の小さい、及び／又は大きい変動の進行経過を予測することは、これらの１種又はそれ以上の予期抗体を設計し、選択するに当たって有益と考えられる。更に、ある実施態様では、ＳＮＰデータベースからの情報を含めるならば、それは、選択されたエピトープ５０６に結合する抗体を設計するに当たって有用であろう。
【００８３】
新しいサブタイプの形成に必ずしも至らないエピトープ４０２の小変動は、例えば、選択エピトープ５０６における点突然変異によって起こってもよい。一つの態様では、点突然変異の出現は、例えば、選択エピトープ５０６のホットスポットに限局されてもよい。このようなホットスポットの頻度、及び／又は出現は、コンピュータ法によって予測することが可能である。更に、この方法は、例えば、介在因子４００、及び／又は選択エピトープ５０６の抗原変動の、例えば、病気の以前の局地的及び／又は広域蔓延、すなわち、病気の天然の進化史の歴史的編纂記事を含むデータベースに対するアクセスを実現する。このような情報は、免疫反応の進行をなぞるエピトーププロフィールの一部となる。非限定的例が、インフルエンザＡウィルスのＮＳ１タンパクの位置９２のグルタミン酸における点突然変異によって与えられる。この突然変異は、ヒトのサイトカインの活性化を急激に下方調整することが明らかにされた、
【００８４】
更に図４、５、及び６の参照を続けると、選択エピトープ５０６における突然変異６１０が変異エピトープ６２９をもたらすということが示されている。通常本明細書で用いる「選択エピトープ５０６」という用語は、文脈から別様に指示されない限り、多くの場合表示エピトープの比較的一般的な条件の１タイプを構成する。突然変異エピトープ６２９の発生は、免疫反応成分、例えば、抗体６２４の結合を下げる可能性がある。一つの態様では、結合は、突然変異エピトープ６１０に対応する、新しい抗体６２８を生成することによって強化されることが考えられる。小さな抗原変動の頻度は、公知及び／又は予測変異性ホットスポットを調べることによって予測することが可能である。例えば、付加的変異６１１及び６１２は、コンピュータ法によって予測される可能性があり、それぞれ対応する抗体６２６及び６２７も、このような変異エピトープ６３０及び／又は６３１それぞれの抗原変動を補償するように設計される可能性がある。一つの態様では、効果的治療法は、介在因子４００に向けて効果的体液性反応を実現するに当たり、この知識を取り込むことが考えられる。例えば、免疫反応成分のカクテルは、選択されたエピトープ５０６、及び／又は、その予測される変異版に結合するために、抗体６２４、６２８、６２６、及び／又は６２７を含んでもよい。一つの態様では、１種又はそれ以上の抗体、又は他の免疫反応成分のカクテルは、付加的化学薬品、薬剤、及び／又は、増殖−、又は複製−、又は生存−変調因子を添加されてもよい。別の態様では、効果的治療法は、様々の用量の、免疫反応成分、例えば、６２４、６２８、及び／又は６２７に対して、実質的により大量の、より持続の長い又はより早期に、又はより後期の投与用量の６２６を含んでもよい。
【００８５】
ここで図７を参照すると、介在因子によって表示されるエピトープにおける突然変異変化の１態様と、免疫反応成分における対応変化が示されている。例えば、１種又はそれ以上の新しいエピトープ７００及び／又は７０４が、介在因子４００の表面に現れることがある。一つの態様では、介在因子４００の表面にある抗原変異種の中に大きな変化が起こり、新しいサブタイプ、又はサブ株の形成をもたらすことがある。観察される新規エピトープの出現は、例えば、抗原シフト、再分配、再シャッフリング、セグメントの再配置、及び／又はセグメントのスワッピングによる可能性があるが、一般に、介在因子４００の、新規の、有毒で、及び／又は、病原性の（サブ）株の出現の印となる。一つの例では、新規エピトープの予測は、新しい（サブ）株、新しいサブタイプの出現、及び／又は、古い（サブ）株の再出現をマークすることがある。この例では、ある個人のみの天然及び／又は人工的免疫保護では、初期感染又は感染進行に対する十分な保護を実現できないことがある。免疫保護、及び／又は体液性保護は、関連免疫反応成分の作用を強化、補足、又は有効な相互作用を可能とする、例えば、薬剤、薬品、又は小型分子によって補強されてもよい。
【００８６】
一般に、大きなエピトープの変化が起こる場合には、暴露される宿主集団の、比較的大きな部分が感染に倒れ、時には地域蔓延又は広域蔓延をもたらすことがある。この問題は、一部は、例えば、新規エピトープの出現、及び／又は既存のエピトープの消失に基づいて、介在因子の新型（サブ）株及び／又はサブタイプの出現を予告することによって緩和されることがある。例えば、限定されないが、新型エピトープの予測を含む一つの態様では、遺伝子のサブセット、例えば、介在因子４００の、ダーウィン的総合適合性、及び／又は、該因子の複製及び／又は感染性にとって重要な遺伝子のサブセットに注意を向けてもよい。例えば、インフルエンザＡの新型サブタイプの出現を調べることによって、抗原変動は、大部分、このウィルスのニューラミニダーゼ及び／又はヘムアグルチニン遺伝子の突然変異の結果起こることが明らかにされている。
【００８７】
別の態様では、選択されたエピトープ５０６は、変動性の高い領域を含んではおらず、代わりに、突然変異確率の低い面積に焦点を当てている可能性もある。従って、選択エピトープは、抗原変動のホットスポットを回避し、代わりに、介在因子４００の他の特異的領域、例えば、介在因子４００表面の受容体結合部位を標的としている可能性がある。別の例では、選択エピトープ５０６に対し、免疫反応成分は簡単にアクセスできない可能性もある。例えば、受容体結合部位は、大型タンパクの「ポケット」の中に深く埋め込まれ、比較的高いレベルの抗原変動を示す、簡単にアクセス可能な配列によって囲まれる場合がある。この例では、一つの可能性は、受容体結合部位に浸透し、介在因子４００が、その標的に結合することを阻止する小型の抗体断片を供給することを含む。別の例では、受容体結合部位のアクセスし易さを修飾、及び／又は強調するために、薬剤及び／又は薬品を用いてもよい。更に別の例では、タグ付きの薬品を用いて、受容体に結合し、次にそのタグを用いて、免疫反応成分を結合させてもよい。
【００８８】
別の態様では、免疫反応成分は、エピトープ４０２の形状変化を迂回し、エピトープ内部の突然変異変化に追随してまでも、エピトープ４０２に対して十分効果的な結合を実現できるように設計してもよい。この例では、設計される抗体、又は他の免疫反応成分は、ホットスポットの予測及び／又はエピトープ４０２における予測突然変異変化から導かれる余地を、その設計の中に含んでもよい。
【００８９】
一つの態様では、免疫反応成分のサイズを操作してもよい。免疫反応成分、例えば、抗体４０４は、エピトープ４０２に結合するのに必要な、実行できる最小の結合部位を含むように設計されてよい。別の例では、免疫反応成分は、効果的な最小の決定基に対して結合するように設計されてもよい。
【００９０】
一つの態様では、疾患及び／又は障害の効果的治療法は、複数の介在因子に対して予測される抗原ドリフト及び／又は抗原シフトを予期及び／又は治療するように設計された１種又はそれ以上の免疫反応成分を含んでもよい。これらの介在因子は、相互に関係が無くともよく、例えば、治療法は、複数の疾患に罹患する宿主のために設計されことも考えられる。
【００９１】
Ｂ．操作及び／又は工程
下記は、工程の実施を描く一連のフローチャートである。理解し易いように、これらのフローチャートは、図８に見られるように、最初のフローチャートは、総合的「大型画面」又は「トップレベル」の見地から実施態様を提示し、その後のフローチャートは、１枚以上の先行フローチャートの上に建設されるサブ工程又は追加工程として、「大画面」フローチャートの選択実施態様及び／又は拡張を提示する。当業者であれば、ここに用いられる提示スタイル（例えば、全体図を表すフローチャートの提示から始め、その後のフローチャートにおいて、それに対する付加及び／又は詳細を提供するスタイル）は、一般に、様々の工程実施の速やかな、確かな理解を可能とすることが了解されよう。
【００９２】
選択工程実施のいくつかが、文脈にそってここに記載される。例えば、図９に関連してここに記載されるように、例示ブロック９０６として記載されるものは、宿主に対する配列マッチの、例示的な必要条件の配列のリストとして挙げられる。当業者であれば、例示ブロック９０６に記載されるものを、方向工程９０５の文脈で読み取った場合、文脈から、宿主に対する配列マッチの、例示的な必要条件の配列のリストは、宿主に対する配列マッチを有する１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する方法工程９０５の選択的実施の実際的説明であり、且つ、配列マッチは、少なくとも一つのアミノ酸、核酸、又は糖配列マッチを含んでもよいことが了解されるであろう。同様に、例示ブロック１３２２として記載されるものを、例示ブロック１３２１及び方法工程１３５０として記載されるものの文脈で読み取った場合、文脈から、治療、例えば、１種又はそれ以上の介在因子において予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１種のモジュレーター、例えば、突然変異変化の抑制因子を含む治療に応じる１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する方法工程１３５０の選択的実施の実際的説明であることが明白であろう。例示ブロック９０６、１３２１、及び／又は１３２２に関連して今取り上げたものと同様の共通文章間の読み取りは、本明細書の教示に照らせば当業者の能力範囲内にあるので、分かり易さのため他の場所では文章をもって記載されない。
【００９３】
ここで図８を参照すると、工程のハイレベルロジック・フローチャートが示されている。方法ステップ８００は工程のスタートを示す。方法ステップ８０２は、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するステップを示す。例えば、一種以上のコンピュータ分析可能な属性とは、限定されないが、少なくとも一つの生物体、ウィルス、依存性ウィルス、連結ウィルス、細菌、酵母、カビ、菌、原生生物、古細菌、マイコプラズマ、ファージ、マイコバクテリウム、ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチァ、ナノ細菌、プリオン、伝染性海綿状脳症（ＴＳＥ）の原因因子、多細胞寄生生物、タンパク、感染性タンパク、ポリペプチド、ポリリボヌクレオチド、ポリデオキシリボヌクレオチド、ポリグリコペプチド、多糖、核酸、感染性核酸、ポリマー核酸、代謝副産物、細胞副産物、及び／又は毒素の少なくとも一つのコンピュータ分析可能な属性を含む。方法工程８４０は、宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することを示す。当業者であれば、方法工程８０２及び／又は８４０は、例えば、介在因子に関連する入力、及び／又は、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を受信することを含んでもよいことが了解されるであろう。介在因子及び／又はコンピュータ分析可能属性に関連する基準の例は、コンピュータ分析可能属性のサイズ、コンピュータ分析可能属性のタイプ、管理を要する疾患の性質、管理を要する障害の性質、管理を要する病態の性質、及び／又は、管理を要する宿主グループを含んでもよい。更に、当業者であれば、「セット」という用語は、「１種又はそれ以上の」という意味を含むこと、「１種又はそれ以上の」を意味するものと解釈すべきであることが了解されるであろう。本明細書の開示部分（例えば、フローチャート及び／又は支持記述及び／又は請求項）は、「コンピュータ分析可能な属性」に言及する。この部分は、特に登録請求項の開示に照らして、コンピュータ分析可能なエピトープ、エピトープ、抗原、及び／又は、コンピュータ分析可能な抗原を指す、教示すると適当に修飾することが可能である。部分のこのような修飾は、当業者の能力の範囲内にあるので、分り易くするために本明細書では改まって記載されない。更に、当業者であれば、一般に、コンピュータ分析可能エピトープ、エピトープ、抗原、及び／又はコンピュータ分析可能抗原は、一部、セクション、及び／又は全体を示してもよく、且つ、文脈から別様に解釈されない限り、予測された、元の、又は突然変異可能な配列を示すものであってもよいことが了解されるであろう。
【００９４】
ここで図９を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。様々な選択実施において、方法ステップ８４０は、サブステップ９０２、９０３、９０４、９０５、９０７、９０８、９０９、及び／又は９１０の内の少なくとも一つを含んでもよいことが例示されている。方法ステップ９０２は、１種又はそれ以上の介在因子によって表示される１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成することを示す。方法ステップ９０３は、少なくとも２のコピー数として存在し、１種又はそれ以上の介在因子によって表示される１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成することを示す。方法ステップ９０４は、１種又はそれ以上の介在因子の少なくとも２種に存在する１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成することを示す。示されているように、方法ステップ９０５は、宿主にマッチする配列を有する１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成することを示す。一の代替の実施が示されており、方法ステップ９０５は、少なくとも１個の例示ブロック９０６を含んでもよい。例示ブロック９０６は、配列マッチの例は、アミノ酸、核酸、及び／又は糖配列マッチの内の少なくとも一つを含んでもよいことを示す。当業者であれば、「アミノ酸」という用語は、限定されないが、完全及び／又は部分的アミノ酸、アミノ酸残基、アミノ酸機能基、及び／又はそれらの成分を含むことが了解されよう。当業者であれば、「ヌクレオチド」という用語は、限定されないが、完全及び／又は部分的ヌクレオチド、ヌクレオチド残基、ヌクレオチド機能基、及び／又はそれらの成分を含むことが了解されよう。方法ステップ９０７は、少なくとも１個の、実質的に直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成することを示す。方法ステップ９０８は、少なくとも１個の、実質的に非直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成することを示す。方法ステップ９０９は、１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に近似の機能作用（例えば、遺伝子及び／又はタンパクの作用の結合、抑制及び／又は強調のような機能作用）を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成することを示す。方法ステップ９１０は、アッセイ（例えば、結合、抑制、及び／又は活性化アッセイ）において、１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に近似の結果を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成することを示す。
【００９５】
ここで図１０を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。一つの選択実施態様において、図８に描かれる方法は、方法ステップ１０１０を含んでもよいことが例示されている。方法ステップ１０１０は、１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性に一致する１種又はそれ以上の配列を表示することを示す。例えば、表示された配列は、ヌクレオチド配列、タンパク配列、糖配列、配列名、及び／又は、配列の他の修飾又は指示内容に関する情報を含んでもよい。
【００９６】
ここで図１１を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。一つの選択実施態様において、図８に描かれる方法は、方法ステップ１１１０を含んでもよいことが例示されている。方法ステップ１１１０は、１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性と関連する、宿主の免疫反応の少なくとも一部の１種又はそれ以上の代替コースを投影することを示す。例えば、代替コースは、例えば、介在因子の突然変異率の予測的計算、適応する宿主の予測的計算、及び／又は、公知又は予測される病気経過によって誘導されてもよい。免疫反応の少なくとも一部の、１種又はそれ以上の代替コース投影の将来コースを外挿するために、従来公知及び／又は予測情報を用いてもよい。
【００９７】
図面を、ここでは図１２を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。一つの選択実施態様において、方法ステップ８０２は、サブステップ１２０４を含んでもよいことが示されている。方法ステップ１２０４は、宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影することを含むことが示されている。一つの別の実施態様では、方法ステップ１２０４は、サブステップ１２０５を含んでもよい。方法ステップ１２０５は、処置に対する、１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影することを示す。
【００９８】
図面を、ここでは図１３を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。様々な選択実施態様において、方法ステップ８４０は、サブステップ１３５０を含んでもよいことが示されている。方法ステップ１３５０は、処置に応ずる１種又はそれ以上の介在因子の、セットの、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を形成することを含むことが例示されている。種々の選択実施態様において、方法ステップ１３５０は、例示ブロック１３０２、１３０３、１３０４、１３０５、１３０６、１３０７、１３０８、１３０９、１３１０、１３１１、１３１２、１３１３、１３１４、１３１５、１３１６、１３１７、１３１８、１３１９、１３２０、及び／又は１３２１の内の少なくとも一つを含んでもよいことが示されている。例示ブロック１３０２は、処置の例として、抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１個の少なくとも１部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０３は、処置の例は、マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１個の少なくとも１部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０４は、処置の例は、抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１個のモジュレーター（例えば、小型分子、薬剤、及び／又は化合物）の少なくとも１個の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０５は、処置の例は、マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ分子、ＣＤ３分子、及び／又はＣＤ１分子の内の少なくとも１個のモジュレーターの少なくとも１個の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０６は、処置の例として、Ｂリンパ球の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０７は、処置の例として、Ｂリンパ球の少なくとも一部のモジュレーターの少なくとも１個の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０８は、処置の例として、合成抗体又は合成抗体のモジュレーターの内の少なくとも１個の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０９は、処置の例として、Ｆａｂ領域の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１０は、処置の例として、Ｆａｂ’領域の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１１は、処置の例として、Ｆｖ領域の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１２は、処置の例として、Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２領域の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１３は、処置の例として、パラトープの少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１４は、処置の例として、補体の少なくとも一部を活性化するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１５は、処置の例として、抗体依存性又は抗体促進性細胞傷害性を仲介するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１６は、処置の例として、生物種依存性又は生物種特異的抗体の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１７は、処置の例として、細胞外分子に向けた処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１８は、処置の例として、細胞表面分子又は細胞関連分子の内の少なくとも１種に向けられた処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１９は、処置の例として、分泌タンパク、及び／又はポリペプチド、及び／又は糖タンパク、及び／又は受容体、及び／又は受容体リガンドの内の少なくとも１種に向けられた処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３２０は、処置の例として、少なくとも１種の抗体の少なくとも一部に結合するための処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３２１は、処置の例として、１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、及び／又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む処置を含んでもよいことを示す。種々の選択実施態様において、例示ブロック１３２１は、処置の例として、少なくとも一つの例示ブロック１３２２及び／又は１３２３を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３２２は、（ａ）エピトープシフト、及び／又は（ｂ）エピトープドリフトのモジュレーターの例として、１種又はそれ以上の介在因子の突然変異変化の少なくとも１個のサプレッサー（例えば、突然変異率を変調してもよい薬品、化合物、及び／又は薬剤）を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３２３は、（ａ）エピトープシフト、及び／又は（ｂ）エピトープドリフトのモジュレーターの例として、少なくとも１個の干渉性核酸（例えば、デオキシヌクレオチド、化学的に合成されたヌクレオチド、ヌクレオチド類縁体、天然には見られないヌクレオチド、又は、未処置の介在因子の天然ＲＮＡ又はＤＮＡに認められないヌクレオチドの内の一つ以上、又は、（例えば、重合した）そのような核酸セット）を含んでもよいことを示す。
【００９９】
図面を、ここでは図１４を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。種々の選択実施態様において、方法ステップ８４０は、サブステップ１４０１を含んでもよいことが示されている。方法ステップ１４０１は、少なくとも１個のメタ署名（例えば、免疫反応を変調するために、１種又はそれ以上の介在因子によって共有される少なくとも１個の配列、及び／又は、免疫反応を変調するために１種又はそれ以上の介在因子から誘導される少なくとも１個の共通配列）を含む１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することを示す。
【０１００】
Ｃ．変異種及び／又は実施態様
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、免疫反応成分は、多くの疎水成分を排除する外に、高分子量化合物にたいしてもこれを区別して排除することが知られる血液−脳関門を横切るように処方されてもよい。例えば、抗体断片は、脂質小胞の中に取り込まれてもよい。別の例では、抗体、又は抗体の一部は、担体タンパク又は分子に対しタグとして取り付けられてもよい。別の例では、抗体、又は他の免疫反応成分は、１個又はそれ以上の相補的断片に分裂させられてもよい。各断片は脂質小胞に取り込まれ、その相補的断片に結合した場合にのみ機能的となる。一旦血液−脳関門を横切ったならば、脂質小胞は溶解して抗体断片を放出してよい。この断片は、相補的片割れと再結合し、完全に機能的な抗体又は他の免疫反応成分を形成してもよい。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０１】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、免疫反応成分は、大規模形式で製造されてもよい。本法は、小規模形式、又は個人の要求に合わせたケア用途と、大型用途及び／又は大規模形式用途の両方に当てはまる。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０２】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、方法は、任意の疾患又は障害の免疫反応成分を表示するのに使用されてよい。この方法の応用は、疾患であって、抗原シフト又はドリフトのために、免疫システムが常に「推測」の対象であり、有効反応とするのには遅すぎたり、まったく有効反応を示さなかったりする疾患に限定されない。インフルエンザＡウィルス、又はＨＩＶ−１は、本法の適用に対して、もっと好適なウィルス疾患介在因子の候補ではあるが、その他の疾患、障害、及び／又は病態の治療もこの方法から利益を受けると思われる。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０３】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、環境について、局地的に存在する病原（サブ）株のサンプルを可能とする、ＰＣＲ携帯機を含めることによって、抗原変化に関するリアルタイムの評価が実現される可能性がある。情報は、遠距離を介して、別の場所に、又は、携帯物質投与機、例えば、病気が疑われる宿主によって利用されるリモートセンサー付き滴下装置に送信され、これによって必要な免疫反応成分が活性化され、疑惑の宿主に対し十分な保護が与えられる。この評価は時間と共に変化すると考えられるから、携帯投与装置は、搬送される免疫反応の用量又はタイプを変えるように駆動されてもよい。ＰＣＲ携帯装置、又は機能的類似のシステムに動作的に結合したこのような携帯滴下装置は、限定されないが、多種多様な用途、例えば、医療担当者が、病気が地域的に蔓延している地域を訪問する場合、及び／又は、軍の担当者が、未知の病原体の存在が疑われる区域に入る場合を含む用途に利用される。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０４】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、関連病を疑われる宿主は、該宿主に対し、ある一定期間、必要な免疫反応仲介性保護を与えるように、及び／又は、介在因子１００のエピトープのパターン変化を予期して、あらかじめプログラムされた免疫反応成分を含む投与装置を使用してもよい。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０５】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、ＲＮＡブロッカー及び／又は１本鎖ＲＮＡｉ技術を用いて、遺伝子を下方調整したり、その発現の生産を干渉したり、或いは、別のやり方で、本法と組み合わせて免疫系の成分を効果的に変調してもよい。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０６】
