細胞含有試料における細胞について核を計数するための方法およびシステムが開示される。該方法は：細胞含有試料の原画像を受信する工程；原画像を１つ以上の核クラスターを含むセグメント画像に変換する工程を含む。該方法は：１つ以上の核クラスターごとに、核クラスターの凸包を得る工程；核クラスターを核クラスターの凸包と比較することにより核クラスター上のどんな欠刻でも位置を突き止める工程；欠刻の集計に基づいて第一の核計数を計算する工程；核クラスターを複数の細胞のうちの細胞に割り当てる工程をさらに含む。該方法は：細胞ごとに、それを構成する核クラスターの第一の核計数を総計することにより第二の核計数を計算すること；複数の細胞のうちの少なくとも１つの第二の核計数に基づく結果を提示することをさらに含む。
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