本発明は、以下の工程：ａ）少なくとも１つの修飾を有する核酸分子の複数の分子を提供する工程；ｂ）複数の修飾核酸分子をランダムに切断し、それにより修飾核酸分子断片と非修飾核酸分子断片とを提供する工程；ｃ）修飾核酸分子断片を非修飾核酸分子断片から分離する工程；ｄ）修飾核酸分子断片をその長さ、質量および／または電荷によって分離または分別し、そのような分離または分別によって、修飾核酸断片のパターンが生成される工程；ならびにｅ）任意で修飾核酸断片のパターンを可視化する工程を含む、核酸分子のヌクレオチド配列を決定するための方法に関する。 （もっと読む）