当業者であれば、前述の特定例の工程、及び／又は装置、及び／又は技術は、本明細書の別の場所、例えば、本出願と共に、及び／又は本出願の別の場所にまとめられる請求項に教示される、より一般的な工程、及び／又は装置、及び／又は技術を代表するものであることが了解されよう。
【０１０７】
当業者であれば、技術の先端は、システムの態様におけるハードウェアとソフトウェアの実施との間にはほとんど区別がない程度にまで発達していることが了解されよう；ハードウェア又はソフトウェアの使用は、一般に、コスト・対・効率・対・操作し易さの妥協点を表す設計選択である（ある背景では、ハードウェアとソフトウェア間の選択が重要となることがあるという意味で必ずしもそうではない）。当業者であれば、本明細書に記載される工程、及び／又はシステム、及び／又は他の技術が実行されるベヒクルは様々である（例えば、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェア）こと、及び、好ましいベヒクルは、工程及び／又はシステム及び／又は他の技術が展開される背景と共に変わることを了解するであろう。例えば、実行者が、速度と正確度が最重要と判断すれば、該実行者は、主に、ハードウェア及び／又はファームウェアに傾くであろう。一方、弾力性が最重要である場合には、実行者は、主にソフトウェア導入に傾くであろう。更に別態様として、実行者は、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアのある組み合わせを良しとすることもあろう。従って、本明細書に記載される工程、及び／又はシステム、及び／又は他の技術が実行される可能なベヒクルはいくつかあるが、そのいずれも、該ベヒクルが展開される背景と、実行者の特定の関心事（例えば、速度、弾力性、又は予測性）、そのいずれも実質的に変動することが可能である、に依存する選択であるという意味で、内在的に、普遍的に他者に優ることはない。
【０１０８】
前述の詳細な説明は、ブロックダイアグラム、フローチャート、及び／又は実例を用いて、装置及び／又は工程の各種実施態様を記載してきた。このようなブロックダイアグラム、フローチャート、及び／又は実例が、一又はそれ以上の機能、及び／又は操作を含んでいる限り、そのブロックダイアグラム、フローチャート、及び／又は実例内の各機能、及び／又は操作は、広範なハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、又は、それらのほとんど任意の組み合わせによって、個別に、及び／又は全体として実行が可能であることは、当事者に理解されるであろう。一つの実施態様では、本明細書に記載される主題のいくつかの部分は、アプリケーション特異的集積回路（ＡＳＩＣ）、利用者書き込み可能ゲートアレイ（ＦＰＧＡ）、デジタル信号プロセッサー（ＤＳＰ）、その他の集積形式、又はその他の集密形式を通じて導入されてもよい。一方、当業者であれば、本明細書に開示される実施態様のある態様は、全部又は一部として、１個又はそれ以上のコンピュータの上で走る１種又はそれ以上のプログラムとして（例えば、１個又はそれ以上のコンピュータシステムの上で走る１種又はそれ以上のプログラムとして）、１個又はそれ以上のプロセッサーの上で走る１種又はそれ以上のプログラムとして（例えば、１個又はそれ以上のマイクロプロセッサーの上で走る１種又はそれ以上のプログラムとして）、ファームウェアとして、それらのほとんど任意の組み合わせとして、標準集積回路に等価的に導入すること、及び、ソフトウェア及び／又はハードウェアのための回路、及び／又は、コードの記述は、本開示に照らせば、当業者の技能の範囲内に十分入ると考えられることを認識するであろう。更に、当業者であれば、本明細書に記載される主題の機構は、様々な形式で、プログラム製品として配布が可能であること、及び、本明細書に記載される主題の例示の実施態様は、その配布を実際に実行するために用いられる信号担持媒体の特定のタイプとは無関係に等しく適用されることを了解されるであろう。信号担持媒体の例としては、下記が挙げられるが、ただしそれらに限定されない：すなわち、記録可能タイプの媒体、例えば、フロッピーディスク、ハードディスクドライブ、ＣＤ／ＤＶＤ−ＲＯＭ、デジタルテープ、及び、様々なタイプのコンピュータ記憶装置；及び、データ伝達型媒体、例えば、ＴＤＭ又はＩＰ系通信リンク（例えば、パケットデータリンク）を用いるデジタル及びアナログ通信リンクである。
【０１０９】
一般的な意味で、当業者は、広範なハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、又はそれらの任意の組み合わせによって、個別に及び／又は全体として、導入することが可能な、本明細書に記載される様々な態様は、様々なタイプの「電気回路」から構成されると見なすことも可能であることを認識するであろう。従って、本明細書で用いる「電気回路」は、限定されないが、少なくとも１個の独立した電気回路を有する電気回路、少なくとも１個の集積回路を有する電気回路、少なくとも１個のアプリケーション特異的集積回路を有する電気回路、コンピュータプログラムによって構成される汎用コンピュータ（例えば、本明細書に記載される工程、及び／又は装置を少なくとも部分的に実行するコンピュータプログラムによって構成される汎用コンピュータ、又は、本明細書に記載される工程、及び／又は装置を少なくとも部分的に実行するコンピュータプログラムによって構成されるマイクロプロセッサー）を形成する電気回路、記憶装置を形成する電気回路（例えば、ランダムアクセスメモリーの形）、及び／又は、通信装置（例えば、モデム、通信スイッチ、又は、光学電気装置）を形成する電気回路を含んでよい。
【０１１０】
当業者であれば、従来技術においては、本明細書に記載されるやり方で装置、及び／又は工程を記載し、その後で、このように記載された装置、及び／又は工程を組織立ててデータ処理システムにまとめるために標準的工学的慣行を用いることが一般的であることを認識するであろう。すなわち、本明細書に記載される装置、及び／又は工程の少なくとも一部は、無理とはならないある程度の量の実験を通じて、データ処理システムにまとめ上げることが可能である。当業者であれば、典型的なデータ処理システムは、一般的に、システムユニット筐体、ディスプレイ装置、ビデオディスプレイ装置、揮発性及び／又は不揮発性メモリーのようなメモリー、マイクロプロセッサーのようなプロセッサー、及び、デジタル信号プロセッサー、オペレーティングシステムのようなコンピュータ実体、ドライバー、ユーザーインターフェイス（例えば、グラフィカル）、及びアプリケーションプログラム、１種又はそれ以上の対話型装置、例えば、タッチパッド又は画面、及び／又は、フィードバックループ及びコントロールモーターのようなコントロールシステム（例えば、位置、及び／又は速度を感受するためのフィードバック、バルブ及び／又は量のような成分を動かす、及び／又は調節するためのコントロールモーター）を含むことを認識されるであろう。典型的データ処理システムは、適切な、市販の、任意の成分、例えば、デジタルコンピューティング／通信、及び／又は、ネットワークコンピューティング／通信システムを利用することによって導入してもよい。
【０１１１】
参照された米国特許、米国特許出願公報、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、及び／又は、本明細書に参照され、及び／又は、任意の出願データシートに列挙された非特許出版物、これらの全ては、その全体が、参照することにより本出願に含められる。
【０１１２】
本明細書に記述される態様は、種々の他の成分の中に含まれる、又は、接続される様々な成分である。このように描かれた構造体は、単に例示的なものであること、実際、同じ機能性を実現する、他の多くの構造体が導入可能であることを理解しなければならない。概念的な意味で、同じ機能性を実現する成分同士の配置は、それがどのようなものであれ、その所望の機能性が実現されるように実効的に「関連している」。従って、ある特定の機能性を実現するように本発明において組み合わされる任意の二つの成分は、構造体、又は中間成分とは無関係に、所望の機能性が実現されるように互いに「関連付けられている」と見なすことが可能である。同様に、そのように関連付けられた任意の二つの成分は、所望の機能性を実現するために、互いに「動作的に接続された」、又は「動作的に結合された」ものと見なすことが可能である。動作的に結合可能な特定例は、限定されないが、物理的に嵌合可能、及び／又は、物理的に相互作用を有する成分同士、及び／又は、無線的に相互作用を有することが可能な、及び／又は、無線的に相互作用を有する成分同士を含む。
【０１１３】
本明細書に記載される、本発明の主題の特定態様が示され、記載された今、当業者には、本明細書の教示に基づいて、本明細書に記載される本主題、及びより広い態様から逸脱することなく変化、及び修飾を実行することが可能であること、従って、添付の請求項は、その範囲の中に、全てのそのような変化及び修飾を、本明細書に記載される本主題の真の精神と範囲の中に含まれるように、含むべきであることが明白であろう。更に、本発明は、ただ添付の請求項によってのみ定義されることを理解すべきである。当業者であれば、一般に、本明細書に用いられる用語、特に、添付の請求項（例えば、添付の請求項の本文）に用いられる用語は、一般に、「開放的」用語であること（例えば、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、「含むが限定されない（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）」という意味として解釈されるべきであり、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」という用語は、「少なくとも有する（ｈａｖｉｎｇ ａｔ ｌｅａｓｔ）」という意味として解釈されるべきであり、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」という用語は、「含むが限定されない（ｉｎｃｌｕｄｅｓ ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）」という意味として解釈されるべきであることが理解されるであろう。更に、当業者であれば、ある特定数の導入句つき請求項の説明が意図される場合、そのような意図は、はっきりと請求項において言及され、そのような言及の無い場合、そのような意図は無いことが理解されよう。例えば、理解の助けとするために、頭書の添付の請求項は、請求項の説明を導くために、導入句「少なくとも一つ」及び「一つ又はそれ以上」の使用を含むことがある。しかしながら、このような句の使用を、不定冠詞”ａ”又は”ａｎ”による請求項説明を導くことは、前記のような導入句付き請求項の説明を含む特定の請求項を、特に、その同じ請求項が、導入句「一つ又はそれ以上」又は「少なくとも一つ」、及び”ａ”又は”ａｎ”のような不定冠詞を含む（例えば、”ａ”及び／又は”ａｎ”は、通常、「少なくとも一つ」、又は「一つ又はそれ以上」を意味するものと解釈しなければならない）時でさえも、前記のような一つの説明のみを含む発明に限定することを意味すると見なしてはならない。更に、仮にある特定数の導入句付き請求項説明がはっきりと言及されていたとしても、当業者であれば、その言及は、通常、少なくともその言及された数だけは意味するものと解釈すべきものであることを認識されるであろう（例えば、他の修飾語無しに単に「二つの言及」と言及した場合、それは通常、少なくとも二つの言及、又は、二つ又はそれ以上の言及を意味する）。更に、「Ａ、Ｂ、及びＣの内の少なくとも一つ」に似た常套句が使用される場合、一般に、そのような構成は、当業者が、その常套句を理解するのと同じ意味が意図される（例えば、「Ａ、Ｂ、及びＣの内の少なくとも一つを有するシステム」は、Ａのみ、Ｂのみ、Ｃのみ、ＡとＣ、ＡとＣ、ＢとＣ、及び／又は、Ａ、ＢとＣを有するシステムを含むが、ただしこれらに限定されない）。「Ａ、Ｂ、及びＣの内の少なくとも一つ」に似た常套句が使用される場合、一般に、そのような構成は、当業者が、その常套句を理解するのと同じ意味が意図される（例えば、「Ａ、Ｂ、及びＣの内の少なくとも一つを有するシステム」は、Ａのみ、Ｂのみ、Ｃのみ、ＡとＣ、ＡとＣ、ＢとＣ、及び／又は、Ａ、ＢとＣを有するシステムを含むが、ただしこれらに限定されない）。更に、本明細書で使用される、特に、添付の請求項で使用される「又は」という単語は、通常は、含む、又は、を意味する（例えば、「Ａ又はＢを有するシステム」は、Ａのみ、Ｂのみ、及び／又は、ＡとＢを有するシステムを含むと考えられるが、ただしこれらに限定されない）。
【図面の簡単な説明】
【０１１４】
【図１】図１は、主題技術の、及び／又は主題技術のための例示の環境としての役割をするシステムの一態様を示す。
【図２】図２は、主題技術の、及び／又は主題技術のための例示の環境としての役割をするシステムの部分図を示す。
【図３】図３は、主題技術の、及び／又は主題技術のための例示の環境としての役割をするシステムの部分図を示す。
【図４】図４は、免疫反応成分が、例えば、抗体が、抗原によって提示されるエピトープと相互作用を有する、例示の相互作用の一つの態様の概略図を示す。
【図５】図５は、免疫反応を強化する方法の一つの態様の概略図を示す。
【図６】図６は、抗原−抗体相互作用の一態様であって、ある選択されたエピトープにおける突然変異の出現と、相補的抗体における対応する変化を示す。
【図７】図７は、介在因子によって表示されるエピトープにおける突然変異変化、及び、免疫反応成分、例えば、抗体の対応変化の一態様の図である。
【図８】図８は、工程の、ハイレベルロジック・フローチャートを示す。
【図９】図９は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１０】図１０は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１１】図１１は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１２】図１２は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１３Ａ】図１３Ａは、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１３Ｂ】図１３Ｂは、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１３Ｃ】図１３Ｃは、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１３Ｄ】図１３Ｄは、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１４】図１４は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【技術分野】
【０００１】
関連出願に対する相互参照
本出願は、下記に列挙する出願（単数又は複数）（「関連出願」）に関し、該出願の、利用できるもっとも早い有効登録日付を主張し（例えば、暫定特許出願以外の、利用できるもっとも早い優先日付を主張する；暫定特許出願に関する米国特許法第３５条１１９（ｅ）項の下に利益を主張する）、且つ、下記に列挙する出願（「関連出願」）の全ての主題を、参照することによりその全体を本出願に含める。本出願はまた、該関連出願の親出願、祖母出願、曾祖母出願等の、利用できるもっとも早い有効登録日付を主張し、且つ、その任意の、及び全ての主題を、参照することにより、その全体を本出願に含める。米国特許商標庁（ＵＳＰＴＯ）は、下記の内容の告示を公刊した。すなわち、ＵＳＰＴＯのコンピュータプログラムの必要から、出願者がある出願を参照する場合、該出願の連続番号、及び該出願が、継続か、部分的継続であるかを報知しなければならない、と言う内容である。本出願人は、先に特許法の記述に従って、下記に、それに基づいて優先権を主張する出願に対する特異的参照を提出した。本出願人は、特許法の特異的参照に関する言語は明晰であり、連続番号も、その他の特定事項、例えば、「継続」、又は「部分的継続」を必要としないことを理解する。この発言にも拘わらず、本出願人は、ＵＳＰＴＯのコンピュータプログラムはいくつかのデータ記入要求を有することを理解する。従って、本出願人は、本出願が、その親出願の部分的継続であると表示するが、しかし、その表示は、本発明が、その親出願の事物の上に更に何か新たな事物を含むかどうか、に関する何かの言及、及び／又は、容認であると、いかなる意味でも解釈してはならないと、ここに宣告する。
関連出願：
１．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫システム改善に関連するシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＴＯ ＩＭＰＲＯＶＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＳＹＳＴＥＭ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ． Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ，Ｊｒ．、登録日付：２００４年８月２４日、ＵＳＡＮ １０／９２５，９０４、の部分的継続を構成する。
２．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫反応を高めるシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＦＯＲ ＨＥＩＧＨＴＥＮＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌ．Ｗｏｏｄ，Ｊｒ、登録日付：２００４年８月２５日、ＵＳＡＮ １０／９２６，７５３、の部分的継続を構成する。
３．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫システムの増強に関連するシステム及び方法」（“Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＴＯ ＡＵＧＭＥＮＴＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ，Ｊｒ．、登録日付：２００４年８月２４日、ＵＳＡＮ １０／９２５，９０５、の部分的継続を構成する。
４．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫システムの強化に関連するシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＴＯ ＥＮＨＡＮＣＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＳＹＳＴＥＭ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ Ｊｒ．、登録日付：２００４年８月２４日、ＵＳＡＮ １０／９２５，９０２、の部分的継続を構成する。
５．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫反応を拡大するためのシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＦＯＲ ＭＡＧＮＩＦＹＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ Ｊｒ．、登録日付：２００４年８月２５日、ＵＳＡＮ １０／９２６，８８１、の部分的継続を構成する。
６．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「免疫反応を変調するためのシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＦＯＲ ＭＯＤＵＬＡＴＩＮＧ ＡＮ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ Ｊｒ．、登録日付：２００４年１２月２日、ＵＳＡＮ＿＿（指定の予定）の部分的継続を構成する。
７．ＵＳＰＴＯの特許法外要求に応えるために、本出願は、現在係属中の米国特許出願、名称「体液免疫反応を増強するためのシステム及び方法」（”Ａ ＳＹＳＴＥＭ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤ ＦＯＲ ＡＵＧＭＥＮＴＩＮＧ Ａ ＨＵＭＯＲＡＬ ＩＭＭＵＮＥ ＲＥＳＰＯＮＳＥ”）、発明者名：Ｍｕｒｉｅｌ Ｙ．Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅｄｗａｒｄ Ｋ．Ｙ．Ｊｕｎｇ，Ｎａｔｈａｎ Ｐ．Ｍｙｈｒｖｏｌｄ，Ｒｉｃｈａ Ｗｉｌｓｏｎ，ａｎｄ Ｌｏｗｅｌｌ Ｌ．Ｗｏｏｄ Ｊｒ．、登録は本出願と同時に行われた出願、の部分的継続を構成する。
【０００２】
技術分野
本発明は、一般的に、検出及び／又は治療に関する。
【発明の開示】
【０００３】
概要
一つの態様において、本発明は、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するステップと；宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットと；を形成することを含むが、ただしそれらに限定されない。前記に加え、他の方法態様が、本出願の部分を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【０００４】
一つの態様では、システムは、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備する回路と；宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する回路と；を含むが、ただしそれらに限定されない。前記に加え、他のシステム態様が、本出願の部分を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【０００５】
一又はそれ以上の様々な態様において、関連システムは、本明細書に引用される方法態様を実行するための回路及び／又はプログラミングを含むが、ただしそれらに限定されない；すなわち、回路及び／又はプログラミングは、システムデザイナーのデザイン選択に応じて、本明細書に参照される方法を実行するよう構成される、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアの、ほぼ任意の組み合わせであってもよい。
【０００６】
一つの態様では、システムは、コンピュータ読み取り可能な媒体であって、限定されないが、コンピュータシステムと共に使用される少なくとも一つのコンピュータプログラムを含み、前記少なくとも一つのコンピュータプログラムは、複数の指令：すなわち、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するための１個又はそれ以上の指令と；宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；を含む複数の指令を含むコンピュータ読み取り可能な媒体を含むが、ただしそれに限定されない。前記に加え、他のシステム態様が、本出願の部分を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【０００７】
一つの態様では、方法は、限定されないが：宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備するステップと；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成するステップと；を含む。前記に加え、他の方法態様が、本出願の部分を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【０００８】
一又はそれ以上の様々な態様において、関連システムは、限定されないが、本明細書に参照される方法態様を実行するための回路、及び／又はプログラミングを含む；すなわち、回路、及び／又はプログラミングは、システムデザイナーのデザイン選択に応じて、本明細書に参照される方法態様を実行するよう構成される、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアの、ほぼ任意の組み合わせであってもよい。
【０００９】
一つの態様において、プログラム製品は、限定されないが：少なくとも１個の信号担持媒体であって、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備するための１個又はそれ以上の指令と；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；を含む信号担持媒体を含む。前記に加え、他のプログラム製品態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１０】
一つの態様では、方法は、限定されないが、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のエピトープを準備するステップと；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のエピトープセットを形成するステップと；を含む。前記に加え、他の方法態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１１】
一又はそれ以上の様々な態様において、関連システムは、限定されないが、本明細書に参照される方法態様を実行するための回路及び／プログラミングを含む；すなわち、回路及び／又はプログラミングは、システムデザイナーのデザイン選択に応じて、本明細書に参照される方法態様を実行するよう構成される、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアの、ほぼ任意の組み合わせであってもよい。
【００１２】
一つの態様において、プログラム製品は、限定されないが、少なくとも１個の信号担持媒体であって、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のエピトープを準備するための１個又はそれ以上の指令と；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のエピトープセットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；を含む信号担持媒体を含む。前記に加え、他のプログラム製品態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１３】
