本発明は、抗体親和性の成熟過程中のメカニズムと伝統的なコンピュータシミュレーション技術とを結合させ、コンピュータ支援設計によって抗体親和性を高める方法を提供するものであり、当該方法は、１）既知の抗体又はタンパク質分子複合体の共結晶構造に基づいて、候補となる抗体又はタンパク質分子の仮想突然変異部位を決定する工程と、２）該候補となる仮想突然変異部位におけるアミノ酸変異を順番にコンピュータシミュレーションして、初期最適化された分子構造を得る工程と、３）前記工程２）において得られた前記初期最適化された分子構造について、コンピュータシミュレーションの方法で配座探索をする工程と、４）前記工程３で得られた最適化後の抗体又はタンパク質分子構造について全エネルギー及び平均二乗偏差を分析し、エネルギーが最も低く、且つ平均二乗偏差値が小さい突然変異体の配座を選んで、標的分子との結合エネルギーを分析し、シミュレーション構造を得る工程と、５）前記工程４で得られたシミュレーション構造により、親和性の向上した抗体又はタンパク質分子の突然変異体を予測・実験検証する工程と、を含む。 （もっと読む）