【課題】コンピュータによって実行される以下の方法。生物リスト中の一種類以上の生物に関連する標的配列のリストを提供すること。それらの標的配列の一つ以上にハイブリダイズすると推定される候補プロトタイプ配列のリストを提供すること。各候補プロトタイプ配列に対応するプローブのコレクションであって、各プローブコレクションが、対応する候補プロトタイプ配列の所定の一定のサブ配列長を有するすべてのサブ配列に対するプローブのセットを有するコレクションを作製すること。
【解決手段】これらのセットは、対応するサブ配列と、対応するサブ配列の中心にあるヌクレオチドを変えることによって形成された、対応するサブ配列のあらゆる変異とからなる。各標的配列に対応する断片のセットであって、各断片セットが、対応する標的配列の所定の一定の断片長を有するすべての断片を有するセットを作製すること。各断片が、その断片の相補配列と結合する自由エネルギーを計算すること。いずれの結合自由エネルギーが上記所定の一定の閾値を超える場合には、その断片を一度に一塩基ずつ延長して、結合自由エネルギーが閾値を下回るか、断片がプローブと同じ長さになるまで、延長断片のセットを作製すること。どの延長断片が、プローブのいずれかに完全に一致するかを決定すること。各候補プロトタイプ配列に対応するベースコール配列を集める。このベースコール配列は、いずれかの延長断片に完全に一致する対応するプロトタイプ配列の各プローブの中央にあるヌクレオチドに対応するベースコールを有するが、完全に一致するプローブを含むプローブのセットの残りメンバーは、いずれの延長断片とも完全には一致せず、別の状況ではベースコールしない。 （もっと読む）

一般に多数の遺伝子標的の増幅法及びマイクロアレイを用いた増幅産物の分析法を提供すること。
【課題】多数の遺伝子標的の増幅法及びマイクロアレイを用いた増幅産物の分析法を提供する。
【解決手段】
あらかじめ定義されたセットの病原体からの１またはそれ以上の病原体核酸を含むことが疑われる生物学的試料を提供すること；試料に、あらかじめ定義された病原体のセットに認められる遺伝子に対応する複数のＰＣＲプライマーを添加すること；および遺伝子に対応する核酸のサブセットを増幅するために試料に関するポリメラーゼ連鎖反応を実施すること、を含むＰＣＲ方法。但し、上記プライマーは、各々の病原体について少なくとも１つのプライマー対を含み、および上記プライマーは、あらかじめ定義されたセットの病原体のいずれのＤＮＡまたは試料中のいずれのバックグラウンドＤＮＡにも相同でないテール配列を含む。ポリメラーゼ連鎖反応における少なくとも１個のプライマーの濃度は約１００ｎＭ以下である。 （もっと読む）

【課題】コンピュータ実施の生物学的配列識別子のシステム及び方法を提供する。
【解決手段】分類学的データベースにレファレンス配列をサブミットすることにより分類学的結果を作成し；そして分類学的結果に基づいて分類学的識別名を報告する方法であり、レファレンス配列は各レファレンス配列のスコアを返す遺伝子データベースクエリーのアウトプットである。生物学的配列内の位置の所定のリストに所在する塩基コールをＮに変換すること；及びレファレンス配列に相対比較した場合の生物学的配列における１ヌクレオチド多形の比を決定することによる、試験から得られた生物学的配列を処理する。位置の所定のリスト内への各エントリーは生物学的配列を発生させるために使用されるマイクロアレイにハイブリダイズする物質の能力を示す。物質は標的病原体の核酸ではない。 （もっと読む）

本発明は、電子ビームによる発生プラズマを用いて基板上に薄膜及び被覆を堆積する手段に関する。プラズマは、スパッタ応用におけるイオン源として用いることができ、イオンは、膜又は被覆を形成するため基板上に縮合できる材料をターゲットから放出させるのに用いられる。代わりに、プラズマは、スパッタ又は蒸着技術に基づくものを含む既存の蒸着源と組合わされ得る。いずれの構成においても、プラズマは、反応性蒸着プロセスにおいて成長する膜表面におけるイオン及びラジカル種の源として機能する。電子ビーム大面積堆積システム（ＥＢＥＬＡＤＳ）は、数ｍ^２まで及び数ｍ^２を含む薄膜又は被覆を生成する新しい方法である。 （もっと読む）