一つの態様では、方法は、限定されないが、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備するステップと；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成するステップと；を含む。前記に加え、他の方法態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１４】
一又はそれ以上の様々な態様において、関連システムは、限定されないが、本明細書に参照される方法態様を実行するための回路及び／プログラミングを含む；すなわち、回路、及び／又はプログラミングは、システムデザイナーのデザイン選択に応じて、本明細書に参照される方法態様を実行するよう構成される、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアの、ほぼ任意の組み合わせであってもよい。
【００１５】
一つの態様において、プログラム製品は、限定されないが、少なくとも１個の信号担持媒体であって、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備するための１個又はそれ以上の指令と；宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；を含む信号担持媒体を含む。前記に加え、他のプログラム製品態様が、本出願の一部を形成する請求項、図面、及び、本文に記載される。
【００１６】
前記に加え、種々の他の方法及びシステム態様が、本出願の本文（例えば、請求項及び／又は詳細な説明）、及び／又は図面において記述され、記載される。
【００１７】
前記は概要であり、従って、必然的に、詳細の単純化、一般化、省略である。それ故、当業者であれば、概要は単に例示のものに過ぎず、いかなる意味でも限定的であることが意図されないことが了解されるであろう。本出願に記載される装置及び／又は工程の、他の態様、発明特性、及び利点は、請求項においてのみ定められるものであるが、本出願に記述される、詳細な、非限定的記載において明らかになろう。
【００１８】
異なる図面における同じ記号の使用は、通常、類似の、又は同一の品目であることを示す。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１９】
詳細な説明
本出願は、提示を明瞭とするために、公式的な概略題目を用いる。しかしながら、これらの概略題目は、表示目的のためのものであり、種々のタイプの主題が、出願全体を通じて議論されることが可能であることを理解しなければならない（例えば、装置／構造体は、過程／操作題目の下に記載されてもよいし、及び／又は、過程／操作が、構造体／過程題目の下に議論されてもよい）。従って、公式的概略題目の使用は、いかなる意味でも限定的であることを意図するものではない。
【００２０】
図面を、ここでは図１を参照すると、主題技術の、及び／又は、主題技術のための例示の環境として役立つシステムの一つの態様、例えば、介在因子によって提示されるエピトープ、及び／又は、コンピュータ分析可能なエピトープを変調するための免疫反応成分を表示するためのコンピュータ法として機能を果たすことができるシステムの一態様を描写する。従って、本出願は先ず、図１のある特定の例示のシステムを記載する；その後、本出願は、ある特定の例示の構造体及び過程を具体的に説明する。当業者であれば、本明細書に記載される特定の構造体及び過程は、より一般的な対照物の単なる例示として意図されていることが明らかであろう。当業者にはまた、エピトープ−抗体、コンピュータ分析可能なエピトープ−抗体相互作用、免疫細胞受容体−エピトープ及び／又は免疫細胞分泌産物−エピトープ、及び／又は抗原−抗体相互作用は、エピトープ、コンピュータ分析可能なエピトープ、及び／又は抗原と免疫反応成分の例示の相互作用であることが了解されるであろう。従って、相互作用の正確な性質は変動しても、本明細書、及び／又は、他の関連出願に記載されている全体像は、エピトープ、コンピュータ分析可能エピトープ、及び／又は抗原と相互作用を有する免疫反応成分の相互作用に関する。本明細書で用いる「エピトープ」４０２という用語は、意味上合致していれば、コンピュータ分析可能なエピトープ、抗原、パラトープ結合部位、抗原決定基、及び／又は、決定基と相互交換的に使用されてもよい。
【００２１】
Ａ．構造体及びシステム
図１を更に続けると、主題技術の、及び／又は主題技術のための例示の環境としての機能を果たすシステムの部分図を描写する。１人又はそれ以上のユーザー１１０が、コンピュータプログラム１０２、例えば、疾病、障害、及び／又は病態に関連するコンピュータ分析可能な属性を特定するためのコンピュータシステム１００を使用してもよい。コンピュータプログラム１０２は、１つ又はそれ以上の指令セット、例えば、ホストにおける免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するための指令を含んでもよい。一つの態様では、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性は、ユーザー定義のパラメータ、例えば、限定されないが、サイズ、介在因子のタイプ、及び／又は宿主のタイプを含むパラメータに応じて準備されてもよい。指令は、汎用コンピュータ、又はマイクロプロセッサーに負荷された場合、新規の機械を創出するようにプログラムされている。なぜなら、汎用コンピュータは、一旦それが、プログラムソフトウェアからの指令に関連して特定の機能を実行するようにプログラムされると、特定仕様コンピュータとなるからである。すなわち、ソフトウェアプログラムの指令は、汎用コンピュータを、該装置内に電気経路を創出することによって電気的に変えてもよい。これらの電気経路は、ある実施態様では、特定のプログラムを実行するための回路を有する、特定仕様機械を創出してもよい。コンピュータプログラム１０２は、ホスト１０４の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セット、例えば、宿主１０４の免疫反応の少なく共一部を変調するために操作することが可能な、セットの、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を形成するための回路を発生させる指令を含んでもよい。コンピュータプログラム１０２は、例えば、医療担当者、研究者、又は検査室職員、又はその装置からの入力を受信してもよい。ユーザーインターフェイスが、コンピュータプログラム１０２への接触を供給するように結合されてもよい。一つの実施態様では、コンピュータプログラム１０２は、情報を保存するデータベース１０６にアクセスし、出力１０７をコンピュータシステム１００に転送してもよい。一つの例示の実施態様では、フィードバックループが、コンピュータプログラム１０２とデータベース１０６の間に設定される。出力１０７は、コンピュータプログラム１０２にフィードバックされ、及び／又はコンピュータシステム１００に表示されてもよい。本システムは、研究ツールとして、治療を更に進めるためのツール等として使用されてもよい。本フィードバックスキームは、本明細書に及び他の場所に記載されるように反復過程において有用である可能性がある。
【００２２】
図面を、ここでは図２を参照すると、主題技術の、及び／又は該主題技術のための例示の環境として参考になるシステムの部分図が描写されている。データベース１０６、データ２００は、及び／又は、出力１０７は、各種入力機構、例えば、医学システムを介するロボット及び／又はユーザー入力２０４、製造システムを介するロボット及び／又はユーザー入力２０５、又は、検査室システムを介するロボット及び／又はユーザー入力２０６を含むが、それらに限定されない、入力機構によってアクセスされてもよい。データ２００に対するアクセスは、例えば、データの更にそれ以上の操作のために実現されてもよい。
【００２３】
図面を、ここでは図３を参照すると、描かれるものは、主題技術の、及び／又は該主題技術のための例示の環境として参考になるシステムの部分図である。一つの態様では、システム３００は、宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するための成分及び／又は回路３０４を含んでもよい。システム３００はまた、宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、セットの、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を形成するための成分及び／又は回路３０６を含んでもよい。当業者であれば、本明細書に開示される実施態様のいくつかの態様は、１個又はそれ以上のコンピュータの上を走る１種又はそれ以上のコンピュータプログラムとして（例えば、１個又はそれ以上のコンピュータシステムの上を走る１種又はそれ以上のプログラムとして）、１個又はそれ以上のプロセッサーの上を走る１種又はそれ以上のプログラムとして（例えば、１個又はそれ以上のマイクロプロセッサーの上を走る１種又はそれ以上のプログラムとして）、ファームウェアとして、又は、任意のそれらの組み合わせとして、標準的な集積回路に、全部又は一部を等価的に導入することが可能であること、及び、該ソフトウェア及び／又はファームウェアのための回路を設計すること、及び／又は、コードを書くことは、本開示に照らせば、当業者の技能の範囲内にあることが認識されよう。
【００２４】
図３を更に続けると、システム３００は、特定可能なタイプ３１６のデータベース３１４、例えば、ヒトデータベース、宿主データベース、病原体データベース、植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウィルスデータベース、真菌データベース、原生生物データベース、前核細胞データベース、真核細胞データベース、生物学データベース、遺伝学データベース、ゲノムデータベース、構造データベース、ＳＮＰデータベース、免疫学データベース、エピトープマッピングデータベース、及び／又は疫学データベースを含むデータベースと結合されてもよい。出力３１０は、プロトコール３１２の形で、例えば、限定されないが、処置プロトコール、予防プロトコール、治療プロトコール、介入プロトコール、用量プロトコール、投与パターン（空間、時間、又はこれらの組み合わせ）プロトコール、効果的ルートプロトコール、及び／又は、用量プロトコールの持続時間を含むプロトコールの形で表示されてよい。一つの態様では、出力３１０のタイプはユーザーによって選択されてもよい。
【００２５】
様々な態様において、コンピュータシステム１００、コンピュータプログラム１０２、及び／又は回路は、コンピュータ分析可能なエピトープのパターン変化、及びコンピュータ分析可能なエピトープの配列を決定するための予測プログラムを含む。他の各種態様において、コンピュータシステム１００、コンピュータプログラム１０２、及び／又は回路は、介在因子のコンピュータ分析可能なエピトープのパターン変化によって影響される疾病の進行経過を決定するための予測アルゴリスムを含む。
【００２６】
様々な態様において、コンピュータシステム１００、コンピュータプログラム１０２、及び／又は回路は、介在因子が、宿主において自らを確立し、疾病、障害、及び／又は、管理を必要とする病態を引き起こす能力を抑えるための免疫反応成分を設計し、選択するためのコンピュータモデルソフトウェアを含む。
【００２７】
他の各種態様において、コンピュータシステム１００、コンピュータプログラム１０２、及び／又は回路は、他のコンピュータ系システムと相互作用を持ち、コンピュータ分析可能なエピトープを変調するための免疫反応成分の選択に関連する情報を取り込むためのソフトウェアを含む。
【００２８】
図面を、ここでは図４を参照すると、免疫反応成分、例えば、限定されないが、、抗体４０４が、例えば、介在因子４００を含む相互作用の結果として、介在因子４００によって提示されるエピトープ４０２と行う例示の相互作用の一つの態様の模式図が示される。
【００２９】
本明細書で用いる「免疫反応成分」という用語は、限定されないが、マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ（細胞膜抗原、ｃｌｕｓｔｅｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ）分子、ＣＤ３分子、ＣＤ１分子、Ｂ−リンパ球、抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、抗体断片、及び／又は、合成抗体、及び／又は、抗原又はそのエピトープに、特異的に及び／又は有用に結合する可能性のある免疫系の任意の成分の少なくとも一部を含む。
【００３０】
本明細書で用いられる「介在因子」４００という用語は、限定されないが、生物体、ウィルス、依存性ウィルス、連結ウィルス、細菌、酵母、カビ、菌、原生生物、古細菌、マイコプラズマ、ファージ、マイコバクテリウム、ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチァ、ナノ細菌、プリオン、伝染性海綿状脳症（ＴＳＥ）の原因因子、多細胞寄生生物、タンパク、感染性タンパク、ポリペプチド、ポリリボヌクレオチド、ポリデオキシリボヌクレオチド、ポリグリコペプチド、核酸、感染性核酸、ポリマー核酸、代謝副産物、細胞副産物、及び／又は毒素を含んでもよい。「介在因子」４００という用語は、限定されないが、ある疾患又は障害の予想原因因子、又は、例えば、治療標的、中和標的、及び／又は、その除去、分解、又は機能的変性が宿主にとって有利であることが判明している標的と見なされる細胞又は成分を含む。「介在因子」４００という用語はまた、限定されないが、中和される細胞、及び／又は、その除去、又は機能的変性が宿主にとって有利であることが判明している細胞の、副産物又は出力を含む。更に、「介在因子」４００という用語は、一次的対象の介在因子として同じ科又はグループに属する介在因子、又は、一次的対象の介在因子に対し、共通の及び／又は生物学的機能を現す介在因子を含んでもよい。
【００３１】
本明細書で用いる「抗体」という用語は、可能なもっとも広い意味で使用され、限定されないが、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、及び／又は抗体断片を含んでもよい。「抗体」４０４という用語はまた、抗体タイプ、例えば、限定されないが、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及び／又はＩｇＭ、及び／又は、サブタイプＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及び／又はＩｇＡ２を含んでもよい。「抗体」という用語はまた、限定されないが、抗体断片、例えば、天然抗体１０４の少なくとも一部、例えば、抗原結合性可変領域を含んでもよい。抗体断片の例は、Ｆｖ，Ｆａｂ，Ｆａｂ’，Ｆ（ａｂ’），Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２，Ｆｖ断片、ダイアボディー、直線抗体、単一鎖抗体分子、多重特異性抗体、及び／又は抗体の抗原結合性配列を含む。更にそれ以上の情報が、米国特許第５，６４１，８７０、４，８１６，５６７号、ＷＯ９３／１１１６１、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，「ダイアボディー：小型の２価及び２重特異的抗体断片」（”Ｄｉａｂｏｄｉｅｓ：ｓｍａｌｌ ｂｉｖａｌｅｎｔ ａｎｄ ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｆｒａｇｍｅｎｔ”）、ＰＮＡＳ，９０：６４４４−６４４８（１９９３），Ｚａｐａｔａ ｅｔ ａｌ．，「大腸菌における効率的生産及び抗増殖活性強調のための直線的Ｆ（ａｂ’）２の加工」（”Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｌｉｎｅａｒ F（ａｂ’）２ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｆｏｒ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ａｎｄ ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ，”），Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．８（１０）：１０５７−１０６２（１９９５）の中に見出されると思われる。なお、これらを引用することにより本明細書に含める。抗体は、治療目的のために、様々の公知の技術、例えば、ファージディスプレイ、及び／又はトランスジェニック動物を用いて生成することが可能である。
【００３２】
本明細書で用いる「抗体」４０４は、抗イディオタイプ抗体を含んでもよい。抗イディオタイプ抗体は、抗原と比べより強い免疫反応を惹起することがあるので、免疫反応の強化に使われてもよい。抗イディオタイプ抗体は、例えば、ファージディスプレイ技術によって簡単に選び出すことが可能である。更にそれ以上の情報が、Ｓｏｌｔｉｓに付与された米国特許出願第２００４０１４３１０１号に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３３】
本明細書で用いる「抗体」４０４という用語はまた、モノクロナール抗体の機能的誘導体であって、抗体分子、又は、抗原特異性の優勢断片と、親分子の機能的活性とを保持する、抗体断片を含む機能的誘導体を含んでもよい。
【００３４】
本明細書で用いる「ヘテロ抗体」とは、限定されないが、互いに連結される、２種以上の抗体、抗体断片、抗体誘導体、及び／又は少なくとも１個の特異性を有する抗体同士を含む。更にそれ以上の情報が、米国特許第６，０７１，５１７号に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３５】
本明細書で用いる「キメラ抗体」という用語は、限定されないが、ヒトの定常領域に接合されたマウス可変領域を有する抗体を含んでもよい。一つの態様では、「キメラ抗体」は、マウス及び／又はラットから得られた相補性決定領域（ＣＤＲ）と結合したヒト枠組み構造領域を有する抗体を含む。当業者であれば、ＣＤＲは、他の供給源からも入手することが可能であることが理解されよう。更にそれ以上の情報が、ＥＰＯ公報第０２３９４００に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３６】
本明細書で用いる「ヒト化抗体」という用語は、限定されないが、１個又はそれ以上のヒト由来領域を有する抗体、及び／又は、１個又はそれ以上のヒト由来領域を有するキメラ抗体、更に、ドナーマウス及び／又はラット免疫グロブリンのＣＤＲと結合したレシピエント抗体とも見なされる抗体を含んでもよい。一つの態様では、ヒト化抗体は、ドナー及び／又はレシピエント配列いずれにも認められない残基を含んでもよい。ヒト化抗体は、単一及び／又は多重特異性を持ってもよい。更にそれ以上の情報が、米国特許第５，５３０，１０１、４，８１６，５６７号に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。情報はまた、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，「ヒト抗体の相補性決定域を、マウスのもので置換する」(“Ｒｅｐｌａｃｉｎｇ ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ−ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ｉｎ ａ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｗｉｔｈ ｔｈｏｓｅ ｆｒｏｍ ａ ｍｏｕｓｅ”），Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，「治療のためのヒト抗体の変形」(“Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅｒａｐｙ”)，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）、及び、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．，「ヒト抗体の変形：抗リゾチーム活性を移植する」（“Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ｇｒａｆｔｉｎｇ ａｎ ａｎｔｉｌｙｓｏｚｙｍｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ”），Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４（１９８８）に見出されると思われる。なお、これらの文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３７】
本明細書で用いる「ヒト抗体」という用語は、限定されないが、ヒト胚細胞系列の免疫グロブリン配列由来の可変及び定常領域を有する抗体を含んでもよい。「ヒト抗体」という用語は、限定されないが、非ヒト胚細胞系列によってコードされる、非ヒト起源のアミノ酸残基、例えば、部位指向性突然変異、ランダム突然変異、及び／又は挿入によって導入される残基を含んでもよい。ヒト抗体を生産する方法は従来技術で公知であり、引用することにより本明細書に含める。更にそれ以上の情報が、米国特許第４，６３４，６６６号に見出されると思われる。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００３８】
本明細書で用いる「組み換え抗体」という用語は、限定されないが、組み換え技術によって形成、及び／又は創出される抗体、例えば、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ヘテロ抗体、及び／又は類似抗体を含む抗体を含んでもよい。
【００３９】
本明細書で用いる「エピトープ」４０２という用語は、限定されないが、少なくとも３個のアミノ酸から成る配列、少なくとも９個のヌクレオチドから成る配列、アミノ酸、ヌクレオチド、炭水化物、タンパク、脂質、カプシドタンパク、コートタンパク、ポリサッカライド、糖、リポポリサッカライド、糖脂質、糖タンパク、及び／又は、細胞、又は、生物学的実体、例えば、ウィルス粒子の少なくとも一部を含んでもよい。本明細書で用いる「エピトープ」４０２という用語は、背景が適当であるならば、抗原、パラトープ結合部位、抗原決定基、及び／又は決定基と相互交換的に使用されてもよい。本明細書で用いる「決定基」という用語は、文脈が別様に指示しない限り、影響要素、決定要素、及び／又は、因子を含んでもよい。一つの態様では、「エピトープ」４０２という用語は、限定されないが、ペプチド結合部位を含む。本明細書で用いる「エピトープ」４０２という用語は、介在因子４００に見出される構造的及び／又は機能的に類似の配列を含んでもよい。「エピトープ」４０２という用語は、限定されないが、介在因子４００のオーソログ、パラログ、ホモログ、同一機能ホモログ、ヘテロ機能ホモログ、異種ホモログ、及び／又は擬似遺伝子に観察される類似配列を含んでもよい。エピトープ４０２は、介在因子の任意の部分を含んでよい。一つの態様では、エピトープ４０２は、遺伝子又は遺伝子発現産物の少なくとも一部分を含んでもよい。別の態様では、エピトープは、非コード領域の少なくとも一部を含んでもよい。
【００４０】
本明細書で用いる「コンピュータ分析可能エピトープ」という用語は、限定されないが、エピトープ４０２であって、その考えられる将来の変異形（例えば、変異形成による）が、実行可能なコンピュータ依存性予測方法論、及び／又は実行可能な進化法、及び／又は実行可能な確率論的進化モデル、及び／又は実行可能な確率論的欠陥モデル、及び／又は実行可能な確率論的変異モデルを用いることによって予測可能であってもよいエピトープを含む。例えば、Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．は、彼らの論文「ヒトインフルエンザウィルスの抗原進化の歴史の上にインフルエンザウィルスの抗原と遺伝進化をマップする」（“Ｍａｐｐｉｎｇ ｔｈｅ Ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｖｉｒｕｓ” ｏｎ ｔｈｅ ｈｉｓｔｏｒｙ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｖｉｒｕｓ，”）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０５，３７１（２００４）の中で、その表１及びそれを支持する本文中で、ヒトの生理的健康にとって昔から馴染みの脅威であった、この特定の介在因子におけるエピトープ進化の１種又はそれ以上のパターンを予測する基盤となるウィルスコートタンパクエピトープ進化パターンセットを提示する。一つの態様では、コンピュータ分析可能エピトープは、限定されないが、類似の構造、重要残基、及び／又は、公知ドメインの有無による、予測的平行外挿を含むことによって示唆されてもよい。別の態様では、数学、統計分析、及び／又は生物学的構造モデル化ツールが、コンピュータ分析可能エピトープを表示、又は特定するための関連情報を提供する可能性がある。コンピュータ分析可能エピトープの一つの特異的例は、恐らく、例えば、７から１０個のアミノ酸長であるＨＩＶ−１ウィルスに関連するポリペプチドである。このようなポリペプチドについて、それがどのようなものであれ、開始状態（例えば、様々なアミノ酸がどのように配列決定／配置されるか）を知り、現在の計算技術を用いるならば、生物学的過程が進行するにつれて、エピトープがどのような進化を遂げるか／どのような変化がエピトープに出現するかを予測可能とするために、ポリペプチドの中の７から１０個のアミノ酸について将来起こり得る組み合わせを計算することは実行可能である。実際、ＨＩＶ−１ウィルスのいくつかの主要株のウィルスタンパク（例えば、逆転写酵素及びプロテアーゼ）のタンパク配列における多くのそのような進化的発達が文献中に報告され、患者の疾病の臨床的発達の監視にも使用されている。従って、ある実施態様では、本明細書に記載される技術は、エピトープが、将来の変異可能（例えば、変異生成）形としてどのような外見を取るかをコンピュータ的に予測する。この予測知識は、現在その存在が確定されるあるエピトープの、少なくとも１個の「将来版」を変調する（例えば、緩和する、及び／又は除去する）ために操作することが可能な、少なくとも１個の免疫反応成分の表示を可能とする。特異的例として、ＨＩＶ−１のある現在株のウィルスタンパクの少なくとも１個のエピトープが、この先の数ヶ月に取る外見の、５から６通りの、もっとも起こり得るやり方を予測し、且つ、ある個人の免疫細胞が、少なくとも１種のＨＩＶ−１株の、このような将来のエピトープの変異種に対して即応する、待機する、及び適合する免疫反応を生成するために、このような将来のＨＩＶ−１株の、このような必須タンパクのエピトープの化学的構造に暴露される個人の免疫細胞を表示することが可能となるかも知れない。一旦このような抗体、又は免疫反応成分が生成されたならば、増幅又はアジュバント技術を用い、有用となるほど大量のそのような抗体又は免疫反応物を、数ヶ月の経過よりも早く生成することが可能となり、且つ、そのような抗体、そのような抗体を惹起するワクチンを宿主に投与する、対応する細胞傷害性反応を宿主の中に調製する、及び／又は、それらの組み合わせを実行することが可能になる。更に、宿主の感染の原因となるＨＩＶ−１ウィルスの擬似種が、５又は６通りのコンピュータ的に予測されたやり方の内の任意の一つのやり方で進化、又は変異する、その程度に応じて、抗体、又は他の特異的反応が現れ、待機し、ＨＩＶ−１ウィルスに「取り付き」、該ウィルスが、予測された経路の内の任意の一つにそって変異している間に該ウィルスを殲滅し、かくして、初期の治療法からの「突然変異による逃避」を効果的に阻止する。上に挙げた例は、コンピュータ分析可能なエピトープを表示するために用いられた方法論を端に例示するものであり、いかなる意味でも限定的であることを意図するものではない。
