【課題】機能的タンパク質を同定するために配列空間を効率的に探索する新規の方法を提供すること。
【解決手段】本発明は、一般的に、生物学的関連データ空間を素早く、かつ効率的に検索する方法に関する。より詳しくは、本発明は、複合生体分子ライブラリもしくはこのようなライブラリのセットから、所望の特性を持つか、またはそのような特性を獲得するのに最も適している生体分子を同定する方法を含む。また、本発明は、配列−活性の相互関係をモデリングする方法を提供する。これらの方法の多くがコンピュータによって実現されることから、本発明はさらに、これらの方法を実施するためのデジタル・システムおよびソフトウェアを提供する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
最適化されたタンパク質改変体ライブラリを生成する方法であって、
（ａ）ライブラリ中のタンパク質改変体が体系的に多様な配列を有し、かつデータがトレーニング・セット中の各タンパク質改変体に対する活性および配列情報を提供する、タンパク質改変体ライブラリの該トレーニング・セットを特徴付ける該データを受け取ることと、
（ｂ）該データから、該配列中のアミノ酸残基タイプおよび対応する位置の関数として活性を予測する配列活性モデルを発展させることと、
（ｃ）該配列活性モデルを用いて、所望の活性を提供するために予測される該体系的に多様な配列中の特定の位置にある１つ以上のアミノ酸残基を選択することと、
（ｄ）最適化されたタンパク質改変体ライブラリのメンバーの配列それぞれが１つ以上の選択されたアミノ酸残基を含む、該最適化されたタンパク質改変体ライブラリを生成することと、
を含む、方法。
【請求項２】
最適化されたタンパク質改変体ライブラリを生成するためのプログラム命令が設けられている機械可読媒体を含むコンピュータ・プログラム・プロダクトであって、該プログラム命令は、
（ａ）ライブラリ中のタンパク質改変体が体系的に多様な配列を有し、かつデータがトレーニング・セット中の各タンパク質改変体に対する活性および配列情報を提供する、タンパク質改変体ライブラリの該トレーニング・セットを特徴付ける該データを受け取るためのコードと、
（ｂ）該データを用いて、該配列中のアミノ酸残基タイプおよび対応する位置の関数として活性を予測する配列活性モデルを発展させるためのコードと、
（ｃ）該配列活性モデルを用いて、所望の活性を提供するために予測される該体系的に多様な配列中の特定の位置にある１つ以上のアミノ酸残基を選択するためのコードと、
（ｄ）最適化されたタンパク質改変体ライブラリのメンバーの配列それぞれが１つ以上の選択されたアミノ酸残基を含む、該最適化されたタンパク質改変体ライブラリを定義するためのコードと、
を含む、コンピュータ・プログラム・プロダクト。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【公開番号】特開２００９−２７７２３５（Ｐ２００９−２７７２３５Ａ）
【公開日】平成２１年１１月２６日（２００９．１１．２６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−１２３６３８（Ｐ２００９−１２３６３８）
【出願日】平成２１年５月２１日（２００９．５．２１）
【分割の表示】特願２００３−５７３５２２（Ｐ２００３−５７３５２２）の分割
【原出願日】平成１５年３月３日（２００３．３．３）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．Ｌｉｎｕｘ
【出願人】（５００３８２０４８）マキシジェン，　インコーポレイテッド (17)