本発明の一側面は、患者の体腔における障害を治療するための装置からの光放射を該体腔の内面へ導くための発光部分を有する装置に関する。例えば、疾病は、胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍、胃癌、胃リンパ腫、潰瘍性大腸炎、またはクローン病等の患者の胃腸障害であってもよい。装置はまた、循環系、泌尿生殖器系およびその他の体腔の疾病を治療する目的で使用されてもよい。一実施形態において、装置は、患者の体腔（例えば、胃または結腸）へ挿入され、装置の遠位端を望ましい位置に置く。その後、バルーンは、例えば、一連の光ファイバー端部等、該装置の発光部分の周囲で膨張させられる。その後、患者の体腔は、患者の体内組織を著しく破壊することなく体腔内の微生物を殺す、または衰弱させるために、光放射で照射され、それにより、障害に関連する１つ以上の症状を改善または軽減する。治療に続いて、正常微生物叢の成長を再確立させるため、胃腸管治療後に共生細菌を患者に投与してもよい。

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