【００４１】
図４を続けて参照すると、エピトープ４０２又はその部分は、介在因子４００によって提示されるか、又は、介在因子４００の表面に提示され、介在因子４００の表面から延びるか、及び／又は、免疫反応成分によってほんの部分的にしかアクセスされない。一つの態様では、エピトープは、直線的決定基であってもよい。例えば、配列同士互いに隣接してもよい。別の態様では、エピトープ４０２は、非直線的決定基であり、例えば、最初は非隣接的で、折り畳み、その他の収束によって相互に隣接するようになった近接グループを含む非直線的決定基である。更に、非直線的決定基の配列は、プロテアソーム処理及び／又は他の機構（例えば、グリコシル化、又は、タンパクの糖による表面的「装飾」）によって得られ、配列は、免疫反応成分に対する提示のために合成的に調製される。
【００４２】
図４を続けて参照すると、一つの態様において免疫システムは、エピトープ４０２を認識、及び／又は結合することが可能な抗体を生産する体液性免疫を惹起し、それに続いて、介在因子４００の分解又は機能的変性が起こる。抗原４０２が、免疫反応を惹起する機構は、従来技術で公知であるが、この機構は、参照することにより本明細書に含まれる。一つの態様では、抗原−抗体複合体４０５を形成するための抗体４０４のエピトープ１０２に対する結合は、鍵穴と鍵式の適合と特徴付けられる。別の態様では、抗体のエピトープに対する結合親和性は、時間と共に（例えば、「親和性熟成」の進行につれて）、又は、生理的状況と共に変化する。更に別の態様では、抗原−抗体複合体は、様々な程度の可逆性をもって結合する可能性がある。抗原−抗体複合体の結合又は解離は、例えば、会合又は解離を促進する小型の（恐らく溶媒化される）原子、イオン、分子、又は化合物を供給することによって操作が可能である。
【００４３】
一つの態様で、エピトープ４０２は、免疫反応を引き起こすことが可能である。この免疫反応の強度及び／又はタイプは変動してもよく、例えば、エピトープ４０２は、免疫反応の強度で測定した場合、弱い反応及び／又は中等反応を引き起こしてもよい。一つの例では、標的照準のために選ばれるエピトープ４０２は、宿主において弱い反応を引き起こすものであってよいこと、しかしながら、それは、介在因子４００に対して選択的であってもよいことが考えられる。別の実施態様では、選ばれたエピトープ４０２は、宿主において弱い反応を引き起こしてもよいが、一方、標的と見なされるいくつかの介在因子に対して共通であるという理由で標的照準のために選ばれてもよい。本明細書に記載される実施態様は単に例示のものであって、本発明の教示に照らした場合、当業者の及ぶ範囲内の、類似及び／又は一般的実施態様を具体的に示すものと考慮されなければならない。
【００４４】
図面を、ここでは図５を参照すると、免疫反応を強調する方法の一つの態様の概略図が示される。一つの態様では、疾病及び／又は障害に対する有効な治療療法は、１種又はそれ以上の介在因子に対して共通な、１種又はそれ以上のエピトープを認識するように設計される１種又はそれ以上の免疫反応成分を利用することであってもよい。このような共通の、又は共有されるエピトープは、エピトープの効果的な標的グループを表していてもよい。共通のエピトープを探し出して中和するように設計される免疫反応成分は、１種又はそれ以上の介在因子に対して有効である可能性がある。
【００４５】
一つの態様において、１種又はそれ以上の介在因子は、介在因子４００のサブタイプであってもよい。この態様では、エピトープセットが、介在因子を照準するために選ばれてもよい。別の態様では、１種又はそれ以上の介在因子は、介在因子４００によって形成される感染を除去する、又は拡大することが可能な日和見的介在因子であってもよい。更に別の態様では、１種又はそれ以上の介在因子は、感染に先立って、又は感染後に、或いは、宿主の減衰感染反応に応じて、宿主の生体系に「橋頭堡」を築くことが知られていてもよい。
【００４６】
ここで図４及び５を参照すると、一つの態様では、共有されるエピトープ５０６は、３種の介在因子５３０、５１０、及び５２０に共通なものとして描かれる。別の態様では、第２の共有エピトープ５１２は、２種の介在因子５３０及び５１０に共通である。更に別の態様では、第３共有エピトープ５１８は、２種の介在因子５１０及び５２０に共通である。１種又はそれ以上の介在因子の間で共有される、共通エピトープのサブセットの特定は、統計学的分析、例えば、メタプロファイリングによって実行することが可能である。
【００４７】
図４及び５を続けて参照すると、一つの態様では、描かれる１種又はそれ以上の介在因子５３０、５１０、及び５２０は、あるサブセットの共通エピトープを共有する。エピトープの選択は、多くの様々の基準に依存する。例えば、初回選択は、限定されないが、１種又はそれ以上の介在因子によるエピトープ４０２の提示例の数、介在因子４００によるエピトープ４０２の提示例の数、エピトープ４０２の場所（例えば、介在因子の中、又は上）、エピトープ４０２のサイズ、エピトープ４０２の性質、１種又はそれ以上の宿主配列との、エピトープ４０２の比較配列の内容及び／又は相同性、エピトープ４０２の組成、及び／又は、エピトープ４０２配列における推定公知又は予測変化、を含む選択基準に基づいてもよい。エピトープの選択はまた、例えば、疾患、障害、及び／又は病態を治療及び／又は管理するのに望ましい免疫反応成分のタイプに依存してもよい。
【００４８】
一つの態様では、エピトープ４０２は、別の対象の介在因子、例えば、日和見因子、又は、宿主の後続、先行、又は同時感染の原因となった別因子と恐らく配列マッチを有する。別の態様では、選択されたエピトープ４０２は、例えば、自己又は自働抗体の生産による副作用を低減するために、宿主とのマッチが低い。本明細書で用いる「宿主」という用語は、限定されないが、個人、ヒト、患者、及び／又は、疾患、障害、及び／又は病態の管理を必要とする、ほぼ任意の生命体を含んでよい。例えば、選択されるエピトープ４０２は、アミノ酸レベルで、宿主又は介在因子４００と０−７０％の配列マッチ、介在因子と０−１００％の配列マッチを持ってもよい。当業者であれば、「宿主」という用語に関連する文脈の一部は、一般的に望まれるものは、介在因子（例えば、ＨＩＶ−１又はインフルエンザＡウィルス）に対する実行できる限り緊密な配列マッチであって、そうであれば、使用される１種又はそれ以上の免疫成分が該介在因子を攻撃することが可能となるからであり、宿主（例えば、患者）に対しては実行できる限り隔たった配列マッチであり、そうであれば、宿主の側で使用される免疫系成分による侵襲性は抑えられ、攻撃の可能性は低くなることを認識されるであろう。しかしながら、ある背景では、介在因子が、事実上、宿主の一部を構成（例えば、抑制しなければならない介在因子が、実際には宿主の機能不全部分、例えば、自己免疫、又は新形成疾患における機能不全部分である場合）し、その場合には、抑制するべき宿主のその部分は、「介在因子」として扱われ、比較的妨げずに放置するべき宿主の部分は、「宿主」として扱われることも理解しなければならない。別の態様では、選択されたエピトープ４０２は、介在因子と配列マッチを、例えば、高いパーセントの配列マッチを、又は、宿主と比較して、他の介在因子と比較的高いパーセントの配列マッチを、或いは、介在因子４００と０−１００％の配列マッチを有する。本明細書で用いる「配列マッチ」という用語は、核酸レベル、ポリサッカライドレベル、タンパク又は糖タンパクレベル、及び／又はポリペプチドレベルにおける配列マッチを含んでもよい。ある実施態様では、選択されたエピトープ４０２は、宿主エピトープと低いパーセントの配列マッチしか持たない。別の実施態様では、選択されたエピトープ４０２は、他の介在因子と高い配列マッチを有する。
【００４９】
分子生物学では、「配列同一性パーセント」、「配列相同性パーセント」、又は「配列類似性パーセント」又は「配列マッチパーセント」という用語は、時に、相互交換的に使用される。本出願においても、文脈から別様に解釈されない限り、これらの用語はしばしば相互交換的に使用される。
【００５０】
別の態様で、選択されたエピトープ４０２は、限定されないが、他のエピトープ、例えば、構造的配列マッチ、機能的配列マッチ、類似の機能的作用、アッセイ及び／又は結合において類似の結果を有するエピトープ４０２を含む他のエピトープと、確率の高い、及び／又は高いパーセントの配列マッチを有する。二つのタンパク、又は、その提示断片が、有用となるほど高いパーセントの構造的配列マッチを有するかどうかを決めるためには、構造比較アルゴリスム及び／又は３次元タンパク構造データを使用することが可能である。別の例では、エピトープ４０２は、対象のエピトープと機能的マッチを持ってもよいし、及び／又は、類似の機能的作用を共有してもよい。この例では、エピトープ４０２の配列マッチは比較的低くとも、同じ機能的作用を果たす可能性がある。別の例では、エピトープ４０２及び／又は、対象の他のエピトープとは、低いパーセントの配列マッチを有するが、類似の活性、例えば、アッセイを用いて定量される、酵素活性及び／又は受容体結合活性を共有しているかも知れない。
【００５１】
別の態様では、選択されるエピトープ４０２は、免疫学的に効果的な決定基であってもよい。例えば、エピトープ４０２は、抗原性は弱いが、それが誘発する免疫反応成分の性質及び／又はタイプから誘導される、効果的な免疫反応を惹起してもよい。別の態様では、エピトープ４０２は、免疫反応に対して類似の作用を及ぼしてもよい。例えば、選択されるエピトープ４０２は、問題の疾患又は障害とは無関係の介在因子の抗原性構造の一部であるが、例えば、それによって誘発される免疫反応のタイプ、性質、及び／又は時間間隔によって評価した場合、免疫反応に対し実質的に類似の作用を及ぼしてもよい。
【００５２】
一つの態様では、ある実体との配列マッチは、例えば、エピトープ同士の間、及び／又は、エピトープ４００及び／又は宿主のエピトープ配列の間の同一性パーセント及び／又は類似性パーセントを計算することによって決定されてもよい。一つの態様では、二つの配列間の同一性パーセントは、この二つの配列を整列させ、ギャップを導入した後に得られる実質的に類似の位置の数を定めることによって定量される。例えば、一つの実施態様では、二つの配列間の同一性パーセントは、｛実質的に類似な位置の数÷位置の全数｝×１００に等しい（＝）として処理される。この例では、二つの配列の最適な、最終的整列を得るために導入されるギャップの数及び長さが考慮されなければならない。別の態様では、核酸レベルにおける二つの配列の間の同一性パーセントは、広く市販されるソフトウェアツール、例えば、ＢＬＡＳＴ，ＢＬＡＳＴ−２，ＡＬＩＧＨ及び／又はＤＮＡＳＴＡＲソフトウェアを用いることによって定量される。同様に、アミノ酸レベルにおける二つの配列間の同一性パーセントは、広く市販されるソフトウェアツール、例えば、Ｐｅｐｔｉｄｅｃｕｔｔｅｒ，ＡＡＣｏｍｐＳｉｍ，Ｆｉｎｄ Ｍｏｄ，ＧｌｙｃｏＭｏｄ，ＩｎｔｅｒＰｏｓｔＳｃａｎ，ＤＡＬＩ及び／又はＥｘＰａｓｙサーバー（Ｅｘｐｅｒｔ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｙｓｔｅｍ）Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｓｅｒｖｅｒ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／を用いることによって計算される。一つの実施態様では、核酸レベル及び／又はアミノ酸レベルでの同一性パーセントが定量される。
【００５３】
一つの態様では、相同セグメントを特定するために、文字列マッチングアルゴリスム、例えば、ＦＡＳＴＡ及びＢＬＡＳＴを用いてもよい。別の態様では、相同セグメントを速やかに特定するために、高速フーリエ変換（ＦＦＴ）アルゴリスムに基づく整列を用いてもよい。更に別の態様では、相同セグメントを特定し、選択するために、反復サーチを用いてもよい。サーチは、共有エピトープを特定し、選択するためばかりでなく、ヒト配列ともっとも相同性の低いエピトープを特定するためにも使用されてよい。更にそれ以上の情報が、Ｋａｔｏｈ ｅｔ ａｌ．，「ＭＡＦＴ：高速フーリエ変換に基づく速やかな複数配列整列を実現するための新規方法」(“ＭＡＦＴ：ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｒａｐｉｄ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｆａｓｔ Ｆｏｕｒｉｅｒ ｔｒａｎｓｆｏｒｍ”）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，３０（１４）：３０５９−６６（２００２）に見出されるであろう。なお、この文献を引用することにより本明細書に含める。
【００５４】
設計された抗体を特定し、選択するためには、いくつかの大規模スクリーニング技術を用いてもよい。例えば、設計抗体は、結合分子をスクリーニングすることが可能な、光ファイバーアレイ装置を用いて選択してもよい。更にそれ以上の情報が、Ｋｉｍｏｎ ｅｔ ａｌ．に付与された米国特許出願第２００４１３２１１２号に見出されるであろう。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００５５】
当業者であれば、選択されたエピトープ４０２は、介在因子４００によって示されるマッチング配列に限定される必要がないことが了解されるであろう。一つの態様では、メタ署名、及び／又は、共通配列を、任意の数の基準に基づいて誘導することが可能である。一つの態様では、メタ署名は、抗原進化、遺伝的進化、抗原シフト、抗原ドリフト、結晶構造データ、宿主との予想されるマッチ、他の株との予想されるマッチ、及び／又は、所望の免疫反応の強度のような起源からのデータの分析によって誘導することが可能である。メタ署名は、新規配列を含んでもよいし、及び／又は、いくつかの配列を排除してもよい。例えば、メタ署名は、サイレント突然変異、ミスマッチ、ホットスポット、すなわち、配列において極めて変異性の高い部位や、予想される変化を迂回するためのスペーサーを含んでもよいし、及び／又は、複数の介在因子由来のエピトープを含み、そうすることによって、複数介在因子による免疫系保護を実現するようにしてもよい。別の例として、メタ署名は、限定されないが、変異性配列、及び／又は、宿主のエピトープと高いパーセントの配列マッチを有する配列を含む配列を排除してもよい。
【００５６】
一つの態様では、エピトープ４０２における予測変化は、介在因子４００において観察及び／又は予測された過去の変動を分析することによって決定される（例えば、図５）。配列変動、及び／又はホットスポットを示す領域を定めるためには、コンピュータ分析を使用することが可能である。一つの態様では、高速連続継代をインシリコで実行して、天然において、介在因子４００の新型株の発生を伴って起こる連続継代をコンピュータ的に模倣することが可能である。当業者であれば、ホットスポットは、エピトープ４０２を調べることによって、及び／又は、介在配列４００との関連においてエピトープ４０２を調べることによって特定する必要がないことが了解されるであろう。ホットスポットに関連する情報も、他の介在因子の配列分析、及び／又は、他の介在因子のドメイン分析を実行することによって外挿することも可能である。例えば、一つの実施態様では、エピトープ４０２は、複数の介在因子の間で共有されるドメインの一部であって、その介在因子のいくつかは対象のエピトープ４０２を欠くものであってもよい。他の介在因子のドメインの中に特定されるホットスポットに関連する情報は、メタ署名を決定する際に実際的有用性を有する場合がある。
【００５７】
一つの態様では、一又はそれ以上のセット及び／又はサブセットのエピトープが形成されてよい。複数のセット及び／又はサブセットを形成するために使用される基準の性質及びタイプは、例えば、介在因子４００の性質及びタイプ、所望の免疫反応の持続時間（例えば、短期免疫、又は長期免疫）、所望の免疫反応の性質（例えば、低度、中等、強度）、保護される集団（例えば、様々の程度の、介在因子との先行暴露の存在及び／又は現状）等に依存する。このようにして形成されるセット及び／又はサブセットは、入力を、ロボットを通じて、又はユーザーから（例えば、免疫反応成分のメーカーから、検査室から、及び／又は、医療担当者から）受信してもよい。
【００５８】
エピトープ４０２において予測されるパターン変化は、例えば、他の方法論、統計分析、歴史データ、及び／又は、当業者によって利用されるタイプの外挿によって補足されてもよい。これらの予測されるパターン変化に関する知識は、免疫反応成分の設計、及び／又は選択の際の武器庫となる。予測されるパターン変化を用いて、そのような変化を管理するために必要な免疫反応成分の変化の進行を決定することが可能である。エピトープ４０２のパターン変化を推測し、その情報を用いて進行する反応を変調することは、その反応をより効果的に管理するのに役立つと思われる。例えば、パターン変化を用いて、治療の変更が可能な時点、どのような治療が変化又は変化の持続を構成できるか、を実際に知ることが可能である。更に特異的例として、１型ヒト免疫不全ウィルス（ＨＩＶ−１）が最終的に宿主を殺すことができる一つの理由は、該ウィルスが、抗原署名プロフィールを突然変異させるに際して、ヒトの免疫システムが有効に追跡し、それらの突然変異に反応することができなくなるほど際立って速く突然変異させることである。本明細書に記載される主題の特異的実施態様では、ＨＩＶ−１のサンプルが、ある時点で患者から採取され、該ウィルスの抗原署名プロフィールの、将来における可能な突然変異を推測するために用いられる。次に、クローニングのような技術を利用して、予測される将来のＨＩＶ株の、免疫システム活性化態様を合成し、その後、複製技術を利用して、患者のその特定のＨＩＶ−１株及び下位株の予測される将来世代に対してぴったり適合する、１種又はそれ以上の免疫システム成分（例えば、抗体）の大量コピーを速やかに生成する。一旦調製されたならば、この免疫システム成分は患者に投与され、ＨＩＶ−１ウィルスの擬似変異種が突然変異して、予期された新形となる、及び／又は、複製してこれらの形を増殖する場合、これらのウィルス擬似変異種を「待ち構える」。もしもＨＩＶ−１ウィルス擬似変異種が予期したように突然変異するならば、「あらかじめ負荷された」免疫反応成分がこの変異した擬似変異種成分を殲滅し、患者のウィルス負荷を大いに減じ、その後の突然変異進化の可能性を決定的に抑制する。なぜなら、突然変異形のウィルス集団が相当の大きさとなることは決してないからである。別の実施態様では、ＨＩＶ−１擬似変異種の変異の歴史が綿密に追跡されて、一旦実際の突然変異の方向が決定されたならば、高速（恐らく、エクスビボの）技術を用いて、突然変異ウィルス擬似変異種の効果的抑制を可能とする免疫システム成分であって、ウィルスが効果的に突然変異し、抑制療法から「逃避」することができるよりも際立って速く抑制することが可能な免疫システム成分が生成される。
【００５９】
一つの態様では、免疫反応成分を表示するために選ばれるエピトープ４０２は、介在因子４００ｋから合成的に製造されても、及び／又は、誘導されてもよい。一つの実施態様では、選択されたエピトープ４０２は、治療を望む個人から抽出される介在因子４００、及び／又は、該因子に対して抵抗性を有することが判明した個人から得られた介在因子４００から誘導される。一つの態様では、免疫反応成分を表示するために選ばれるエピトープ４０２は、正確に同じエピトープの多数コピー、及び／又は、様々なエピトープの多数コピーを含んでもよい。
【００６０】
一つの態様では、メタ署名は、隣接及び／又は接触配列にマッチする配列を含む。別の態様では、メタ署名は、非隣接配列を含む。例えば、当業者には、天然に見られるエピトープ４０２のペプチドスプライシング及び／又はプロテオソーム処理は、新規エピトープ、例えば、非直線的エピトープの形成をもたらす場合があることが了解されよう。この例では、プロテオソーム処理によって、配列切断や、非接触的配列の配置転換又は並置がもたらされて非直線的エピトープが形成される。更にそれ以上の情報が、Ｈａｎａｄａ ｅｔ ａｌ．，「翻訳後タンパクスプライシングによるヒト直腸ガン抗原の免疫認識」（“Ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｈｕｍａｎ ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎ ｔｈｒｏｕｇｈ ｐｏｓｔ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｐｌｉｃｉｎｇ，”）Ｎａｔｕｒｅ ４２７：２５２（２００４）、及び、Ｖｉｇｎｅｒｏｎ ｅｔ ａｌ．，「プロテオソームにおけるペプチドスプライシングによって生産される抗原性ペプチド」（“Ａｎ ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｐｅｐｔｉｄｅ ｐｒｏｄｕｃｅｄ ｂｙ ｐｅｐｔｉｄｅ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｏｔｅｏｓｏｍｅ”）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０４：５８７（２００４）に見出されよう。なおこれらの文献を引用することにより本明細書に含める。
【００６１】
更に、当業者であれば、メタ署名は、介在因子４００の二つの異なる部分に表示される配列を含んでもよいことが了解されるであろう。例えば、非隣接配列が、タンパクが折りたたまれた場合に、互いに隣接して見えるようになることがある。この態様では、メタ署名は、該メタ署名を特定するために非隣接配列を含んでもよい。更に、メタ署名は、タンパクの特定の立体配置状態に一致する非隣接配列を含んでもよい。このような配列に結合するように設計される免疫反応成分は、そのタンパクの立体配置状態に対して特異的であってもよい。このメタ署名を指定するためには、３−Ｄ及び／又は結晶構造情報も用いてよい。
【００６２】
一つの態様では、メタ署名は、予測されるパターン変化及び／又は観察されるパターン変化に照準を合わせた複数組のエピトープを含む。例えば、ワクチン化のために、及び／又は、免疫反応成分の生産のために、複数組のエピトープが指定されてもよい。
【００６３】
エピトープマッピングの技術は従来技術で公知であり、引用することにより本明細書に含まれる。例えば、抗体の、エピトープの少なくとも一部を含む合成ペプチドに対する結合を調べるのに、ＦＡＣＳ分析及びＥＬＩＳＡを用いることが可能である。抗体４０２の、介在因子４０２の上に提示されるエピトープ４０２に対する結合能力を予測するため、抗体、又はその他の要素４０４のエピトープ４０２に対する結合親和度を定量するため、及び／又は、抗体又はその他の免疫要素４０４の所望の形態を見分けるために、エピトープマッピング分析技術、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ分析等を用いてもよい。
【００６４】
更に図５の参照を続けると、一つの態様では、例えば、選択されたエピトープ５０６、５１２、及び／又は５１８を用いて、それぞれ、１種又はそれ以上の相補的抗体、又はその他の免疫要素５２４、５２２、及び／又は５２６を設計してもよい。選択エピトープ５０６、５１２、及び／又は５１８の配列を用いて、例えば、ヒト−マウスシステムをクローン、又は使用することによってモノクロナール抗体を形成してもよい。
【００６５】
選択されたエピトープ５０６、５１２、及び５１８の配列は、Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．に付与された米国特許第４，６８３，１９５、４，６８３，２０２、及び４，８００，１５９号に記載されるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて増幅してもよい。なおこれらの特許文献の全体（例えば、エピトープが核酸特性を有する場合）を本明細書に含む。別の態様では、共通配列及び／又はメタ署名を指定し、増幅してもよい。タンパクを生産し、その発現タンパクを用いて、選択されたエピトープに対して特異的な抗体を生産するために、関連配列を発現ベクターに挿入することも可能である。一つの態様では、選択されたエピトープは、抗原性であってもよいが、直接免疫原性でなくともよい。
【００６６】
ヒト抗体は、例えば、ヒト−マウスシステム、例えば、Ａｂｇｅｎｉｘ社のＸｅｎｏｍｏｕｓｅ技術（現在、本社をＦｒｅｍｏｎｔ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ９４５５５に有するＡｂｇｅｎｉｘ社から市販される）、及び／又は、Ｍｅｄａｒｅｘ社のＨｕＭＡｂマウス技術（現在、本社をＡｎｎａｄａｌｅ、ニュージャージー州に有するＭｅｄａｒｅｘ社から市販される）を用いて製造が可能である。このシステムでは、宿主マウスの免疫グロブリン遺伝子は不活性化され、ヒト免疫グロブリン遺伝子が宿主に挿入される。抗原で刺激されると、このトランスジェニックマウスは、完全にヒトの抗体を生産する。その後、ヒトモノクロナール抗体を、標準的ハイブリドーマ技術に従って単離することが可能である。
【００６７】
有望なげっ歯類抗体の中から、高い結合親和性を有するヒト化抗体を取り出す選択は、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．によって開発されたコンピュータモデル化ソフトウェアによって実行が可能である。この方法によって生産される抗体は、関連ヒト配列の約９０％を含む。特異的抗体の構造は、コンピュータモデル化に基づいて予測され、形態を保持するのに必要な、従って、相補性決定基（ＣＤＲ）の結合特異性を保持するのに必要と予測される最重要アミノ酸を保持する。従って、重要なげっ歯類アミノ酸は、ヒト抗体枠組みに置換され、これにげっ歯類ＣＤＲが付属する。次にこのソフトウェアを用いて、再設計抗体と、抗原との結合親和度を試験する。更にそれ以上の情報が、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．に付与された米国特許第５，６９３，７６２号に見出されよう。なお、この特許文献を、引用することにより本明細書に含める。
【００６８】
その他の抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２、又はＦｃの形成は、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，「ファージ抗体：抗体の可変領域を表示する繊維状ファージ」（“Ｐｈａｇｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ｆｉｌａｍｅｎｔｏｕｓ ｐｈａｇｅ ｄｉｓｐｌａｙｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ，”）Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４（１９９０）、及びＣｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，「ファージディスプレイライブラリーによる抗体断片の製造」（“Ｍａｋｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ Ｕｓｉｎｇ Ｐｈａｇｅ Ｄｉｓｐｌａｙ Ｌｉｂｒａｒｉｅｓ，”）Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４−６２８（１９９１）、及びＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．に付与された米国特許第５，５６５，３３２号によって記載される技術を用いて生成されるファージ抗体によって実行されてもよい。リアルタイムの生体特異的相互作用を分析のためには、例えば、表面プラズモン共鳴法を用いてもよい。ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、及び抗イディオタイプ抗体は、従来技術で公知の技術によって選択されてよい。なお、この技術を参照することにより本明細書に含める。
