本発明は、フラグメントの会合を駆動するために融合された相互作用ポリペプチドを必要とし、さらに、可溶性かつ安定であり、そしてそれらが融合されるポリペプチドの安定性を変えない蛍光タンパク質および発色団タンパク質に基づく、タンパク質の標識化および相互作用検出のシステムを提供する。１つの実施形態では、試験タンパク質Ｘが、ＧＦＰの１６アミノ酸のフラグメント（β鎖１０、アミノ酸１９８〜２１４）に融合され、融合タンパク質の可溶性を変動させないように操作される。第２の試験タンパク質Ｙは、ＧＦＰの１６アミノ酸のフラグメント（β鎖１１、アミノ酸２１５〜２３０）に融合され、融合タンパク質の可溶性を変動させないように操作される。ＸとＹとが相互作用する場合、それらは、そのＧＦＰ鎖を接近させ、そしてＧＦＰアミノ酸１〜１９８（鎖１〜９）からなる第３のＧＦＰフラグメントとの補完によって検出される。
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