【００６９】
一つの態様では、免疫反応を変調するための抗体の選択は、その機能に基づいてなされてよい。例えば、活性化抗体、阻止抗体、中和抗体、及び／又は抑制抗体を用いて、免疫反応を変調してもよい。このような抗体は、適切な条件下に１種又はそれ以上の機能を実行することが可能である。より具体的な例では、抗体４０４は、補因子を供給することによって、及び／又は、周囲温、又はその他の周囲の条件、例えば、総合浸透圧又はｐＨ、又は、ある特定の化合物、原子、又はイオンの濃度を変えることによって、立体配置変化を受けるように誘発されてもよい。立体配置変化は、その抗体４０４によって実行される新規の機能をもたらすことがある。
【００７０】
抗体を精製する技術は、従来技術で公知であり、参照することにより本明細書に含められる。次に、この精製された相補的抗体５３０、５２８、又は５３２は、治療処置及び／又は予防処置のために利用可能とされてもよい。
【００７１】
本明細書で用いる「効果的治療法」という用語は、限定されないが、他の抗体、抗体断片と組み合わせた、及び／又は、他の治療、例えば、薬剤、ビタミン、ホルモン、医療製剤、製薬組成物、及び／又はその他の治療的及び／又は予防的組み合わせを含む治療と組み合わせた免疫反応成分の使用を含む。別の態様では、免疫反応成分は、例えば、免疫反応のモジュレーター、及び／又は抗体のモジュレーターと組み合わせて使用されてもよい。一つの態様では、免疫反応成分のカクテルが、例えば、皮下、点鼻、鼻腔内、筋肉内、静脈内、動脈内、硬膜下腔内、関節嚢胞内、眼窩内、心臓内、経皮、皮下、皮内、腹腔内、経気管、表皮下、関節内、関節嚢胞下、くも膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内ルート、輸液、局所的、舌下、及び／又は、経口ルートによる注入、又はその他のやり方による効果的挿入によって投与されてよい。
【００７２】
免疫反応成分の治療効果は、１種又はそれ以上の作用方式によって生み出されてよい。例えば、一つの態様では、免疫反応成分は、特定の細胞を照準し、それらを中和することによって、治療効果を発揮し、及び／又は症状を緩和してもよい。別の態様では、免疫反応成分は、介在因子４００の上に存在する受容体に結合し、及び／又は、該受容体をブロックしてもよいし、及び／又は、直接及び／又は間接に、分子の、例えば、サイトカイン、及び／又は増殖因子、又はモジュレーター、又はアポトーシス作用性又は拮抗性シグナル物質の介在因子４００に対する結合をブロックしてもよい。別の態様では、免疫反応成分の治療効果は、シグナル分子として機能することによって生み出される。この例では、免疫反応成分は、受容体の架橋結合を誘発し、その後の設計された細胞死（例えば、アポトーシス）を誘発する。
【００７３】
免疫反応成分は、例えば、１種又はそれ以上のエフェクター分子、例えば、薬剤、小型分子、酵素、トキシン、核種、サイトカイン、及び／又はＤＮＡ分子を含むように工学的に加工されてもよい。この例では、免疫反応成分は、介在因子４００に照準し、結合し、及び／又は１種又はそれ以上のエフェクター分子を送達するためのベヒクルとして働く。一つの態様では、免疫反応成分は、該免疫反応成分の天然のエフェクター機能の外に、１種又はそれ以上のエフェクター分子を含むように加工されてもよい。
【００７４】
別の態様では、１種又はそれ以上の免疫反応成分は、免疫システム成分が、有害細胞、又はその他の生物学的実体、例えば、ウィルス粒子を除去する作用を促進する分子に結合されてもよい。この技術は、抗体を用いて、腫瘍、ウィルス感染細胞、真菌、及び細菌の治療について記載されている。更にそれ以上の情報が、Ｓｅｇａｌに付与された米国特許第４，６７６，９８０号に見出されよう。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００７５】
図面を、ここでは図６を参照すると、抗原−抗体相互作用の一態様であり、ある選択されたエピトープにおける突然変異の出現と、相補的抗体における対応する変化が示される。選択されたエピトープ５０６は、突然変異変化を受けることがある。他のエピトープ６０２及び／又は６０８は、例えば、これらのエピトープの突然変異率が実質的に高いので、選択されないかもしれない。これらの突然変異はランダムであり、従って予測不可能であるか、或いは、その突然変異は予測可能であってもよい。例えば、ある突然変異は、「ホットスポット」の出現、又は公知の突然変異史に基づいて、実質的により予測可能であってもよい。相補的抗体、又は、他の免疫反応成分６２４は、この選択されたエピトープ５０６に対し、例えば、有用となるのに十分な程高い親和度で結合してもよい。しかしながら、選択された変異エピトープ６２９に描かれる配列変化６１０は、相補的抗体、又は他の免疫反応成分６２４の結合親和度を低下させる。突然変異６２８を取り込んだ相補的抗体、又は他の免疫反応成分は、結合親和度を、例えば、有用となるのに十分な程高い親和度に回復する。同様に、突然変異６１０、６１１、及び６１２の出現は、有用となるのに十分な程高い親和度を実現するためには、新しい相補抗体、又は他の免疫反応成分６２０を必要とするかもしれない。更に、突然変異６１０、６１１の出現は、新しい相補抗体、又は他の免疫反応成分６２７を必要とするかもしれない。コンピュータシステム、ソフトウェア、及び／又は、回路の予測態様を用いて、突然変異に関し、及び、それら突然変異に対処するのに必要な、又は有用であると思われる治療成分に関し数学的予測を実行してもよい。一つの態様では、相補的抗体、又は他の免疫反応成分は、高い結合親和度を有する必要はない。例えば、新規抗体、又は他の免疫反応成分６２６を用いて、突然変異６１０、６１１、及び／又は６１２を有する介在因子に結合させ、変調してもよい。
【００７６】
別の態様では、比較的高い親和度を有する抗体又は他の免疫反応成分が選ばれてもよい。抗体又は他の免疫反応成分の、エピトープ４０２に対する結合親和度を強化するためには、数多くの技術が存在する。一つの態様では、抗体又は他の免疫反応成分のエピトープ４０２に対する結合親和度は、偶然又は免疫化のいずれかによってエピトープ４０２によって免疫化された個人からファージディスプレイ・ライブラリーを構築することによって強化することが可能である。より高い親和度を有する抗体又は他の免疫反応成分の生成及び選択は、例えば、体細胞超変異性、相補性決定領域（ＣＤＲ）歩行変異性、抗体鎖シャッフリング、及び／又は、Ｘｅｎｏｍａｘ技術（現在、本社をＦｒｅｍｏｎｔ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ９４５５５に有するＡｂｇｅｎｉｘ社から市販される）を用いることによって改善することも可能である。一つの例では、導入された突然変異を含む抗体は、繊維性バクテリオファージの表面に表示させることが可能である。次に、一次的及び／又は二次的免疫反応を模倣する過程を用い、解離の速度論を評価することによって、所望の抗体、例えば、抗原に対してより高い結合親和度を示す抗体を選択することが可能である。これ以上の情報については、Ｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，「体性超変異性を模倣する：細菌変異株による、バクテリオファージの上に表示される抗体のアフィニティー成熟」（“Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ Ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｄｉｓｐｌａｙｅｄ Ｏｎ Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ Ｕｓｉｎｇ Ａ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｍｕｔａｔｏｒ Ｓｔｒａｉｎ，”）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２６０：３５９−３６８（１９９６）；Ｈａｗｋｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，「結合親和度、模倣的アフィニティー成熟によるファージ抗体の選択」（“Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ Ｏｆ Ｐｈａｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｂｙ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ａｆｆｉｎｉｔｙ． Ｍｉｍｉｃｋｉｎｇ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｍａｔｕｒａｔｉｏ，”）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６（１９９２）を参照されたい。なお、これらの文献を引用することにより本明細書に含める。
【００７７】
別の例では、より高い親和度を有する抗体の生成及び／又は選択は、三次免疫選択過程を模倣する、ＣＤＲ歩行変異性によって実行される。例えば、抗体４０４のＣＤＲの飽和変異性を用いて、繊維性バクテリオファージの表面に表示される抗体断片の１個又はそれ以上のライブラリーを生成し、次に、不動化抗原を用いて関連抗体の選択を行う。次に、継時的及び平行的最適化戦略を用い、更に高い親和度を有する抗体を選択する。これ以上の情報については、Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，「強力なヒト抗ＨＩＶ−１抗体のアフィニティー成熟をピコモル範囲にするためのＣＤＲ歩行変異性」(“ＣＤＲ Ｗａｌｋｉｎｇ Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ Ｆｏｒ Ｔｈｅ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ Ｏｆ Ａ Ｐｏｔｅｎｔ Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉ−ＨＩＶ−１ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｉｎｔｏ Ｔｈｅ Ｐｉｃｏｍｏｌａｒ Ｒａｎｇｅ，”）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ ２５４（３）：３９２−４０３（１９９５）を参照されたい。なお、この文献の全体を引用することにより本明細書に含める。
【００７８】
更に別の例では、部位指向性突然変異を用いて、例えば、節減変異性によってより高い親和度を有する抗体を生成し、選択してもよい。この例では、コンピュータ法を用いて、抗原−抗体反応に関わる抗体１０４の可変領域の１個又はそれ以上のＣＤＲに含まれるアミノ酸残基を特定し、スクリーニングする。更に、いくつかの実施態様では、導入されるコドンの数は、変性位置にあるコドンの約５０％は野生型であるように選ばれる。別の例では、抗体鎖シャッフリングを用いて、より高い親和度を有する抗体を生成し、選択してもよい。これらの技術は従来技術で公知であるが、参照することにより本明細書に含める。
【００７９】
免疫反応成分の用量は変動してよく、一つの態様では、治療の持続時間、体量、既往、病気の重度、健康史、遺伝型、性別、及び／又は年齢に依存してもよい。免疫反応成分を含む組成物は、予防的及び／又は治療的処置のために個人に送達されてよい。一つの態様では、疾患及び／又は病態を抱える個人は、症状によって表される病態を緩和する、及び／又は、少なくとも部分的に治癒するために治療用量を投与される。この例では、治療的有効量が患者に投与される。
【００８０】
別の態様では、病状に対する個人の耐性が、抗体４０４の予防的に較正された用量を与えることによって強化される。予防的用量は、例えば、ある疾患及び／又は病態になりやすい遺伝的素因を有するヒト、ある疾患が蔓延している地域にいるヒト、及び／又は、自分の免疫反応を強化したいと願っているヒトを含む人々に投与されてもよい。
【００８１】
免疫反応成分の物理化学的性質の最適化は、コンピュータス利用クリーニング法によって改善される。抗体療法に影響を及ぼす性質、例えば、安定性、抗原結合親和度、及び／又は可溶性もまた改善することが可能である。それ以上の情報が、Ｌａｚａｒに付与された米国特許出願第２００４０１１０２２６号に見出されるであろう。なお、この特許文献を引用することにより本明細書に含める。
【００８２】
図面を、ここでは図４、５、及び６を参照すると、選択されたエピトープ５０６における突然変異変化の出現、及び、相補性抗体又はその他の免疫反応成分５２４における対応変化の出現を示す、抗原−抗体反応の一態様が示されている。選択されたエピトープ５０６のこのような突然変異変化の性質は小さいこともあるし、大きいこともある。これら小さい及び／又は大きい抗原変動は、既存の治療をより効果の低いものにすることがある。従って、疾患又は病態に対する効果的治療法は、限定されないが、１種又はそれ以上の予測可能な抗原変動、例えば、１種又はそれ以上の介在因子の抗原変動、又は１種又はそれ以上の関連介在因子の抗原変動、及び／又は、少なくとも二つの介在因子によって共有される抗原変動を含む抗原変動を予期して設計された１種又はそれ以上の抗体によって疾患又は病態を治療することを含んでもよい。更に、介在因子４００及び／又は関連介在因子の抗原の小さい、及び／又は大きい変動の進行経過を予測することは、これらの１種又はそれ以上の予期抗体を設計し、選択するに当たって有益と考えられる。更に、ある実施態様では、ＳＮＰデータベースからの情報を含めるならば、それは、選択されたエピトープ５０６に結合する抗体を設計するに当たって有用であろう。
【００８３】
新しいサブタイプの形成に必ずしも至らないエピトープ４０２の小変動は、例えば、選択エピトープ５０６における点突然変異によって起こってもよい。一つの態様では、点突然変異の出現は、例えば、選択エピトープ５０６のホットスポットに限局されてもよい。このようなホットスポットの頻度、及び／又は出現は、コンピュータ法によって予測することが可能である。更に、この方法は、例えば、介在因子４００、及び／又は選択エピトープ５０６の抗原変動の、例えば、病気の以前の局地的及び／又は広域蔓延、すなわち、病気の天然の進化史の歴史的編纂記事を含むデータベースに対するアクセスを実現する。このような情報は、免疫反応の進行をなぞるエピトーププロフィールの一部となる。非限定的例が、インフルエンザＡウィルスのＮＳ１タンパクの位置９２のグルタミン酸における点突然変異によって与えられる。この突然変異は、ヒトのサイトカインの活性化を急激に下方調整することが明らかにされた、
【００８４】
更に図４、５、及び６の参照を続けると、選択エピトープ５０６における突然変異６１０が変異エピトープ６２９をもたらすということが示されている。通常本明細書で用いる「選択エピトープ５０６」という用語は、文脈から別様に指示されない限り、多くの場合表示エピトープの比較的一般的な条件の１タイプを構成する。突然変異エピトープ６２９の発生は、免疫反応成分、例えば、抗体６２４の結合を下げる可能性がある。一つの態様では、結合は、突然変異エピトープ６１０に対応する、新しい抗体６２８を生成することによって強化されることが考えられる。小さな抗原変動の頻度は、公知及び／又は予測変異性ホットスポットを調べることによって予測することが可能である。例えば、付加的変異６１１及び６１２は、コンピュータ法によって予測される可能性があり、それぞれ対応する抗体６２６及び６２７も、このような変異エピトープ６３０及び／又は６３１それぞれの抗原変動を補償するように設計される可能性がある。一つの態様では、効果的治療法は、介在因子４００に向けて効果的体液性反応を実現するに当たり、この知識を取り込むことが考えられる。例えば、免疫反応成分のカクテルは、選択されたエピトープ５０６、及び／又は、その予測される変異版に結合するために、抗体６２４、６２８、６２６、及び／又は６２７を含んでもよい。一つの態様では、１種又はそれ以上の抗体、又は他の免疫反応成分のカクテルは、付加的化学薬品、薬剤、及び／又は、増殖−、又は複製−、又は生存−変調因子を添加されてもよい。別の態様では、効果的治療法は、様々の用量の、免疫反応成分、例えば、６２４、６２８、及び／又は６２７に対して、実質的により大量の、より持続の長い又はより早期に、又はより後期の投与用量の６２６を含んでもよい。
【００８５】
ここで図７を参照すると、介在因子によって表示されるエピトープにおける突然変異変化の１態様と、免疫反応成分における対応変化が示されている。例えば、１種又はそれ以上の新しいエピトープ７００及び／又は７０４が、介在因子４００の表面に現れることがある。一つの態様では、介在因子４００の表面にある抗原変異種の中に大きな変化が起こり、新しいサブタイプ、又はサブ株の形成をもたらすことがある。観察される新規エピトープの出現は、例えば、抗原シフト、再分配、再シャッフリング、セグメントの再配置、及び／又はセグメントのスワッピングによる可能性があるが、一般に、介在因子４００の、新規の、有毒で、及び／又は、病原性の（サブ）株の出現の印となる。一つの例では、新規エピトープの予測は、新しい（サブ）株、新しいサブタイプの出現、及び／又は、古い（サブ）株の再出現をマークすることがある。この例では、ある個人のみの天然及び／又は人工的免疫保護では、初期感染又は感染進行に対する十分な保護を実現できないことがある。免疫保護、及び／又は体液性保護は、関連免疫反応成分の作用を強化、補足、又は有効な相互作用を可能とする、例えば、薬剤、薬品、又は小型分子によって補強されてもよい。
【００８６】
一般に、大きなエピトープの変化が起こる場合には、暴露される宿主集団の、比較的大きな部分が感染に倒れ、時には地域蔓延又は広域蔓延をもたらすことがある。この問題は、一部は、例えば、新規エピトープの出現、及び／又は既存のエピトープの消失に基づいて、介在因子の新型（サブ）株及び／又はサブタイプの出現を予告することによって緩和されることがある。例えば、限定されないが、新型エピトープの予測を含む一つの態様では、遺伝子のサブセット、例えば、介在因子４００の、ダーウィン的総合適合性、及び／又は、該因子の複製及び／又は感染性にとって重要な遺伝子のサブセットに注意を向けてもよい。例えば、インフルエンザＡの新型サブタイプの出現を調べることによって、抗原変動は、大部分、このウィルスのニューラミニダーゼ及び／又はヘムアグルチニン遺伝子の突然変異の結果起こることが明らかにされている。
【００８７】
別の態様では、選択されたエピトープ５０６は、変動性の高い領域を含んではおらず、代わりに、突然変異確率の低い面積に焦点を当てている可能性もある。従って、選択エピトープは、抗原変動のホットスポットを回避し、代わりに、介在因子４００の他の特異的領域、例えば、介在因子４００表面の受容体結合部位を標的としている可能性がある。別の例では、選択エピトープ５０６に対し、免疫反応成分は簡単にアクセスできない可能性もある。例えば、受容体結合部位は、大型タンパクの「ポケット」の中に深く埋め込まれ、比較的高いレベルの抗原変動を示す、簡単にアクセス可能な配列によって囲まれる場合がある。この例では、一つの可能性は、受容体結合部位に浸透し、介在因子４００が、その標的に結合することを阻止する小型の抗体断片を供給することを含む。別の例では、受容体結合部位のアクセスし易さを修飾、及び／又は強調するために、薬剤及び／又は薬品を用いてもよい。更に別の例では、タグ付きの薬品を用いて、受容体に結合し、次にそのタグを用いて、免疫反応成分を結合させてもよい。
【００８８】
別の態様では、免疫反応成分は、エピトープ４０２の形状変化を迂回し、エピトープ内部の突然変異変化に追随してまでも、エピトープ４０２に対して十分効果的な結合を実現できるように設計してもよい。この例では、設計される抗体、又は他の免疫反応成分は、ホットスポットの予測及び／又はエピトープ４０２における予測突然変異変化から導かれる余地を、その設計の中に含んでもよい。
【００８９】
一つの態様では、免疫反応成分のサイズを操作してもよい。免疫反応成分、例えば、抗体４０４は、エピトープ４０２に結合するのに必要な、実行できる最小の結合部位を含むように設計されてよい。別の例では、免疫反応成分は、効果的な最小の決定基に対して結合するように設計されてもよい。
【００９０】
一つの態様では、疾患及び／又は障害の効果的治療法は、複数の介在因子に対して予測される抗原ドリフト及び／又は抗原シフトを予期及び／又は治療するように設計された１種又はそれ以上の免疫反応成分を含んでもよい。これらの介在因子は、相互に関係が無くともよく、例えば、治療法は、複数の疾患に罹患する宿主のために設計されことも考えられる。
【００９１】
Ｂ．操作及び／又は工程
下記は、工程の実施を描く一連のフローチャートである。理解し易いように、これらのフローチャートは、図８に見られるように、最初のフローチャートは、総合的「大型画面」又は「トップレベル」の見地から実施態様を提示し、その後のフローチャートは、１枚以上の先行フローチャートの上に建設されるサブ工程又は追加工程として、「大画面」フローチャートの選択実施態様及び／又は拡張を提示する。当業者であれば、ここに用いられる提示スタイル（例えば、全体図を表すフローチャートの提示から始め、その後のフローチャートにおいて、それに対する付加及び／又は詳細を提供するスタイル）は、一般に、様々の工程実施の速やかな、確かな理解を可能とすることが了解されよう。
【００９２】
選択工程実施のいくつかが、文脈にそってここに記載される。例えば、図９に関連してここに記載されるように、例示ブロック９０６として記載されるものは、宿主に対する配列マッチの、例示的な必要条件の配列のリストとして挙げられる。当業者であれば、例示ブロック９０６に記載されるものを、方向工程９０５の文脈で読み取った場合、文脈から、宿主に対する配列マッチの、例示的な必要条件の配列のリストは、宿主に対する配列マッチを有する１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する方法工程９０５の選択的実施の実際的説明であり、且つ、配列マッチは、少なくとも一つのアミノ酸、核酸、又は糖配列マッチを含んでもよいことが了解されるであろう。同様に、例示ブロック１３２２として記載されるものを、例示ブロック１３２１及び方法工程１３５０として記載されるものの文脈で読み取った場合、文脈から、治療、例えば、１種又はそれ以上の介在因子において予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１種のモジュレーター、例えば、突然変異変化の抑制因子を含む治療に応じる１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する方法工程１３５０の選択的実施の実際的説明であることが明白であろう。例示ブロック９０６、１３２１、及び／又は１３２２に関連して今取り上げたものと同様の共通文章間の読み取りは、本明細書の教示に照らせば当業者の能力範囲内にあるので、分かり易さのため他の場所では文章をもって記載されない。
【００９３】
ここで図８を参照すると、工程のハイレベルロジック・フローチャートが示されている。方法ステップ８００は工程のスタートを示す。方法ステップ８０２は、宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するステップを示す。例えば、一種以上のコンピュータ分析可能な属性とは、限定されないが、少なくとも一つの生物体、ウィルス、依存性ウィルス、連結ウィルス、細菌、酵母、カビ、菌、原生生物、古細菌、マイコプラズマ、ファージ、マイコバクテリウム、ウレアプラズマ、クラミジア、リケッチァ、ナノ細菌、プリオン、伝染性海綿状脳症（ＴＳＥ）の原因因子、多細胞寄生生物、タンパク、感染性タンパク、ポリペプチド、ポリリボヌクレオチド、ポリデオキシリボヌクレオチド、ポリグリコペプチド、多糖、核酸、感染性核酸、ポリマー核酸、代謝副産物、細胞副産物、及び／又は毒素の少なくとも一つのコンピュータ分析可能な属性を含む。方法工程８４０は、宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することを示す。当業者であれば、方法工程８０２及び／又は８４０は、例えば、介在因子に関連する入力、及び／又は、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を受信することを含んでもよいことが了解されるであろう。介在因子及び／又はコンピュータ分析可能属性に関連する基準の例は、コンピュータ分析可能属性のサイズ、コンピュータ分析可能属性のタイプ、管理を要する疾患の性質、管理を要する障害の性質、管理を要する病態の性質、及び／又は、管理を要する宿主グループを含んでもよい。更に、当業者であれば、「セット」という用語は、「１種又はそれ以上の」という意味を含むこと、「１種又はそれ以上の」を意味するものと解釈すべきであることが了解されるであろう。本明細書の開示部分（例えば、フローチャート及び／又は支持記述及び／又は請求項）は、「コンピュータ分析可能な属性」に言及する。この部分は、特に登録請求項の開示に照らして、コンピュータ分析可能なエピトープ、エピトープ、抗原、及び／又は、コンピュータ分析可能な抗原を指す、教示すると適当に修飾することが可能である。部分のこのような修飾は、当業者の能力の範囲内にあるので、分り易くするために本明細書では改まって記載されない。更に、当業者であれば、一般に、コンピュータ分析可能エピトープ、エピトープ、抗原、及び／又はコンピュータ分析可能抗原は、一部、セクション、及び／又は全体を示してもよく、且つ、文脈から別様に解釈されない限り、予測された、元の、又は突然変異可能な配列を示すものであってもよいことが了解されるであろう。
【００９４】
ここで図９を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。様々な選択実施において、方法ステップ８４０は、サブステップ９０２、９０３、９０４、９０５、９０７、９０８、９０９、及び／又は９１０の内の少なくとも一つを含んでもよいことが例示されている。方法ステップ９０２は、１種又はそれ以上の介在因子によって表示される１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成することを示す。方法ステップ９０３は、少なくとも２のコピー数として存在し、１種又はそれ以上の介在因子によって表示される１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成することを示す。方法ステップ９０４は、１種又はそれ以上の介在因子の少なくとも２種に存在する１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成することを示す。示されているように、方法ステップ９０５は、宿主にマッチする配列を有する１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成することを示す。一の代替の実施が示されており、方法ステップ９０５は、少なくとも１個の例示ブロック９０６を含んでもよい。例示ブロック９０６は、配列マッチの例は、アミノ酸、核酸、及び／又は糖配列マッチの内の少なくとも一つを含んでもよいことを示す。当業者であれば、「アミノ酸」という用語は、限定されないが、完全及び／又は部分的アミノ酸、アミノ酸残基、アミノ酸機能基、及び／又はそれらの成分を含むことが了解されよう。当業者であれば、「ヌクレオチド」という用語は、限定されないが、完全及び／又は部分的ヌクレオチド、ヌクレオチド残基、ヌクレオチド機能基、及び／又はそれらの成分を含むことが了解されよう。方法ステップ９０７は、少なくとも１個の、実質的に直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成することを示す。方法ステップ９０８は、少なくとも１個の、実質的に非直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成することを示す。方法ステップ９０９は、１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に近似の機能作用（例えば、遺伝子及び／又はタンパクの作用の結合、抑制及び／又は強調のような機能作用）を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成することを示す。方法ステップ９１０は、アッセイ（例えば、結合、抑制、及び／又は活性化アッセイ）において、１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に近似の結果を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成することを示す。
【００９５】
ここで図１０を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。一つの選択実施態様において、図８に描かれる方法は、方法ステップ１０１０を含んでもよいことが例示されている。方法ステップ１０１０は、１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性に一致する１種又はそれ以上の配列を表示することを示す。例えば、表示された配列は、ヌクレオチド配列、タンパク配列、糖配列、配列名、及び／又は、配列の他の修飾又は指示内容に関する情報を含んでもよい。
【００９６】
ここで図１１を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。一つの選択実施態様において、図８に描かれる方法は、方法ステップ１１１０を含んでもよいことが例示されている。方法ステップ１１１０は、１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性と関連する、宿主の免疫反応の少なくとも一部の１種又はそれ以上の代替コースを投影することを示す。例えば、代替コースは、例えば、介在因子の突然変異率の予測的計算、適応する宿主の予測的計算、及び／又は、公知又は予測される病気経過によって誘導されてもよい。免疫反応の少なくとも一部の、１種又はそれ以上の代替コース投影の将来コースを外挿するために、従来公知及び／又は予測情報を用いてもよい。
【００９７】
図面を、ここでは図１２を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。一つの選択実施態様において、方法ステップ８０２は、サブステップ１２０４を含んでもよいことが示されている。方法ステップ１２０４は、宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影することを含むことが示されている。一つの別の実施態様では、方法ステップ１２０４は、サブステップ１２０５を含んでもよい。方法ステップ１２０５は、処置に対する、１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影することを示す。
【００９８】
図面を、ここでは図１３を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。様々な選択実施態様において、方法ステップ８４０は、サブステップ１３５０を含んでもよいことが示されている。方法ステップ１３５０は、処置に応ずる１種又はそれ以上の介在因子の、セットの、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を形成することを含むことが例示されている。種々の選択実施態様において、方法ステップ１３５０は、例示ブロック１３０２、１３０３、１３０４、１３０５、１３０６、１３０７、１３０８、１３０９、１３１０、１３１１、１３１２、１３１３、１３１４、１３１５、１３１６、１３１７、１３１８、１３１９、１３２０、及び／又は１３２１の内の少なくとも一つを含んでもよいことが示されている。例示ブロック１３０２は、処置の例として、抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１個の少なくとも１部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０３は、処置の例は、マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１個の少なくとも１部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０４は、処置の例は、抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１個のモジュレーター（例えば、小型分子、薬剤、及び／又は化合物）の少なくとも１個の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０５は、処置の例は、マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ分子、ＣＤ３分子、及び／又はＣＤ１分子の内の少なくとも１個のモジュレーターの少なくとも１個の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０６は、処置の例として、Ｂリンパ球の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０７は、処置の例として、Ｂリンパ球の少なくとも一部のモジュレーターの少なくとも１個の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０８は、処置の例として、合成抗体又は合成抗体のモジュレーターの内の少なくとも１個の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３０９は、処置の例として、Ｆａｂ領域の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１０は、処置の例として、Ｆａｂ’領域の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１１は、処置の例として、Ｆｖ領域の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１２は、処置の例として、Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２領域の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１３は、処置の例として、パラトープの少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１４は、処置の例として、補体の少なくとも一部を活性化するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１５は、処置の例として、抗体依存性又は抗体促進性細胞傷害性を仲介するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１６は、処置の例として、生物種依存性又は生物種特異的抗体の少なくとも一部の処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１７は、処置の例として、細胞外分子に向けた処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１８は、処置の例として、細胞表面分子又は細胞関連分子の内の少なくとも１種に向けられた処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３１９は、処置の例として、分泌タンパク、及び／又はポリペプチド、及び／又は糖タンパク、及び／又は受容体、及び／又は受容体リガンドの内の少なくとも１種に向けられた処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３２０は、処置の例として、少なくとも１種の抗体の少なくとも一部に結合するための処置を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３２１は、処置の例として、１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、及び／又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む処置を含んでもよいことを示す。種々の選択実施態様において、例示ブロック１３２１は、処置の例として、少なくとも一つの例示ブロック１３２２及び／又は１３２３を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３２２は、（ａ）エピトープシフト、及び／又は（ｂ）エピトープドリフトのモジュレーターの例として、１種又はそれ以上の介在因子の突然変異変化の少なくとも１個のサプレッサー（例えば、突然変異率を変調してもよい薬品、化合物、及び／又は薬剤）を含んでもよいことを示す。例示ブロック１３２３は、（ａ）エピトープシフト、及び／又は（ｂ）エピトープドリフトのモジュレーターの例として、少なくとも１個の干渉性核酸（例えば、デオキシヌクレオチド、化学的に合成されたヌクレオチド、ヌクレオチド類縁体、天然には見られないヌクレオチド、又は、未処置の介在因子の天然ＲＮＡ又はＤＮＡに認められないヌクレオチドの内の一つ以上、又は、（例えば、重合した）そのような核酸セット）を含んでもよいことを示す。
【００９９】
図面を、ここでは図１４を参照すると、図８のハイレベルロジック・フローチャートの選択実施を示すハイレベルロジック・フローチャートが示されている。種々の選択実施態様において、方法ステップ８４０は、サブステップ１４０１を含んでもよいことが示されている。方法ステップ１４０１は、少なくとも１個のメタ署名（例えば、免疫反応を変調するために、１種又はそれ以上の介在因子によって共有される少なくとも１個の配列、及び／又は、免疫反応を変調するために１種又はそれ以上の介在因子から誘導される少なくとも１個の共通配列）を含む１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することを示す。
【０１００】
Ｃ．変異種及び／又は実施態様
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、免疫反応成分は、多くの疎水成分を排除する外に、高分子量化合物にたいしてもこれを区別して排除することが知られる血液−脳関門を横切るように処方されてもよい。例えば、抗体断片は、脂質小胞の中に取り込まれてもよい。別の例では、抗体、又は抗体の一部は、担体タンパク又は分子に対しタグとして取り付けられてもよい。別の例では、抗体、又は他の免疫反応成分は、１個又はそれ以上の相補的断片に分裂させられてもよい。各断片は脂質小胞に取り込まれ、その相補的断片に結合した場合にのみ機能的となる。一旦血液−脳関門を横切ったならば、脂質小胞は溶解して抗体断片を放出してよい。この断片は、相補的片割れと再結合し、完全に機能的な抗体又は他の免疫反応成分を形成してもよい。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０１】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、免疫反応成分は、大規模形式で製造されてもよい。本法は、小規模形式、又は個人の要求に合わせたケア用途と、大型用途及び／又は大規模形式用途の両方に当てはまる。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０２】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、方法は、任意の疾患又は障害の免疫反応成分を表示するのに使用されてよい。この方法の応用は、疾患であって、抗原シフト又はドリフトのために、免疫システムが常に「推測」の対象であり、有効反応とするのには遅すぎたり、まったく有効反応を示さなかったりする疾患に限定されない。インフルエンザＡウィルス、又はＨＩＶ−１は、本法の適用に対して、もっと好適なウィルス疾患介在因子の候補ではあるが、その他の疾患、障害、及び／又は病態の治療もこの方法から利益を受けると思われる。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０３】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、環境について、局地的に存在する病原（サブ）株のサンプルを可能とする、ＰＣＲ携帯機を含めることによって、抗原変化に関するリアルタイムの評価が実現される可能性がある。情報は、遠距離を介して、別の場所に、又は、携帯物質投与機、例えば、病気が疑われる宿主によって利用されるリモートセンサー付き滴下装置に送信され、これによって必要な免疫反応成分が活性化され、疑惑の宿主に対し十分な保護が与えられる。この評価は時間と共に変化すると考えられるから、携帯投与装置は、搬送される免疫反応の用量又はタイプを変えるように駆動されてもよい。ＰＣＲ携帯装置、又は機能的類似のシステムに動作的に結合したこのような携帯滴下装置は、限定されないが、多種多様な用途、例えば、医療担当者が、病気が地域的に蔓延している地域を訪問する場合、及び／又は、軍の担当者が、未知の病原体の存在が疑われる区域に入る場合を含む用途に利用される。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０４】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、関連病を疑われる宿主は、該宿主に対し、ある一定期間、必要な免疫反応仲介性保護を与えるように、及び／又は、介在因子１００のエピトープのパターン変化を予期して、あらかじめプログラムされた免疫反応成分を含む投与装置を使用してもよい。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０５】
当業者であれば、本出願は、本明細書の教示の精神に含まれる、装置、構造体、及び／又は工程の修飾を教示することが了解されるであろう。例えば、一つの態様では、ＲＮＡブロッカー及び／又は１本鎖ＲＮＡｉ技術を用いて、遺伝子を下方調整したり、その発現の生産を干渉したり、或いは、別のやり方で、本法と組み合わせて免疫系の成分を効果的に変調してもよい。本発明の主題のその他の修飾は、本明細書の教示に照らせば当業者には認識されるであろう。
【０１０６】
当業者であれば、前述の特定例の工程、及び／又は装置、及び／又は技術は、本明細書の別の場所、例えば、本出願と共に、及び／又は本出願の別の場所にまとめられる請求項に教示される、より一般的な工程、及び／又は装置、及び／又は技術を代表するものであることが了解されよう。
【０１０７】
当業者であれば、技術の先端は、システムの態様におけるハードウェアとソフトウェアの実施との間にはほとんど区別がない程度にまで発達していることが了解されよう；ハードウェア又はソフトウェアの使用は、一般に、コスト・対・効率・対・操作し易さの妥協点を表す設計選択である（ある背景では、ハードウェアとソフトウェア間の選択が重要となることがあるという意味で必ずしもそうではない）。当業者であれば、本明細書に記載される工程、及び／又はシステム、及び／又は他の技術が実行されるベヒクルは様々である（例えば、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェア）こと、及び、好ましいベヒクルは、工程及び／又はシステム及び／又は他の技術が展開される背景と共に変わることを了解するであろう。例えば、実行者が、速度と正確度が最重要と判断すれば、該実行者は、主に、ハードウェア及び／又はファームウェアに傾くであろう。一方、弾力性が最重要である場合には、実行者は、主にソフトウェア導入に傾くであろう。更に別態様として、実行者は、ハードウェア、ソフトウェア、及び／又は、ファームウェアのある組み合わせを良しとすることもあろう。従って、本明細書に記載される工程、及び／又はシステム、及び／又は他の技術が実行される可能なベヒクルはいくつかあるが、そのいずれも、該ベヒクルが展開される背景と、実行者の特定の関心事（例えば、速度、弾力性、又は予測性）、そのいずれも実質的に変動することが可能である、に依存する選択であるという意味で、内在的に、普遍的に他者に優ることはない。
【０１０８】
前述の詳細な説明は、ブロックダイアグラム、フローチャート、及び／又は実例を用いて、装置及び／又は工程の各種実施態様を記載してきた。このようなブロックダイアグラム、フローチャート、及び／又は実例が、一又はそれ以上の機能、及び／又は操作を含んでいる限り、そのブロックダイアグラム、フローチャート、及び／又は実例内の各機能、及び／又は操作は、広範なハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、又は、それらのほとんど任意の組み合わせによって、個別に、及び／又は全体として実行が可能であることは、当事者に理解されるであろう。一つの実施態様では、本明細書に記載される主題のいくつかの部分は、アプリケーション特異的集積回路（ＡＳＩＣ）、利用者書き込み可能ゲートアレイ（ＦＰＧＡ）、デジタル信号プロセッサー（ＤＳＰ）、その他の集積形式、又はその他の集密形式を通じて導入されてもよい。一方、当業者であれば、本明細書に開示される実施態様のある態様は、全部又は一部として、１個又はそれ以上のコンピュータの上で走る１種又はそれ以上のプログラムとして（例えば、１個又はそれ以上のコンピュータシステムの上で走る１種又はそれ以上のプログラムとして）、１個又はそれ以上のプロセッサーの上で走る１種又はそれ以上のプログラムとして（例えば、１個又はそれ以上のマイクロプロセッサーの上で走る１種又はそれ以上のプログラムとして）、ファームウェアとして、それらのほとんど任意の組み合わせとして、標準集積回路に等価的に導入すること、及び、ソフトウェア及び／又はハードウェアのための回路、及び／又は、コードの記述は、本開示に照らせば、当業者の技能の範囲内に十分入ると考えられることを認識するであろう。更に、当業者であれば、本明細書に記載される主題の機構は、様々な形式で、プログラム製品として配布が可能であること、及び、本明細書に記載される主題の例示の実施態様は、その配布を実際に実行するために用いられる信号担持媒体の特定のタイプとは無関係に等しく適用されることを了解されるであろう。信号担持媒体の例としては、下記が挙げられるが、ただしそれらに限定されない：すなわち、記録可能タイプの媒体、例えば、フロッピーディスク、ハードディスクドライブ、ＣＤ／ＤＶＤ−ＲＯＭ、デジタルテープ、及び、様々なタイプのコンピュータ記憶装置；及び、データ伝達型媒体、例えば、ＴＤＭ又はＩＰ系通信リンク（例えば、パケットデータリンク）を用いるデジタル及びアナログ通信リンクである。
【０１０９】
一般的な意味で、当業者は、広範なハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、又はそれらの任意の組み合わせによって、個別に及び／又は全体として、導入することが可能な、本明細書に記載される様々な態様は、様々なタイプの「電気回路」から構成されると見なすことも可能であることを認識するであろう。従って、本明細書で用いる「電気回路」は、限定されないが、少なくとも１個の独立した電気回路を有する電気回路、少なくとも１個の集積回路を有する電気回路、少なくとも１個のアプリケーション特異的集積回路を有する電気回路、コンピュータプログラムによって構成される汎用コンピュータ（例えば、本明細書に記載される工程、及び／又は装置を少なくとも部分的に実行するコンピュータプログラムによって構成される汎用コンピュータ、又は、本明細書に記載される工程、及び／又は装置を少なくとも部分的に実行するコンピュータプログラムによって構成されるマイクロプロセッサー）を形成する電気回路、記憶装置を形成する電気回路（例えば、ランダムアクセスメモリーの形）、及び／又は、通信装置（例えば、モデム、通信スイッチ、又は、光学電気装置）を形成する電気回路を含んでよい。
【０１１０】
当業者であれば、従来技術においては、本明細書に記載されるやり方で装置、及び／又は工程を記載し、その後で、このように記載された装置、及び／又は工程を組織立ててデータ処理システムにまとめるために標準的工学的慣行を用いることが一般的であることを認識するであろう。すなわち、本明細書に記載される装置、及び／又は工程の少なくとも一部は、無理とはならないある程度の量の実験を通じて、データ処理システムにまとめ上げることが可能である。当業者であれば、典型的なデータ処理システムは、一般的に、システムユニット筐体、ディスプレイ装置、ビデオディスプレイ装置、揮発性及び／又は不揮発性メモリーのようなメモリー、マイクロプロセッサーのようなプロセッサー、及び、デジタル信号プロセッサー、オペレーティングシステムのようなコンピュータ実体、ドライバー、ユーザーインターフェイス（例えば、グラフィカル）、及びアプリケーションプログラム、１種又はそれ以上の対話型装置、例えば、タッチパッド又は画面、及び／又は、フィードバックループ及びコントロールモーターのようなコントロールシステム（例えば、位置、及び／又は速度を感受するためのフィードバック、バルブ及び／又は量のような成分を動かす、及び／又は調節するためのコントロールモーター）を含むことを認識されるであろう。典型的データ処理システムは、適切な、市販の、任意の成分、例えば、デジタルコンピューティング／通信、及び／又は、ネットワークコンピューティング／通信システムを利用することによって導入してもよい。
【０１１１】
参照された米国特許、米国特許出願公報、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、及び／又は、本明細書に参照され、及び／又は、任意の出願データシートに列挙された非特許出版物、これらの全ては、その全体が、参照することにより本出願に含められる。
【０１１２】
本明細書に記述される態様は、種々の他の成分の中に含まれる、又は、接続される様々な成分である。このように描かれた構造体は、単に例示的なものであること、実際、同じ機能性を実現する、他の多くの構造体が導入可能であることを理解しなければならない。概念的な意味で、同じ機能性を実現する成分同士の配置は、それがどのようなものであれ、その所望の機能性が実現されるように実効的に「関連している」。従って、ある特定の機能性を実現するように本発明において組み合わされる任意の二つの成分は、構造体、又は中間成分とは無関係に、所望の機能性が実現されるように互いに「関連付けられている」と見なすことが可能である。同様に、そのように関連付けられた任意の二つの成分は、所望の機能性を実現するために、互いに「動作的に接続された」、又は「動作的に結合された」ものと見なすことが可能である。動作的に結合可能な特定例は、限定されないが、物理的に嵌合可能、及び／又は、物理的に相互作用を有する成分同士、及び／又は、無線的に相互作用を有することが可能な、及び／又は、無線的に相互作用を有する成分同士を含む。
【０１１３】
本明細書に記載される、本発明の主題の特定態様が示され、記載された今、当業者には、本明細書の教示に基づいて、本明細書に記載される本主題、及びより広い態様から逸脱することなく変化、及び修飾を実行することが可能であること、従って、添付の請求項は、その範囲の中に、全てのそのような変化及び修飾を、本明細書に記載される本主題の真の精神と範囲の中に含まれるように、含むべきであることが明白であろう。更に、本発明は、ただ添付の請求項によってのみ定義されることを理解すべきである。当業者であれば、一般に、本明細書に用いられる用語、特に、添付の請求項（例えば、添付の請求項の本文）に用いられる用語は、一般に、「開放的」用語であること（例えば、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、「含むが限定されない（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）」という意味として解釈されるべきであり、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」という用語は、「少なくとも有する（ｈａｖｉｎｇ ａｔ ｌｅａｓｔ）」という意味として解釈されるべきであり、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」という用語は、「含むが限定されない（ｉｎｃｌｕｄｅｓ ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）」という意味として解釈されるべきであることが理解されるであろう。更に、当業者であれば、ある特定数の導入句つき請求項の説明が意図される場合、そのような意図は、はっきりと請求項において言及され、そのような言及の無い場合、そのような意図は無いことが理解されよう。例えば、理解の助けとするために、頭書の添付の請求項は、請求項の説明を導くために、導入句「少なくとも一つ」及び「一つ又はそれ以上」の使用を含むことがある。しかしながら、このような句の使用を、不定冠詞”ａ”又は”ａｎ”による請求項説明を導くことは、前記のような導入句付き請求項の説明を含む特定の請求項を、特に、その同じ請求項が、導入句「一つ又はそれ以上」又は「少なくとも一つ」、及び”ａ”又は”ａｎ”のような不定冠詞を含む（例えば、”ａ”及び／又は”ａｎ”は、通常、「少なくとも一つ」、又は「一つ又はそれ以上」を意味するものと解釈しなければならない）時でさえも、前記のような一つの説明のみを含む発明に限定することを意味すると見なしてはならない。更に、仮にある特定数の導入句付き請求項説明がはっきりと言及されていたとしても、当業者であれば、その言及は、通常、少なくともその言及された数だけは意味するものと解釈すべきものであることを認識されるであろう（例えば、他の修飾語無しに単に「二つの言及」と言及した場合、それは通常、少なくとも二つの言及、又は、二つ又はそれ以上の言及を意味する）。更に、「Ａ、Ｂ、及びＣの内の少なくとも一つ」に似た常套句が使用される場合、一般に、そのような構成は、当業者が、その常套句を理解するのと同じ意味が意図される（例えば、「Ａ、Ｂ、及びＣの内の少なくとも一つを有するシステム」は、Ａのみ、Ｂのみ、Ｃのみ、ＡとＣ、ＡとＣ、ＢとＣ、及び／又は、Ａ、ＢとＣを有するシステムを含むが、ただしこれらに限定されない）。「Ａ、Ｂ、及びＣの内の少なくとも一つ」に似た常套句が使用される場合、一般に、そのような構成は、当業者が、その常套句を理解するのと同じ意味が意図される（例えば、「Ａ、Ｂ、及びＣの内の少なくとも一つを有するシステム」は、Ａのみ、Ｂのみ、Ｃのみ、ＡとＣ、ＡとＣ、ＢとＣ、及び／又は、Ａ、ＢとＣを有するシステムを含むが、ただしこれらに限定されない）。更に、本明細書で使用される、特に、添付の請求項で使用される「又は」という単語は、通常は、含む、又は、を意味する（例えば、「Ａ又はＢを有するシステム」は、Ａのみ、Ｂのみ、及び／又は、ＡとＢを有するシステムを含むと考えられるが、ただしこれらに限定されない）。
【図面の簡単な説明】
【０１１４】
【図１】図１は、主題技術の、及び／又は主題技術のための例示の環境としての役割をするシステムの一態様を示す。
【図２】図２は、主題技術の、及び／又は主題技術のための例示の環境としての役割をするシステムの部分図を示す。
【図３】図３は、主題技術の、及び／又は主題技術のための例示の環境としての役割をするシステムの部分図を示す。
【図４】図４は、免疫反応成分が、例えば、抗体が、抗原によって提示されるエピトープと相互作用を有する、例示の相互作用の一つの態様の概略図を示す。
【図５】図５は、免疫反応を強化する方法の一つの態様の概略図を示す。
【図６】図６は、抗原−抗体相互作用の一態様であって、ある選択されたエピトープにおける突然変異の出現と、相補的抗体における対応する変化を示す。
【図７】図７は、介在因子によって表示されるエピトープにおける突然変異変化、及び、免疫反応成分、例えば、抗体の対応変化の一態様の図である。
【図８】図８は、工程の、ハイレベルロジック・フローチャートを示す。
【図９】図９は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１０】図１０は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１１】図１１は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１２】図１２は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１３Ａ】図１３Ａは、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１３Ｂ】図１３Ｂは、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１３Ｃ】図１３Ｃは、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１３Ｄ】図１３Ｄは、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【図１４】図１４は、図８のハイレベルロジック・フローチャートの代替の実施を示すハイレベルロジック・フローチャートである。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するステップと；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成するステップと；
を具える方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
１種又はそれ以上の介在因子によって提示される１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
少なくとも２のコピー数として存在し、１種又はそれ以上の介在因子によって提示される、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
１種又はそれ以上の介在因子の少なくとも２種に存在する、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
宿主に対し配列マッチを有する、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法において、前記配列マッチが：
アミノ酸、核酸、糖配列マッチの内の少なくとも一つを具えるステップ；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
少なくとも１個の、実質的に直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
少なくとも１個の、実質的に非直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
前記１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に類似の機能作用を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
アッセイにおいて、１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に類似の結果を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
前記１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性に一致する１種又はそれ以上の配列を表示するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法が：
前記１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性と関連する、前記宿主の免疫反応の少なくとも一部の１種又はそれ以上の選択コースを投影するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法において、前記宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するステップが：
前記宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法において、前記宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影することが：
処置に対応して、１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１に記載の方法において、前記宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
処置による１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上の属性セットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１種の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、細胞膜抗原分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１種の少なくとも１部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１種のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項１９】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、細胞膜抗原分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１種のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
合成抗体又は合成抗体のモジュレーターの内の少なくとも１種の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２３】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｆａｂ領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２４】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｆａｂ’領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２５】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｆｖ領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２６】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２７】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
パラトープの少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２８】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
補体の少なくとも一部を活性化するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２９】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
抗体依存性又は抗体促進性細胞傷害性を仲介するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３０】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
生物種依存性又は生物種特異的抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３１】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
細胞外分子に向けた処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３２】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
細胞表面分子又は細胞関連分子の内の少なくとも１種に向けられた処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３３】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
分泌タンパク、糖タンパク、ポリペプチド、受容体、又は受容体リガンドの内の少なくとも１種に向けられた処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３４】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
少なくとも１種の抗体の少なくとも一部に結合するための処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３５】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３６】
請求項３５に記載の方法において、前記１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの、少なくとも１個のモジュレーターを含む処置が：
１種又はそれ以上の介在因子の突然変異変化の少なくとも１個のサプレッサー；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項３７】
請求項３５に記載の方法において、前記１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの、少なくとも１個のモジュレーターを含む処置が：
少なくとも１個の干渉性核酸；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３８】
請求項１に記載の方法において、前記宿主における免疫反応の少なくとも一部を管理するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
少なくとも１個のメタ署名を具える、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成すること；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３９】
システムであって、
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備する回路と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する回路と；
を具えるシステム。
【請求項４０】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
１種又はそれ以上の介在因子によって提示される１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４１】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
少なくとも２のコピー数として存在し、１種又はそれ以上の介在因子によって提示される、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４２】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
１種又はそれ以上の介在因子の少なくとも２種に存在する１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４３】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
宿主に対し配列マッチを有する、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４４】
請求項４３に記載のシステムにおいて、前記配列マッチが：
アミノ酸、核酸、糖配列マッチの内の少なくとも一つを含むステップ；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項４５】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
少なくとも１個の、実質的に直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４６】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
少なくとも１個の、実質的に非直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４７】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に近似の機能作用を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４８】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
アッセイにおいて、１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に近似の結果を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４９】
請求項３９に記載のシステムが：
１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性に一致する１種又はそれ以上の配列を表示する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５０】
請求項３９に記載のシステムが：
１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性と関連する、宿主の免疫反応の少なくとも一部の１種又はそれ以上の選択コースを投影する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５１】
請求項３９に記載のシステムにおいて、宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備する前記回路が：
宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５２】
請求項５１に記載のシステムにおいて、宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影する回路が：
処置による１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５３】
請求項３９に記載のシステムにおいて、宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
処置による１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上の属性セットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５４】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１種の少なくとも１部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５５】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１種の少なくとも１部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５６】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１種のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５７】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１種のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５８】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５９】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６０】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
合成抗体又は合成抗体のモジュレーターの内の少なくとも１種の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６１】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｆａｂ領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６２】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｆａｂ’領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６３】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｆｖ領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６４】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６５】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
パラトープの少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６６】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
補体の少なくとも一部を活性化するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６７】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
抗体依存性又は抗体促進性細胞傷害性を仲介するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６８】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
生物種依存性又は生物種特異的抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６９】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
細胞外分子に向けた処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７０】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
細胞表面分子又は細胞関連分子の内の少なくとも１種に向けられた処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７１】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
分泌タンパク、ポリペプチド、糖タンパク、受容体、又は受容体リガンドの内の少なくとも１種に向けられた処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７２】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
少なくとも１種の抗体の少なくとも一部に結合するための処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７３】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７４】
請求項７３に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む前記処置が：
１種又はそれ以上の介在因子の突然変異変化の少なくとも１個のサプレッサー；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７５】
請求項７３に記載の方法において、１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む前記処置が：
少なくとも１個の干渉性核酸；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項７６】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
少なくとも１個のメタ署名を含む１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項７７】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備する手段と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、セットの、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を形成する手段と；
を具えるシステム。
【請求項７８】
コンピュータシステムと共に使用される少なくとも一つのコンピュータプログラムを含み、ただしそれに限定されない、前記少なくとも一つのコンピュータプログラムが、複数の指令を含むコンピュータ読み取り可能な媒体を具え、前記複数の指令が：
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するための１個又はそれ以上の指令と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項７９】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備するステップと；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項８０】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備する手段と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成する手段と；
を具えるシステム。
【請求項８１】
少なくとも１個の信号担持媒体を含み、前記信号担持媒体が：
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備するための１個又はそれ以上の指令と；
宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；
を具えることを特徴とするプログラム製品。
【請求項８２】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のエピトープを準備するステップと；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のエピトープセットを形成するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項８３】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のエピトープを準備する手段と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のエピトープセットを形成する手段と；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項８４】
少なくとも１個の信号担持媒体を含み、前記信号担持媒体が：
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１個又はそれ以上のエピトープを準備するための１個又はそれ以上の指令と；
宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、セットの１種又はそれ以上のエピトープを形成するための１個又はそれ以上の指令と；
を具えることを特徴とするプログラム製品。
【請求項８５】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備するステップと；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項８６】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備する手段と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成する手段と；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項８７】
少なくとも１個の信号担持媒体を含み、前記信号担持媒体が：
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備するための１個又はそれ以上の指令と；
宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；
を具えることを特徴とするプログラム製品。
【請求項１】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するステップと；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成するステップと；
を具える方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
１種又はそれ以上の介在因子によって提示される１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
少なくとも２のコピー数として存在し、１種又はそれ以上の介在因子によって提示される、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
１種又はそれ以上の介在因子の少なくとも２種に存在する、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
宿主に対し配列マッチを有する、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法において、前記配列マッチが：
アミノ酸、核酸、糖配列マッチの内の少なくとも一つを具えるステップ；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
少なくとも１個の、実質的に直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
少なくとも１個の、実質的に非直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
前記１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に類似の機能作用を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
アッセイにおいて、１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に類似の結果を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法において、前記１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
前記１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性に一致する１種又はそれ以上の配列を表示するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法が：
前記１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性と関連する、前記宿主の免疫反応の少なくとも一部の１種又はそれ以上の選択コースを投影するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法において、前記宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するステップが：
前記宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法において、前記宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影することが：
処置に対応して、１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１に記載の方法において、前記宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
処置による１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上の属性セットを形成するステップ；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１種の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、細胞膜抗原分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１種の少なくとも１部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１種のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項１９】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、細胞膜抗原分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１種のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
合成抗体又は合成抗体のモジュレーターの内の少なくとも１種の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２３】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｆａｂ領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２４】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｆａｂ’領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２５】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｆｖ領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２６】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２７】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
パラトープの少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２８】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
補体の少なくとも一部を活性化するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２９】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
抗体依存性又は抗体促進性細胞傷害性を仲介するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３０】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
生物種依存性又は生物種特異的抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３１】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
細胞外分子に向けた処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３２】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
細胞表面分子又は細胞関連分子の内の少なくとも１種に向けられた処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３３】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
分泌タンパク、糖タンパク、ポリペプチド、受容体、又は受容体リガンドの内の少なくとも１種に向けられた処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３４】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
少なくとも１種の抗体の少なくとも一部に結合するための処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３５】
請求項１５に記載の方法において、前記処置が：
１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む処置；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３６】
請求項３５に記載の方法において、前記１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの、少なくとも１個のモジュレーターを含む処置が：
１種又はそれ以上の介在因子の突然変異変化の少なくとも１個のサプレッサー；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項３７】
請求項３５に記載の方法において、前記１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの、少なくとも１個のモジュレーターを含む処置が：
少なくとも１個の干渉性核酸；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３８】
請求項１に記載の方法において、前記宿主における免疫反応の少なくとも一部を管理するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成することが：
少なくとも１個のメタ署名を具える、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成すること；
を更に具えることを特徴とする方法。
【請求項３９】
システムであって、
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備する回路と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する回路と；
を具えるシステム。
【請求項４０】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
１種又はそれ以上の介在因子によって提示される１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４１】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
少なくとも２のコピー数として存在し、１種又はそれ以上の介在因子によって提示される、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４２】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
１種又はそれ以上の介在因子の少なくとも２種に存在する１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４３】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
宿主に対し配列マッチを有する、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４４】
請求項４３に記載のシステムにおいて、前記配列マッチが：
アミノ酸、核酸、糖配列マッチの内の少なくとも一つを含むステップ；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項４５】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
少なくとも１個の、実質的に直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４６】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
少なくとも１個の、実質的に非直線的なコンピュータ分析可能なエピトープを含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４７】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に近似の機能作用を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４８】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
アッセイにおいて、１種又はそれ以上の介在因子と、実質的に近似の結果を有する少なくとも１個のコンピュータ分析可能な属性を含むセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４９】
請求項３９に記載のシステムが：
１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能属性に一致する１種又はそれ以上の配列を表示する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５０】
請求項３９に記載のシステムが：
１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性と関連する、宿主の免疫反応の少なくとも一部の１種又はそれ以上の選択コースを投影する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５１】
請求項３９に記載のシステムにおいて、宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備する前記回路が：
宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５２】
請求項５１に記載のシステムにおいて、宿主の免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影する回路が：
処置による１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性の少なくとも１個の変化パターンを投影する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５３】
請求項３９に記載のシステムにおいて、宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
処置による１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上の属性セットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５４】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１種の少なくとも１部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５５】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１種の少なくとも１部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５６】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
抗体、組み換え抗体、遺伝子工学的に加工された抗体、キメラ抗体、単一特異性抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ダイアボディ、ヒト化抗体、ヒト抗体、ヘテロ抗体、モノクロナール抗体、ポリクロナール抗体、ラクダ化抗体、脱免疫化抗体、抗イディオタイプ抗体、又は抗体断片の内の少なくとも１種のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５７】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
マクロファージ、好中球、細胞傷害性細胞、リンパ球、Ｔ−リンパ球、キラーＴ−リンパ球、免疫反応モジュレーター、ヘルパーＴ−リンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、樹状細胞、細胞傷害性Ｔ−リンパ球、Ｔ−８リンパ球、ＣＤ分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の内の少なくとも１種のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５８】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５９】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部のモジュレーターの少なくとも１個の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６０】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
合成抗体又は合成抗体のモジュレーターの内の少なくとも１種の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６１】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｆａｂ領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６２】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｆａｂ’領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６３】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｆｖ領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６４】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２領域の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６５】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
パラトープの少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６６】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
補体の少なくとも一部を活性化するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６７】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
抗体依存性又は抗体促進性細胞傷害性を仲介するために操作することが可能な抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６８】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
生物種依存性又は生物種特異的抗体の少なくとも一部の処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項６９】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
細胞外分子に向けた処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７０】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
細胞表面分子又は細胞関連分子の内の少なくとも１種に向けられた処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７１】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
分泌タンパク、ポリペプチド、糖タンパク、受容体、又は受容体リガンドの内の少なくとも１種に向けられた処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７２】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
少なくとも１種の抗体の少なくとも一部に結合するための処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７３】
請求項５３に記載のシステムにおいて、前記処置が：
１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む処置；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７４】
請求項７３に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む前記処置が：
１種又はそれ以上の介在因子の突然変異変化の少なくとも１個のサプレッサー；
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項７５】
請求項７３に記載の方法において、１種又はそれ以上の介在因子に予測される（ａ）エピトープシフト、又は（ｂ）エピトープドリフトの少なくとも１個のモジュレーターを含む前記処置が：
少なくとも１個の干渉性核酸；
を含むことを特徴とする方法。
【請求項７６】
請求項３９に記載のシステムにおいて、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する前記回路が：
少なくとも１個のメタ署名を含む１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項７７】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備する手段と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、セットの、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を形成する手段と；
を具えるシステム。
【請求項７８】
コンピュータシステムと共に使用される少なくとも一つのコンピュータプログラムを含み、ただしそれに限定されない、前記少なくとも一つのコンピュータプログラムが、複数の指令を含むコンピュータ読み取り可能な媒体を具え、前記複数の指令が：
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性を準備するための１個又はそれ以上の指令と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な属性セットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項７９】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備するステップと；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項８０】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備する手段と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成する手段と；
を具えるシステム。
【請求項８１】
少なくとも１個の信号担持媒体を含み、前記信号担持媒体が：
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープを準備するための１個又はそれ以上の指令と；
宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能なエピトープセットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；
を具えることを特徴とするプログラム製品。
【請求項８２】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のエピトープを準備するステップと；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のエピトープセットを形成するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項８３】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のエピトープを準備する手段と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のエピトープセットを形成する手段と；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項８４】
少なくとも１個の信号担持媒体を含み、前記信号担持媒体が：
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１個又はそれ以上のエピトープを準備するための１個又はそれ以上の指令と；
宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、セットの１種又はそれ以上のエピトープを形成するための１個又はそれ以上の指令と；
を具えることを特徴とするプログラム製品。
【請求項８５】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備するステップと；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項８６】
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備する手段と；
宿主における免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成する手段と；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項８７】
少なくとも１個の信号担持媒体を含み、前記信号担持媒体が：
宿主における免疫反応の少なくとも一部と関連する１種又はそれ以上の介在因子の、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原を準備するための１個又はそれ以上の指令と；
宿主の免疫反応の少なくとも一部を変調するために操作することが可能な、１種又はそれ以上のコンピュータ分析可能な抗原セットを形成するための１個又はそれ以上の指令と；
を具えることを特徴とするプログラム製品。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１３Ｃ】
【図１３Ｄ】
【図１４】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１３Ｃ】
【図１３Ｄ】
【図１４】
【公表番号】特表２００８−５２０９５９（Ｐ２００８−５２０９５９Ａ）
【公表日】平成２０年６月１９日（２００８．６．１９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５３００６９（Ｐ２００７−５３００６９）
【出願日】平成１７年８月２４日（２００５．８．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０３００４５
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０２３９４７
【国際公開日】平成１８年３月２日（２００６．３．２）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０６２０３５５６）シーレーテ エルエルシー (11)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年６月１９日（２００８．６．１９）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年８月２４日（２００５．８．２４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０３００４５
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０２３９４７
【国際公開日】平成１８年３月２日（２００６．３．２）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０６２０３５５６）シーレーテ エルエルシー (11)
【Ｆターム（参考）】
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